2ZJIA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with n-[1-(2,6-dimethoxy-benzyl)-piperidin-4-yl]-4-mercapto-butyramide
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
390
structure length
370
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSCGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 370
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjiA02
5P12A 3LZUA 4Y5AA 3PLLA 3S54A 3A2OA 5KQYA 3LZVA 1TCXA 3SA9A 1PSOE 5OYUA 3BRAA 4FCOA 3B80A 1YTHA 4YD4A 3OU1B 3Q70A 4FAEA 1HVLA 2JJIA 2Q15A 5P4RA 2WKZA 3N3IA 1PSAA 5P3YA 4LXKA 3WZ7A 5P1IA 4DQBA 3ZPUA 4I0ZA 4Y3AA 3PJ6A 5ISJA 4Y4JA 4Y44A 2V13A 3L59A 5P2UA 5P2CA 4GJAA 5P6TA 5DQ1A 5P0NA 5P5HA 2F8GA 1EBKC 4LXMA 3QBHA 1LZQA 3K5CA 5C9FA 4Q1NA 2OHRA 3QBFA 3TKGA 4EJDA 5UPJA 2BPZA 3FX5A 3EKQA 4U8WA 1K6VA 5C9DA 5P6UA 2QMPA 2ER9E 3Q6YA 5IS4A 3S2OA 4APEA 3QRSA 4Q1XA 4B70A 1U8GA 4OD9A 2ASIA 2VA5A 4Y9WA 1BWBA 4CPSA 1META 4Y5LA 2VS2A 5P4UA 2QAKA 5P1NA 2AOIA 3GW5A 4Y4BA 3EC0A 1C6XA 1EBZA 4EJ8A 2BPYA 2VIZA 1EPLE 1DPJA 3BGBA 5DQCA 1GVXA 2F81A 2NXMA 2R9BA 4NJUA 5P6DA 1Z8CA 3LIZA 5P8CA 4YCTA 2AODA 1MERA 3NDXA 4Y3ZA 4TRYA 2QI0A 2I4XA 2IEOA 5KR1A 2V00A 5P8EA 1T7KA 3URJA 4X7IA 4Y3NA 5P39A 4DJRA 5OZJA 5P4OA 1FMUA 2NNPA 5P02A 1K6PA 3OU3A 5P5ZA 2HS2A 1A9MA 1BWAA 3PBDA 1HIIA 2G1NA 1Z1HA 2QD7A 4Y5KA 2FMBA 4DJWA 1LF2A 2AOHA 1KJ7A 4B1EA 4Q1WA 5OZWA 3WSJA 1W5YA 4I0GA 4Y3GA 1K6CA 3INDA 3OHFA 3UDYA 1BDLA 3NSHA 5P3VA 4ER4E 5P5CA 4DJOA 4FAFA 3APPA 3INEA 1D4KA 4I0IA 3U7SA 3PWWA 5P85A 1ODXA 1IDAA 4EHCA 5P1VA 1HEGE 1W6IA 2O40A 2QHZA 4Y51A 5P5KA 1W5WA 5P7VA 1LV1A 3UDMA 5JODA 3OXVA 5P3SA 5P8SA 5P3UA 4L7HA 1SIVA 4BFBA 1FQ8A 2QMFA 4ZSQA 1HVJA 2ER0E 3VYFA 3ZL7A 3S85A 2V12C 4Y50A 2Z4OA 5OZ2A 4DQGA 3EL5A 5P5LA 5P1BA 4ZPGA 5P0LA 5P0KA 5OZSA 1UH7A 5P7IA 4JP9A 2VNMA 2NMZA 4ER1E 5P0AA 2P3CA 1IIQA 4YCYA 5P6EA 1W51A 3Q4BA 3EKTA 2JXRA 2QCIA 3VF5A 5P7QA 2UXZA 4ZIPA 2NXLA 1Z1RA 2I4DA 2FNSA 5P06A 4JPCA 1NPWA 4R8YA 3L5CA 5P34A 4Y45A 3ZKQA 2QZXA 2QI6A 1FMXA 3WZ6A 5P5AA 3UDJA 5P5EA 1BILA 1LYAA 2CEJA 2QNNA 3OADA 2FGUA 2AOFA 5P0WA 5P3PA 1GNNA 1B6MA 2F80A 5P8MA 5OZIA 5AHAA 5P8NA 1FFFC 1A8KA 5P5PA 1IZIA 3TL9A 2WF1A 1KJ4A 1FIVA 2FXEA 5SY2A 4GJ7A 2VA6A 1SGUA 3LIVA 1SIPA 1IVQA 1LYWB 4Y3TA 4RYGA 3DV1A 4A4QA 3GGVA 5C9BA 3QROA 4L6BA 5P1KA 3GGXA 4Y5NA 5P2TA 4YD5A 5P41A 5EZXA 4DPIA 5AH7A 3NWXA 1PSNA 3ZPTA 5P3QA 4U7QA 4FM8A 3O9DA 5P5TA 4ZPEA 4NPTA 1XL2A 3IXKA 4NKKA 2QI5A 2B8VA 1K6TA 3MXDA 2OF0A 2ZYEA 2JYSA 2WEBA 2FLEA 5P2NA 5P6JA 3TOFA 1OHRA 1NH0A 4Y53A 1YG9A 1C6ZA 1EPPE 4F73A 5P7JA 1TW7A 5P0MA 1HPSA 2XYFA 1BVEA 2P3DA 3PHVA 2PWCA 1B5FA 4QJ9A 1MSMA 2AZ9A 3OOZA 3OUDA 4Y3JA 1VIJA 3D3TA 3S43A 5P8UA 1EPNE 5P3LA 3LPKA 1A8GA 4ZPFA 2ZHRA 5P6SA 5P70A 4JECA 3OUAA 2O4NA 2VIEA 2G1YA 1UPJA 4AMTA 5OZ1A 3CIDA 5P51A 5P3JA 2P3BA 3PM4A 1AAQA 5IVQA 2PK5A 1ZPKA 4BEKA 1NPAA 5P1CA 5P1MA 5P05A 4Y43A 3HW1A 3TH9A 3TPRA 4D8CA 1APVE 5P36A 2HAHA 2ZJIA 4HZTA 4Q1YA 5P1RA 5COPA 1Q9PA 3EL0A 1BV9A 2Z54A 5I3XA 4PZXA 3SQFA 3L58A 1N49A 5P5BA 1TSUA 5KQFA 3I25A 4Y3SA 5P6AA 5P8KA 2CENA 2PSVA 3OOTA 3S45A 4U7VA 1MIQA 5P60A 2PWRA 4Y3FA 2APRA 4FM7A 4AA8A 2ZJKA 5P0TA 5P4TA 4RCDA 4Y3DA 4KUPA 3I2LA 3PMUA 1SP5A 4EJLA 1IZEA 1HTGA 3KT5A 5P5GA 1B6LA 3GGUA 3PLDA 2B7FA 3UDQA 5P82A 4MC9A 2WL0A 5P4MA 2ZJHA 5P2DA 3SA7A 4Y56A 3OK9A 3S7LA 3UQPA 2NTRA 5P7RA 4ZSRA 3ZLQA 3D1YA 2FDEA 2G27A 3URLA 3K4VC 5P38A 1K1UA 4A6CA 5P63A 2NXDA 5P42A 4Y57A 3O9EA 4Y3RA 3OXXA 5P8BA 5P19A 2I4UA 4Y4GA 3TPJA 4BFDA 1TSQA 4Y41A 5HE4A 4GJ6A 3LIYA 4RZ1A 5OYVA 1ER8E 3D91A 3I8WA 3ZMGA 2WF2A 4TRWA 4Y5BA 5P3TA 1D4YA 3RSXA 1A94A 4EQJA 5OZRA 5P0GA 1EPRE 4I0FA 5P0FA 1HPXA 4I12A 3OUCA 1NSOA 5P0JA 5P8DA 1CPIA 1MRWA 5OZ7A 1UH9A 4FRIA 5P7BA 4RVXA 5KR8A 4XKXA 4GJDA 5P4DA 4YD6A 4QLHA 5P0BA 4QJ8A 5P4WA 4FS4A 2BJUA 3O9AA 3KT2A 5KR2A 1IZDA 5P0DA 3VLAA 3NWQA 2Q3KA 3JW2A 4K4PA 1W6HA 2J9JA 5P65A 1HVSA 4TVGA 3SFCA 5P4AA 2QI1A 5P80A 3T3CA 2FIVA 3UHLA 4DJPA 1XL5A 3T7PA 2ZHTA 5P8GA 4WY1A 1M43A 4QJ2A 4J1IA 3NDWA 4YDGA 4Y5MA 4YCKA 3HZCA 5P03A 5B18A 1KZKA 5P58A 3K4VA 1QDMA 1LYBB 5P6XA 4KE0A 5BS4A 1HOSA 3IAWA 3ZPSA 3RU1A 3LZYA 4OBGA 5EZZA 2ZGAA 2BKTA 4YBFA 4J0ZA 3PGIA 1ZJ7A 5P72A 5OZXA 5OYSA 5P3DA 2G1RA 4J5JA 2HS1A 2V16C 3KF0A 3O9LB 1QBUA 4R93A 4FRKA 3OQDA 2FDDA 5P8LA 5P13A 3OWNA 4J0VA 5P7MA 1IZHA 2R5QA 1FQ5A 5P0IA 4L1AA 1BIMA 2R3TA 5COKA 5P4CA 5P55A 2I4QA 1TQFA 5P3EA 2ZE1A 1MUIA 4D85A 5P4JA 1YM4A 3FKTA 2R3WA 2G94A 5P78A 5OZTA 4DVFA 4R5NA 3UPJA 3BGCA 3WZ8A 1T7IA 3VG1A 1EC0A 1QBTA 2V0ZC 4J54A 2AVQA 4JOOA 4Z2ZA 3NUJA 4DJQA 3UDRA 5P1LA 5P8JA 1BDRA 5P88A 4Z50A 5P7YA 5P73A 1ZPAA 4I0DA 3PBZA 3LHGA 3UDHA 3KFPA 5P23A 5OZFA 3DV5A 5P37A 4GYEA 3OTSA 5T4SA 2HPEA 1SGZA 2UPJA 1AXAA 2WECA 2VJ7A 2Q11A 2Q5KA 5P5UA 5KQZA 3NU6A 4HDPA 5P2AA 3IXJA 4Y4XA 4HVPA 2RSPA 3HDKA 1EAGA 5CONA 1KJGA 3QVIA 2BPXA 3RTMA 1FGCC 1HPVA 2HB3A 5AH8A 3M9FA 5P6BA 1ZBGA 3LPJA 1BV7A 4FGXA 4IVTA 4I10A 5OZ3A 3OAGA 3DUYA 5P2GA 1GVVA 5OYWA 1SDTA 5P1GA 1M4HA 3S7MA 5P86A 2QI7A 2V11C 4YDFA 2OHUA 1HVIA 5APRE 2IDWA 3SA3A 2B8LA 3BXRA 3L5FA 5P6OA 3O9GA 2I0AA 5P5SA 1GVUA 1AIDA 3IA9A 2VIJA 2IKUA 2XYEA 3VSWA 2NMYA 5J25A 5PEPA 1HTFA 1FKNA 4APRE 2P3AA 4Y4ZA 3MXEA 5P32A 3SKGA 4Y3PA 3VCMA 3EKYA 4EWOA 5P48A 2G1OA 5HU0A 1D4SA 4AA9A 3LIXA 2G21A 2BPWA 5ENMA 5P57A 3TLHA 1T6GA 3SACA 5P1TA 5P3FA 5P7WA 3UQRA 5OZ4A 2F3EA 3RSVA 2QD6A 3SAAA 5P1OA 5P83A 5OZ9A 5P6YA 4OBZB 4EJKA 3QRVA 3LPIA 3PSUA 3PSYA 1RQ9A 3O9HA 2QZWA 1RNEA 4GJ8A 4L7JA 3R0WA 1PPME 5HDUA 3EKVA 4CPRA 3D1XA 1HVCA 5P0OA 2BPVA 3ECGA 1SDVA 3QS1A 5P71A 1LYAB 4J17A 3AUPA 3OADB 5P3IA 5SZ9A 5P4PA 2QNQA 1D4JA 3VSXA 3F9QA 4JPEA 2VNNA 3OQFA 3R1GB 2QNPA 3OU4A 5P1JA 3QI1A 5JFUA 1HSGA 5I3VA 3DK1A 3ZOVA 4PPHA 2QMDA 1DIFA 4Q5MA 5P6CA 3NU4A 5P7LA 1W5VA 5P2FA 2ZHSA 1ZAPA 4MC1A 5P7PA 5BWYA 3IVIA 2AOEA 4Y3YA 5FIVA 1XN3A 5P61A 5P4GA 5P45A 5P1ZA 4B78A 2B42A 4QJ7A 4OC6A 5P7AA 5SXNA 5P6NA 5P3MA 3UFNA 4RVJA 1HTRB 5I3YA 4DPFA 1D4IA 4QJ6A 4Y5EA 4I0JA 1XDHA 3APRE 5JG1A 4F76A 5P0YA 5HD0A 5P1HA 5P5OA 3VF3A 2RENA 5OZ5A 1W50A 3KFRA 2OHNA 2JE4A 5P44A 5P4FA 5P8IA 4AUCA 3KDDA 2HM1A 1YM2A 5P0EA 1B5FB 3CKPA 3S53A 4PHVA 4I11A 4Y35A 3OUDB 3KN0A 3UCBA 2OHQA 5ER2E 1HHPA 2WF0A 3S43B 2G69A 4F74A 5HTZA 5P6HA 1EPOE 2QK5A 4YBIA 2XFKA 3PWRA 5HU1A 4DQFA 6APRE 5COOA 5P68A 1HIHA 2AOGA 2XFIA 3OTYA 5P46A 3UDNA 3HBOA 2P3BB 2NNKA 5P8AA 2WEZA 4X2LA 5P6QA 1C6YA 3PI0A 4Y37A 5P4XA 2G20A 2QU3A 3EMYA 1LYWA 4GJCA 3ER5E 4Y4AA 1AJXA 5OZMA 4CMSA 1HEFE 2VJ6A 5AHCA 5P3GA 4HDFA 2PH8A 5HE7A 2WEDA 1MEUA 2OHLA 4Y39A 4Y3WA 5P2QA 3GGAA 2PMAA 3UF3A 5OZCA 4BELA 1EC3A 4RRNA 2FXDA 3BC4A 5P6VA 4Y3EA 4FRJA 2G24A 2G26A 3NU9A 4NPUA 1OD1A 1BAIA 4EP2A 1HVKA 1IDBA 4CPUA 3T7QA 1B6PA 1D4LA 3IGBA 2Q63A 3LITA 2O4SA 5P2WA 5P7GA 3UQXA 4B77A 1XE5A 2QMGA 1YT9A 5DR7A 4CPXA 5P3NA 1K1TA 5OZBA 2PSGA 2PSUA 3PVKA 2B7ZA 1EEDP 3BVBA 2R38A 4B05A 3K5FA 1GKTA 5P08A 3I6OA 5P4QA 4Y3HA 5P3ZA 3KM4A 3ST5A 5DGUA 1HXWA 2PQZA 5OZZA 4RLDA 1WKRA 5P5MA 3OXWA 2QI3A 3TPLA 1HTEA 1QRPE 1HVRA 5P6PA 1HWRA 4GMIA 1FQXA 2AZBA 2P8HA 5P67A 5P4YA 5P11A 4Y48A 3HVPA 4CKUA 5P7TA 5P3OA 1YX9A 3G6ZA 1APWE 1GVWA 5DQ2A 5P5RA 3BUGA 5DPZA 2HB2A 3DOXA 4QJAA 5P2LA 2FDPA 3EM3A 4RYCA 5P53A 1JLDA 5P35A 2IGYA 3PCWA 3EKPA 1B11A 5P6GA 4AZYA 5DR0A 5P1QA 2ER6E 5P09A 4CPWA 4DUSA 4OBHA 5I3WA 3PEPA 4Y58A 5P3AA 3TNEA 5P4BA 5JFPA 4ZSPA 2RKFA 3D20A 5OYZA 3K1WA 1FLHA 5P5QA 5DQ4A 4J0PA 1A30A 3VEUA 1NPVA 2HIZA 5P5VA 1MTBA 3CIBA 3WB4A 1BXOA 7UPJA 4Y4UA 1XN2A 3UDKA 3SPKA 3VF7A 3VYEA 2IKOA 1T6EX 4YD7A 1HVHA 5P16A 5AH6A 3PI5A 3VLBA 4EPJA 2O4LA 5P3RA 5P0PA 5P8RA 5P0RA 3SO9A 3QVCA 4NJSA 2A4FA 2BBBA 1SH9A 1YTGA 3U71A 2EWYA 5P6LA 4E43A 1G6LA 3B7VA 3EM4A 4IVSA 4PZWA 2QU2A 4RCEA 3CMSA 4RROA 4Y5CA 3Q3TA 3OQAA 4FE6A 4LHHA 3I7EA 5P29A 4DJUA 2BKSA 5OZ6A 4S1GA 2ZJNA 5P3XA 4J1HA 5P2ZA 5AHBA 5P25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P12 A;  3LZU A;  4Y5A A;  3PLL A;  3S54 A;  3A2O A;  5KQY A;  3LZV A;  1TCX A;  3SA9 A;  1PSO E;  5OYU A;  3BRA A;  4FCO A;  3B80 A;  1YTH A;  4YD4 A;  3OU1 B;  3Q70 A;  4FAE A;  1HVL A;  2JJI A;  2Q15 A;  5P4R A;  2WKZ A;  3N3I A;  1PSA A;  5P3Y A;  4LXK A;  3WZ7 A;  5P1I A;  4DQB A;  3ZPU A;  4I0Z A;  4Y3A A;  3PJ6 A;  5ISJ A;  4Y4J A;  4Y44 A;  2V13 A;  3L59 A;  5P2U A;  5P2C A;  4GJA A;  5P6T A;  5DQ1 A;  5P0N A;  5P5H A;  2F8G A;  1EBK C;  4LXM A;  3QBH A;  1LZQ A;  3K5C A;  5C9F A;  4Q1N A;  2OHR A;  3QBF A;  3TKG A;  4EJD A;  5UPJ A;  2BPZ A;  3FX5 A;  3EKQ A;  4U8W A;  1K6V A;  5C9D A;  5P6U A;  2QMP A;  2ER9 E;  3Q6Y A;  5IS4 A;  3S2O A;  4APE A;  3QRS A;  4Q1X A;  4B70 A;  1U8G A;  4OD9 A;  2ASI A;  2VA5 A;  4Y9W A;  1BWB A;  4CPS A;  1MET A;  4Y5L A;  2VS2 A;  5P4U A;  2QAK A;  5P1N A;  2AOI A;  3GW5 A;  4Y4B A;  3EC0 A;  1C6X A;  1EBZ A;  4EJ8 A;  2BPY A;  2VIZ A;  1EPL E;  1DPJ A;  3BGB A;  5DQC A;  1GVX A;  2F81 A;  2NXM A;  2R9B A;  4NJU A;  5P6D A;  1Z8C A;  3LIZ A;  5P8C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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