2ZJJA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with 4-(4-fluoro-benzyl)-piperazine-2-carboxylic acid (2-mercapto-ethyl)-amide
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGCTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 370
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjjA02
3L59A 2ANLA 4JP9A 4BEKA 3HVPA 4HZTA 4Y3NA 1ODWA 5OZZA 1ME6A 2IKOA 5C9FA 5ER2E 3O9FA 1ER8E 4Z2ZA 1DP5A 5P2HA 3INHA 5P0QA 3BUHA 5P6NA 4QGIA 2CEMA 3O9CA 1EPRE 3OTSA 1BIMA 4Y4TA 3PGIA 1JLDA 4Y5AA 4CPUA 3VCMA 1MSNA 2OHMA 4Y3QA 1MIQA 2AVVA 3QPJA 3L3AA 4H3GA 3D20A 5P3ZA 5OZWA 5P4UA 3WSJA 1RPIA 2O4PA 2Q15A 2B7ZA 1BVEA 5OZFA 4GJ7A 5SXNA 5OYWA 5P8UA 5OZMA 4LHHA 3BXRA 3VYDA 1YM2A 5P15A 3OU4B 2AOIA 2PK5A 4J1CA 3LZVA 1VIJA 3JW2A 5DQCA 5P1EA 5P67A 3CIDA 5DQ5A 5P3GA 5P4IA 1K6PA 2FNTA 5P2BA 2QD6A 5P7AA 1BILA 4YD6A 5P2NA 4EQ0A 1FQ5A 4WTUA 2VA6A 5P4HA 5P0OA 2B7FA 2PYNA 3HD8A 4J1FA 5P74A 1GNMA 2JJIA 4CMSA 4I0EA 3SM2A 5P1GA 5P0NA 1J71A 5P41A 5P8AA 3UDJA 5P56A 4OD9A 5P3RA 3B80A 2IL2A 5P4PA 2WKZA 5P8QA 5P48A 4CPQA 2BPZA 1PSAA 3NLSA 3QN8A 3T3CA 4DQEA 4TRYA 5P26A 2HPEA 3BGBA 3SFCA 4EPJA 4TRWA 1HPSA 3GI4A 2ZJHA 5I3WA 4LP9A 5OZKA 1K6CA 1FEJC 3EM4A 5C9BA 3R1GB 5OZQA 5OZJA 4NJSA 3IN4A 5P85A 5B18A 5DR4A 1EPNE 2G1RA 4DQBA 3OOZA 5P10A 2BBBA 4NJVA 4RROA 1MUIA 3OXXA 4B05A 1UH7A 4DQGA 5P59A 5P89A 3NR6A 3FSMA 2OHUA 5JG1A 1M0BA 3PM4A 4B1EA 4HA5A 1G0VA 3T7PA 2OF0A 5HE7A 5P1CA 5P70A 4L7HA 5EZXA 3LIZA 3NSHA 4I8WA 4RVJA 4DVFA 3KMYA 4AA8A 4XX4A 3QRSA 3UDNA 1MT8A 4AA9A 5P2QA 5P7VA 4Y43A 5P3UA 4I0IA 1IZHA 2QI5A 3NUJA 4OBGA 4PHVA 4MC1A 5P7RA 1BXQA 2ZHVA 2AVMA 2AQUA 1KJHA 1A9MA 5P0EA 5P62A 2I4VA 5P6TA 5DR8A 3D91A 5P5QA 3O9IA 3SO9A 5P8KA 5P4RA 3KFNA 4PZXA 5OZHA 2R43A 5P0VA 1YTGA 1HVHA 4DQHA 1EPLE 3PI0A 4EP2A 2PQZA 5P09A 5P23A 3LZYA 4H1EA 1EBZA 1A8KA 4Y4JA 5AH6A 1UH9A 2R8NA 5P79A 5HD0A 4J0ZA 2J9KA 3D1XA 2I0AA 3O9EA 4GJAA 4Y4XA 2R38A 1TW7A 5P8PA 1FFFC 5P68A 4DH6A 2QZLA 5P1WA 5P3XA 1SBGA 1APWE 3DM6A 2V11C 1IIQA 3PMUA 4KUPA 4Y54A 7UPJA 3S45A 4A6CA 3DUYA 5HDXA 3IGBA 1LS5A 1SP5A 2P3BA 3O9AA 3L38A 3K5DA 2RMPA 5P8MA 5BRYA 4Y48A 1DMPA 5P6RA 5ER1E 1C6ZA 1FB7A 3NXEA 5P2LA 4CPTA 3KFPA 5AHBA 4J0YA 3MSLA 4OBDA 3UFNA 2JXRA 2AZCA 5OZBA 5OZOA 5P5TA 1ZBGA 1KJ7A 3QVIA 2ZHSA 4COEA 4Y44A 3S7MA 2HIZA 4YD7A 5P1DA 5P4MA 3OAGB 2JYSA 1TQFA 5P7SA 5P06A 5P5EA 1ZSRA 1T6GA 1XL2A 2VS2A 2O4LA 5P5OA 1EBKC 1PSOE 5P24A 1FQ6A 1K1UA 5P18A 3EL5A 4Y47A 5P4DA 4Y41A 4Y3ZA 4LXKA 2ZJNA 5P7CA 3O99A 4I10A 5P2RA 2A4FA 2Z4OA 5P6XA 5P6WA 1AZ5A 2XFJA 4I0HA 4ZPFA 5P27A 1KJFA 3EBZA 4ZSPA 2V00A 1GNOA 5P0GA 3VF5A 1DIFA 1LV1A 2PC0A 1C70A 3LNKA 1B6MA 5P1XA 4CPXA 1B6JA 3LITA 2QI6A 5P61A 3AIDA 1APUE 1FG8C 4YCYA 2Q11A 1YG9A 3FNUA 5P7KA 5DGUA 5DPZA 5KQZA 3FNTA 5P7WA 3S85A 1ZPKA 5P6OA 1ODXA 4X2LA 4ZE6A 1EPQE 5KQFA 5P2UA 1PPLE 1SGUA 2AVSA 1KJ4A 5P88A 4YCKA 3TOFA 3SAAA 2IGYA 3UDQA 3QI1A 1GNNA 5P3OA 2VIJA 3R4BA 5P4BA 1W6IA 4CKUA 3BGCA 5P8CA 4DQFA 4F74A 4LXMA 2HC0A 2VA5A 2PSUA 4OBKA 5KQYA 5P0PA 3SPKA 5E5JA 3UDMA 3CKTA 5P0TA 5P12A 2AOGA 5OZAA 1UPJA 3L5CA 4Y4BA 2VKMA 5P6SA 1IZEA 3VFAA 4OBZB 5TOLA 3ECGA 2QMDA 3QIHA 2F81A 1OEWA 5P2EA 3U71A 1ZSFA 4FL8A 3CMSA 4Y5GA 3RTMA 5HCOA 5P7YA 5P5BA 5OYTA 4QJ8A 2CENA 5P7HA 4Y5NA 5OYQA 4HEGA 4Q1NA 5OZ6A 2QI1A 3NU9A 5P6KA 3Q70A 5P7PA 5P6PA 2I4XA 4FIVA 2WEDA 4NJTA 3ZKSA 3GI6A 2H6SA 2QNPA 2BQVA 2B42A 4Y5BA 3RTHA 5OZ7A 1LYWB 5P4OA 5P83A 1SH9A 2WF3A 5P7GA 4EJ8A 5OZGA 1HVCA 1IDAA 3O9DA 5P1UA 3TPJA 2R5PA 3CYXA 1M43A 3VV8A 3JVYA 1DPJA 2QD8A 5P8TA 3OUDB 1CMSA 5P02A 5P7NA 4J17A 4Y3TA 1YTHA 4I0FA 5P50A 3QRMA 5CONA 3O9GA 4DPIA 5P33A 5P0YA 1EC1A 1FQ8A 2WJOA 5P6UA 2G22A 3S54A 2EWYA 1SDVA 5HDZA 5PEPA 1FG6C 4Z4XA 2V13A 5P2ZA 3L5EA 3NU3A 5P08A 5P5CA 1E5OE 1HEFE 3OUBA 2ZJLA 2ER9E 3EKWA 2I4DA 1AM5A 3LPKA 4FAEA 5COOA 5P3IA 3L5DA 3EKVA 5P7BA 4CPWA 5OZ0A 5P1SA 4BFBA 1FQXA 1EPPE 4YOAA 3TPRA 2ZDZA 4GJ6A 5P75A 3KFRA 4APRE 2B8LA 1NSOA 3VSWA 4DFGA 3OY4A 3KM4A 2VJ7A 4TRZA 5P8LA 2QD7A 1PROA 3APRE 5P4NA 3BC4A 5P55A 1RNEA 5P7DA 2V0ZC 3RU1A 1QS8A 5P05A 4R8YA 1MRWA 4D89A 1HSGA 2BPVA 3OQDA 1LYBA 1MERA 5P5VA 1FMBA 1W6HA 4BELA 2AOJA 2NXDA 3S43B 5OZ5A 2I4UA 2AODA 3LPJA 4HE9A 3MWSA 3D1YA 2VIZA 3ZKMA 4OBZA 1C6YA 4FS4A 5P78A 4QJ6A 3VF7A 7HVPA 5P43A 5ENMA 4Q5MA 2UY0A 2OHTA 5F01A 3OK9A 4JPEA 3WZ6A 3UF3A 5P6AA 5P8HA 5P25A 3O9BA 5AH9A 1HIIA 5P0IA 4RYCA 3WB4A 3RTNA 4MC6A 4EJKA 1HXWA 4GJ5A 5P40A 2IRZA 2AOFA 2NMZA 4L7GA 3B7VA 3OU1B 4Q1YA 5P80A 3OU3A 4ZEAA 3GGVA 3PBZA 4HDPA 4Y58A 4PYVA 1FMXA 5P42A 2FDPA 5SY3A 1LYWA 3ER5E 1MT9A 5P35A 3UQXA 2OHNA 2WL0A 3PJ6A 5P4VA 4YD4A 2IKUA 1GKTA 1EAGA 1D4SA 3N3IA 5I3VA 1M4HA 3OUCA 5P46A 3OUDA 5P6EA 4N00A 3OQAA 3NWXA 5P5AA 5P3VA 1APVE 5P3LA 3AUPA 4APEA 6FIVA 1SGZA 3TNEA 3SLZA 5UPJA 1EC2A 5P0UA 2F3FA 4L1AB 4Y3GA 1MPPA 3K5FA 5ENKA 1ZPAA 3OXWA 4HDBA 4YHQA 5P7JA 3LHGA 5P6HA 1OHRA 2NXLA 5P0DA 5P4ZA 3M9FA 4RVIA 3VV6A 1PFZA 1SMEA 2SAMA 3UQWA 1BVGA 3PHVA 1BDQA 5P16A 5P3BA 3GI5A 1LZQA 4RRNA 4H3FA 2AVQA 2P3DA 4Z50A 5P8EA 1YT9A 1D4KA 3RSXA 5JFPA 5P7MA 3UDYA 1KJGA 5P4XA 1PPME 4BFDA 3Q4BA 5AH8A 1HPOA 4FGXA 1T7JA 2QP8A 4Y53A 4B77A 5I3XA 5P65A 2PH8A 4GMIA 5HDUA 5KOQA 4NPTA 5P2SA 2HB2A 3PSYA 4GYEA 3S43A 1LYAA 4FRIA 3ZPUA 5P01A 3ER3E 1TSQA 3Q3TA 3DK1A 5OZ3A 5KOSA 5P2XA 2F8GA 4OC6B 5P8JA 3U7SA 5OZEA 4ER2E 5P2TA 1HSIA 5P32A 2G21A 2VA7A 4DPFA 2J9JB 5IS4A 1GVWA 1HEGE 2Z54A 2XYFA 1UH8A 5P7TA 3PWMA 4ER4E 4I0ZA 1E82E 2WECA 3ZPSA 1QRPE 5P04A 3UPJA 2WHHA 3NU6A 1HTGA 5P4AA 5P4QA 3G6ZA 2NXMA 3K5GA 3T7XA 2I1AA 2BPYA 5P7EA 4K4RA 3KDDA 5APRE 3BVAA 5P5ZA 4Y6MA 5AHAA 5P1PA 3ZOVA 3KT5A 1FMUA 2P4JA 2H6TA 1PPKE 1W5VA 3DV1A 1D4LA 4Y3MA 2HS1A 5P6FA 5DR3A 1MEUA 2APRA 3TPPA 5OZTA 2FIVA 5P5SA 3OHFA 4MC2A 5P0CA 3TKWA 4ZLSA 1NPVA 5KR1A 4J5JA 5P7ZA 3R2FA 1BAIA 3LIVA 5P8SA 1HXBA 4YDFA 4YCTA 5OZXA 5OYSA 2ZJJA 1W50A 1XE6A 4K8SA 2OHQA 5P7LA 3URJA 5P3EA 3OU4A 3BUFA 5P2AA 5P51A 4FCOA 4ZIPA 4K4QA 4ZSMA 1AVFA 4L1AA 2QNNA 5P5YA 5P0AA 4YDGA 3TTPA 1HPXA 5P3FA 3RSVA 2QI7A 3UDRA 1E80E 1MTRA 2RSPA 1BDLA 3OGQA 5P2VA 5P1JA 5P03A 3NDUA 4EQJA 2ZJMA 5AHCA 3OGPA 4KB9A 1T3RA 1LEEA 2XYEA 4LL3A 1F34A 5P0SA 3CYWA 3F9QA 1ZP8A 2NTRA 4Y5EA 4F76A 4Y35A 3NU5A 2O40A 4FAFA 5P73A 5P29A 1GVUA 1ZLFA 1W5XA 3LINA 1APTE 2QAKA 5P2JA 3NYGA 5OZCA 1HVKA 4E43A 4FLGA 2QHYA 4Y4DA 5OZ9A 2V10C 1IVPA 3I8WA 2VJ9A 1B5FB 5OYYA 3H5BA 3IVIA 5DR1A 2VIEA 4I12A 3OTYA 5OZRA 1FF0C 3SA3A 5P76A 4XKXA 4EP3A 5SY2A 1GVVA 1AJVA 2J9JA 3CIBA 5HU1A 2QNQA 5P81A 4XX3A 5P52A 4XXSA 2IENA 4RCFA 1EBYA 5P58A 3WZ7A 2MIPA 4RCDA 4Y4ZA 8HVPA 5P2IA 1FQ7A 4Y3RA 1HTRB 2NNKA 2RENA 6UPJA 5DQ1A 3SKGA 2G26A 3OQKA 4YE3A 1MESA 3EM6A 4QJ7A 3MSJA 4Y4EA 2B60A 4Y57A 1IBQA 2HB4A 5KR0A 4B0QA 4YBIA 3VF3A 3OQFA 4R91A 5P69A 5P1ZA 3SA9A 3TH9A 4Y51A 5P45A 3GGXA 4Y3FA 5SZ9A 5HDVA 1BV9A 1K2CA 5P0BA 5P3CA 4GJDA 3IN3A 4GZFA 1LF2A 4J1IA 1YTJA 4NJUA 3KF0A 4Y3JA 4CP7A 1E81E 1FGCC 1DW6C 1D4JA 2PWCA 5P6IA 3HAUA 5P86A 4ZSRA 1N49A 2G69A 2HM1A 2Q3KA 5P31A 2AOEA 5DR7A 1EEDP 2QMPA 4U7QA 1RQ9A 3DOXA 3ZMGA 4UPJA 4I0GA 2B8VA 3O9LB 3VV7A 4EJDA 4J1HA 4GB2A 4K4PA 2OHKA 5OZ1A 4EWOA 4J55A 1QBTA 3K5CA 5DQ2A 4WY1A 1B11A 4U7VA 4DJYA 5IVRA 2F80A 5P5FA 4FM6A 1QBRA 1XS7D 4DJOA 3OXCA 2QZWA 5P77A 1YX9A 2QMFA 4OBFA 5OZ4A 1Z1HA 5P6DA 1SIPA 4Y3EA 2PK6A 5P22A 5FIVA 4FRSA 4B78A 5BWYA 3BHEA 5P6GA 2WF4A 3PLDA 3S8IA 3ZKIA 5P4EA 3BVBA 4Y3LA 5P1TA 2P83A 3G70A 3ZPTA 5KQXA 2QI4A 3OAGA 2ZJIA 3SM1A 4R93A 3PVKA 3N4LA 1TZSA 1QBUA 4HLAA 4TVGA 3GW5A 5P3WA 1B5FA 1WKRA 4ACXA 3UFLA 4R5NA 1BV7A 3S7LA 4DI2A 2WF1A 1FFIC 3T6IA 2CEJA 4B72A 5P5HA 2G1YA 3VYEA 3KN0A 4Y3SA 4QJAA 2Q64A 3IXJA 2QZKA 5P60A 3OHHA 5OYZA 5DQ4A 5P7UA 4Y50A 5E5KA 5P1FA 4DJWA 5P2MA 3Q5HA 3PBDA 5P8IA 5OZDA 2Q55A 3EL0A 4YA8A 5P19A 3GGAA 5EZZA 4J1KA 5P2GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L59 A;  2ANL A;  4JP9 A;  4BEK A;  3HVP A;  4HZT A;  4Y3N A;  1ODW A;  5OZZ A;  1ME6 A;  2IKO A;  5C9F A;  5ER2 E;  3O9F A;  1ER8 E;  4Z2Z A;  1DP5 A;  5P2H A;  3INH A;  5P0Q A;  3BUH A;  5P6N A;  4QGI A;  2CEM A;  3O9C A;  1EPR E;  3OTS A;  1BIM A;  4Y4T A;  3PGI A;  1JLD A;  4Y5A A;  4CPU A;  3VCM A;  1MSN A;  2OHM A;  4Y3Q A;  1MIQ A;  2AVV A;  3QPJ A;  3L3A A;  4H3G A;  3D20 A;  5P3Z A;  5OZW A;  5P4U A;  3WSJ A;  1RPI A;  2O4P A;  2Q15 A;  2B7Z A;  1BVE A;  5OZF A;  4GJ7 A;  5SXN A;  5OYW A;  5P8U A;  5OZM A;  4LHH A;  3BXR A;  3VYD A;  1YM2 A;  5P15 A;  3OU4 B;  2AOI A;  2PK5 A;  4J1C A;  3LZV A;  1VIJ A;  3JW2 A;  5DQC A;  5P1E A;  5P67 A;  3CID A;  5DQ5 A;  5P3G A;  5P4I A;  1K6P A;  2FNT A;  5P2B A;  2QD6 A;  5P7A A;  1BIL A;  4YD6 A;  5P2N A;  4EQ0 A;  1FQ5 A;  4WTU A;  2VA6 A;  5P4H A;  5P0O A;  2B7F A;  2PYN A;  3HD8 A;  4J1F A;  5P74 A;  1GNM A;  2JJI A;  4CMS A;  4I0E A;  3SM2 A;  5P1G A;  5P0N A;  1J71 A;  5P41 A;  5P8A A;  3UDJ A;  5P56 A;  4OD9 A;  5P3R A;  3B80 A;  2IL2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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