2ZJLA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with n-[1-(5-bromo-2,3-dimethoxy-benzyl)-piperidin-4-yl]-4-mercapto-butyramide
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
389
structure length
344
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSGFWLGEQLPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVYKFAISQSSTGTCMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 85
structure length 344
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjlA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjlA02
1ODYA 1PSAA 4L7GA 1BDQA 5HTZA 3R1GB 5KQFA 5OZ1A 4J1IA 3VLAA 5P3IA 3ER3E 5HE5A 2R3TA 5OZQA 5P11A 5P1ZA 3GI4A 4FM8A 4L1AA 5P64A 2QZKA 5P2IA 1SMRA 4HDBA 5P78A 4DJUA 2IS0A 4Q1YA 1CPIA 5P58A 4FM6A 4ACXA 1EPME 3OUBA 1T7KA 1HEGE 2I4QA 3KFRA 4Q1NA 4Y5AA 5P0AA 5P8NA 3ZKSA 5P2DA 1BXOA 3HVGA 4DJYA 1LF3A 5OZ8A 5P71A 4HLAA 1E81E 2RSPA 1QBUA 1LYWA 5P8JA 2G21A 3PJ6A 5P6JA 5P8VA 1FIVA 3ER5E 3LIYA 3MXEA 1FQ7A 5KAOA 2F3FA 4Y3AA 5P5QA 3VYEA 5P1UA 1MPPA 1F34A 1W50A 1FGCC 2WEAA 1EPNE 5P6IA 4H3GA 1BVGA 5OZIA 5P6NA 4EYRA 1DW6C 1FG8C 3BGCA 3VG1A 5JG1A 1E82E 5P76A 3R2FA 3TLHA 5P43A 3K5DA 4JPCA 5DR1A 2ZHRA 5P3HA 3PSGA 4DV9A 5P7IA 3SM1A 3VV6A 3INFA 2UPJA 6APRE 1LF2A 1C6ZA 5P4CA 3SLZA 1FKNA 4CPQA 2G1RA 5P7WA 5P41A 5AH9A 5P65A 5P2CA 5CONA 4IVSA 5P0TA 1BWAA 3D20A 5P4BA 3EBZA 1EC2A 4PPHA 3FSMA 4OC6A 1GVTA 4PZWA 5OZ5A 4Y4BA 4CPWA 5COPA 4EJDA 5SY2A 4GJ8A 5P3SA 5P8GA 3URIA 5P74A 5P0CA 2VS2A 1AM5A 2WL0A 1IZEA 5P4YA 1QRPE 1IVQA 4KB9A 5P4PA 1T6GA 1APWE 5P3WA 2ZHVA 2F3EA 5OZVA 2P3AA 2UXZA 5P61A 1GNOA 2F81A 3TOFA 4HDFA 5OZHA 5P28A 3VV8A 5P1WA 4ZSMA 2AVOA 2WEZA 4Z22A 5P4KA 3PVKA 3SPKA 1FMUA 4B1DA 2QI7A 1FQXA 2BPXA 4RVIA 1W5VA 3IVIA 5P4TA 3SM2A 4NPUA 1XS7D 2F80A 5P5TA 2AVQA 4ACUA 2G1YA 5P1QA 2G1SA 1HSIA 1HVRA 5P8BA 5P50A 1FQ6A 5IVQA 3JW2A 1MRXA 5P4RA 4J1FA 3NWQA 5P4ZA 1SGZA 5P6KA 2O4PA 2XFIA 1HSGA 3OU1B 5OYSA 4I0FA 4QGIA 5P5LA 3VEUA 2VIEA 4YD5A 1W5YA 4J54A 2ZHSA 2AODA 5P1YA 2ZGAA 4DI2A 2NXMA 4I10A 5P5RA 5P85A 5OZ3A 3FV3A 2QI0A 1DPJA 3OAGB 2FLEA 4LC7A 5P0LA 4B1CA 5IS4A 3GGVA 4U7QA 3LIQA 5P8PA 1HXBA 5P72A 4EQJA 5P3JA 3QI1A 2G27A 4DQFA 3IA9A 1G35A 2HB3A 5DR4A 2HAHA 3OHFA 3CKTA 5OYQA 4JECA 5P6EA 3NU4A 5P6WA 5P2XA 3IXJA 5P5YA 3OXXA 3DK1A 1YTIA 4YD3A 5P56A 4WY6A 2OAHA 1ZPKA 1M0BA 1SDVA 1YTGA 1VIKA 5P82A 1BILA 5P86A 2FDPA 3Q70A 1RQ9A 3Q4BA 1IVPA 1PPKE 5P8CA 3FNTA 5P44A 5OYYA 3NSHA 3PB5A 4OBFA 4FM7A 4EJLA 4DJPA 3O9BA 5P37A 3NU6A 3EM6A 3NR6A 5P3VA 4ZSQA 4N00A 4QJ8A 5OZ7A 5P5PA 1NPAA 2V16C 3VFBA 3D3TA 4ZIPA 1AVFA 1MT9A 5P6XA 5P3KA 2ZJHA 5P67A 1XL2A 5P1EA 3UCBA 5P3LA 4PHVA 4RLDA 4ZPGA 3UQUA 4FRIA 4Y3PA 5P2WA 1ZSFA 3R0YA 5P08A 4K9HA 5P7JA 4Y43A 4B05A 5P7ZA 3UHLA 4Y4XA 2I1AA 3CYXA 3I2LA 3LZYA 2AVVA 4J55A 2PMAA 5AH6A 1ZSRA 4I0ZA 4CP7A 1ZP8A 2H6TA 1W51A 3OADA 3KYRA 4Y3ZA 3UQRA 2BJUA 4MC1A 5P00A 2I4XA 2QHYA 5P1KA 1EBKC 2P3BB 1K2BA 1FQ4A 1TCXA 5P14A 5P1AA 3LNKA 2V11C 5OZSA 5KR1A 2RMPA 2I4WA 5P8EA 4DJVA 3SFCA 3MXDA 4TVGA 3OAGA 4EQ0A 5P4NA 5AHBA 2IKUA 4YD7A 1D4YA 1SDUA 1XL5A 5P3CA 5HU1A 5OYUA 5P1GA 4Y58A 3DOXA 5P46A 1ZAPA 5P4EA 5OZXA 3LIXA 2VA7A 5P4JA 4Q5MA 1SBGA 1ZJ7A 2PSVA 2PWCA 4GJ9A 5P26A 4AMTA 4Y4EA 2B7ZA 2OHLA 2H6SA 3K5FA 5J25A 5P7SA 1BIMA 5P06A 4TRYA 3EKXA 4PYVA 2CENA 2NR6A 1K2CA 5P32A 2OHNA 4I8WA 5P0OA 4XXSA 5P7RA 4CKUA 1FQ5A 2FNSA 5I3VA 4Y4ZA 4D85A 1BV7A 1XN3A 5HU0A 2PYMA 4Y3YA 5P3EA 3ZLQA 2HB2A 1IDAA 2Z54A 2ZHUA 4ZPFA 1GNNA 2R38A 5P70A 2QI1A 3MSKA 5P1BA 5P7TA 3DCKA 1APVE 5T4SA 5P3MA 1OD1A 3Q6YA 4FRSA 4GYEA 5AGZA 1W6IA 2P3DA 5P6HA 4ER1E 5DR3A 5P20A 3K4VC 1KJFA 3HAWA 3SKFA 1WBKA 3NDUA 3O9DA 3SQFA 5BWYA 4AA8A 2PWRA 4FRJA 5P84A 4NJSA 1HTEA 2B60A 2NMZA 4EXGA 3SA3A 3PMYA 5P87A 4TVHA 3TPPA 5P2KA 2PC0A 5P7NA 4EPJA 2QMPA 2Q64A 5OZFA 5OZJA 4PZXA 3HAUA 2OHRA 2VIZA 2V13A 5P8MA 2HM1A 5P8SA 3DV5A 1D4IA 3F9QA 4Y4AA 3PLDA 5SXNA 2G22A 1C6XA 3KFPA 3GI0A 3O99A 5P4GA 4I0EA 2HPEA 5P1DA 1GVWA 3ZKGA 4EXHA 3ZKIA 2G24A 1RL8A 3UF3A 4NJUA 2WEDA 1K6VA 2RKFA 3ECGA 3OWNA 2B8LA 2G69A 5P2GA 4S1GA 5I3XA 3BC4A 5P31A 4J5JA 3GI6A 3MSLA 1UPJA 3S7MA 3L59A 3OUAA 4YHQA 3NUJA 1KJGA 3WB4A 4APEA 2R43A 3BXRA 4TRZA 4YCKA 5P8DA 1BXQA 3APPA 5OYXA 3NDTA 5P8IA 5P7CA 5P6YA 5P27A 5OZMA 3QROA 4Y56A 2AQUA 5P80A 4A4QA 3LPJA 3GGAA 2QHCA 2IQGA 5P5ZA 1QBRA 4L7JA 1A9MA 3IAWA 1TW7A 3GGUA 5P29A 4Y4WA 4PEPA 4BELA 2ZJKA 1LEEA 1Z1HA 4Y3HA 1A94A 3KF0A 5P47A 3T7QA 3OUCA 2OHTA 1BBSA 4CPSA 4Y5KA 4RCEA 3D1XA 4GJCA 5P45A 5P8HA 5P8TA 1MESA 2AZ8A 3QVIA 5P48A 5OZTA 2IDWA 2VIYA 3CKRA 2NMYA 5OYWA 3MWSA 4ZSPA 5P55A 1D4SA 3JVWA 2QZWA 3OUDB 3HZCA 1AIDA 3NUOA 5AH7A 4Y5MA 5P7OA 1GKTA 1MTRA 4FIVA 2I0AA 3T3CA 5OZDA 1RV7A 5P69A 3CKPA 1D4KA 3L5DA 4J0VA 4M8XA 5JFPA 1GVVA 4RRSA 4U8WA 2F3KA 1J71A 1IDBA 3ZKQA 4IVTA 1W5WA 5P5DA 5P24A 5P1HA 3PWWA 1HBVA 4E43A 2BB9A 1PFZA 5P5CA 1HVIA 4AUCA 5IVRA 5P1RA 3O9CA 2QI6A 3CICA 7HVPA 4HE9A 4Y3MA 2IGYA 4CPUA 4YOAA 3O9LB 3UFLA 2OHKA 3BUFA 4QJ2A 1FMBA 5OZUA 3NDWA 3GW5A 1VIJA 1KZKA 1C6YA 1LZQA 2I4DA 2BKSA 3WZ7A 2QD6A 1ODXA 2VJ6A 3QIHA 4MC6A 1E5OE 3JVYA 5P4HA 2QD8A 3SACA 5P7AA 2UY0A 5I3YA 3EL1A 3TPLA 3UDJA 4DUSA 1BDLA 3D91A 5OZCA 4FLGA 2FNTA 1SDTA 3VLBA 4Y57A 1N49A 2VKMA 5P62A 5DR0A 7UPJA 3TOGA 5P8QA 3ZPUA 4J0TA 4DJXA 5P7VA 5P8RA 4YCYA 2JJJA 2QI4A 2VNMA 2AZ9A 1CMSA 2QZXA 3FNUA 3FNSA 1HVLA 2PH6A 4YD4A 1LYBB 5P6SA 3K5CA 2AZBA 1MSNA 3N3IA 5P1SA 3ZKMA 4R95A 5P0QA 5P4OA 4FAFA 4LXAA 3OUDA 1A30A 5P7QA 2ZHTA 1NH0A 4Y50A 3SKGA 3AUPA 5P1MA 2G20A 5P57A 1HVHA 5P2EA 1PSOE 3BVAA 4HVPA 5P5FA 3LZVA 1ODWA 5OZRA 1JLDA 3CMSA 2VIJA 5DQ5A 4DJOA 4U7VA 3UQWA 1M4HA 5P1TA 3A2OA 3CYWA 4X7IA 2HPFA 4F74A 1ZPAA 2A4FA 2O4KA 5COOA 3S54A 3U7SA 3UDHA 3LINA 5OYVA 5ENKA 5P5JA 4QLHA 4HA5A 5P2YA 1ZBGA 5P2TA 4KE0A 1MRWA 5P3XA 2BPZA 5P0GA 3ZPTA 2Q15A 2QMDA 3TL9A 1HVJA 3ZKNA 4Y3SA 1MERA 5ER2E 4J1HA 1E80E 5P89A 4A6CA 3O9LA 3QS1A 4GJ7A 4H3FA 4K8SA 3VF5A 1WBMA 5P4UA 1DIFA 5P0IA 1EBYA 1HPOA 4BFDA 2QHZA 3INHA 5P2VA 4YE3A 1YM4A 4BEKA 2Z4OA 4Y5NA 2IKOA 4Y3DA 5P04A 5P51A 1U8GA 5P8LA 1TCWA 3L5FA 2NTRA 1XE5A 3OQDA 4DJQA 5P0VA 5P73A 4LBTA 4D89A 3GGXA 1HHPA 3KDDA 2ZJJA 1WKRA 2QNQA 2VA6A 3RTNA 3T11A 2OHSA 4Y38A 1PPME 4Y4JA 1YTHA 2OHUA 3NXNA 2WJOA 3OU3A 5P4DA 3BRAA 1UH9A 1LYBA 1NPVA 5P5HA 1B6JA 4FAEA 5P4FA 5DGWA 5HDVA 3UFNA 2P4JA 1BWBA 2JJIA 2NPHA 2QMFA 1TSQA 2P8HA 3TPRA 4KUPA 3VYDA 6FIVA 5P6QA 3EKTA 2I0DA 5KR8A 3PI5A 3RTMA 3SA6A 2AOJA 1RNEA 1HOSA 5HVPA 3VFAA 2ZYEA 5P7BA 2AVMA 5P7KA 4R92A 3S53A 3KT5A 4YD6A 5COKA 3NU9A 5DR8A 5OZ0A 5P88A 1MSMA 4ZSRA 4OBDA 4I8ZA 5P1LA 3ZMGA 5P2AA 2FXEA 3NU5A 3EKPA 4DQHA 3VSXA 5ISKA 2V00A 3FIVA 5P07A 5P0KA 5P1FA 5P4AA 5IVSA 1AZ5A 2AOEA 2QD7A 3UDNA 3QRVA 3I8WA 3PWRA 4I12A 3L5EA 5P6UA 3ZOVA 3OGPA 5P3QA 1EPOE 1T6EX 4R93A 2AZCA 4NJVA 4APRE 5KOQA 2O4NA 5P1OA 2OHQA 3OXVA 1EC1A 3L5BA 3I25A 4FRKA 4CPRA 3TNEA 3S7LA 5P7FA 3OQAA 2G1NA 3VV7A 3OU1A 1FQ8A 5P25A 4KE1A 4DJRA 5P16A 4JPEA 2QK5A 2I4UA 1W6HA 1KJ4A 3IXOA 3DJKA 3BVBA 1SIVA 3URLA 5OZOA 1FMXA 4I0IA 4I0HA 3K4VA 2FGVA 5P0RA 5OZBA 5P5SA 4Y3NA 1G0VA 4OBGA 5P3GA 4Y35A 5P7XA 2J9JB 1EEDP 1HIHA 4D88A 1APTE 2OHPA 5F01A 1IBQA 5P3OA 2JE4A 5P2ZA 1HTGA 2SAMA 5P6MA 1TSUA 4QJ6A 4F75A 5P5AA 2ZDZA 2CEJA 4K4RA 4Y5BA 5KR2A 5P01A 3HD8A 1AAQA 5P2OA 5HE4A 2NXLA 1TZSA 4H1EA 5P39A 5P7PA 5DQCA 4H3IA 1F7AA 4Y5CA 1FLHA 3DCRA 4Q1WA 3QP0A 5P52A 5P54A 3EL0A 4LXKA 3EKVA 2IENA 5P42A 3OTSA 4J1CA 3QPJA 4YA8A 4DQEA 5P02A 5P3BA 5P5IA 2PSGA 5C9DA 4DQBA 4Y3XA 5EZXA 1C70A 3UTLA 4LHHA 3LZSA 5P6PA 3UDYA 4Y9WA 2BPYA 3B7VA 4ER4E 5OZKA 1MT8A 4Y39A 2ER7E 1NPWA 2Q11A 5P0UA 4J1EA 3N4LA 3U6AA 3FX5A 3RVIA 5OZ9A 2Q63A 5DQ1A 4LXMA 4YCTA 5P6OA 3OTYA 3EM4A 4Y36A 1FF0C 3GI5A 1YG9A 4RROA 3B80A 3IGBA 5AHCA 2P3BA 3QRSA 5P7GA 5DGUA 5OZEA 5OYRA 5P2BA 2BKTA 5P7MA 1HRNA 4I0JA 3RSVA 5P4LA 2Q3KA 3EL5A 2PK5A 2ASIA 3OQ7A 5P6TA 5OZ2A 2WF4A 5P8UA 3O9GA 4RCDA 4DQGA 4MC9A 1TQFA 2J9JA 2XFJA 1META 5P0PA 3KN0A 4RYGA 5P2QA 2IEOA 1CZIE 5HDZA 4Z50A 3LPKA 4TRWA 3OHHA 3PCZA 4GB2A 3U71A 4DH6A 1BDRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ODY A;  1PSA A;  4L7G A;  1BDQ A;  5HTZ A;  3R1G B;  5KQF A;  5OZ1 A;  4J1I A;  3VLA A;  5P3I A;  3ER3 E;  5HE5 A;  2R3T A;  5OZQ A;  5P11 A;  5P1Z A;  3GI4 A;  4FM8 A;  4L1A A;  5P64 A;  2QZK A;  5P2I A;  1SMR A;  4HDB A;  5P78 A;  4DJU A;  2IS0 A;  4Q1Y A;  1CPI A;  5P58 A;  4FM6 A;  4ACX A;  1EPM E;  3OUB A;  1T7K A;  1HEG E;  2I4Q A;  3KFR A;  4Q1N A;  4Y5A A;  5P0A A;  5P8N A;  3ZKS A;  5P2D A;  1BXO A;  3HVG A;  4DJY A;  1LF3 A;  5OZ8 A;  5P71 A;  4HLA A;  1E81 E;  2RSP A;  1QBU A;  1LYW A;  5P8J A;  2G21 A;  3PJ6 A;  5P6J A;  5P8V A;  1FIV A;  3ER5 E;  3LIY A;  3MXE A;  1FQ7 A;  5KAO A;  2F3F A;  4Y3A A;  5P5Q A;  3VYE A;  5P1U A;  1MPP A;  1F34 A;  1W50 A;  1FGC C;  2WEA A;  1EPN E;  5P6I A;  4H3G A;  1BVG A;  5OZI A;  5P6N A;  4EYR A;  1DW6 C;  1FG8 C;  3BGC A;  3VG1 A;  5JG1 A;  1E82 E;  5P76 A;  3R2F A;  3TLH A;  5P43 A;  3K5D A;  4JPC A;  5DR1 A;  2ZHR A;  5P3H A;  3PSG A;  4DV9 A;  5P7I A;  3SM1 A;  3VV6 A;  3INF A;  2UPJ A;  6APR E;  1LF2 A;  1C6Z A;  5P4C A;  3SLZ A;  1FKN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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