2A1EA

High resolution structure of hiv-1 pr with ts-126
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A potent HIV protease inhibitor identified in an epimeric mixture by high-resolution protein crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2a1eA00
1EC3A 3PWRA 3NDUA 2ZJHA 2QI6A 5JG1A 5P4RA 1HTRB 4H3GA 5P85A 4Y4UA 4AA8A 3EKPA 4Y54A 5P8NA 4OC6A 4TRYA 1EAGA 5OZIA 1ZLFA 2ZJLA 3NU6A 3LINA 5P0EA 2H6TA 4B77A 1QBTA 3NU9A 1BVGA 5P3MA 4LL3A 4YD3A 5P45A 5P7HA 2AIDA 3NU3A 5P5VA 1HVKA 2NNKA 3EL9A 2F3FA 2QAKA 1FMXA 5P4XA 1HTGA 1MRWA 1XN2A 1KJHA 2PSVA 4A4QA 5P7JA 3UQPA 5P2AA 2V13A 1FG8C 4Z22A 2ER6E 1TZSA 3EBZA 5P0RA 2PWCA 5I3WA 3QBFA 2P3DA 5P0HA 4MC1A 1GNMA 1HTFA 5P1GA 2ASIA 4Y5MA 1K2CA 1GVXA 3OK9A 3OAGA 5KOQA 3PBZA 3QP0A 5P6CA 4OBZB 1D4YA 1FIVA 3SA5A 4GJ8A 4H3IA 4OD9B 1ZPAA 2AOGA 4YA8A 4CPUA 4Y5KA 4ER4E 2R5PA 4GJBA 5P1PA 1IVQA 4Q1NA 4PYVA 2R43A 5P59A 1EEDP 4ZIPA 2NPHA 4Y5GA 5P04A 1DPJA 3VSXA 5P3PA 5P4PA 3ZL7A 1PPLE 2OAHA 4CMSA 5OZKA 3PVKA 5HDVA 2AVVA 2G22A 5P43A 5P7ZA 3ZPSA 5P4YA 5P7FA 5JODA 4I0IA 5I3VA 5OZ5A 3OU1B 5P34A 4R95A 5P2HA 5KAOA 4L1AA 1FB7A 2QI4A 2OHQA 2V0ZC 3OQAA 3KDBA 3IXKA 3HDKA 3OADB 1GKTA 5P0BA 5P69A 2ZJKA 3OHHA 4HE9A 3PWMA 3ZKSA 1YT9A 5P6JA 3OHFA 2Q3KA 5P1WA 3TL9A 4DI2A 4DJUA 5IVSA 5OZ3A 2QP8A 5P1TA 5P0YA 1QS8A 3C9XA 3VV7A 3KDCA 5OYYA 1A30A 1PSNA 3NYGA 3S54A 1YTHA 5P3AA 3G70A 4L7JA 2QMDA 5P7QA 1U8GA 5P7GA 5P5HA 3I6OA 1W5WA 3S43A 5P73A 1XL5A 3TKWA 4B05A 5P0DA 2ZE1A 3ST5A 1ZSFA 3FNSA 3ZOVA 5P3GA 4GMIA 3SPKA 5P2MA 2XFIA 3VV6A 5JFPA 4HA5A 4Y3HA 4AUCA 3INFA 4Z2ZA 2ZHVA 5P83A 3KN0A 5P5QA 1B5FB 2F81A 3TKGA 2CEJA 2IQGA 4Y5LA 1G2KA 3CMSA 5AH7A 5P3NA 1KJ7A 2BPVA 3OXWA 5OZ2A 3L5BA 3L59A 5P1KA 4B0QA 2ER0E 2SAMA 3GGAA 6UPJA 1AVFA 3PLDA 3R4BA 5DPZA 1WBMA 4TVHA 3CKPA 5P7TA 2P3BB 4Y6MA 1ZPKA 2AZ9A 1W51A 3OU3A 3EKQA 1D4SA 3BUFA 5P2BA 5P28A 3QI1A 1SIVA 5P66A 3G6ZA 5P63A 4LC7A 5SXNA 1BWAA 5P3IA 2VNNA 3ER3E 5OZHA 3BUHA 4NJUA 1ODXA 5P6RA 5P7BA 3B80A 1G6LA 1T3RA 4PEPA 1QBRA 3WZ6A 5OZYA 4Y3JA 2PYNA 1QBUA 4DQFA 5OZTA 5P5RA 4FRJA 1DIFA 2WEDA 1W5XA 4RROA 4D88A 1TSQA 1HXWA 3L5EA 3BGBA 2VKMA 4PZXA 4I0GA 5COPA 2Q64A 5OZUA 5OZWA 5P3QA 1EC0A 2HPEA 1HEFE 4K4RA 5P1UA 4NJVA 3LPKA 1APVE 3EMYA 3SACA 5OZQA 4TRZA 3OOTA 3PEPA 5P3TA 5BRYA 4DJXA 1BWBA 3D3TA 5ER1E 5SY2A 5P6KA 1C6XA 2RKFA 5CONA 4J0PA 3EKVA 3T3CA 4ACXA 1C6YA 3UDHA 4RRSA 3H0BA 8HVPA 4F75A 2FDEA 3OXVA 4EXGA 4HDBA 5DR4A 1FKNA 4JECA 5OZCA 5OYVA 5P6ZA 2ZJJA 5OZRA 4J0YA 5T4SA 2G1SA 4Y3PA 1GNNA 5P31A 5P8VA 3NUJA 1ZP8A 3S2OA 5ISJA 4FIVA 4D85A 3LZUA 3UDYA 3O9IA 4E43A 3MSJA 3OUCA 4R91A 3Q3TA 4PPHA 2OHRA 4GJ7A 4UPJA 2NNPA 5ENMA 2ER9E 1HSHA 5P8TA 5IVQA 4HEGA 4Y4WA 2G69A 3UPJA 4OC6B 5P5PA 3KMXA 4M8XA 2P3AA 2QHCA 1MIQA 1F34A 5P7MA 3D1ZA 4NPTA 2VJ7A 3TNEA 3QPJA 5P6MA 2WF3A 3AIDA 4YBIA 3RVIA 3EL5A 1IZDA 2ZHRA 4ZSRA 5OYZA 4YBFA 2RSPA 3VCMA 3LPJA 2HIZA 2WKZA 1ZSRA 2JYSA 1ZJ7A 5I70A 4J1KA 1WBKA 1HPOA 4YD7A 4Z50A 2PSGA 5P6UA 1PSOE 1HTEA 3FSMA 1K2BA 5P8AA 5P89A 3QIHA 2G20A 5OZAA 5P24A 3LHGA 5P2DA 3S7MA 1NPAA 5HTZA 3PI5A 3VSWA 1BILA 2OHNA 3O9GA 3KFNA 7UPJA 3UDPA 5P78A 4J5JA 5P36A 4F76A 4FSEA 5P3WA 3KMYA 2VIYA 5C9FA 1FFFC 4Y3ZA 3NWQA 3URJA 3IN3A 1C70A 4GZFA 5IVRA 2WF4A 1TQFA 3JVWA 4CPSA 5COOA 1FEJC 2ZDZA 3GW5A 3CICA 1EC2A 5P8KA 3OQDA 1MVPA 5DQ2A 3TOFA 3K5GA 5P5NA 3VF7A 2EWYA 5P4IA 3F9QA 3LZSA 2Q63A 5B18A 1A94A 1C6ZA 4Y51A 1J71A 5IE1A 2ZHSA 4Y48A 1QRPE 5P0VA 5P30A 5P2RA 2PK6A 5P8RA 2OHSA 3SA4A 1RNEA 5P6EA 3CIDA 1SGZA 4YD4A 4LXAA 3GI4A 3MXEA 3ZKIA 5EZXA 4Y5EA 5P14A 2F80A 5P3SA 4Y4BA 1DMPA 3O99A 3NXEA 1T7KA 1LYWB 3PM4A 4JOOA 2BKTA 4FRKA 2IKOA 1UH7A 3OUDB 5P6NA 2QCIA 3I2LA 1META 2FXEA 4FAEA 1LYAA 1BDRA 2G24A 3QVCA 1LF3A 1CZIE 4CPTA 4I8WA 2IENA 5P8UA 3FNTA 3KFRA 1PPME 3DV1A 4DPFA 5OZ9A 2AOFA 1KJFA 4R5NA 2P3CA 4RLDA 1FQ6A 1HVHA 1ODWA 3Q5HA 5P1IA 9HVPA 4XKXA 3VUCA 2VNMA 3LIVA 3GI0A 5P7PA 3S8IA 3WZ7A 1E5OE 1K6CA 4RGHA 3L3AA 1QBSA 4D83A 5SY3A 4J0TA 3H5BA 4DQCA 5P4MA 4I11A 4Y3SA 5HVPA 3O9LA 3PLLA 1GVWA 3EKTA 1HIVA 4LBTA 2BPWA 4HLAA 4LHHA 4DJRA 1LF2A 4H1EA 3T7PA 3BUGA 1SMEA 5KQYA 3VF3A 5OZ1A 1FQ8A 1LV1A 3EM6A 5P8FA 2FXDA 4BELA 1T6GA 2PMAA 5KR0A 5OYQA 3VYEA 5P5IA 1EPLE 5PEPA 3VLAA 5KQFA 1HVIA 3LNKA 5P0IA 4J54A 4Y44A 3IA9A 3PJ6A 5P4NA 5P26A 4H3JA 4FS4A 2J9JB 4YHQA 1W5YA 2HM1A 2NR6A 1EC1A 3I8WA 2G1RA 5OYWA 4EXHA 5P4HA 5P4WA 3D1XA 5F01A 4R8YA 4B1CA 3UDQA 3U71A 1VIKA 4LAPA 1OD1A 4QJ9A 2FDDA 3TPRA 1VIJA 5OYTA 4J0VA 5DGUA 4DJYA 3SM2A 1YTJA 5P12A 3GGXA 1YTIA 1LYBB 3GGUA 5APRE 3HAWA 2RKGA 3TLHA 4Y5CA 4Y5NA 2QK5A 3LZYA 3K5FA 1XL2A 4RCEA 4YDGA 5P3CA 4A6BA 3QBHA 5DR8A 3KA2A 3HAUA 4M8YA 5ER2E 1EPNE 5P3BA 5P82A 3EKXA 3SFCA 3OU4B 2BJUA 3UDMA 2PWRA 5P4JA 3PSUA 5P4LA 5P51A 4Y35A 5P1JA 2R9BA 5P0JA 1YG9A 5P2ZA 1HBVA 4B1EA 5P8MA 4Y4EA 1B6LA 3NDWA 5KR1A 3D91A 3I7EA 1LS5A 5DR3A 5P87A 3VV8A 5P53A 3LIXA 1UH9A 5P7DA 5P03A 1K6VA 3SABA 2QHZA 5P70A 5P8LA 1HPVA 4Y3MA 5P5EA 4EP2A 5P3HA 2HS2A 2NTRA 2XFJA 2ZHUA 4I0ZA 2VA7A 3EC0A 2AODA 5P19A 3Q70A 1SGUA 3EM4A 3R0YA 1ME6A 2PYMA 3ER5E 5ISKA 2OHTA 3KFPA 1B6PA 3FNUA 1HWRA 3FX5A 5P09A 5P2UA 1AM5A 5FIVA 3PSGA 2R5QA 2I4UA 4MC9A 2AZCA 4DQGA 1OHRA 2VIZA 1AIDA 4EJLA 5P5ZA 2WF1A 4EJDA 2RENA 1IZHA 3ECGA 1A8GA 4Y5BA 4DH6A 4GYEA 5P1BA 2I4WA 3SO9A 5P8JA 3K4VA 4WY1A 5P6DA 4MC2A 2CENA 5P27A 1SIPA 2AZBA 3PMYA 4RVXA 3TTPA 2HPFA 2QU2A 6APRE 1APTE 2QZLA 5P4QA 1GVVA 5P3YA 3CIBA 4HVPA 5P8SA 1IZIA 1MPPA 3NR6A 2WF2A 4FL8A 1NPVA 4RCDA 2VJ9A 7HVPA 5P6FA 1A9MA 4TRWA 3OY4A 5P0QA 2HB4A 2R38A 1Z1RA 4WY6A 5P0TA 3NU5A 3NSHA 3NUOA 3O9DA 3DM6A 5P5OA 1NH0A 5P1SA 5P4TA 3RTMA 5P5AA 1F7AA 5P3VA 2BQVA 1RV7A 4Y3YA 3CKTA 4GJDA 1BDLA 1T7IA 3WB5A 3MWSA 2ER7E 5P2NA 2QMPA 4NPUA 5P7RA 2Q54A 2I4VA 4I0HA 2I0AA 5HCOA 2G21A 2BPYA 4DQHA 5P47A 5JFUA 4EWOA 4EQ0A 4J1FA 5P3EA 5OYRA 1GVUA 2FNTA 5P68A 2UY0A 3UQWA 1IIQA 3M9FA 5P0MA 2QD7A 5P1XA 3BXSA 2VJ6A 1HPSA 3R0WA 5OZXA 5OZ8A 4Y9WA 5P1RA 1W6HA 3BHEA 2O4PA 5P52A 3DCRA 2ANLA 3ZLQA 3OXXA 5OZFA 2JJIA 3SKGA 3UQUA 5P05A 5P0AA 3R2FA 2QNPA 2V10C 3GI5A 3TOHA 5P29A 4AMTA 4XX4A 5P1QA 3U7SA 3NU4A 1NPWA 3QROA 4GJCA 1D4LA 4IVTA 3OUBA 2V11C 1EPRE 5P2QA 1MEUA 1UPJA 4FAFA 3GI6A 2J9KA 1MERA 5P86A 3S53A 1XE5A 5P42A 5P6SA 3ZKGA 5P5MA 3INDA 4KE0A 4DJQA 4U7VA 2CEMA 4Y5PA 1SDTA 5P07A 4U8WA 4WTUA 1BXOA 1ENTE 3INEA 3O9FA 4CPXA 2WEBA 4OBFA 4Y4JA 4Y43A 5P5WA 2F3EA 3K4VC 2B8VA 4BFDA 1HHPA 3NLSA 1EBWA 5P2VA 4FCOA 5OZDA 3UDRA 2PK5A 5AH9A 4X2LA 4CPRA 2A4FA 5P0XA 3EL0A 1B6JA 4YOAA 4U7QA 3VYDA 5P06A 1CMSA 5P4OA 4D89A 4ZE6A 2FS4A 5P2CA 5P48A 4OBZA 5P88A 2PH8A 2MIPA 3WSJA 5P74A 3UDKA 4OD9A 1JLDA 3RSXA 4LXMA 5F00A 3D20A 4Y57A 5P3FA 2ZJNA 4Y3WA 5OZGA 3KFSA 5OYSA 5P5BA 4QGIA 4Y39A 4LP9A 5HE7A 5P5DA 1YM2A 5HD0A 2A1EA 3PI0A 2BPZA 2QNQA 4I12A 5OZPA 4R92A 5P7NA 3RTHA 5P7EA 3S7LA 3OQFA 2PC0A 5OZSA 5P8EA 4L7GA 4CP7A 1D4IA 1M4HA 1T6EX 5AH6A 5P1HA 4AZYA 1ZTZA 1KZKA 3VEUA 4Y3AA 4J17A 4Y4GA 5HU0A 5P67A 2OHLA 5P2TA 3IVIA 3OU1A 4DJWA 2NMZA 5DR7A 3ZKNA 5P2LA 2R8NA 5P8QA 2BB9A 4DV9A 5P50A 3WB4A 3BXRA 4QJ6A 3T7XA 2FGVA 3CYXA 3OADA 4J1EA 5P1EA 1G35A 2I4QA 3SA9A 2QD8A 4RRNA 3L38A 3VFAA 5P80A 3OAGB 1W50A 5E5JA 2HB3A 1YM4A 5P4ZA 1IVPA 3OGPA 5P6YA 3CYWA 5P1YA 1AXAA 5P7VA 3T7QA 4RYGA 4Y47A 3TOGA 5HDXA 2I1AA 2BBBA 2WEAA 5ENKA 2QI0A 1MSMA 5C9BA 2O4NA 1PSAA 2VS2A 3HW1A 5OZOA 2FMBA 4DQBA 1B6KA 2QI7A 3LITA 3KT5A 4FRIA 2XYFA 3O9BA 4Y45A 1HIHA 4S1GA 4Y3DA 3O9CA 1TSUA 4NKKA 4OBJA 5P6BA 5P5SA 4XX3A 1HSGA 1SH9A 4Y4XA 5OYXA 3JW2A 5P4KA 5P8CA 3APPA 2B60A 1HIIA 3UTLA 3O9HA 1MT8A 4L1AB 5HDUA 3B7VA 5P32A 1EBKC 2B42A 3DJKA 3KYRA 4FSLA 4EJ8A 5P2FA 5P2IA 3SQFA 5BWYA 2P3BA 4ZPEA 5P0SA 3SA8A 1IDBA 5P79A 1Z8CA 1RQ9A 2AVOA 2HC0A 4DJPA 1YTGA 4I0FA 4QLHA 4OBDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EC3 A;  3PWR A;  3NDU A;  2ZJH A;  2QI6 A;  5JG1 A;  5P4R A;  1HTR B;  4H3G A;  5P85 A;  4Y4U A;  4AA8 A;  3EKP A;  4Y54 A;  5P8N A;  4OC6 A;  4TRY A;  1EAG A;  5OZI A;  1ZLF A;  2ZJL A;  3NU6 A;  3LIN A;  5P0E A;  2H6T A;  4B77 A;  1QBT A;  3NU9 A;  1BVG A;  5P3M A;  4LL3 A;  4YD3 A;  5P45 A;  5P7H A;  2AID A;  3NU3 A;  5P5V A;  1HVK A;  2NNK A;  3EL9 A;  2F3F A;  2QAK A;  1FMX A;  5P4X A;  1HTG A;  1MRW A;  1XN2 A;  1KJH A;  2PSV A;  4A4Q A;  5P7J A;  3UQP A;  5P2A A;  2V13 A;  1FG8 C;  4Z22 A;  2ER6 E;  1TZS A;  3EBZ A;  5P0R A;  2PWC A;  5I3W A;  3QBF A;  2P3D A;  5P0H A;  4MC1 A;  1GNM A;  1HTF A;  5P1G A;  2ASI A;  4Y5M A;  1K2C A;  1GVX A;  3OK9 A;  3OAG A;  5KOQ A;  3PBZ A;  3QP0 A;  5P6C A;  4OBZ B;  1D4Y A;  1FIV A;  3SA5 A;  4GJ8 A;  4H3I A;  4OD9 B;  1ZPA A;  2AOG A;  4YA8 A;  4CPU A;  4Y5K A;  4ER4 E;  2R5P A;  4GJB A;  5P1P A;  1IVQ A;  4Q1N A;  4PYV A;  2R43 A;  5P59 A;  1EED P;  4ZIP A;  2NPH A;  4Y5G A;  5P04 A;  1DPJ A;  3VSX A;  5P3P A;  5P4P A;  3ZL7 A;  1PPL E;  2OAH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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