2AOCA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant i84v with a substrate analog p2-nc
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aocA00
6FIVA 3NDTA 5P1WA 1DMPA 1LYWA 3BVAA 5DQ1A 5P01A 2RKFA 4R95A 2VJ7A 1VIJA 4I11A 4S1GA 3I7EA 1HIHA 4X2LA 2QP8A 3VYFA 3ER5E 3D1ZA 4H3FA 2QD7A 5P54A 4YCYA 3BRAA 3OUDB 2WHHA 3K5GA 5P2OA 3SQFA 2PWRA 3SKFA 5P52A 3EXOA 2BQVA 2QU2A 1APVE 3SAAA 2FGVA 1PPLE 5P8HA 4OBZB 1FMBA 5P32A 4ZPGA 1SDUA 3OWNA 3LPIA 2FXDA 1OEWA 3PJ6A 1BBSA 3LIXA 5DPZA 5P1JA 2P3AA 5C9FA 1BIMA 4OBKA 2QZKA 3UDQA 2J9JB 3O9CA 5KQXA 4ZPFA 3OUDA 3FNSA 4Y3RA 5P3IA 5P2UA 3PMUA 2PQZA 2OHKA 2IDWA 2AVVA 4FLGA 3DCRA 4Y4ZA 5P5MA 4OBZA 2B42A 4FRJA 1LF2A 5OYSA 4LHHA 4B1CA 3NXEA 3FIVA 3U6AA 5OYWA 1B11A 5P38A 3SACA 2J9JA 4B0QA 3NWXA 2B8VA 1TZSA 2AOIA 2OHPA 3PEPA 5DQ4A 4OC6B 1UPJA 4J0ZA 2IEOA 4X7IA 5P3UA 1HEFE 5P6VA 2BPZA 3D3TA 1B6KA 5P04A 5P0CA 5P7LA 3L5FA 3D1XA 1YM4A 3JVYA 4B78A 3L38A 3ZL7A 2ZHSA 2HPFA 2P3BB 3PLDA 3S53A 4LL3A 5P87A 1BVEA 4L6BA 3TLHA 1BV9A 1BAIA 5P5EA 1HIVA 1FFFC 4HVPA 4D8CA 4FRSA 4K4PA 1SMRA 3OQDA 1YT9A 3EKXA 4LXKA 1A94A 1K6PA 5P59A 4Y43A 2QMFA 3URIA 2AVQA 1ER8E 3RU1A 4LC7A 2R38A 3BUFA 5OZ2A 4CPUA 3L3AA 5P45A 2FGUA 5P0VA 2UPJA 2P3BA 4CPTA 3TPJA 4Q1NA 3CKRA 4DJUA 4CPWA 4Y45A 5DGUA 4DJOA 1APTE 5P77A 5P11A 1MTBA 5OYRA 3KA2A 2OHUA 5P2HA 5P5HA 5P6UA 3OU4B 3QP0A 5P4FA 5P1FA 2WEDA 3R2FA 2XFJA 5P06A 4Y5CA 2VIYA 5P17A 2QI4A 5OZRA 4ZSRA 1TSQA 3Q70A 5P36A 2I4WA 5P4CA 1ODYA 5P62A 5P3CA 3NDXA 1YTGA 2WEZA 3GI0A 5P3SA 1BXQA 3LIZA 5IVRA 2Q63A 3ZKMA 1LF4A 1FF0C 4QJAA 5P3LA 5P3HA 1C70A 5B18A 1W50A 3BVBA 2HS2A 5OZLA 1B6LA 1D4LA 3T6IA 5P15A 5P3BA 2XFIA 5P2LA 4J17A 1PSAA 2P4JA 1A8GA 4CPQA 3O9HA 5JFUA 1RNEA 3L5DA 3RTMA 4EJDA 2BJUA 3ZKXA 4IVSA 5P8DA 3OQ7A 4ZE6A 3OGQA 5P6QA 1B5FB 5P12A 3JVWA 2PH6A 3BUHA 2QI7A 3CIBA 1SBGA 4EHCA 2O40A 5IVTA 2VA5A 5KR1A 5P02A 4Y3JA 3QRMA 3G72A 2RMPA 2OHQA 1ZAPA 5P5PA 2G1OA 4QJ8A 5P5CA 3QS1A 3S56A 1SGZA 5OZVA 2WF2A 1KJ4A 1TQFA 1AJXA 3LPKA 1CMSA 3MXDA 4Y53A 5J25A 4NJVA 1AZ5A 3EBZA 1B5FA 5I3XA 1MIQA 4HLAA 3ZKGA 5OZDA 1OHRA 5P57A 4EJ8A 3EL5A 2AQUA 2I4VA 4DQHA 5DR1A 5P1ZA 4ZSMA 5TOLA 5P6KA 5UPJA 1GVWA 5P0TA 4Y37A 2I4XA 1NSOA 5P4PA 5P6OA 4DFGA 4DV9A 4L7GA 5P41A 4YBFA 1CZIE 3DV1A 4XXSA 1EC3A 4ACUA 1IZEA 1WKRA 1KJFA 5OZFA 5P47A 5P7DA 3UTLA 2AVSA 3L5BA 4HDPA 3MSLA 3PCZA 3HAWA 5OZ3A 2FMBA 4ZSPA 5P0AA 3QRVA 4FS4A 1W51A 5P2BA 2HB3A 5P6EA 5P0LA 5P2XA 4EXHA 4WY6A 5P7WA 1W5WA 3QPJA 4R93A 4JP9A 5OYZA 5OZ5A 5OZZA 4DQGA 3SA6A 3OGPA 5P6AA 3VF7A 5HDZA 3OOTA 5OYUA 5OZ8A 1FGCC 2VIZA 1FQXA 1W6IA 5P05A 3TL9A 5OZ9A 3Q5HA 2QMGA 3U7SA 2I4UA 4EXGA 1MRWA 1G6LA 2NXDA 4I0EA 3GGAA 4J1IA 1FMUA 5P7IA 3PI5A 2WF4A 4KB9A 2P8HA 1ENTE 3WZ8A 2WL0A 5P35A 3WB4A 3KMXA 5P3OA 3UCBA 5P5NA 1YX9A 5OZ6A 2Q5KA 4RROA 5P1UA 1K1TA 5P2FA 5P8UA 4GYEA 5P4EA 1ZTZA 2FDPA 2V00A 2Q3KA 4EJLA 2VJ6A 3FX5A 5P2JA 5P89A 1WBKA 3SA7A 1HSIA 5OZIA 4J1FA 5OZNA 5P4XA 4R8YA 1EC1A 1SMEA 1NPAA 1APWE 1KJGA 4Y50A 3EKTA 2AOCA 1EPNE 5P6IA 3OU1B 5P7TA 3S8IA 2PYMA 5P2WA 1ZP8A 1E5OE 3INFA 5P8MA 1HPVA 3F9QA 1QDMA 1YM2A 4EQJA 5P7FA 2NPHA 1A30A 4LBTA 3SM1A 5P5UA 5CONA 1VIKA 2JJIA 5KQYA 4DQCA 3IVIA 3CYXA 1HSHA 5E5KA 1XN3A 4I12A 3QAAA 4EPJA 3EL9A 2ZJMA 1RQ9A 4GMIA 5P5JA 3KF0A 6UPJA 3O99A 2PK6A 5P8QA 2OHSA 3OU1A 4RVJA 4QLHA 2PK5A 3TOHA 5HDUA 2QZXA 3UDJA 3OXVA 1HVJA 2MIPA 5ENKA 5P0QA 5F00A 3VF3A 5P3DA 4Y5AA 3VLAA 3UPJA 5P37A 4AMTA 5KQZA 3OUAA 3IAWA 1EPPE 5P49A 1DP5A 3HD8A 1FFIC 3O9LB 1BDQA 2Q54A 3QI1A 2F81A 3S43B 1ZBGA 2OHNA 4LP9A 5P68A 3R0WA 1EC0A 2AZ9A 2BPWA 2QHYA 3MSKA 4QGIA 5P0BA 5SZ9A 2AZCA 5AHAA 2G26A 5P75A 1U8GA 5IVQA 1C6XA 4HE9A 2ZJKA 4J54A 5AHBA 2HS1A 1HWRA 4ER1E 4J0PA 3O9LA 5P40A 3IN4A 3L5EA 2VNNA 2BPXA 4YD5A 4D83A 3URJA 5HVPA 3S43A 2O4LA 5I3WA 2H6SA 4FCOA 1MUIA 5P08A 4FRIA 1YTJA 2QD6A 2RKGA 4Y9WA 2V10C 4TRYA 1FQ6A 5P33A 5P2QA 2ER6E 3D91A 1RPIA 5P2GA 2V16C 4DPFA 4D89A 4ZSQA 5AH8A 3PSUA 3OHFA 2B60A 4Q1WA 4L7HA 5P2KA 3NU5A 5P5OA 3C9XA 5P14A 3UF3A 1ZSFA 4Y4TA 1HPOA 3ST5A 3PSYA 2FS4A 4GJ8A 4Y47A 2B7FA 1GVUA 3UDMA 4JPCA 5OZPA 5ER2E 1OD1A 1QBSA 1AJVA 1GKTA 4ACXA 5P8JA 1D4YA 2G1YA 4DJPA 4Y3YA 1HSGA 1E82E 5P3QA 5P8LA 3QIHA 3LZUA 3KFRA 2I0DA 4J55A 2PSUA 5DR7A 2PSGA 1D4JA 1HTEA 3ZPUA 1E80E 4CPXA 5P5WA 4OBJA 4Y4BA 2WECA 5OYVA 2BKTA 3OQFA 1T7IA 1IVQA 2WEAA 2WEBA 4H3JA 5P0YA 1EBWA 7HVPA 3URLA 4L1AB 1GNMA 5P6NA 3SFCA 5P4IA 3OXCA 3R4BA 3L58A 5P4NA 2BPYA 1GNOA 1TSUA 5P2YA 5KR2A 5BRYA 4D85A 1TCWA 1EBZA 2NR6A 2ZJNA 3SPKA 3LZSA 4GJ9A 1T6GA 3BGBA 1MRXA 1SH9A 5P8BA 5P8EA 5P7JA 3LPJA 3RSXA 1HIIA 5P3WA 5P6XA 2FLEA 5P5FA 3S85A 2G69A 5P24A 4OBDA 4M8YA 5P0MA 2NTRA 1QRPE 4L1AA 2QHCA 3RVIA 1M4HA 5P2SA 2FXEA 3LZYA 3PRSA 3H0BA 3BGCA 1WBMA 5P07A 2G22A 4FM7A 5P8PA 4Y5PA 1HTGA 1LV1A 4RZ1A 4Y4GA 5P3JA 1ZLFA 1GVXA 1RV7A 2QZWA 3ZPTA 4Z22A 3TNEA 3EM4A 5ISKA 4MC6A 5HDXA 2FIVA 5P3YA 1CPIA 2HB2A 5P1YA 1K1UA 1MERA 3PHVA 4GB2A 4XX3A 1FQ7A 3VUCA 5E5JA 4OC6A 2HC0A 2QMDA 4U8WA 2IRZA 9HVPA 2HIZA 4PHVA 4RCDA 3LIQA 1HTRB 2ANLA 4B72A 5P13A 1YTIA 3EM3A 4Y3AA 5P4OA 5AGZA 4Y4XA 5P25A 3KDCA 1EPOE 5I3VA 4CKUA 2F3FA 4B05A 5P84A 4Q5MA 5P4TA 1G35A 3PGIA 4Y39A 5P5VA 5P1SA 3LZVA 3T3CA 5P31A 4YHQA 1EPLE 8HVPA 1SIPA 3TKGA 3OUBA 3OY4A 5P6ZA 1PROA 2O4NA 3DV5A 4QJ6A 5OYQA 5P7YA 2VA6A 1BDLA 1YTHA 5P5TA 4YD6A 1DIFA 3VG1A 5P6WA 2G94A 3MXEA 5P69A 5P26A 3QN8A 4DQEA 3HAUA 2Z4OA 3QVIA 4I10A 2WF3A 5OYYA 5P4KA 5OZBA 5P53A 4Y4AA 5P1OA 2QD8A 5P6HA 5P0UA 1HXBA 2G27A 2CEMA 4B70A 3N4LA 3KYRA 3OU4A 1D4SA 5P6MA 3O9DA 7UPJA 1SIVA 1AXAA 5P7AA 4OD9B 1FQ5A 1PSOE 2RENA 3LHGA 4Z50A 5P5XA 2OAHA 4FM6A 4Y5BA 4COEA 5OZ7A 3OOZA 5P0WA 5HU1A 1FB7A 3SM2A 5P4ZA 4ZLSA 4RVIA 1FMXA 4K9HA 3EKQA 1IDAA 5P8KA 4DH6A 5JODA 2ZHVA 2AOJA 2UXZA 5P1GA 1APUE 4BFBA 1Z1RA 1SDVA 4Y36A 4Y54A 5P5ZA 5KR0A 4Y3NA 1E81E 2AOHA 5OZSA 5P6PA 4H3GA 5P3PA 3O9GA 2AZBA 5I3YA 4YDFA 2QK5A 3I6OA 3INEA 4I0JA 4RYCA 5P3RA 3TH9A 1IZHA 4EWOA 2VS2A 3VV7A 3VSXA 5P0SA 4PZWA 2F3KA 5P2IA 5P2ZA 3DUYA 3VF5A 4Y3GA 5IE1A 2PSVA 2BBBA 4UPJA 4Y6MA 4Z4XA 2FDDA 5P2AA 3VV6A 3I8WA 4Y48A 5IVSA 2SAMA 4NJSA 1PSNA 3S45A 5OZMA 1EPRE 5OZHA 1EPQE 5P5IA 3O9AA 1FIVA 4A6CA 5AHCA 3UQXA 5P44A 4R92A 1IDBA 1Z1HA 3R1GB 4PYVA 3VV8A 4APEA 3D1YA 4Y3LA 4YCTA 3Q3TA 4GJDA 5P1PA 4FAEA 4Y5LA 4Y5MA 5P2DA 2APRA 4JECA 5P51A 3UQPA 5OZJA 5P7VA 1HBVA 1XE6A 4GJ6A 2JE4A 1FG6C 5OZTA 3ZKIA 3T11A 1LZQA 1HHPA 1M43A 1EEDP 3HZCA 3KT5A 2F3EA 4YD3A 3MWSA 3ZKNA 5P4RA 4Y5KA 3EKYA 4GIDA 2R5QA 4Y4WA 5OZEA 5P71A 1HRNA 4DJXA 5P18A 5HE4A 5P2TA 5P7QA 5P03A 5BWYA 1C6ZA 3O9IA 3OADB 4K4RA 5COOA 5C9DA 5P1VA 5AH6A 5P1QA 3HVPA 3DOXA 1K2BA 1QBTA 4RCEA 5OZGA 5P0GA 4J0VA 1AAQA 3DK1A 3G6ZA 4YCKA 3ER3E 2QI6A 2NNKA 3TPRA 3NWQA 1K6VA 4Y3TA 5P22A 5P5LA 3GGVA 5OZ1A 1FQ8A 1GVTA 4EP3A 2AOFA 2O4SA 3VSWA 5P10A 5P8FA 2ZYEA 2BPVA 5P4QA 1NH0A 3BHEA 3K5DA 2QNQA 5P16A 2Q11A 4U7VA 4APRE 3QROA 4GJ5A 4B1DA 4TVHA 5P19A 5P0DA 2AZ8A 3PSGA 1BWAA 2HB4A 4GJBA 2NNPA 1MT8A 5CLMA 5COPA 1EAGA 5P73A 4XX4A 4HDBA 5P66A 1J71A 3PI0A 4YOBA 3LIYA 2P3DA 3EC0A 5P48A 3SABA 5HCOA 4CP7A 2IGYA 1ME6A 4I0GA 4MC1A 1T6EX 2QCIA 4DQFA 5P4LA 2XYFA 4EP2A 5OZOA 5P00A 2G24A 3EKPA 3K5FA 5P8TA 3HVGA 5P79A 1HVLA 5P58A 2ASIA 1HOSA 1C6YA 3ZKSA 4DUSA 5OZCA 3SKGA 2I1AA 1EBKC 4YDGA 4Y5EA 3O9EA 1IVPA 5P1DA 3UQWA 2VIJA 4I0DA 2R43A 4Y56A 1MTRA 4Y3ZA 1HVSA 3OXXA 3PBZA 3D20A 4HDFA 5SY3A 4DJYA 4FE6A 2PWCA 2ZGAA 4DVFA 5PEPA 5DQ2A 4TRZA 5P6FA 3S2OA 1ODWA 5P4AA 1T7JA 5P7UA 5P7MA 2JJJA 5P7GA 2ZHUA 3MSJA 1GNNA 2AOGA 4PPHA 5P61A 1MT9A 4NJTA 3KMYA 1DPJA 3IXOA 5P63A 5C9BA 5P0IA 5P46A 4ZIPA 1G0VA 3INHA 4FGXA 3TKWA 5ENMA 3OAGB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 6FIV A;  3NDT A;  5P1W A;  1DMP A;  1LYW A;  3BVA A;  5DQ1 A;  5P01 A;  2RKF A;  4R95 A;  2VJ7 A;  1VIJ A;  4I11 A;  4S1G A;  3I7E A;  1HIH A;  4X2L A;  2QP8 A;  3VYF A;  3ER5 E;  3D1Z A;  4H3F A;  2QD7 A;  5P54 A;  4YCY A;  3BRA A;  3OUD B;  2WHH A;  3K5G A;  5P2O A;  3SQF A;  2PWR A;  3SKF A;  5P52 A;  3EXO A;  2BQV A;  2QU2 A;  1APV E;  3SAA A;  2FGV A;  1PPL E;  5P8H A;  4OBZ B;  1FMB A;  5P32 A;  4ZPG A;  1SDU A;  3OWN A;  3LPI A;  2FXD A;  1OEW A;  3PJ6 A;  1BBS A;  3LIX A;  5DPZ A;  5P1J A;  2P3A A;  5C9F A;  1BIM A;  4OBK A;  2QZK A;  3UDQ A;  2J9J B;  3O9C A;  5KQX A;  4ZPF A;  3OUD A;  3FNS A;  4Y3R A;  5P3I A;  5P2U A;  3PMU A;  2PQZ A;  2OHK A;  2IDW A;  2AVV A;  4FLG A;  3DCR A;  4Y4Z A;  5P5M A;  4OBZ A;  2B42 A;  4FRJ A;  1LF2 A;  5OYS A;  4LHH A;  4B1C A;  3NXE A;  3FIV A;  3U6A A;  5OYW A;  1B11 A;  5P38 A;  3SAC A;  2J9J A;  4B0Q A;  3NWX A;  2B8V A;  1TZS A;  2AOI A;  2OHP A;  3PEP A;  5DQ4 A;  4OC6 B;  1UPJ A;  4J0Z A;  2IEO A;  4X7I A;  5P3U A;  1HEF E;  5P6V A;  2BPZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1TW7 A;  3L59 A;  5P29 A;  3PWM A;  5COK A;  1A9M A;  1IZI A;  1B6J A;  3NDW A;  5P4U A;  1HPS A;  2VJ9 A;  3TPP A;  4Y4E A;  5P7K A;  1BVG A;  3OQA A;  5P6S A;  3VFA A;  1HTF A;  4Y3P A;  5P1N A;  4AA8 A;  3VYE A;  1ZPK A;  4FRK A;  3IN3 A;  3GI6 A;  1FEJ C;  2V13 A;  3SA4 A;  1DW6 C;  2IL2 A;  2ZHT A;  5ISJ A;  5P3E A;  3GW5 A;  2P3C A;  2J9K A;  1EBY A;  5P0J A;  4D88 A;  5F01 A;  3PVK A;  3NSH A;  3IXK A;  3T7P A;  5P5G A;  5P6T A;  3CMS A;  4WY1 A;  5HU0 A;  3NU9 A;  3DJK A;  4L7J A;  2V11 C;  3EM6 A;  2IKU A;  4Y3F A;  1KJ7 A;  2CEJ A;  4Y4J A;  5P20 A;  4PEP A;  2V0Z C;  2UY0 A;  4B77 A;  5P34 A;  5EZX A;  2ZJI A;  1TCX A;  3S7L A;  5P8A A;  5IS4 A;  5P5Q A;  3HLO A;  4FSL A;  3T7X A;  4K4Q A;  2A1E A;  4J0Y A;  2QI1 A;  3BXS A;  4HA5 A;  2AID A;  3OAD A;  3K5C A;  2OHR A;  2G1R A;  4Y4D A;  5P4W A;  1T3R A;  3K4V A;  3O9B A;  4RCF A;  5P7S A;  1MSM A;  5OZK A;  2PYN A;  3HBO A;  5P81 A;  4EJK A;  4Y3E A;  5P4V A;  1XN2 A;  3SA9 A;  5DR0 A;  2ZDZ A;  4I0F A;  5P6J A;  5OZQ A;  4YBI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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