2AODA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease with a substrate analog p2-nc
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aodA00
4U8WA 5HD0A 4FL8A 5P3ZA 3IVHA 2G27A 5P50A 3O9GA 3OU3A 5P73A 2HM1A 4QJ7A 4Y9WA 3FKTA 1B6LA 4MC6A 3OY4A 5KQXA 5PEPA 1SIVA 4Y3QA 5KQFA 3PLLA 5P8TA 3PSGA 4Y51A 4Y54A 2IQGA 2R8NA 2ER9E 5P1JA 3DUYA 3ZKQA 3UPJA 3K5DA 3L38A 3B7VA 4Y3XA 5P3VA 4Y3DA 3UQUA 4Z50A 1DAZC 1FLHA 2XYEA 3PM4A 5P8KA 5COOA 3NYGA 1ZP8A 2J9JB 4FM6A 5P8GA 4Y37A 4YOAA 4RRSA 4EXHA 5P51A 2QD8A 5OYWA 2HC0A 2O4LA 1HTRB 4L1AA 3UFLA 5P8SA 2B42A 2ZHSA 3IGBA 1T6GA 3KM4A 5C9BA 2WECA 3QIHA 1SBGA 4Y3GA 4PHVA 2VA6A 5KQZA 3NR6A 5P6ZA 3Q70A 1HWRA 4K4QA 4A4QA 3O9HA 1DIFA 1FIVA 1RPIA 4RLDA 4R93A 2BBBA 2O4NA 3SM1A 4JPEA 1FB7A 3EL5A 4CPTA 1FFFC 3UDMA 5P7OA 5P0BA 3PEPA 5P82A 3ZPSA 3K1WA 5P68A 4PYVA 3VFAA 3CKPA 2IGXA 4Y47A 5KAOA 3VYDA 5P6LA 5HDZA 5P42A 3IXOA 4NJUA 3RTNA 3TL9A 3PVKA 1BXQA 6UPJA 2ZJLA 3OGQA 5P1FA 3KF0A 4N00A 5P4HA 1D4LA 3WB5A 4ZSMA 1ZSFA 2PWCA 5OZ0A 4HA5A 2O40A 5OZPA 4A6CA 2Z54A 1HVSA 3CIBA 3NU4A 2WF4A 1HBVA 2G20A 5OZIA 5P17A 3DV1A 4HEGA 3HAUA 5P3HA 5P2FA 2QI1A 5J25A 4GMIA 4R91A 2G1NA 5P2MA 4FSLA 4RVJA 5P1GA 3TOHA 3S7LA 5P7IA 3OAGB 5SZ9A 5P4IA 5P2NA 5P2XA 5OZOA 1MEUA 4J1FA 5P0UA 3D3TA 2QU3A 4LBTA 1K6PA 3L5DA 4Y3EA 1B11A 3AUPA 5TOLA 2VJ9A 1EPME 3IVIA 5I70A 5DQ2A 1UH9A 1EAGA 2QI4A 4GB2A 3OUAA 1GVWA 3VV6A 5P8PA 2I4XA 5P60A 2XFIA 3BUHA 4YCKA 4D88A 4Y3ZA 4XKXA 4J54A 3PCWA 3BRAA 3IA9A 4YBFA 5P12A 5OZ1A 5ISKA 2PH6A 2QI5A 1W5VA 2AOHA 3GGUA 2JJIA 1Z8CA 2VS2A 3OGPA 4Y5AA 5P10A 4GZFA 4PZWA 4Y58A 3S7MA 6FIVA 1A30A 3EMYA 4J1KA 1MSMA 1SGUA 3HW1A 3T7XA 5P7TA 5P33A 1LYBB 5P2GA 3TH9A 2NXDA 5P70A 4CPSA 1SP5A 3DOXA 3I6OA 4ZE6A 5P1NA 1AXAA 5P0FA 3DCRA 2F3EA 4J1EA 5AH8A 5OZVA 5P77A 4CP7A 1IDAA 3RVIA 2NNPA 1MERA 3I8WA 3KYRA 3OQKA 5P66A 4DI2A 3KDDA 5DQ1A 1BV9A 4YDFA 3S2OA 3U6AA 3LPJA 2HPEA 3ER5E 2VJ6A 3OHHA 4I12A 2IS0A 3RTHA 2ASIA 3SA4A 1MUIA 3PWMA 4LHHA 3NDXA 5P2EA 3GGVA 1HSHA 3NDUA 3OQDA 2P83A 5P54A 5P7MA 5P1LA 2AOIA 3ZOVA 1ENTE 3OQ7A 5OZRA 5P8NA 5DQCA 5P16A 5P7KA 5P36A 4H1EA 4J1CA 1J71A 2F81A 3OXVA 4OBFA 7UPJA 5OYZA 2ZJKA 4Q1WA 3CYXA 5OZLA 5C9DA 1G0VA 1ZAPA 5HDVA 5P6QA 4ACXA 1TSUA 3APRE 3T7PA 4RRNA 4Y3JA 3SM2A 5P72A 4FGXA 3H5BA 1APVE 2R9BA 4U7VA 5P5XA 1W6IA 5EZZA 4L1AB 4B78A 5P2LA 4GJ7A 4B70A 4RROA 2PK5A 1A8GA 4Y3WA 4J17A 1T7IA 3KDCA 3TOFA 2QMGA 4J0VA 5P4SA 1MPPA 1W5YA 1DW6C 2G1YA 5OZWA 4Y5NA 5P7RA 2G1SA 2PSGA 5P5CA 1OD1A 4I8WA 3CKRA 5P0TA 5P52A 1K6VA 3ZKGA 3UDJA 1HIHA 3SKFA 1HPXA 2IGYA 3TKGA 1T6EX 4ZPEA 1K1UA 3LHGA 3O9EA 2OHNA 3L3AA 5COKA 3IN3A 2IKUA 4XX4A 4APRE 5P01A 3LZYA 3UF3A 2ZJIA 2B8VA 3SACA 2QCIA 3UDNA 3OU1A 3UHLA 5P7FA 5P0EA 4DJWA 4HDPA 2QI7A 4Y3LA 1YTGA 1PSOE 1MESA 4ZPGA 5AH7A 2I4WA 1WBKA 3VEUA 4Y3AA 1EPOE 5P1EA 2R5PA 5P2IA 2RSPA 1HRNA 2BPXA 2WL0A 4KE1A 5P3QA 3TNEA 1FGCC 5P0AA 3LINA 3AIDA 5AHCA 5P3YA 5P3BA 5P2OA 4B1CA 5P8EA 2FDPA 5P23A 1KJFA 4DV9A 3EC0A 4I1CA 3VYEA 4OBKA 5DR4A 5P3RA 5P0NA 1QBTA 3KMXA 3O9AA 2BKSA 8HVPA 2P3BA 3VUCA 4QJ8A 1M43A 2VNMA 2VA7A 2A1EA 1BV7A 1F34A 1SIPA 2HPFA 4XX3A 5KR2A 4DQBA 5P2ZA 2P3DA 3G70A 4DJQA 1HSIA 2AZBA 3HDKA 2NXMA 1EBZA 3EKTA 4EJDA 2G69A 2R3TA 3TOGA 1QS8A 2QAKA 5P6PA 3PRSA 5IS4A 5DGUA 4YD5A 1HPOA 1UH7A 2I4VA 1YT9A 3N3IA 4X7IA 1DPJA 1RNEA 4KB9A 3R4BA 3EM4A 1FMBA 5P8DA 4YD6A 3QI1A 2BPWA 3GI0A 1HIIA 5P3NA 3IXJA 4Y3HA 4GJCA 5DQ4A 1G2KA 5P8JA 4Y3FA 6APRE 2BB9A 4CPRA 4LAPA 1LF4A 4DJYA 5OZCA 3OXXA 3FNUA 3O9LA 5P3AA 2V0ZC 5P7ZA 4B05A 1A94A 5P6VA 5P1UA 1Z1RA 4APEA 1AVFA 3NDTA 3I25A 1DMPA 4OD9A 3BUFA 3EKQA 1EC0A 5P7HA 3ZPTA 4B00A 1B6PA 3O9CA 2ZYEA 3SA5A 5P6UA 2Q55A 5P3DA 5P32A 3MXEA 1AJVA 1LV1A 4F76A 4Y5BA 1TZSA 2CENA 5P7JA 4OBGA 3WZ6A 1TCXA 3GW5A 5P29A 3O9DA 5P4LA 5I3WA 4YBIA 3EM3A 3CKTA 4OBZA 4JOOA 3QS1A 5KR0A 4RGHA 4Y6MA 5P4KA 4I0DA 5P2TA 4CPUA 5P5QA 2UY0A 5HE7A 4MC2A 5OZ9A 3QVIA 5OZ5A 4F75A 3BC4A 2SAMA 3SFCA 3ZL7A 4HDFA 2ZDZA 5P24A 1FF0C 5E5KA 4R5NA 3D20A 1HVJA 5P71A 4Y5PA 1SDTA 4I0ZA 5P03A 2JYSA 4HE9A 2WKZA 5P6IA 4EHCA 3BXRA 2AOCA 1U8GA 4CMSA 1EC3A 1GNOA 4L7JA 3INHA 4MC9A 2PSUA 2XFKA 5ENMA 4Y4XA 2F80A 5P43A 4B1EA 5P3MA 5P6GA 4Q1XA 2ANLA 2NMYA 1ZBGA 3DV5A 3VSWA 5P0KA 1YTHA 4AUCA 1PROA 5OZ8A 4GJDA 3PMYA 2AOEA 2I4DA 3S85A 3S43A 4Y5MA 2PYMA 2QZXA 5P1SA 1KZKA 4Y53A 5P34A 5P8MA 1QBUA 3OXCA 4HZTA 1FG8C 5P5EA 3LIZA 5P2UA 2R3WA 4LL3A 1SMEA 4EQ0A 2NTRA 5P8UA 5DR7A 1BDRA 4EXGA 1PPLE 5P65A 3RTMA 5P3EA 4YD4A 3SKGA 4PZXA 3KMYA 3CMSA 4TRYA 3OTSA 1B6KA 5P3OA 5P5YA 3UDRA 1FKNA 5KOSA 4RYGA 5FIVA 4DFGA 3PCZA 1D4SA 3NDWA 5P1DA 2ER7E 2ER6E 1BAIA 5P4UA 2ZHVA 1OHRA 1YX9A 4R92A 2QNPA 4TRWA 1K2BA 5P2QA 5P3KA 2R38A 1N49A 3EKWA 2OHLA 3EKPA 2CEMA 2H6TA 5P3CA 2F8GA 1HPSA 5P8RA 3KT5A 4EJLA 4FM7A 4JPCA 5P19A 1EC1A 5P6YA 1XL2A 3GI6A 4K4RA 3G6ZA 5HU1A 5P5GA 3URJA 1C6YA 1UPJA 2P3BB 2I0AA 3TPLA 5OZNA 2H6SA 2PWRA 5P2CA 5IE1A 3SA3A 1APWE 1QBSA 3QVCA 1SMRA 5P37A 1IVPA 2BPVA 4NJVA 3VV7A 4DJVA 4ER1E 5P7PA 1SH9A 5P28A 5P5UA 5OZ4A 1C70A 1LYWA 3KA2A 4FE6A 2UPJA 3U7SA 4ACUA 3QBFA 4Y39A 3DJKA 1GVXA 3RSVA 3QN8A 5P87A 3UDQA 3OXWA 4RZ1A 3PBDA 4K8SA 2MIPA 4D85A 5P26A 3SA9A 4Y5CA 1PSAA 4K9HA 5P85A 3IXKA 2PC0A 3D1XA 5P4BA 5P7SA 4F74A 2VJ7A 1CZIE 1C6XA 4EP2A 1FQ5A 1ER8E 3BVAA 1OEWA 5P6FA 2Q5KA 1FQ8A 5P74A 5DR1A 5HE5A 5P2KA 1W6HA 1CPIA 3SPKA 4L7GA 1BWAA 5P8FA 2NR6A 1HXWA 5P1RA 3LIYA 3O9FA 3T3CA 4Y38A 4M8YA 5OYVA 4DJXA 2OHSA 2PYNA 4OD9B 5P7XA 1AM5A 5P0IA 1T7KA 2R5QA 4FLGA 3UQWA 1W50A 4NKKA 5P5ZA 3LZUA 4J0ZA 2ZJJA 1XL5A 1IIQA 3SA6A 3EXOA 4Y4EA 4EQJA 1FMXA 5P5PA 2ER0E 2NXLA 1FQ6A 3Q6YA 3OTYA 4D83A 4Y4GA 5P1KA 3URLA 4Y4AA 5P3IA 4DJUA 1E81E 1GVVA 1HPVA 2HIZA 4I8ZA 3NWXA 3WZ8A 5P4JA 3D1ZA 3NLSA 3OUDA 4Y41A 5HE4A 1MT8A 2ZGAA 3T11A 4JECA 4Y43A 5HCTA 4H3FA 4F73A 3PI0A 4A6BA 2QI6A 2G1OA 3TTPA 1ZPAA 5P3JA 3WB4A 1GKTA 5P69A 1FEJC 4DUSA 2QZLA 2F3KA 4Y4TA 5P2DA 4Y50A 2QMFA 3NU5A 4I0FA 2FMBA 4FRSA 5P13A 1EBYA 2WEDA 1HVLA 4Y3NA 4ZSPA 3OWNA 3KFSA 5P5KA 2P3AA 5IVQA 4RYCA 5OZ2A 9HVPA 5P35A 4AMTA 1K1TA 5OZAA 4ZSRA 5KOQA 5P05A 3NUJA 4E43A 4Y44A 1Z1HA 4Y3SA 3DK1A 1E80E 2OHKA 1FG6C 3D91A 4AZYA 2JXRA 5P5DA 5BS4A 2ZJMA 1SGZA 2UXZA 2WHHA 3PWRA 1KJHA 5UPJA 4IVSA 5P0MA 5P56A 3VLBA 5P7GA 5P4RA 5HDUA 1LS5A 3QAAA 5OZKA 5P6XA 5OYQA 3D1YA 4TVHA 4OBDA 5DPZA 3U71A 4GJ6A 4IVTA 5P6BA 1BWBA 5HU0A 4RCFA 5AHAA 5P6CA 5P8OA 1YTIA 3O99A 4GIDA 3FV3A 2FIVA 4LC7A 2ZJHA 1HVKA 5P1OA 2G1RA 4DQHA 1ZPKA 2QP8A 3HVPA 1MIQA 1PFZA 3VV8A 5JODA 3DM6A 5P0DA 5AGZA 3BGCA 5P3GA 4Z4XA 4CKUA 1AZ5A 5OZYA 3UDHA 2ZE1A 2AIDA 1PSNA 5P4ZA 5P75A 3HLOA 3F9QA 1K2CA 1MSNA 3Q3TA 3CICA 1LYWB 2APRA 1LF2A 1BDQA 3Q5HA 4OC6A 3O9BA 3EL9A 3VF7A 1SDVA 3ZKMA 1QDMA 5P44A 2RKGA 1HVIA 4U7QA 2WEBA 7HVPA 5P5BA 2JE4A 3UFNA 5P46A 1ME6A 5P84A 3TKWA 4J0PA 2AOFA 4WY6A 4COEA 3WZ7A 5P2BA 5P7AA 5P3PA 4DH6A 3UQPA 4J1IA 2G26A 5P6RA 1EPPE 2AZCA 1KJ4A 5P0WA 2VIEA 2BQVA 3ZKSA 2J9KA 5P8AA 3NWQA 4I0HA 4JP9A 5CONA 4Y5LA 4Y3PA 1HSGA 3QPJA 5P5MA 5P4TA 3PSYA 5AHBA 1OEXA 3HBOA 5I3YA 2CEJA 1FQ4A 3QRMA 1HEFE 1BVGA 2AVMA 3UTLA 1WBMA 5AH9A 2NNKA 5P1MA 5P00A 3IAWA 3Q4BA 2AVQA 2QNQA 3KDBA 3S56A 4I0EA 4Y5GA 5COPA 1HVRA 1F7AA 2V13A 5ISJA 5P6AA 3KFRA 5OYRA 5P3FA 4Y35A 4K4PA 4Y48A 4KUPA 3L5CA 2I0DA 5IVRA 1EBKC 4FRJA 3MSKA 2OHPA 3CYWA 5P5TA 5KR1A 5F00A 3FIVA 5P4VA 4FAEA 3MXDA 4TRZA 5P8QA 4NPUA 2PK6A 2WF3A 3LPIA 3OADA 5P0VA 1NSOA 4HLAA 3RU1A 2OAHA 1APUE 3IN4A 3OUDB 1EPLE 3HD8A 4YD3A 4GYEA 5SY2A 1IZEA 5ER2E 5P67A 3LIXA 4NPTA 1ODYA 5P40A 1BILA 3NXNA 1ODXA 1HHPA 2BPYA 4LXMA 5OZUA 5OZBA 5P5OA 4EPJA 5OYTA 3S53A 3OOZA 5OZZA 1DP5A 2VIZA 3TPRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U8W A;  5HD0 A;  4FL8 A;  5P3Z A;  3IVH A;  2G27 A;  5P50 A;  3O9G A;  3OU3 A;  5P73 A;  2HM1 A;  4QJ7 A;  4Y9W A;  3FKT A;  1B6L A;  4MC6 A;  3OY4 A;  5KQX A;  5PEP A;  1SIV A;  4Y3Q A;  5KQF A;  3PLL A;  5P8T A;  3PSG A;  4Y51 A;  4Y54 A;  2IQG A;  2R8N A;  2ER9 E;  5P1J A;  3DUY A;  3ZKQ A;  3UPJ A;  3K5D A;  3L38 A;  3B7V A;  4Y3X A;  5P3V A;  4Y3D A;  3UQU A;  4Z50 A;  1DAZ C;  1FLH A;  2XYE A;  3PM4 A;  5P8K A;  5COO A;  3NYG A;  1ZP8 A;  2J9J B;  4FM6 A;  5P8G A;  4Y37 A;  4YOA A;  4RRS A;  4EXH A;  5P51 A;  2QD8 A;  5OYW A;  2HC0 A;  2O4L A;  1HTR B;  4L1A A;  3UFL A;  5P8S A;  2B42 A;  2ZHS A;  3IGB A;  1T6G A;  3KM4 A;  5C9B A;  2WEC A;  3QIH A;  1SBG A;  4Y3G A;  4PHV A;  2VA6 A;  5KQZ A;  3NR6 A;  5P6Z A;  3Q70 A;  1HWR A;  4K4Q A;  4A4Q A;  3O9H A;  1DIF A;  1FIV A;  1RPI A;  4RLD A;  4R93 A;  2BBB A;  2O4N A;  3SM1 A;  4JPE A;  1FB7 A;  3EL5 A;  4CPT A;  1FFF C;  3UDM A;  5P7O A;  5P0B A;  3PEP A;  5P82 A;  3ZPS A;  3K1W A;  5P68 A;  4PYV A;  3VFA A;  3CKP A;  2IGX A;  4Y47 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AQU A;  1XE5 A;  1W51 A;  2Q64 A;  5P76 A;  5P2W A;  5P1A A;  5P5N A;  1K6T A;  2QI0 A;  3KFP A;  4J0T A;  3GGX A;  3K4V C;  1EBW A;  2QI3 A;  5P0X A;  2VNN A;  1MRX A;  4HVP A;  4QJ2 A;  5P0Q A;  3WSJ A;  2PMA A;  4FIV A;  2OHQ A;  5SXN A;  3QRV A;  2Z4O A;  5P81 A;  5OZQ A;  4Z2Z A;  2AOJ A;  3N4L A;  5OZS A;  4B72 A;  2IEN A;  3K5F A;  5IVT A;  1EPR E;  4YD7 A;  1EPQ E;  4GJB A;  3OU4 B;  5P7E A;  5P1V A;  3UDK A;  3MSL A;  5P22 A;  1D4H A;  4BFB A;  4YOB A;  3BGB A;  2AZ8 A;  5P7C A;  5OZE A;  1T3R A;  3H0B A;  1EED P;  3FX5 A;  4Y36 A;  3EL0 A;  1VIJ A;  4QLH A;  4XXS A;  3OAG A;  1AID A;  3QRO A;  1XN2 A;  5DQ5 A;  3QBH A;  5P39 A;  5P0J A;  4AA9 A;  2Q3K A;  1XN3 A;  4WY1 A;  5P79 A;  4EJ8 A;  5DGW A;  1TW7 A;  1HXB A;  3HVG A;  2FDD A;  4LXK A;  4Y5E A;  1HIV A;  4Q1Y A;  4PEP A;  4FCO A;  5P3X A;  5P4P A;  3OQF A;  5P1B A;  1YTJ A;  2HB4 A;  4PPH A;  1AJX A;  3SQF A;  5P5S A;  4DJR A;  3ZMG A;  2Q11 A;  2WF0 A;  3NXE A;  2ZHT A;  1XS7 D;  4DQC A;  5P48 A;  5P5V A;  1HEG E;  3INE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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