2AOEA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a substrate analog ca-p2
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aoeA00
5P6DA 3S53A 1ZJ7A 2AIDA 1BWBA 5P0HA 5P5BA 5P75A 2I1AA 5P61A 4Q1NA 2F3EA 5P1MA 2APRA 1FQXA 5P1KA 5OZKA 3NDTA 5P15A 3LZVA 4EYRA 3UDPA 1HTEA 5P44A 3ZKQA 2BKSA 5P7ZA 4KE1A 2EWYA 4DJVA 5P8DA 4K4RA 3TPPA 4ZSMA 5AHCA 4KUPA 2B42A 3QROA 2ASIA 4RYCA 1MTBA 2CEJA 1DPJA 2HS2A 2AODA 3S54A 2BPWA 3UQWA 5P4IA 4Y5CA 1AJVA 2UPJA 3S45A 3NWQA 5P27A 2P83A 5HDXA 3L5BA 1AM5A 3I2LA 4GJCA 3D1XA 2R5QA 4FE6A 3VLAA 2PC0A 4DJYA 1BXOA 5KQZA 3S7MA 3KFNA 4TRWA 5P3FA 5P2CA 1XE5A 4MC1A 5P3YA 3T11A 5P3XA 3SACA 2QAKA 4H3JA 1F34A 3SA4A 3GI4A 5DPZA 3TOHA 4L1AB 3KFSA 4Y51A 1YTJA 4J1HA 4I0ZA 2WEAA 2QI1A 3Q5HA 2BPYA 3GGXA 1PPLE 2RKFA 3UFNA 4Y39A 5P1HA 5P1VA 3FV3A 1EC0A 1QRPE 5P0QA 5P60A 3BVBA 3VSXA 4TRZA 4HEGA 3BGCA 3NYGA 4GYEA 5OZLA 2F8GA 3SABA 4CPQA 4OBGA 1AIDA 1K2CA 1XE6A 3Q4BA 4CPUA 3T7XA 4Y5LA 4FL8A 3KDDA 1BDLA 4GMIA 2FIVA 4EPJA 2ZYEA 2QHZA 1B6MA 2BBBA 3QIHA 3WB4A 5P07A 5OYQA 5P17A 3K5FA 2AVMA 4Y3SA 5P5LA 2OHMA 5P77A 2FMBA 3OUBA 4LXMA 3CKTA 5P3SA 5P2DA 3R1GB 4AA9A 1IVPA 5KR1A 5EZXA 4FRJA 5P25A 3C9XA 2FXDA 5P5YA 3FIVA 5P0MA 2IRZA 4RCDA 4YOBA 5P1BA 3EM6A 4JOOA 3SM1A 2B7ZA 5P1RA 4R91A 4DJRA 1PROA 5OZBA 2G1OA 5P2UA 5P72A 4H1EA 5P2MA 4B0QA 1META 1DAZC 1TZSA 1QS8A 5KOQA 5KAOA 4PZXA 4AA8A 5P49A 2G20A 3UPJA 5P5CA 3D3TA 5P1NA 3ZMGA 1LYAA 1HPOA 4LHHA 1B5FA 1Z1RA 3O9GA 5DQ4A 3CYXA 1AZ5A 3I8WA 5P6GA 2IKUA 4K9HA 5P1QA 3KFRA 5P8VA 4J0ZA 4EXGA 5P8GA 5P4ZA 3GI0A 5P54A 1B6PA 1FLHA 5F01A 5P6LA 1XN2A 2FGVA 3OQAA 1YTHA 4HA5A 5B18A 3WZ7A 1YM2A 3CKPA 1FB7A 5P7QA 1FG8C 3OUCA 4Y4DA 1M4HA 4J1FA 5P2SA 3RTMA 2AOJA 1B6KA 9HVPA 1QBTA 4TVHA 2QNPA 5EZZA 2PH6A 5P84A 4PHVA 5OZ1A 1K2BA 1KJ7A 1EAGA 1W5WA 2QMGA 3INHA 5P69A 4J0PA 5UPJA 4YDGA 4CPRA 4LL3A 2QHYA 5P4VA 1PSNA 4B77A 4FSLA 3FNSA 2BPVA 2R3WA 2IQGA 5P04A 4DQCA 4ZPFA 1T7IA 5P2VA 5I3WA 2HB2A 4LC7A 1SGZA 2WF2A 2XFIA 3HDKA 5OZQA 4B70A 2WEZA 2OHSA 4Y3YA 5IE1A 5HU1A 5P8HA 1FEJC 4Q5MA 3ZOVA 4NPUA 3VV7A 1SH9A 5COKA 5P10A 4OC6A 2ANLA 4F74A 4YD6A 1NPWA 2Q63A 3OTSA 2FDEA 2VJ6A 5P4NA 2ZJKA 4L1AA 4DJQA 1APTE 3OXXA 4BFDA 3LZYA 3DM6A 3ZKXA 1EPQE 1EPPE 5P1ZA 3SA3A 3D1ZA 4OBHA 2QNQA 5P6KA 4EP3A 5P64A 4FCOA 4Y3MA 3FSMA 2QD6A 3OU4B 5P3EA 3K5GA 3OXWA 5AHAA 5P1FA 2QHCA 3UDMA 3QP0A 5HCTA 5P5MA 1LEEA 4Y4TA 3F9QA 5P5VA 5BS4A 3NUOA 4XKXA 1VIKA 3PSUA 3I25A 2NXLA 1IDAA 2JJIA 3DK1A 1FQ4A 2FDDA 3ER3E 5P8MA 4HE9A 4Y3DA 2V16C 4R95A 2O4KA 6UPJA 3MSJA 4APEA 4E43A 3QRSA 2VIEA 5COPA 3MXDA 2IEOA 4QJ9A 5P1YA 1KJGA 2OHUA 4DJPA 1MRXA 1AJXA 1CMSA 1FKNA 1PFZA 3PCWA 2JYSA 5P3QA 5P0AA 5P5XA 3PM4A 2NNPA 3BVAA 4OBDA 5P4PA 1QBUA 3T7PA 3NWXA 3LIZA 6APRE 2HPEA 1APUE 4TRYA 1EPRE 3N4LA 3Q3TA 3URIA 3ZKGA 4Y3LA 5AHBA 1RL8A 5C9DA 2H6SA 3VF5A 5OZ0A 3SKGA 2ER7E 4J0YA 1MT9A 2WEBA 3H5BA 5P3LA 5P8FA 2ZHUA 1W50A 1HVHA 1UPJA 5DR0A 2PYMA 3BC4A 4I8ZA 5P48A 4F76A 1MEUA 3PHVA 5OYTA 1IDBA 3SA7A 5P2ZA 1APWE 1CPIA 3SAAA 5SXNA 3U71A 4R5NA 4ACUA 2I4DA 2I0DA 5P32A 2QZKA 4BFBA 2QU3A 1IZEA 4YBIA 4AZYA 1APVE 2WF4A 4QJ6A 5HDVA 5P81A 5P82A 4ZLSA 5P3WA 5P1XA 4Y3ZA 1SP5A 5P2HA 2OHTA 4RRSA 4D85A 2QMFA 3BXRA 5P0IA 5P8OA 3UF3A 3I7EA 3U6AA 2IGXA 5I3YA 5P52A 4DJUA 5OYXA 2VNNA 4B72A 3R0WA 1LF2A 2QNNA 4JP9A 3OQFA 3MWSA 5HDUA 3UQXA 3DJKA 5P0WA 3NDUA 1SDVA 1C6ZA 5HD0A 3M9FA 2VIYA 5P4WA 1HSGA 2R8NA 5P2AA 1ER8E 4Y3QA 3D20A 5OZIA 4K8SA 4D89A 4FM8A 4MC9A 1A94A 2Q5KA 5P51A 5DR4A 4JPEA 2QD7A 4YD4A 1LF4A 5P8TA 3BXSA 3EKPA 1HSIA 1FQ6A 5P7EA 4J54A 7UPJA 5P3HA 5P6SA 4DVFA 4Y38A 1HXBA 4EJ8A 3ST5A 4M8YA 1PPME 4RYGA 5P5EA 1SBGA 1KJHA 4YDFA 2P8HA 5P0YA 5P39A 3OU4A 3MSKA 3INFA 4PZWA 4OBZB 3S56A 5P7CA 3PSYA 3RSXA 4GJ8A 3OQ7A 5P4CA 5P0KA 5OYUA 2QP8A 5P5KA 5P06A 5P36A 1BDRA 5P58A 1BIMA 3SKFA 5OZXA 3IN3A 3PI5A 5F00A 2ZJMA 5HDZA 5J25A 5P87A 3SPKA 2QI7A 5OZMA 5P0VA 4QJAA 4DI2A 3CYWA 5OZTA 5P7PA 2PWRA 4Y3HA 2B7FA 4ZSRA 1Z8CA 4ZPEA 5OZ4A 3PJ6A 1YTIA 4XXSA 1TSQA 2HB3A 2XYFA 3VSWA 1FQ7A 3DV5A 5P47A 1MT8A 2V0ZC 4B1EA 5P37A 4GJ7A 4B78A 1SDUA 3TTPA 2AOIA 4A4QA 1DW6C 5P0ZA 5P1JA 3TL9A 2NR6A 5P5DA 5P35A 3LIVA 2FXEA 1G2KA 1LYWB 4Y3TA 4WY1A 2HS1A 5P7VA 4LXAA 5OYRA 5P6VA 5AH6A 4Y3GA 1EPOE 5P0UA 1EEDP 5P8PA 5DR7A 3QRMA 5OZVA 3NU5A 1IZHA 1EC1A 3O9IA 3IVIA 5P8IA 1ODWA 2VIZA 5HE4A 4OC6B 5P5IA 5OZ9A 3AIDA 3R2FA 4DPFA 3L38A 4B1CA 1D4JA 1SIPA 5P33A 5P76A 5P0RA 3PWMA 1B6JA 2NNKA 4FIVA 5HVPA 5P2NA 5P5HA 4Y54A 5P5JA 4ZPGA 1XN3A 4DJWA 4DQFA 3ZL7A 4ER2E 2WKZA 5P7IA 5P6MA 1B6LA 3NDXA 3BUHA 4EP2A 4FAFA 1BVGA 4XX3A 1HTRB 1A8KA 5ENMA 4Y5KA 1EPME 4J1IA 4L7GA 3O9FA 5P66A 4OBFA 2AOHA 4Y3NA 4FGXA 5P1AA 2ZHRA 2AOGA 1D4HA 3O99A 5DQ5A 3TKGA 5P11A 5OZ3A 4Y3FA 5P45A 5P1WA 4HDPA 5P8SA 4S1GA 5P7BA 3VG1A 3PWWA 1B11A 4GJ9A 5P2TA 2PH8A 3UDNA 4AUCA 3G72A 2NPHA 1FFFC 5OZCA 5P31A 5E5JA 3RU1A 5P29A 4Y9WA 3K5DA 4RGHA 3UDJA 3GGVA 3BHEA 4Y5GA 3UDKA 5P4BA 5P4FA 4FRSA 2G27A 1HIVA 4LBTA 3SQFA 4L7JA 3HAUA 3SA5A 3EKWA 2G69A 5P4QA 1FG6C 4EJLA 5P0TA 4I0EA 2SAMA 3WSJA 3EKVA 1T6GA 5P3CA 5P6PA 4EQJA 4OBZA 3IVHA 4CPTA 5KOSA 4Y50A 5P0JA 2R38A 5P23A 5ISJA 2FGUA 2CEMA 1ODXA 1MRWA 1T3RA 1N49A 1SGUA 1HEFE 4Y4BA 3IN4A 4YE3A 2B8VA 5ISKA 5P19A 5P73A 4J55A 3PLLA 3OWNA 5P09A 2AOFA 4GIDA 2VJ7A 3VV6A 5KQXA 4Y3EA 5KR2A 2QI5A 3EL5A 4D88A 5OZPA 5OYYA 3OTYA 3I6OA 2ZE1A 2OAHA 3QBFA 2VA7A 3PMYA 2AVSA 3G6ZA 3LPJA 5P2YA 3HLOA 4R92A 1MTRA 2A1EA 2OHKA 2VNMA 5DGUA 4Y5MA 3G70A 1BVEA 1GNMA 5P71A 5P4TA 2V00A 5P1TA 5P4AA 4Y53A 1K1UA 2IL2A 3ZPUA 5P68A 5P8RA 3VCMA 3K5CA 4RZ1A 1LYWA 3SA6A 3PBZA 3CMSA 1PSOE 5P7XA 4RVJA 3B80A 4YCTA 3UCBA 2J9JB 1EBYA 3RTHA 4EJDA 5P4XA 3UDHA 1SMEA 3VEUA 5OZRA 5OYSA 3NU6A 2AQUA 4CMSA 2O4SA 3LIQA 1W5YA 3UDYA 4NJSA 5P2OA 2PQZA 5I70A 5P83A 4U7VA 5SZ9A 3Q6YA 2BKTA 3ZKSA 4YD3A 1ZP8A 2VS2A 4I8WA 1QBRA 1T7KA 1ZPAA 4QGIA 1RV7A 3O9BA 4Q1WA 5P4EA 2RENA 2RMPA 2AZ9A 4DQEA 5P4DA 1PPKE 5P7TA 4H3GA 5P5WA 4I12A 3S7LA 2I4UA 5P7HA 5P7GA 2PYNA 1KJ4A 2V11C 1YG9A 5P6TA 4YD5A 1PSAA 4RROA 3EL1A 3FNUA 3Q70A 5P6XA 1AVFA 5P01A 4JECA 3LIYA 5P8EA 4DPIA 2CENA 2P3DA 5P3KA 4GZFA 1MERA 3DV1A 1EPNE 5P7JA 3KT2A 3D91A 5P6AA 5P1SA 5P7WA 3QAAA 4Y58A 1HIHA 2G24A 3EKTA 1C70A 1HVJA 3OGPA 4NJUA 3OADB 1GVWA 3K4VC 5P38A 4I0IA 2ZJJA 3OQKA 5P1PA 3CIBA 3RSVA 4PEPA 1OHRA 4I0FA 1FQ8A 5P22A 3S85A 3L5FA 5P1UA 3QRVA 5P0NA 5OZEA 5P2JA 2R5PA 5P7OA 5SY3A 4U8WA 1A9MA 4J1KA 5P1OA 5P5OA 1KZKA 2I4WA 1TQFA 5KQFA 4H3IA 4QJ7A 3L3AA 4N00A 4Y35A 2I4VA 1HVRA 1A8GA 3VFBA 1D4KA 3NR6A 2ZJHA 3OOZA 4Y3AA 4X7IA 5P8NA 3QPJA 2O40A 4RLDA 1DP5A 1SDTA 5P3IA 5P6RA 2J9KA 5P8UA 7HVPA 1HEGE 2PK5A 2JJJA 5P5SA 1YM4A 1MPPA 3JVWA 3U7SA 4R93A 5HU0A 1FF0C 5P6BA 5I3VA 5P4MA 4FM6A 1C6YA 4QLHA 2H6TA 3IAWA 3L59A 5OZ7A 5P1DA 1BDQA 1BILA 5BRYA 2HAHA 2ER0E 4YD7A 1T6EX 3URJA 1IZIA 5P8QA 4KE0A 1W51A 5P8KA 5KR0A 2HB4A 2Z4OA 3O9DA 4FRIA 3NXNA 5C9BA 4CPSA 3HAWA 5P4KA 5P0OA 4DFGA 3OGQA 2IENA 3NU3A 3OXCA 1ZLFA 2V12C 2Q55A 3S43A 5P4OA 1GNOA 2WF3A 5P4LA 1XL2A 4DQGA 2J9JA 4A6BA 3SA8A 1BXQA 1C6XA 5P0EA 1T7JA 5KQYA 4FLGA 3PWRA 4EJKA 1DIFA 2VJ9A 1HRNA 3TPRA 2R3TA 3KDCA 5P2QA 5APRE 1AAQA 5P3PA 4DUSA 3IGBA 2G26A 1A30A 3QVCA 2QZXA 3O9CA 3VFAA 5P4SA 2P4JA 1JLDA 3OHFA 2V13A 3BRAA 3KMYA 3KN0A 3ER5E 3EXOA 3OUAA 4HDFA 3PLDA 1EBKC 1HXWA 5P62A 3UFLA 1XS7D 5OZAA 4Y37A 3KF0A 2OF0A 2JXRA 3ZKNA 5P65A 3HW1A 5FIVA 5P0LA 3NUJA 1HIIA 2R9BA 2F3KA 5OZ6A 5P2GA 1J71A 2G1NA 4IVSA 4Y3WA 2O4LA 5IVQA 1M43A 1XDHA 5P2BA 2I4XA 3OU1B 2QD8A 3GI6A 3OOTA 5OZSA 4XX4A 4J1EA 5P2LA 3JVYA 3R4BA 3PB5A 4BELA 3KFPA 5P5TA 1G6LA 3ZPSA 1GVVA 2QMDA 5P67A 1HPXA 2QI3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6D A;  3S53 A;  1ZJ7 A;  2AID A;  1BWB A;  5P0H A;  5P5B A;  5P75 A;  2I1A A;  5P61 A;  4Q1N A;  2F3E A;  5P1M A;  2APR A;  1FQX A;  5P1K A;  5OZK A;  3NDT A;  5P15 A;  3LZV A;  4EYR A;  3UDP A;  1HTE A;  5P44 A;  3ZKQ A;  2BKS A;  5P7Z A;  4KE1 A;  2EWY A;  4DJV A;  5P8D A;  4K4R A;  3TPP A;  4ZSM A;  5AHC A;  4KUP A;  2B42 A;  3QRO A;  2ASI A;  4RYC A;  1MTB A;  2CEJ A;  1DPJ A;  2HS2 A;  2AOD A;  3S54 A;  2BPW A;  3UQW A;  5P4I A;  4Y5C A;  1AJV A;  2UPJ A;  3S45 A;  3NWQ A;  5P27 A;  2P83 A;  5HDX A;  3L5B A;  1AM5 A;  3I2L A;  4GJC A;  3D1X A;  2R5Q A;  4FE6 A;  3VLA A;  2PC0 A;  4DJY A;  1BXO A;  5KQZ A;  3S7M A;  3KFN A;  4TRW A;  5P3F A;  5P2C A;  1XE5 A;  4MC1 A;  5P3Y A;  3T11 A;  5P3X A;  3SAC A;  2QAK A;  4H3J A;  1F34 A;  3SA4 A;  3GI4 A;  5DPZ A;  3TOH A;  4L1A B;  3KFS A;  4Y51 A;  1YTJ A;  4J1H A;  4I0Z A;  2WEA A;  2QI1 A;  3Q5H A;  2BPY A;  3GGX A;  1PPL E;  2RKF A;  3UFN A;  4Y39 A;  5P1H A;  5P1V A;  3FV3 A;  1EC0 A;  1QRP E;  5P0Q A;  5P60 A;  3BVB A;  3VSX A;  4TRZ A;  4HEG A;  3BGC A;  3NYG A;  4GYE A;  5OZL A;  2F8G A;  3SAB A;  4CPQ A;  4OBG A;  1AID A;  1K2C A;  1XE6 A;  3Q4B A;  4CPU A;  3T7X A;  4Y5L A;  4FL8 A;  3KDD A;  1BDL A;  4GMI A;  2FIV A;  4EPJ A;  2ZYE A;  2QHZ A;  1B6M A;  2BBB A;  3QIH A;  3WB4 A;  5P07 A;  5OYQ A;  5P17 A;  3K5F A;  2AVM A;  4Y3S A;  5P5L A;  2OHM A;  5P77 A;  2FMB A;  3OUB A;  4LXM A;  3CKT A;  5P3S A;  5P2D A;  3R1G B;  4AA9 A;  1IVP A;  5KR1 A;  5EZX A;  4FRJ A;  5P25 A;  3C9X A;  2FXD A;  5P5Y A;  3FIV A;  5P0M A;  2IRZ A;  4RCD A;  4YOB A;  5P1B A;  3EM6 A;  4JOO A;  3SM1 A;  2B7Z A;  5P1R A;  4R91 A;  4DJR A;  1PRO A;  5OZB A;  2G1O A;  5P2U A;  5P72 A;  4H1E A;  5P2M A;  4B0Q A;  1MET A;  1DAZ C;  1TZS A;  1QS8 A;  5KOQ A;  5KAO A;  4PZX A;  4AA8 A;  5P49 A;  2G20 A;  3UPJ A;  5P5C A;  3D3T A;  5P1N A;  3ZMG A;  1LYA A;  1HPO A;  4LHH A;  1B5F A;  1Z1R A;  3O9G A;  5DQ4 A;  3CYX A;  1AZ5 A;  3I8W A;  5P6G A;  2IKU A;  4K9H A;  5P1Q A;  3KFR A;  5P8V A;  4J0Z A;  4EXG A;  5P8G A;  5P4Z A;  3GI0 A;  5P54 A;  1B6P A; 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 5SXN A;  3U71 A;  4R5N A;  4ACU A;  2I4D A;  2I0D A;  5P32 A;  2QZK A;  4BFB A;  2QU3 A;  1IZE A;  4YBI A;  4AZY A;  1APV E;  2WF4 A;  4QJ6 A;  5HDV A;  5P81 A;  5P82 A;  4ZLS A;  5P3W A;  5P1X A;  4Y3Z A;  1SP5 A;  5P2H A;  2OHT A;  4RRS A;  4D85 A;  2QMF A;  3BXR A;  5P0I A;  5P8O A;  3UF3 A;  3I7E A;  3U6A A;  2IGX A;  5I3Y A;  5P52 A;  4DJU A;  5OYX A;  2VNN A;  4B72 A;  3R0W A;  1LF2 A;  2QNN A;  4JP9 A;  3OQF A;  3MWS A;  5HDU A;  3UQX A;  3DJK A;  5P0W A;  3NDU A;  1SDV A;  1C6Z A;  5HD0 A;  3M9F A;  2VIY A;  5P4W A;  1HSG A;  2R8N A;  5P2A A;  1ER8 E;  4Y3Q A;  3D20 A;  5OZI A;  4K8S A;  4D89 A;  4FM8 A;  4MC9 A;  1A94 A;  2Q5K A;  5P51 A;  5DR4 A;  4JPE A;  2QD7 A;  4YD4 A;  1LF4 A;  5P8T A;  3BXS A;  3EKP A;  1HSI A;  1FQ6 A;  5P7E A;  4J54 A;  7UPJ A;  5P3H A;  5P6S A;  4DVF A;  4Y38 A;  1HXB A;  4EJ8 A;  3ST5 A;  4M8Y A;  1PPM E;  4RYG A;  5P5E A;  1SBG A;  1KJH A;  4YDF A;  2P8H A;  5P0Y A;  5P39 A;  3OU4 A;  3MSK A;  3INF A;  4PZW A;  4OBZ B;  3S56 A;  5P7C A;  3PSY A;  3RSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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