2AOEA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a substrate analog ca-p2
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aoeA00
5OZDA 2BQVA 5P5QA 3KT5A 3KFRA 1TSQA 5SXNA 1GNMA 1FG8C 3D20A 3O9GA 3PHVA 1KJ7A 3Q70A 2VA6A 5P8CA 1HPOA 5P5FA 5P2DA 4Y3NA 1HTEA 4DJRA 5P5KA 1ZP8A 1MEUA 1FMXA 3K5GA 2HPFA 1B6PA 1EPRE 5DQCA 3EKTA 5P7BA 4XX3A 1TW7A 4FAEA 4L7HA 1EBWA 3LIQA 5P18A 1LYAB 1LF4A 2I0DA 1ZTZA 2ZHRA 4B1DA 3MXEA 4J0TA 2HB3A 3ZKQA 2WECA 1FGCC 1NPVA 4Y48A 5P1YA 4ACUA 5OZVA 4AUCA 2QNNA 5P0CA 5J25A 4PZWA 5P1QA 5P5WA 5P4UA 5P5JA 4EJDA 5OZTA 5P2KA 5P5GA 4Y3MA 2AZCA 4Y3FA 2NMZA 2G20A 2AVOA 1JLDA 5IS4A 1GKTA 5P7TA 1HXBA 5P00A 4Y4ZA 1UPJA 3NUOA 3SA8A 2F3EA 1LV1A 1W6IA 2G94A 3HD8A 2VIYA 2XYEA 4Y3SA 4GJAA 5OYZA 3KYRA 5P0JA 1META 2FIVA 2IEOA 4CPWA 4ZSMA 3PEPA 1D4KA 2FDEA 3HDKA 4A4QA 3URLA 2AOHA 2G1NA 4OBHA 4F73A 5P3MA 2PWRA 3S56A 4DQBA 2FS4A 1FMUA 1TQFA 3S2OA 1W5WA 4YCKA 5AH7A 4HZTA 3QP0A 3EL9A 2VA5A 2OHNA 4DV9A 5P0HA 3HVGA 5P0UA 1FQXA 5P88A 4LXMA 1Z1RA 1NPAA 5P2CA 4Y3XA 2WL0A 2IRZA 5P0RA 7UPJA 2FXEA 2FMBA 4ZSRA 4R8YA 4NJUA 3PCZA 4DJYA 5IE1A 4FM6A 1MRWA 2I1AA 1PSNA 3SLZA 3JVWA 3B80A 1FQ7A 3G70A 5ER1E 3OK9A 3VFBA 1K6CA 3UFNA 5P2MA 2BPVA 5P8NA 1EC0A 3S45A 3AUPA 5DR4A 3DV5A 2VKMA 3LZYA 4Y3WA 1MTRA 2JXRA 3OHFA 3T7QA 3OXVA 4OC6B 2OHKA 4RCFA 2V11C 5OZWA 3NR6A 4GJ5A 3PWRA 1IVPA 3QBFA 4L7JA 3RTMA 3R2FA 2PK6A 4FAFA 3H0BA 2A1EA 4Y38A 5P1ZA 1MESA 5P09A 5P7IA 2RKGA 3PMUA 4Y4TA 4GIDA 2I4QA 3O99A 4YOAA 1LYAA 3FX5A 5P31A 5P01A 3EBZA 2IDWA 1DAZC 2CEMA 5P6WA 3CKTA 3IAWA 3IVHA 1AJXA 1GVUA 5P7XA 5P2RA 1ZPKA 3FNUA 5P1BA 1FB7A 1T7KA 2OAHA 2ZDZA 5P6TA 5P5VA 1HSHA 5P61A 1HSGA 1MSNA 4YD7A 1QBSA 4F75A 2VIJA 4PYVA 1NSOA 1T3RA 1IZIA 2OHLA 3EC0A 4Y43A 5P82A 2I4XA 4EP3A 5OZ6A 5P16A 5OZQA 4DQEA 3NYGA 5KR2A 3VV8A 5KQYA 5P60A 4L1AB 5P6PA 1WBKA 4LHHA 3D1ZA 5P7PA 3WZ7A 5P6LA 5P4TA 4GZFA 3Q3TA 3SKFA 5OYXA 5P14A 4DJPA 3EL1A 4B72A 5AHAA 5P1PA 5P0ZA 5P6ZA 5P6IA 5IVTA 4OBJA 4QJ8A 5P1MA 5DQ1A 3APRE 1B5FB 2PSVA 5P2SA 5DQ5A 5FIVA 3KDCA 3S85A 3NDUA 3EKPA 1SP5A 5KQXA 5P7GA 4DJXA 5P8RA 4I1CA 1HVKA 3QRMA 5P2QA 3KA2A 5P3CA 4J1CA 1YG9A 4Q1XA 3PSGA 2QD6A 5HU1A 1E81E 1IDBA 5P64A 5P38A 5P79A 2ASIA 3QBHA 4Z4XA 3B7VA 4B77A 1HTGA 5P4JA 3VFAA 2O40A 3HAUA 2XYFA 4OC6A 4I0FA 5P1TA 5AH6A 5P3FA 4L6BA 1FLHA 5P7WA 4EJLA 5P75A 2QMPA 5P83A 2QI6A 3TKGA 5P67A 4MC9A 4Y41A 5P0IA 2ZHTA 4HLAA 3PBDA 2ZHUA 4QJ2A 2G26A 4RVXA 3OQ7A 3TNEA 5ISKA 3UTLA 4GJCA 1E5OE 2QZKA 4CPRA 2EWYA 1FF0C 3U71A 5P48A 5E5KA 1A8GA 4K4QA 4J1KA 3UHLA 5P1AA 4R5NA 3SM1A 5P47A 3UQUA 5P4RA 4Y4BA 1B11A 3O9AA 2G1SA 5P36A 1WBMA 3QS1A 4Q1WA 3D1XA 5SY3A 2PH6A 3DM6A 5OZMA 3EKYA 4D89A 3PBZA 1BXQA 4EHCA 1A30A 2IL2A 4DFGA 3KFSA 5AHCA 5P1EA 3WZ8A 2FGVA 4B1CA 4NKKA 3SM2A 3HBOA 1RQ9A 2WEDA 2F81A 4LAPA 5P2YA 3KDBA 2AVMA 5P8AA 4BELA 1KJGA 3MXDA 1GNNA 4FLGA 3QI1A 5P28A 1SH9A 3MSLA 5P1GA 3HLOA 1YTJA 4L1AA 5P5IA 3GGVA 1MIQA 3T7XA 4Y4WA 1BAIA 4Y50A 1YTGA 1HOSA 5OYQA 4Y58A 4PPHA 2UXZA 1K2CA 4GJ9A 5P17A 5P4PA 4ACXA 1D4JA 3NU4A 5P8MA 4DJUA 2FDDA 5P3IA 1BDRA 1B5FA 1EPQE 1AZ5A 4Y5NA 5UPJA 5P6FA 4Y3JA 1MUIA 4BFDA 2V13A 5OYWA 1XE6A 3WB5A 2QI4A 5P3ZA 3BVAA 2PSUA 3S7MA 1AM5A 3BUGA 5P2IA 3SPKA 4MC1A 3CYWA 2F8GA 2IENA 3FSMA 5P5SA 2A4FA 4QGIA 3T6IA 1W6HA 5HE5A 2AZBA 1C6XA 5P4YA 1LZQA 4LXAA 4Y54A 1M43A 3NXEA 2APRA 3UCBA 2P3BB 1OD1A 2BKSA 1HEGE 3TPPA 1CZIE 4NPUA 5P2HA 5P4DA 5P1SA 3K5FA 5OZFA 3C9XA 4Q1YA 2V00A 2NPHA 4QJ6A 3CIBA 7HVPA 1IZEA 5P0WA 5P0BA 2MIPA 3PB5A 5P32A 1ZBGA 4EWOA 3LIVA 4ZEAA 3UDHA 5DR0A 5OZ1A 4KUPA 1BIMA 1HPVA 5P8EA 3SAAA 5P41A 4LBTA 5P19A 3LPIA 2O4KA 3OUBA 3ECGA 1ENTE 4ZPEA 5P55A 5P5LA 5P6UA 2ER0E 4HA5A 4RZ1A 5P4KA 1D4HA 5P13A 2AZ9A 5P7QA 2QU2A 5P3BA 2R3WA 3D91A 5P11A 1HVHA 5P0PA 5BS4A 4Y3YA 5HDXA 5P3YA 4Y3RA 1LEEA 1LYWB 2Z54A 3ZOVA 3K4VA 2QI7A 5P42A 5P6DA 4PEPA 5P6MA 1MT9A 1EBKC 3U7SA 2BJUA 1K1UA 1PPME 5F00A 1APVE 1K6PA 5P5BA 5KQFA 3ZKSA 4RYGA 4I10A 3SA9A 3UPJA 1A8KA 2JYSA 4Y6MA 3BRAA 1PPLE 5P3GA 2I4VA 5P0GA 1OEXA 5P05A 1IVQA 4Y5LA 4PHVA 3BVBA 3IVIA 5P0AA 4K8SA 5P5RA 5P4EA 5CLMA 5P0TA 1HVSA 4X2LA 2P8HA 5OYUA 2XFIA 5P46A 2P4JA 1M4HA 3K5CA 5P54A 2QNQA 4I11A 3O9IA 5P74A 2B7FA 2XFJA 2ZJHA 4Y3ZA 2G1RA 3OXXA 5P4CA 2WF4A 3ZPTA 1G35A 3EL4A 4I8WA 5P2XA 5P0DA 5P6BA 1QBTA 2VJ7A 4R93A 4A6CA 1F34A 1EPPE 4RCDA 1EAGA 5P71A 1SDUA 1AIDA 5IVQA 2IKUA 4B1EA 3UDNA 4EXHA 3VF7A 3PSUA 5OZEA 2P3BA 3OOZA 3AIDA 3L58A 3LIXA 3VV6A 3RTHA 3PJ6A 1SIVA 1RNEA 5HVPA 2QMFA 5P43A 3EM3A 4WTUA 5P8KA 5P1DA 1HHPA 5P5TA 4OBZB 2IS0A 4M8YA 2Q11A 5P3TA 5P2NA 3URJA 5P0XA 4Y3DA 3RSVA 3NDTA 2QMDA 2O4NA 2RSPA 4Y44A 2AVQA 5OZLA 5P7AA 2VNMA 4GJDA 3KMXA 2BPYA 2WF3A 4I0HA 2FXDA 2Q3KA 5P1NA 1E82E 2OHUA 3NDXA 3UDKA 4IVSA 1GVWA 5P3UA 3RTNA 3SKGA 5OZ7A 4I8ZA 3OU1B 5P4OA 1GVTA 4LXKA 3KDDA 4CPXA 4E43A 2ZGAA 3D1YA 2R9BA 3SFCA 1K6VA 4TRYA 1B6LA 2B42A 5P5PA 3ZKMA 3PWMA 5EZZA 5P2EA 2AQUA 4Y5AA 4FM7A 4NJSA 3FIVA 5JODA 2ER6E 1LYWA 2VS2A 4D83A 4HDFA 1PFZA 5P7OA 4YBFA 4BEKA 3VF3A 4AA9A 3VEUA 1CMSA 3L5DA 4QJAA 5P8VA 2ZJJA 5P29A 1PSAA 5P2BA 5P7LA 2R3TA 2PSGA 1Z1HA 5ENMA 5OYYA 5P7ZA 3L3AA 4HEGA 5C9BA 1T7JA 5SZ9A 3O9FA 2HC0A 4H3GA 5P5UA 4YE3A 3NU5A 5P12A 4J1FA 3KFNA 5IVSA 2QZXA 5DR7A 3FV3A 3PMYA 1DPJA 1SGUA 3OGPA 3DCKA 1SIPA 3PLDA 3FKTA 2RKFA 4MC2A 1MPPA 5P78A 5P4NA 3DK1A 4ZSPA 1HVLA 3QROA 3ZMGA 4YDGA 4Y45A 1BVEA 3JVYA 1FQ4A 3NU6A 5KR1A 1IZHA 1T6EX 5P81A 2IKOA 1XE5A 1EBZA 1AVFA 3UDMA 4TVHA 3VSWA 3GI5A 2PYNA 1HPSA 4MC6A 1IIQA 3IN4A 5P5MA 2NXMA 3VV7A 3BGBA 3EKXA 3DOXA 3I8WA 2BB9A 3PGIA 2VNNA 4OBFA 4Y3PA 3L38A 5OYVA 3IGBA 4I0IA 5P73A 3UDRA 4FL8A 4J1IA 2F80A 2PH8A 2HIZA 4OBZA 4Q1NA 5P4HA 5P4BA 5P1FA 1PSOE 3BHEA 1HVIA 2R5QA 3QIHA 4H3IA 1W5XA 4Q5MA 4BFBA 2UY0A 2I4WA 5P33A 4Y5PA 5P8UA 5P8SA 2B8LA 5EZXA 5OZAA 5P6GA 3SO9A 2Q64A 4YD3A 5OZUA 3GI4A 4YD5A 3RSXA 3LZUA 5DGWA 3OU1A 2VJ9A 1HWRA 3O9HA 4GB2A 5P3HA 2WEAA 2O4PA 1E80E 2B60A 1Q9PA 3PVKA 1ZPAA 2I4DA 3TPLA 5P68A 1K1TA 5P3OA 5P1CA 1NPWA 4A6BA 3S7LA 5P62A 1VIKA 5OZIA 1G2KA 5P4MA 2IGYA 2OHRA 5P6RA 1AJVA 3R0YA 3DV1A 5P4IA 2H6TA 4FM8A 1FQ5A 1QRPE 4I0EA 3UFLA 5P3XA 5I3WA 4Y5CA 5KQZA 1BXOA 4YHQA 3R1GB 4GJ7A 5HCOA 2I0AA 1XDHA 1U8GA 4J1HA 1ZLFA 3CICA 2P83A 5P2TA 1XL5A 6FIVA 3SA3A 5HE7A 3UQXA 5P7CA 4CP7A 1W50A 4U8WA 3SA5A 4FSLA 4KB9A 5P0EA 4Y56A 3BXRA 1C70A 5OZ8A 4ER2E 5C9DA 1FEJC 4Y5KA 1N49A 3IN3A 3TOHA 5P1XA 5P4VA 3S8IA 4J55A 2G27A 5SY2A 2UPJA 2WF1A 5P8BA 5P3NA 4U7QA 4EP2A 2Z4OA 5P1JA 2WF0A 5B18A 3VSXA 4DI2A 5P86A 4TVGA 1DMPA 1CPIA 5P7SA 4HDPA 2FLEA 2B7ZA 5P08A 3I25A 4Y4EA 3WZ6A 1HRNA 3OU4B 4L7GA 5P66A 5P6HA 2ZYEA 3PWWA 4U7VA 2AZ8A 4PZXA 1EPME 5P1UA 3TH9A 2QCIA 4CKUA 5P8LA 3VLAA 5P8OA 4DJVA 1FIVA 1BDQA 5ISJA 5OZZA 3RVIA 1HVJA 3K4VC 4HE9A 3VYFA 4F76A 5P6JA 4RROA 6UPJA 1IZDA 2WEZA 2QI5A 1XL2A 3LPJA 4NJTA 2FNTA 4DJOA 1VIJA 3DJKA 5P8FA 4B70A 2B8VA 5P5AA 1GNOA 4LL3A 1ER8E 3L59A 5P0LA 3S53A 1HVCA 3VF5A 3VYEA 1B6KA 1EC1A 3TLHA 1FFFC 3TPRA 1FKNA 5P5OA 2V0ZC 5P7MA 3LZVA 3UDPA 1YTHA 3DUYA 4JOOA 3ZKGA 4K4RA 3LIYA 3OXCA 4IVTA 3CMSA 3QRVA 3OWNA 4COEA 2P3CA 5P0VA 5P77A 1T7IA 4J0VA 5P44A 1OEWA 1TCWA 4FRIA 4EQJA 1HXWA 4D85A 1BV9A 3TTPA 1K6TA 2QI0A 2FNSA 2H6SA 5OYRA 3WSJA 4OBGA 5P85A 3EM4A 2VJ6A 3OUCA 4GYEA 3UDJA 4Y5MA 4YCYA 5P1LA 5P5CA 5JG1A 5HDUA 4RYCA 2JE4A 1APWE 4F74A 2ER9E 3UQPA 1MRXA 4B0QA 3D3TA 5P3DA 3OU3A 3N3IA 2PC0A 2QD8A 5P72A 2FGUA 3UQRA 3QPJA 4ER1E 5COPA 4FS4A 2JJJA 2IQGA 5P6EA 5P2LA 3L5BA 4YD6A 1F7AA 1ODYA 5P6VA 5P2ZA 5DR1A 1BVGA 5P0KA 1IBQA 2ZHSA 4XX4A 1EEDP 1FQ8A 2RMPA 5E5JA 1SMRA 3SACA 5P7VA 5P0OA 1LF3A 4RVJA 5P7DA 4OD9B 1APUE 3RU1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZD A;  2BQV A;  5P5Q A;  3KT5 A;  3KFR A;  1TSQ A;  5SXN A;  1GNM A;  1FG8 C;  3D20 A;  3O9G A;  3PHV A;  1KJ7 A;  3Q70 A;  2VA6 A;  5P8C A;  1HPO A;  5P5F A;  5P2D A;  4Y3N A;  1HTE A;  4DJR A;  5P5K A;  1ZP8 A;  1MEU A;  1FMX A;  3K5G A;  2HPF A;  1B6P A;  1EPR E;  5DQC A;  3EKT A;  5P7B A;  4XX3 A;  1TW7 A;  4FAE A;  4L7H A;  1EBW A;  3LIQ A;  5P18 A;  1LYA B;  1LF4 A;  2I0D A;  1ZTZ A;  2ZHR A;  4B1D A;  3MXE A;  4J0T A;  2HB3 A;  3ZKQ A;  2WEC A;  1FGC C;  1NPV A;  4Y48 A;  5P1Y A;  4ACU A;  5OZV A;  4AUC A;  2QNN A;  5P0C A;  5J25 A;  4PZW A;  5P1Q A;  5P5W A;  5P4U A;  5P5J A;  4EJD A;  5OZT A;  5P2K A;  5P5G A;  4Y3M A;  2AZC A;  4Y3F A;  2NMZ A;  2G20 A;  2AVO A;  1JLD A;  5IS4 A;  1GKT A;  5P7T A;  1HXB A;  5P00 A;  4Y4Z A;  1UPJ A;  3NUO A;  3SA8 A;  2F3E A;  1LV1 A;  1W6I A;  2G94 A;  3HD8 A;  2VIY A;  2XYE A;  4Y3S A;  4GJA A;  5OYZ A;  3KYR A;  5P0J A;  1MET A;  2FIV A;  2IEO A;  4CPW A;  4ZSM A;  3PEP A;  1D4K A;  2FDE A;  3HDK A;  4A4Q A;  3URL A;  2AOH A;  2G1N A;  4OBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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