2AOFA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a substrate analog p1-p6
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aofA00
5P0FA 4Y3XA 4RVXA 3Q5HA 3QN8A 3KDDA 3RVIA 1MRXA 5P4BA 5P1TA 2UY0A 3BGCA 3SA5A 2VA7A 5P4QA 3LPJA 5P8OA 1BDLA 4DJWA 1IVQA 2V12C 5P24A 5P8HA 5BWYA 1XL2A 1MTRA 4JP9A 4CMSA 4Y4DA 4Y48A 3PVKA 5KQYA 1U8GA 2B8VA 4J1IA 5KAOA 4Y3MA 1EBKC 1TSUA 5HE5A 3Q4BA 2P3BA 3LIXA 1ZSRA 1HSHA 2FDEA 1HVKA 5P54A 1M4HA 3NWQA 5I70A 5P1WA 1EPRE 5P4ZA 4DQEA 4FCOA 1HIIA 5OZQA 3N4LA 2O4LA 4B78A 5P2RA 3ZKGA 2J9JA 1T6GA 5P6VA 1W51A 3OU4A 4RZ1A 2PSVA 4XX4A 5SY2A 5P1EA 4YBFA 4JPCA 4B05A 4QLHA 4MC2A 2H6TA 4XX3A 3SLZA 4OBFA 5P8FA 2PMAA 4DV9A 1B6JA 2B42A 3L38A 2G21A 4J5JA 4ZPGA 5F00A 1IBQA 1ODYA 5P2TA 5P3PA 2VNNA 3K4VC 1HSIA 1SMEA 3OGPA 3AUPA 1A30A 3TOHA 2AZCA 3EM4A 3SKFA 2WECA 4COEA 4QJ2A 5HDVA 1D4JA 1MT7A 2XFJA 4Y5EA 1TCWA 5P2UA 3UDMA 3OADA 1XN2A 2NNKA 2P3AA 4CPWA 5HE4A 1J71A 2VNMA 1LF2A 5AH6A 4XKXA 5ER2E 5AHAA 5JFUA 5P3DA 5C9DA 1QBSA 5P64A 2QU3A 1MPPA 3GI5A 4Y5GA 3OTSA 1B6LA 5P3YA 5IE1A 2ZE1A 3O9IA 3DM6A 3KYRA 3SA4A 3MWSA 5OYYA 5P2JA 3TKWA 1QBTA 4MC9A 5P0DA 2WF0A 2AOJA 4OBGA 5P7YA 2Q11A 5P3BA 2A4FA 2QZXA 5P3LA 5TOLA 5P6SA 1A94A 2OHPA 4RLDA 3KFNA 5P4IA 1FMUA 1LYWA 2QZKA 5P1VA 4L7GA 1YX9A 5P2VA 4ZSRA 4Y3SA 3KFRA 3WB4A 5P0AA 1FFFC 4OBJA 5P7UA 2G94A 3OU3A 2AVVA 5COOA 5P41A 4ER2E 5SY3A 4F75A 3QVCA 4DQHA 5OZFA 5P8LA 2AIDA 5P8GA 3QIHA 4Y5BA 3EL1A 5P18A 2ZJHA 5P33A 4YCTA 4I0EA 3C9XA 1LEEA 3UFNA 5P3KA 4IVTA 2ZYEA 5P20A 5P27A 3K5DA 4J0VA 5P2XA 2ZJJA 4EXHA 3FKTA 5P6EA 3SFCA 1FKNA 4DJOA 2XYFA 5KR2A 4L1AB 3L58A 5OZYA 5I3YA 1TCXA 3EC0A 2WF2A 5P3HA 3MSJA 3GI6A 2WEZA 3I8WA 1B6KA 5P2NA 3IN4A 3MSKA 1GNMA 2HB3A 1K1UA 3O99A 3S53A 1LYAB 2R9BA 5P0OA 5P8EA 3RTHA 4GJCA 5BS4A 5P61A 3IA9A 4B1EA 2XYEA 3UTLA 3BXSA 4Y3FA 4I8WA 3IXKA 5DQ1A 3TOGA 5JFPA 2FXEA 5P79A 1SIVA 4L6BA 2I4UA 3ZL7A 1BVEA 5OYRA 3KM4A 4FM8A 3MSLA 5T4SA 4CPSA 5P81A 5P4DA 2BQVA 5P5VA 2HB2A 2QNPA 2BB9A 3SO9A 1W5XA 3UQRA 5P86A 4AUCA 2G1OA 4CPRA 1VIJA 2NXLA 3NWXA 3ZKNA 1QBUA 3MXEA 3VYFA 5P51A 1KJHA 3BXRA 4JPEA 5HDZA 1GVXA 4GJ8A 1HHPA 3EL5A 3PMYA 2B7ZA 3PWMA 4Y4BA 4B70A 4DUSA 2I0AA 3KDCA 2O4SA 3ZMGA 4OD9A 4J1FA 3KT5A 5OZ8A 5HE7A 1BDRA 1GVUA 2BPZA 1HPVA 3S45A 4GJAA 4I0DA 4FLGA 4LAPA 3U6AA 5P6JA 4RCFA 3QI1A 5OZAA 5P8KA 5P2OA 3S7MA 3QVIA 5P6PA 2IEOA 3TPRA 4QJAA 1IDBA 4CPQA 5OYTA 3TKGA 5P37A 3OTYA 5P46A 3ZKQA 4J0PA 4J1CA 2QI7A 4DJRA 1SP5A 4Y3HA 3HLOA 4I1CA 3K4VA 4M8XA 4GJ6A 3OUDA 2V11C 2IGXA 3R0YA 4IVSA 2G1NA 4JOOA 5DQ2A 2NMYA 4DJUA 4FRSA 3VLBA 5P89A 1HBVA 1SDUA 4Y3LA 2G24A 1HXBA 4J0TA 5P5MA 5P1YA 5SXNA 1YTIA 1GVVA 3R1GB 5KQZA 3NLSA 1HVJA 3KMYA 3NU9A 4EYRA 3LNKA 2HAHA 3UDHA 3PSYA 4CPUA 5P6WA 5P3XA 5DPZA 5P0NA 5P35A 5P84A 2MIPA 5P72A 2HPEA 4XXSA 4DI2A 3BUFA 5OZWA 3WZ7A 2F81A 3CKRA 2IGYA 4ZIPA 4FIVA 3G6ZA 1F34A 1D4YA 1SDVA 2QI6A 3RSVA 4APRE 2ZHTA 5P25A 2F8GA 4MC6A 5P2QA 4BFBA 3I7EA 5P0KA 4I0JA 1HTRB 1YTHA 5P3AA 1HOSA 4KUPA 5P06A 1FG8C 2PSGA 5P6DA 4FAFA 4E43A 1T7IA 3O9LB 1W50A 4H3IA 4YE3A 1AIDA 5P3NA 2AOFA 4DQGA 3U7SA 5P6LA 5P6BA 1C6ZA 5P5DA 1ODWA 3QS1A 3URIA 4EP2A 2OHKA 5P7IA 4GJDA 2JJIA 4J17A 5P14A 2VJ6A 5P0QA 5DQ5A 3NYGA 5DR1A 1UH9A 1W6HA 4H3GA 4K8SA 5DR7A 5OZEA 4FRKA 5AH7A 1W5VA 3PSUA 3SAAA 4LBTA 2I4DA 5OYQA 4DJVA 4Q1WA 1K6PA 2FDPA 1APWE 5ENMA 2PH6A 4Y9WA 2HM1A 2EWYA 1HVIA 3Q70A 1FQ8A 3CYXA 4OBZA 5P6KA 3PSGA 5P6RA 1XE5A 1EBYA 3TTPA 5P4PA 2FNSA 3UDKA 3CIDA 5P1NA 5P2SA 2Q63A 1APVE 4Y47A 2APRA 3OXXA 4HE9A 1APTE 2NNPA 2AVQA 5P0HA 5P5YA 2NPHA 4Y3PA 2G1YA 3OU1B 1G0VA 4J0ZA 5P1ZA 1ZPAA 3SM2A 4PHVA 5P29A 3PEPA 4Y6MA 2AOIA 5P0JA 3URJA 3NDXA 4J54A 2BPVA 3BVBA 2WJOA 1K6CA 3CKTA 3NDUA 3O9CA 4DPIA 4YCKA 5P4FA 5P3GA 2ZHSA 4Y38A 3IXJA 1EC3A 1VIKA 3BGBA 3APRE 3HBOA 4Q5MA 3S56A 4EQ0A 1B5FA 5P4OA 5P8DA 2AVSA 5P16A 3LZSA 3OAGA 3QAAA 5DR3A 5OZPA 2QU2A 4X7IA 5P8BA 1GVWA 4Y5LA 2UPJA 4TVGA 3T7QA 4Y3DA 4I0GA 3SPKA 2BBBA 4Y58A 2VIYA 5P1XA 3NU3A 1FG6C 2BKSA 5P5IA 2QD8A 5P2MA 2I4WA 5P6QA 1NPWA 4FS4A 1ZLFA 5P5AA 5C9BA 5HD0A 3UDYA 5P50A 5P76A 1MRWA 1FEJC 1K2BA 5P08A 4Y5PA 2NR6A 2QZLA 2P3CA 5P26A 2PWRA 3VUCA 4GJ7A 2IRZA 3TPLA 3T6IA 3PI5A 1FLHA 1DIFA 3HVPA 5OZGA 3L5FA 5P39A 5P6NA 5P8SA 5P8QA 5P2AA 2RKFA 3WZ6A 6UPJA 1PSNA 3WB5A 3SA9A 4OC6B 3IN3A 3TPPA 3DCKA 5P03A 4ZLSA 3D1YA 2B60A 3O9FA 4EP3A 1OEWA 9HVPA 2WHHA 4J55A 2PYNA 3IXOA 5P53A 5P09A 4Y4XA 3CIBA 5P1DA 2ZHVA 3AIDA 2NMZA 5OZVA 5AH9A 4GIDA 4Y54A 5P5PA 1WBMA 3EKQA 4YBIA 5P2CA 5CONA 3DV1A 2I0DA 2V10C 1HPSA 5P04A 5P8NA 1PSOE 2VJ7A 1FQXA 2WEBA 5AH8A 1M0BA 4Y35A 1IZHA 4DJPA 1HPXA 3EKXA 1META 4Y3WA 3SKGA 1C70A 3L3AA 2VIEA 3UHLA 2B8LA 2WEAA 3D1ZA 4K4RA 3IAWA 5P1AA 3LPIA 2PWCA 2RENA 3INEA 2FGUA 5OZNA 4PEPA 4A6BA 4H3FA 5P0MA 2OHUA 1FGCC 4Y41A 2QMGA 1C6XA 3D1XA 5P4HA 3S43B 4Y36A 4K9HA 4DJQA 2IDWA 1ZSFA 1RNEA 1LV1A 4I12A 1EAGA 5OZSA 5DQ4A 5P7EA 4UPJA 5I3WA 5P23A 3DOXA 5OZ9A 4Y51A 5P13A 1IIQA 5P7RA 1SIPA 1UH8A 3NUJA 3K5CA 4LHHA 2IKOA 1ZBGA 2P3BB 3ZKXA 2IS0A 5HDUA 4RRSA 2JYSA 1T7KA 4A4QA 4HLAA 5ER1E 5P7QA 1HTFA 4NKKA 4F76A 1LF3A 1PPME 3PLDA 4D8CA 3T7PA 3Q3TA 3VCMA 4Y5CA 3KT2A 1FQ5A 5COPA 1Q9PA 5P6YA 5P05A 1BILA 5P5WA 3DJKA 1AM5A 1ER8E 5P1HA 1RQ9A 5P1UA 4RRNA 4MC1A 2J9KA 4DPFA 2OHNA 3FSMA 3B7VA 1BV9A 1E80E 5KR8A 3BUGA 3QROA 2AVMA 3ZOVA 3GGXA 1C6YA 3HD8A 6FIVA 1SGUA 4WY1A 3BUHA 3VF7A 2VIJA 3DUYA 5P15A 1FMXA 2VJ9A 3UCBA 5P2FA 3EKYA 3OADB 4R92A 5OYUA 5P4TA 4QJ9A 2OAHA 5PEPA 1SMRA 5P3WA 2Q54A 4DQFA 5P5KA 4ER1E 6APRE 4I11A 1OHRA 4I0HA 1T6EX 4Q1XA 3VSWA 5P2HA 3WZ8A 1GVTA 5DR4A 4LP9A 4ZPEA 3LITA 2QD6A 2VA6A 5B18A 3PRSA 2HC0A 5P0SA 5P1OA 2RSPA 3CMSA 4QJ8A 5P1JA 4HDFA 5P0IA 4ZE6A 1XL5A 3PBDA 3JW2A 3LIVA 4A6CA 4ER4E 3H5BA 4R95A 3I2LA 5P3CA 1EPQE 1NPVA 2WKZA 4H1EA 2CEJA 1BXOA 1KZKA 1KJGA 3D91A 2ER6E 4OBDA 5P57A 3OXWA 3PLLA 2G26A 5CLMA 4FRIA 4EHCA 3KDBA 5P1MA 2XFIA 5P2WA 5I3VA 1UH7A 2BPYA 5P8JA 4B77A 3DV5A 2R3TA 5P65A 1M43A 1JLDA 5P2BA 3QRVA 3RTMA 4Y3RA 1ZTZA 1EC2A 2PYMA 5P22A 1EC1A 5J25A 3VG1A 3NR6A 2WF3A 4RCDA 1IZDA 1G2KA 5P3OA 2Q3KA 2ANLA 4WTUA 5P4UA 4AA9A 5P1RA 4Z2ZA 3OHFA 4KB9A 3PWWA 2VKMA 4NJUA 4D85A 3FV3A 3PCZA 5P32A 5OZBA 3UPJA 4BELA 1QDMA 3ZPUA 3R4BA 1HIVA 2FIVA 2ZJIA 4Y37A 3VYDA 5P6ZA 3ZPTA 1G35A 4D83A 3OGQA 4Y3AA 1BV7A 5P44A 4Y45A 3PHVA 5P8AA 3TL9A 5P4XA 4HDPA 3PBZA 1CPIA 5P6TA 5P56A 5P67A 2VIZA 5P7BA 4Y5AA 5P0TA 4FL8A 3GGVA 1AJVA 4FE6A 5OZ5A 4Y39A 5P1IA 5P85A 1HVSA 5OZ2A 1KJFA 1N49A 7HVPA 4AMTA 5SZ9A 2F3FA 3VEUA 4OD9B 3R0WA 4Y56A 3QP0A 5P1SA 2SAMA 4B0QA 5P7TA 5P4MA 5P4CA 5P43A 4TVHA 1EBWA 1ENTE 3INDA 4R91A 3PM4A 4J1HA 3EKPA 5OZIA 5DR8A 5P6HA 4NJTA 3QBFA 5ISJA 5P42A 4K4QA 4I8ZA 4PZXA 4GZFA 3IVHA 1BXQA 2BJUA 2HPFA 2HIZA 2R8NA 3ZKIA 5P10A 3S8IA 5P5OA 2BKTA 5HU1A 5P8MA 2WEDA 3OUDB 3ZKMA 5P5RA 2ZJLA 4GJBA 3ECGA 1D4KA 2OHQA 5P4YA 4I0ZA 1FF0C 5OZDA 2IKUA 1FFIC 1GNOA 5P6OA 1D4SA 1AXAA 5P5XA 4BFDA 4HVPA 5P1FA 3ER3E 3GW5A 1XE6A 1GNNA 4DH6A 5P80A 2I4VA 1HPOA 5P2GA 4WY6A 1XS7D 1SGZA 1MT8A 1DP5A 4Z22A 1HTEA 3PWRA 5JG1A 2FMBA 3NU5A 5P7JA 3OXCA 2BPXA 2PSUA 3LZVA 2R5QA 5P0CA 5OZKA 4DVFA 3VYEA 5OZCA 3OUCA 2QMDA 5P1PA 5KOSA 3EL4A 5P5EA 2QHZA 1W5WA 5HCTA 1PPLE 3R2FA 5P36A 1SBGA 5P7XA 3KFSA 3GI4A 1ZAPA 5E5KA 1NH0A 2OHMA 5P2KA 5P3IA 3UFLA 5KR0A 5E5JA 5P4RA 3O9HA 3EKVA 5P6IA 3FNTA 2QP8A 5P8IA 1B6PA 2ZHRA 3SQFA 5P0WA 3TNEA 1TQFA 1A9MA 3APPA 3ST5A 2B7FA 5P0ZA 1MEUA 2AVOA 5P5NA 3EM6A 2AZBA 4JECA 5P3EA 5P6AA 5JODA 4LXKA 3K5GA 4ZSPA 5IVTA 3VSXA 5P5SA 2QNNA 5P6MA 3OOZA 3UQXA 4EQJA 2CENA 1FB7A 4FM7A 2P4JA 1K2CA 5P55A 5P4EA 3URLA 3EXOA 1YTGA 2I1AA 4EWOA 4GJ5A 3SM1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0F A;  4Y3X A;  4RVX A;  3Q5H A;  3QN8 A;  3KDD A;  3RVI A;  1MRX A;  5P4B A;  5P1T A;  2UY0 A;  3BGC A;  3SA5 A;  2VA7 A;  5P4Q A;  3LPJ A;  5P8O A;  1BDL A;  4DJW A;  1IVQ A;  2V12 C;  5P24 A;  5P8H A;  5BWY A;  1XL2 A;  1MTR A;  4JP9 A;  4CMS A;  4Y4D A;  4Y48 A;  3PVK A;  5KQY A;  1U8G A;  2B8V A;  4J1I A;  5KAO A;  4Y3M A;  1EBK C;  1TSU A;  5HE5 A;  3Q4B A;  2P3B A;  3LIX A;  1ZSR A;  1HSH A;  2FDE A;  1HVK A;  5P54 A;  1M4H A;  3NWQ A;  5I70 A;  5P1W A;  1EPR E;  5P4Z A;  4DQE A;  4FCO A;  1HII A;  5OZQ A;  3N4L A;  2O4L A;  4B78 A;  5P2R A;  3ZKG A;  2J9J A;  1T6G A;  5P6V A;  1W51 A;  3OU4 A;  4RZ1 A;  2PSV A;  4XX4 A;  5SY2 A;  5P1E A;  4YBF A;  4JPC A;  4B05 A;  4QLH A;  4MC2 A;  2H6T A;  4XX3 A;  3SLZ A;  4OBF A;  5P8F A;  2PMA A;  4DV9 A;  1B6J A;  2B42 A;  3L38 A;  2G21 A;  4J5J A;  4ZPG A;  5F00 A;  1IBQ A;  1ODY A;  5P2T A;  5P3P A;  2VNN A;  3K4V C;  1HSI A;  1SME A;  3OGP A;  3AUP A;  1A30 A;  3TOH A;  2AZC A;  3EM4 A;  3SKF A;  2WEC A;  4COE A;  4QJ2 A;  5HDV A;  1D4J A; 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 3SFC A;  1FKN A;  4DJO A;  2XYF A;  5KR2 A;  4L1A B;  3L58 A;  5OZY A;  5I3Y A;  1TCX A;  3EC0 A;  2WF2 A;  5P3H A;  3MSJ A;  3GI6 A;  2WEZ A;  3I8W A;  1B6K A;  5P2N A;  3IN4 A;  3MSK A;  1GNM A;  2HB3 A;  1K1U A;  3O99 A;  3S53 A;  1LYA B;  2R9B A;  5P0O A;  5P8E A;  3RTH A;  4GJC A;  5BS4 A;  5P61 A;  3IA9 A;  4B1E A;  2XYE A;  3UTL A;  3BXS A;  4Y3F A;  4I8W A;  3IXK A;  5DQ1 A;  3TOG A;  5JFP A;  2FXE A;  5P79 A;  1SIV A;  4L6B A;  2I4U A;  3ZL7 A;  1BVE A;  5OYR A;  3KM4 A;  4FM8 A;  3MSL A;  5T4S A;  4CPS A;  5P81 A;  5P4D A;  2BQV A;  5P5V A;  2HB2 A;  2QNP A;  2BB9 A;  3SO9 A;  1W5X A;  3UQR A;  5P86 A;  4AUC A;  2G1O A;  4CPR A;  1VIJ A;  2NXL A;  3NWX A;  3ZKN A;  1QBU A;  3MXE A;  3VYF A;  5P51 A;  1KJH A;  3BXR A;  4JPE A;  5HDZ A;  1GVX A;  4GJ8 A;  1HHP A;  3EL5 A;  3PMY A;  2B7Z A;  3PWM A;  4Y4B A;  4B70 A;  4DUS A;  2I0A A;  3KDC A;  2O4S A;  3ZMG A;  4OD9 A;  4J1F A;  3KT5 A;  5OZ8 A;  5HE7 A;  1BDR A;  1GVU A;  2BPZ A;  1HPV A;  3S45 A;  4GJA A;  4I0D A;  4FLG A;  4LAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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