2AOGA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease mutant v82a with a substrate analog p2-nc
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for substrate recognition and drug resistance from 1.1 to 1.6 angstroms resolution crystal structures of HIV-1 protease mutants with substrate analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE (RETROPEPSIN)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2aogA00
1MEUA 3S43B 2B7ZA 3FKTA 5P3SA 3URLA 4WY1A 3WSJA 4Y4ZA 1K6TA 5P60A 4ZE6A 5P3WA 4S1GA 5P3RA 5ISKA 4K4PA 5P1SA 5P05A 1T3RA 5AH7A 5P5CA 5P2RA 5P0YA 3EKPA 2ZYEA 2HIZA 4BELA 5P2VA 5P2TA 4Y3WA 1QDMA 3EKYA 3ZPUA 3L38A 3OGPA 1SGUA 4QGIA 4HVPA 1BXQA 4IVTA 4JECA 3OY4A 4DQCA 3RSXA 4ZSRA 2WL0A 2FXEA 3NU9A 3TNEA 4XKXA 2Q3KA 2BPVA 2QU2A 3RTNA 4RRNA 2QHCA 3OQDA 5P2GA 4KE1A 2QNQA 5P1KA 4HA5A 5OZGA 5OYXA 1T7KA 5ENKA 5P2CA 4GJCA 5P0MA 2ZHRA 3OU4B 2NNKA 3K4VA 5P50A 5P5QA 5P5PA 3HVPA 3QBFA 5ENMA 5OZ1A 6APRE 1T7IA 3OU1A 5P5KA 1MTRA 4I11A 4Q1YA 3SA5A 5I3XA 3QIHA 4Y45A 4YDGA 5IVTA 1FQ8A 1LYAB 2I0DA 2O4LA 4L1AA 5P54A 4A4QA 2Q63A 3WZ7A 5OZ6A 4ZSPA 2QAKA 1RPIA 4EJKA 1HXWA 4I0ZA 3UDKA 4DQHA 5AHAA 2FMBA 5CLMA 5P4WA 1YG9A 4WY6A 5SY2A 5DQ5A 1MT8A 5P4LA 1EBYA 2Q5KA 4EQJA 5AGZA 3OAGA 3K5DA 5P1QA 1HVJA 3KDBA 4YBFA 4HDPA 3BVBA 3F9QA 3UDPA 5P5XA 1K2CA 3ER3E 5OZSA 5OZFA 3FSMA 3OUBA 2AOEA 2NNPA 4I0FA 5P8TA 3PCWA 3UF3A 3PCZA 1YTHA 2P4JA 3LZYA 4J55A 3ZKGA 4Y48A 5P2ZA 5P5GA 4Q5MA 4NJUA 1MRXA 1QBRA 3UCBA 4GIDA 5DQ4A 5OZUA 3VSWA 4YA8A 1NSOA 5P4FA 4Y3PA 4QJ7A 5ISJA 1SDTA 4GJ7A 4H3JA 4PPHA 5P5LA 4X2LA 2RMPA 3NUOA 5P36A 4RVIA 4ZEAA 4RCEA 5P0HA 5P27A 3QI1A 4L7JA 5P69A 2IEOA 4DQEA 3VUCA 5P13A 5P34A 5P53A 4F73A 3T6IA 4ER1E 1D4LA 5P6OA 5P1HA 1BXOA 4OBGA 4GJBA 1EC2A 1IZIA 3A2OA 2FDEA 5OZZA 1TW7A 1YM4A 5HE7A 2V11C 1HPOA 4YD6A 4Y47A 3I6OA 3GI5A 4ACUA 5P7QA 3L5CA 5P76A 1C6ZA 1D4KA 4B05A 1HSHA 4DVFA 4I12A 4JPCA 5P70A 2G1SA 4Y5LA 5P2EA 1B6JA 5DQCA 1RL8A 2CEJA 3BGBA 2ER6E 4Y5NA 3R0WA 2AIDA 4Y3SA 5P73A 5P8PA 1FQ5A 4M8XA 3MSKA 5P0UA 5F00A 2QNPA 3QPJA 5SY3A 4FAFA 4EXHA 3OXXA 1D4YA 3HW1A 5CONA 2AVMA 3EBZA 4B1DA 1LS5A 5TOLA 3NR6A 4CP7A 2ZJNA 3SA3A 2OF0A 3VG1A 3OWNA 2EWYA 5DR1A 5P32A 2VA7A 5P8FA 1YTJA 2QMFA 3OUAA 3WZ6A 1ZLFA 2PMAA 4JPEA 5P6SA 4B1EA 5P5UA 1K1UA 4CPXA 1HVLA 4Y35A 3IN4A 4Y9WA 5P2BA 5P2QA 2BB9A 2PSGA 1D4IA 1LYBA 4FM7A 4APRE 4JP9A 2CENA 5I3YA 1MESA 5P84A 1GNMA 3APPA 3PI0A 1BV9A 2PYNA 5P68A 5P1RA 5P2NA 4N00A 3PBZA 3KDCA 4Y5MA 1XS7D 1E5OE 4J1KA 2R43A 5P6KA 3WZ8A 4AMTA 3LIZA 1HIVA 1CZIE 4Y3XA 2VKMA 3KFSA 5P0SA 2H6SA 2QI5A 5P8BA 2V0ZC 4HZTA 5HDVA 4QJ2A 3ZPSA 4LL3A 4KB9A 3UFLA 4Y38A 5OZ3A 3Q5HA 1MT7A 2I4XA 4MC1A 2ZGAA 1FQXA 5P8QA 3G6ZA 5P6BA 5P0CA 3TKWA 3OADA 2QI4A 5P2HA 4COEA 4WTUA 5P47A 4HLAA 1QBTA 3D1ZA 2OHLA 3LZUA 4EJLA 4QLHA 5P28A 1B6LA 2FS4A 3NWXA 5P8UA 5P0IA 5KR8A 5P8OA 5I3WA 3TPJA 1HXBA 3O9DA 5ER2E 5P4MA 4GJDA 3EC0A 4QJ8A 3NXNA 2QMGA 3UDMA 3HBOA 1MTBA 4J1IA 3PLLA 4CPUA 3EM6A 5P7NA 5JFUA 2JJJA 5C9BA 3S7LA 1FKNA 3D20A 5OZTA 5P7RA 1LF2A 1QBSA 3UTLA 2QD6A 5P1XA 1SBGA 1IBQA 5P8MA 5P3LA 1B11A 3EL4A 1ME6A 2IRZA 5P19A 2JXRA 5P33A 5J25A 1RNEA 3MXDA 3HAUA 5HU0A 2IKOA 2ZHUA 4YD5A 1TCXA 2WF4A 5P37A 3VYEA 4L6BA 1D4SA 1HPSA 3T7QA 1SGZA 3SQFA 4Y4XA 5COKA 3GGVA 3TOGA 2UY0A 2HB4A 5P7GA 4DJPA 3UHLA 2I4WA 2PQZA 5P1OA 2HS2A 5P49A 1GKTA 3KN0A 4Y44A 2VIYA 5P3ZA 2VIZA 4FAEA 1NPWA 5P5HA 1PROA 5P8GA 3OU3A 2QI6A 5P7KA 1OEXA 4J0ZA 4QJ9A 3OUDA 1SP5A 2IDWA 3BUGA 5P4SA 5P08A 5P55A 4J5JA 2RSPA 4Y5EA 5FIVA 2AZBA 1E80E 2OHMA 2QMDA 3KYRA 1SMEA 4FRKA 4Y3QA 5P3CA 3S45A 5P41A 3PJ6A 5P5IA 5P1GA 5P80A 4Y54A 2QI0A 2HS1A 5P8JA 1KZKA 5P6AA 1B5FA 4J1FA 4PZXA 2WECA 5P4UA 4AZYA 3KF0A 4Y3AA 3OOTA 3VV7A 4CKUA 2QD8A 3OOZA 5P7EA 3RSVA 5OZIA 1DAZC 4Z22A 3OQAA 4RROA 2VJ6A 4DJVA 1FGCC 1ZPKA 3ZMGA 2VNMA 4EYRA 3S53A 5P3MA 5P86A 3O9HA 2FGVA 3UQWA 4FM6A 5P5ZA 5P8DA 5P77A 2G69A 1PSNA 1AZ5A 2WJOA 5P6RA 3B7VA 3UQRA 1MUIA 3SA9A 3I25A 1EPPE 1HVKA 5JFPA 3URIA 2UXZA 4JOOA 3HVGA 5P3AA 4LP9A 4PHVA 5DPZA 3SO9A 5P6JA 4Y3FA 3LNKA 2I4UA 2G27A 2ZJKA 4I8WA 5P40A 3TTPA 5OYSA 4ER4E 4XXSA 1SMRA 4OBZA 5P00A 4CMSA 1HRNA 5DGUA 4GZFA 2I4VA 5P6GA 3LIQA 5P56A 2AOGA 3INFA 3OU1B 3CKTA 5OZWA 1KJGA 1T6EX 4EXGA 3BUHA 4DJQA 3EL5A 1DIFA 5IS4A 1HVSA 4L1AB 3TL9A 1E81E 2BPWA 4QJ6A 8HVPA 5P5TA 2V13A 5P48A 1OEWA 5P66A 3NU3A 4Y3RA 4YCTA 5P1AA 7UPJA 3OAGB 5P35A 1BBSA 4H1EA 2PWCA 1AVFA 4Q1NA 5P30A 5P8SA 1FMUA 1MPPA 5P8CA 3HD8A 5HE4A 3TPPA 2VA6A 3QVIA 5APRE 1RV7A 1GVXA 4ZPFA 4I0GA 4Y5GA 3SFCA 4Y3NA 3SA8A 2NXLA 3OHFA 1NPVA 4Y4EA 4DJXA 4APEA 2OHRA 5P4JA 3VF3A 2AOJA 5P10A 5P85A 1WBKA 5P4GA 5P7TA 5P4XA 3VLAA 3QRMA 5DR0A 3EMYA 1PPME 3NLSA 3L5EA 2ER0E 4HEGA 5P6EA 5ER1E 1W5YA 5P31A 3PGIA 2IL2A 2JJIA 5JODA 3D1XA 5P45A 5P7CA 2V16C 3OQKA 2FNSA 6UPJA 4NKKA 2RKFA 5P6YA 5P7IA 3HDKA 5KOSA 4GJ8A 2PK6A 4OBHA 5OZPA 3LZVA 2HM1A 2R8NA 1EPNE 1QBUA 2AVVA 4R93A 3LPJA 1XL2A 5P51A 5B18A 2BJUA 1OD1A 3BVAA 3VCMA 3OXVA 3PM4A 4QJAA 4Y3YA 9HVPA 4PZWA 3SPKA 5OYRA 1TSQA 3ZKSA 5P3JA 1BDRA 3JVYA 2IGXA 4Y3MA 5DGWA 4U7VA 2WEBA 3EKQA 1A8KA 4J0PA 1HTGA 1EEDP 3PI5A 2P83A 3CKPA 3H0BA 1W6HA 2HB2A 4R92A 2MIPA 4Y58A 4EJ8A 4LC7A 4Y3LA 5C9DA 1J71A 3NSHA 3KFNA 2AODA 5P6PA 4Y3GA 1SDUA 5HD0A 3QS1A 4DQGA 2F3FA 3PSUA 4FIVA 1GVUA 5P4HA 4EWOA 5P7AA 3IGBA 5P6TA 5P4PA 5P7FA 5P26A 4Y4BA 2A1EA 4A6BA 3NDTA 2FIVA 1GVTA 3UDNA 3ZLQA 5P7WA 4GB2A 3EL1A 1BDQA 3TOHA 1SDVA 5P72A 1FQ4A 1FG8C 5P8AA 2O4NA 3UDQA 1LYBB 2AVOA 5P3IA 1HSGA 1RQ9A 1BAIA 2F81A 3GGAA 4RYCA 2G20A 3K5CA 1B6PA 3S7MA 1MT9A 3PHVA 3IXJA 1HVHA 3SLZA 5P22A 3C9XA 3CKRA 3G72A 4KE0A 3PMYA 4TVHA 3PSYA 3D1YA 2AVQA 5P88A 4Z2ZA 1OHRA 3ZKQA 5P59A 5P7UA 4AUCA 1XN2A 3AIDA 4MC2A 5P3VA 1ODWA 3WB5A 3CICA 5P7SA 3UQUA 5P01A 2BPZA 1IZDA 1AM5A 3EL0A 3IN3A 2ZDZA 3O9CA 5P75A 3FX5A 4E43A 3VFBA 1A8GA 2PSVA 5EZXA 1HVRA 1APVE 3OADB 1ZTZA 3SA4A 4Y57A 2QI1A 4ZPEA 3VEUA 5P1JA 5P7YA 5OZBA 5P67A 4YD4A 1IZHA 3LPIA 5P2UA 3RU1A 4RVXA 5P61A 3CMSA 1GNOA 4DI2A 4U8WA 5I70A 4YD3A 5P1FA 1W5VA 4FSEA 2WEDA 5P7ZA 1T7JA 1TQFA 5P2XA 5HTZA 3ER5E 4LXAA 5P63A 4EP3A 5P7HA 5P0FA 3NDXA 5HCOA 3CYXA 4Y4DA 3SM1A 2UPJA 1LEEA 3IVHA 4M8YA 5P62A 4LXKA 1B6MA 5KQXA 2OHTA 1ZSRA 1SH9A 1WKRA 2VJ7A 3ST5A 5COPA 1GNNA 4J0VA 1FMXA 1KJ4A 5P0QA 2B8LA 1MVPA 4YHQA 5P09A 3AUPA 3U6AA 3Q70A 4Q1XA 2XFKA 1IDBA 1XE6A 2P3AA 3LPKA 3PLDA 3NUJA 4LAPA 2P3BA 1AJXA 1MSMA 4L7HA 5OZLA 5OZKA 3SKGA 3R2FA 5SXNA 1N49A 2QNNA 2SAMA 2QZWA 1DW6C 2I4DA 3VYDA 1XDHA 2WF1A 5OZEA 4Y4WA 2QZLA 1A30A 3GI0A 3DUYA 4PYVA 3L5FA 5AHBA 3VLBA 5P5EA 1FFFC 3D3TA 4I0HA 1K2BA 2QP8A 2VJ9A 4BFDA 3NWQA 5P6CA 3L58A 3PMUA 3OUDB 5P0LA 1D4HA 5P7JA 3M9FA 3Q3TA 5HVPA 5P64A 4Z4XA 5P0EA 5F01A 2Q54A 3HZCA 4EHCA 4YD7A 2OHSA 2HPEA 5P7LA 1PSAA 4J1HA 3SM2A 5P5DA 3KT5A 5OYTA 2J9JA 5KAOA 3GI6A 1ZPAA 2B7FA 1HTEA 1MRWA 4RLDA 2ER9E 5P39A 5HDZA 1TCWA 1XE5A 4Y3JA 5P8RA 1B5FB 5P1ZA 1BVGA 1F7AA 3OQFA 3KMYA 4YBIA 1LV1A 4AA9A 2VA5A 4OC6A 3MSLA 3N3IA 3OTSA 5P78A 2XFIA 5P4QA 4B78A 5OZNA 1ODYA 2QHYA 4TRZA 5AH6A 5OZQA 3DOXA 4I0IA 3VV8A 4B1CA 5I3VA 5OYWA 3DV5A 3TPRA 1A9MA 5P5WA 3DM6A 5OZ9A 2Z54A 4I8ZA 3FNUA 1BVEA 1QRPE 4K4RA 1YTGA 3I7EA 5IVRA 2WF0A 5P46A 1UH9A 4I0DA 2AVSA 4Y50A 3LIXA 4OBZB 4DQFA 3LITA 3LINA 5DR3A 2F3KA 4ACXA 1PSOE 2WEAA 5P6VA 3S85A 3CIBA 5P12A 3N4LA 3BUFA 5P5FA 3ZPTA 5KQFA 3I8WA 5P79A 2AZ9A 4RVJA 4EJDA 5P4EA 4J0TA 2AZ8A 5P4AA 1K6PA 2R38A 5P71A 6FIVA 5OZMA 4B0QA 4TRWA 4AA8A 4GJ5A 3ZKMA 4ZLSA 1BWBA 4FM8A 2QI3A 4LHHA 4Y3DA 2NPHA 2G1YA 3UDRA 5P74A 2IENA 5KQYA 4DH6A 4F76A 5P0ZA 2O4SA 1G2KA 3JW2A 5P1LA 3Q6YA 5P1PA 5P20A 3INHA 5P4BA 5P42A 5T4SA 4B00A 5DQ1A 2G24A 5P0BA 4TRYA 1BDLA 5OZ2A 2ZJHA 3PWWA 1HOSA 1ODXA 2QU3A 4NPUA 1IVQA 5P2SA 2I0AA 1HEFE 3EKWA 5P2OA 5P02A 4DFGA 1AAQA 3TH9A 3ZL7A 1M4HA 1EC3A 3PWMA 3GGXA 5P3KA 3O9BA 1XL5A 4Y3HA 1M0BA 2PH8A 5HCTA 5P3PA 1LYWA 4FL8A 5P2YA 5OZ5A 4EP2A 3LIVA 5P8KA 5P4RA 1HWRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MEU A;  3S43 B;  2B7Z A;  3FKT A;  5P3S A;  3URL A;  4WY1 A;  3WSJ A;  4Y4Z A;  1K6T A;  5P60 A;  4ZE6 A;  5P3W A;  4S1G A;  5P3R A;  5ISK A;  4K4P A;  5P1S A;  5P05 A;  1T3R A;  5AH7 A;  5P5C A;  5P2R A;  5P0Y A;  3EKP A;  2ZYE A;  2HIZ A;  4BEL A;  5P2V A;  5P2T A;  4Y3W A;  1QDM A;  3EKY A;  3ZPU A;  3L38 A;  3OGP A;  1SGU A;  4QGI A;  4HVP A;  1BXQ A;  4IVT A;  4JEC A;  3OY4 A;  4DQC A;  3RSX A;  4ZSR A;  2WL0 A;  2FXE A;  3NU9 A;  3TNE A;  4XKX A;  2Q3K A;  2BPV A;  2QU2 A;  3RTN A;  4RRN A;  2QHC A;  3OQD A;  5P2G A;  4KE1 A;  2QNQ A;  5P1K A;  4HA5 A;  5OZG A;  5OYX A;  1T7K A;  5ENK A;  5P2C A;  4GJC A;  5P0M A;  2ZHR A;  3OU4 B;  2NNK A;  3K4V A;  5P50 A;  5P5Q A;  5P5P A;  3HVP A;  3QBF A;  5ENM A;  5OZ1 A;  6APR E;  1T7I A;  3OU1 A;  5P5K A;  1MTR A;  4I11 A;  4Q1Y A;  3SA5 A;  5I3X A;  3QIH A;  4Y45 A;  4YDG A;  5IVT A;  1FQ8 A;  1LYA B;  2I0D A;  2O4L A;  4L1A A;  5P54 A;  4A4Q A;  2Q63 A;  3WZ7 A;  5OZ6 A;  4ZSP A;  2QAK A;  1RPI A;  4EJK A;  1HXW A;  4I0Z A;  3UDK A;  4DQH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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