2AVMA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALIDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avmA00
3TPJA 4DV9A 3QPJA 2FIVA 2ZJNA 5OYYA 5P1HA 1G6LA 1SIPA 1EPNE 5P3XA 4EQJA 5OZ6A 5P3GA 3FNSA 1XE5A 4R91A 4Y58A 5P04A 2BPXA 1OEWA 4Y4XA 3Q4BA 2WF3A 3QP0A 2QD6A 2WJOA 3N3IA 1OHRA 3FIVA 1K2CA 5OZSA 2QMDA 5DR7A 2AOGA 4CPXA 4LP9A 3ZOVA 1PSAA 5P00A 2Q3KA 2I4VA 5P6ZA 1NH0A 1QS8A 2VS2A 4ZSMA 1PSNA 3S54A 4ZPGA 2ZDZA 1ZPKA 4OBGA 5P5QA 5OZHA 4DJRA 5DR0A 3QI1A 4EP3A 5OZ7A 3OAGB 3NDXA 5OZ5A 5SZ9A 1FIVA 3KN0A 2BPZA 3TKWA 5P2SA 4RYGA 3ST5A 2F3FA 4WY1A 1HBVA 1LYAA 5P2KA 1PPKE 1HIIA 4FM8A 4Y6MA 1TCXA 4QJ9A 1PFZA 5OZCA 5P8NA 2NNPA 4RROA 4J17A 2AOFA 5P2EA 3T11A 1PSOE 4ACXA 3GI0A 2WF0A 2UXZA 2HPEA 2R8NA 3QRVA 4Y5GA 3ZKGA 4J1EA 4YD5A 1YX9A 1OEXA 5P0JA 4Q1XA 4QGIA 4CP7A 2VJ7A 3M9FA 3INFA 3PMUA 4GJ8A 1BV9A 2WEAA 3T3CA 4RLDA 4Y45A 1YM2A 4D85A 5P61A 5P3WA 4Q1NA 6UPJA 2AOEA 3K1WA 4Y48A 5HD0A 5HCOA 1FQ6A 5P3IA 4RVXA 1HVHA 4LXKA 5DQ5A 3UFNA 3TL9A 4GJ6A 4R93A 3O9HA 4YCKA 4ACUA 5P5SA 2QAKA 2VIJA 3MXEA 2FLEA 5OYUA 3OOTA 5P3QA 5KOQA 5SXNA 5I3VA 4Y3EA 3PRSA 2PK5A 4Y3AA 5KR8A 2AOJA 2NR6A 4Y4WA 5P4FA 3I8WA 1ZJ7A 5P33A 3PCZA 1HVLA 5P41A 5P1OA 3HAWA 5P72A 5P5PA 2VJ6A 3OGQA 1YT9A 5P5EA 2G1YA 2VIZA 3HD8A 4DJYA 4DQBA 5P10A 1HVIA 3UHLA 4EJLA 1EBWA 2WEZA 3APPA 4HE9A 1A94A 5P5OA 1YTHA 5P3PA 5P53A 5P67A 2RENA 2G1OA 1AJVA 3S43A 4J1FA 2XFKA 5P8VA 2G1NA 1FKNA 4CPTA 4HVPA 5COPA 4OBZB 5OYSA 3ZKNA 3VFAA 1E5OE 4ER4E 4DJXA 4OD9A 1EBKC 4Y3GA 2QMGA 1W6HA 5P57A 5AGZA 4EPJA 3NUOA 1E81E 3QROA 1T6EX 5P27A 1K1UA 1QBSA 1META 2I4XA 3BVAA 1MIQA 3ZPTA 4EWOA 3OUBA 2G24A 2OHTA 3OOZA 2QZXA 5P2BA 5DR4A 3VYEA 2HS1A 2QZWA 5DR1A 2Q54A 5P11A 3G6ZA 1HEGE 5P06A 1B5FA 3CIBA 3PWWA 3CICA 1FQXA 3WZ7A 3UDPA 4QJ7A 4DJUA 3OTYA 3R4BA 4I0FA 4H3IA 3TNEA 4Y3DA 1SGUA 5P8CA 2HB2A 4J0YA 3NU6A 4RVIA 5DQ1A 5P3AA 2QI7A 3OUDA 2G27A 4J1IA 4TRWA 5P56A 3TKGA 3IXOA 3FNTA 1HVJA 5HDVA 4Z22A 4F74A 3SAAA 4B70A 3S45A 3VV6A 3KFNA 4JPCA 2NXDA 1J71A 3O9GA 5OZZA 1EPLE 1AXAA 2IS0A 5P8QA 5OZMA 3QBHA 3TPPA 4Y4GA 4APRE 2PYMA 2XYFA 3I2LA 5ER2E 5P1NA 1ODYA 5DQ2A 5P78A 4B72A 1K6PA 4Y3LA 4YD4A 1HVRA 2NXLA 2V0ZC 2IGYA 1B6LA 4EXHA 5IVSA 5OYXA 1E82E 4XKXA 1W5VA 3O9CA 5DQCA 4F76A 5IVQA 1TW7A 4Y44A 3TPLA 4Y38A 4H3FA 3PGIA 5OZNA 5P23A 2V00A 2HB3A 3BUGA 2BB9A 5F01A 4QJAA 1DPJA 4QJ6A 4Y5AA 5OZ3A 3KMYA 3IVIA 3VLAA 5P50A 5P7TA 4OBJA 4YD6A 2P3AA 3KDBA 2ZJHA 1K2BA 1QBUA 4YCYA 3A2OA 3I7EA 5P3VA 3PBZA 5P6FA 5P3EA 1SGZA 4BFDA 5P0CA 1B6MA 1D4KA 2OF0A 3L38A 3PEPA 5P6XA 2R5QA 5P71A 1ENTE 1EC1A 3PCWA 3PBDA 5HU1A 2PWCA 3VCMA 1EAGA 5P7VA 2VA5A 5P5MA 2I4WA 4S1GA 4L7JA 5COOA 1AZ5A 1DP5A 3OHFA 5P4WA 5P07A 4I11A 4UPJA 5UPJA 1D4JA 4LBTA 4R8YA 3OGPA 5P5DA 5P6PA 3BUHA 4JPEA 5P1KA 1W5XA 1DAZC 3HVGA 1W50A 3VYFA 1TSQA 2Q11A 3UDQA 2QI3A 3O9DA 5P6EA 4Y3TA 2QHCA 3R1GB 4FM6A 5DPZA 2WF4A 2NXMA 1XL5A 3PLDA 3EL4A 5P80A 2P83A 2AVOA 3OY4A 5P5HA 2HAHA 5P8HA 3JVYA 3S2OA 3KFPA 1JLDA 2I4QA 4YDFA 3EKXA 5P5FA 5P15A 5P1RA 1HVCA 1EPME 1FF0C 3UQUA 3N4LA 5C9FA 1G0VA 1K1TA 1UH8A 3IVHA 4U7QA 5P6YA 1EC0A 5P89A 3MSJA 1EC2A 5P7AA 5P3LA 5P7LA 1SDUA 5P2MA 3LIQA 4PYVA 2JJIA 3NLSA 5P2TA 1ODXA 3R2FA 5P85A 5P3CA 3IAWA 3AUPA 4Z4XA 5P7BA 1GVVA 3O9IA 5P30A 3KA2A 5P01A 1N49A 5OZRA 4Y4JA 1ZP8A 1FGCC 4J1HA 4Y35A 3GI4A 3EL5A 4AZYA 3BC4A 5PEPA 4I12A 3ZPUA 4NJTA 3AIDA 4YA8A 3G70A 3BHEA 2NPHA 1LYBA 5P2JA 4X2LA 3IN3A 4Y5MA 4FGXA 5P4EA 2QI0A 1E80E 5P0FA 2HB4A 4RGHA 2AIDA 5P0TA 5P6RA 1WBMA 5P4YA 2AZCA 1HWRA 5P0AA 4Y37A 5P20A 2JJJA 5APRE 2PMAA 3OADB 4LAPA 2AVQA 1NSOA 3OXVA 4H3GA 5OZXA 4YE3A 3D91A 1VIJA 5KR2A 3Q5HA 3UQPA 2AZ9A 1LZQA 4EHCA 1BV7A 1HXBA 3ZKQA 4EP2A 2B8LA 5I3WA 4ER1E 2PSVA 5P7SA 2PK6A 4Q1WA 1C6XA 5OZLA 3OU1A 3D1ZA 3ZKSA 3U7SA 2QU2A 3C9XA 2XYEA 4HLAA 5P8UA 3I6OA 4ZPEA 2BKSA 5P7WA 3UQRA 1BXOA 2NNKA 2OHUA 1ZAPA 1APWE 4Y41A 3TPRA 1GVXA 4EYRA 4ZSRA 2G1SA 5P2CA 1MSMA 2OHNA 2SAMA 5HDXA 4DQEA 2AZ8A 4Z2ZA 5P3NA 3R0WA 4Y4DA 2HIZA 4L1AA 4J54A 5SY2A 3RTMA 4K9HA 3INEA 5P4LA 3OQKA 2AQUA 4Y5KA 5P0NA 4ZE6A 4KUPA 3EKWA 5CLMA 5P05A 3OU4B 3QAAA 2FXDA 1SP5A 2AVMA 4RVJA 4Y39A 2IKUA 5OZUA 4GJAA 1D4HA 4QJ8A 1KJ7A 3PVKA 1YM4A 3S85A 3TTPA 1CMSA 4WTUA 5EZZA 4RYCA 5P3TA 1VIKA 3SQFA 3CMSA 5P8FA 1C70A 1A8KA 1FG6C 5OZ1A 4I0IA 3OWNA 5P5LA 4I0DA 2Q63A 4Z50A 5B18A 4Y4BA 3JVWA 1CZIE 2G26A 2B42A 3T7QA 4Y3MA 4Y51A 2QMFA 4B05A 5HVPA 1KJ4A 3URJA 3OXCA 5P7KA 5P46A 4FE6A 2QCIA 3U71A 3D20A 4D8CA 5IVTA 4NJVA 3SA4A 2WECA 3DCKA 4Y3JA 5DR3A 5KQXA 3NWQA 2Q55A 2QNQA 3LIZA 1FQ5A 4NJUA 4Y54A 2F81A 5DR8A 3HAUA 3L5EA 3SO9A 5P0QA 5C9DA 4K4QA 5P28A 3FNUA 2FNTA 1A8GA 1EC3A 5P6UA 3EBZA 4J5JA 5IVRA 4R5NA 4I0HA 3IA9A 3CKTA 5P29A 2P3BA 1FB7A 3INDA 4APEA 5P51A 1LF4A 3OQ7A 5P6BA 5P2QA 5I3XA 4MC1A 1APVE 2FDPA 3OQDA 4DPFA 1M4HA 3DCRA 3EM3A 5P6KA 5P1BA 4XXSA 2ZJLA 2WEBA 3VF7A 2VIEA 5P5KA 5P48A 4OBDA 4YOAA 1APUE 2QI6A 5P8TA 5P7PA 4N00A 3S7LA 5P37A 2VNMA 1M43A 1HSHA 3NDUA 3S7MA 3HDKA 2ZJMA 1MERA 5P7UA 5P4UA 3VF5A 1MVPA 2ZJIA 5P54A 2WF1A 1Z1HA 5P1MA 4NPTA 5P43A 3S53A 3EKTA 5P6WA 2UPJA 3GGAA 3JW2A 2P3DA 2Z4OA 4GB2A 2I1AA 3FKTA 5OYZA 5P4RA 5P75A 4JOOA 1LF2A 1UH7A 3PWRA 3O99A 1G35A 3ECGA 4QJ2A 2EWYA 1YG9A 4I8WA 4JP9A 1D4LA 5P6NA 4Y36A 4BFBA 2PQZA 2WHHA 5P1TA 3BGBA 3VSWA 5P3KA 5KQYA 5BRYA 3RTHA 5COKA 5P1GA 3HZCA 3TOFA 4Q5MA 1GNNA 1HTGA 3BXRA 4OC6B 5P16A 3NU9A 3ZMGA 1BDRA 3VV8A 5P88A 4Y47A 3MSLA 1AIDA 3RSXA 2WKZA 3OAGA 5P0BA 5P5RA 5P03A 1HTRB 2ZJJA 5E5KA 4H3JA 4YD7A 3LINA 5P7MA 3ZKMA 1XN3A 3B80A 5P8IA 5P77A 5P7ZA 5P36A 4ZSQA 4CMSA 3SLZA 1FMUA 1HSGA 1APTE 1GNMA 1W51A 1HVKA 2OHSA 4Y3PA 4L7GA 3K4VC 3UQWA 3CIDA 4AA8A 2J9JB 3Q3TA 3BGCA 1FQ7A 4HDBA 3LZYA 3NXEA 5DQ4A 1K6CA 4CPWA 5P4SA 5P2DA 2AOHA 4I8ZA 3OXXA 1FFFC 4R95A 3CKPA 2BBBA 2BQVA 6APRE 2I0DA 4D88A 2IKOA 5ISKA 4FM7A 5P5BA 3PB5A 5KR0A 1ER8E 5P18A 3DM6A 4K4PA 3HLOA 2QK5A 1B6KA 3DV1A 1QRPE 1EPQE 2AODA 5P52A 4FAEA 5P0HA 1F7AA 5P7NA 5OYTA 3MXDA 3OTSA 1LEEA 2G20A 4FRJA 5P26A 1HTFA 5P7QA 5P5ZA 3L5DA 5HE5A 5P3BA 4LC7A 5P34A 3BRAA 4GJCA 5P7EA 3UDMA 4FCOA 3HBOA 3KFRA 3IN4A 5OZTA 5P0MA 3URLA 5P5XA 1SMRA 4DQCA 1BBSA 1SDVA 2O4SA 3O9LB 3KFSA 2A4FA 4J1CA 1HPVA 4DJOA 3EL1A 1XN2A 4DI2A 3WB4A 4YD3A 1MSNA 1HOSA 5P7RA 3CYWA 5P2YA 4CKUA 2F3KA 5P3JA 5P74A 4RCFA 5P5IA 5P4MA 3T6IA 5P7DA 4MC6A 4YDGA 4GIDA 2WL0A 1KZKA 1RQ9A 5P4IA 2QHYA 4YCTA 4ZPFA 5P66A 2QU3A 5OZBA 4I0JA 5P69A 4NPUA 3K4VA 5P0IA 4GMIA 4PEPA 3S56A 2R3WA 4LXAA 2OHKA 1BDLA 1EPOE 5HU0A 2JYSA 3D1YA 5P4QA 3VSXA 5P44A 3RTNA 1QBRA 5P6HA 5P3ZA 4GJ9A 1EPRE 3U6AA 3KM4A 5P45A 5P3DA 1MUIA 3OUCA 3SA3A 1T3RA 3BUFA 3PM4A 1K6VA 2P3CA 3KT2A 5P1JA 1C6ZA 2QP8A 5P08A 4J55A 4GJ5A 2XFJA 5P31A 5P6VA 2BJUA 5P65A 2Q15A 2QI5A 5I3YA 4Y3FA 2PH8A 5EZXA 5P79A 2OHQA 4DVFA 4H1EA 4ZSPA 3EKVA 1FFIC 5P6CA 2WEDA 3LNKA 4LXMA 3L5BA 1Q9PA 2F3EA 3RU1A 1NPAA 3TH9A 7UPJA 4EJ8A 5P1WA 2ZYEA 1EBYA 1RNEA 5P8PA 3EL9A 2OHLA 4KE1A 1RV7A 4DPIA 3INHA 3DK1A 3DUYA 3O9BA 5OZGA 5P83A 4EJDA 4OBHA 2R43A 3QBFA 2B7ZA 3NXNA 5P3SA 4DH6A 4Y56A 1G2KA 3UDHA 5P1PA 5P68A 4L1AB 2PSUA 1MT8A 4XX3A 5P6IA 3L58A 4HDFA 4EXGA 2B8VA 3PJ6A 1GNOA 3UQXA 4FRKA 1YTGA 3BVBA 5P4ZA 1TZSA 3TOGA 3T7XA 4HA5A 5P4BA 5OZYA 2OHRA 3OK9A 2MIPA 4Y3WA 5P4OA 4QLHA 5OZAA 3MWSA 2HPFA 3FV3A 5P40A 3EM4A 4Y3HA 2R5PA 3GGVA 5P86A 3EXOA 5AHCA 4IVSA 1LF3A 5P2FA 3URIA 2OAHA 5P5YA 5P2OA 1B6PA 1F34A 2P4JA 2QNPA 5DGWA 5P4CA 3K5FA 5P1UA 3NDWA 5P7FA 1HVSA 5P0RA 2ZHUA 1BILA 1IZIA 5P0SA 4AUCA 5P8BA 3WZ6A 4NJSA 3NDTA 3EKYA 5P17A 5P6GA 5P1QA 3DOXA 5P4TA 1FG8C 1BIMA 3LPJA 2ZHVA 3UFLA 4B1EA 1KJGA 4U8WA 4B1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPJ A;  4DV9 A;  3QPJ A;  2FIV A;  2ZJN A;  5OYY A;  5P1H A;  1G6L A;  1SIP A;  1EPN E;  5P3X A;  4EQJ A;  5OZ6 A;  5P3G A;  3FNS A;  1XE5 A;  4R91 A;  4Y58 A;  5P04 A;  2BPX A;  1OEW A;  4Y4X A;  3Q4B A;  2WF3 A;  3QP0 A;  2QD6 A;  2WJO A;  3N3I A;  1OHR A;  3FIV A;  1K2C A;  5OZS A;  2QMD A;  5DR7 A;  2AOG A;  4CPX A;  4LP9 A;  3ZOV A;  1PSA A;  5P00 A;  2Q3K A;  2I4V A;  5P6Z A;  1NH0 A;  1QS8 A;  2VS2 A;  4ZSM A;  1PSN A;  3S54 A;  4ZPG A;  2ZDZ A;  1ZPK A;  4OBG A;  5P5Q A;  5OZH A;  4DJR A;  5DR0 A;  3QI1 A;  4EP3 A;  5OZ7 A;  3OAG B;  3NDX A;  5OZ5 A;  5SZ9 A;  1FIV A;  3KN0 A;  2BPZ A;  3TKW A;  5P2S A;  4RYG A;  3ST5 A;  2F3F A;  4WY1 A;  1HBV A;  1LYA A;  5P2K A;  1PPK E;  1HII A;  4FM8 A;  4Y6M A;  1TCX A;  4QJ9 A;  1PFZ A;  5OZC A;  5P8N A;  2NNP A;  4RRO A;  4J17 A;  2AOF A;  5P2E A;  3T11 A;  1PSO E;  4ACX A;  3GI0 A;  2WF0 A;  2UXZ A;  2HPE A;  2R8N A;  3QRV A;  4Y5G A;  3ZKG A;  4J1E A;  4YD5 A;  1YX9 A;  1OEX A;  5P0J A;  4Q1X A;  4QGI A;  4CP7 A;  2VJ7 A;  3M9F A;  3INF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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