2AVQA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bh5 isolate)
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avqA00
4DPIA 5P2EA 5P18A 1NPAA 4KB9A 1SDUA 4Y58A 5P61A 5DQ2A 2ER6E 5P5GA 3PHVA 1FFFC 3KDCA 3PCWA 1MUIA 5P0JA 4Y35A 4MC6A 1XN2A 3PI5A 5P6ZA 3CMSA 5P11A 3OUAA 2PH8A 1K2CA 1META 2UY0A 5P8DA 3TPRA 1SDVA 5OYXA 2PWCA 5P66A 1EC1A 5P1XA 1LYWB 3SPKA 4IVSA 5OYZA 2A4FA 3ER5E 3OUDA 2HB4A 5P4YA 5P04A 4Z22A 1PSNA 4F73A 2QI5A 5APRE 3URJA 3NDTA 1ZP8A 2QI4A 3L5BA 3QRMA 5HD0A 5P7UA 1B6JA 1XS7D 5P1OA 1HEGE 5JG1A 3WZ8A 4Y3LA 5P5WA 3H5BA 5KQZA 3QRSA 2NNKA 4CPUA 5P5RA 3S2OA 5P1JA 3WB4A 3KT2A 2AOJA 5DR7A 3IVIA 3RTNA 4Y4GA 4COEA 2PYMA 4OBHA 4PYVA 2G20A 3O9AA 3PSGA 1EC2A 4YCTA 5P6DA 2Q54A 4OBZB 1WBKA 5P0LA 4EJ8A 2RSPA 5HDZA 2ZGAA 5P16A 5P51A 3KMXA 5P6YA 3T7XA 2F3FA 2ZDZA 1WKRA 3PSYA 1BDLA 5P4DA 3VSXA 1HPVA 3OU3A 5P0CA 3URIA 5OZZA 5P79A 4KE1A 5P6HA 4B1DA 5P20A 1D4LA 3VYFA 3UTLA 1A30A 2OHTA 2Z54A 5P3HA 2IDWA 5P3QA 1XL5A 3Q6YA 1F7AA 4QJ6A 1FQ7A 5P7DA 5OZDA 2ZJNA 5P59A 5ENMA 5P2KA 1UH7A 5OYSA 5JFPA 4RYCA 1OHRA 3ER3E 3LZYA 5P5XA 1HSHA 1B6LA 5P1TA 1NSOA 3UDQA 3EBZA 1K2BA 2QD7A 3PMYA 4Y3XA 1MSMA 5P6OA 3SKGA 3EC0A 1BWBA 4Y43A 2FNTA 5OYTA 3OXXA 4RVXA 4QGIA 3RSXA 5DR3A 5P7GA 4Y5PA 3UQPA 1ZSRA 5KR1A 2WEBA 1DMPA 1T6EX 3SFCA 5P1NA 3Q70A 5P5KA 1C6XA 3O9GA 3INDA 4D85A 4Y4JA 5P4HA 2R3WA 5OZPA 5P2WA 3UDNA 2QAKA 4AUCA 3DV5A 4LHHA 4FAEA 2O40A 5P80A 5OYRA 4BFDA 5P7IA 2HB2A 3KT5A 1MT7A 3WZ7A 1BAIA 2WHHA 3NSHA 3VFBA 5P17A 5KOSA 5P37A 5P2LA 4YDGA 1HOSA 5P3ZA 1D4IA 4RRNA 1APWE 5P72A 2HPEA 1M4HA 5OZ0A 3LIQA 2I4XA 3EXOA 3OTSA 3PM4A 1FMXA 5P2MA 4RVIA 2WF3A 5P44A 1IIQA 4FSLA 4U7VA 3CKTA 2AOEA 1HBVA 3SAAA 2AOGA 4OD9B 4ACUA 2FGVA 2MIPA 5P3SA 3LPKA 1NPWA 2I0DA 1EEDP 5P3VA 3PRSA 1E5OE 1HVLA 1BILA 2QP8A 4Z2ZA 4H3FA 3KMYA 1N49A 3KF0A 2IGXA 3KFSA 4HDFA 2V16C 5P2DA 5P8TA 2OHNA 2OHRA 4K4QA 4PZWA 5P3WA 4Y54A 1B6MA 1KZKA 4CPXA 2G22A 5P4CA 2R9BA 5P8IA 3NYGA 4NPUA 5P83A 5P32A 3OU1B 2O4KA 5P6IA 5OZYA 4GZFA 3IA9A 1AJVA 2QCIA 4EQ0A 3PLLA 5SY3A 3VLAA 3BGCA 4OD9A 4RROA 2AVVA 1K1UA 1DP5A 1YM2A 4Y4DA 1RPIA 3KFRA 2HAHA 5P43A 1HVRA 3FNSA 5P8AA 3UCBA 2B7FA 1IZDA 5P3LA 4DQFA 3BVAA 4Y50A 5DGWA 5P8HA 3MWSA 3KFNA 1EPRE 1GVTA 3ZKNA 5OZ8A 4J0VA 5P7EA 1ME6A 3N4LA 4QLHA 1HWRA 4I0IA 3ST5A 4FRSA 4Y5LA 5OZWA 5P3OA 3KFPA 5JFUA 2Q64A 1B6PA 3UPJA 5DR8A 5P64A 5P2ZA 5P34A 5P2XA 2I0AA 1G6LA 3KYRA 5AH9A 5OZIA 5P2NA 2UXZA 5OZ5A 5P3FA 5P7CA 4ZSRA 3NUJA 4H3GA 1BIMA 3ZL7A 2G21A 5CONA 7HVPA 3FV3A 4LL3A 2G1RA 4FRKA 5P7OA 5P3EA 1EBKC 5P09A 5P6KA 2G94A 1RNEA 3B80A 3O9HA 3PEPA 4YHQA 1T7JA 5SZ9A 4ZSPA 5P8UA 4RRSA 4DJUA 1BVEA 5P4IA 4NJSA 2FLEA 4Y3RA 5E5KA 5I3XA 1QBRA 1EPQE 3M9FA 2G1OA 5P0PA 2PC0A 4PZXA 2QMDA 1GVVA 5P7NA 5DQCA 3VYEA 4EXHA 1ZPAA 5P2FA 3RTMA 3UDRA 4EP2A 2R8NA 3I8WA 4Y3AA 5HU0A 3CIBA 3TTPA 3IXJA 5IVRA 4LAPA 3OXVA 4I8WA 2NNPA 5DR4A 3UQXA 1FFIC 4APEA 3I25A 4ER1E 4Y3ZA 2G1YA 4YE3A 1FGCC 3IAWA 3GI4A 3EL5A 5AH6A 3O99A 5HDUA 5COOA 5P40A 3EMYA 1B11A 5P0YA 3KN0A 1C70A 3NWQA 5IVSA 5ENKA 1HXWA 1AVFA 3JW2A 3S54A 4EJDA 3U7SA 3OQKA 5P7QA 3SKFA 4YCYA 5BWYA 5P4EA 2FDDA 5P88A 1YTIA 1T3RA 5P1BA 5OYQA 4LC7A 4YD7A 4HDBA 1XDHA 5DR1A 3I2LA 1T6GA 2NMYA 5P78A 5P0RA 5P3AA 3JVYA 1W50A 3MSKA 2F3EA 3VSWA 6FIVA 4D83A 3D20A 4YBFA 4S1GA 1RV7A 3PWRA 5P0IA 1DW6C 4GB2A 5P8KA 3FIVA 5P3UA 1HTFA 5ISJA 4A6BA 5P2VA 5P26A 2AOIA 5P1GA 3INEA 2IL2A 3HW1A 3UDKA 4Y3EA 3EM3A 3TLHA 3SM2A 4DFGA 4YCKA 2V13A 3R0YA 5OZTA 3L5CA 2FDPA 4R5NA 3S43A 5OZOA 3WSJA 4CPRA 4EQJA 3HD8A 3B7VA 4Y4BA 3ZKSA 4DJXA 5OZHA 1SIPA 4YD3A 3ZPTA 5P0TA 5HCTA 5P81A 3WB5A 3HVGA 5I3YA 2VJ9A 5OZUA 5P4UA 2QMGA 1OEWA 4K4PA 3L3AA 2IENA 3IXOA 1TSUA 1UH9A 3D91A 8HVPA 4R92A 1PPKE 3SA8A 1PPME 3K5CA 4I11A 2PYNA 2QI3A 4KUPA 5P1PA 5CLMA 5OZLA 5P1ZA 3BXSA 1ZJ7A 3OADA 5P0MA 4GJ7A 2FS4A 1FMBA 5P65A 5P2GA 5J25A 3PI0A 2VIJA 4EXGA 2QD6A 2PH6A 3TPJA 5P3NA 2QMFA 5P3IA 5P7JA 1UH8A 2VKMA 5HCOA 4RYGA 4R91A 1ODWA 5F01A 9HVPA 2AVQA 1EC3A 1MT8A 2CEMA 2BPWA 4FL8A 2QNNA 3OGPA 1T7IA 5DGUA 1ODXA 3GGVA 1Z1HA 7UPJA 1YT9A 5P6NA 1D4SA 3BGBA 5OZ2A 2QI0A 4EWOA 2HS2A 3O9CA 2P8HA 5OZBA 2BPZA 5IVTA 4HE9A 3OGQA 3K4VA 5P1VA 3SA5A 1A8KA 2AIDA 3I6OA 4F75A 1MRXA 2QI6A 5COPA 2J9JB 2XFIA 2QI7A 3O9DA 4RCDA 1MPPA 4J0TA 4I0GA 5P2OA 2HPFA 4Y48A 1U8GA 2AZCA 1PFZA 2ZHRA 4XXSA 4B72A 3PSUA 5P49A 5P1SA 5P05A 5P08A 3Q5HA 2J9KA 1W5WA 3QVIA 4CPQA 1FQ5A 5DQ5A 5P63A 5P86A 2OHKA 4Z50A 1E80E 2ZJMA 5P25A 3TH9A 3QAAA 5P35A 4OBKA 4Y45A 1MSNA 1D4JA 3QBFA 4EYRA 2AOFA 1BDRA 2B7ZA 1C6YA 4RCEA 4X7IA 5P19A 3BC4A 4I8ZA 2QZKA 1M0BA 1HVHA 1FIVA 4Y5KA 1IZHA 5P2AA 1YTJA 2BPXA 5P1HA 5P5SA 2V0ZC 5P1EA 4ZSMA 2NXDA 1TQFA 5AHAA 2J9JA 3IGBA 3OQDA 3TPLA 1BDQA 2AOHA 2WEAA 4KE0A 5P4LA 3G6ZA 4J1EA 5P5YA 5P6TA 1BXOA 4Y3PA 3QRVA 5HE7A 3VV7A 2Q15A 4DQGA 4PEPA 3QN8A 3OHFA 4GJBA 3VV6A 4Y5EA 1KJ4A 4DJOA 4MC1A 2WEDA 5P03A 4Y3MA 3NU5A 3MSJA 2ZHTA 1TW7A 5C9DA 3PLDA 4L7HA 1GNMA 5P6RA 2PQZA 5DPZA 5AH7A 3T6IA 4EHCA 3UQRA 5DQ1A 4M8YA 1ER8E 2RMPA 5P55A 4Y4TA 5P4JA 5OZVA 1IZIA 2VS2A 3DUYA 3O9FA 1M43A 1XE6A 2RKFA 2WF1A 5P7SA 3HVPA 5P0SA 4QJ2A 5P6FA 2HS1A 4LXKA 3PJ6A 3IXKA 5P54A 2R5PA 4GIDA 3AIDA 3IN3A 3UFNA 2BB9A 1HPXA 2G27A 3LIYA 4I0HA 5P4PA 3OUCA 4J0PA 5P6LA 4J1CA 5P6PA 2VIZA 3QBHA 1ZBGA 3BXRA 3QP0A 3GGXA 2XYFA 5P8LA 4Z4XA 5P8JA 4PHVA 2JYSA 3EM6A 2V10C 2ZJJA 2AOCA 4FS4A 2QI1A 3LITA 5P7MA 3SA7A 5P33A 2I1AA 2R5QA 3EKVA 1YG9A 3BUGA 5P5FA 5P5CA 5PEPA 1PROA 1WBMA 4AA9A 1K6PA 5OZ9A 4ZPEA 4B70A 3EM4A 5P07A 4F74A 5B18A 4OBJA 3SQFA 3EKXA 4R8YA 5P28A 5AGZA 4QJAA 1SIVA 3G72A 2AZBA 2IEOA 4J1IA 3ZKQA 1XN3A 4GYEA 3TL9A 2R38A 1TZSA 5P6GA 3HAUA 1KJGA 5P39A 4YA8A 2JXRA 4Y4XA 3VF3A 1CMSA 1W6HA 4IVTA 5P12A 4U7QA 2PWRA 3VV8A 3LIVA 3R0WA 1FB7A 1MESA 4ZPGA 2FDEA 4HVPA 5P1RA 4FIVA 1ZAPA 2XYEA 4K8SA 2F3KA 5P6JA 1GNNA 2HM1A 4OBGA 3PMUA 3GW5A 3OUBA 5P7XA 3HBOA 5P58A 5P3TA 4J1FA 5P4KA 5P0HA 5P4XA 5P57A 5P7WA 5P8VA 1DIFA 2ZJIA 4HLAA 4Y47A 1W5XA 3HAWA 2V11C 4Q1XA 5OZGA 5P6CA 5KR0A 3L5EA 4AA8A 5OZ4A 5P8FA 1FQ4A 4I0EA 2QNPA 1VIJA 3BRAA 3EKPA 4GJDA 4FGXA 2BPYA 1LF2A 5P8SA 3UDYA 4H3IA 5DQ4A 5P4SA 3O9IA 5P6UA 2G1NA 5P7FA 5I3WA 4DJRA 3SA6A 3L5DA 5P3JA 1BBSA 3TPPA 1ZPKA 2BKTA 3O9LA 3NUOA 5P4GA 4Y36A 5P8PA 3GGUA 1TSQA 2Q5KA 5P4NA 2QU3A 4YD4A 4GJCA 5P0UA 3PB5A 3K5GA 3T7PA 2F81A 1FG8C 5P42A 3GI6A 2ZJHA 5P27A 5P7YA 5P2TA 2P83A 4Y57A 2WJOA 5P7TA 5HVPA 2FMBA 3OAGA 5P2YA 5P8MA 5ER1E 1QRPE 5OZ7A 1EPLE 2BQVA 4Y5GA 1DAZC 4ER2E 5P5VA 3U71A 2XFKA 4Y4ZA 2IKOA 4RCFA 3DCKA 4FCOA 5P73A 2QZLA 1YM4A 3NXNA 5P1WA 1HPSA 5P5EA 3APPA 4L1AB 1SBGA 2O4SA 2ZYEA 3PGIA 1HEFE 3FKTA 4Q1YA 4ZSQA 5JODA 5P4FA 3EL9A 3TNEA 1Z8CA 5BS4A 4ACXA 5P3BA 2QD8A 3EKTA 2I4WA 3K5DA 1AIDA 4RGHA 1FMUA 5P4ZA 5P10A 5AH8A 1ZLFA 3NWXA 5P3KA 4HEGA 2V00A 2H6SA 5P1CA 2OHMA 1KJ7A 2QZXA 3OHHA 3UF3A 4R93A 5P15A 3VLBA 4D8CA 3JVWA 5P1UA 1APVE 1GNOA 4FM8A 5IE1A 3R2FA 4RZ1A 4B0QA 2ASIA 5P5NA 1GVUA 4JECA 2BPVA 1QBSA 1A9MA 1HSGA 2ANLA 5P6QA 3T11A 2HB3A 2G26A 1EPNE 4UPJA 3D1ZA 3OQAA 6APRE 4YD6A 3VG1A 2AVOA 1CZIE 4YOBA 5P1AA 1KJFA 1B5FA 4L6BA 4EJLA 5OZAA 5OZXA 5P8EA 3S43B 5P5TA 4L1AA 1PPLE 1EAGA 3WZ6A 5P2QA 3F9QA 5OZ6A 3GI0A 4OBFA 5P0DA 4Y4WA 4FLGA 4XX4A 4Y4UA 4I1CA 1W51A 3S7MA 3FNTA 4I0DA 5UPJA 3HLOA 3L5FA 2AODA 4I12A 4DQCA 1HTEA 4Q1NA 4GJ6A 4HZTA 5P4RA 3EL1A 4XX3A 4Y5AA 4YBIA 5P0KA 2QNQA 1F34A 4CPTA 2P3CA 4F76A 2IRZA 4Y5NA 4QJ8A 3Q4BA 1IBQA 3ZKGA 1ZSFA 1FLHA 3ECGA 3S53A 3OADB 5P5JA 2CENA 4Y3QA 2WF4A 4GJ5A 2HIZA 4M8XA 4DH6A 4QJ7A 3OU4A 5KR2A 2EWYA 2VA6A 1W5VA 2ZE1A 5OZMA 5P3GA 5BRYA 4CPWA 1LS5A 2VA5A 5P3CA 1K6VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DPI A;  5P2E A;  5P18 A;  1NPA A;  4KB9 A;  1SDU A;  4Y58 A;  5P61 A;  5DQ2 A;  2ER6 E;  5P5G A;  3PHV A;  1FFF C;  3KDC A;  3PCW A;  1MUI A;  5P0J A;  4Y35 A;  4MC6 A;  1XN2 A;  3PI5 A;  5P6Z A;  3CMS A;  5P11 A;  3OUA A;  2PH8 A;  1K2C A;  1MET A;  2UY0 A;  5P8D A;  3TPR A;  1SDV A;  5OYX A;  2PWC A;  5P66 A;  1EC1 A;  5P1X A;  1LYW B;  3SPK A;  4IVS A;  5OYZ A;  2A4F A;  3ER5 E;  3OUD A;  2HB4 A;  5P4Y A;  5P04 A;  4Z22 A;  1PSN A;  4F73 A;  2QI5 A;  5APR E;  3URJ A;  3NDT A;  1ZP8 A;  2QI4 A;  3L5B A;  3QRM A;  5HD0 A;  5P7U A;  1B6J A;  1XS7 D;  5P1O A;  1HEG E;  5JG1 A;  3WZ8 A;  4Y3L A;  5P5W A;  3H5B A;  5KQZ A;  3QRS A;  2NNK A;  4CPU A;  5P5R A;  3S2O A;  5P1J A;  3WB4 A;  3KT2 A;  2AOJ A;  5DR7 A;  3IVI A;  3RTN A;  4Y4G A;  4COE A;  2PYM A;  4OBH A;  4PYV A;  2G20 A;  3O9A A;  3PSG A;  1EC2 A;  4YCT A;  5P6D A;  2Q54 A;  4OBZ B;  1WBK A;  5P0L A;  4EJ8 A;  2RSP A;  5HDZ A;  2ZGA A;  5P16 A;  5P51 A;  3KMX A;  5P6Y A;  3T7X A;  2F3F A;  2ZDZ A;  1WKR A;  3PSY A;  1BDL A;  5P4D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VIK A;  5P5O A;  5P1L A;  5P6M A;  2ZHU A;  1EBW A;  5OZ1 A;  1HPO A;  3FNU A;  4Y41 A;  1J71 A;  5P0W A;  1UPJ A;  3PWW A;  2PSG A;  3LZS A;  2HC0 A;  4JPC A;  1LYB A;  5P4O A;  3OQF A;  5DR0 A;  1FQ8 A;  2OHS A;  1LYA B;  5P5B A;  2B8V A;  4NJT A;  5OZS A;  5P50 A;  2PSU A;  4APR E;  4BEK A;  3ZPS A;  4TRW A;  5P23 A;  3D1X A;  3O9B A;  5AHC A;  3RTH A;  3ZMG A;  2AVS A;  2ZHS A;  1OD1 A;  2VNM A;  5KQY A;  2FGU A;  2VIE A;  5P1I A;  3S85 A;  2I4D A;  3EL0 A;  2P3A A;  1D4H A;  3OK9 A;  4B1E A;  5P7A A;  5P7Z A;  1FF0 C;  2Q55 A;  2AZ8 A;  2H6T A;  3NU4 A;  4HA5 A;  4EP3 A;  1IZE A;  2ZJL A;  4CMS A;  5P89 A;  2UPJ A;  3UDP A;  5OZK A;  1IVP A;  2O4N A;  2VNN A;  2P3B B;  4ER4 E;  4J1H A;  1LYA A;  3PWM A;  3EKQ A;  2ER0 E;  1SH9 A;  3DV1 A;  3NU9 A;  3L59 A;  5P6V A;  2NPH A;  3KM4 A;  1SGU A;  4B1C A;  3K4V C;  4FE6 A;  3T7Q A;  2AZ9 A;  1MIQ A;  3LNK A;  1HVC A;  2G1S A;  4Y5C A;  4NPT A;  3RVI A;  3K1W A;  1BVG A;  3VFA A;  4B78 A;  4Y3W A;  2Q11 A;  2CEJ A;  2JE4 A;  2VJ6 A;  5P75 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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