2AVSA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avsA00
5KR2A 4FAFA 5P4HA 4XX4A 2WEBA 4A6CA 1TCXA 3NWXA 3NXEA 5P8CA 2APRA 3S54A 1QS8A 3IA9A 1U8GA 2VJ6A 5OZOA 2P4JA 2ER9E 5P6YA 1HVSA 4DJRA 3ZMGA 4YBIA 5P8TA 3UCBA 2ZHRA 2WF2A 3HDKA 5I70A 2HM1A 1HSIA 4FRKA 1AAQA 5P7UA 5P26A 4ZSRA 3O9GA 5OYVA 1KJ4A 1FG8C 3FKTA 4J0VA 1M0BA 4J0YA 5P3CA 5P3FA 2Q63A 4JP9A 3VF3A 4OBZB 5TOLA 1QBRA 4RCEA 2PC0A 4GB2A 2QAKA 4EJ8A 2QMFA 5P60A 5P2XA 3CIBA 3NU5A 1BVEA 5P3EA 3MSLA 4ZE6A 2IEOA 5P5UA 4B70A 2Q64A 1FMBA 5OZ6A 2UPJA 4R93A 3MSKA 1K1UA 5P0KA 7HVPA 3SO9A 4DUSA 4Y51A 4Z22A 2QD8A 5P17A 3RSVA 3O9DA 2AVQA 5HCOA 3URLA 3U6AA 5P57A 4PZXA 5P8AA 5P6DA 5OZ1A 4H3JA 5P74A 5P5DA 2R5PA 3T7PA 3QP0A 4Y3MA 4NPUA 3LHGA 3LIVA 1HSHA 5IVQA 4JECA 4OBDA 3QRVA 3EL9A 4Y4AA 5P7BA 4J5JA 1MSMA 3JVWA 3G6ZA 4Y3EA 3FNSA 1MRWA 2AOEA 2VA7A 4Y47A 1OD1A 2BPWA 2WF1A 4Y3AA 2IGYA 3MWSA 5P8PA 3HAUA 1FQ6A 5P4LA 5P3KA 1BV7A 3KYRA 5P2KA 5P1LA 5I3VA 2IKOA 1ZLFA 2G1RA 5KOSA 5P85A 3K1WA 2AOFA 3NDUA 3TKGA 5JODA 4Y37A 5IVRA 1AXAA 5P1QA 3T11A 4EJKA 4YOBA 5P0DA 3DK1A 5P6VA 1W5YA 4Y3NA 5P4YA 5P5RA 5BRYA 3EBZA 3KFSA 4FLGA 1SP5A 1N49A 4L7JA 1TCWA 3I7EA 4R5NA 5E5KA 1IVQA 5P14A 4M8YA 1OEWA 5KR0A 5P0PA 4B1CA 5P6OA 1EBKC 5P47A 5AH8A 3INHA 1LYBA 4EQJA 1M4HA 2B8VA 3F9QA 1EPLE 1PPME 2AQUA 1TQFA 2O4LA 1MUIA 5P7EA 4DJXA 4KE0A 1ZSRA 4BFDA 5P18A 5COPA 3RTNA 4AA9A 2HB3A 4Y4BA 5P2IA 3SPKA 5OZ3A 1HTRB 3PWRA 3RSXA 1B11A 4EJDA 4NJSA 3QROA 1BDRA 4WTUA 3RU1A 5P4GA 5P3BA 3NWQA 3BVAA 3TTPA 5DR1A 5P51A 5P6RA 5B18A 4Y4XA 3NDTA 1HWRA 4FM6A 3S43A 2PWCA 2RKFA 4I11A 3QRMA 2QZLA 3OQKA 5P2BA 5COOA 1E82E 4U7VA 2PH6A 5P1BA 3A2OA 5P15A 3S53A 1FGCC 2H6TA 3KMYA 4B72A 5OZ7A 1HXBA 3K5CA 1BV9A 1KJGA 2I1AA 2J9KA 3O9HA 5CLMA 5P1RA 3UDQA 4Y50A 4I8WA 4Y4WA 4H3FA 1OEXA 5P4SA 2G20A 2HS2A 3FNTA 3O9CA 4DJVA 4EYRA 3QBHA 1FQ7A 4DPIA 5P3HA 5P07A 3ZOVA 2NXLA 4RVJA 1T6GA 1ODYA 9HVPA 1YX9A 5DQCA 4Y45A 2XFKA 5DGUA 5P7YA 3K4VC 5P7WA 4Y57A 5P6EA 2BKTA 6APRE 5P67A 2PSVA 4EXHA 3VV8A 4LBTA 1K6VA 5P7SA 4HA5A 1TW7A 5IVTA 4FE6A 4JPEA 5P3VA 3UDMA 5P5WA 1IZHA 5P29A 4Y39A 3VG1A 3DOXA 5P5MA 5CONA 4ZPFA 4YOAA 4Y4JA 4B1DA 3OOTA 5P3PA 3HD8A 5P1JA 1B6MA 5OYQA 2ZYEA 3PSUA 1ZAPA 1IBQA 5P0MA 5IE1A 1A8GA 3S8IA 3CKRA 3NUOA 5P52A 4Q5MA 2QI6A 3IXKA 2NPHA 2AOIA 3O9FA 3GGUA 1C6XA 4DH6A 1YM2A 5EZXA 2PSUA 5P3QA 1UH7A 5P8DA 3RVIA 1HVJA 4CPRA 2AOHA 2PSGA 2ZDZA 3HAWA 5P4IA 3KDDA 1QBUA 3OQDA 3SFCA 4Y6MA 2WEAA 2ZGAA 4Q1WA 3IVIA 3H0BA 1VIJA 3K5GA 4OD9A 1MESA 3VEUA 3R0WA 2AODA 1AJVA 1GVXA 1PPLE 5P0ZA 3D1ZA 2SAMA 5P59A 4D89A 1AZ5A 5OZYA 5AH9A 3SA9A 4L1AA 4FSEA 5ER1E 5OZPA 3VYDA 2R8NA 5P4XA 4TVGA 1HTGA 1BVGA 1HVKA 3UDPA 5P1OA 2G22A 4EXGA 4HE9A 3ZL7A 4Y4DA 2BPYA 2B7FA 5OZ8A 5P4VA 3GI5A 1M43A 4ZEAA 5KQFA 3SA6A 5P1YA 4QLHA 1MT8A 5ENMA 4DJUA 5P13A 2G1NA 3TPLA 1ZPAA 3LIZA 5P7KA 3EL0A 1ZP8A 3PI5A 4Y5KA 4YCKA 4YD3A 4MC2A 3KF0A 1HPXA 5P7XA 5P69A 3OUAA 3LZSA 2ZJLA 4D83A 2P3BB 5P8UA 2J9JA 3CKPA 4ZSMA 3HLOA 3T7QA 5KOQA 3VSWA 4KB9A 5P31A 3VYEA 5P03A 1C6ZA 3INEA 4DQFA 1YT9A 3N4LA 3EXOA 4LP9A 5COKA 5P08A 3IN3A 3HZCA 4L6BA 3EM3A 1HVCA 3UDNA 3D3TA 3DUYA 5OYXA 5OYSA 3PJ6A 5OZUA 5OZVA 2FNSA 4EJLA 5P6QA 1LYAB 3VUCA 4EWOA 2QNNA 3IAWA 3QVIA 2I4UA 1A94A 1GVVA 1TSUA 2I0AA 5P8KA 1YM4A 2P8HA 5P8FA 1PPKE 1QDMA 3DCKA 2WECA 1CPIA 5AH7A 4HZTA 4APRE 1WBMA 3OUCA 3OUDB 3OTSA 4FM8A 1XE6A 2I4WA 1IVPA 3EKPA 3I25A 3OU3A 2CEMA 1ZTZA 2F3FA 3IXOA 5P8JA 3NU4A 1SBGA 4YCYA 1IZIA 3SA3A 1BBSA 5P53A 2JE4A 2HB2A 1BXQA 2QZKA 3VYFA 4Y3PA 4RLDA 2I4XA 1PROA 4ER1E 4XX3A 1MTBA 3R1GB 1T7IA 3GW5A 3UPJA 3EL5A 1EBWA 1NSOA 3O9LA 5P7FA 3NDXA 2PQZA 4R95A 4D85A 2NXDA 3MXEA 1HVLA 2ZHVA 1FQ5A 5P2EA 4QJ7A 5OZJA 2QNPA 5P6JA 3ZKXA 5JG1A 5P5ZA 3FIVA 3KA2A 4QJ9A 2NMYA 1LZQA 2Z4OA 2P3DA 5OZNA 1FMUA 2JJIA 5AHCA 2AIDA 4DQEA 5P4RA 3KN0A 4B1EA 1ODWA 4DFGA 1FLHA 5P5FA 1PSAA 4RVIA 4Y35A 1YG9A 5P2LA 4CMSA 4COEA 1D4SA 5P36A 3O9EA 2I4QA 5P4AA 3HW1A 4B78A 4BELA 5OZGA 1HIIA 4JPCA 4Y3TA 1QBSA 2OHTA 2F8GA 4AA8A 5P83A 4I0ZA 1SMRA 1DPJA 1MT9A 3O9AA 2BBBA 5P6BA 5P12A 5P8QA 5P8LA 5P6IA 4TRZA 5P0IA 4OC6B 5BS4A 3NLSA 3I6OA 2QD6A 3TPPA 4F74A 3LIYA 4Y3WA 5P61A 3JW2A 5P6UA 2VA5A 3M9FA 2P3AA 4AZYA 4DQHA 3B7VA 1CMSA 1Z8CA 5P1KA 2ER0E 5P1WA 2CENA 5DPZA 5P3UA 3EMYA 3ZPTA 5P6KA 5I3WA 5P2DA 3BGCA 4LXAA 2RSPA 5P7OA 4CKUA 2BPZA 5P45A 4FGXA 2WHHA 3TNEA 1GKTA 3OGQA 5P33A 1T6EX 1MTRA 5P20A 5P0GA 4GJ8A 3SABA 4Y3YA 4QJ2A 3PBDA 2A1EA 6FIVA 5P7NA 2ZHTA 1SIPA 3OOZA 4QJ8A 4Z50A 5P25A 5P7DA 1FEJC 3TPRA 3KT2A 1B5FA 5P5LA 2NXMA 5OZDA 5AHBA 4D88A 4MC6A 4ER2E 3GI6A 2ZHSA 3GI4A 2JXRA 5OZLA 5OYUA 1IDBA 3LPIA 5UPJA 4HDFA 1DP5A 5P73A 3L5EA 3PLDA 5P1AA 4A6BA 5P2ZA 5DQ5A 2QI0A 3R4BA 5P0FA 1XS7D 3SM1A 4Y5AA 4EPJA 2WF4A 2VNNA 3JVYA 4U7QA 1HPSA 3PM4A 3N3IA 5P6FA 1FG6C 2ZE1A 4QJ6A 5P7MA 3UFLA 2F81A 3L58A 4X7IA 1JLDA 2HAHA 2NNKA 3GGVA 3FSMA 3PSYA 3K4VA 3S2OA 3SA7A 1TZSA 3KMXA 4RRNA 5P3TA 3D1XA 2EWYA 3O9BA 5P49A 3OQAA 5P0QA 3PCWA 4HEGA 1ER8E 2UY0A 3SM2A 5P27A 3L3AA 4HLAA 2FGVA 2Q5KA 5P5AA 3KT5A 2VS2A 5P1SA 2VJ7A 3L38A 5P3NA 3PGIA 1YTGA 2WKZA 5F01A 3OK9A 1BWAA 5P4EA 3T7XA 5KQXA 1OHRA 3Q6YA 5P6SA 4WY1A 5IVSA 2G69A 1BAIA 1T7JA 5P2MA 5ISKA 2BPXA 3K5FA 2FDDA 2HIZA 4GJ7A 3UFNA 3OAGA 1SGUA 3KM4A 5HVPA 5P0SA 1Z1RA 5P5QA 3EL1A 3AUPA 1FMXA 1W5XA 4M8XA 5P4FA 5P54A 5P1EA 2FS4A 3IN4A 1HPOA 1D4IA 5P2OA 3U7SA 5OZTA 5P8HA 2MIPA 2HPEA 4YD4A 2BB9A 4APEA 4K4QA 2V10C 3OUBA 1F34A 2XYFA 5P10A 3DV5A 2ANLA 1A30A 2OAHA 3TKWA 1PSNA 3ZPUA 3GI0A 5HDXA 3L59A 4OBZA 5P1DA 4CPQA 5HU0A 3PEPA 5OZHA 3SA4A 3OU1A 3PMUA 1RQ9A 3VV6A 5P2QA 5OZXA 3LPJA 5P81A 5OYTA 3OTYA 3ZKGA 5P4ZA 3BVBA 4YA8A 1K6PA 3KFNA 4FRJA 4B0QA 5FIVA 1K2BA 2IGXA 5P79A 3OXCA 1EPOE 1SIVA 4Y5EA 3KDCA 2QU3A 5DR4A 1PFZA 3NU6A 5C9DA 4NPTA 4PHVA 5P7QA 3CIDA 2QI7A 4XKXA 1APUE 2G27A 4I0GA 4CPUA 4U8WA 3QBFA 1F7AA 4Q1XA 1YTHA 2O4PA 5OZSA 5P2RA 5P7VA 5P7GA 3HVPA 5E5JA 3ER3E 3ZLQA 2V11C 2QI1A 4DJQA 4DJOA 5P2WA 4LHHA 4PEPA 4YD7A 5ISJA 4LXKA 3UQRA 1EPPE 2ZJHA 4NKKA 3UQUA 3SACA 3IVHA 2PK5A 5KQZA 3OY4A 3URIA 4FRSA 4L7HA 2G1YA 4L7GA 2PYNA 5P37A 4F76A 1HIVA 1HVIA 3EKXA 1UH9A 6UPJA 1W51A 5P6PA 1SH9A 3LZVA 2AVMA 3WZ6A 2RENA 1EPRE 4Y36A 3VSXA 5P5VA 5P5TA 2XYEA 5P5HA 5P2YA 3URJA 2IKUA 2ZJNA 3KFRA 3WZ8A 1C6YA 2OHNA 4I1CA 5P1XA 4X2LA 1LYWB 2ZJJA 5P8MA 5P2JA 2AZ8A 3BUFA 4Y3HA 3VCMA 1K6CA 5AGZA 1DAZC 2B42A 1HVHA 1MEUA 5SY2A 2IL2A 5OZAA 4Q1NA 1EC1A 1WKRA 2R5QA 1ZPKA 1DMPA 3BUHA 1RV7A 1HEGE 2B60A 5KQYA 1T3RA 1D4YA 2OHLA 2JYSA 2FGUA 4AUCA 1T7KA 5P2AA 1HOSA 1KJ7A 4MC9A 4XXSA 1EBZA 1KZKA 5P1MA 1APTE 5P8RA 2AZBA 5KAOA 4Y3XA 3FV3A 1UH8A 1BDLA 1W50A 4I10A 5OZ0A 4DI2A 3S56A 5SXNA 3Q5HA 3UTLA 3VF7A 2G26A 2ASIA 2ZJIA 4ZLSA 5P5PA 5P78A 4I0JA 5P3OA 3OHFA 1XE5A 1XN3A 3SA8A 4OBGA 5HTZA 5DGWA 1LS5A 5KR8A 4HDPA 2IS0A 3OHHA 3ECGA 4DVFA 1RL8A 5AHAA 4GJAA 1EC2A 2V16C 3D20A 2QZWA 5P6MA 3APPA 1APVE 4I8ZA 4H1EA 3OU4A 2RMPA 3IGBA 5P28A 2Q55A 4RCDA 2B7ZA 5P6HA 1MT7A 3PWWA 5P2UA 4UPJA 3OXXA 2OF0A 3OGPA 3ST5A 2G21A 1MERA 2G1SA 1KJFA 5P1CA 3MSJA 5P0WA 4FRIA 4F73A 5HE4A 5IS4A 3VLAA 5P63A 3VLBA 5P1ZA 4HVPA 1HHPA 1A8KA 4ZPGA 2ZJMA 5APRE 5P88A 4H3GA 4Y9WA 4ACUA 5P01A 3WZ7A 5OYZA 1FQXA 5P84A 5P04A 1IZEA 1PSOE 3QRSA 4I0EA 5I3YA 4Y4EA 4RRSA 3PI0A 1E81E 4GMIA 1IDAA 1FFIC 5P50A 1YTIA 2Q11A 3OQFA 1FKNA 4Y5GA 5P55A 1ODXA 1LF2A 1C70A 2PMAA 2IENA 2XFJA 5P06A 5P2GA 3ZKSA 1MRXA 2OHRA 5P6CA 4FS4A 5ENKA 5ER2E 5OZBA 5P86A 3UQXA 2G1OA 5P3XA 5DR8A 5P71A 4Y5BA 4I12A 5P1HA 5P0TA 3WB4A 5P38A 1AVFA 5JFPA 5P2TA 2HS1A 5P89A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KR2 A;  4FAF A;  5P4H A;  4XX4 A;  2WEB A;  4A6C A;  1TCX A;  3NWX A;  3NXE A;  5P8C A;  2APR A;  3S54 A;  1QS8 A;  3IA9 A;  1U8G A;  2VJ6 A;  5OZO A;  2P4J A;  2ER9 E;  5P6Y A;  1HVS A;  4DJR A;  3ZMG A;  4YBI A;  5P8T A;  3UCB A;  2ZHR A;  2WF2 A;  3HDK A;  5I70 A;  2HM1 A;  1HSI A;  4FRK A;  1AAQ A;  5P7U A;  5P26 A;  4ZSR A;  3O9G A;  5OYV A;  1KJ4 A;  1FG8 C;  3FKT A;  4J0V A;  1M0B A;  4J0Y A;  5P3C A;  5P3F A;  2Q63 A;  4JP9 A;  3VF3 A;  4OBZ B;  5TOL A;  1QBR A;  4RCE A;  2PC0 A;  4GB2 A;  2QAK A;  4EJ8 A;  2QMF A;  5P60 A;  5P2X A;  3CIB A;  3NU5 A;  1BVE A;  5P3E A;  3MSL A;  4ZE6 A;  2IEO A;  5P5U A;  4B70 A;  2Q64 A;  1FMB A;  5OZ6 A;  2UPJ A;  4R93 A;  3MSK A;  1K1U A;  5P0K A;  7HVP A;  3SO9 A;  4DUS A;  4Y51 A;  4Z22 A;  2QD8 A;  5P17 A;  3RSV A;  3O9D A;  2AVQ A;  5HCO A;  3URL A;  3U6A A;  5P57 A;  4PZX A;  5P8A A;  5P6D A;  5OZ1 A;  4H3J A;  5P74 A;  5P5D A;  2R5P A;  3T7P A;  3QP0 A;  4Y3M A;  4NPU A;  3LHG A;  3LIV A;  1HSH A;  5IVQ A;  4JEC A;  4OBD A;  3QRV A;  3EL9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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