2AVVA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAISTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avvA00
3OAGB 5P4PA 2PYMA 5P22A 5I3XA 1PSNA 3OADA 3SKGA 3VLAA 3UDYA 1W50A 4I0HA 1B5FB 1YTIA 3KMXA 5P50A 3S45A 5P73A 2G1RA 5P2SA 5P6EA 3R1GB 4QJAA 3LIZA 5P3UA 2R5QA 3LHGA 5OZ5A 1BV9A 4Y4EA 2O4LA 4MC9A 2JXRA 3GW5A 3TTPA 4CKUA 5P4RA 3ZOVA 5P3YA 2QI0A 3PJ6A 1FQ8A 4Y3PA 2ER6E 4FSLA 5P4NA 4RROA 5P5KA 5P56A 5P4XA 4YD3A 3S2OA 5ER1E 3G6ZA 5P0NA 5P3VA 3BGBA 4Y5AA 3I25A 4J0YA 4GB2A 5P4IA 4N00A 5P43A 3NXNA 4I0IA 4Y3WA 1EPRE 5HDVA 1B6JA 4EP3A 1BBSA 2PK5A 5P6PA 2I4DA 5P74A 3OUAA 4ZPGA 2O4PA 5OZ1A 4A6BA 1LZQA 5P0IA 4DQGA 5P8UA 4NKKA 5P66A 5P4GA 4JP9A 1HTFA 5P6GA 3PVKA 3H0BA 4ZE6A 5P12A 2VIZA 3PGIA 4LP9A 4GJAA 5OZZA 4FS4A 5P39A 2I4UA 3QN8A 3PCZA 2FLEA 2HPEA 1HXWA 3K5GA 3RVIA 5P35A 4Y5NA 3QRSA 5BS4A 3NXEA 4OD9A 5DGWA 5OYYA 3SM2A 5ISJA 1MPPA 1A8GA 3TPJA 5P55A 3EM4A 5P0SA 3URJA 5P1ZA 1E81E 2ER9E 1MUIA 4I0GA 4Y4JA 1GVUA 1HTGA 5P30A 5P3ZA 5P83A 2HS2A 3DUYA 1BDRA 3L5DA 2QZLA 4KE1A 4Q1WA 4Y3SA 3SM1A 5IE1A 5DQ4A 2P3BB 5P8VA 3ZKMA 5P8QA 5P7ZA 4DV9A 4I12A 5P5CA 5P5LA 3ZKXA 1YTHA 2HM1A 3O9HA 4Y9WA 1QBSA 2O4SA 3PRSA 3JVYA 5P09A 5ER2E 3PM4A 4LC7A 3OGQA 1APUE 3GGXA 2QD8A 2QNNA 3TLHA 1EPLE 1C6ZA 2FGVA 5P3IA 5P5WA 1SMRA 4OBFA 4RYGA 4ZIPA 3ZPTA 1FQXA 4EXGA 3BVBA 5P47A 5P7JA 5P2QA 2NXLA 1ZP8A 4OD9B 5P1QA 5P53A 2PQZA 4DPIA 3CKRA 3UQRA 2ZE1A 1KZKA 4Y3GA 4DJRA 4FM8A 3UDHA 5P6HA 1FFIC 3S43B 2G69A 2VIJA 1SIPA 4YD6A 4M8XA 1WKRA 5OZXA 3KFRA 4Z22A 3SKFA 3NDXA 2HB4A 4LAPA 4FLGA 3INEA 3OHHA 3T11A 3QBHA 4J1FA 2P3CA 1QBRA 4Z2ZA 3PEPA 3VF5A 4Y3LA 5P8OA 1XL5A 2B60A 4NJVA 4F74A 2QZKA 1HVCA 5OZGA 2VJ9A 5P8IA 4F73A 4Y44A 5P4BA 5UPJA 5P08A 2P4JA 4I10A 3UDKA 4I0DA 3SFCA 5P86A 4B0QA 3PMYA 5P2DA 5P1UA 5OYSA 3HD8A 5HE4A 3NUOA 4Y3RA 4OBZA 2NR6A 5E5KA 5P8KA 5P3KA 2Q54A 2HAHA 5OZ9A 2PSUA 1LS5A 3IA9A 3L5EA 1FF0C 4H3IA 5P1SA 2I4XA 5P1YA 5P8AA 3S53A 1K1TA 3OGPA 1HTRB 1FMBA 1T7JA 3PI5A 3VV6A 2RMPA 1HVSA 4GJ5A 2AOFA 5OZEA 3SPKA 4K4RA 5P7LA 4ZPEA 5P3DA 1B6LA 2QZWA 5C9DA 5P7MA 2OHRA 3KFNA 1SDUA 5P16A 2AVOA 1B6KA 5IVQA 2SAMA 2B8VA 5P2MA 3K4VC 5C9FA 1EPQE 4AA8A 1ZLFA 2VIEA 2QU2A 3PLDA 1QRPE 4F76A 3FNUA 4HEGA 4Q1XA 3UDNA 2FMBA 3LITA 1UH7A 2IKUA 3UTLA 5P0XA 4FAFA 2FIVA 5P4MA 3ST5A 5P5VA 5OYWA 3PWRA 3GI0A 5P5FA 4Y37A 1NSOA 3ZKGA 2ZJNA 3EKXA 1EC2A 5P65A 4H3GA 2IEOA 3O9IA 5HDZA 1AJXA 5P3WA 4ZSQA 4FE6A 3BC4A 1AZ5A 1W5XA 1HTEA 3NWQA 2ZJJA 4XXSA 4XKXA 2QI4A 4Y48A 5P88A 2V10C 4JPEA 1AXAA 1HSIA 1FKNA 3TOHA 4TRZA 5P3MA 2ZJLA 2VNNA 5P0OA 2UY0A 3TKWA 3HZCA 1K6CA 5AHCA 1AVFA 3UCBA 5P6TA 1QBTA 1TQFA 5P3LA 5P7YA 5P57A 5OZ6A 3O9GA 4OBJA 3SA3A 2V12C 5SY3A 3WZ7A 4NJSA 5P2VA 4Z50A 1T3RA 2A4FA 5P2UA 5P5QA 2QMPA 4Y5PA 2R43A 5P87A 1APVE 2QMFA 5P6LA 3NUJA 3S8IA 2Q15A 5P6SA 5P3HA 1BDQA 3N4LA 5P6KA 1HEFE 4H3JA 3L5CA 5P7HA 1PSAA 2WECA 4DQHA 3FV3A 5P7XA 2QI5A 2NPHA 3IXJA 3DK1A 1HVHA 3QVCA 1APWE 2JJIA 5P6OA 3Q70A 2G21A 5P24A 4EHCA 3UHLA 4RCEA 1KJHA 3D1XA 5P5MA 3UQPA 2WKZA 4DFGA 4FSEA 4X2LA 4Y4GA 2BQVA 1GVTA 1SDTA 1MT8A 2AOEA 2VJ6A 1LYWA 2QZXA 2RKGA 2OHLA 1BVGA 5P1GA 5P6UA 5HVPA 4TVHA 4GZFA 2AOIA 4U7QA 1ODWA 5P32A 1HIIA 5P2ZA 2QI6A 1LF4A 5P7QA 2WF2A 1BIMA 5P6RA 2ER0E 3WB4A 2I0DA 5AHBA 5P8FA 2V00A 5P6QA 1EPOE 2B42A 1W6IA 1ZTZA 3UQWA 2AZ8A 3LIVA 1MRWA 1OEXA 2V16C 4EQJA 1MSNA 5P0WA 5P7AA 3S56A 1D4YA 1SBGA 4NPTA 1VIKA 5DPZA 3KMYA 1MEUA 3JVWA 1A8KA 2A1EA 2OHMA 1DIFA 4DJYA 1PPME 4IVTA 5P2RA 5KQZA 4BFDA 5P69A 3URIA 3PMUA 5P4UA 4DI2A 3HLOA 4RCFA 2F3FA 3R0YA 5P2CA 4X7IA 5P01A 3I6OA 1IVQA 4Y5BA 5OZVA 5P7WA 1J71A 4S1GA 5OZPA 4Q1YA 3PSGA 1D4JA 5I3VA 5P4CA 5I3YA 1MSMA 5HE7A 3TOFA 2APRA 1EC0A 3QROA 5P0LA 5P72A 5P8CA 2QD7A 4JPCA 5P61A 3OUDB 3I7EA 5P7DA 1MT7A 3IXKA 4AUCA 1K2BA 1W6HA 3NSHA 1IZEA 2NMYA 3U7SA 5P7EA 4OBKA 1PSOE 1KJFA 5P4TA 3ECGA 5P25A 2AOGA 3GI4A 3L58A 5P5NA 5IVRA 4Y43A 3TPPA 3HVPA 4DJOA 5P4JA 5P03A 4FGXA 5P89A 1FMXA 3TPRA 3NDWA 2Z54A 5P1CA 1KJGA 4M8YA 5P7UA 1YT9A 5OYQA 5P4VA 1N49A 5P3OA 5OZCA 5OZ3A 3NU6A 4CPRA 2R3TA 3BRAA 2XFIA 1E80E 1TCWA 4MC2A 2ER7E 4GJCA 5P15A 1NPVA 1Z1RA 3SLZA 4LBTA 3L59A 4OBGA 2Q3KA 5P0UA 3VEUA 2I1AA 3GI6A 5APRE 5B18A 2V11C 5P0PA 1EBKC 5P77A 5OZ8A 5P6JA 1ZBGA 3VFAA 1CZIE 3VFBA 2G24A 5P6YA 4YE3A 2R8NA 4CPSA 1T6GA 1G0VA 3C9XA 1BXOA 2JYSA 1TCXA 1HXBA 3EKQA 5P0GA 3DCRA 3INHA 5P0HA 1GVWA 3PSUA 3FNTA 5P5YA 3QRVA 4CPQA 1MRXA 2B8LA 1BAIA 1KJ4A 2ZHRA 3NDUA 3PLLA 2VA5A 5DQ5A 5P58A 3KF0A 5P07A 2PMAA 1HSGA 4DPFA 2CENA 4NJUA 5P1JA 1XS7D 5P1FA 3O9LA 5SXNA 5P8EA 5P5HA 1IDBA 4UPJA 1B6PA 2QMDA 2WEBA 5IVTA 2OHKA 4RVXA 1SDVA 1C6YA 4ACUA 4PZWA 2QI1A 3CIBA 5P7OA 3DOXA 4LXMA 4PZXA 3PWMA 2BPVA 3OADB 4Y5CA 2QAKA 5P7PA 2AODA 5P3SA 5P5RA 4EWOA 4CPXA 5P6MA 4ACXA 5P40A 1YX9A 3NLSA 5HDXA 1RL8A 5P3PA 3T7QA 4ZSPA 3OY4A 4FAEA 5P42A 2P8HA 5P3TA 3S85A 4A4QA 4YD5A 5COOA 3UDQA 5P8PA 1HSHA 1IZHA 4L7HA 1MERA 5P00A 3Q6YA 5KAOA 3KDCA 2HC0A 4A6CA 4GJ8A 5FIVA 3T6IA 5P7VA 3LZYA 1XN2A 3DJKA 5P1HA 5P38A 5KR1A 5P1PA 3OQKA 5P7KA 5PEPA 4Y51A 2OF0A 5P2EA 3LPIA 5C9BA 5P6XA 3EKWA 3EKYA 2Q5KA 1AM5A 4D83A 4DQCA 2QMGA 5P6BA 5P80A 2WJOA 3BHEA 5I70A 2H6TA 5P68A 3KN0A 2ZHUA 3RSVA 4TRWA 5P63A 1TW7A 5P81A 5P0CA 2I4WA 4QJ7A 5P3NA 4HDFA 2WEZA 3KA2A 3ZL7A 1K1UA 5P6AA 5J25A 1FB7A 5DR8A 2PWCA 3SO9A 4Y41A 3L5BA 4QJ2A 5P76A 3G72A 5P0YA 4YBIA 3ER3E 1NPAA 3DV5A 2G22A 4CPWA 5P8BA 2AOHA 4YOAA 3VF7A 5DR0A 5P1OA 2ZDZA 2G26A 2AVVA 3LPKA 5P2AA 5P3RA 4DJQA 5DR1A 4I0ZA 3TKGA 2I4QA 5IS4A 3OOTA 2VIYA 4GYEA 3WZ8A 4JECA 1SGUA 2HIZA 2IRZA 2QI3A 3VUCA 4Y3FA 1EPPE 4EJDA 3O9FA 4QJ9A 3MXDA 2FDEA 5P2JA 2G27A 2G1NA 3LNKA 5P5BA 4H3FA 2PWRA 1IZDA 4GMIA 2ASIA 4Y4DA 3MSJA 3B80A 4NJTA 3HBOA 4EXHA 2XYFA 4OC6A 4Y3MA 4OBHA 1T7KA 5P4HA 2AVSA 5HU0A 1MTRA 4DJWA 2FGUA 3CICA 5P2OA 2F81A 3U6AA 1BVEA 2WEAA 3R2FA 5OYXA 1EAGA 3L3AA 4QLHA 3K1WA 5JFUA 1FQ4A 3JW2A 3SA6A 5P6NA 2RSPA 3CKTA 5DR7A 5OZTA 4YCTA 4DQBA 5P64A 3EL4A 1HVKA 3FNSA 3VYFA 4B77A 2PH8A 3CKPA 5P3BA 2UXZA 4CPUA 5P0VA 5P27A 1SH9A 5P5AA 4Y54A 1XE6A 4RGHA 1QS8A 2PH6A 3N3IA 4YA8A 4TVGA 4B72A 2R5PA 3VV7A 5P1DA 5E5JA 2ZJIA 5P26A 1WBMA 1JLDA 3EKVA 1HPVA 4K9HA 5HD0A 3BVAA 4BEKA 5TOLA 4RYCA 5P8HA 4CMSA 2PSGA 4FM7A 3BUFA 2G1YA 4J0TA 4OBZB 1LV1A 2BPXA 2PK6A 3BXRA 1A94A 4ZPFA 5P8SA 3TOGA 1FG8C 4RVIA 4EJKA 1B6MA 5P0QA 3APRE 4Y53A 3T7XA 2Z4OA 1QDMA 3OUCA 3D1YA 1EBYA 4I11A 5P2TA 3OOZA 5P2WA 5P2FA 3TNEA 2BB9A 4XX3A 3SA7A 5P1EA 3D91A 3QIHA 5DQ1A 1AJVA 5P41A 2RKFA 2AIDA 4B1DA 4FL8A 3ZLQA 4HA5A 2IDWA 4E43A 1Q9PA 4YD4A 1Z8CA 4PHVA 4DH6A 1SIVA 3S54A 3RTNA 5OZOA 1ZSFA 1XN3A 1D4KA 5OZWA 5P2NA 1GNOA 1RNEA 1M0BA 2NTRA 3PWWA 4J1KA 4FCOA 3ER5E 4H1EA 3SA4A 1ENTE 5P4KA 3KM4A 2XYEA 3HW1A 1XDHA 2OAHA 5OZYA 3O9DA 5P0JA 1BXQA 5P7TA 3MSLA 5P3QA 2J9JA 3VYEA 2BPWA 3EBZA 4U7VA 2WF3A 1NPWA 4OBDA 4Y3JA 3PBDA 2AOJA 3VYDA 4ER1E 1U8GA 4HDPA 3OHFA 3QBFA 1ZPAA 2IENA 4EPJA 5P10A 3UFNA 4GIDA 4Y3YA 3INFA 5P85A 3OQFA 3UFLA 1HEGE 1LYBA 2BPYA 1LF2A 1AIDA 1BILA 3OTYA 5P6ZA 4B1EA 1EEDP 3RTMA 3HDKA 1HVIA 4QGIA 2FS4A 4Q5MA 3D3TA 2F80A 3QP0A 4LL3A 5P1LA 1F34A 4R91A 5CONA 3INDA 5P5JA 2PYNA 4ZSRA 4B78A 2PSVA 5P3CA 4Y4TA 5P62A 5P06A 4Y45A 4WTUA 1OEWA 5KOQA 2FXEA 4DJXA 1YTJA 4RCDA 5KQFA 4TRYA 2WL0A 3M9FA 1K6TA 4D89A 3EC0A 5BRYA 2UPJA 1ODXA 3OU4A 4ZSMA 1APTE 1TSUA 1EC3A 2VJ7A 5P11A 3NR6A 4HE9A 3BXSA 3BUGA 5P4SA 4J1EA 5P18A 4HDBA 2FDDA 3EM3A 2BKSA 2IQGA 1GNNA 1LYAA 3OQAA 4L1AA 5P75A 4YDGA 1LYBB 4YCYA 3OQ7A 3KYRA 4LHHA 1UPJA 3KFPA 3VLBA 4Y38A 5P78A 1LYWB 1GKTA 4Y3AA 1FQ6A 5P1RA 2R3WA 3OU1A 4EJ8A 5OZSA 4B70A 4RRNA 2ZJMA 4DQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OAG B;  5P4P A;  2PYM A;  5P22 A;  5I3X A;  1PSN A;  3OAD A;  3SKG A;  3VLA A;  3UDY A;  1W50 A;  4I0H A;  1B5F B;  1YTI A;  3KMX A;  5P50 A;  3S45 A;  5P73 A;  2G1R A;  5P2S A;  5P6E A;  3R1G B;  4QJA A;  3LIZ A;  5P3U A;  2R5Q A;  3LHG A;  5OZ5 A;  1BV9 A;  4Y4E A;  2O4L A;  4MC9 A;  2JXR A;  3GW5 A;  3TTP A;  4CKU A;  5P4R A;  3ZOV A;  5P3Y A;  2QI0 A;  3PJ6 A;  1FQ8 A;  4Y3P A;  2ER6 E;  4FSL A;  5P4N A;  4RRO A;  5P5K A;  5P56 A;  5P4X A;  4YD3 A;  3S2O A;  5ER1 E;  3G6Z A;  5P0N A;  5P3V A;  3BGB A;  4Y5A A;  3I25 A;  4J0Y A;  4GB2 A;  5P4I A;  4N00 A;  5P43 A;  3NXN A;  4I0I A;  4Y3W A;  1EPR E;  5HDV A;  1B6J A;  4EP3 A;  1BBS A;  2PK5 A;  5P6P A;  2I4D A;  5P74 A;  3OUA A;  4ZPG A;  2O4P A;  5OZ1 A;  4A6B A;  1LZQ A;  5P0I A;  4DQG A;  5P8U A;  4NKK A;  5P66 A;  5P4G A;  4JP9 A;  1HTF A;  5P6G A;  3PVK A;  3H0B A;  4ZE6 A;  5P12 A;  2VIZ A;  3PGI A;  4LP9 A;  4GJA A;  5OZZ A;  4FS4 A;  5P39 A;  2I4U A;  3QN8 A;  3PCZ A;  2FLE A;  2HPE A;  1HXW A;  3K5G A;  3RVI A;  5P35 A;  4Y5N A;  3QRS A;  5BS4 A;  3NXE A;  4OD9 A;  5DGW A;  5OYY A;  3SM2 A;  5ISJ A;  1MPP A;  1A8G A;  3TPJ A;  5P55 A;  3EM4 A;  5P0S A;  3URJ A;  5P1Z A;  1E81 E;  2ER9 E;  1MUI A;  4I0G A;  4Y4J A;  1GVU A;  1HTG A;  5P30 A;  5P3Z A;  5P83 A;  2HS2 A;  3DUY A;  1BDR A;  3L5D A;  2QZL A;  4KE1 A;  4Q1W A;  4Y3S A;  3SM1 A;  5IE1 A;  5DQ4 A;  2P3B B;  5P8V A;  3ZKM A;  5P8Q A;  5P7Z A;  4DV9 A;  4I12 A;  5P5C A;  5P5L A;  3ZKX A;  1YTH A;  2HM1 A;  3O9H A;  4Y9W A;  1QBS A;  2O4S A;  3PRS A;  3JVY A;  5P09 A;  5ER2 E;  3PM4 A;  4LC7 A;  3OGQ A;  1APU E;  3GGX A;  2QD8 A;  2QNN A;  3TLH A;  1EPL E;  1C6Z A;  2FGV A;  5P3I A;  5P5W A;  1SMR A;  4OBF A;  4RYG A;  4ZIP A;  3ZPT A;  1FQX A;  4EXG A;  3BVB A;  5P47 A;  5P7J A;  5P2Q A;  2NXL A;  1ZP8 A;  4OD9 B;  5P1Q A;  5P53 A;  2PQZ A;  4DPI A;  3CKR A;  3UQR A;  2ZE1 A;  1KZK A;  4Y3G A;  4DJR A;  4FM8 A;  3UDH A;  5P6H A;  1FFI C;  3S43 B;  2G69 A;  2VIJ A;  1SIP A;  4YD6 A;  4M8X A;  1WKR A;  5OZX A;  3KFR A;  4Z22 A;  3SKF A;  3NDX A;  2HB4 A;  4LAP A;  4FLG A;  3INE A;  3OHH A;  3T11 A;  3QBH A;  4J1F A;  2P3C A;  1QBR A;  4Z2Z A;  3PEP A;  3VF5 A;  4Y3L A;  5P8O A;  1XL5 A;  2B60 A;  4NJV A;  4F74 A;  2QZK A;  1HVC A;  5OZG A;  2VJ9 A;  5P8I A;  4F73 A;  4Y44 A;  5P4B A;  5UPJ A;  5P08 A;  2P4J A;  4I10 A;  3UDK A;  4I0D A;  3SFC A;  5P86 A;  4B0Q A;  3PMY A;  5P2D A;  5P1U A;  5OYS A;  3HD8 A;  5HE4 A;  3NUO A;  4Y3R A;  4OBZ A;  2NR6 A;  5E5K A;  5P8K A;  5P3K A;  2Q54 A;  2HAH A;  5OZ9 A;  2PSU A;  1LS5 A;  3IA9 A;  3L5E A;  1FF0 C;  4H3I A;  5P1S A;  2I4X A;  5P1Y A;  5P8A A;  3S53 A;  1K1T A;  3OGP A;  1HTR B;  1FMB A;  1T7J A;  3PI5 A;  3VV6 A;  2RMP A;  1HVS A;  4GJ5 A;  2AOF A;  5OZE A;  3SPK A;  4K4R A;  5P7L A;  4ZPE A;  5P3D A;  1B6L A;  2QZW A;  5C9D A;  5P7M A;  2OHR A;  3KFN A;  1SDU A;  5P16 A;  2AVO A;  1B6K A;  5IVQ A;  2SAM A;  2B8V A;  5P2M A;  3K4V C;  5C9F A;  1EPQ E;  4AA8 A;  1ZLF A;  2VIE A;  2QU2 A;  3PLD A;  1QRP E;  4F76 A;  3FNU A;  4HEG A;  4Q1X A;  3UDN A;  2FMB A;  3LIT A;  1UH7 A;  2IKU A;  3UTL A;  5P0X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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