2AZ8A

Hiv-1 protease nl4-3 in complex with inhibitor, tl-3
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2az8A00
5P0UA 4Y5AA 3O9GA 4FRKA 2V0ZC 2QD8A 5BRYA 5DR1A 5HE4A 2QMFA 5P7HA 1K1UA 4EJKA 1EBWA 1SDUA 1FKNA 4FRJA 5P3VA 1EPRE 4YCYA 4Y3NA 4I0HA 5P8KA 4K4PA 1B5FA 2P8HA 5P5RA 5P6KA 5P3IA 3OTYA 3T7QA 2PH8A 4YBFA 5P1WA 4FSLA 5P8AA 4DJXA 5OZ3A 2VIJA 3B7VA 2WL0A 3SA4A 5ER2E 4XKXA 2ZJIA 5P04A 3DM6A 4Y38A 6FIVA 1HSGA 3VFAA 5P3KA 5P63A 2NR6A 2WEZA 3EXOA 2UY0A 1QBTA 4Y5BA 3VFBA 5P0XA 3ER5E 5HDVA 4BELA 5P3XA 1HVLA 1PSNA 5P5YA 5OZJA 5P8DA 2VNNA 5AHBA 4A6CA 5P3FA 2ER0E 4EXHA 3OQKA 4J0VA 4R95A 1HXWA 3I6OA 4KE0A 1BILA 1MUIA 1APWE 2Q3KA 1MT8A 5P0RA 2FDPA 1IDBA 5P7TA 4J0TA 3PHVA 3OAGA 4Y4JA 4I0FA 4N00A 5P1SA 2HM1A 5OZKA 3G72A 4FGXA 5P6TA 5P79A 4XX4A 4FIVA 5P85A 1YTHA 5P31A 1FMBA 4R91A 2CEMA 2PYMA 1G0VA 1GKTA 5P1BA 1HPXA 4FL8A 5P1TA 2Q15A 5P3CA 3UDHA 2BKTA 2VNMA 5P8GA 2ZE1A 4PZWA 4IVTA 3VLAA 4EYRA 5P5BA 3TOFA 1HTEA 5P5DA 5P49A 2FNSA 2BKSA 4RCFA 4L7JA 1A30A 5P5XA 3R0YA 4YD6A 1YTJA 3EL9A 5P6OA 5P1PA 5P5GA 5P8JA 1NPVA 4MC6A 4DPFA 3D91A 1A8KA 3I7EA 3SQFA 5P02A 4APRE 5I70A 5DR8A 4JPCA 3H0BA 3JVWA 1MTRA 2FIVA 5P5TA 2BPVA 4DJYA 3L5FA 1ZP8A 1B11A 4FLGA 3TLHA 1FG6C 4OC6B 1HIVA 5P5WA 4B77A 5AH8A 3S7LA 5P0QA 3DOXA 4ZE6A 3OXCA 3S54A 3OOTA 3SA6A 1D4LA 5P4SA 3VV7A 5OYQA 1KJFA 5P7DA 4CPRA 4YD3A 1ODWA 1IZHA 2G22A 1ENTE 3O9DA 3SLZA 1FQ5A 3L3AA 3U7SA 5KOQA 2ZJMA 5AHAA 2QU2A 2BBBA 3ECGA 4ZLSA 5P7ZA 4I0IA 5COPA 5B18A 5J25A 3D1XA 5P0PA 5DR3A 5P1NA 3SABA 5DGUA 2NNKA 1A9MA 2WEAA 5P1OA 5P2UA 5OYVA 5P4NA 3DJKA 3NSHA 1ZTZA 3MSJA 5P18A 5P7SA 3AIDA 4XXSA 4CKUA 2AOGA 9HVPA 3SACA 5P3OA 5P19A 4ZPGA 5P4ZA 1MSNA 3HAUA 3IN3A 2Q63A 3PLDA 5P1QA 5DQ4A 2J9JB 1XE5A 5P30A 3UDPA 5P2ZA 5P2LA 2ZJHA 3UDYA 4FM6A 3TPPA 4Y4XA 5F00A 3INDA 1W5XA 1XL5A 3Q6YA 5P5SA 1A8GA 2AVQA 1EEDP 4RYCA 3TH9A 2O4SA 3D1ZA 3O99A 5P2YA 4AUCA 1D4IA 3CYWA 3SAAA 1HPOA 5HE5A 3OGQA 1ZAPA 3FNSA 4Z2ZA 4DJQA 3EKXA 2Z54A 1SGZA 1JLDA 4J54A 2XFJA 2P3BB 4E43A 4KB9A 2BB9A 1AZ5A 5DQCA 5P09A 5P84A 1F34A 5P5MA 1AIDA 4OBKA 1D4HA 5P8EA 1FQXA 2ZHSA 2JE4A 3BXRA 4MC1A 5P3AA 3PCZA 1EBYA 2HPEA 5P4XA 1T7IA 2BPWA 1W5VA 3L5BA 5AH9A 1Z1RA 4GMIA 3UDJA 2F3FA 3NU5A 5P6XA 4J1FA 1WKRA 4QJ8A 1G35A 2B8LA 3SA3A 5P2HA 3NU3A 4CPXA 1HEFE 1K6CA 5P1UA 4GJAA 5P0IA 2NXMA 4CPUA 2P83A 5P4MA 5P47A 4J1CA 1MRXA 5P6MA 1IVQA 4Z50A 5P0BA 1GNOA 1Q9PA 2A4FA 1DIFA 3NXEA 4DJWA 4Y39A 2G69A 2R5QA 3RTMA 3GI5A 1UH7A 2J9JA 5P14A 3APRE 1MEUA 3KFPA 5APRE 5P1HA 4HDBA 3IVHA 4FM8A 4JOOA 4B1EA 3NU6A 3LNKA 2QHCA 1U8GA 4K4RA 5P38A 2FMBA 1LYBB 5P5QA 4Y3MA 1GVXA 2F80A 5P66A 2BQVA 5OZ8A 1MTBA 3MXEA 4RVJA 2I0DA 1EPOE 4NJTA 5P86A 3QI1A 4I12A 2OAHA 5P0VA 1MIQA 5P4OA 1AM5A 4A6BA 5P61A 5P0KA 4DH6A 5P35A 2NTRA 2R5PA 5P3PA 3K4VA 5P3MA 5IE1A 5P0YA 5P5OA 5C9BA 1EC0A 4B0QA 5P4QA 5P2WA 5P1KA 3D1YA 4MC9A 1FIVA 3OHFA 4HDFA 2R9BA 1B6KA 1T7KA 2ZHRA 5EZZA 3TPLA 4Y6MA 1SDTA 2B7ZA 4Y3XA 3OUDA 2H6SA 4Q1NA 4JP9A 3JVYA 3K5CA 4Y3RA 4HE9A 1M0BA 2G24A 3KFNA 1GNNA 2FS4A 4Y5GA 2VJ7A 1TW7A 4LXMA 4H1EA 3RTHA 4EQ0A 2FGUA 2VA7A 1KJHA 4J0PA 5P29A 3S56A 5P4IA 5P5EA 5P3RA 3QROA 1ZSFA 3N4LA 2G26A 4I10A 3ZPUA 3SA7A 1HHPA 3GI0A 4DJOA 4OBZB 4BFBA 3LPKA 2R43A 5P41A 1HVKA 3PSYA 5P7XA 2IDWA 4FAFA 3VCMA 5OZCA 3T3CA 2NMYA 2AZBA 5AHCA 4Y3QA 5KQYA 3M9FA 1BVEA 1LYBA 1TSUA 5P7EA 3ZOVA 5OZBA 4FS4A 3CMSA 3OU4A 4Y50A 5P4FA 3UDQA 5P2VA 5P88A 5P2OA 1APUE 1META 4B72A 2ZJKA 3PWWA 1IZIA 2AVOA 5OZFA 5OYWA 5P58A 5P7YA 1SIVA 4ZSRA 5P2AA 4RCDA 2AOCA 2FNTA 5P1RA 3PI5A 5P1GA 5P3QA 5P3LA 3UQXA 3IXKA 4OD9A 4RZ1A 5SY2A 1FG8C 2VIYA 4F76A 1K2CA 1EAGA 3FNTA 3R4BA 4S1GA 3T6IA 5F01A 2CEJA 5P6IA 5P6AA 5I3YA 2QI7A 4QJ2A 4ZSQA 1GVUA 3I8WA 5P0CA 2HB4A 3NWQA 4R5NA 4Y4UA 4FRSA 5P57A 2CENA 3HVGA 1G6LA 1GVTA 3LIXA 2R38A 5P7PA 2QK5A 5P28A 1KJGA 2I4XA 5P77A 4Y4AA 5OZ7A 5P5LA 2AVVA 2PC0A 5HDZA 1AJVA 2QZWA 5P55A 5OZ0A 3EKVA 2UXZA 1TCXA 1HRNA 3ZKSA 1NH0A 5P0LA 5P3BA 5KQXA 3EKPA 4B1DA 4F73A 3VYDA 4QLHA 2HPFA 3QRMA 1N49A 2FDDA 3RSVA 4Y3AA 4I1CA 5P12A 4QJ7A 4NJSA 3OAGB 3UQUA 1HBVA 4EP3A 3ZKNA 3NUOA 2F3EA 4U7QA 1YT9A 1MSMA 3NXNA 4Z4XA 4DJPA 4I0JA 5P6DA 2RMPA 2XYEA 5DR0A 5OZSA 2Q11A 3O9HA 3TKGA 5P3HA 1FQ4A 5SZ9A 4U8WA 2HC0A 3HZCA 3NWXA 3Q4BA 4GIDA 4DJRA 1HWRA 5JFUA 3OU1A 3PEPA 4R92A 4OBFA 3BHEA 3O9AA 5OZNA 3Q5HA 3QBFA 3G70A 3OGPA 5P44A 1EBKC 5KOSA 5P7QA 5JFPA 5P4CA 5P53A 5KQZA 1ZJ7A 1PPLE 3BVAA 1HVRA 4M8XA 4QJ9A 4LL3A 4Y48A 1T3RA 4CPQA 2I4QA 2ZJNA 5P51A 5P2DA 4Y4BA 2SAMA 2P3CA 1K6VA 2QI6A 4H3GA 1ZSRA 1FB7A 1MRWA 3PVKA 3QP0A 1NPAA 1XL2A 1T7JA 1LF4A 4QJ6A 4TRZA 3KMXA 3SA9A 2V00A 4IVSA 2RSPA 5P17A 3OUAA 4YE3A 1HPSA 5P0HA 4R8YA 2IKUA 7HVPA 1YM2A 5P08A 3RTNA 4Y3SA 4YCKA 2PSGA 5KQFA 5P16A 5P7IA 2QNPA 4Y4DA 3MXDA 2OHQA 1AAQA 2G1YA 1BV7A 2WHHA 4I8WA 1LS5A 3BC4A 3LZUA 2G1RA 5P73A 4Y3DA 4HDPA 3UQRA 1BXOA 4HEGA 3LIVA 4BFDA 5P0MA 3WZ7A 3UF3A 4A4QA 5P1YA 3BRAA 3C9XA 1VIKA 4CPTA 4UPJA 4Y4TA 4J55A 3PI0A 1KJ7A 3DK1A 5P7MA 2I4WA 5HDUA 5P40A 1DAZC 5P89A 1FLHA 4YD5A 5ENKA 5P0ZA 4DJVA 1QRPE 1SBGA 2EWYA 5KR1A 3ZPSA 4Y36A 4ER1E 4LXKA 4K8SA 4GJ7A 5P1MA 1EC1A 4Y3PA 4RCEA 1GVWA 2Q64A 4EJDA 2FXEA 4Y5LA 4LC7A 2F8GA 2OHUA 4J1IA 2G1NA 5OZ4A 2ZJLA 2PQZA 4Y3EA 2AQUA 2OHNA 5P0FA 4CPSA 1T6EX 2ASIA 1YM4A 4Y3HA 3KA2A 5OZVA 3PMUA 3GGVA 3INEA 2ZHVA 5P6NA 5ENMA 1LZQA 5P7NA 1HTGA 1K6TA 1BAIA 1W50A 5P6ZA 5P2IA 3BUGA 4FM7A 5P2QA 1EC2A 4ZSMA 3MSLA 5OZ2A 4ZIPA 1IDAA 5DPZA 2PWCA 2V13A 4H3JA 1UH8A 5P6CA 3PGIA 2OHKA 4B05A 4GJDA 5P1VA 3S85A 3PMYA 5HCTA 3S8IA 1WBKA 7UPJA 5P2SA 4J17A 3OU3A 3KDBA 3L58A 4Y4GA 5P6EA 3S43A 5P4KA 5OZOA 5HD0A 5ER1E 3TL9A 4J0YA 2AVSA 3ST5A 4YD4A 1TZSA 1MT7A 3I2LA 2BJUA 5P0NA 5P6YA 3S45A 2O4KA 2AOHA 3ZKIA 3VYFA 1YTIA 3IXOA 4GZFA 5SXNA 1XN3A 3DCRA 4LP9A 2O4PA 4NJVA 2FGVA 3GI6A 1LF3A 5P4EA 3OADA 5P4GA 5DQ5A 3PBDA 3LZSA 4J5JA 3K5FA 5DR4A 5OZHA 3I25A 2QNNA 4RVXA 2IKOA 3LZVA 3K4VC 1HTFA 3URIA 1IZEA 5IVRA 4RRNA 2AOIA 1EC3A 3PJ6A 5P8SA 1PSOE 2VIEA 5P3YA 3WB5A 5DQ1A 5OZ1A 5P2XA 1EBZA 5IVQA 1ME6A 5P07A 2IGXA 5P0TA 2HIZA 5P34A 2F81A 4J1HA 1RNEA 2AZ9A 2QZLA 3HBOA 3OY4A 5P3JA 3OUDB 5P8QA 5P7KA 1HXBA 2FXDA 1RPIA 3G6ZA 2WECA 4GJ9A 2RKGA 5P37A 1EPME 5P6RA 4DQFA 5OYYA 3URJA 5OZTA 5COOA 3VSWA 4WY6A 3BUFA 5OZAA 1OEXA 2QZXA 4YBIA 5P76A 3URLA 4H3IA 1EPPE 2AIDA 5P4JA 5P0WA 5P24A 4DQEA 1K2BA 1Z8CA 3VSXA 4D88A 5P7LA 3PLLA 1BWBA 3INHA 5I3WA 1IVPA 3UFLA 5P7JA 3UQPA 4Y3GA 2BPYA 4L7GA 5P5IA 5IS4A 3EKQA 2IQGA 4OBGA 2AOFA 5P2GA 5P0EA 1GNMA 2JJIA 1W5YA 5KR8A 3OU4B 5P4PA 1LV1A 2O4LA 3R0WA 5P6BA 4B00A 1ZPKA 3LINA 5P23A 1XDHA 3LZYA 5P2NA 1NPWA 4Y51A 4RLDA 3F9QA 2AOJA 5P3UA 3UCBA 1D4SA 6APRE 5P70A 4AMTA 3U6AA 1PFZA 5KR0A 2FLEA 1GVVA 5OZLA 5P78A 3SM1A 5P11A 2G27A 3WZ8A 4OD9B 4TRWA 1HEGE 5OYTA 1FQ8A 3EMYA 4DQHA 2WF4A 2RKFA 3HD8A 3CIBA 2ER9E 2VA6A 2ZJJA 3T7XA 2WKZA 5P0OA 3AUPA 4TVHA 5P2FA 1APVE 3INFA 4DQCA 1TQFA 3EBZA 4HZTA 2NXDA 4ACUA 1J71A 5OYSA 4QGIA 2XFKA 2HS2A 2I0AA 1OEWA 2IEOA 5P74A 4YDGA 5HTZA 5P6VA 5P5UA 3FNUA 4DVFA 3BGBA 3APPA 3NUJA 4LHHA 3HVPA 3QPJA 5P82A 2UPJA 5P6UA 4FCOA 3N3IA 4MC2A 5OZQA 4DV9A 4J0ZA 4COEA 2QMGA 3CICA 4Y3JA 5EZXA 1K1TA 5P60A 4I11A 3BXSA 5I3XA 1CMSA 5P8BA 2O4NA 5E5KA 5P1FA 2QI1A 3GGXA 2OF0A 5P5VA 3EL4A 5P3DA 4Y53A 4J1KA 3OOZA 5OZZA 3KMYA 3R1GB 2ZYEA 5T4SA 4YHQA 5FIVA 4DPIA 3QIHA 2AZCA 2OHSA 4Y3TA 3VEUA 5P1AA 2HB2A 5BS4A 1E82E 4Q1YA 3CKPA 5P5FA 1LYAA 4K9HA 3OU1B 4EJLA 4Y5CA 3UHLA 4KUPA 3UDRA 2NPHA 3IXJA 4DFGA 1UH9A 1C6YA 2WF1A 3OWNA 1HVSA 5AH7A 4GJ8A 1QS8A 1A94A 1AXAA 3L5DA 3CYXA 1EPQE 5P8RA 1CPIA 4Q5MA 5IVTA 1MT9A 1BDQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0U A;  4Y5A A;  3O9G A;  4FRK A;  2V0Z C;  2QD8 A;  5BRY A;  5DR1 A;  5HE4 A;  2QMF A;  5P7H A;  1K1U A;  4EJK A;  1EBW A;  1SDU A;  1FKN A;  4FRJ A;  5P3V A;  1EPR E;  4YCY A;  4Y3N A;  4I0H A;  5P8K A;  4K4P A;  1B5F A;  2P8H A;  5P5R A;  5P6K A;  5P3I A;  3OTY A;  3T7Q A;  2PH8 A;  4YBF A;  5P1W A;  4FSL A;  5P8A A;  4DJX A;  5OZ3 A;  2VIJ A;  3B7V A;  2WL0 A;  3SA4 A;  5ER2 E;  4XKX A;  2ZJI A;  5P04 A;  3DM6 A;  4Y38 A;  6FIV A;  1HSG A;  3VFA A;  5P3K A;  5P63 A;  2NR6 A;  2WEZ A;  3EXO A;  2UY0 A;  1QBT A;  4Y5B A;  3VFB A;  5P0X A;  3ER5 E;  5HDV A;  4BEL A;  5P3X A;  1HVL A;  1PSN A;  5P5Y A;  5OZJ A;  5P8D A;  2VNN A;  5AHB A;  4A6C A;  5P3F A;  2ER0 E;  4EXH A;  3OQK A;  4J0V A;  4R95 A;  1HXW A;  3I6O A;  4KE0 A;  1BIL A;  1MUI A;  1APW E;  2Q3K A;  1MT8 A;  5P0R A;  2FDP A;  1IDB A;  5P7T A;  4J0T A;  3PHV A;  3OAG A;  4Y4J A;  4I0F A;  4N00 A;  5P1S A;  2HM1 A;  5OZK A;  3G72 A;  4FGX A;  5P6T A;  5P79 A;  4XX4 A;  4FIV A;  5P85 A;  1YTH A;  5P31 A;  1FMB A;  4R91 A;  2CEM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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