2AZ9A

Hiv-1 protease nl4-3 1x mutant
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2az9A00
3S43B 5P4DA 2JJJA 4YDFA 5P7XA 2G1RA 5OZ5A 5OZ1A 3R1GB 1APUE 3SLZA 3S54A 2NNPA 3KFRA 1XE5A 1FGCC 1A8KA 4Y4TA 4RGHA 5P8UA 3R0WA 4CMSA 3IXKA 5P07A 3OK9A 1FQ6A 2CEMA 5P6KA 3D1ZA 2PMAA 3WB5A 3QN8A 1DAZC 2QHCA 3OUCA 1HVIA 3O9BA 5P5WA 2G20A 3FX5A 2OHUA 5OZEA 5P6YA 5P0IA 1MIQA 3S8IA 5P4SA 3IN4A 2XYFA 4D88A 3UQXA 1PPME 1T7IA 3OU3A 5P2CA 4L1AB 4ER1E 1GKTA 3ER5E 2I4QA 2QD8A 5P3IA 2V13A 1HWRA 5P06A 3EL9A 3LINA 4K9HA 1IVPA 4DJOA 2MIPA 4J1EA 5OYWA 3OQ7A 2Q64A 3NSHA 2BB9A 5P4TA 5ISJA 1LF2A 3SA6A 2P3BA 3ZLQA 1YTJA 2QNQA 2ER6E 4PYVA 2BQVA 2NMZA 1EC3A 3OQAA 1FQ5A 5P40A 3JW2A 5P6AA 4PZXA 4Y5AA 5IVSA 4YD5A 4RZ1A 3CKTA 4EYRA 5DQ4A 2WEAA 3URJA 4YBFA 5P3EA 4Q1WA 1OHRA 1PSOE 3L5BA 1PROA 4ZSQA 4ZIPA 1SH9A 3O99A 2QMFA 4Y47A 4B72A 3H5BA 2RKFA 5P32A 2IQGA 5P6MA 3IVHA 5P63A 5P26A 2FMBA 5OYZA 5P66A 2QI1A 3O9HA 5TOLA 3U6AA 2WF3A 3EKPA 5P7TA 3SPKA 5P0OA 2I4UA 5OYYA 1APTE 1AIDA 4YHQA 5P11A 4ZSRA 4X2LA 3ZMGA 5DR4A 4D8CA 5P6JA 4EJDA 3PEPA 3OOZA 3PVKA 2QD6A 3EKVA 4LL3A 5P81A 2A4FA 1KJFA 5P2BA 4I1CA 4RRSA 4RYGA 3MWSA 2P3AA 4J1HA 5KQYA 2R38A 3EBZA 4DVFA 2WEZA 3RSVA 4CPUA 1LYBB 4RCDA 4GJ6A 1YTGA 4QJ9A 4DQCA 3O9FA 2V11C 4B1CA 3RSXA 4OBZA 3DV1A 5AHCA 5HCTA 2G1NA 2R3WA 5P4VA 1DW6C 5P73A 4DJXA 2PSUA 4ZEAA 5P7JA 1BWAA 1MT8A 3QRSA 2XFIA 4FLGA 1B6KA 5P7YA 1G35A 5P59A 2OHTA 1QS8A 1Q9PA 2Q3KA 2QHZA 4Y5LA 3UDQA 2QI7A 5APRE 2P3CA 3K5GA 5P45A 2QHYA 4Y3RA 5DQ5A 1HSGA 1HSHA 1HEGE 4YCKA 9HVPA 2OHSA 1HSIA 4Y5NA 5P87A 3K5CA 5P01A 5P69A 5HCOA 2NNKA 2VA6A 1XN3A 2VJ9A 3GGAA 5P57A 5P8QA 4B00A 5I3WA 1D4KA 5P4KA 5OZUA 4QLHA 2QP8A 1AZ5A 3TL9A 3SA9A 5P7SA 1XS7D 4F74A 1B6JA 1LYAB 4D89A 2I4XA 1MTRA 5P2GA 4CPWA 5OYUA 4DJWA 1ZPKA 5P6VA 5IVQA 1G2KA 1LYWA 5DR8A 4B1DA 5P33A 4DFGA 2IL2A 1IIQA 3EL1A 4I0GA 2PWCA 1GNMA 2PC0A 4NJTA 3DV5A 2VKMA 1MT7A 4DJRA 3IXOA 5OZ8A 3S45A 2B42A 5P5AA 2FXEA 2QZKA 1W5WA 1K1UA 3URIA 5IVTA 3NWQA 5OZJA 5P12A 5P2RA 4LHHA 5P0ZA 3GI0A 3NDXA 4Y3PA 4APRE 4EJKA 2QNNA 5P0JA 4Y3YA 3DJKA 3BUFA 2PH6A 3S56A 3VLAA 1TSQA 1FIVA 3PHVA 2IEOA 3CMSA 5P02A 1D4JA 3ST5A 2ZHUA 5P1EA 3UDKA 5P6WA 1MEUA 1W5VA 1K6VA 5CLMA 4J1KA 3VSWA 5DR3A 5P4GA 5P2NA 3IXJA 3TTPA 2PSVA 6APRE 5P47A 4PZWA 5DGWA 1F34A 5P48A 1RPIA 4NPUA 1RNEA 3EM6A 5AH7A 2OHNA 2FGVA 3IAWA 5FIVA 1F7AA 5P80A 3SKGA 5P1QA 1FB7A 2ZJKA 2WL0A 2Q54A 4FM6A 2QZWA 3NU4A 1TZSA 3G72A 1ENTE 2BPWA 3WZ7A 2HM1A 2WEDA 6UPJA 4J17A 3UTLA 3KMXA 4U7QA 4RRNA 5BS4A 5OZLA 3SKFA 4GJBA 4CKUA 2AIDA 1MPPA 3DUYA 2F3FA 4DJVA 5CONA 3PMYA 4Y3QA 4I0FA 5P00A 6FIVA 3OQDA 3PBDA 2P83A 5COKA 4XX3A 5KR2A 1W5YA 5P7GA 2FXDA 4TRWA 3Q4BA 5OZZA 1EPOE 1HIHA 1PSNA 1HTRB 5HDVA 2A1EA 2NMYA 3R2FA 4HDFA 1HOSA 3SO9A 3SACA 5P8KA 2PSGA 3UQRA 1WBMA 1EPPE 1SBGA 3GGUA 5P2TA 2FIVA 4OC6B 5P50A 1AAQA 3KT2A 3PSUA 5P0XA 4ER2E 3TKWA 4DQEA 1FFFC 5P5IA 2XFKA 3PM4A 1NPAA 4I12A 4K8SA 3PRSA 1KJGA 2VIZA 2QU3A 4COEA 5P49A 2AOFA 5IVRA 1KJHA 1HPSA 3GW5A 1B5FA 4KUPA 2G21A 5SZ9A 3OUDA 4GIDA 4RCFA 3NDUA 4FM8A 3ZKGA 4J1IA 2O4KA 5P2AA 2AOGA 3UQUA 1KZKA 2WEBA 5P1DA 4DV9A 5P70A 5P64A 3KYRA 4A6CA 3OGQA 1MT9A 4FRKA 5P51A 4GJ5A 4Y3FA 3NU6A 4Y36A 3VV7A 4H3GA 5P3GA 4Y3JA 2AOIA 3O9LA 5P8AA 3T6IA 1HXBA 3D1YA 3VG1A 5P44A 5BWYA 7HVPA 5JFUA 5P3MA 4M8YA 3LZYA 1SMRA 3Q5HA 2AODA 1QBRA 4Z2ZA 5I70A 1SP5A 1ZJ7A 5P0VA 2ZGAA 4RVJA 2NXLA 5OYRA 1HVHA 4DQFA 1HPVA 1YM2A 5OZ0A 1PFZA 4X7IA 4Y45A 5P5GA 2OHRA 5P0LA 3OUAA 5P1HA 3NWXA 1ODYA 5P0TA 4H1EA 3NR6A 4EQ0A 4Y37A 3EKYA 3BVBA 3D91A 1ME6A 4EXGA 4Q1XA 5OZXA 2BKSA 2IKUA 3TPLA 5KR1A 2JYSA 2PK6A 5P4YA 1TW7A 3G6ZA 5P5TA 3ZKXA 2BPXA 1RQ9A 5P14A 4Y4DA 5P0AA 2BKTA 3PCZA 4Y50A 5P8SA 2IENA 3EM3A 1K6PA 2B8VA 3EKQA 5P0EA 5KQXA 3IN3A 5KR8A 2PWRA 2F80A 5P8PA 1T3RA 1KJ4A 3HAUA 1GVWA 5P3TA 5P20A 1QDMA 3VFAA 5P25A 2O4LA 5P38A 3PJ6A 1PPKE 2B8LA 3EKTA 5P1FA 3NDTA 4PPHA 2J9JA 3R4BA 5P0CA 2FDDA 2G1SA 4Y57A 1BDQA 3NUOA 3PI0A 3TNEA 5P0GA 4OBGA 5P7CA 2IKOA 3QS1A 3QRVA 5P09A 5HE5A 5P8TA 1OD1A 2ANLA 3VYDA 2NR6A 5HDXA 1EC1A 3IVIA 2FNSA 2VJ6A 3FNTA 5P78A 5P3WA 4YDGA 2G69A 4Y3NA 1EPNE 1DPJA 4J0TA 4AA8A 5P7OA 1HRNA 2AVOA 5P4XA 4ZSMA 5DR0A 5P34A 3INFA 3QAAA 2VIEA 2PYNA 3ER3E 2HAHA 3LITA 2JJIA 1ZLFA 3IGBA 5OYQA 2ER7E 1B5FB 5HU1A 5P3JA 5P2JA 5P22A 5C9FA 3K5DA 1QBTA 4J55A 5P29A 3PLLA 1LF3A 1TCWA 1SGZA 1SDVA 1B11A 2QZXA 4ZLSA 5P5YA 5P74A 5P16A 1ODWA 2I4DA 4R91A 3O9GA 3TPPA 1M4HA 2VA7A 3PGIA 2OHQA 5P68A 4J54A 2ZJLA 2JE4A 1D4LA 5P0FA 3QRMA 1PSAA 3ZPSA 1SIPA 1APVE 3VF3A 3O9LB 4FAFA 3O9AA 1MRWA 1EBYA 4AA9A 5P1LA 5P8OA 4K4PA 1YX9A 5P4AA 3MSLA 4YCYA 5P86A 1A30A 3AIDA 4GJDA 5P4RA 5P7PA 3HDKA 3MXEA 2WF0A 3INHA 1ZSRA 1YT9A 4RCEA 2SAMA 5P28A 3BGCA 4J0PA 4FRIA 1IVQA 5P0BA 3KFNA 5P31A 5OZ2A 1W5XA 1HIVA 3I25A 3PBZA 5OZGA 4GJ8A 3PSYA 3FNSA 1C70A 4BEKA 3VUCA 3PB5A 3SA3A 3LPJA 4HA5A 4DJUA 4FL8A 1EBZA 4Y51A 4FE6A 3OQKA 4B78A 2QD7A 2HB2A 3NYGA 5AHBA 2O40A 4OBDA 5P1XA 3VLBA 3GGXA 4R5NA 1FMBA 5KOSA 2ZJIA 1HEFE 2RENA 5P82A 5PEPA 3LNKA 4Y4BA 3HZCA 5OZAA 2QMGA 1BDRA 5P7NA 1QBSA 4EHCA 5EZZA 5P4JA 3OADA 5P2EA 1WBKA 4QJAA 2OHKA 4Y48A 4Y3ZA 4EP2A 4K4RA 5P35A 5P4CA 4LBTA 1EBWA 1C6XA 4FSEA 2QI4A 2NPHA 4JPEA 5P6DA 1NSOA 4FRJA 3O9IA 2ZJJA 4DJPA 3UFLA 4IVTA 4GJCA 1FF0C 1K6CA 3WZ6A 5P67A 3APPA 4I0HA 2ZJMA 4R93A 2WECA 3VSXA 3FNUA 3DK1A 2UPJA 3NUJA 3QBHA 3TPJA 1Z8CA 3EL0A 4NPTA 3BXSA 3BRAA 1W6HA 2JXRA 3D3TA 1IZIA 4Y5EA 5OZPA 1W51A 5P7KA 1SGUA 3NXEA 2G94A 2QNPA 2WF4A 3ECGA 3K4VA 5DR7A 1MSMA 2HS2A 5P7AA 2I1AA 3UFNA 4I10A 2NTRA 2BPZA 3UQWA 5P3ZA 5P6XA 1NPVA 2QU2A 4Q5MA 3RTHA 2FLEA 2FDEA 2ER9E 5ISKA 4ER4E 2AZCA 5P8FA 5P3BA 3GI4A 2AOCA 5P7ZA 5DGUA 3MSJA 5P3FA 5P8CA 1HTFA 5P5BA 2QAKA 3CIDA 5P3SA 5P0YA 4CPRA 5P15A 1HXWA 5OZBA 1B6LA 5P65A 5KR0A 2WF1A 5P7RA 4Z4XA 5P3LA 5P5UA 3OXXA 3FKTA 3T11A 3JVWA 4Y4UA 1IZDA 1A94A 2P3BB 3TKGA 4TVGA 5P8GA 4DPFA 5P3NA 4J5JA 5P1RA 4Y53A 3EM4A 5ER2E 5OZVA 3HD8A 5P41A 3NLSA 4HDBA 5P1UA 1BILA 3ZKIA 2R9BA 5P7BA 3WZ8A 1BAIA 1APWE 3PLDA 4EWOA 5P8BA 3SA8A 2V10C 3ZPUA 4CPXA 4JPCA 5P8NA 3DOXA 4LP9A 3KA2A 2Q11A 3GGVA 3UF3A 5P3OA 5F01A 5P1JA 4DJYA 5P79A 5E5KA 1AJVA 2ASIA 2B60A 3LHGA 4FRSA 2B7FA 2CEJA 3CYWA 3NDWA 5OZ6A 1DP5A 4MC6A 3BHEA 5P0SA 1ER8E 3LPIA 3OAGA 3UPJA 5P0NA 3KMYA 2BPYA 5P6NA 3MXDA 5OYXA 4RVIA 3UDYA 4H3IA 4Y56A 2HIZA 4OBZB 3T7XA 1META 1JLDA 4GMIA 4Z22A 5P4ZA 5C9DA 4PHVA 4Y3EA 2V16C 4U8WA 5P1ZA 2F8GA 4NKKA 5P2MA 1HTEA 3QIHA 4AMTA 1E81E 2I4WA 5OYVA 3TPRA 5P1KA 2ZDZA 4DH6A 5P05A 3KDDA 3O9DA 3URLA 3DCRA 4RLDA 1NPWA 1IDBA 4Y4JA 3OXVA 3UDPA 2O4PA 4Y35A 3OGPA 3KDCA 4CP7A 2FGUA 3HW1A 1TQFA 3UDMA 3NU5A 3O9EA 5P7UA 3T3CA 3OTSA 3S43A 4ZE6A 1Z1HA 2HB4A 3L3AA 3SFCA 4R92A 2RKGA 3HVPA 2G24A 4Q1NA 5P75A 7UPJA 2I0AA 4I0JA 4LAPA 5P6OA 5P6RA 2R8NA 3VF7A 3PWRA 3ZOVA 2Q55A 3Q70A 2BJUA 1FMUA 1FQ8A 1HPOA 1N49A 5HU0A 2AVSA 1IZEA 4KB9A 3SQFA 4Y3XA 4Y6MA 4DI2A 4NJVA 3K1WA 3LZUA 1LYWB 1WKRA 4L7JA 4JOOA 5P7DA 1A9MA 2QI5A 1W6IA 2G26A 5DQCA 3L38A 2QI0A 1GVTA 5P3RA 4Y5GA 4DJQA 1LEEA 3INDA 3GI6A 4Y5CA 3KN0A 2PK5A 5P18A 4GJAA 4L1AA 2RSPA 1LF4A 5P7VA 3ZL7A 3SAAA 4I0DA 3QROA 1ZBGA 3G70A 1EC0A 4N00A 4L7GA 3L5FA 5P83A 1G6LA 5P4WA 4D83A 5P6PA 8HVPA 5JG1A 4Q1YA 4Y5BA 1FEJC 1G0VA 5P1GA 4DUSA 3BGBA 5KOQA 1ZTZA 5P3KA 3I6OA 2J9KA 5OZQA 4I0IA 2G27A 3LIYA 4Y5PA 5P5CA 4HDPA 4DQHA 5P7HA 1FG8C 4J0VA 1ZSFA 3BVAA 5P76A 3FV3A 1FLHA 3KDBA 1UPJA 5OZRA 1EPRE 2AOJA 4BELA 4Y3DA 3APRE 4OBHA 4Y4WA 1BV9A 4FCOA 5OZSA 2APRA 4XX4A 1RV7A 1GNNA 5COOA 1CZIE 4I11A 5OZ7A 4CPSA 1CPIA 2FS4A 4NJUA 3SA7A 4I0EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S43 B;  5P4D A;  2JJJ A;  4YDF A;  5P7X A;  2G1R A;  5OZ5 A;  5OZ1 A;  3R1G B;  1APU E;  3SLZ A;  3S54 A;  2NNP A;  3KFR A;  1XE5 A;  1FGC C;  1A8K A;  4Y4T A;  4RGH A;  5P8U A;  3R0W A;  4CMS A;  3IXK A;  5P07 A;  3OK9 A;  1FQ6 A;  2CEM A;  5P6K A;  3D1Z A;  2PMA A;  3WB5 A;  3QN8 A;  1DAZ C;  2QHC A;  3OUC A;  1HVI A;  3O9B A;  5P5W A;  2G20 A;  3FX5 A;  2OHU A;  5OZE A;  5P6Y A;  5P0I A;  1MIQ A;  3S8I A;  5P4S A;  3IN4 A;  2XYF A;  4D88 A;  3UQX A;  1PPM E;  1T7I A;  3OU3 A;  5P2C A;  4L1A B;  4ER1 E;  1GKT A;  3ER5 E;  2I4Q A;  2QD8 A;  5P3I A;  2V13 A;  1HWR A;  5P06 A;  3EL9 A;  3LIN A;  4K9H A;  1IVP A;  4DJO A;  2MIP A;  4J1E A;  5OYW A;  3OQ7 A;  2Q64 A;  3NSH A;  2BB9 A;  5P4T A;  5ISJ A;  1LF2 A;  3SA6 A;  2P3B A;  3ZLQ A;  1YTJ A;  2QNQ A;  2ER6 E;  4PYV A;  2BQV A;  2NMZ A;  1EC3 A;  3OQA A;  1FQ5 A;  5P40 A;  3JW2 A;  5P6A A;  4PZX A;  4Y5A A;  5IVS A;  4YD5 A;  4RZ1 A;  3CKT A;  4EYR A;  5DQ4 A;  2WEA A;  3URJ A;  4YBF A;  5P3E A;  4Q1W A;  1OHR A;  1PSO E;  3L5B A;  1PRO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SDU A;  5P1A A;  1D4I A;  4Y4A A;  2RMP A;  4ZPE A;  5P2H A;  5P6C A;  5P8L A;  3VYF A;  1EED P;  5P0P A;  4YE3 A;  2P8H A;  1YG9 A;  5OZM A;  4Y3W A;  3EKX A;  3OU1 A;  4A6B A;  3AUP A;  1Z1R A;  2B7Z A;  1GNO A;  3OTY A;  5HDU A;  5P5L A;  5P3P A;  4LXK A;  1A8G A;  4B05 A;  5P17 A;  3HAW A;  5P5V A;  3PWM A;  3OAD B;  5B18 A;  2FNT A;  3OOT A;  5P7W A;  2EWY A;  4OD9 B;  5P2W A;  2F3E A;  4I0Z A;  3CKR A;  4CPT A;  5P23 A;  1TCX A;  3NU3 A;  5P03 A;  3WSJ A;  1T7J A;  5OYT A;  4FSL A;  1UH7 A;  5HD0 A;  3BUG A;  5OZY A;  5P1B A;  3OWN A;  2AOH A;  1AM5 A;  3VEU A;  4YA8 A;  5P7Q A;  1EAG A;  5P3C A;  1BXO A;  3UDH A;  3NXN A;  5P4L A;  4R8Y A;  1EPQ E;  3S2O A;  2ZHR A;  1MER A;  5I3V A;  4ZPF A;  2R3T A;  5P6H A;  5P2S A;  5P10 A;  1K2B A;  2VA5 A;  1UH8 A;  4TRZ A;  3S7L A;  3FIV A;  4J1C A;  1XN2 A;  1OEX A;  1MRX A;  3ZPT A;  5I3X A;  5P2L A;  5P0U A;  3UQP A;  5P5J A;  4Z50 A;  2IGY A;  2UXZ A;  5AHA A;  5J25 A;  5OZ9 A;  1W50 A;  5OZW A;  5OZK A;  3VYE A;  3TLH A;  1KJ7 A;  4KE0 A;  3RVI A;  4XXS A;  3VFB A;  5P84 A;  1K2C A;  5P4N A;  3PSG A;  1K6T A;  5P5E A;  5P8H A;  1SDT A;  2ZJH A;  5P5N A;  2G22 A;  1AJX A;  3EC0 A;  5P3Y A;  5P6F A;  5P5X A;  5P42 A;  3OHF A;  4Y58 A;  1BVG A;  5P89 A;  4QJ7 A;  5P61 A;  3OU4 B;  3SA5 A;  3A2O A;  5COP A;  4DQG A;  5P4I A;  2AOE A;  5P5P A;  2XYE A;  4Y4G A;  5P4O A;  2VIY A;  1E5O E;  5P5O A;  5OYS A;  2HPF A;  3U71 A;  3ZKQ A;  4R95 A;  4GJ7 A;  5OZC A;  3S85 A;  5OZF A;  5P1M A;  4EJL A;  5P0Q A;  2XFJ A;  1YM4 A;  5P4Q A;  5P85 A;  4ACX A;  3EL5 A;  1FQ7 A;  4YD7 A;  4MC1 A;  5P1T A;  4DPI A;  1ZP8 A;  3M9F A;  2IS0 A;  5OZH A;  1XDH A;  1MES A;  1ODX A;  5P7F A;  3LIV A;  2V0Z C;  3N4L A;  2Z4O A;  3GI5 A;  1C6Y A;  2H6S A;  5P5R A;  3CIC A;  4I8W A;  4XKX A;  5P4E A;  5SXN A;  4YD3 A;  2R5P A;  2Q15 A;  1SIV A;  1MVP A;  2PQZ A;  4QGI A;  5P7I A;  5OZN A;  1GVU A;  5P5S A;  4Y5M A;  3B80 A;  3DM6 A;  4RRO A;  1ZAP A;  3F9Q A;  4YCT A;  3EMY A;  2AQU A;  4I8Z A;  5P0K A;  1M0B A;  3UHL A;  2VJ7 A;  5P0M A;  5P56 A;  2V12 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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