2AZCA

Hiv-1 protease nl4-3 6x mutant
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALIDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKIIGGIGGLIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLIGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2azcA00
3B7VA 3IAWA 2P3CA 1IZDA 3D91A 1HRNA 2OHUA 4ZSQA 5P5QA 4GJ5A 3VYFA 4DUSA 5DR7A 1QS8A 2I4DA 4HEGA 5P3YA 4Z22A 2QAKA 5OZGA 5OZ7A 5P6MA 5P60A 2O40A 4B00A 1Z1RA 5P1PA 3LITA 4GIDA 2ZGAA 2ZHTA 1HHPA 2G27A 2B7FA 4Y3LA 3EBZA 5P45A 1E81E 1PSNA 1W5XA 1QBSA 5P5CA 3HDKA 1MIQA 4DQFA 2P3BB 5P5EA 5P0JA 4LBTA 5P4DA 3WZ6A 2CEJA 2G26A 3GI6A 5P31A 5P5HA 2AOJA 2J9KA 3NU9A 4QGIA 2ZHSA 5OZZA 3OWNA 4Y3SA 4I10A 3TOFA 5P4WA 5P6XA 1SDVA 4Y57A 3BUHA 3PSGA 3Q6YA 4I0IA 3CKPA 5OZJA 3DV1A 3UDHA 1J71A 4BFBA 5P2DA 3ZKNA 2QK5A 5P7CA 2AZ9A 5P2ZA 5P0XA 3O9BA 2CENA 5P6IA 2BKSA 4FM8A 5P8KA 1PSOE 2QU3A 1MERA 1T7IA 2AZCA 5OZTA 4EXHA 3R0YA 2J9JB 1ZJ7A 3OU1B 2R5QA 5P5ZA 3PHVA 4NKKA 3OY4A 2Q15A 3SKGA 4FLGA 3OQ7A 2OHPA 5P18A 4EP3A 4Z4XA 5P0KA 5P24A 4TVGA 5P0QA 4EYRA 1KJHA 2CEMA 2AOEA 1MSMA 3TH9A 5P0GA 1YTHA 5P4NA 3MSLA 1WBKA 4Y4DA 1A8KA 4FM6A 5P0YA 5P1IA 1ZLFA 5IVTA 3CYWA 3NYGA 1YM2A 5P3OA 3OADB 1BWAA 4RRSA 4RZ1A 5P8PA 5B18A 5P4AA 1K6TA 3O9GA 1OHRA 2WF0A 2NXMA 1FIVA 5DR8A 1BILA 3FNUA 5P5BA 2OHTA 4LP9A 3ZKMA 4I0ZA 1TQFA 3VYDA 5HDVA 5P6NA 1YT9A 5IS4A 5P3CA 3UQRA 3QVCA 5KQYA 2G1OA 5P5VA 2WF1A 4PPHA 2HB4A 1HIHA 4S1GA 5P65A 3WB5A 5P17A 5P41A 1EBYA 5OZ6A 1YTGA 5P27A 4Y3QA 3INFA 2JYSA 5P7LA 3BXRA 1NH0A 1IZEA 1LEEA 3SA5A 4Z50A 5J25A 3SM2A 2QD7A 1T3RA 1VIJA 5P7GA 2WECA 1EC3A 3DJKA 5P5RA 2ER7E 5P4ZA 2O4LA 3OXCA 5P34A 5P8FA 1FQ7A 5C9FA 2PWRA 3HVGA 3PB5A 2B60A 5P6VA 2VS2A 2PSVA 3D3TA 4GJ7A 4PEPA 5P42A 2WF2A 1IDAA 2P83A 5P80A 2VNMA 5COPA 3O9LB 5P5JA 4J0TA 4MC2A 5P8CA 1YM4A 3GGXA 4FGXA 5DQ2A 5TOLA 3PSUA 5OYWA 2VA7A 3RSXA 4H3JA 5P6GA 1APUE 1HSIA 5OZ5A 1WBMA 2HPEA 5P5NA 4NJTA 2G20A 5P1TA 3FSMA 5COOA 1B5FB 4Y35A 1SIPA 2PWCA 4Y54A 5P52A 5KQZA 3O9EA 1SMRA 5P59A 1W6IA 4J5JA 4ZE6A 1FG8C 3PWMA 4NJVA 5P0VA 2IGYA 2ZE1A 2QD8A 5P2YA 4LXKA 4DQCA 1MT7A 4X7IA 3VUCA 3FV3A 3PMYA 3KM4A 5OZWA 1GVUA 1D4YA 3L5BA 4CP7A 5P2SA 1ZSRA 5OYRA 1HVKA 4XX4A 5P0FA 4RYGA 3QS1A 1UH7A 5P67A 3VLAA 4I0FA 5P3LA 1HVRA 4R93A 5P1VA 5P4TA 3FNTA 3EM3A 3L38A 3K5CA 3ER5E 5P2CA 1FG6C 1FQXA 1AJXA 3T7PA 3QRVA 1OEXA 5OZKA 1G35A 5P3UA 5P1ZA 4YBIA 2HB3A 3O9AA 3LHGA 4EP2A 1D4LA 4TRWA 5P26A 5I70A 1GNMA 2B42A 5P2MA 5P12A 2VA6A 5P7MA 5JFUA 1PSAA 5SY3A 4YCYA 5BWYA 2BPWA 4FRIA 4Y56A 2G1NA 1MESA 2AOGA 2WL0A 4D89A 5P6QA 1MVPA 4PHVA 4Q5MA 4YCKA 3HD8A 4FM7A 4KUPA 1G0VA 4IVTA 5ER1E 5P51A 3OQDA 3KT5A 3RVIA 4Q1YA 1AXAA 5PEPA 1C6ZA 5P2UA 1AM5A 4CMSA 2VJ6A 2NMYA 3NWQA 5HDZA 3KFNA 1ZTZA 1FGCC 4FL8A 4EWOA 2HS2A 2P3DA 2NXLA 2OHKA 3OGPA 2ZHVA 1APWE 4Y3ZA 3LZSA 3VFAA 1IZIA 4LAPA 4I1CA 5P63A 1FQ8A 3VFBA 5DR3A 1LV1A 4NPTA 2AQUA 4DI2A 4AA8A 4I0EA 5KQXA 4Z2ZA 1K1UA 4I0GA 3UDJA 3L5FA 1NPVA 2AVSA 1RNEA 5P2WA 4RVXA 2FDPA 4JP9A 4HA5A 3EM6A 3DM6A 5P6TA 3O9CA 5P36A 4ZSRA 2ZJHA 2QMFA 5DQ5A 3KFRA 3QN8A 3MSKA 3ZMGA 5JODA 1IDBA 5P28A 4F74A 3TOHA 5P54A 4GJ9A 5P4IA 1FFFC 3K5FA 5P1JA 2G22A 4Y4GA 1HVHA 3URLA 1LZQA 5P2BA 4OD9B 3OQFA 4Y58A 1HTFA 4J54A 5P5IA 5ISKA 2R9BA 5P2AA 5P2RA 1ZBGA 2FMBA 4L7GA 5P05A 4B72A 2APRA 3JW2A 3K5GA 2ZHUA 2FDDA 3OXWA 3UQXA 1B6KA 3TLHA 1BV7A 4OBJA 5P3FA 3G70A 1K6PA 3OK9A 4L7HA 3PLDA 5OZ0A 4DJPA 5P75A 5P3KA 1XS7D 5P5TA 3KDCA 1YX9A 5P0DA 5P1YA 5P3HA 2ZYEA 4I0DA 3KFSA 5OYXA 5P2OA 9HVPA 4ACXA 5P7HA 4H3GA 3O9FA 5KAOA 5P2EA 4Y43A 2O4SA 2XFIA 4QJ9A 1IBQA 3NU5A 5P6RA 4YD3A 3CIDA 5KQFA 2I4QA 3SA8A 2F80A 3UDYA 2WJOA 4DQGA 3DCKA 4KE1A 4WY6A 1HTRB 5OZAA 5P10A 5P6FA 5P43A 3LPJA 4ZPEA 5P1UA 3VG1A 5P1KA 2IEOA 3IN4A 1A8GA 3OAGB 1ZSFA 5P5YA 3PCZA 1C70A 1HPSA 6UPJA 4K8SA 3SA7A 4J0ZA 5P7EA 4DQHA 3NWXA 2R3TA 4Y3TA 2FIVA 1B11A 1M43A 4BELA 3VCMA 2QD6A 4ZSPA 5P8OA 4HVPA 4DJVA 2AOIA 4GJ8A 3LIZA 5IVSA 3KN0A 2QHZA 5P08A 3CIBA 3UDRA 4NPUA 3LIYA 3IVHA 5P3TA 4OC6B 5P2IA 2QI4A 5P87A 4A6CA 3TPRA 5P6AA 5F00A 2P8HA 2AVMA 1EPOE 3Q3TA 3L5EA 5P5LA 4B77A 2P4JA 3VV7A 4HE9A 2QI6A 2OHNA 1YTJA 4Y4WA 5DR1A 2O4PA 2QZLA 3KDBA 4OBZB 5P2TA 2QMDA 1MT8A 4FRSA 1A9MA 4FIVA 3UFNA 4TVHA 5P3VA 1LS5A 5P0PA 1KJ7A 5P8IA 3TTPA 1YG9A 1EPPE 2A4FA 3SA3A 1BXQA 5P1NA 3TPLA 1E80E 3FNSA 2FXDA 1UPJA 3EL9A 1OEWA 6APRE 5OZOA 4KB9A 5P7IA 4DJYA 2AVOA 3INHA 1VIKA 3NDUA 1PFZA 2I4VA 4YE3A 5P0IA 5OYQA 2UPJA 4FAEA 1QBTA 3OU4B 3KA2A 5P7PA 5BS4A 3PVKA 4Y47A 2XFJA 3UDPA 4GJAA 1RPIA 5HTZA 2F81A 5OZRA 2VJ9A 3G72A 4FSLA 5ENKA 4DJRA 4QJ8A 2AOCA 2HPFA 5OZXA 3EMYA 4XX3A 5P1WA 3S53A 4ER2E 3EM4A 3S8IA 1MSNA 4XXSA 4Y4TA 3BHEA 3INDA 4CPTA 2ZHRA 1BXOA 3IGBA 5JG1A 3U6AA 2WEAA 5P78A 4JOOA 3H5BA 2PSUA 2JE4A 3WZ7A 3EKTA 2QZXA 1T7KA 3IXKA 2BJUA 5OZ2A 3AIDA 4A6BA 1APTE 5P68A 3S43A 4DJXA 4Y4JA 5OYUA 5P8BA 2F3FA 3TPJA 3T7QA 5HD0A 5P01A 2G21A 3EKXA 4R5NA 4B78A 1XE5A 1SDTA 2AVVA 5P4GA 5P3EA 5P8JA 4AUCA 2PSGA 5HCOA 4ER4E 4AZYA 3KDDA 4Y5AA 1LF3A 5P0EA 4LL3A 3OTYA 2G24A 4QLHA 4FRJA 5P8VA 5P7VA 5P5PA 5ER2E 1D4HA 4YHQA 2HM1A 3EL5A 5E5KA 1QBRA 3SA9A 2WF3A 1IVPA 1FMUA 3M9FA 1HIIA 2HC0A 4I11A 3IXOA 2ANLA 3I2LA 4Y3YA 5P88A 3U7SA 4DQBA 1HPXA 3JVYA 5P73A 3ZKQA 4N00A 5DQCA 2P3BA 3ZL7A 4GJBA 5OZSA 3RSVA 1SP5A 3OUAA 2PH8A 3ZKSA 2QI0A 4B1DA 4CPQA 5I3WA 5P15A 3HW1A 5DR4A 1T6GA 5I3VA 5OZ3A 2V10C 5P6KA 3SO9A 3TPPA 7HVPA 4Y5CA 3OOZA 1ER8E 1T6EX 5SXNA 1SDUA 3OQKA 3ZKIA 1EBKC 4KE0A 5OZ1A 5P8LA 1MTRA 1NSOA 4DJUA 2JXRA 3LNKA 5P70A 5P04A 1FMBA 5P1FA 3GI4A 5P40A 3APRE 4Y3XA 4BEKA 3B80A 5P8QA 1GVTA 3PLLA 4Q1NA 5DGWA 1HTGA 5P47A 4ACUA 1IZHA 1K6VA 1XDHA 2FS4A 4DPIA 3LIXA 2I1AA 1AIDA 4ZEAA 2I0AA 3TKWA 2QI5A 2J9JA 2VNNA 2AZ8A 2HIZA 2Q54A 2V11C 1M4HA 3OU1A 5KOSA 5HU1A 2O4KA 4YDGA 2VA5A 4Y51A 3CICA 3ZPTA 2IQGA 3DOXA 2OHLA 3QRMA 2P3AA 1IVQA 4ER1E 2HB2A 2WKZA 2ZJNA 1HXWA 5OZVA 5P8DA 3LZVA 1JLDA 4TRZA 3I6OA 5P6EA 4AA9A 4L1AB 1F7AA 3HVPA 5P6DA 4YOBA 4RROA 2AIDA 3N3IA 3R4BA 2FNSA 2B8VA 1MEUA 3IVIA 5DR0A 5P07A 5P16A 2BPZA 3QRSA 3U71A 3CYXA 3OADA 1CMSA 1D4SA 3EL4A 1HOSA 1E5OE 2PK6A 3UPJA 4Y5BA 1LYAB 2ZJLA 5OZCA 5P1HA 4I0HA 3OTSA 3UFLA 3O9IA 1B6JA 3NR6A 1QDMA 1META 3RTMA 1RV7A 5P1GA 1SMEA 5DQ4A 1LYWB 5OZMA 3HBOA 2B7ZA 1SGZA 1Q9PA 4OBHA 3UTLA 1K1TA 5P7UA 1BIMA 3KT2A 4RGHA 1AAQA 4Y6MA 1BBSA 1UH8A 4ZPGA 5HU0A 5P4LA 5SZ9A 4R95A 3QIHA 4H1EA 5P2FA 3PEPA 3LINA 1GVWA 4X2LA 1W50A 3BVBA 1HXBA 3PWRA 5P14A 3NU4A 5OZNA 4Y5EA 1KJFA 2BPVA 3KF0A 3OXVA 4Y3FA 2Z4OA 4RCEA 3O9HA 2NNKA 5P7DA 3GGUA 4Y5NA 4Y4ZA 3OU3A 2ER6E 1DPJA 5P8RA 4TRYA 1Z8CA 5OZ4A 3IXJA 3IN3A 3MSJA 5P1OA 3QBFA 4DPFA 4JPEA 5OZLA 2IRZA 3UDKA 5OZHA 5P6UA 1G6LA 3O9LA 1FQ5A 4K4RA 4Y3AA 3BGBA 2F3EA 3RTHA 1NPAA 5P8TA 2R8NA 1G2KA 3VSXA 5P72A 5AH7A 1QBUA 3SACA 5P7SA 5IVQA 4Q1WA 1W5WA 5P8HA 5P3MA 5P6OA 2WEDA 3UQPA 2AVQA 3OXXA 1BDRA 1FFIC 5P3RA 4FRKA 2Q63A 1LF4A 1B5FA 1EPME 4EJKA 5P71A 5P7FA 5P5MA 1EBWA 4GB2A 1FF0C 3UDQA 2HAHA 3OUDB 1HTEA 4QJ7A 5AH9A 3D1ZA 4U8WA 5P4EA 4APRE 5P5UA 1LYBB 4RLDA 5P0NA 5P44A 4YD7A 5P29A 5P3PA 1MRWA 4Y36A 5P7OA 1CZIE 3WB4A 4M8YA 4Y4UA 3L58A 5P3BA 1AVFA 5UPJA 4R92A 4PYVA 5P4BA 3FKTA 1GNNA 4LXAA 2I4XA 3T11A 5P37A 3UF3A 5P50A 4Y3WA 4Y3MA 5P5DA 2ZJIA 3TL9A 1DP5A 3TNEA 2FGUA 3GI5A 4B05A 3LZYA 4Y3JA 4Y50A 2QMGA 2B8LA 3LIQA 3T3CA 5P4PA 2UXZA 2V00A 1A94A 1EAGA 5HE5A 2A1EA 1HVLA 5CLMA 4I8ZA 5P55A 5P4CA 5P64A 4Y9WA 4ZIPA 5P0CA 5P23A 2ER9E 1TCWA 5F01A 1BWBA 3LIVA 2NR6A 4EHCA 4LHHA 2OHRA 4QJ6A 5P11A 4J17A 4QJAA 5P30A 2RSPA 3EKPA 3R2FA 1EC2A 3OHFA 4RRNA 1HEGE 4EJLA 5OZPA 4Y4EA 3PMUA 4MC9A 3VLBA 3OOTA 3RTNA 2Q5KA 2OF0A 3G6ZA 3T7XA 4UPJA 3D1YA 5IE1A 3S2OA 3O9DA 2VKMA 2SAMA 3BXSA 2QNPA 4FCOA 5P86A 2QI3A 1ZPKA 2PC0A 3D20A 2MIPA 2QI7A 5P7QA 5P49A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B7V A;  3IAW A;  2P3C A;  1IZD A;  3D91 A;  1HRN A;  2OHU A;  4ZSQ A;  5P5Q A;  4GJ5 A;  3VYF A;  4DUS A;  5DR7 A;  1QS8 A;  2I4D A;  4HEG A;  5P3Y A;  4Z22 A;  2QAK A;  5OZG A;  5OZ7 A;  5P6M A;  5P60 A;  2O40 A;  4B00 A;  1Z1R A;  5P1P A;  3LIT A;  4GID A;  2ZGA A;  2ZHT A;  1HHP A;  2G27 A;  2B7F A;  4Y3L A;  3EBZ A;  5P45 A;  1E81 E;  1PSN A;  1W5X A;  1QBS A;  5P5C A;  3HDK A;  1MIQ A;  4DQF A;  2P3B B;  5P5E A;  5P0J A;  4LBT A;  5P4D A;  3WZ6 A;  2CEJ A;  2G26 A;  3GI6 A;  5P31 A;  5P5H A;  2AOJ A;  2J9K A;  3NU9 A;  4QGI A;  2ZHS A;  5OZZ A;  3OWN A;  4Y3S A;  4I10 A;  3TOF A;  5P4W A;  5P6X A;  1SDV A;  4Y57 A;  3BUH A;  3PSG A;  3Q6Y A;  4I0I A;  3CKP A;  5OZJ A;  3DV1 A;  3UDH A;  1J71 A;  4BFB A;  5P2D A;  3ZKN A;  2QK5 A;  5P7C A;  2AZ9 A;  5P2Z A;  5P0X A;  3O9B A;  2CEN A;  5P6I A;  2BKS A;  4FM8 A;  5P8K A;  1PSO E;  2QU3 A;  1MER A;  1T7I A;  2AZC A;  5OZT A;  4EXH A;  3R0Y A;  2J9J B;  1ZJ7 A;  3OU1 B;  2R5Q A;  5P5Z A;  3PHV A;  4NKK A;  3OY4 A;  2Q15 A;  3SKG A;  4FLG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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