2B7FA

Crystal structure of human t-cell leukemia virus protease, a novel target for anti-cancer design
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of human T cell leukemia virus protease, a novel target for anticancer drug design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human t-lymphotropic virus 1
molecule keywords HTLV protease
total genus 22
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2b7fA00
3Q70A 1W6IA 4F75A 3SO9A 4WTUA 5JFPA 4CPWA 2HIZA 1W5YA 3PCWA 2F3KA 3Q5HA 1C70A 3HD8A 4Y3FA 5P68A 5IE1A 4I1CA 3D3TA 1EPPE 3EL4A 5IVRA 1ME6A 5P2MA 3UQXA 2NMYA 4Y48A 4HZTA 3L5CA 5OZIA 3H5BA 5P0YA 1KJGA 4AUCA 1ZAPA 5P3BA 5I3VA 1HSHA 2F3EA 4TVGA 3IA9A 4K9HA 1OEXA 2ZJJA 5P8JA 2VS2A 3OTSA 1NPVA 3ECGA 4DQGA 4EXGA 1APWE 1ZLFA 2JJJA 5P4XA 3I7EA 3VYDA 5APRE 4Y3WA 4JOOA 5AHAA 2NNPA 5HE4A 3EL9A 3ZKGA 2PYMA 3OUAA 4CKUA 1HXBA 5OZYA 1HTGA 4RYGA 3LIZA 4RVJA 3NWXA 3EKTA 3FSMA 3UDNA 5P5IA 3S43A 5P27A 5DQ4A 3IVIA 4DH6A 4Y9WA 5AGZA 1MTRA 2QMGA 1ODWA 3O9LA 5OYQA 1EPLE 5HDUA 3OUDA 5ENMA 5OYSA 1SGUA 1GVXA 4RZ1A 1TCXA 5P6LA 1TSUA 2NNKA 3L5DA 4ZLSA 5OZVA 1FQ7A 5OZ7A 2H6SA 1BVGA 2V11C 4PZXA 5F00A 3SQFA 1N49A 3SKGA 5P4YA 2IQGA 4Q5MA 5P36A 4K8SA 4Y50A 1ZBGA 4R93A 2OHNA 3UDRA 5P60A 4YD7A 3MWSA 5P3JA 5P8LA 4FSLA 5P4BA 5P1KA 4OD9A 3FNSA 5P5YA 3GI5A 5DQCA 2O4KA 2G27A 5C9FA 2I1AA 4F74A 5OZ3A 3DV5A 1FQ6A 5P6CA 3PI0A 3VEUA 1XE6A 5OZKA 3SFCA 4DJVA 2ER9E 5OZBA 3QS1A 2BKSA 2Q5KA 2F3FA 3G70A 5DPZA 3HDKA 3INHA 4X7IA 2Z54A 5P1SA 4Y5CA 1YM2A 3UQPA 4Y3TA 5KQZA 5P6HA 3HBOA 2WJOA 4LL3A 4Y4JA 3VSWA 2P8HA 3ZL7A 3O9BA 2PH6A 4GJCA 5DR3A 5P7ZA 1AXAA 2NTRA 3S7LA 4FLGA 4Y4WA 4Q1NA 5P77A 3L5FA 5P74A 4RYCA 1FKNA 2G94A 1IDBA 5P3PA 1EBYA 1MT9A 1YTIA 5KQYA 3N3IA 1BAIA 5OYYA 3IXOA 4OBJA 5P5AA 2BPYA 4LBTA 5P54A 3GGAA 1APVE 4OBHA 5P3OA 2RENA 1HVSA 2NXLA 3IXKA 5I3XA 3D1XA 5OZUA 3BVBA 5P3HA 5P3SA 3KFRA 3BRAA 2ZHVA 1FQ5A 1RV7A 3O9FA 1IBQA 4KB9A 5OZ0A 4RRNA 3ZPSA 3LZVA 5P70A 5P59A 1FMXA 3EKYA 1QS8A 3OAGB 2AVVA 5KAOA 1SGZA 4Y43A 4Q1YA 5PEPA 5P5NA 3O9GA 4LAPA 1MRWA 3D20A 1IVPA 2V0ZC 3TOHA 1IZHA 5P88A 5P1UA 5P8HA 5OZOA 2G1SA 5P72A 4M8YA 1HVKA 5P69A 3PGIA 5P12A 5P0VA 3WZ6A 1D4SA 4I0FA 3S85A 3GGUA 1BV9A 3NYGA 1MRXA 1EEDP 3EKQA 3NSHA 1PROA 4Y3YA 5P3TA 3O9CA 3OOZA 4Y3NA 4B1DA 1C6YA 1HEGE 3MXDA 1EC1A 1EPME 1K6CA 1KZKA 2AOFA 5P5CA 5P6DA 2QAKA 5P1PA 5P4EA 3VF5A 2ZHUA 4XXSA 1FGCC 1T7JA 1FB7A 4A6BA 4DV9A 4GJ9A 5P53A 4FM6A 3QIHA 3OTYA 5P0MA 2RKGA 4GJ7A 5DQ1A 4Y3GA 4FCOA 4B00A 2FIVA 5AH7A 5P2JA 2VNMA 5OZWA 2VIJA 4KE0A 3BUGA 3HAWA 3EXOA 5P4NA 5SZ9A 2QZWA 5OZJA 2AOHA 3NR6A 1HSIA 3GGXA 4KE1A 1G35A 4J0TA 3URJA 3HVPA 5P0JA 2VIEA 3HLOA 5KR0A 3LPJA 2ZJLA 2F80A 4J0PA 3GGVA 2FLEA 3EM3A 3ZLQA 1EC3A 2QU3A 5E5KA 3LITA 3OUDB 3NDUA 1QBRA 4Y45A 1TCWA 2FNTA 3FIVA 2FGVA 2MIPA 3CYWA 3VV6A 2ZYEA 5P5PA 5P4WA 5P05A 3KM4A 2VA5A 4HE9A 3DCKA 3BGBA 3DV1A 4WY6A 3BUHA 1SH9A 5P34A 2WF4A 3SLZA 4OBDA 2P3CA 2JYSA 3BGCA 1Z1RA 1FQ4A 4OD9B 1FQ8A 5P76A 4Q1WA 5P1WA 5P1QA 5P13A 4F76A 1HSGA 4GIDA 2CENA 2I4VA 3TL9A 2Q63A 1LZQA 4CPTA 3LIXA 2HAHA 3URIA 3KFPA 5OZZA 5B18A 5KOSA 3NU3A 2EWYA 4PHVA 5P7HA 1YX9A 5P11A 4CMSA 1SDTA 3OHHA 3K5GA 5P4DA 4Y4TA 4DFGA 1DMPA 5HCTA 3JVWA 4I0DA 5P1BA 5EZZA 2V16C 1MUIA 1MT7A 1OD1A 4J1HA 4B1EA 1LYBA 2O40A 5P0GA 3QBFA 5P3FA 5JODA 1ODXA 5P7WA 1HOSA 3OUBA 5P0NA 1SIVA 5P40A 1RPIA 2QNPA 4PEPA 1MVPA 5P5RA 3WZ8A 2H6TA 4B78A 2Q11A 5DGWA 3S8IA 3KFSA 3CKPA 5P2GA 4CPSA 2J9JB 5P6ZA 5P6VA 2FXDA 2BKTA 3R2FA 3T3CA 2NR6A 3R1GB 2IS0A 5OYRA 1SIPA 3D1ZA 2ZHSA 4YOAA 2V13A 5P6JA 4Y44A 1AJVA 4A6CA 2OHMA 3IXJA 3PI5A 5P4MA 1B6KA 3INDA 5P62A 5OYXA 1KJ4A 1EBZA 3B80A 5P7RA 2WHHA 1WBMA 4I0HA 4Y5AA 5P4HA 4Y3DA 5P1TA 5P7FA 2F8GA 1A9MA 2B60A 1KJ7A 4JECA 5P4CA 5HVPA 2WF0A 8HVPA 3EL1A 3IGBA 2A1EA 5P4JA 2HM1A 5CLMA 1XE5A 2QK5A 5OZPA 5P3WA 4I0IA 1ZPAA 3SA3A 5DR4A 3K4VC 3PLDA 4ER4E 3TPPA 5P8CA 3VFAA 1OEWA 2VIYA 4DQCA 4QGIA 5P41A 4ZSMA 2XYFA 1PPLE 4AA9A 3PCZA 5P6XA 1B5FB 3DUYA 3OUCA 1XS7D 5HDXA 2BPZA 3OU3A 1APUE 5OZSA 5P3MA 4QLHA 3MXEA 5P07A 5P0FA 5P1RA 1M43A 4Y3MA 4DJQA 2P4JA 1IZDA 1GNMA 1E81E 3PEPA 5P2EA 3ER3E 2PH8A 1B6JA 5OZ6A 3TPRA 5P8MA 3LNKA 4K4RA 5P3IA 5P4SA 5P6AA 4ZPGA 4GJ5A 4U8WA 3ZKIA 2QZLA 4Y4ZA 3NU9A 2G26A 4NJVA 1HPVA 5IVSA 3AUPA 5P8BA 5P8GA 1SBGA 5P42A 5HU0A 4J17A 2PSGA 2UY0A 3GI6A 3QRMA 2I0DA 3KF0A 4MC6A 5ER2E 5P4GA 5P3XA 4GJDA 3RTMA 4J0ZA 3CMSA 2QD8A 2IEOA 2R5QA 5P7DA 2AIDA 4OC6B 3VYEA 4RROA 2FGUA 5P17A 2ER7E 4ZEAA 5P3AA 2B42A 1WKRA 5KR2A 1HRNA 3K5CA 3CIDA 4U7QA 5P04A 1E80E 5P2OA 2VJ7A 3OHFA 5P5OA 2QD6A 5P4UA 1QBTA 1XL2A 5OYUA 5P65A 2ANLA 4B72A 4PZWA 4FGXA 4L1AA 3PWRA 5DR0A 5P8KA 5P8NA 5P38A 1HIHA 4LXKA 3NU5A 3MSJA 3UDHA 1HVLA 3HZCA 3RTNA 2WEZA 2Q3KA 4Y5MA 2ZJMA 4ACUA 4ZSRA 2G69A 5P5EA 4EJDA 4JPEA 3NUOA 4FE6A 4DJRA 1HPXA 1UPJA 2NPHA 2ZHRA 3EKVA 3NXEA 5P0SA 4Y53A 4EP2A 4H3FA 5HE7A 1W5VA 1LYBB 4NJUA 2RKFA 5P4IA 1RL8A 5HDZA 5ISKA 4H1EA 1UH9A 2XYEA 1XN3A 5P7CA 2QZXA 2APRA 2PK5A 5P2XA 2V00A 5P6QA 5P39A 2QI3A 1IIQA 3SA5A 2PC0A 3OADB 3QP0A 4FAEA 2O4SA 4Y5LA 5P7PA 4YBFA 2QZKA 4TVHA 5P1YA 3EBZA 1PSNA 2WF1A 4Y3RA 5P2IA 5P3CA 2QNNA 5P2TA 5P5KA 4Y5NA 2AVQA 3QBHA 1BXOA 5OZFA 1C6ZA 1HPSA 3KDCA 9HVPA 2PQZA 3APRE 4K4QA 4YCKA 3VSXA 6APRE 5EZXA 2QMFA 2G1NA 2WF3A 5P1NA 4YD3A 3OXVA 2PYNA 4H3GA 4ZPEA 5P80A 2OHUA 2QMPA 1XDHA 5P5FA 5AHBA 4BEKA 4Y4EA 5P64A 2ER6E 2QI5A 3OY4A 1AZ5A 3LZYA 4EHCA 5P50A 3ZKSA 1A94A 4PPHA 4WY1A 2G1RA 3VFBA 2G21A 1EAGA 5COOA 5P31A 3KN0A 1DP5A 2AVOA 3VYFA 4ER2E 2I0AA 4H3JA 5P2BA 2HS2A 1G6LA 1XN2A 2WKZA 2AZ9A 3SM1A 3CKTA 4Z50A 3M9FA 5P29A 5P2HA 5P7SA 4Y5PA 1AVFA 3ZKNA 4S1GA 5OZ1A 4Y3LA 5P3UA 3NDXA 4DQEA 5P7AA 3TPLA 5P25A 1FFFC 2J9JA 2J9KA 2V10C 2ZJHA 5P7TA 2B7FA 1B6LA 4B77A 5P6IA 3S45A 4APRE 3OGPA 3L59A 2WL0A 5P22A 5P5VA 3EMYA 3K1WA 3OQDA 4HLAA 4YE3A 3UFNA 3LINA 4AA8A 3O9HA 5AH8A 3U7SA 4Y3XA 3PRSA 4EJ8A 4HDFA 5P3GA 1ZJ7A 1A30A 1C6XA 3PWMA 5P4FA 1VIKA 3DOXA 5P18A 4Y5BA 3UDJA 2ZJKA 5P1VA 2AVSA 5P1MA 4BFDA 4NKKA 1EBWA 4FAFA 2I4DA 1FEJC 1E5OE 4KUPA 3EL5A 5P67A 2R5PA 4Y4UA 5P58A 1K1UA 3NWQA 5P7NA 5P6NA 1HVIA 3KFNA 5P4OA 4J1CA 1PPME 4APEA 4L7JA 3RVIA 4JP9A 7UPJA 1B11A 1D4IA 1QDMA 4RRSA 4L1AB 3LPKA 5P08A 2VJ6A 4FRKA 4Y35A 1BWBA 1B5FA 1LF3A 3RTHA 3FKTA 2ZE1A 1GKTA 5P0EA 4YOBA 1DIFA 3C9XA 3RU1A 3ER5E 1FG8C 5P37A 3QRVA 1SMRA 4R91A 3LPIA 5P3ZA 4RCDA 3T7XA 4EPJA 5I3WA 3UCBA 2QU2A 5CONA 2QMDA 5COKA 3FNTA 5OZLA 3K4VA 2ER0E 5P0CA 3SPKA 5BS4A 2AOIA 1QRPE 2ZJNA 4Y5KA 2OF0A 3IN3A 5HD0A 3PSYA 3QVIA 5P83A 5P16A 1HPOA 5COPA 5P1LA 3UDKA 2V12C 5P3KA 4I8ZA 1RNEA 5P09A 1G0VA 4Y37A 5P4QA 3UQRA 5P30A 4OC6A 4L7HA 5P6FA 5P0LA 3PBZA 4I12A 5P84A 1DW6C 5P2RA 5DR1A 5P5HA 4EJLA 5P0TA 2OHLA 5OYTA 5P01A 3DK1A 4E43A 1K2CA 4I0ZA 3VF3A 2FS4A 5SY2A 4YBIA 4YHQA 1HTEA 2P3BB 1APTE 2R3TA 1HXWA 3R0YA 2NMZA 2QI1A 5P5JA 3OWNA 1HVJA 4GYEA 1K1TA 5ER1E 3QVCA 5BWYA 1SMEA 5AH6A 5ISJA 1NPAA 2HB4A 3KDDA 3O9EA 1F7AA 2IENA 1VIJA 3IN4A 4LC7A 3H0BA 4YDFA 5P1AA 5P2SA 2BJUA 4Y3JA 4R92A 4Y47A 5KQXA 5P0RA 1BIMA 5P7JA 5OZ9A 5P7QA 1YTGA 5J25A 4Y3HA 3PSUA 4QJ8A 5P46A 4F73A 2AVMA 3VV7A 3DCRA 3L58A 4Y4BA 5T4SA 5P0HA 3LIVA 5P5UA 3OXCA 3PMUA 1YT9A 4Y3QA 3OQ7A 1T6GA 3ST5A 5P5BA 3SA4A 4J54A 2FDPA 1A8GA 1ZPKA 5P7MA 5I3YA 4Y57A 5P47A 3APPA 1BBSA 5P8AA 1T3RA 1NPWA 5P3QA 2R43A 2I4XA 4PYVA 3OADA 5P85A 5DR7A 1LF4A 4ZSQA 2HPEA 1IVQA 3L5EA 5P19A 1META 2G1YA 2IRZA 2PSVA 5P6MA 5P0XA 5P5GA 4DJWA 4MC1A 5P0BA 5P57A 2XFIA 2Q64A 2QD7A 3UQUA 3S7MA 1M4HA 1ENTE 4Z4XA 1NSOA 5OZ2A 3L38A 5P8PA 5P26A 1HVRA 1BWAA 5P5DA 3FX5A 3VF7A 3HAUA 5P89A 5I70A 4GJ8A 3S56A 5C9DA 1OHRA 3IVHA 4GJ6A 5P0ZA 1KJHA 1EC2A 1PSAA 1W5WA 3LHGA 2FDEA 5ENKA 4D89A 1CMSA 4QJ2A 1PSOE 4DUSA 4NJSA 1TQFA 2VIZA 1LF2A 3DJKA 1B6PA 3UTLA 3HVGA 1MIQA 3OQAA 4R95A 1J71A 3EM6A 2AZCA 3RSVA 3QROA 2OHTA 3VLBA 2NXMA 3OQKA 4Y3PA 5OZNA 1TSQA 5P87A 1AM5A 5P2DA 4MC9A 4B1CA 5OZ8A 3I2LA 1D4YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q70 A;  1W6I A;  4F75 A;  3SO9 A;  4WTU A;  5JFP A;  4CPW A;  2HIZ A;  1W5Y A;  3PCW A;  2F3K A;  3Q5H A;  1C70 A;  3HD8 A;  4Y3F A;  5P68 A;  5IE1 A;  4I1C A;  3D3T A;  1EPP E;  3EL4 A;  5IVR A;  1ME6 A;  5P2M A;  3UQX A;  2NMY A;  4Y48 A;  4HZT A;  3L5C A;  5OZI A;  3H5B A;  5P0Y A;  1KJG A;  4AUC A;  1ZAP A;  5P3B A;  5I3V A;  1HSH A;  2F3E A;  4TVG A;  3IA9 A;  4K9H A;  1OEX A;  2ZJJ A;  5P8J A;  2VS2 A;  3OTS A;  1NPV A;  3ECG A;  4DQG A;  4EXG A;  1APW E;  1ZLF A;  2JJJ A;  5P4X A;  3I7E A;  3VYD A;  5APR E;  4Y3W A;  4JOO A;  5AHA A;  2NNP A;  5HE4 A;  3EL9 A;  3ZKG A;  2PYM A;  3OUA A;  4CKU A;  1HXB A;  5OZY A;  1HTG A;  4RYG A;  3LIZ A;  4RVJ A;  3NWX A;  3EKT A;  3FSM A;  3UDN A;  5P5I A;  3S43 A;  5P27 A;  5DQ4 A;  3IVI A;  4DH6 A;  4Y9W A;  5AGZ A;  1MTR A;  2QMG A;  1ODW A;  3O9L A;  5OYQ A;  1EPL E;  5HDU A;  3OUD A;  5ENM A;  5OYS A;  1SGU A;  1GVX A;  4RZ1 A;  1TCX A;  5P6L A;  1TSU A;  2NNK A;  3L5D A;  4ZLS A;  5OZV A;  1FQ7 A;  5OZ7 A;  2H6S A;  1BVG A;  2V11 C;  4PZX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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