2BPVA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpvA00
1MSMA 4Y47A 2FXDA 2ZJMA 4GJ5A 5DR7A 5P4CA 1EPNE 3U7SA 4J0ZA 5OYWA 3EBZA 4Y5AA 1IVQA 2JE4A 2ZJJA 4RCDA 3PCZA 3U71A 4CPSA 5P7CA 4I0ZA 4Y6MA 3S43A 5P2IA 1KJGA 1B11A 5P4HA 4LL3A 1ODWA 5P6OA 2BQVA 4XX3A 1YTHA 4U7QA 4IVTA 3LNKA 4FGXA 5P8DA 4D89A 5P76A 4ZPFA 4TRYA 4ZPGA 3BUHA 3T6IA 3NU5A 3OUCA 5OZNA 2MIPA 4Y4DA 3S43B 3TL9A 5P5WA 3SA5A 4J55A 5P7IA 5ISJA 1EPRE 3BXSA 3WB4A 1QBUA 4J0YA 3IAWA 4J1CA 4EJLA 1NPAA 3KF0A 4Q1YA 1B6KA 1M0BA 2R5QA 2IKOA 3SA8A 4R5NA 3RSVA 5P01A 3ZL7A 1HVCA 5P7GA 5ER1E 1HPSA 3L38A 3H0BA 1BXQA 3BHEA 3PMYA 5P6CA 2QI4A 2BKSA 3LZVA 4HDFA 5P4AA 5P1WA 5P5ZA 1B5FA 5P66A 2ZJHA 5HTZA 3TOHA 5P0IA 5P2GA 5P77A 1EPQE 4HZTA 5P40A 3VV8A 1FG8C 3O9FA 4GJDA 3SKFA 3VG1A 2AVOA 5P7LA 1PROA 3GW5A 3PBZA 5OZDA 3NU3A 1DMPA 3KMYA 4YE3A 4E43A 1EEDP 3MSKA 4RZ1A 4Y3XA 4FS4A 2QI1A 5P64A 1MT9A 2R43A 1B5FB 4FAEA 4YHQA 3O9IA 5OZOA 5P73A 2I4VA 5P7YA 3MSJA 1GVVA 4ZLSA 5P67A 3WSJA 4R95A 2QHZA 2QCIA 5DGWA 5P74A 1KJHA 4Y4TA 1K6VA 3O9GA 3TOFA 3GI0A 2IS0A 3OY4A 3CYXA 5P1IA 3VF7A 5P7VA 4HA5A 5OZJA 2IDWA 5P5SA 5CLMA 2VKMA 5P6TA 2B8VA 2P4JA 4YD6A 2P83A 1HTEA 5P4XA 5P2TA 3O9AA 4Y54A 3OOTA 4NKKA 4RROA 1PSNA 3UDJA 5HD0A 2FNSA 3OQKA 2I0DA 4H3GA 2PC0A 2QI5A 1HVIA 5P3XA 4Y4WA 5P7WA 5OZWA 5P29A 3ER3E 5P82A 3NDWA 4YD3A 3ST5A 3HAUA 5P0AA 2CEMA 5P2DA 1HVLA 2G1YA 1FMBA 2QHCA 3D1YA 4LC7A 4WY6A 2PK6A 1KJ7A 5P1FA 5J25A 5P8BA 4YCKA 3UHLA 1SMRA 3NUJA 1LEEA 3TTPA 4Y4XA 4YDFA 4AZYA 1EAGA 4RLDA 3I25A 5I3YA 5P0BA 2WEBA 3NSHA 5P1BA 2ZJNA 3PI5A 3S45A 2NNKA 5P8HA 1VIJA 5P53A 1CPIA 4K4RA 2G1SA 4YOBA 1BWBA 5OZVA 5P0OA 5P7OA 3EMYA 3VSXA 4Y5NA 2G27A 4Y3DA 3QI1A 4L7GA 4Y3YA 1YT9A 4EYRA 1E5OE 2AOFA 4BFDA 3FV3A 2O4LA 1HTFA 5OZGA 2G26A 2VIEA 1HHPA 3S7LA 3NU6A 1W50A 3O9CA 2V11C 3GI6A 3EKPA 3K4VA 1YTIA 4R91A 1QBRA 1QBTA 4Y5MA 1G35A 2PSVA 4IVSA 5P8PA 2HB2A 4EXHA 1EC3A 2PWRA 3WZ8A 5ER2E 1EPLE 2I0AA 5OZMA 5P0SA 3PWRA 2NXMA 5P02A 5P4OA 3WZ6A 1FFIC 4JECA 4DJPA 1AVFA 5COKA 3IN3A 1BV9A 3LZUA 5P44A 3HD8A 1Q9PA 3PLDA 5P5EA 7HVPA 4CPWA 5OZPA 5P2YA 5P1AA 5P3DA 1G6LA 1MTRA 4H3JA 4Y4EA 3INFA 3ZMGA 5UPJA 4Y53A 5P4BA 5P6GA 3NDUA 1LS5A 2ZHRA 5DPZA 4BELA 2EWYA 3SM2A 1K6CA 3NWQA 1GNNA 1MT7A 4QJ6A 5P0MA 2HS1A 3GI4A 3APPA 3O9LA 2I4XA 2RKFA 5P6HA 5P7RA 5OYRA 5P5DA 5P0TA 5P70A 5P8SA 1Z1RA 1GVUA 3ZPTA 1N49A 4Y3TA 1MT8A 3SO9A 2HM1A 3ECGA 5EZZA 4Y3ZA 5AHAA 3EL1A 3I2LA 2XFJA 4QGIA 5OYZA 4AMTA 2QNQA 5P2EA 5P08A 5T4SA 5P2FA 2R3TA 3O9LB 4JPEA 1A8GA 5P5KA 3I7EA 4R8YA 1NH0A 1HSGA 4PEPA 4Q1XA 5OZCA 5SY3A 1FQ5A 1ZSFA 5P34A 3TPPA 3OGPA 5P2UA 5P56A 4Z50A 3BVBA 4PHVA 5P6BA 1UH8A 2NMZA 3FSMA 5P5CA 4D85A 2B7FA 4Y45A 2IRZA 1OEXA 4K4PA 4PZWA 4BFBA 3VYDA 3DCRA 5KQXA 4Y3GA 5DQCA 4J1EA 2Q55A 1NSOA 1BDQA 3SACA 2O4PA 3OAGA 5P7XA 3PHVA 1IZIA 3RSXA 5P1CA 2RKGA 4YOAA 4Y3SA 1KJ4A 5P8OA 5AH8A 2F3EA 5P68A 2QI7A 5C9DA 3TPJA 5P3UA 5P7QA 3LITA 4S1GA 5P4ZA 3OTYA 3LPKA 4RRNA 3UDPA 1EPME 2J9KA 2Z4OA 3OAGB 4Y38A 5P6ZA 5P14A 5P5LA 1HXBA 2AQUA 5P05A 5OYTA 3INEA 3OOZA 3ZKNA 2PWCA 1TSQA 2ANLA 4I8WA 5P3YA 2IQGA 5P7NA 5P5RA 2R38A 1FGCC 3M9FA 3ER5E 2B7ZA 4H1EA 1FFFC 5P5YA 5P3QA 4OBGA 1LZQA 2QP8A 5P8CA 3PB5A 2JYSA 2G24A 2RENA 4DJVA 5I3XA 2Q54A 2F80A 5P6PA 4J0VA 5P6AA 5IE1A 4Y56A 1B6MA 1W51A 3EM3A 1RQ9A 2QU3A 4QJ8A 1W6IA 5HDXA 3SA3A 3LIVA 6APRE 2FDEA 2QAKA 5OYSA 4HEGA 5HE5A 3S2OA 4XXSA 3PSUA 4Z22A 4I11A 5P6DA 3EC0A 2AOIA 2AZBA 2VIYA 3NUOA 5OZSA 4ZE6A 5P1NA 5P3SA 5P1MA 5P41A 3VCMA 5DR1A 5P3FA 5P59A 2R9BA 2I4WA 3OK9A 1SP5A 5P7AA 4OBZA 3QBHA 5HDUA 5BS4A 1W5VA 2UPJA 3MXDA 1AXAA 2NXDA 3KFNA 4B00A 5P2WA 3G6ZA 5P57A 3EL0A 3R2FA 4OC6A 5P24A 5P4NA 1FMXA 3T3CA 5P2AA 5HDZA 4K8SA 5P4FA 4FRSA 2O40A 1D4IA 3PMUA 5OZEA 4LXKA 5P7PA 2QZWA 4OBZB 3QPJA 2G20A 4H3FA 3SAAA 3IXJA 4CP7A 5OZ3A 3S56A 5P0PA 3Q6YA 4DQFA 1IVPA 5P8AA 5P8IA 4APEA 4OBFA 3NXEA 3SPKA 2AOGA 4RCFA 4OC6B 5P8QA 5OZHA 1K2BA 4L1AA 4F74A 5ENKA 1SBGA 4Y3MA 5P3IA 1ZP8A 3OWNA 4YDGA 3O9EA 5P4MA 1AJVA 1HEFE 2OHQA 1BBSA 5P1TA 5P5MA 5P79A 1GVTA 2V13A 2ZJIA 4RYGA 2P3CA 1B6PA 5AH9A 3NWXA 4EQJA 3URLA 1TCXA 1A8KA 5CONA 5P1DA 1AM5A 1WKRA 4L1AB 2WF2A 4Y5KA 5P65A 1AAQA 5HE4A 2BB9A 5OZRA 3D1XA 3OHFA 4OBJA 3WZ7A 3IVHA 4MC9A 4OBDA 2P3AA 1GVXA 5P3CA 5P2MA 3DK1A 4CKUA 1HOSA 1RV7A 4Y5PA 3Q5HA 1BXOA 5P7UA 1GVWA 1MRXA 2FGVA 1XL5A 2ER6E 2R3WA 4DVFA 1OD1A 1A9MA 3OXWA 3GGXA 4FM7A 4Y3NA 2QK5A 1EPOE 2ZDZA 1GNMA 3UDNA 2P8HA 4B0QA 3R4BA 2ZYEA 4QLHA 2AOCA 4Z4XA 1U8GA 4NJVA 2OHLA 5P3EA 2OHTA 5KAOA 5P6QA 3UQXA 3K5GA 2QHYA 2WEDA 5KR2A 3SFCA 3T7PA 1J71A 1META 1M4HA 5HDVA 5P6SA 5P31A 1GNOA 3MXEA 5IVRA 3S54A 1W5XA 5P5PA 3UCBA 5C9BA 3D1ZA 5BWYA 3EKXA 5P71A 3GI5A 2B42A 4LXAA 5P3LA 5P07A 5P0JA 1ODYA 3RU1A 3G72A 3LZYA 3OTSA 4EP2A 3L5DA 5P72A 1EC1A 1F34A 2ER7E 5OZKA 1VIKA 3TPLA 2ZE1A 5BRYA 1TCWA 4DPIA 3NR6A 5P6NA 5P6RA 5P8EA 3KA2A 4GZFA 3PLLA 2BBBA 5P1EA 2BPZA 4B70A 3KYRA 5P4VA 3LIZA 4LAPA 3K5DA 2B8LA 4J1KA 5P1ZA 2QMFA 2V16C 2F3FA 2BPWA 1HPOA 3HAWA 3IXKA 4Y3RA 5P6FA 4B1DA 4B72A 3CIBA 3OXXA 5P86A 2I4DA 5P4LA 3Q70A 1C6XA 1UPJA 1QRPE 4KB9A 1KJFA 5P4UA 2FIVA 4APRE 1HVHA 2QNPA 3UDYA 4B78A 1K2CA 4L7JA 4WTUA 5HE7A 5OYQA 5P2QA 2OHRA 2QD8A 3RVIA 5P51A 1D4SA 4GJ8A 3CKRA 4Y4JA 3UQRA 2PK5A 1K6TA 2JJJA 5P0UA 2HC0A 3NYGA 5DQ1A 3JW2A 1IZHA 5OZZA 5P5TA 3PSGA 4GMIA 3F9QA 4FRJA 5P7FA 3FNSA 4R93A 3TPRA 4UPJA 1APTE 3VYFA 1ER8E 3QRMA 5P3HA 1BVEA 1FLHA 4J5JA 4A6BA 2AODA 2Q11A 4F76A 2XYFA 5P8VA 4KE0A 1DIFA 1LYBA 4PYVA 5P32A 1W6HA 3KDDA 1FQ6A 1WBMA 4JP9A 2ZHSA 5P7EA 2WJOA 5SZ9A 3T11A 5P5GA 4BEKA 3LINA 4ACXA 3ZOVA 4ACUA 4ZSRA 5P1QA 3NXNA 3T7XA 5P3NA 1UH7A 5EZXA 3Q3TA 5KQZA 3TOGA 1LYBB 3MWSA 1TSUA 4Y4AA 4WY1A 4HVPA 3VF5A 2AZ9A 5P30A 1M43A 3PI0A 5P4TA 5P3WA 4NJUA 5KOSA 5P0ZA 5P1JA 2XFKA 3INHA 3DOXA 5P37A 2Z54A 3ZLQA 3TKGA 5P11A 5P1VA 8HVPA 4QJAA 3L5EA 4K9HA 5KQYA 4I0FA 3ZKQA 4K4QA 5P7JA 1ZPKA 4Y5GA 5P1UA 3ZPSA 5P61A 3CKPA 1LF2A 2G1NA 3NLSA 3HLOA 1NPVA 2G1RA 4ER2E 4DH6A 3K5CA 2NPHA 5P2OA 3FIVA 3DCKA 3OADA 5P84A 5JFUA 4M8YA 4B77A 1XS7D 1TZSA 3VSWA 2FDDA 3ZKIA 1E81E 4DJOA 2FDPA 4L6BA 2PYMA 1EC2A 1LYWA 3EKVA 3HVPA 3UPJA 4M8XA 5P5OA 3FX5A 3TKWA 1T7KA 3UQUA 2Q63A 3OADB 1PPKE 5P6VA 2OAHA 4YCTA 1EBWA 1HPVA 5P6MA 5KR0A 1AIDA 2BPVA 4I0HA 4EJKA 2WF4A 1MESA 3C9XA 2V12C 5P7DA 1LYWB 1D4JA 5P38A 2QZXA 1SIPA 3PGIA 2PQZA 4Q1NA 1MTBA 3UDHA 4COEA 5IVTA 2QMPA 1MEUA 1CMSA 3VF3A 1BDLA 4I0JA 4J1FA 1B6JA 3D91A 5OZLA 3VLAA 1ZJ7A 4OD9A 5P5HA 2WF3A 5COOA 5P7TA 4EWOA 1FEJC 2PH8A 5OZ2A 4D83A 1PSOE 5P2HA 1FF0C 4I8ZA 2OHPA 1BWAA 3SM1A 3QS1A 7UPJA 5P58A 5P5BA 1QBSA 5AH6A 4Y50A 1HRNA 3O99A 3EL9A 4GJ9A 4D88A 5P80A 2VNNA 2QI3A 4MC1A 2VS2A 4OD9B 1HTGA 2QU2A 3HBOA 4KUPA 4YCYA 1TQFA 5IVSA 4FCOA 3LHGA 3S85A 2I1AA 1ZAPA 5JODA 2IKUA 2G1OA 4I1CA 1G2KA 5P5XA 4YD5A 4FLGA 5P4GA 4FM6A 5B18A 1XN3A 2WEAA 4Y3PA 4DQCA 3OQAA 4Y3HA 4EJDA 2VJ7A 4GJBA 2AVQA 5P6LA 3EL5A 4OBKA 5P5JA 1YTGA 4CMSA 4DV9A 1HIHA 5HVPA 1FB7A 4AUCA 3UQWA 9HVPA 5JG1A 5OZ0A 3LIYA 2PSUA 5P0HA 1SDVA 5KQFA 3RTHA 4GJAA 2FS4A 3HW1A 5P3KA 3L5CA 3N4LA 4DJQA 5P6JA 1OEWA 5P0WA 3VFBA 2Q3KA 4J0PA 5P1LA 4RVXA 1BV7A 5P6WA 1MRWA 2FGUA 4RCEA 4DFGA 3BXRA 2AZ8A 5COPA 3QIHA 1K6PA 1TW7A 1PSAA 1XE5A 2BKTA 4CPXA 1MVPA 4YBFA 5OYVA 3OUDA 1FQ8A 3S8IA 5P55A 3B7VA 2IL2A 1DP5A 2CENA 4GJCA 4DUSA 3GGAA 5P3RA 5P36A 2J9JA 4A6CA 2PYNA 3IGBA 3L5FA 5DQ5A 4HLAA 3ZKMA 2ZJKA 5P54A 3OUDB 4FAFA 3OHHA 4NJTA 1OHRA 1RPIA 3S7MA 3QRSA 5P3OA 1APWE 2NXLA 1T7IA 2J9JB 1D4KA 3CYWA 3VLBA 5P88A 3D3TA 1HBVA 4QJ7A 4EQ0A 4A4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MSM A;  4Y47 A;  2FXD A;  2ZJM A;  4GJ5 A;  5DR7 A;  5P4C A;  1EPN E;  3U7S A;  4J0Z A;  5OYW A;  3EBZ A;  4Y5A A;  1IVQ A;  2JE4 A;  2ZJJ A;  4RCD A;  3PCZ A;  3U71 A;  4CPS A;  5P7C A;  4I0Z A;  4Y6M A;  3S43 A;  5P2I A;  1KJG A;  1B11 A;  5P4H A;  4LL3 A;  1ODW A;  5P6O A;  2BQV A;  4XX3 A;  1YTH A;  4U7Q A;  4IVT A;  3LNK A;  4FGX A;  5P8D A;  4D89 A;  5P76 A;  4ZPF A;  4TRY A;  4ZPG A;  3BUH A;  3T6I A;  3NU5 A;  3OUC A;  5OZN A;  2MIP A;  4Y4D A;  3S43 B;  3TL9 A;  5P5W A;  3SA5 A;  4J55 A;  5P7I A;  5ISJ A;  1EPR E;  3BXS A;  3WB4 A;  1QBU A;  4J0Y A;  3IAW A;  4J1C A;  4EJL A;  1NPA A;  3KF0 A;  4Q1Y A;  1B6K A;  1M0B A;  2R5Q A;  2IKO A;  3SA8 A;  4R5N A;  3RSV A;  5P01 A;  3ZL7 A;  1HVC A;  5P7G A;  5ER1 E;  1HPS A;  3L38 A;  3H0B A;  1BXQ A;  3BHE A;  3PMY A;  5P6C A;  2QI4 A;  2BKS A;  3LZV A;  4HDF A;  5P4A A;  5P1W A;  5P5Z A;  1B5F A;  5P66 A;  2ZJH A;  5HTZ A;  3TOH A;  5P0I A;  5P2G A;  5P77 A;  1EPQ E;  4HZT A;  5P40 A;  3VV8 A;  1FG8 C;  3O9F A;  4GJD A;  3SKF A;  3VG1 A;  2AVO A;  5P7L A;  1PRO A;  3GW5 A;  3PBZ A;  5OZD A;  3NU3 A;  1DMP A;  3KMY A;  4YE3 A;  4E43 A;  1EED P;  3MSK A;  4RZ1 A;  4Y3X A;  4FS4 A;  2QI1 A;  5P64 A;  1MT9 A;  2R43 A;  1B5F B;  4FAE A;  4YHQ A;  3O9I A;  5OZO A;  5P73 A;  2I4V A;  5P7Y A;  3MSJ A;  1GVV A;  4ZLS A;  5P67 A;  3WSJ A;  4R95 A;  2QHZ A;  2QCI A;  5DGW A;  5P74 A;  1KJH A;  4Y4T A;  1K6V A;  3O9G A;  3TOF A;  3GI0 A;  2IS0 A;  3OY4 A;  3CYX A;  5P1I A;  3VF7 A;  5P7V A;  4HA5 A;  5OZJ A;  2IDW A;  5P5S A;  5CLM A;  2VKM A;  5P6T A;  2B8V A;  2P4J A;  4YD6 A;  2P83 A;  1HTE A;  5P4X A;  5P2T A;  3O9A A;  4Y54 A;  3OOT A;  4NKK A;  4RRO A;  1PSN A;  3UDJ A;  5HD0 A;  2FNS A;  3OQK A;  2I0D A;  4H3G A;  2PC0 A;  2QI5 A;  1HVI A;  5P3X A;  4Y4W A;  5P7W A;  5OZW A;  5P29 A;  3ER3 E;  5P82 A;  3NDW A;  4YD3 A;  3ST5 A;  3HAU A;  5P0A A;  2CEM A;  5P2D A;  1HVL A;  2G1Y A;  1FMB A;  2QHC A;  3D1Y A;  4LC7 A;  4WY6 A;  2PK6 A;  1KJ7 A;  5P1F A;  5J25 A;  5P8B A;  4YCK A;  3UHL A;  1SMR A;  3NUJ A;  1LEE A;  3TTP A;  4Y4X A;  4YDF A;  4AZY A;  1EAG A;  4RLD A;  3I25 A;  5I3Y A;  5P0B A;  2WEB A;  3NSH A;  5P1B A;  2ZJN A;  3PI5 A;  3S45 A;  2NNK A;  5P8H A;  1VIJ A;  5P53 A;  1CPI A;  4K4R A;  2G1S A;  4YOB A;  1BWB A;  5OZV A;  5P0O A;  5P7O A;  3EMY A;  3VSX A;  4Y5N A;  2G27 A;  4Y3D A;  3QI1 A;  4L7G A;  4Y3Y A;  1YT9 A;  4EYR A;  1E5O E;  2AOF A;  4BFD A;  3FV3 A;  2O4L A;  1HTF A;  5OZG A;  2G26 A;  2VIE A;  1HHP A;  3S7L A;  3NU6 A;  1W50 A;  3O9C A;  2V11 C;  3GI6 A;  3EKP A;  3K4V A;  1YTI A;  4R91 A;  1QBR A;  1QBT A;  4Y5M A;  1G35 A;  2PSV A;  4IVS A;  5P8P A;  2HB2 A;  4EXH A;  1EC3 A;  2PWR A;  3WZ8 A;  5ER2 E;  1EPL E;  2I0A A;  5OZM A;  5P0S A;  3PWR A;  2NXM A;  5P02 A;  5P4O A;  3WZ6 A;  1FFI C;  4JEC A;  4DJP A;  1AVF A;  5COK A;  3IN3 A;  1BV9 A;  3LZU A;  5P44 A;  3HD8 A;  1Q9P A;  3PLD A;  5P5E A;  7HVP A;  4CPW A;  5OZP A;  5P2Y A;  5P1A A;  5P3D A;  1G6L A;  1MTR A;  4H3J A;  4Y4E A;  3INF A;  3ZMG A;  5UPJ A;  4Y53 A;  5P4B A;  5P6G A;  3NDU A;  1LS5 A;  2ZHR A;  5DPZ A;  4BEL A;  2EWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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