2BPWA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpwA00
1WBKA 5P6FA 1PPLE 3EBZA 5P5BA 2BPYA 3IVIA 5P6EA 1HSHA 5P7VA 2VIZA 4AMTA 4APRE 3SACA 1LF2A 5P2MA 5P78A 3VG1A 4Y38A 4D8CA 5ENKA 2HB2A 1B5FA 4Y3FA 1HVSA 3PJ6A 4FAFA 5P1RA 5P5IA 1F7AA 1G6LA 5P0KA 3JW2A 5DR3A 4J0PA 2B7ZA 5P7XA 2QI0A 2P3BB 2IRZA 5P6KA 5P74A 5P2AA 5CLMA 2ZJHA 3UDPA 5P4SA 1K1UA 1LYAA 4E43A 1K6VA 5ENMA 5P15A 3RU1A 3SM1A 3EM3A 5P4JA 1KJ7A 1OEXA 2HPEA 1A94A 3CIBA 4AUCA 4I0DA 2BB9A 5P83A 3GI0A 4Y44A 5P1HA 4FRKA 1RV7A 3LPIA 4FIVA 4J1HA 4FSLA 3KA2A 4PZWA 5P4DA 1EBZA 1SGUA 4Y3PA 4RZ1A 4PHVA 5P1GA 1UH7A 2PWRA 3TPJA 5FIVA 3NWQA 3CYXA 5P7MA 4Y3YA 5OYSA 2QI4A 5OZSA 3KYRA 4QJ7A 5P44A 5HCTA 4GJDA 3LITA 2F3KA 3LPKA 3VLAA 2ZE1A 5ISJA 3VFBA 4LXAA 2R3WA 4GIDA 3QRVA 3IA9A 3D1YA 5HVPA 3QROA 2O40A 4J1FA 4OBGA 2G1OA 3DJKA 2F81A 5P4OA 5P0ZA 4J55A 3R1GB 5P6ZA 4YD5A 5F01A 5P30A 4DJUA 4J0TA 2CEMA 2ZYEA 1VIJA 4R92A 5P79A 2NXMA 4H3IA 4A6CA 2HM1A 3D91A 1ZBGA 5DQCA 5OZKA 5P3LA 4S1GA 3RSXA 5KR0A 1GNNA 5P6HA 4RRSA 3T7PA 3UFNA 5P0JA 4I0JA 3JVWA 5P0FA 4BELA 5KQZA 3L38A 5P33A 2OAHA 2Q3KA 5P0DA 3KFRA 2AVOA 5P5KA 2O4PA 5P1QA 1C70A 2QAKA 3O9FA 2ZJJA 4TRWA 3HLOA 4PYVA 5P1BA 3GW5A 4J0YA 4TVHA 5PEPA 2OHKA 3O9LA 2P3DA 3OU1A 5P34A 3R0YA 1HSGA 2RKFA 1MT7A 1YG9A 5DR1A 4J5JA 2ASIA 5OZVA 4U8WA 1ZP8A 1B6PA 2G27A 3EM4A 3CMSA 5P07A 5KQFA 2R5QA 5P1SA 3LIVA 1ZSRA 3MWSA 5P4CA 1EPPE 5P4TA 4YD6A 2WL0A 2AZ9A 1SIVA 4Z50A 3U71A 4Y51A 4Y3QA 5OZ2A 5P53A 1ZTZA 4Y4TA 4B72A 2RSPA 5P32A 4ZE6A 1C6XA 4XX4A 2Q15A 1RPIA 2OHPA 1FQXA 2FLEA 5OZAA 4IVTA 3LIQA 5P7PA 1HVLA 2AOCA 5P1XA 5P8IA 3S56A 3PGIA 1FQ7A 5OZNA 3UF3A 4RYGA 2NPHA 3UQXA 1MT9A 1QDMA 3HW1A 1BXOA 5P1DA 3U6AA 5P8BA 4LXKA 1T3RA 4Y3DA 5P25A 5P6XA 5P4KA 5KQXA 3OU4B 1NPAA 5OZQA 3EKVA 4PZXA 4ZSMA 4EJ8A 4R95A 4M8XA 5P31A 2IEOA 1MEUA 4LP9A 5OZRA 2VJ6A 5C9DA 1HPOA 5P2WA 2FNSA 5P7BA 1FF0C 5F00A 4Y50A 5P2KA 3KFNA 3VSWA 1K2BA 3O9BA 3HVGA 5OZMA 4BEKA 5J25A 2ZGAA 3ZLQA 3EL5A 4LBTA 3SO9A 4YD3A 4ER4E 3DUYA 3EM6A 3IN4A 4FGXA 5OZ4A 5SZ9A 5P0AA 2R5PA 2B8LA 5OZXA 4Y48A 4YBFA 2Z54A 3UDHA 4CPWA 1TCWA 5P6LA 1MT8A 2P83A 4RVXA 3EXOA 1XL2A 1BV7A 1ODXA 4QJAA 1W5XA 5P3UA 3OHHA 4WY6A 2BPZA 4GJ7A 1FQ4A 3TOFA 1PSAA 3TPRA 4EJDA 3PBZA 3FKTA 2RKGA 4COEA 4J1EA 2QHYA 5P80A 5AH9A 2HC0A 1YTJA 1MRXA 2G21A 3TOGA 1D4LA 5JG1A 1WBMA 3OXVA 4Y45A 2JYSA 3UDMA 3UDYA 3LINA 3WZ6A 2O4SA 1YTIA 5P3ZA 3VV8A 3KM4A 2OHNA 3HAWA 5P54A 1GKTA 2HAHA 2XFJA 2QMDA 1FB7A 5P5CA 5P4EA 2AVQA 5P38A 5DR8A 2HIZA 4YD7A 3PWRA 5P5ZA 5P6UA 3I6OA 5P03A 1GVTA 1CMSA 2G1SA 2QHCA 5P63A 4Y6MA 3TOHA 2APRA 4OD9B 3MXEA 5P3VA 5P24A 5IVTA 1XL5A 1IZHA 2PMAA 5P6RA 4YCKA 5P87A 5P76A 2NMYA 4RVJA 4D89A 3SA8A 3KFPA 3MSKA 4Y35A 4A4QA 3H5BA 2Q5KA 1ZAPA 1AJVA 2OHTA 3FX5A 4Z22A 4GJAA 5I70A 1RQ9A 1M4HA 1C6YA 5HU1A 3KT5A 1OD1A 1Z8CA 5KR8A 3M9FA 3PCZA 3VYEA 5P3RA 4CPQA 1D4HA 1FMXA 3RTMA 1T6EX 5P4AA 3TPPA 3LHGA 5P2LA 1HTEA 3SA5A 1APWE 1G0VA 3D20A 4GJ9A 5P43A 1RNEA 1EPQE 4FRSA 5P3WA 1CPIA 4RRNA 4FM7A 3LNKA 5P85A 7HVPA 5P46A 4EJKA 3QVIA 1F34A 1GVVA 5P1PA 3Q6YA 3O9AA 4OBZA 5DGUA 5P7QA 5DQ5A 3AUPA 6APRE 3EMYA 2QD6A 4L7HA 3B7VA 2FNTA 3QBFA 5P52A 2PH6A 5E5KA 8HVPA 1DMPA 1IZEA 1YM2A 3UQRA 1ZSFA 1EC0A 3S85A 5I3XA 4RCEA 4CKUA 4TRZA 5T4SA 5P18A 3SLZA 4JOOA 9HVPA 3IXJA 1VIKA 3LIXA 5KQYA 5UPJA 1XE6A 3OUDB 3NU5A 4GJ6A 3MSLA 2R38A 1MSNA 5P17A 1FG8C 1IVQA 1HVCA 5AH7A 4PPHA 2BKSA 5P2IA 3OGPA 3L5EA 5OZIA 1HSIA 5P1TA 3S53A 2B42A 2EWYA 4EQJA 4J54A 3VCMA 1PSNA 1UPJA 3NXNA 5P5XA 5P1NA 5P7IA 4QJ6A 1EPLE 5ISKA 2QD8A 3OAGB 3PSGA 5HD0A 2Q54A 2QI5A 5HDVA 3VSXA 3VV6A 3BXSA 5P4WA 1G2KA 5P72A 1B5FB 5DGWA 4ZIPA 4Y57A 3DK1A 3VUCA 4HA5A 3O99A 1A30A 3OADA 3LZVA 5P8AA 5COOA 5P8TA 1J71A 3GI5A 1FMUA 5P2QA 4H3FA 4CMSA 5P0MA 4OBDA 3ECGA 1BVEA 5P7WA 5P70A 1UH8A 3JVYA 1K6TA 1LYAB 1PROA 5P05A 3T7QA 4ZPFA 1HIHA 4PEPA 3BHEA 1HTFA 5P60A 5HDXA 5P48A 2QU2A 4XXSA 4NKKA 3OTYA 1PSOE 5OYVA 1GNOA 1K6CA 5P0OA 4BFBA 4FAEA 2P8HA 3UQPA 5BWYA 5OZWA 5P1MA 4YDFA 4WY1A 5OYYA 5P2SA 1EPOE 4UPJA 3L3AA 5P3TA 5P7YA 5P0YA 1E5OE 5P3XA 2H6SA 4JPCA 5P2ZA 4R8YA 4ACXA 4CPSA 5P73A 3WSJA 4Y3RA 3L5BA 3U7SA 4Y4XA 5P4PA 2XFKA 5P00A 3URLA 5I3WA 5COKA 1LF3A 4H3GA 4Y4ZA 2JJJA 1FLHA 3WB5A 4YDGA 1HTRB 1ODYA 3SA4A 1K1TA 5P26A 5P0HA 3INHA 5P10A 4EP2A 1AJXA 4K8SA 5EZZA 1HHPA 5P49A 1BIMA 2FMBA 5P5DA 4LL3A 4DI2A 3H0BA 1QBSA 3C9XA 4ER2E 2O4NA 4Y3SA 3QPJA 5P8UA 1DW6C 1EC3A 4Y53A 2B60A 3ZL7A 3CYWA 4I1CA 2G69A 4Y9WA 4F74A 2WF3A 5P6VA 5OZBA 2J9JA 1XE5A 4ZSPA 5P0XA 1APTE 1T7IA 2ZHTA 3SA6A 5P0WA 5P3AA 3S2OA 4L1AA 5P4UA 3R0WA 3S8IA 3UQWA 4KE1A 3ST5A 5OZ1A 5OZFA 2V13A 3APPA 5HDZA 5P6GA 3LZUA 1PPKE 1MPPA 1NSOA 3KMXA 2R3TA 4OBJA 3GI6A 1BBSA 3OUBA 3UTLA 5P5RA 2ANLA 3O9LB 1D4SA 5DR4A 5P3DA 4HE9A 4ZSQA 3TTPA 5OZCA 1SBGA 4H1EA 4Y5NA 5P6JA 2R8NA 1W6IA 1JLDA 4Y4BA 2A4FA 2FS4A 2HB4A 2JJIA 5P2CA 3SA9A 5P8NA 5DQ1A 5DPZA 2V0ZC 5P4XA 5KR1A 5P86A 2NNKA 1KZKA 4ZSRA 1FQ5A 4ER1E 5P47A 3G72A 5HE7A 4BFDA 2P3CA 3SQFA 5OZ9A 5P7RA 2HB3A 1LS5A 5AH8A 4YOAA 2I0DA 3PRSA 5P19A 3DV1A 1SDTA 5I3VA 5P5LA 4ZPGA 1BWAA 1AXAA 3EKTA 5P37A 2G1YA 5P0PA 3ZPUA 1HVRA 3EL4A 3L59A 3INDA 5P5FA 1LYBB 4I0GA 4Y3EA 5P3MA 3TKGA 4U7VA 3UDJA 4AA8A 1HVJA 3LPJA 4I8WA 2I4DA 3FV3A 2CEJA 4RYCA 2AODA 5P3OA 1B6JA 5OZPA 5DR0A 3VFAA 5P5TA 5P1OA 1AVFA 2FDEA 3SKFA 4I0EA 4F73A 2BPVA 5P6WA 5AH6A 2PYMA 3K5FA 5P82A 1KJHA 4J1IA 4K9HA 3T11A 5P40A 3APRE 1YX9A 3DCKA 5P3CA 5P45A 5HDUA 1TCXA 1XN3A 1TW7A 4Z4XA 3L5FA 5P7UA 4D85A 3FIVA 2OHUA 3BGCA 2Z4OA 4FS4A 5P5WA 4MC1A 4IVSA 1IDBA 3PCWA 5P2VA 2UXZA 2QI3A 5P3JA 1ZJ7A 3LIYA 1APVE 3PB5A 2HPFA 3HAUA 5IS4A 5C9BA 2ZHSA 5P7KA 4Y4UA 3TL9A 5P4GA 3GGVA 3LIZA 3LZYA 5P14A 4R5NA 1WKRA 5P6QA 1T6GA 3K5CA 5P0QA 5P0IA 3HDKA 3K5DA 3PI5A 2NMZA 3BRAA 3EC0A 5P0VA 1RL8A 5P7SA 1W51A 4OC6A 3PWMA 5P8RA 3I7EA 4Y41A 2JE4A 4EQ0A 7UPJA 5P66A 2UY0A 1YTHA 1HPXA 1IZDA 1MUIA 3HBOA 2B8VA 3EKQA 3QIHA 3OOTA 2ZJMA 3PM4A 2ZHVA 5P41A 4TRYA 5SY3A 5P7OA 4EJLA 4M8YA 4FRJA 5DR7A 2AVVA 4DPFA 3ZKSA 3G70A 2O4KA 3NU3A 5BS4A 2ER7E 5P0BA 1SDVA 3OQAA 4AZYA 5P4FA 4ACUA 3SKGA 1PPME 2WF2A 3S7LA 5CONA 4TVGA 5P0EA 2OHSA 3O9EA 5OYWA 5OZOA 3EL1A 4B1DA 1U8GA 5P3GA 2ZJNA 1N49A 4GJCA 4HLAA 3RVIA 2QNQA 5P23A 3IAWA 1BVGA 3OQDA 3IVHA 1AAQA 4HVPA 1LYWA 5KR2A 1HPSA 3OU4A 4DQCA 1A8KA 1LEEA 1HIVA 3OXCA 3N4LA 4MC6A 5P2OA 2PSUA 2QCIA 3OQFA 2WHHA 4EPJA 3A2OA 2ER9E 1QBTA 1EC2A 3KF0A 2WF4A 2I4UA 5P8KA 4B1CA 5P3FA 4Y4EA 3EKPA 5IVQA 2OHMA 4DJOA 3UPJA 1IZIA 5P7CA 2IS0A 4EXGA 1EPNE 5OZ7A 2IENA 3BXRA 4Y5KA 4OBZB 3R4BA 2FIVA 5OZ5A 5P2BA 2PWCA 3L58A 5P2RA 5P6NA 4Y4GA 3PVKA 4QGIA 2QMGA 3I8WA 2VNMA 5HTZA 5P3NA 2IGXA 3SPKA 5P22A 2WF0A 4Y3NA 2VKMA 2ZHUA 2AOFA 1BDQA 4Y5CA 3TKWA 5P6MA 4EHCA 2BQVA 2FGUA 2ZJIA 1HEGE 4Q1YA 1Q9PA 2AIDA 3TNEA 3AIDA 4FE6A 4F75A 5EZXA 4OBKA 2F3FA 1HVKA 5P08A 5OYUA 4Y4DA 4Y5MA 5P8VA 2ER6E 3NLSA 5P4QA 4Y5GA 3S43A 5C9FA 1PFZA 4GB2A 5OZ0A 2AOJA 4Y4AA 3OK9A 3OWNA 1HXBA 2RMPA 4X7IA 4RCDA 1BV9A 5JFUA 4DH6A 5P0UA 1MSMA 2PSGA 2H6TA 2G94A 3B80A 5P5SA 3ZKIA 4OBHA 3NUJA 4HEGA 3ER5E 5P5MA 1HVIA 5P4RA 4Y47A 5P6DA 4DJQA 5P67A 1HOSA 3O9CA 5P2GA 2I4XA 5P7DA 3NSHA 1DAZC 3GGXA 3PEPA 4QLHA 5OZ3A 5P8MA 1AZ5A 5AHAA 4DQBA 1W6HA 2AQUA 4RCFA 2A1EA 2OHRA 3K5GA 1W5YA 2BPXA 5P0RA 4KE0A 3DOXA 1E80E 5DQ4A 4Y3JA 3PWWA 5P02A 4DJXA 4D83A 3BGBA 5HU0A 4FL8A 3S7MA 2QP8A 4Y5AA 5P7GA 5P7NA 2J9KA 4DFGA 4LXMA 2WJOA 5P55A 5P8QA 1BDLA 1SMRA 1IBQA 2VA7A 3BUGA 2P4JA 3BVBA 3NU6A 5P5GA 5P3IA 3BC4A 5P3SA 5P1JA 2AZ8A 3O9IA 3OUAA 3VLBA 3HD8A 2QZXA 2PC0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WBK A;  5P6F A;  1PPL E;  3EBZ A;  5P5B A;  2BPY A;  3IVI A;  5P6E A;  1HSH A;  5P7V A;  2VIZ A;  4AMT A;  4APR E;  3SAC A;  1LF2 A;  5P2M A;  5P78 A;  3VG1 A;  4Y38 A;  4D8C A;  5ENK A;  2HB2 A;  1B5F A;  4Y3F A;  1HVS A;  3PJ6 A;  4FAF A;  5P1R A;  5P5I A;  1F7A A;  1G6L A;  5P0K A;  3JW2 A;  5DR3 A;  4J0P A;  2B7Z A;  5P7X A;  2QI0 A;  2P3B B;  2IRZ A;  5P6K A;  5P74 A;  5P2A A;  5CLM A;  2ZJH A;  3UDP A;  5P4S A;  1K1U A;  1LYA A;  4E43 A;  1K6V A;  5ENM A;  5P15 A;  3RU1 A;  3SM1 A;  3EM3 A;  5P4J A;  1KJ7 A;  1OEX A;  2HPE A;  1A94 A;  3CIB A;  4AUC A;  4I0D A;  2BB9 A;  5P83 A;  3GI0 A;  4Y44 A;  5P1H A;  4FRK A;  1RV7 A;  3LPI A;  4FIV A;  4J1H A;  4FSL A;  3KA2 A;  4PZW A;  5P4D A;  1EBZ A;  1SGU A;  4Y3P A;  4RZ1 A;  4PHV A;  5P1G A;  1UH7 A;  2PWR A;  3TPJ A;  5FIV A;  3NWQ A;  3CYX A;  5P7M A;  4Y3Y A;  5OYS A;  2QI4 A;  5OZS A;  3KYR A;  4QJ7 A;  5P44 A;  5HCT A;  4GJD A;  3LIT A;  2F3K A;  3LPK A;  3VLA A;  2ZE1 A;  5ISJ A;  3VFB A;  4LXA A;  2R3W A;  4GID A;  3QRV A;  3IA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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