2BPXA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpxA00
5P31A 5OYVA 2IRZA 2AOCA 3DCRA 4Y5EA 1BDRA 2O4NA 1QRPE 4H3GA 5OZJA 5P3PA 5P5QA 3SACA 3QRSA 4Y3XA 2Q54A 4Y9WA 5P35A 5P1OA 4K4RA 1MUIA 4I0FA 4CP7A 4DH6A 5C9FA 4Y47A 4K4PA 3D1YA 5P11A 4FAEA 1EAGA 4F73A 5KOQA 4L7GA 5P50A 1FMXA 4Y41A 2IDWA 5P74A 5P4TA 2QZWA 2PSUA 5P3ZA 1W6IA 4DJUA 3OTYA 5TOLA 5HE5A 1FB7A 4Z2ZA 1FF0C 5P44A 3EM4A 3ZPSA 5P65A 1GVWA 1LYAB 3S45A 1XS7D 2OHQA 4GIDA 1EBYA 3KFNA 4FGXA 5P8JA 4J5JA 5P0IA 4CPQA 2J9KA 6APRE 3JVWA 2P3AA 2OHMA 4HDBA 4B05A 3CIDA 5P1JA 2P4JA 5P2HA 5BRYA 5P32A 1GVUA 5P4UA 2AVMA 4L7JA 4NKKA 4B1CA 2HB4A 4CPWA 5P72A 1EBZA 3S53A 3QIHA 5P0HA 1HVHA 1F34A 2BPVA 5P1YA 3QPJA 5P27A 5P2CA 5P8OA 3VSWA 3KT2A 4AA8A 5P7CA 4DQGA 4B70A 1T3RA 5P3EA 3TNEA 2PWCA 5P3GA 5P7BA 5DR4A 4COEA 5P8SA 5P2FA 1FFFC 4Y3EA 1RPIA 1LF2A 2V13A 5OZ8A 3HVPA 1B6KA 4EXGA 5OYQA 1BWAA 3KMXA 3MSLA 2PH8A 2OHTA 4YCYA 1LS5A 3PWMA 5OZ1A 5P0WA 4RVXA 3EM6A 4Y5NA 1DIFA 5P6OA 5P4RA 3L58A 3GI6A 2QD7A 2QHZA 1HSIA 4Y3SA 4ZE6A 3C9XA 1ZBGA 3OXCA 1PPLE 5P3IA 1FQ4A 8HVPA 5P28A 2OHNA 1XDHA 5P5OA 3NU3A 5P6BA 1META 3LZVA 5P6EA 3MSKA 4MC2A 2XFIA 2FDDA 3VCMA 1NSOA 4I0JA 4Q1XA 1SIVA 4H3FA 3EC0A 5P3AA 1Z8CA 3BGCA 4YOBA 5P2KA 3ECGA 5AH9A 1MT7A 1FIVA 5P7LA 3OXXA 5P6DA 5JODA 2J9JA 1DW6C 4X2LA 1RL8A 2A4FA 1G6LA 5P4QA 4ZSQA 5P3OA 4QJ9A 4D8CA 5P1KA 2IGYA 2ZGAA 2ZHTA 4DFGA 3IN4A 2WF2A 3QS1A 2QD8A 1LYWB 4IVSA 1D4IA 2R3WA 1PSAA 4PPHA 3KFPA 1ZP8A 5DQ5A 1B5FB 1ODYA 3D3TA 3EKVA 5OZEA 5P0MA 4ZSRA 3BGBA 3L38A 1IZIA 1HTRB 1SDTA 5COOA 3PHVA 4J0VA 3LINA 5P7PA 5HTZA 1DMPA 3UDMA 4Y5PA 3RVIA 3DUYA 3SKFA 3AIDA 3A2OA 2Z54A 5P2OA 2AVOA 2FIVA 5P1IA 1CZIE 3U71A 3UPJA 2QU2A 5OYWA 1LZQA 1OHRA 4DQBA 4OBGA 2HS2A 5P7JA 4DQCA 1M4HA 4RGHA 2QNPA 4J17A 1HVJA 1FQ5A 2QK5A 1IVQA 5BS4A 5ISKA 2BPXA 2Q3KA 3SA8A 4MC1A 4FL8A 3LZUA 4L6BA 1XE5A 4ZPGA 5P4BA 5P5JA 2VIJA 1T7KA 2ZJMA 2VNMA 2P3DA 5OZXA 3EKYA 5ISJA 1DPJA 1YTIA 5P6UA 5B18A 4YOAA 2F81A 3MXEA 3UQRA 3UTLA 4DJQA 3NDUA 2V00A 1FQ7A 5P7ZA 5P2BA 3GGUA 3BUHA 1HIVA 2WF1A 1ER8E 4QJ6A 5IVRA 5P4IA 3KA2A 5OZNA 1BXOA 3VFAA 5ENMA 3PVKA 3EKXA 4ZSMA 2FDPA 4B77A 4CKUA 2AQUA 5P5BA 2RENA 5P3FA 2V16C 5P15A 5P0RA 5HU0A 4ZLSA 3SA6A 1RQ9A 4B0QA 2FGUA 2VJ9A 2XFKA 1OEWA 4HVPA 3OU1A 4FIVA 2R43A 2AZBA 2BKTA 3OQAA 5APRE 3IXJA 1ZPAA 4RCEA 1EPQE 3DV1A 4GJ7A 4L1AA 3NDWA 3T3CA 4I1CA 2Z4OA 4DQEA 1HRNA 2B60A 4WY6A 1LYBB 4EQJA 2O4KA 1N49A 2APRA 5SY2A 5OZKA 5P62A 3CKPA 4YCTA 4ZPEA 3NXEA 1IIQA 5OZFA 5P0LA 3ZKGA 3NWQA 3O9LB 4YD5A 4ER2E 2AOHA 2VA5A 3UDPA 5P5MA 5P2GA 3OXWA 5KQXA 1HPOA 3KMYA 2OAHA 3JW2A 3ZPUA 1K6TA 3CYWA 4FS4A 3L5FA 5P4PA 2OHKA 3TTPA 4Q1YA 1C6XA 4LC7A 2PSVA 1HHPA 1HEFE 4I0IA 5P02A 2RSPA 4DPFA 3UQXA 4GJAA 4J0ZA 4PEPA 5OZIA 3BRAA 5P3CA 4YDFA 5P1QA 4GJ5A 3EMYA 2F3FA 4H3JA 3L59A 5P7UA 5P5WA 2G27A 5DQ2A 2ZJKA 4Y36A 5P23A 4EJKA 3PLLA 4EJLA 4E43A 3EKTA 3D1ZA 4RCDA 1D4HA 2QHYA 3OXVA 6UPJA 4EWOA 4KB9A 1C6YA 5OZAA 5P05A 2F3KA 5EZXA 5P4AA 1WKRA 2QMGA 4DJVA 1E5OE 2ZDZA 5P6LA 4DPIA 5SY3A 4Y5KA 4TVGA 2ZYEA 5OZ6A 3OQFA 1ZTZA 3QROA 5P4MA 5P5ZA 5P1PA 2F80A 1Q9PA 2WL0A 1EC3A 3DV5A 1KJ4A 5P1WA 4B00A 4XX4A 2QMPA 5P5PA 5P69A 5P78A 3T7QA 3WB4A 2VA7A 1LYAA 5CLMA 2QNNA 3K1WA 5P7VA 4OC6B 3KT5A 4NJTA 2JXRA 4OBJA 5HE7A 5SZ9A 5P68A 4LHHA 3NDTA 4J0YA 5P1CA 2IKUA 2WKZA 5P1ZA 3EBZA 5P7XA 5P7KA 5P5TA 3K5FA 3UDNA 1WBMA 3TKWA 4Y4WA 5JG1A 5P5UA 2HAHA 1C6ZA 5OZVA 1FQ8A 2I4XA 1ENTE 4Y5LA 4BFDA 3L5DA 2H6SA 3NYGA 5P3VA 4AA9A 3QBFA 5OZ2A 3K4VC 4Y3AA 3T7PA 5IS4A 5P1LA 3DCKA 4PYVA 5CONA 2AOEA 1VIKA 2FXDA 5P1MA 1CMSA 5ENKA 1HVLA 1PSOE 4Y3RA 3UHLA 5P4VA 3VG1A 2NXLA 3KN0A 3FV3A 5I3VA 3GGXA 3DM6A 4YHQA 1YT9A 1HPXA 3PSGA 5P26A 5P0OA 4CMSA 4DJPA 3T7XA 3UDHA 5OZ5A 5P7AA 1M43A 1D4LA 4D89A 5P6GA 1PSNA 5P7IA 4Y3WA 1NPVA 5P56A 4Y4TA 3AUPA 1G0VA 3LNKA 5IVTA 5OZLA 5P6AA 3T11A 3PSYA 5P8PA 1FFIC 5P7QA 4Y58A 5HD0A 5P2LA 3VF3A 3F9QA 3CMSA 3R2FA 5E5JA 1D4KA 5P6XA 4ZSPA 2NNPA 3KDBA 4J1CA 4Y38A 5P55A 4GYEA 2Q11A 3UDJA 2I4DA 3VF7A 2BJUA 3ZKNA 2P3CA 4FRJA 3LIYA 1T6EX 5P81A 2WEBA 1PFZA 3HLOA 3UF3A 4Y39A 1JLDA 1AVFA 1LYWA 2QI3A 3OK9A 5C9DA 2O40A 3SQFA 3HAWA 2WJOA 1PPKE 1B5FA 3K5DA 1HVSA 3WZ6A 5P8EA 2EWYA 3PM4A 2CEJA 1QBUA 1AM5A 5IE1A 5P82A 5J25A 1Z1HA 4QLHA 2B8VA 4J0PA 3DJKA 3IA9A 2QD6A 4LXMA 1SIPA 5P0KA 9HVPA 5P4ZA 4Y43A 3SFCA 5P3SA 1G2KA 1APWE 3QI1A 3SABA 1WBKA 1EPOE 4F74A 4Y5AA 2HS1A 1BDQA 2WEAA 5P38A 2BB9A 4BEKA 5OZPA 4Y4DA 4DUSA 1F7AA 1FMUA 4FRSA 3LIVA 1C70A 5P7NA 3VUCA 3LPJA 3KFSA 3KDDA 4I0EA 3PLDA 5IVSA 3ZKIA 4Y44A 4IVTA 5P0PA 5SXNA 3EL4A 3PI0A 4H3IA 2NXMA 5P7FA 1BBSA 3O9EA 3PWWA 2P3BA 1HVCA 1GVVA 4F75A 1U8GA 3UDQA 3IVHA 1EBWA 3INHA 4CPXA 4EYRA 1AJVA 5P24A 3UFLA 4L7HA 5KR0A 3IVIA 2Q5KA 1PPME 1SH9A 3KYRA 1E80E 3PRSA 1KJFA 4Y5MA 5P8DA 1QBRA 2Q55A 5P4XA 3RTHA 2PH6A 2XFJA 2IQGA 5OZ7A 2G1YA 3INFA 5P77A 5AGZA 7UPJA 3PBZA 4KE0A 4ER1E 4J1HA 1HXBA 3TOGA 3SA9A 5P6JA 5OZOA 1QS8A 2V10C 1SDVA 1EC2A 4EPJA 1AAQA 3CKRA 3KDCA 4Z50A 3PBDA 1OD1A 2ER6E 1T6GA 1IZEA 1B6LA 4Q1NA 4RZ1A 2I1AA 3LZSA 5HDVA 5P13A 4R91A 1HTFA 1LYBA 3SPKA 5KAOA 3VF5A 3ZKMA 1SGUA 2AOJA 1DAZC 5DR3A 5AH7A 2HB2A 3H0BA 3O9LA 3LIXA 2NNKA 3O9IA 2ANLA 4A6BA 5F00A 4J0TA 2G21A 3OUDB 2ZHRA 5P0EA 1XL2A 4A4QA 1BV7A 3URLA 4B1EA 2QMFA 2NR6A 1APVE 1EPNE 3OOZA 4YD7A 2G69A 4EP2A 5P6SA 4HLAA 3QN8A 3BC4A 2I4VA 5I70A 3RTMA 4Y51A 1HXWA 3BVAA 5P1UA 5P0GA 1YTHA 5KR8A 1YG9A 1G35A 3OUBA 5P4DA 1MERA 2OHUA 1A94A 4WY1A 4UPJA 1K2BA 5P1FA 5P53A 1XL5A 1MRWA 4MC9A 5P0SA 5P0ZA 2AVSA 3PCWA 4J1KA 4Y3JA 3K4VA 5DR8A 4DV9A 3DK1A 2BBBA 3D1XA 5P63A 1W5WA 4S1GA 3FNSA 1FLHA 4NPTA 4Y4EA 5P8GA 5P6ZA 5I3YA 4Z4XA 3LPKA 2G1SA 1YX9A 1FQXA 4XKXA 1LEEA 4DVFA 4I12A 1KZKA 4FAFA 3U6AA 1ZLFA 2NMZA 4Z22A 3DOXA 3Q5HA 5T4SA 5P29A 3HW1A 5P19A 3PMUA 4OD9B 5P25A 5P64A 3MWSA 5P5KA 2QAKA 3ER3E 5P5RA 3EKPA 5P61A 1XN3A 5P0FA 5P1DA 4ACUA 1IVPA 4I8ZA 3D20A 2FDEA 5P43A 1HSHA 4J1EA 2G94A 2QU3A 1TSUA 4OC6A 3OU3A 3OGQA 4HA5A 3HBOA 4LBTA 2RKGA 4A6CA 5AH8A 5HCOA 2B8LA 2VNNA 4XX3A 1KJGA 4CPRA 4YD4A 5P3HA 3O99A 3ZLQA 5P4SA 5P58A 4OBKA 5P0CA 4EP3A 5OZZA 5P6MA 1ZJ7A 4I0GA 5E5KA 2SAMA 3I25A 5P4WA 1UH8A 4ER4E 5P5AA 4OBDA 5AHBA 5AHCA 2WEZA 3RSVA 4I0HA 4ZEAA 5P3NA 3B80A 5P00A 5P67A 5P80A 2IS0A 4F76A 1HSGA 4YBFA 4U7VA 3GI4A 5P2EA 1MRXA 4DJXA 3MSJA 2AOGA 1E81E 3OADB 2V0ZC 5P6YA 5P73A 1YTJA 2OHLA 5HCTA 5P2XA 1MPPA 5P14A 5P5LA 1EEDP 1EBKC 1MIQA 5P8NA 1J71A 5P4KA 5P6IA 2G1RA 4Y37A 2G26A 3EXOA 5P2DA 4X7IA 5P5CA 5P0AA 4YCKA 1AIDA 2QHCA 2H6TA 1FG6C 3LPIA 1IDBA 2G1OA 4U8WA 3VV6A 4LXKA 1GNNA 2WF0A 5P5YA 3WZ8A 4N00A 3TOHA 5OZTA 5P22A 2V11C 4DQHA 3HZCA 5P16A 1RV7A 5P1SA 3GW5A 2ASIA 5HVPA 5P17A 3R4BA 4M8XA 4YA8A 4Y3GA 2JJIA 4Y3FA 1QDMA 3RSXA 3Q70A 5COPA 5OZQA 4Y6MA 4CPSA 3ST5A 5P7WA 1ME6A 5KQYA 5P2AA 5P59A 5P39A 3U7SA 4LXAA 3R0WA 5P8KA 5P2UA 4TRYA 1YTGA 5P79A 5P5SA 5DQCA 5P4CA 3NR6A 3KF0A 5OYYA 1CPIA 3I2LA 3O9DA 2P83A 1UH9A 4B1DA 5P41A 4MC6A 5P5DA 2IEOA 3PSUA 3Q6YA 4QJ8A 4Y4XA 4Y4AA 4RYGA 1EC0A 2Q63A 1EPME 3IXKA 2PYNA 4Y3MA 5P7YA 2UXZA 1MESA 5P6FA 5I3WA 3SA4A 4FSEA 5P03A 3IAWA 1HVKA 1MT9A 4Y3DA 5OZMA 4K9HA 3PEPA 3OY4A 3UDRA 4Y54A 2VIEA 3N4LA 1KJHA 3VYEA 2I4QA 2BPZA 2O4LA 4R93A 2FS4A 3GI0A 5DR1A 3O9BA 3WZ7A 4HZTA 3TOFA 5PEPA 5P7HA 1TSQA 5P1BA 2ER0E 4Y3HA 1AJXA 1ODXA 2WEDA 2HIZA 3L5EA 2FMBA 1W51A 4Y4ZA 3BHEA 2FNSA 3O9CA 1IBQA 4RCFA 4YD6A 5DQ4A 1A8KA 2G24A 5P01A 3OGPA 5P2ZA 4Y4JA 3OHHA 5P5GA 5P70A 4ZPFA 1HVRA 4Y4BA 4KUPA 4R5NA 4R92A 4FSLA 3HVGA 4Y5BA 4Y3ZA 5P8RA 3PJ6A 3OWNA 3FSMA 4AUCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P31 A;  5OYV A;  2IRZ A;  2AOC A;  3DCR A;  4Y5E A;  1BDR A;  2O4N A;  1QRP E;  4H3G A;  5OZJ A;  5P3P A;  5P5Q A;  3SAC A;  3QRS A;  4Y3X A;  2Q54 A;  4Y9W A;  5P35 A;  5P1O A;  4K4R A;  1MUI A;  4I0F A;  4CP7 A;  4DH6 A;  5C9F A;  4Y47 A;  4K4P A;  3D1Y A;  5P11 A;  4FAE A;  1EAG A;  4F73 A;  5KOQ A;  4L7G A;  5P50 A;  1FMX A;  4Y41 A;  2IDW A;  5P74 A;  5P4T A;  2QZW A;  2PSU A;  5P3Z A;  1W6I A;  4DJU A;  3OTY A;  5TOL A;  5HE5 A;  1FB7 A;  4Z2Z A;  1FF0 C;  5P44 A;  3EM4 A;  3ZPS A;  5P65 A;  1GVW A;  1LYA B;  3S45 A;  1XS7 D;  2OHQ A;  4GID A;  1EBY A;  3KFN A;  4FGX A;  5P8J A;  4J5J A;  5P0I A;  4CPQ A;  2J9K A;  6APR E;  3JVW A;  2P3A A;  2OHM A;  4HDB A;  4B05 A;  3CID A;  5P1J A;  2P4J A;  5P2H A;  5BRY A;  5P32 A;  1GVU A;  5P4U A;  2AVM A;  4L7J A;  4NKK A;  4B1C A;  2HB4 A;  4CPW A;  5P72 A;  1EBZ A;  3S53 A;  3QIH A;  5P0H A;  1HVH A;  1F34 A;  2BPV A;  5P1Y A;  3QPJ A;  5P27 A;  5P2C A;  5P8O A;  3VSW A;  3KT2 A;  4AA8 A;  5P7C A;  4DQG A;  4B70 A;  1T3R A;  5P3E A;  3TNE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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