2BPYA

Hiv-1 protease-inhibitor complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rapid X-ray diffraction analysis of HIV-1 protease-inhibitor complexes: inhibitor exchange in single crystals of the bound enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2bpyA00
5P4WA 5P4NA 4RCEA 4Y39A 1FMBA 3DCKA 5P7UA 1MSMA 4J1HA 3OXCA 2AVQA 2QI7A 5EZXA 3DOXA 5P3XA 2QCIA 3UDYA 2G1SA 1AM5A 1ZSRA 1BV9A 4FSEA 3UPJA 2Q63A 2QZLA 4HVPA 2I4UA 5P54A 4ER2E 4J1CA 3T3CA 3NDXA 3PMUA 2NXMA 3MSKA 3L5FA 1B6LA 3VUCA 5P72A 4L1AB 3ZKQA 2QD8A 4Y4WA 5P7OA 5P2BA 1D4JA 1SGZA 3PI5A 5OZ0A 1PROA 5P0YA 4PHVA 1IZDA 1EPOE 3GGUA 5P1GA 4DJOA 3PVKA 5P5IA 5P1AA 3NYGA 4Y5EA 4Y53A 4DV9A 4FE6A 1PPKE 5OZHA 4QJ7A 3VYFA 5KQFA 3LZUA 1LF3A 4J1KA 4DPFA 3CYWA 2AOGA 3PRSA 5P83A 1ODXA 2CENA 2OHKA 5P51A 3T6IA 1B5FB 5T4SA 2AOFA 5I3VA 2AVMA 3BUGA 4HDBA 2RKFA 3TL9A 5P2SA 3PSGA 5P5XA 4LXAA 3PSUA 1KJ7A 4FRJA 2QI4A 5I70A 3ZKMA 2Q5KA 2P3AA 4RRSA 2AOEA 5P4GA 3GGAA 5DR4A 5P4IA 3K5DA 3EXOA 4IVSA 5P6KA 4EQJA 5P3BA 5P2VA 2R43A 5OZ6A 5P26A 2AIDA 2QI3A 1BXQA 4YD4A 2G1OA 5P5AA 4TVHA 4Y4DA 5P2MA 5P7RA 1GNOA 4OBKA 3WZ7A 3WZ6A 5P8JA 4Y3XA 4D89A 1HTEA 5PEPA 2ANLA 5BWYA 4YOBA 5HDXA 4DPIA 1D4KA 4I0DA 4BELA 3PM4A 5P1XA 1GVTA 5P1PA 5P33A 5P8KA 5EZZA 3SKFA 5ENMA 4Y9WA 4GYEA 3QP0A 2HPFA 4Y4AA 5P6PA 2NXDA 3JW2A 2QZXA 3OU4A 4GJAA 3VEUA 4Y57A 1TW7A 2WF3A 4ZPFA 3D1XA 3ER3E 5P5GA 1SH9A 3VF5A 4NJTA 4OBHA 5P18A 3D1ZA 4X7IA 1LYBB 5P0UA 1B6KA 3LZYA 2IRZA 3L5BA 5P2TA 4ER4E 3KFPA 4U7VA 4CP7A 5OZSA 5KR0A 1TSQA 2ER0E 6UPJA 3NXEA 2QMPA 2VJ7A 3KA2A 3OXVA 1C6ZA 2HIZA 4J17A 4Y35A 4Q5MA 4DVFA 1FLHA 4TRWA 3FSMA 3KM4A 5P5RA 3PSYA 4COEA 2I1AA 4B05A 5P2FA 2FS4A 5OZ2A 3U71A 3PMYA 1EPME 4LBTA 4X2LA 5P8SA 2H6SA 5OZMA 2Q64A 5P7EA 5C9DA 4Q1NA 1TCXA 1D4HA 2HAHA 2F3FA 3O9EA 5P6VA 3K1WA 5P4HA 1A9MA 3KT2A 5P09A 5JFUA 4Y43A 1NPAA 4NPTA 3SA7A 2ZYEA 1MESA 4FIVA 2RSPA 2Q55A 3KMYA 5P31A 2HB3A 4GJ7A 3ZL7A 3NU5A 5DR7A 2Q11A 3QVCA 1MT9A 3WB4A 5P66A 1EPLE 4CKUA 5P30A 2JYSA 2PMAA 4Y3WA 3IN4A 1XE5A 1FG8C 5HTZA 2HS2A 3DM6A 5P2EA 1DIFA 2F3KA 2PYNA 2QZKA 3BGCA 1QBTA 5P7VA 5ENKA 4YDFA 3HVPA 4OD9A 1IZIA 1GVUA 2ZJIA 4K4RA 5P3CA 3Q70A 1SDUA 3KT5A 1RV7A 5B18A 5IVQA 5P4JA 5HE7A 5P6XA 3OHFA 4HLAA 5P1NA 3VSXA 1QDMA 4QJ2A 3NDTA 4PZXA 4Y3DA 2F80A 5OZ8A 2NTRA 2QZWA 2AVVA 2FNTA 1MVPA 4I10A 1M4HA 2ZJJA 3OUDB 5P5OA 1MIQA 4XX3A 2ZJLA 1GKTA 1DAZC 1EBYA 4HZTA 5HDUA 5P7HA 2V13A 3EL5A 2IEOA 2PH8A 5P3QA 1EBKC 2AZ8A 1FMUA 1LZQA 4R8YA 2OHUA 5DGUA 1MT7A 5E5JA 5P7KA 3SM2A 3PGIA 3O99A 5P75A 4LHHA 5BS4A 2G1RA 3BXSA 5P3MA 3DK1A 2BPYA 2V0ZC 3CKTA 3UQRA 5HDZA 3VV8A 5P37A 3O9DA 5P4CA 5AGZA 3BXRA 4OC6B 4ZIPA 4YBIA 1BV7A 2O4SA 4GJCA 3PJ6A 1W50A 1B6PA 2PSUA 5P10A 3INHA 3HAWA 5P70A 3ZKGA 5P1TA 1FFFC 5P4MA 3PHVA 1Z8CA 3U7SA 4EHCA 1EAGA 5P6NA 4FM8A 4DH6A 1BWBA 2R38A 5P81A 2ZHSA 5P06A 2QMFA 1C6XA 3Q6YA 3RVIA 3CIDA 4MC6A 1BDQA 1PFZA 5P5NA 5P3JA 4GMIA 3PBDA 3ZPSA 1ZTZA 1PSNA 2G24A 2I4QA 5P4FA 2R5QA 1N49A 3K5FA 3EC0A 4A6BA 3GGXA 4Y41A 5P07A 1BVGA 2OHNA 2PYMA 4BEKA 5P29A 4Y54A 1APWE 5ISKA 2Q54A 4JECA 1EPRE 3S54A 5P1MA 2HS1A 7HVPA 1MPPA 3DV5A 3TKGA 3UDJA 1HPVA 3ZKSA 3RSXA 3BVBA 2NNPA 4KUPA 5P6CA 1FQXA 2OHQA 4ZSRA 5P1SA 3LIXA 1K2BA 3S8IA 4EXHA 5E5KA 5KQYA 1M43A 2PWCA 5P6MA 5P8HA 5IS4A 5P3PA 2CEMA 5P85A 3G72A 2JJJA 1FKNA 4FL8A 4AZYA 1FQ7A 1W6HA 3LPKA 5P7WA 1E81E 1UH8A 1IBQA 3LIVA 1MEUA 1EPPE 1FQ6A 1HVIA 1HVKA 1B6JA 2QMGA 5P8NA 5P0TA 4PZWA 5P0MA 1KJHA 5KQXA 3S2OA 2WEAA 5P8EA 1W5XA 3OY4A 1ER8E 5P11A 1PSAA 4M8XA 2VJ9A 5P0PA 2BKTA 2PSGA 5P5PA 5P0FA 3H5BA 1BILA 4Y3HA 3IXOA 5P5JA 3QRVA 2WF1A 1LEEA 1TSUA 4NPUA 5OYRA 5P6YA 4L6BA 3OUAA 1EBZA 2Z54A 4Y6MA 5P7YA 5P20A 2MIPA 5UPJA 5P14A 2G22A 3BGBA 7UPJA 5HE5A 5P3NA 5P36A 1C6YA 1XS7D 3OUBA 1M0BA 5P5FA 3ZPUA 5P3OA 5P76A 1YTHA 4K9HA 2QP8A 1LYAA 4QJ8A 4Y3RA 5P8VA 3SA9A 5P32A 5P5KA 4B78A 2O40A 1NPVA 4I8WA 3TOFA 3LPJA 1YM2A 4Y58A 4ACXA 3Q5HA 2VNNA 4LP9A 1E5OE 5DR1A 1HVHA 5CLMA 5P84A 1PSOE 4Y5NA 5P3KA 3QROA 5P60A 2QI5A 5OZ3A 3N3IA 5DR8A 2NNKA 3G70A 5P3AA 5P4SA 4RCDA 3MWSA 2J9JB 3ZMGA 2H6TA 3RSVA 4LXKA 5P2JA 4EPJA 1T7IA 4N00A 5DQ4A 3TTPA 2PH6A 1K1TA 5P4DA 3CKPA 4EQ0A 3PCWA 2P3CA 5APRE 5P3YA 1DW6C 2BB9A 4Y4EA 3TKWA 1APVE 2I4VA 1YG9A 3PCZA 3LIYA 4I0HA 3UTLA 1GVXA 1XN3A 5P24A 3HBOA 2SAMA 5OZKA 2QU2A 1G2KA 3S53A 5AH8A 4MC9A 3I6OA 2VA5A 5P8QA 2ASIA 3RTHA 5KQZA 1BVEA 5P1OA 2BJUA 3G6ZA 4JOOA 4OBGA 3FX5A 2FLEA 5IVTA 2FDEA 5P67A 5P1LA 4D88A 2V11C 5P4YA 3KDDA 5P0SA 4AA8A 3R1GB 5P34A 5P12A 4Y3NA 5P5MA 2FDDA 2WEZA 3K5CA 4OBFA 3FV3A 4Y45A 2BPZA 3APRE 3VSWA 1ZSFA 5OZJA 5P42A 1LS5A 2ZHUA 5P04A 3SQFA 4LAPA 1Q9PA 5IVSA 4QGIA 3FNUA 5P35A 1SDTA 5P7LA 4Y50A 2IGYA 5P2QA 4RYCA 2BBBA 4J5JA 4FRIA 3NSHA 4GJ5A 3UQWA 3OADB 2F81A 1HIVA 3EL0A 2Z4OA 1VIJA 3OAGA 5P08A 5HU0A 2R9BA 4YD5A 2QI1A 4ZLSA 4DQFA 1NPWA 2VIYA 2IKUA 2QI0A 1W51A 1D4LA 1FQ5A 2V12C 2B8VA 3R0WA 5OYVA 4DI2A 2RMPA 2NXLA 1YTGA 4Y3QA 5P4AA 1EC3A 4J55A 1YTJA 4YD3A 5P0RA 4DJQA 5P39A 5P3TA 4PYVA 4F75A 3PWRA 4OBZB 4EJKA 5P77A 5P8MA 2AOHA 3CICA 3HDKA 5JG1A 1AXAA 2FMBA 2ZJHA 1GNNA 5P1VA 1PPLE 4Y36A 2G69A 5HCOA 3EKTA 5P8GA 3R2FA 5P69A 3FNSA 5P80A 4DJUA 1EEDP 3N4LA 1GNMA 4J1FA 1EPNE 1HTFA 2I0AA 2JXRA 5P03A 5AH7A 5DQCA 3QBHA 3TPRA 2OHMA 3UCBA 4E43A 3ZOVA 4Y4GA 5FIVA 3UDPA 2HB4A 5P3RA 5OZXA 3UDMA 4H3IA 3D91A 5P5LA 3LINA 5SY3A 2HC0A 2FXEA 1IVPA 4CPSA 1KJ4A 3S56A 4J0YA 2R3WA 1GVWA 1HVLA 2VIEA 3QPJA 5P50A 2I0DA 4DJXA 5P8LA 3O9LB 4J1EA 1SIVA 5OYYA 4RZ1A 4QJ9A 2AODA 4CPWA 2ER7E 5P0OA 4Q1WA 5P5YA 5ISJA 1U8GA 1G0VA 2BPVA 5P19A 4Z22A 3DV1A 5P28A 3NLSA 2P8HA 3S43A 5P2LA 1EBWA 4JPEA 3OUDA 4Y5AA 3M9FA 4B1DA 3BUFA 4Y5KA 3TOGA 2FXDA 3GW5A 3EMYA 2IS0A 1FGCC 4ZSQA 3EL1A 3EL4A 1HXWA 1HRNA 3INEA 4Y4JA 5P56A 3VCMA 4EYRA 5I3WA 4ZSPA 5P6GA 4NJVA 2QHYA 1FF0C 1MTBA 4CPUA 2OHSA 4PEPA 1FFIC 3O9FA 3R0YA 3PLDA 5P1HA 3RU1A 4XX4A 3OQKA 4K4PA 5P5SA 3NU6A 1SP5A 4MC1A 1AAQA 5J25A 3VYDA 5COPA 1BWAA 2BPXA 3ZKXA 3ST5A 2ER9E 2I4DA 5P4XA 5HU1A 3CMSA 2PK6A 4K8SA 1MRWA 3SM1A 4I0GA 5P17A 2P4JA 3UDRA 4YDGA 5P5CA 2G20A 5P2CA 5P7SA 5HE4A 3O9IA 4YCTA 1T6EX 3LIQA 3NUOA 5KAOA 4RROA 4A6CA 3TPPA 5OZQA 4EJDA 2OHPA 3PLLA 4NJUA 5P3VA 4EJ8A 5TOLA 1ZPAA 5AHCA 3KDBA 4Q1YA 4CMSA 5P3HA 1XDHA 4QJ6A 5OZZA 5P0NA 3IVHA 5P1WA 4J54A 2PC0A 3OU1B 4Y3YA 4DFGA 3BRAA 4EXGA 4R92A 2WL0A 4Y3FA 3SFCA 2B60A 5P5VA 3OTYA 1QBUA 1HEFE 3OGQA 4RLDA 3UDQA 2AZBA 3ECGA 1YTIA 5P73A 5ER1E 4FAEA 4I0FA 4RYGA 1KZKA 3OK9A 4FSLA 5P52A 5P15A 5P8RA 3T11A 4ZSMA 1EC2A 5P3UA 1ZLFA 2B42A 2AVSA 4H3JA 4OBDA 3LNKA 3QRMA 3EKPA 5P78A 2VA7A 5P4TA 5P2ZA 5P22A 5OZDA 1LV1A 4Y3EA 5P57A 5HDVA 2WJOA 4I8ZA 5P8BA 4AMTA 4Y37A 5OZAA 2BPWA 4Y3PA 1W6IA 3OQ7A 3LPIA 5P46A 2PQZA 2XFKA 5P8OA 1DPJA 1YT9A 2NPHA 3KF0A 4NKKA 4Y3JA 3T7PA 5AH9A 4HA5A 1MUIA 4F73A 4Y4BA 5P61A 5P71A 4RCFA 3PB5A 3TPJA 4GJBA 4I1CA 1SBGA 4Y4ZA 3AIDA 1HIHA 5IE1A 4DQEA 1IZEA 2WF0A 1KJFA 2QHCA 1W5YA 5OZCA 1RQ9A 4QLHA 1HVCA 2WEDA 3SAAA 2QMDA 4LC7A 5P44A 5OZBA 5P05A 1ZBGA 5P48A 5OZNA 4YA8A 3H0BA 2FGVA 4R5NA 3BC4A 3S45A 5P0AA 3I8WA 1OD1A 4Q1XA 1KJGA 3EKVA 3SABA 4UPJA 5OZUA 4Y56A 5OYQA 5P45A 1BXOA 2QHZA 5P3WA 4CPRA 4Y51A 1T3RA 3NU4A 1G35A 5P4LA 4YD6A 3LHGA 4HE9A 3VF3A 5P3FA 1DP5A 5P79A 1C70A 1HPXA 3RTNA 3O9AA 3CKRA 1AIDA 4LXMA 3GI0A 1ODYA 3UQXA 4DUSA 3VV6A 3SA8A 5OZOA 1HSHA 4Y3LA 4B72A 2B7FA 2VA6A 5P65A 4J0VA 3OWNA 1ZPKA 4OBJA 5P0HA 1A8GA 3ER5E 4I12A 3IXJA 3NDUA 5P7IA 5P1EA 3CIBA 5P63A 1HHPA 2QNPA 4ZPEA 3WB5A 2O4LA 5P4QA 5P3SA 3KN0A 5P0IA 2NR6A 1HSGA 2ZE1A 1MSNA 3MSJA 1BDLA 5OYSA 3SLZA 3O9CA 4YD7A 5P8CA 1OHRA 5P64A 3BUHA 4R95A 4Y3AA 1APUE 4DJYA 2IKOA 4M8YA 5CONA 5BRYA 3VV7A 3L38A 3OOTA 4J0ZA 4RVJA 4KE0A 1LYWB 5P38A 4BFDA 4L1AA 5P55A 4J1IA 2VNMA 4MC2A 3IXKA 3OQAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4W A;  5P4N A;  4RCE A;  4Y39 A;  1FMB A;  3DCK A;  5P7U A;  1MSM A;  4J1H A;  3OXC A;  2AVQ A;  2QI7 A;  5EZX A;  3DOX A;  5P3X A;  2QCI A;  3UDY A;  2G1S A;  1AM5 A;  1ZSR A;  1BV9 A;  4FSE A;  3UPJ A;  2Q63 A;  2QZL A;  4HVP A;  2I4U A;  5P54 A;  4ER2 E;  4J1C A;  3T3C A;  3NDX A;  3PMU A;  2NXM A;  3MSK A;  3L5F A;  1B6L A;  3VUC A;  5P72 A;  4L1A B;  3ZKQ A;  2QD8 A;  4Y4W A;  5P7O A;  5P2B A;  1D4J A;  1SGZ A;  3PI5 A;  5OZ0 A;  1PRO A;  5P0Y A;  4PHV A;  1IZD A;  1EPO E;  3GGU A;  5P1G A;  4DJO A;  3PVK A;  5P5I A;  5P1A A;  3NYG A;  4Y5E A;  4Y53 A;  4DV9 A;  4FE6 A;  1PPK E;  5OZH A;  4QJ7 A;  3VYF A;  5KQF A;  3LZU A;  1LF3 A;  4J1K A;  4DPF A;  3CYW A;  2AOG A;  3PRS A;  5P83 A;  1ODX A;  2CEN A;  2OHK A;  5P51 A;  3T6I A;  1B5F B;  5T4S A;  2AOF A;  5I3V A;  2AVM A;  3BUG A;  4HDB A;  2RKF A;  3TL9 A;  5P2S A;  3PSG A;  5P5X A;  4LXA A;  3PSU A;  1KJ7 A;  4FRJ A;  2QI4 A;  5I70 A;  3ZKM A;  2Q5K A;  2P3A A;  4RRS A;  2AOE A;  5P4G A;  3GGA A;  5DR4 A;  5P4I A;  3K5D A;  3EXO A;  4IVS A;  5P6K A;  4EQJ A;  5P3B A;  5P2V A;  2R43 A;  5OZ6 A;  5P26 A;  2AID A;  2QI3 A;  1BXQ A;  4YD4 A;  2G1O A;  5P5A A;  4TVH A;  4Y4D A;  5P2M A;  5P7R A;  1GNO A;  4OBK A;  3WZ7 A;  3WZ6 A;  5P8J A;  4Y3X A;  4D89 A;  1HTE A;  5PEP A;  2ANL A;  5BWY A;  4YOB A;  5HDX A;  4DPI A;  1D4K A;  4I0D A;  4BEL A;  3PM4 A;  5P1X A;  1GVT A;  5P1P A;  5P33 A;  5P8K A;  5EZZ A;  3SKF A;  5ENM A;  4Y9W A;  4GYE A;  3QP0 A;  2HPF A;  4Y4A A;  5P6P A;  2NXD A;  3JW2 A;  2QZX A;  3OU4 A;  4GJA A;  3VEU A;  4Y57 A;  1TW7 A;  2WF3 A;  4ZPF A;  3D1X A;  3ER3 E;  5P5G A;  1SH9 A;  3VF5 A;  4NJT A;  4OBH A;  5P18 A;  3D1Z A;  4X7I A;  1LYB B;  5P0U A;  1B6K A;  3LZY A;  2IRZ A;  3L5B A;  5P2T A;  4ER4 E;  3KFP A;  4U7V A;  4CP7 A;  5OZS A;  5KR0 A;  1TSQ A;  2ER0 E;  6UPJ A;  3NXE A;  2QMP A;  2VJ7 A;  3KA2 A;  3OXV A;  1C6Z A;  2HIZ A;  4J17 A;  4Y35 A;  4Q5M A;  4DVF A;  1FLH A;  4TRW A;  3FSM A;  3KM4 A;  5P5R A;  3PSY A;  4COE A;  2I1A A;  4B05 A;  5P2F A;  2FS4 A;  5OZ2 A;  3U71 A;  3PMY A;  1EPM E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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