2F3FA

Crystal structure of the bace complex with bdf488, a macrocyclic inhibitor
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design and synthesis of macroheterocyclic peptidomimetic inhibitors of the aspartic protease beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 97
structure length 375
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f3fA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f3fA02
2P3BA 5P62A 5P3KA 5OZHA 2PQZA 5CONA 5OZ8A 1SIVA 1XL2A 2R3WA 3OGPA 2XYFA 5SY3A 2ZYEA 3UF3A 5OZ2A 3NDUA 5HCTA 5P0FA 5OYYA 1B6PA 3L5CA 3H5BA 5AH9A 4I0EA 5P79A 5P3QA 5P02A 2QMDA 1XDHA 2QHYA 5P13A 2ZJNA 4S1GA 4R92A 4Y44A 5P69A 3DCRA 3VYDA 3OU3A 5P16A 3INEA 4Y5CA 3S8IA 4J1IA 3Q6YA 1C6XA 5P5TA 4H3IA 5P5RA 3VV8A 4PHVA 5P2CA 3D91A 4IVTA 5P6AA 4Y5AA 3K5FA 1SDVA 4F76A 2OHSA 2B42A 3FX5A 4J1CA 4CPXA 2OHKA 5P6FA 3GGUA 2FLEA 4Y5BA 5P7NA 4AA8A 5I3YA 5SZ9A 4M8YA 5P6CA 5P56A 2AZ9A 4I8WA 4CMSA 2AOEA 2WF4A 2QU2A 5P6PA 5P85A 3UQXA 5OZ0A 5P1DA 3OHHA 1ZTZA 4FM6A 1FGCC 5P7WA 2Z4OA 4Y3FA 5P4TA 4BELA 4ZSQA 4JPCA 4Y4TA 2IRZA 4ZSPA 1QS8A 3ST5A 3TOGA 4Y5LA 5P2IA 4Y3EA 2FS4A 3LIVA 2HM1A 3UDKA 3TNEA 4YD6A 5P2LA 4YBIA 5P23A 5P5MA 5KQFA 5P4NA 4Q1YA 3CIDA 2I0DA 2QD8A 3OQAA 1RL8A 2QI5A 5KAOA 1PPKE 2B60A 5P5WA 4Y3WA 4DI2A 5AH6A 4XX3A 3ZPUA 1HVRA 5P8EA 3T7QA 1MT7A 4Y3XA 3KA2A 3QAAA 2XFIA 5P1UA 4QJ9A 5P45A 4Z4XA 3KFPA 1HIHA 3EL5A 3GW5A 4ACUA 3BRAA 5AHCA 2Q3KA 3SACA 1APVE 5P1RA 5P5HA 5P4WA 1BV7A 5OZGA 5ISKA 5OZMA 6FIVA 3PWRA 1MSNA 4KE1A 4QJAA 1M0BA 1W6HA 3OU1B 1GVWA 3S45A 3OQ7A 1AIDA 1Q9PA 2ZGAA 4LXAA 4EQJA 4NJTA 3ZOVA 5OZWA 2I4QA 3BGCA 3VEUA 2WF1A 3NU3A 1IVPA 4YD5A 5HE4A 2WKZA 5P2AA 3NUOA 2QI7A 4YCYA 5P8CA 3S7LA 5JG1A 1W51A 5P5LA 1G2KA 2H6TA 1OEWA 1MESA 5P2WA 5P34A 2HS1A 5P50A 1EPQE 4Y5GA 2UPJA 5P89A 2AVQA 5P3CA 4EP2A 5P11A 1W6IA 4H3GA 2ZE1A 4Y56A 2BPWA 1K6CA 5P7JA 4FM8A 4Y3DA 4Y50A 1B5FA 2WEZA 9HVPA 5P5FA 1YM2A 1MUIA 5DQ2A 4EYRA 4Y53A 4Y41A 5OYZA 5OZOA 2HB2A 5P4KA 4EXHA 4CPSA 3CKRA 5P8PA 5P3WA 2Q55A 3URLA 4EHCA 5IE1A 4ER4E 2ZHUA 4OBDA 4DQFA 1AJXA 1MIQA 2Q64A 1BV9A 1Z1RA 4TVHA 5COPA 4A4QA 3VV7A 2ZJMA 1CMSA 2QK5A 5P2EA 5HCOA 2PK5A 4YDGA 4OD9A 1LYWB 2CENA 2QHZA 2FIVA 1E80E 5P28A 3EC0A 3T11A 5P0HA 1EPME 3INDA 3O9LA 5P26A 5P51A 5C9BA 5P8AA 2NNPA 4H3FA 1YX9A 2G1RA 5P4RA 4H1EA 3PEPA 4J1KA 5P7TA 1EBYA 5P8NA 5P7FA 2O4PA 4F75A 5J25A 2J9JB 4Y4XA 5P2VA 3PSGA 5OYSA 3DV1A 1HXWA 2VNNA 1G35A 5SY2A 5P68A 5P24A 2V00A 4Y57A 5P80A 1ZJ7A 4HVPA 4FSLA 5P2RA 5P77A 2F80A 5P3XA 1YTHA 4RLDA 4MC1A 5P61A 3OXXA 4Y3AA 4B72A 5P6JA 4CPUA 3N3IA 1HVLA 1C6YA 3TLHA 3CICA 1RPIA 3FKTA 1GNMA 2VIEA 5I70A 5P2BA 1META 3O9IA 8HVPA 5P1MA 1IIQA 3BXRA 2B8VA 2VNMA 3LINA 3K5GA 5P0AA 1B11A 5P2GA 2NPHA 2AZ8A 2BQVA 4Q1XA 2QMPA 1FFIC 5P5KA 1EPRE 4YOBA 1G0VA 4HZTA 3OGQA 4FAEA 5P5ZA 5P8MA 5KQYA 4Y58A 5OZZA 1HRNA 1NH0A 4COEA 5P19A 1VIJA 5P8KA 3T7PA 1FQ8A 3PJ6A 5P3IA 2IEOA 4EJDA 3SKGA 5HVPA 5P0WA 3O9HA 5P0LA 4QJ2A 2NNKA 1APUE 4DH6A 1HIVA 4DPFA 3OUDB 2AOFA 5P1BA 2QZKA 4L1AB 1NPWA 1RQ9A 5OZCA 5P8VA 5P1AA 3UDNA 2IKUA 3KMXA 1YTGA 4TRWA 4AZYA 5OZ7A 5P0MA 1ME6A 3L5BA 4QJ7A 5P8TA 3TKWA 2VIZA 3IXOA 4YD4A 4PYVA 5P3EA 2F3FA 4CPRA 4FSEA 3ZL7A 4AMTA 2F3EA 2XYEA 3DM6A 5P1ZA 3SA9A 2QNPA 5P33A 3UDJA 4DJWA 3K1WA 3D20A 4LAPA 5P7ZA 2I4UA 4GJ7A 5P8HA 2BB9A 2WEDA 3PLDA 3D1XA 4K9HA 5P6UA 5P20A 3O9BA 4Y5MA 2BJUA 1WKRA 2HS2A 2NXLA 2R9BA 3FNTA 4E43A 3CIBA 4A6BA 3LZSA 1HBVA 1IDAA 2O4SA 3GGXA 5P2TA 1K6VA 4RRNA 2A1EA 4R91A 5P0JA 4I0FA 3OK9A 3LITA 1HSHA 4OD9B 3OHFA 4GJ8A 5P6XA 4CP7A 1LEEA 5P1EA 3SO9A 5P0RA 1A8GA 3GGVA 2AOGA 5DR1A 3O9LB 1T6GA 5P4CA 2PYNA 1XS7D 3C9XA 5OZ3A 2SAMA 4K4QA 4ZSRA 4GYEA 1LV1A 4HE9A 5C9DA 4B0QA 3HAUA 4Q5MA 3IVHA 5P2ZA 5P15A 4L7JA 2PSVA 2AQUA 2F81A 3UFLA 4FS4A 2QMGA 4BFDA 4K8SA 2NMZA 4JOOA 5P2FA 1E82E 4EJKA 3QBHA 3JVWA 4DJVA 3TPPA 3RTMA 4ER2E 2OHLA 1WBMA 4EJ8A 5KR8A 3PWWA 4Y3PA 4Y3LA 3WB5A 3UDMA 1PSAA 3NXEA 3MSKA 5OZ1A 3ZKXA 3VG1A 2QZLA 2A4FA 5OZIA 2G27A 5PEPA 5JFPA 5P09A 5P5PA 1CPIA 3T7XA 1GVUA 5P87A 5P22A 3NWQA 3Q5HA 2ZDZA 4Y36A 3Q70A 5OZAA 1ZBGA 5P3BA 4FRKA 2PH8A 5JFUA 5B18A 3UQPA 1HVSA 1LYAB 4YD3A 5OYXA 3OQFA 4BFBA 5P2UA 5IS4A 5P07A 3ER3E 3B80A 2AOHA 3A2OA 3OOZA 4XXSA 3LIQA 1EC2A 1SIPA 5OZYA 3VLAA 2RMPA 1MT8A 5P65A 5P4AA 5P8SA 5KOSA 3VLBA 4D85A 5DR3A 1T3RA 2ZHVA 3IVIA 1HTGA 3EBZA 5P2OA 3UDRA 5P04A 2MIPA 3IGBA 4NKKA 5P0TA 5P31A 5P3UA 4B77A 4B00A 4DJXA 2WF3A 3KT2A 1D4HA 5P7XA 3IN3A 5COOA 2I4WA 2OHTA 5P3FA 5P7KA 3NU6A 5P8UA 1J71A 3KDBA 1A94A 3UDPA 3PBZA 1LYWA 4EXGA 3TPJA 1BIMA 5P88A 1QBUA 5AGZA 2AOCA 4RGHA 4B70A 3PM4A 2P4JA 3GI5A 4LXMA 5CLMA 1E5OE 1UPJA 5P2KA 2PMAA 1G6LA 1IVQA 5P30A 5P4HA 5P6IA 2WEBA 3NYGA 4AUCA 5BWYA 2O4LA 4RYGA 5P0CA 2AVSA 3OOTA 3ZKSA 2Q11A 3Q3TA 3B7VA 2I4VA 1ENTE 2J9JA 1HXBA 2JXRA 2P83A 4YBFA 5P2HA 2ZJKA 1MT9A 4Y35A 3RTHA 5OZPA 3LIXA 5P4LA 3EKPA 2JJJA 4OBZB 4J5JA 3HDKA 5P8BA 4ER1E 3NLSA 3VFAA 5UPJA 3ZMGA 5P78A 2F3KA 4BEKA 3BHEA 1AJVA 4Y3ZA 5P6GA 4M8XA 1QBSA 3CYWA 3APPA 3EKXA 5P6VA 3PLLA 1C70A 4NJVA 5P70A 3EL9A 1FMXA 3T3CA 5P3PA 2AZBA 1SP5A 2AOJA 4FE6A 2QZWA 4DJOA 1M4HA 7HVPA 3ZKNA 1MVPA 4HLAA 1T7IA 4MC6A 3ZPTA 1LZQA 5P3VA 4Y3HA 2IS0A 1FG8C 2IQGA 3VSXA 4OC6B 5P7QA 2WJOA 3L3AA 3EM6A 5TOLA 3OU4B 3QIHA 1EBZA 2G20A 2AVMA 2QU3A 1ODWA 3PSYA 3EXOA 4Q1WA 5P7EA 2QI4A 3N4LA 5I3VA 1TCXA 2B7FA 5P5CA 2QI6A 4B1DA 3WSJA 2AVVA 3SA7A 5P53A 4ZPGA 2G1SA 5P6WA 2F8GA 4B1CA 2QD6A 2V11C 5HD0A 4I0JA 2NXMA 5P4FA 1C6ZA 3GI4A 1HVKA 3UFNA 1HPOA 3PI5A 4DQBA 2APRA 4NPUA 5P1PA 3OUDA 3LZUA 5P5QA 4L1AA 1ZPAA 1TW7A 1HOSA 5OZFA 4DJYA 3KM4A 3OADA 5BS4A 4TRYA 5P0KA 4JECA 5P5AA 2G1OA 2UY0A 3HD8A 5P75A 3BVBA 3HVGA 1LF2A 4LXKA 1ODYA 2FDEA 3F9QA 4HA5A 4Y4JA 4MC2A 3TL9A 1IZEA 1SBGA 1IZHA 4EP3A 4U7QA 5P5BA 1KZKA 2FXEA 5P5OA 5OZBA 5P5XA 5DGUA 3VYEA 5IVQA 1HTRB 2BPXA 5P0XA 3KYRA 3EKQA 1EPNE 4CPTA 1ER8E 1APTE 1D4LA 2B8LA 1AM5A 5P7CA 1BBSA 4I8ZA 2HIZA 4F73A 5P3LA 4H3JA 2HPEA 4YDFA 3NWXA 4JPEA 5P64A 1KJGA 5P1JA 1A30A 5P3YA 4KE0A 2NMYA 3SA8A 5P58A 3SFCA 4LHHA 3ZLQA 3EKYA 5P35A 3I25A 5P1VA 3IN4A 2QNQA 1EBKC 3GI0A 1NSOA 3SA3A 1HPXA 4NPTA 5P1NA 1W5VA 4HDFA 3NDTA 3RTNA 1YT9A 2VS2A 5P42A 3VFBA 3WZ8A 5OYVA 3UQRA 4OBKA 5P4DA 5P5EA 3NSHA 3SM1A 2QNNA 5P18A 3WB4A 4Z2ZA 5P7VA 3FSMA 4YA8A 4LP9A 5P0PA 2PSUA 5P4MA 5P4PA 5P4GA 2ANLA 1SDTA 3UQUA 1GVXA 1W5WA 2G1NA 1FQXA 5P7MA 2R38A 1BWAA 5P66A 1FG6C 1PSNA 5P3OA 4LC7A 4FM7A 1PFZA 2O4NA 2OAHA 1ZAPA 2QZXA 4GJ6A 3R4BA 4APRE 5P6QA 2IGXA 3L38A 3BVAA 3SKFA 5OZRA 4J0PA 5P4YA 1QBTA 1PROA 3QVIA 3IXJA 5F00A 3UQWA 5OZQA 3LHGA 5KR2A 3LPKA 2G26A 3OAGB 1B6MA 3INHA 4PZWA 2I1AA 3GGAA 4PEPA 3SM2A 4DJPA 1LYAA 4DJRA 2OHRA 2AVOA 3INFA 5P2QA 2P3DA 4Y4UA 5P76A 3TOFA 5ER2E 4EWOA 5P67A 2Q63A 3O9AA 5P6SA 3K4VA 3R0WA 5P43A 4QGIA 5OZ6A 5OZJA 3VV6A 3DK1A 5P7OA 3S43B 3L58A 3PHVA 3KDDA 5OZSA 5DGWA 1HVCA 4K4RA 4D89A 4ZPEA 1D4SA 2ZHSA 4DQEA 2RKFA 5P2MA 1ZPKA 4Y5EA 4XKXA 3KMYA 3LIZA 1PPLE 4RCFA 3ZKMA 4DFGA 4GJ5A 1KJHA 3EL4A 3TPRA 3OADB 5OZ5A 5SXNA 5P7BA 3RVIA 5P27A 3UTLA 3RSXA 3UDHA 5KQXA 2AODA 5P54A 1XE5A 1XE6A 2WF0A 5P48A 3APRE 4K4PA 3BGBA 3PWMA 1T7JA 4YD7A 3KDCA 1DMPA 3O9FA 1GNNA 2G21A 5P6NA 5P4IA 3LZVA 5P52A 3QN8A 4TRZA 4LBTA 4X2LA 2BPYA 5P8LA 4Y4GA 1PSOE 3G70A 3M9FA 1UH7A 3SA4A 5P6DA 1EPOE 4OBFA 4DVFA 4ZIPA 2HB3A 4I11A 5P1YA 4OBZA 3O9DA 1BDQA 1APWE 4I1CA 3DUYA 2I0AA 1TSQA 1W50A 2B7ZA 3SQFA 4YOAA 2VJ7A 5HE7A 3OQKA 5P6BA 4U8WA 2QI1A 3CKTA 1FEJC 5P4XA 5P0ZA 4RVIA 3IXKA 4J55A 4Y54A 5P1GA 3OUAA 2JE4A 5P6YA 5P41A 3I8WA 5P7GA 5P0GA 5KR0A 2H6SA 2V16C 2NTRA 3SA5A 1BVGA 4CKUA 3L5FA 3ZPSA 4NJUA 4Y39A 1N49A 5DQ5A 3PMUA 5P1TA 1OEXA 5P2XA 1SMEA 3PI0A 3S56A 3HZCA 5P2NA 3VF7A 4ZE6A 1YG9A 4OC6A 3HAWA 4FGXA 2G94A 1MERA 3OU4A 5P0VA 5P4BA 5P7RA 3SA6A 2ZJHA 3NU4A 3FNUA 4J0VA 4J1HA 2IL2A 1FIVA 2FDPA 1XN2A 5P1HA 4CPQA 5P0NA 1HWRA 2G1YA 1MSMA 3KFRA 5P63A 1KJ7A 4RVJA 4YCTA 2CEJA 3T6IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3B A;  5P62 A;  5P3K A;  5OZH A;  2PQZ A;  5CON A;  5OZ8 A;  1SIV A;  1XL2 A;  2R3W A;  3OGP A;  2XYF A;  5SY3 A;  2ZYE A;  3UF3 A;  5OZ2 A;  3NDU A;  5HCT A;  5P0F A;  5OYY A;  1B6P A;  3L5C A;  3H5B A;  5AH9 A;  4I0E A;  5P79 A;  5P3Q A;  5P02 A;  2QMD A;  1XDH A;  2QHY A;  5P13 A;  2ZJN A;  4S1G A;  4R92 A;  4Y44 A;  5P69 A;  3DCR A;  3VYD A;  3OU3 A;  5P16 A;  3INE A;  4Y5C A;  3S8I A;  4J1I A;  3Q6Y A;  1C6X A;  5P5T A;  4H3I A;  5P5R A;  3VV8 A;  4PHV A;  5P2C A;  3D91 A;  4IVT A;  5P6A A;  4Y5A A;  3K5F A;  1SDV A;  4F76 A;  2OHS A;  2B42 A;  3FX5 A;  4J1C A;  4CPX A;  2OHK A;  5P6F A;  3GGU A;  2FLE A;  4Y5B A;  5P7N A;  4AA8 A;  5I3Y A;  5SZ9 A;  4M8Y A;  5P6C A;  5P56 A;  2AZ9 A;  4I8W A;  4CMS A;  2AOE A;  2WF4 A;  2QU2 A;  5P6P A;  5P85 A;  3UQX A;  5OZ0 A;  5P1D A;  3OHH A;  1ZTZ A;  4FM6 A;  1FGC C;  5P7W A;  2Z4O A;  4Y3F A;  5P4T A;  4BEL A;  4ZSQ A;  4JPC A;  4Y4T A;  2IRZ A;  4ZSP A;  1QS8 A;  3ST5 A;  3TOG A;  4Y5L A;  5P2I A;  4Y3E A;  2FS4 A;  3LIV A;  2HM1 A;  3UDK A;  3TNE A;  4YD6 A;  5P2L A;  4YBI A;  5P23 A;  5P5M A;  5KQF A;  5P4N A;  4Q1Y A;  3CID A;  2I0D A;  2QD8 A;  3OQA A;  1RL8 A;  2QI5 A;  5KAO A;  1PPK E;  2B60 A;  5P5W A;  4Y3W A;  4DI2 A;  5AH6 A;  4XX3 A;  3ZPU A;  1HVR A;  5P8E A;  3T7Q A;  1MT7 A;  4Y3X A;  3KA2 A;  3QAA A;  2XFI A;  5P1U A;  4QJ9 A;  5P45 A;  4Z4X A;  3KFP A;  1HIH A;  3EL5 A;  3GW5 A;  4ACU A;  3BRA A;  5AHC A;  2Q3K A;  3SAC A;  1APV E;  5P1R A;  5P5H A;  5P4W A;  1BV7 A;  5OZG A;  5ISK A;  5OZM A;  6FIV A;  3PWR A;  1MSN A;  4KE1 A;  4QJA A;  1M0B A;  1W6H A;  3OU1 B;  1GVW A;  3S45 A;  3OQ7 A;  1AID A;  1Q9P A;  2ZGA A;  4LXA A;  4EQJ A;  4NJT A;  3ZOV A;  5OZW A;  2I4Q A;  3BGC A;  3VEU A;  2WF1 A;  3NU3 A;  1IVP A;  4YD5 A;  5HE4 A;  2WKZ A;  5P2A A;  3NUO A;  2QI7 A;  4YCY A;  5P8C A;  3S7L A;  5JG1 A;  1W51 A;  5P5L A;  1G2K A;  2H6T A;  1OEW A;  1MES A;  5P2W A;  5P34 A;  2HS1 A;  5P50 A;  1EPQ E;  4Y5G A;  2UPJ A;  5P89 A;  2AVQ A;  5P3C A;  4EP2 A;  5P11 A;  1W6I A;  4H3G A;  2ZE1 A;  4Y56 A;  2BPW A;  1K6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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