2F81A

Hiv-1 protease mutant l90m complexed with inhibitor tmc114
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Effectiveness of Nonpeptide Clinical Inhibitor TMC-114 on HIV-1 Protease with Highly Drug Resistant Mutations D30N, I50V, and L90M.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f81A00
5P4UA 3PMUA 5P2CA 5P5FA 1PSNA 1EEDP 9HVPA 4E43A 1LF3A 5P0FA 3PI5A 1TSQA 5J25A 5P6HA 2F3FA 3CKPA 3MSJA 3URJA 3APRE 2AVSA 4Y9WA 5P7NA 1APWE 4Y3SA 5P1DA 5P5CA 1PSOE 4A4QA 2WEDA 5OZVA 5P13A 2I4DA 3PJ6A 4Y51A 3DCRA 5P85A 2JJIA 4DJVA 3CIBA 3O9EA 3OTYA 4D8CA 1FG8C 5P47A 2PWCA 3S43A 1EBYA 3LZUA 4J1CA 2QCIA 2V16C 4FM6A 4DJPA 2ZJIA 3K4VA 3PBDA 3SA5A 2ZJLA 2ER0E 5P55A 5ER1E 4GJAA 5OYYA 1IZDA 2BKTA 5P4PA 5P2HA 4MC6A 3SA6A 5P1MA 3VG1A 2WJOA 5EZZA 1SH9A 3HW1A 2PWRA 1GVVA 3NSHA 4J0PA 4DJQA 4YD4A 4XX4A 1B6MA 3PI0A 1HVLA 4UPJA 5P1IA 2PYMA 3DOXA 4Y53A 4QJ7A 4APRE 1D4YA 1APVE 3BUFA 4R93A 4KE0A 5P3LA 3LPKA 3BUHA 1PPME 5OZ1A 2A1EA 2FMBA 1BWBA 4Y3RA 1BV7A 2ER9E 1G0VA 2PH8A 4MC9A 3BHEA 2V11C 1LYBB 4FIVA 2AOGA 3K4VC 5P37A 2I1AA 1HTRB 4L6BA 4Y4WA 2IS0A 5P4HA 2ZHSA 1RPIA 4RVIA 5P17A 5P4ZA 3G70A 5P7OA 4Y3JA 2AZBA 2P83A 5P38A 1FQ6A 3GI6A 4J1FA 4Y5MA 2OF0A 2ZHRA 3VF5A 2ZJMA 1AXAA 3KM4A 1MIQA 4X7IA 3VEUA 5P6WA 5ENMA 3FNUA 5HVPA 5P7XA 3OU1B 2F81A 1LYBA 1N49A 3M9FA 1HWRA 4Y3MA 5P1KA 4ER2E 2ER7E 4OC6B 1NH0A 4MC2A 1YM4A 5P7VA 5P2JA 2J9KA 3FNTA 5P41A 1GVTA 3PSYA 1ODWA 2ZJKA 3SAAA 1W6IA 1XS7D 1FMXA 5SZ9A 4FSLA 3LHGA 2NXLA 1EBZA 1F34A 4Y4DA 4Z4XA 4QJ9A 5OZ7A 2QHYA 1ME6A 3TH9A 2VA5A 3VLBA 4HDBA 4OBJA 5P5XA 1FF0C 4OC6A 3G72A 5P11A 4H3IA 5OZ8A 3QIHA 2ZJJA 2APRA 4TVHA 1A30A 5P4VA 1APTE 5P8UA 4YD6A 4DJYA 4Y43A 2I0DA 1GVUA 4LXKA 5OZ0A 5UPJA 3NR6A 4Y4UA 1ZAPA 2UPJA 5P4MA 5P8IA 3T7QA 4EXHA 1W51A 3EKXA 4FRJA 4Y39A 5DGWA 5P5LA 4ACUA 3A2OA 2I0AA 2IKOA 2ZDZA 3D3TA 3N3IA 4OBZA 1RQ9A 3N4LA 2WECA 5P8VA 2G27A 5P7LA 3RSXA 4GZFA 1QS8A 1K6PA 4DJUA 3T7XA 3O9BA 1W5XA 3UDPA 5P5VA 1BIMA 4Y5CA 4D83A 2AOEA 3BUGA 5P6EA 3HAUA 3NWXA 3PSUA 1DW6C 5P2IA 5P57A 4B0QA 5P8MA 1HVKA 4EJKA 4OBGA 3SKGA 4GJ6A 3GGVA 1K1UA 2ZJHA 3OU4B 3B80A 4AMTA 1BDQA 4TRWA 5P8QA 4QGIA 5P1WA 5P1LA 4LC7A 4KB9A 2ASIA 1T7KA 1GVXA 1EAGA 5P72A 5P23A 4ACXA 3PHVA 3KA2A 4DVFA 3JVYA 4IVTA 4ZSRA 4JOOA 1IVQA 3BVBA 5P40A 5P5GA 1A94A 3KT2A 5P5WA 2IKUA 4FS4A 2JJJA 2Z54A 5P4BA 2QD7A 1Q9PA 5I3XA 4N00A 4U7QA 3RTNA 5P3FA 1XL5A 1RV7A 1E80E 3QROA 3QP0A 4GJCA 1Z1HA 1K6CA 3KF0A 5P6DA 2VNMA 1HVSA 4JP9A 5P8DA 1YTJA 4Y5GA 1HVJA 1MTRA 3OOZA 5DGUA 4Y54A 5P7JA 5P5QA 1FQXA 1HTEA 3TPLA 5P5IA 5HU1A 1NSOA 4Q1XA 5COKA 5P2BA 3GGXA 5C9BA 4F75A 3PEPA 3UFNA 5P0CA 3PB5A 5OZJA 3UF3A 1MRXA 5HU0A 1PSAA 1W5VA 3S7LA 1SMEA 4Y4BA 4LP9A 3WSJA 5AH6A 5P3GA 5P04A 4F76A 3UDRA 3OOTA 3S53A 2WF1A 5P4SA 3JW2A 2AODA 4HDPA 1TQFA 3ZKMA 3OHFA 5P15A 3QRSA 3EM3A 5P8CA 2F3KA 2HC0A 4B1EA 5SXNA 5P27A 1DIFA 2G94A 3L58A 3AUPA 5P20A 5P8KA 3NXNA 3O9HA 5P83A 5HCOA 4OBDA 4FRIA 5OZ9A 5P50A 3VSWA 3S8IA 2RSPA 4FGXA 5P19A 2PQZA 2BPXA 3C9XA 3O9CA 5P7TA 4FL8A 4KUPA 3MWSA 3INDA 3OXXA 5P8EA 4ER4E 1ZSFA 5OYUA 1MVPA 1XDHA 1SP5A 4OBHA 2PYNA 4FAFA 5I3WA 4EYRA 4B05A 4FM7A 5P2OA 2Q5KA 3PMYA 4DJRA 1F7AA 5IVTA 5P09A 1YTHA 2BJUA 4H3FA 3DJKA 5OZLA 2R8NA 5I70A 5OZ5A 5P3BA 5DQ2A 4DH6A 3QAAA 5P3YA 4DUSA 3TLHA 1J71A 4RVJA 5IVRA 5P3JA 2VJ7A 2ZHTA 2G26A 4R8YA 2ZJNA 5P0VA 4NJSA 2VA6A 1G2KA 4BFDA 4L1AB 3EXOA 5P5UA 3KFSA 4DQGA 2R38A 5HE7A 5TOLA 3QBFA 4Y35A 2G1NA 1CMSA 5P02A 1KJGA 4EJLA 2OHTA 2WF4A 3SA8A 4WY6A 5P53A 1B5FA 5P5SA 3OXCA 3D20A 3OQKA 5P44A 5P6SA 5P6VA 3DM6A 3KN0A 1HRNA 4DQHA 5P1ZA 4OBFA 2QNNA 3LPIA 4I0IA 2Q15A 1YT9A 1PROA 2FGVA 3ZKGA 3BRAA 1E82E 5P60A 5P6OA 2IGYA 3BGCA 3TKGA 1FLHA 2AOHA 3L38A 3MSLA 2JE4A 3IXOA 1UH9A 3IN3A 2XFIA 1EPME 4QJ6A 1DMPA 4WY1A 3LITA 1FIVA 4I0FA 1MPPA 2BPWA 5P5ZA 1NPVA 3NU9A 5DR0A 3L5CA 5P62A 5P78A 5P8JA 5P56A 5P86A 3OUBA 3ZPTA 4FAEA 5P5EA 3ER5E 3OU3A 2CEJA 5AH9A 3SLZA 5P00A 2OHRA 2G21A 5P77A 2UY0A 4J54A 5P3PA 5P6CA 2QK5A 1G35A 5P3OA 4QJ2A 4XXSA 4B1CA 5OZCA 2AIDA 5P2KA 4JPEA 5P6QA 3QN8A 1PFZA 3L59A 3O9GA 5P7FA 5P6PA 4X2LA 4I0JA 5P8RA 2O40A 4F74A 2WEZA 5AHAA 5P3VA 5HE5A 3O99A 5OZSA 5IE1A 4Q1NA 5P1CA 2VJ9A 5P2XA 5OZKA 5P7BA 5P58A 3SABA 3BGBA 3OQFA 3UTLA 2SAMA 4KE1A 3H0BA 1U8GA 5P8LA 3KYRA 4HVPA 2QU3A 4RGHA 5P0OA 6UPJA 4YCYA 4Y6MA 1ZBGA 2P4JA 2FDDA 2V0ZC 4RYGA 3VSXA 3T7PA 5P3KA 5P2FA 5P7MA 4ZSMA 3JVWA 5P76A 5EZXA 3PBZA 1YTIA 1GNNA 1LF2A 5P12A 5KOQA 5OZHA 5P6JA 4YOAA 2G1OA 1HTGA 2RMPA 3NUOA 1TCWA 5OYQA 3OUDB 1QDMA 2F3EA 2AVVA 3HD8A 5COOA 2Q55A 1RL8A 5P81A 5P36A 1BDRA 2QZWA 3FSMA 5COPA 3Q5HA 3FIVA 4GJ8A 3VF3A 3BXSA 1C6ZA 5P4IA 3PWMA 4DQEA 3K5GA 5P0YA 2PMAA 5P0AA 1EPRE 4COEA 2FNTA 2QD6A 3KDDA 2OAHA 2WHHA 3Q4BA 4FLGA 4ZEAA 4RYCA 1HXBA 2QMDA 2ER6E 3ZKQA 3APPA 1HBVA 1AZ5A 4GJ9A 1A9MA 2J9JB 4AA8A 4ZLSA 5FIVA 5P0XA 2AOIA 3K5FA 4I1CA 4L7HA 5P22A 1D4IA 1META 3SA7A 4HLAA 2VJ6A 5P4NA 4A6BA 4RCEA 5P10A 2QAKA 2FXEA 5P0BA 1UH7A 5JFPA 4GB2A 1FG6C 2AVQA 5P3QA 1EBKC 3PM4A 1ODYA 2QU2A 1MERA 5P8BA 5DQ5A 3IVHA 4PZWA 5P7UA 3HVGA 5JFUA 3NU6A 1VIKA 1HPXA 5OZAA 1QBRA 5P0IA 5P14A 2I4UA 5OZGA 3U7SA 1WKRA 2OHQA 2HB2A 5P3WA 1HOSA 4K9HA 5P0WA 5KQXA 3D1XA 4NJUA 5P5JA 1BAIA 5DQCA 1MESA 1CPIA 2B7ZA 4J1EA 5P2LA 5P63A 3PSGA 2VIEA 3UFLA 1UH8A 1MUIA 3WB5A 5P0SA 2IRZA 1K2CA 3OU1A 4I10A 5P8FA 1HHPA 5OZRA 1ZTZA 2QD8A 2ZHUA 6FIVA 4S1GA 1WBMA 3MXEA 5P1NA 1BVGA 3ZOVA 4L7JA 2G24A 1NPWA 2B42A 2B8LA 4I8ZA 3SM2A 4GYEA 2P3CA 2P3AA 1EPNE 4PZXA 5P49A 2Q11A 1FMUA 4HA5A 5KR0A 4DPFA 2VNNA 5P0JA 2IEOA 5P0MA 5P0TA 1GVWA 3QRMA 4B77A 4Y37A 4YCTA 5P7DA 5P1HA 4XKXA 5JODA 5OZEA 5P2QA 3T3CA 5P7EA 3EL5A 2QZKA 5OZFA 1GNOA 3TPJA 5P1QA 3UPJA 2PC0A 5P46A 4Z2ZA 5P1EA 5KQYA 1HVCA 4DJOA 4Y4XA 1W5YA 4DJWA 4GIDA 3SO9A 1ZP8A 2XFJA 4LHHA 5P3MA 2CENA 2P3DA 5P7SA 3LZVA 2WF0A 5P18A 5P32A 3TOFA 3SACA 4EWOA 3GW5A 5P2UA 3OGPA 5P5RA 5P3AA 5P8NA 5DR3A 2NNKA 4WTUA 4Y3ZA 5KQZA 3UDHA 1ZLFA 3L3AA 5ISJA 5P42A 1IZHA 3TPRA 3TNEA 4K8SA 1EC3A 4I8WA 4DFGA 2QMFA 4Y3XA 2AZCA 3SQFA 4AA9A 3KDBA 5OYTA 5KR1A 2I4VA 4PHVA 5P4LA 4BEKA 1FFFC 4NJTA 4B00A 2V12C 1ZPAA 3O9IA 3L5EA 1T6EX 3I7EA 3BVAA 3L5BA 5OYSA 2QNPA 2OHMA 3OXVA 2O4KA 2AOJA 3INHA 1YM2A 1XN2A 3VV7A 2IENA 3WZ7A 2HPEA 2R9BA 3KDCA 3S2OA 2G1SA 5P1YA 5P75A 4HEGA 4EQ0A 5P7CA 1XE6A 5P48A 1FMBA 2G1RA 5T4SA 1EC1A 1T6GA 1IBQA 3Q6YA 4Y4AA 1SIPA 5I3YA 5P0KA 5P4FA 3DUYA 5P2GA 3OU4A 3IN4A 1HTFA 4DI2A 4RRSA 5P73A 5P54A 3TOHA 1ODXA 3VYEA 4J5JA 4NPTA 4J0ZA 2OHSA 2XFKA 3S45A 5P84A 5P89A 3CKRA 5ENKA 3EKYA 5P79A 4K4RA 5P7YA 3UQUA 5HDVA 1HPVA 1BDLA 2NTRA 5P2WA 3EL1A 1EPOE 1K2BA 2FS4A 5P80A 2V00A 5P8OA 1D4JA 2BKSA 4GJ7A 1C6YA 1UPJA 2Q54A 1KJFA 2CEMA 4Y5NA 4Y4ZA 5P5YA 4Y5AA 3LIXA 3VFAA 1SDUA 2BQVA 1DAZC 1D4HA 1HPOA 2OHLA 1BXQA 4Y5PA 4Y3AA 3CICA 3SA9A 2QP8A 4YDFA 1TW7A 4Y3WA 5PEPA 4ZSQA 1D4KA 2P8HA 2WEBA 1SGUA 2R5PA 2R3WA 5P6NA 5P6FA 5IS4A 3PVKA 4H3JA 3ZLQA 5P3IA 3G6ZA 5P7GA 3UQXA 3MXDA 5P4TA 5P0GA 3R0YA 5KR2A 3OTSA 4YHQA 5P3ZA 2QHCA 5P1RA 3LZYA 3I6OA 3R4BA 3ECGA 4J1KA 4CPQA 1SIVA 1IDAA 4RZ1A 5P0LA 3ZPSA 8HVPA 1W50A 4Y44A 4IVSA 2PK6A 4CKUA 3EKVA 1IDBA 4Y3NA 5P2VA 2IDWA 3DK1A 3EKTA 5P4AA 1EPLE 1DPJA 5P2RA 5P8HA 3RTMA 4K4PA 5P24A 5P6XA 3MSKA 7HVPA 5P4YA 5P4QA 3GI4A 4YDGA 3PGIA 5P8GA 5P07A 1MEUA 1A8KA 1QBUA 1WBKA 4LL3A 5P5AA 1C70A 2QI3A 2NXDA 2QI6A 4Y48A 3WB4A 1TCXA 3QI1A 2Z4OA 5P88A 5P1SA 2JXRA 3SM1A 2NPHA 5P6RA 5P6UA 3IXJA 5P3DA 4R95A 2OHKA 5P7QA 3O9LB 5P5OA 4Y3FA 4YCKA 5P5PA 4OBKA 5P3NA 5HE4A 1BV9A 5P4KA 4AUCA 3CYWA 5OZIA 3NDXA 4J1HA 3HZCA 2Q3KA 3NDWA 3NU5A 3IAWA 2HB3A 2HB4A 3T6IA 2WF3A 1LYWB 1AVFA 3OQDA 4M8XA 4RLDA 3I8WA 4CPRA 3ER3E 4RVXA 5P65A 1MRWA 4LAPA 5AH7A 1K1TA 5OZDA 4Y4TA 2AZ9A 4CPXA 5P31A 3D1YA 4R92A 4A6CA 4XX3A 4Z22A 4APEA 5P70A 4HE9A 5P82A 5P43A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4U A;  3PMU A;  5P2C A;  5P5F A;  1PSN A;  1EED P;  9HVP A;  4E43 A;  1LF3 A;  5P0F A;  3PI5 A;  1TSQ A;  5J25 A;  5P6H A;  2F3F A;  3CKP A;  3MSJ A;  3URJ A;  3APR E;  2AVS A;  4Y9W A;  5P7N A;  1APW E;  4Y3S A;  5P1D A;  5P5C A;  1PSO E;  4A4Q A;  2WED A;  5OZV A;  5P13 A;  2I4D A;  3PJ6 A;  4Y51 A;  3DCR A;  5P85 A;  2JJI A;  4DJV A;  3CIB A;  3O9E A;  3OTY A;  4D8C A;  1FG8 C;  5P47 A;  2PWC A;  3S43 A;  1EBY A;  3LZU A;  4J1C A;  2QCI A;  2V16 C;  4FM6 A;  4DJP A;  2ZJI A;  3K4V A;  3PBD A;  3SA5 A;  2ZJL A;  2ER0 E;  5P55 A;  5ER1 E;  4GJA A;  5OYY A;  1IZD A;  2BKT A;  5P4P A;  5P2H A;  4MC6 A;  3SA6 A;  5P1M A;  3VG1 A;  2WJO A;  5EZZ A;  1SH9 A;  3HW1 A;  2PWR A;  1GVV A;  3NSH A;  4J0P A;  4DJQ A;  4YD4 A;  4XX4 A;  1B6M A;  3PI0 A;  1HVL A;  4UPJ A;  5P1I A;  2PYM A;  3DOX A;  4Y53 A;  4QJ7 A;  4APR E;  1D4Y A;  1APV E;  3BUF A;  4R93 A;  4KE0 A;  5P3L A;  3LPK A;  3BUH A;  1PPM E;  5OZ1 A;  2A1E A;  2FMB A;  1BWB A;  4Y3R A;  1BV7 A;  2ER9 E;  1G0V A;  2PH8 A;  4MC9 A;  3BHE A; 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 1YTH A;  2BJU A;  4H3F A;  3DJK A;  5OZL A;  2R8N A;  5I70 A;  5OZ5 A;  5P3B A;  5DQ2 A;  4DH6 A;  3QAA A;  5P3Y A;  4DUS A;  3TLH A;  1J71 A;  4RVJ A;  5IVR A;  5P3J A;  2VJ7 A;  2ZHT A;  2G26 A;  4R8Y A;  2ZJN A;  5P0V A;  4NJS A;  2VA6 A;  1G2K A;  4BFD A;  4L1A B;  3EXO A;  5P5U A;  3KFS A;  4DQG A;  2R38 A;  5HE7 A;  5TOL A;  3QBF A;  4Y35 A;  2G1N A;  1CMS A;  5P02 A;  1KJG A;  4EJL A;  2OHT A;  2WF4 A;  3SA8 A;  4WY6 A;  5P53 A;  1B5F A;  5P5S A;  3OXC A;  3D20 A;  3OQK A;  5P44 A;  5P6S A;  5P6V A;  3DM6 A;  3KN0 A;  1HRN A;  4DQH A;  5P1Z A;  4OBF A;  2QNN A;  3LPI A;  4I0I A;  2Q15 A;  1YT9 A;  1PRO A;  2FGV A;  3ZKG A;  3BRA A;  1E82 E;  5P60 A;  5P6O A;  2IGY A;  3BGC A;  3TKG A;  1FLH A;  2AOH A;  3L38 A;  3MSL A;  2JE4 A;  3IXO A;  1UH9 A;  3IN3 A;  2XFI A;  1EPM E;  4QJ6 A;  1DMP A;  4WY1 A;  3LIT A;  1FIV A;  4I0F A;  1MPP A;  2BPW A;  5P5Z A;  1NPV A;  3NU9 A;  5DR0 A;  3L5C A;  5P62 A;  5P78 A;  5P8J A;  5P56 A;  5P86 A;  3OUB A;  3ZPT A;  4FAE A;  5P5E A;  3ER5 E;  3OU3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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