2FDEA

Wild type hiv protease bound with gw0385
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Ultra-potent P1 modified arylsulfonamide HIV protease inhibitors: The discovery of GW0385.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fdeA00
1ER8E 3PLLA 2Q15A 5DR1A 5P8SA 2JJJA 3BRAA 5DQ4A 1PPLE 4QJ9A 4HDPA 2PK6A 1IDAA 3GGAA 3PSGA 4BFDA 1F34A 4F75A 4CPQA 2WEBA 3EBZA 5SZ9A 4AA9A 3OUCA 3LIZA 5P6HA 4GYEA 3S2OA 4I12A 4JP9A 2PYMA 5P2MA 3IN4A 4FM7A 3PVKA 5P0IA 5HU0A 2WEDA 5AH6A 3M9FA 1GNMA 1ZPAA 4A6BA 3EMYA 1ME6A 3UTLA 5P3WA 2FGVA 3LZSA 4PZWA 3O9DA 5P8EA 5C9BA 4CPRA 1FIVA 4YDFA 5OZDA 3NU3A 3IGBA 3KN0A 2FXEA 3QN8A 3VYEA 4OBFA 3D1XA 4Y3TA 2P3AA 3QIHA 4N00A 5P0AA 4L6BA 4Y5AA 5P15A 1TSQA 5EZXA 4FM6A 2AOHA 1D4JA 1HXBA 5P30A 2ZHRA 1D4IA 4GJBA 4YCKA 4Y4GA 2JJIA 1W5XA 3GGXA 4CPSA 4I0FA 4H3FA 4Y51A 5P3IA 5P3EA 2FNSA 4Y50A 3HVPA 5P7GA 5P32A 2NTRA 3HD8A 3KDCA 4APEA 3OXXA 4A4QA 3INDA 5P6RA 5HCOA 2V12C 4GJ9A 4GJ6A 1AJXA 3GW5A 2EWYA 4HZTA 1HTEA 4YBFA 4YDGA 1BDQA 1C70A 4GJ5A 3LPJA 5P3OA 5OZWA 3TKGA 4PEPA 5P3KA 2R43A 5P3JA 3EM4A 1EPRE 3R4BA 1LF2A 3LNKA 1SGZA 3GGVA 1HEFE 5P0NA 1IZDA 5OZ9A 4OC6A 4Y47A 3ER5E 4ACXA 5P82A 3O9LA 3ZKMA 4HE9A 1XL5A 1VIJA 1RPIA 3BVBA 1QBRA 5P00A 4ZIPA 2VA5A 3PMUA 2AIDA 3UDHA 4DJYA 2R3TA 5E5KA 1MRWA 5P2BA 2ZJKA 4Y54A 2A4FA 5HE7A 5P2AA 1KJ4A 2FDEA 4J0TA 5ER2E 2P3DA 1B6LA 5P0ZA 2HPFA 4FAFA 3I25A 2P3CA 4Y4BA 5P49A 5P8JA 2BPXA 3Q70A 3G72A 2FMBA 2AVQA 2ZJLA 4TRZA 4RVIA 4FGXA 4B70A 5P2EA 4LHHA 4LBTA 2QI4A 4DJWA 1TCWA 5P26A 4X2LA 3VYDA 5P3AA 3SA9A 5OZSA 3NUOA 3PRSA 1HIIA 4TRYA 4R95A 4EYRA 1W5VA 3VSXA 3OU4A 3PWWA 2OF0A 5P06A 4QJ7A 5P6VA 4B1CA 1DW6C 2OHUA 1EBWA 2ZGAA 3OXWA 4OD9B 2AOEA 1BVGA 4LAPA 2ANLA 3SA4A 3RSVA 5P31A 3JVWA 4JPCA 4Y3SA 4L1AA 3ZLQA 4RROA 3QBFA 5C9DA 5P1GA 4L7GA 2Z4OA 3OOTA 4Y41A 6UPJA 5P1UA 3JVYA 4I11A 3OUDA 2J9KA 5P74A 3VUCA 2P4JA 1D4HA 3OQAA 4DQGA 5P1RA 3EKQA 5P3FA 5P4DA 3T7PA 1AVFA 5P6CA 4EWOA 4Y4JA 4GB2A 5DQ5A 1AM5A 3CKPA 1IVQA 1XN2A 4I0GA 5IVSA 3SA3A 5P41A 1MPPA 4RYGA 3UFLA 5P4LA 4B00A 3FX5A 5HDZA 3T3CA 1W5WA 5P05A 3PJ6A 5BWYA 4OBJA 2PYNA 1Z1RA 1RV7A 4OBDA 4DQEA 4Y3RA 3NWXA 1E5OE 3LPKA 1SH9A 4FAEA 1B5FA 4GJAA 3T11A 5OZIA 4DJRA 1BWBA 2P3BA 3VV7A 1GNOA 4YCTA 1KJGA 3UFNA 2WHHA 3QROA 3VLBA 5P1DA 2Z54A 4I10A 1OD1A 3D20A 5OZRA 4DPFA 3O9CA 4YOBA 5P1HA 4KE0A 1HPOA 4K4QA 4Q1NA 4Y4DA 5T4SA 3QBHA 1EC1A 3K4VC 4H3IA 4HA5A 2G20A 3NWQA 5I3WA 4OC6B 3L59A 3VF5A 2FDPA 1YX9A 5P7CA 1C6ZA 1XE5A 2ZE1A 3EKYA 5P07A 5KOSA 5P38A 3HLOA 2FGUA 5P0KA 5P7QA 4J0YA 4CPXA 5DQ1A 3UDYA 5P6WA 1HIHA 3GI4A 4LC7A 3U71A 5P59A 3LZYA 3GI6A 5P7OA 1XN3A 5P3YA 2QD7A 5P18A 2G1OA 3UQUA 2PWRA 2UPJA 3URIA 4MC2A 4J5JA 4TRWA 2PH8A 4FCOA 1FEJC 4R93A 3KFPA 1MTBA 3ZKSA 1TW7A 1UH7A 3PI0A 5OZQA 5P5YA 5P5TA 5I3VA 4DJXA 3NXNA 3VF3A 5P6UA 1EBKC 3VF7A 2OHTA 3BUFA 4ZSPA 3SO9A 5PEPA 1A8GA 5P89A 3OU4B 1YM2A 3K5GA 1BXOA 5I70A 5KQYA 5P2GA 5P4XA 5P1VA 5ER1E 5P76A 1J71A 1HTRB 2UXZA 1HIVA 2UY0A 1IIQA 9HVPA 4L1AB 4Y3JA 5P0BA 4FLGA 5DR3A 4LXMA 4AMTA 5DPZA 4ER4E 5P1CA 3L5DA 5KQFA 5P3NA 2B7ZA 3PMYA 3S8IA 4U8WA 3MSJA 2IENA 4AZYA 4Y3DA 3UPJA 5P01A 2I0AA 5OYXA 2ER9E 5P0OA 3RVIA 4K8SA 5OZ1A 1YTGA 2O4SA 5P04A 5P7UA 1BVEA 1EPNE 1GVVA 4HVPA 1SDVA 2Q5KA 5P8MA 3APPA 3RSXA 5P2OA 5ENMA 5P4PA 5IVRA 1PSOE 5P5KA 3OU3A 3OAGB 3ZKIA 4Y43A 4YBIA 2JXRA 2VNNA 5P6SA 3TPLA 5OZBA 4F74A 1B5FB 1PPKE 5P0RA 5P4VA 4NJVA 5P6FA 5P6MA 2PC0A 4M8YA 1B11A 3NDTA 4XXSA 5P0HA 1PFZA 3OXCA 5P86A 2OHQA 4BEKA 3UDPA 5C9FA 2B8LA 5P0MA 3WB5A 5AH7A 3INEA 5P28A 5P4TA 3QVCA 2VKMA 1LYAA 5P2HA 5P1EA 5P7IA 3ZL7A 3OTYA 3KFNA 3PSYA 2IGXA 4Y4EA 5P58A 4JOOA 5P85A 2VJ6A 3DV1A 3F9QA 2NNKA 5P73A 5P4MA 5P68A 4Y3HA 5P7DA 4DPIA 1HEGE 4Y5PA 5P0VA 5P1BA 5P4FA 4Y3XA 5HDVA 1BBSA 5P2DA 5KR2A 4NPTA 4Y56A 2VIZA 1ENTE 3JW2A 1C6YA 4EP2A 1UPJA 4RRNA 2QMFA 4WY6A 4Z4XA 1IZEA 5P7XA 1FGCC 5HDXA 3EKPA 7UPJA 4DFGA 3C9XA 1BDRA 2XFKA 5P5VA 4JPEA 5P55A 2BKTA 4XX3A 2QNNA 3L5BA 5P5QA 4U7QA 4DV9A 1K1UA 2NMYA 5P40A 4GJ8A 2VIJA 3KDDA 3APRE 2QI3A 5P7TA 1LV1A 2AOFA 4ZSRA 3IA9A 3INHA 5P4RA 2F3EA 3IN3A 1SDTA 3FKTA 5P47A 5P79A 5OZOA 2OHNA 3CMSA 5E5JA 4K4PA 4F76A 5I3YA 3G6ZA 5P2LA 1W50A 3GI0A 3KT5A 3O9EA 5P2KA 5P75A 5P1TA 2R38A 2I4UA 5P5NA 2QI0A 1T7JA 1SMEA 3DOXA 1MT7A 5P5GA 3FIVA 4FIVA 4Y53A 1EBYA 3NYGA 1WBMA 3LIYA 5P7FA 4HDFA 5P10A 1M43A 4L7HA 3KM4A 4KUPA 2BQVA 3TKWA 2QMGA 5KR1A 3TTPA 3S54A 5OYTA 2BB9A 5P5HA 4QLHA 1K2CA 5P8VA 3SM1A 2G27A 1YM4A 1EPOE 1PROA 2APRA 4OD9A 5P0TA 1T7IA 2O4NA 4Y57A 3UDMA 5P1OA 2PSUA 3Q4BA 2AQUA 4CKUA 4Q1WA 3D1ZA 5KQZA 5HD0A 3HW1A 1AZ5A 2IKUA 5P29A 4AA8A 3L38A 2AVMA 3MSLA 2FNTA 4FM8A 3HBOA 5P5FA 4DJVA 1SIVA 3A2OA 5P8PA 5P4AA 3URLA 1FMBA 2Q63A 1Q9PA 5OZJA 1IZHA 2ZHTA 2QMPA 5P5IA 1LYAB 2VJ9A 2PSVA 5P16A 3G70A 1MSMA 1W6HA 5JG1A 2RKGA 2AZ8A 2QI1A 1B6PA 1ZSFA 5DR0A 5P1WA 4ZSMA 3R2FA 5SY2A 5P72A 2OHRA 1YG9A 4Y3MA 2G24A 2I4QA 4ZPFA 5EZZA 2R3WA 2XYEA 4Y48A 3T7QA 2RENA 4BELA 5P4YA 5P03A 3SM2A 1MVPA 2PH6A 2CEJA 3OHFA 1A8KA 3D3TA 3EL4A 5P52A 5DR7A 5P37A 5P6GA 1IZIA 2G1YA 2HS2A 4ACUA 1QDMA 3NUJA 4CPUA 4Y4TA 6FIVA 2QHCA 4D89A 1G0VA 1F7AA 4PPHA 2QNQA 5P5EA 5P0EA 3UHLA 1E80E 3EKTA 1LF3A 1SGUA 1BXQA 4YOAA 2AOIA 3NSHA 3UQRA 2V13A 1M0BA 5P02A 5P3BA 3QRVA 3SKFA 5F00A 5OZTA 3MWSA 3LPIA 1YTJA 2F81A 3QPJA 1HPSA 3Q5HA 3FV3A 1ZAPA 1FQXA 4Y5BA 5SY3A 3IVIA 3O9HA 2FS4A 3IXJA 5P3MA 3VV8A 3KDBA 5P7MA 2ZHSA 5IVQA 1E81E 3VEUA 5P80A 5P7ZA 1LYWB 5OZ5A 2R5PA 5KQXA 8HVPA 5P8CA 4Z50A 4B0QA 4Y38A 5P66A 4EP3A 4BFBA 2QU3A 5DGUA 5P81A 3O9AA 3BHEA 2G26A 1HSGA 4Y45A 3WZ6A 3K4VA 2SAMA 5DQCA 5F01A 5P0WA 5P3RA 4B1EA 3KMYA 2P83A 4Y3LA 5P7HA 5P2JA 5P78A 1APVE 5P1ZA 1HVLA 1W5YA 4S1GA 5P23A 3N3IA 2R8NA 5P67A 5P2WA 1HPXA 1HTGA 1OEXA 5P2QA 2R5QA 5P6DA 3SQFA 4DVFA 4D83A 3S43A 2HIZA 2QMDA 1T3RA 5OZZA 3MXEA 5P1IA 3HDKA 3EM6A 5HDUA 3QRSA 3PI5A 2XYFA 5P2RA 2NXMA 1ODWA 5P1YA 3SA6A 5P5SA 2NR6A 3VV6A 4B77A 2V00A 5P3GA 1E82E 4I8ZA 4FL8A 3INFA 1W6IA 2F3FA 3QVIA 5P3SA 3OAGA 4QJ6A 3OGQA 2V11C 2ZJMA 5P7WA 4YE3A 5P7NA 5P4HA 3CIBA 2IEOA 1BV9A 4DQBA 3LIXA 5OZCA 5P11A 3SPKA 4DH6A 5P5WA 4Y3ZA 1AXAA 5HTZA 5P56A 4YCYA 1T7KA 1FFFC 5OYVA 5P6PA 4OBZB 4Y9WA 4GMIA 1BWAA 5P2VA 2AZBA 6APRE 3OOZA 3PBZA 3NU9A 2P8HA 1MUIA 3OU1B 1HHPA 2OHKA 3UF3A 5P2ZA 5P0GA 4Y4ZA 2VJ7A 4Y35A 2NNPA 4Y4AA 5OZ2A 1SBGA 2HS1A 2WF4A 4J0VA 3IAWA 3NLSA 3KA2A 2B7FA 2ZJIA 2B60A 4MC9A 4YHQA 3FNUA 2R9BA 5ISJA 5P20A 3R0YA 1EC3A 5AHBA 2I1AA 2WF0A 1NPWA 5P44A 1D4YA 5P6BA 5DGWA 3WZ7A 3I2LA 2G1RA 4H3GA 4I0DA 5P1PA 4CPWA 1ZJ7A 3KFSA 5BRYA 5P5PA 4GJDA 3WB4A 2I4VA 1VIKA 4RRSA 3H5BA 4Y4UA 4DJQA 5P1KA 4RZ1A 5P0PA 4PYVA 5APRE 5P4BA 5P4ZA 5AHAA 3DJKA 3OQDA 4J1CA 1APUE 5P8AA 5IVTA 5P4CA 1YTHA 5OZEA 1HPVA 3PBDA 1HRNA 2CEMA 5TOLA 1APTE 3VFAA 3L5FA 3D91A 4LP9A 5P35A 5P5CA 3OHHA 1FB7A 3S85A 3LZUA 5HU1A 3RTNA 3ZPSA 5P39A 5P7AA 4HEGA 4B72A 4JECA 5P2CA 5KR8A 5P53A 5P45A 3S43B 3UDJA 2H6TA 5OZ4A 5P4GA 5P14A 5P12A 4B05A 4CPTA 2O4KA 2HB2A 3MXDA 4Y5CA 5P65A 4HDBA 1GVXA 3SAAA 2HAHA 4UPJA 5OYYA 5P4NA 1ODYA 5P77A 5P6YA 1FQ5A 1XDHA 1MESA 2NMZA 3NU5A 4LL3A 1HOSA 3GGUA 1B6JA 3OGPA 5P1MA 2F80A 5OYSA 1GVTA 4Y3FA 1FG8C 5HE4A 1FLHA 2AOJA 1K6TA 3B7VA 1FF0C 3QS1A 5P8QA 3S56A 5P6JA 2OHMA 3OXVA 1RL8A 3SA8A 1EPLE 3PWRA 5OYQA 1HBVA 5P6QA 5P4QA 5P0LA 2I4DA 1ZP8A 2QHYA 5OZLA 1FQ7A 1HTFA 4APRE 1AIDA 4E43A 4Z2ZA 2NXLA 4MC1A 5OZUA 4CP7A 3SA5A 1LYBA 2QI7A 3HVGA 3CKRA 5P2FA 3I7EA 5P54A 2VS2A 4Q1YA 3EKXA 3UDNA 5P88A 3ECGA 3UQWA 1FQ8A 1SIPA 3O9FA 4H1EA 5J25A 5P3LA 3ZKXA 2G22A 5P7KA 2ZJJA 3CYXA 5P24A 2QP8A 3L5EA 1GVWA 3LINA 4J1EA 5JFUA 3B80A 3QI1A 3EL9A 4Y36A 5P08A 5HCTA 3GI5A 2NPHA 5P69A 2PSGA 5P70A 1FMUA 3ZKQA 3KYRA 2H6SA 4Y5EA 2MIPA 2BPZA 2G1NA 2Q54A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ER8 E;  3PLL A;  2Q15 A;  5DR1 A;  5P8S A;  2JJJ A;  3BRA A;  5DQ4 A;  1PPL E;  4QJ9 A;  4HDP A;  2PK6 A;  1IDA A;  3GGA A;  3PSG A;  4BFD A;  1F34 A;  4F75 A;  4CPQ A;  2WEB A;  3EBZ A;  5SZ9 A;  4AA9 A;  3OUC A;  3LIZ A;  5P6H A;  4GYE A;  3S2O A;  4I12 A;  4JP9 A;  2PYM A;  5P2M A;  3IN4 A;  4FM7 A;  3PVK A;  5P0I A;  5HU0 A;  2WED A;  5AH6 A;  3M9F A;  1GNM A;  1ZPA A;  4A6B A;  3EMY A;  1ME6 A;  3UTL A;  5P3W A;  2FGV A;  3LZS A;  4PZW A;  3O9D A;  5P8E A;  5C9B A;  4CPR A;  1FIV A;  4YDF A;  5OZD A;  3NU3 A;  3IGB A;  3KN0 A;  2FXE A;  3QN8 A;  3VYE A;  4OBF A;  3D1X A;  4Y3T A;  2P3A A;  3QIH A;  4N00 A;  5P0A A;  4L6B A;  4Y5A A;  5P15 A;  1TSQ A;  5EZX A;  4FM6 A;  2AOH A;  1D4J A;  1HXB A;  5P30 A;  2ZHR A;  1D4I A;  4GJB A;  4YCK A;  4Y4G A;  2JJI A;  1W5X A;  3GGX A;  4CPS A;  4I0F A;  4H3F A;  4Y51 A;  5P3I A;  5P3E A;  2FNS A;  4Y50 A;  3HVP A;  5P7G A;  5P32 A;  2NTR A;  3HD8 A;  3KDC A;  4APE A;  3OXX A;  4A4Q A;  3IND A;  5P6R A;  5HCO A;  2V12 C;  4GJ9 A;  4GJ6 A;  1AJX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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