2FGUA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease t80s variant in complex with the inhibitor saquinavir used to explore the role of invariant thr80 in hiv-1 protease structure, function, and viral infectivity.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPSPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of invariant Thr80 in human immunodeficiency virus type 1 protease structure, function, and viral infectivity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fguA00
4YD3A 5P58A 3OQ7A 1YM4A 4B77A 2NNPA 4ZPGA 3UCBA 5OZOA 4DJXA 1YTHA 4RROA 1ZSRA 3PSYA 4YOAA 3S7MA 2IQGA 1GVUA 4J1KA 3TLHA 1EBYA 1BWBA 4GIDA 2ZHTA 5P85A 5EZXA 3HVPA 1MSMA 1PSAA 3LITA 4Y39A 2F8GA 4AUCA 1XN3A 5P7BA 1RNEA 4FM6A 1RQ9A 4HDPA 2IGYA 3L38A 2Q63A 4Y4AA 1AJVA 2PMAA 2FDDA 3VSWA 1E80E 3HW1A 5DR7A 5KOSA 5P5HA 2OHTA 5P05A 3O9BA 1BDQA 5P5OA 5P0SA 5P22A 4EPJA 1A8KA 5P0DA 3G6ZA 4R8YA 5P37A 5AHCA 3NU9A 5P62A 3NDWA 4FS4A 3MXEA 3S56A 5P3PA 4GJ6A 4Y3EA 4H3FA 5P5YA 1FG6C 4Y3GA 3KF0A 1SDUA 3INFA 5OYXA 5P0LA 3HAUA 5P3MA 3RU1A 4FSLA 5P08A 5P5UA 2R38A 4FIVA 2I4UA 4B1CA 1MPPA 3RTHA 1FQXA 5P3AA 3QI1A 3N4LA 1MRWA 3OQAA 1LYBB 3CKRA 4RRSA 5P0MA 5P2SA 5P8GA 1MSNA 4Q1NA 3TOGA 2QZKA 4EWOA 3EM6A 3QS1A 5DQCA 5P7YA 5P6CA 5HTZA 3EC0A 2QZXA 4X2LA 5P11A 3OU4B 3GI6A 1DPJA 4R93A 3GI4A 1HEGE 3CKTA 3JVYA 5OZYA 3UDYA 5P0TA 5P7RA 1HTRB 2PH8A 1SGUA 4GB2A 5P1IA 5P2GA 5P74A 5P68A 3NYGA 1B11A 3OUCA 3CICA 2QI6A 5DPZA 5P29A 3B80A 1HXBA 1DP5A 1HVHA 1RV7A 4Y47A 4BFDA 4LXMA 2VNMA 4J55A 1GNNA 1W6HA 4PHVA 3PI0A 4HVPA 2FIVA 1Z1RA 5P0AA 1TSQA 2PYMA 4GJAA 4Y5MA 5I3XA 3L5CA 3NSHA 4YD5A 2A4FA 2AOJA 3FNTA 4DJOA 2UY0A 5OZ7A 4J0PA 2APRA 1BDLA 3BVAA 3SA6A 3KDCA 5P7LA 3KT2A 3SO9A 2WF2A 5HE7A 2Z54A 2QHZA 5OZBA 1QDMA 4I12A 5P84A 5F00A 3T11A 5OZIA 5P5NA 2FGUA 3LPKA 4Y3FA 4Y57A 3ZL7A 2FGVA 2Q55A 5P8LA 3IXKA 5P46A 3DM6A 1BBSA 4MC1A 2G1YA 2ZHUA 1WBKA 1EPME 1FKNA 3OQKA 5P83A 5HE5A 5P4QA 3WZ6A 5I70A 2ER9E 5P6NA 3O9FA 2NR6A 2AZCA 3O9HA 4NPUA 4Y3RA 4RCDA 1K1UA 1EC1A 4YBFA 4J1HA 3HLOA 4YBIA 3UFNA 3ER5E 3SLZA 1LYBA 4FRIA 2I1AA 4AA9A 5HU0A 4JP9A 5P3DA 2V11C 3IA9A 4RGHA 1TCXA 3QP0A 5P5MA 3VV7A 3VSXA 5I3VA 4ER4E 1LZQA 3O9LB 2G1SA 1ME6A 5BWYA 4GJ8A 5P31A 3ZOVA 3OU4A 1HSHA 3PGIA 4BELA 3KFPA 1ZPKA 2P3DA 4HZTA 2BPVA 4RRNA 3URIA 1ENTE 2F3KA 5P14A 5HDUA 5OYUA 1HIHA 3SA3A 1LYAB 4ZIPA 2QHCA 3IVHA 5P8PA 3PEPA 5OZFA 3CKPA 1QS8A 3S8IA 1HPOA 2G94A 2XFKA 5P1OA 4QLHA 5JFPA 1MVPA 4AA8A 2HS2A 3TKGA 3U7SA 1HHPA 3PCZA 5P0KA 5P63A 2AOCA 4KE1A 4CKUA 4YDFA 1HPXA 1MT9A 3A2OA 2HC0A 3I25A 3BUGA 5P03A 5P4WA 5DR3A 4YD6A 5P2XA 1FMUA 3QAAA 4TVGA 3M9FA 5P6MA 3I8WA 3C9XA 5HCOA 5IE1A 3UDHA 1G0VA 1Z1HA 5P49A 4Y3QA 4DV9A 4YOBA 4Y50A 5P65A 5P6QA 3SA5A 1HPVA 4I0GA 6UPJA 4FE6A 5P5WA 4ACXA 3NU4A 1AVFA 1T6GA 1IBQA 2CENA 4IVTA 5APRE 4Y3TA 4L7HA 3UDQA 4K4RA 1D4HA 3OXWA 3IAWA 4RZ1A 4D88A 1LV1A 5P89A 5P8HA 2R5PA 3T7PA 2QNNA 3NWQA 1NPWA 3L58A 1ER8E 3L5FA 2I4VA 3KDBA 3NU6A 3OU3A 3OUBA 3S43A 2AVVA 5KQFA 3EM3A 1EPOE 2CEMA 5P7HA 2P4JA 3K4VA 3O9LA 5IVTA 1ZLFA 4DJWA 3JVWA 4YE3A 3O9AA 4Y3DA 5P2IA 4Y4EA 5P6EA 1OHRA 2HM1A 3SACA 3L59A 4FRSA 5C9FA 5P77A 4Y37A 4APRE 5P7AA 3INHA 3SA7A 5P7WA 5OZ6A 4J54A 4B1DA 5JFUA 1FQ4A 1YX9A 4Q1XA 3SQFA 2I0AA 1WBMA 3OXCA 1LYAA 1CZIE 4M8XA 5P6TA 5P17A 4YA8A 2J9KA 4Y5NA 4OBKA 2ZYEA 5P7GA 2OHRA 2EWYA 5P4ZA 5P7QA 1XDHA 1K1TA 5P15A 5P1XA 5P0PA 1K6PA 3DV1A 4J0ZA 3R1GB 1TQFA 4Y5LA 3LIXA 4Y43A 1ZPAA 4Y4DA 5DR8A 2OHSA 2ZJNA 5P5TA 2VA5A 3D1ZA 4FM7A 1T3RA 3NWXA 4H1EA 5P5ZA 2G24A 3TOFA 1KJFA 4D8CA 2PSGA 3OOZA 1BVEA 4KB9A 4PPHA 5P8TA 1SIVA 2IKUA 3RVIA 1BXQA 3WB4A 3D1YA 4BFBA 2O40A 3TL9A 3Q3TA 2NXLA 4AMTA 3VF5A 5P8QA 2ZJHA 1NPVA 4MC2A 4K8SA 2WEBA 3UDMA 1CPIA 1HEFE 1T7KA 4Y45A 5P1DA 4Q1WA 4EHCA 1WKRA 1ODWA 2QNQA 2VJ9A 4DQFA 4XX3A 5P2JA 5P8IA 3OWNA 3Q5HA 3TPRA 1SDTA 5P50A 4J0VA 4YCTA 5AH8A 2OHUA 4APEA 1MEUA 5IVSA 5P0RA 4GJ9A 3RTMA 5P73A 5P07A 3OGPA 1OD1A 1META 2BPWA 2WECA 4CPXA 4ZE6A 3S54A 3CYWA 5C9DA 3EKQA 2I4DA 5P55A 3MSLA 3OHHA 3QBHA 4RVXA 1D4SA 5OZMA 5P2LA 4DPFA 4LC7A 5P7IA 4DI2A 5P06A 3L3AA 5DQ2A 1YTJA 1NSOA 2QI3A 1KJ7A 3GGVA 4OBZB 5P5XA 4I8WA 3R4BA 3OXXA 1U8GA 1XE5A 1PPKE 5OZUA 2G27A 5AH9A 5P3GA 3I2LA 4YHQA 2V13A 3BXRA 2ZJIA 4DFGA 5P7MA 4WTUA 2HB4A 3NUJA 5P4HA 5OZNA 4I0IA 5P4PA 1GVVA 3KN0A 1AAQA 5P1VA 3SA8A 2WF1A 1HVLA 4Y4XA 5P6DA 3PLDA 4ZSQA 5OZGA 2HPEA 3IGBA 2SAMA 1W6IA 4FGXA 5P72A 2AVOA 5P7JA 5P1YA 2QMFA 1KJ4A 5P8VA 2AVMA 3LIQA 5P1EA 1EPQE 5OZ4A 3SA9A 3UDNA 4A6BA 5P4BA 1NH0A 1HVKA 1W5VA 1IZHA 1ODXA 3IN3A 4Y3SA 3BC4A 4PEPA 1AXAA 3R0WA 5P82A 2BKSA 5P6XA 5ENKA 2ZE1A 4ZSRA 3ST5A 2G22A 4JECA 2BJUA 3EKXA 4COEA 3LZUA 2AZBA 5P3OA 4ER1E 1FGCC 3K1WA 4CPSA 4GZFA 1AIDA 4YCKA 3NDTA 3NU3A 4YD7A 1W51A 5P6FA 1LYWB 4KE0A 6APRE 1APTE 2H6TA 4EYRA 3IXOA 5OZXA 3URLA 3VG1A 3QBFA 2PH6A 5P4VA 5P45A 2G69A 5FIVA 4WY1A 5OZSA 2R43A 2XFJA 5P52A 3INDA 4Q1YA 5P6UA 4I0HA 2ZJLA 4RCFA 1HOSA 1UH9A 1ZAPA 1HIVA 5P7PA 2A1EA 4Y36A 5P8JA 1QBTA 5P6IA 1E82E 2WEAA 1K2CA 4EP3A 4KUPA 4OBZA 3EKYA 4YDGA 1TZSA 5KR1A 5DGWA 3CIBA 3GGUA 4RVIA 5P0XA 4PZWA 4LP9A 3TPLA 1BWAA 5P41A 5C9BA 4QJAA 5HCTA 1FQ6A 2F3EA 5P40A 2I0DA 5P39A 1IZIA 2B7ZA 2RKFA 2FS4A 4HDFA 3UQRA 5P2HA 2IGXA 4I0FA 1GNOA 2BQVA 2VIZA 5P44A 5P51A 3OADB 5F01A 1D4IA 1EBZA 4L1AB 4DH6A 1LF3A 5ISJA 1EBKC 5P8OA 1B6LA 1BV7A 1K6CA 5P2DA 1QRPE 4GMIA 1EPRE 3AIDA 1AZ5A 5OZRA 5P1NA 5P0NA 3OHFA 3ZKGA 3ZKXA 5P4UA 5OZQA 4H3IA 3PCWA 5P8AA 2Q3KA 3DCRA 3QN8A 4DQHA 4CP7A 5OZ1A 4Y3PA 1MUIA 4Y58A 1JLDA 2NMZA 3UDKA 4Y5PA 5P5VA 1G6LA 1W50A 1IDBA 3KMYA 5AH6A 5P30A 2V00A 4QJ6A 2VA7A 1XL5A 3MWSA 5P28A 3URJA 5P5QA 3T7QA 1W5XA 3O9GA 3KM4A 2VIEA 2AOFA 2G20A 4OBGA 4I0JA 3LZSA 4YCYA 3NDUA 5P2QA 3TH9A 4Y4WA 3QROA 3PBZA 2F3FA 4I0EA 4ER2E 3OOTA 5P7TA 2BPZA 5P7FA 5OZTA 4ZSPA 3PWWA 3PM4A 2HB2A 2H6SA 3BVBA 1HIIA 2JE4A 2FNSA 4NKKA 5OZLA 2QU2A 3EL9A 1DW6C 1SH9A 1TW7A 1HXWA 3FIVA 3GGXA 3EL5A 5P2ZA 5I3WA 2HS1A 2MIPA 3FNSA 5P6ZA 3TPPA 2BPXA 3VLBA 5P5KA 5KR0A 5OYQA 3L5BA 4B05A 2O4NA 4Y3NA 1PSNA 3ZKQA 1B6KA 4XKXA 5P6YA 5P1MA 3KMXA 5P4KA 4DJYA 2V12C 4DQEA 5P5CA 3UF3A 4EXHA 1MT8A 3UQPA 5OZZA 2O4PA 5P5DA 5P6JA 5P7UA 2OHQA 3ZPSA 4EP2A 5P3SA 3S45A 3HAWA 1D4KA 1HPSA 5P69A 4I0DA 5P66A 5P7NA 1KZKA 2P83A 5OZJA 5P80A 3PWMA 3OADA 3PHVA 2QI7A 4L1AA 1FQ8A 3EKWA 4TRYA 1BILA 2ER7E 4RCEA 1A94A 2ZGAA 5OYRA 3O9IA 3KFRA 1K6TA 3KDDA 4M8YA 5P7KA 3CYXA 4Y3LA 3VV6A 5T4SA 5P8SA 4Z2ZA 4DQCA 2VA6A 3MSKA 2ZHSA 5OZHA 5P3WA 3VYFA 5P1KA 3FSMA 3PWRA 4ZEAA 1PPME 5P0IA 5P0FA 2B42A 1TSUA 5P5AA 1KJGA 2VJ7A 1E5OE 3PSGA 2UPJA 5P3CA 5P8BA 2NNKA 1Q9PA 2AOIA 3QIHA 1CMSA 5P0GA 4GJCA 5HDXA 1D4LA 5P1JA 3OTSA 2AZ8A 5P2WA 5P8DA 4NJVA 4Y51A 1DAZC 5P2RA 4K9HA 9HVPA 3O9DA 1B6JA 2HB3A 1FB7A 2RKGA 5IVRA 3HZCA 4Y4GA 4I8ZA 5P75A 5P04A 5P6HA 1M4HA 5P61A 3ER3E 3NUOA 4QGIA 1M0BA 2B8VA 3KYRA 2QD8A 5P0YA 1HVCA 3EM4A 2FDPA 4EJ8A 5P2FA 2I4QA 5P2UA 5IVQA 3PRSA 1DMPA 4FLGA 4FRKA 4Y38A 4OD9B 5HD0A 1LF4A 2P8HA 5ISKA 1EC2A 1PPLE 4I0ZA 5P3KA 4A4QA 3GI0A 2ZHVA 5P7OA 1EC3A 3DV5A 3SPKA 1ZBGA 4NJTA 5P78A 2AVQA 4J0TA 3VV8A 4DQBA 3EL4A 5P1BA 1IZEA 2PSUA 5P02A 2BB9A 2WHHA 2FXDA 2I4XA 3QPJA 4Y3JA 3D3TA 5P5IA 3CIDA 4Y5KA 3LIVA 2B7FA 2VS2A 5P0ZA 2BBBA 4FL8A 3NXNA 3EL1A 5P1TA 5P47A 5P4GA 2F80A 2NTRA 2HPFA 5P8CA 5SY3A 1FMXA 1GVXA 1TCWA 3SM1A 1HVJA 5OYTA 3K5CA 3BXSA 2F81A 3LPJA 4LL3A 2VKMA 5P01A 4XXSA 2AVSA 5P4RA 2J9JB 2QCIA 4JPEA 1ODYA 2QD7A 5HE4A 2CEJA 3Q6YA 5P6LA 3TKWA 3D1XA 5DGUA 1HTEA 4FSEA 5OYZA 5P7DA 5P1PA 4Y5EA 3APRE 4EJLA 5P1GA 1BXOA 4OC6B 4Y3WA 1APUE 2VIYA 5P1SA 4R92A 2Z4OA 3PI5A 2PK5A 4B00A 1RL8A 5CLMA 3WB5A 5DR4A 5OZPA 5P6SA 2WL0A 4F75A 5P4LA 1YG9A 3EL0A 2PWRA 4LBTA 3MSJA 5OZEA 5SZ9A 5P6KA 4X7IA 5P71A 3U6AA 4HDBA 3ZMGA 5P7ZA 4MC9A 3LZYA 5P3IA 4I10A 3OUAA 1KJHA 1HVSA 4ZPEA 1HTFA 3QVCA 1BDRA 1ZSFA 2OHNA 4OD9A 5P8KA 4R95A 2QI0A 2AQUA 3EKVA 3LHGA 2OF0A 1HTGA 3HBOA 3HDKA 5DR1A 3DCKA 1G2KA 3ZPUA 2OHKA 5KR2A 1XN2A 3LNKA 5P6OA 4Y5CA 4PYVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YD3 A;  5P58 A;  3OQ7 A;  1YM4 A;  4B77 A;  2NNP A;  4ZPG A;  3UCB A;  5OZO A;  4DJX A;  1YTH A;  4RRO A;  1ZSR A;  3PSY A;  4YOA A;  3S7M A;  2IQG A;  1GVU A;  4J1K A;  3TLH A;  1EBY A;  1BWB A;  4GID A;  2ZHT A;  5P85 A;  5EZX A;  3HVP A;  1MSM A;  1PSA A;  3LIT A;  4Y39 A;  2F8G A;  4AUC A;  1XN3 A;  5P7B A;  1RNE A;  4FM6 A;  1RQ9 A;  4HDP A;  2IGY A;  3L38 A;  2Q63 A;  4Y4A A;  1AJV A;  2PMA A;  2FDD A;  3VSW A;  1E80 E;  3HW1 A;  5DR7 A;  5KOS A;  5P5H A;  2OHT A;  5P05 A;  3O9B A;  1BDQ A;  5P5O A;  5P0S A;  5P22 A;  4EPJ A;  1A8K A;  5P0D A;  3G6Z A;  4R8Y A;  5P37 A;  5AHC A;  3NU9 A;  5P62 A;  3NDW A;  4FS4 A;  3MXE A;  3S56 A;  5P3P A;  4GJ6 A;  4Y3E A;  4H3F A;  5P5Y A;  1FG6 C;  4Y3G A;  3KF0 A;  1SDU A;  3INF A;  5OYX A;  5P0L A;  3HAU A;  5P3M A;  3RU1 A;  4FSL A;  5P08 A;  5P5U A;  2R38 A;  4FIV A;  2I4U A;  4B1C A;  1MPP A;  3RTH A;  1FQX A;  5P3A A;  3QI1 A;  3N4L A;  1MRW A;  3OQA A;  1LYB B;  3CKR A;  4RRS A;  5P0M A;  5P2S A;  5P8G A;  1MSN A;  4Q1N A;  3TOG A;  2QZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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