2FGVA

X-ray crystal structure of hiv-1 protease t80n variant in complex with the inhibitor saquinavir used to explore the role of invariant thr80 in hiv-1 protease structure, function, and viral infectivity.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPNPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of invariant Thr80 in human immunodeficiency virus type 1 protease structure, function, and viral infectivity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fgvA00
3SA6A 1E82E 5OZGA 3UTLA 4R8YA 3UF3A 1APTE 4FS4A 1OEXA 5P1QA 3RVIA 4YE3A 2ZJIA 4HDPA 5I70A 1LEEA 1RPIA 1B6MA 2V12C 4ZPFA 1HSIA 4YHQA 1W5XA 4Y4XA 3EL5A 2Q5KA 1XDHA 5P80A 1E80E 3VEUA 4D8CA 2HB4A 1Z1RA 5P8EA 3FNSA 2G1SA 4PPHA 5ER1E 1HVRA 4HVPA 5P8CA 1BWBA 2HS2A 2RKFA 5APRE 5P3JA 4GJ9A 5P15A 1GVWA 5P72A 5P3ZA 3ER5E 1LF4A 1HVJA 5P0PA 1D4JA 4ZPGA 5HDUA 2QI1A 5P0EA 2AOGA 2ZE1A 5P65A 1A30A 2AVVA 1NSOA 5HU1A 4FAEA 1HWRA 3B80A 2G26A 5P3PA 3HZCA 4I8WA 5P44A 3LZUA 2QU3A 5KR1A 5P46A 1HPOA 5P43A 2NMZA 4HEGA 4Y9WA 1F34A 3OQ7A 5HVPA 1HIVA 1MSMA 4LXKA 4Y5AA 5P0AA 4QGIA 4X2LA 2ZJHA 5P1DA 5BS4A 3OU1B 5P2FA 5OYYA 4DQEA 1NH0A 3I25A 5P6EA 2IS0A 1FQ5A 5KOQA 5EZXA 4D89A 3NU6A 1MTRA 3TL9A 5I3VA 5OZYA 4TRZA 5AHBA 4Y4GA 3T3CA 2QHYA 2QP8A 1LYWA 2G24A 3LIQA 2QNQA 5P6ZA 3ST5A 3O9HA 2HC0A 5P4YA 2ZJMA 2F80A 4A4QA 5P20A 3HAWA 2OHPA 3RSXA 2H6TA 2QK5A 3JVYA 2QI7A 5P2HA 4GJ6A 2WF1A 5P41A 5ISKA 5P1CA 5P8BA 4RLDA 3L58A 2QNPA 2IKOA 1XE5A 2V10C 5P62A 3OXVA 5P1YA 4XX3A 2I4QA 5P1IA 3ZLQA 5P00A 1D4HA 3Q5HA 3TKGA 3HW1A 4EJ8A 2AOIA 4I0HA 1EAGA 1MERA 5P5XA 3R2FA 5P42A 5HE5A 5P67A 2BPZA 5UPJA 5P0DA 1MUIA 5P6UA 3ZKGA 2VA5A 2O4KA 5KR8A 2J9JA 3A2OA 3UDHA 3TKWA 4QJ2A 4JECA 5P7GA 1EBWA 3PMYA 3ZPUA 4B1EA 3ECGA 1MVPA 3D3TA 5P2UA 5P6WA 1AXAA 3LIYA 5OZ6A 2ZHTA 2ER7E 5DQ5A 4CPXA 5P3OA 4Y3FA 5I3XA 1B6LA 5DGWA 3GGVA 4RVJA 5OZAA 3TPRA 1A8GA 1AAQA 5OZZA 4AA9A 3LIZA 1QBUA 1ZPAA 5HTZA 3UDKA 1M43A 1TCXA 3NR6A 5P7QA 1DMPA 1XL5A 4HLAA 3NDUA 1VIJA 2P3DA 2VS2A 3VG1A 5KQXA 5P5CA 5P7JA 3KFNA 1CZIE 4L1AB 2PK6A 3OXXA 3VV6A 3K5DA 1FLHA 4DJWA 2FNTA 3R4BA 1FQ4A 5P0RA 1HXBA 5AH6A 3ZMGA 3ZKIA 2FDEA 2UPJA 3ZKQA 5HCOA 5KQFA 5P6MA 5P17A 5P16A 5P5UA 1GVVA 3KMXA 5P3LA 4NJVA 1EC0A 2WL0A 2QI0A 5OZNA 5P50A 2VJ6A 1T3RA 2SAMA 1PSAA 5P85A 5P7EA 3K4VC 5DR7A 4IVSA 2QZKA 3HLOA 2QHCA 1BDRA 5B18A 5DR0A 5P22A 1B6PA 1IZEA 5IVQA 3F9QA 3KT2A 2R5QA 3QRSA 3DUYA 5OZ5A 5HDXA 5P33A 3EKTA 4Y4AA 2V11C 2Z4OA 5OYQA 3LPIA 5P8RA 2RMPA 5P2WA 1SIPA 5P0CA 3NU4A 2OF0A 2FXDA 2MIPA 4XXSA 5P8FA 5P0KA 3K1WA 1YM4A 5P56A 3SQFA 3S85A 3GW5A 3PHVA 5P6TA 4U8WA 2G94A 4I0FA 4Y36A 5P1VA 2WEAA 1IDBA 4S1GA 4CPQA 3NXNA 4N00A 3G70A 5P4KA 5P55A 3IAWA 2I0DA 4K8SA 5P7IA 5OZOA 1FIVA 3OXWA 3PI0A 3OTYA 1XS7D 2AVOA 5CLMA 1FG6C 4Y4UA 5P88A 1A8KA 1PSNA 3HDKA 1GVXA 1SDVA 4LBTA 5OZWA 1K1UA 1KZKA 3QBFA 1MT7A 5P5BA 3IN4A 4FE6A 4DJVA 4Y3AA 5P5FA 1EPME 2HPFA 1LYAB 3OHFA 2QI6A 3LZVA 3K5CA 2R3TA 1FEJC 1ZSFA 1HPVA 2XYEA 3RU1A 5P4CA 5P47A 4DJRA 2PSGA 1PROA 5P2JA 4YA8A 5OYZA 1KJ7A 3AIDA 4H3JA 4OBFA 3PJ6A 3S8IA 3HAUA 4R91A 3ZKSA 5P04A 2P3BB 3GI6A 3MWSA 5P5EA 3S53A 5P3GA 4Y4WA 5AH7A 4HDFA 5OZHA 3L59A 5P0BA 3INFA 3PEPA 3RTHA 3FNTA 3WZ8A 3OY4A 1SGZA 5P6XA 5P0WA 5P7VA 5TOLA 4JPEA 3O9AA 1E81E 5P1XA 3VUCA 2HB3A 3KN0A 1MT9A 2JE4A 3ZPSA 3IXOA 1APUE 2CENA 5OZ9A 4Z4XA 1FMXA 3PLDA 3SLZA 3UQXA 2VJ9A 3VLAA 1PFZA 4ACUA 5P1MA 1MESA 4Y4TA 3NDXA 1BXQA 3OWNA 4DH6A 4Y3XA 4Y35A 4RROA 5P8JA 3O9FA 1EC1A 2NNPA 5BRYA 1QBTA 4QJAA 5I3YA 5P5QA 5P2OA 5P6BA 4F74A 2V13A 3Q3TA 3ER3E 1APWE 4CP7A 5P0HA 4DFGA 5F00A 5P1WA 3LZSA 2WJOA 4CPRA 4TVHA 1HVIA 4Y5LA 2QU2A 4JP9A 5P6FA 2Q54A 5P58A 1FG8C 3I6OA 5P8HA 3KF0A 4PYVA 1EBYA 3EM6A 1Z1HA 4GZFA 5COKA 3Q4BA 2VA7A 5P39A 3QAAA 5P6YA 2HAHA 5P5JA 3ZL7A 1UPJA 5P4NA 2BJUA 5P6GA 5P0VA 4YCYA 4Y5KA 3KYRA 2O4NA 2IQGA 3VF7A 5ISJA 3OUCA 2JXRA 4OC6B 2OHLA 4Y3ZA 2FMBA 3AUPA 4B05A 4DUSA 2NNKA 5OZSA 4OD9A 5P06A 5HD0A 5P68A 1AM5A 5P3SA 5P63A 5P49A 2UXZA 3TNEA 4YD5A 5P3MA 4RCFA 5P0LA 2AOHA 2IDWA 3QBHA 3SM1A 3DCKA 4OBJA 1HVSA 1FQXA 5P1NA 1HTGA 4WY1A 1C6YA 1LYBA 2NXMA 4FRKA 5P1GA 3OADB 2Q64A 3HVPA 3VFAA 4Y48A 1B5FA 4I0JA 4EQJA 5P89A 3EKXA 5P4HA 3BGCA 5P29A 4DJOA 5P02A 5P2XA 4RZ1A 4FCOA 1DAZC 2VIZA 4GMIA 5ENKA 3O9CA 2ZJNA 3EKVA 3NSHA 4K4PA 4LL3A 4Y4DA 1UH8A 3LITA 5OZDA 4ZE6A 3KDBA 3U71A 2FS4A 5COOA 1HVCA 4FIVA 4MC1A 3SA4A 3NXEA 5P3FA 1MIQA 4DQHA 5P81A 4YOAA 3PCWA 4RVIA 3LNKA 1IVPA 5P0TA 3H5BA 5P6RA 1ZBGA 5P7MA 4L7HA 5P25A 5SZ9A 1NPVA 2APRA 2ZDZA 3SM2A 1BDLA 2HM1A 2QZXA 2HPEA 2AQUA 5P3QA 4J0ZA 2QI5A 4J0VA 1F7AA 1HVHA 2V16C 4Y3GA 3UQUA 4HA5A 1T6EX 5P3DA 1BWAA 1RQ9A 4A6BA 2I4XA 1JLDA 5DQCA 4LXAA 5AHCA 5P12A 2WKZA 5P1EA 4H3GA 1XN2A 4Y3PA 4CKUA 3UHLA 2QMFA 5P7YA 5P3WA 3OU3A 1HPXA 2OHUA 2I0AA 1D4LA 1ZP8A 5P4LA 3UQPA 4Y3TA 3NU5A 3OQKA 5P30A 4J0PA 2ZHSA 3OU4A 3FNUA 5P19A 4AZYA 3IXKA 5DQ4A 2AVQA 1ZPKA 5P3VA 4LAPA 3LHGA 1HIIA 1K1TA 5P4SA 5P4UA 4ZLSA 3S43B 5P4JA 4GJ8A 4FL8A 3RSVA 2BKTA 3BHEA 2VNNA 5P4ZA 3S2OA 1FMBA 2ZJLA 5P26A 4FSEA 3OAGB 1KJGA 3PI5A 1E5OE 2XYFA 1ZTZA 7UPJA 5P4DA 1Z8CA 3I2LA 4ZSQA 3EC0A 4RRNA 3D1XA 5P4XA 3KDCA 5E5JA 4EXHA 3FIVA 4M8XA 5P28A 4YOBA 2AVSA 1DW6C 1HPSA 4Y3YA 4L6BA 2B7FA 3VV7A 5P5IA 3R1GB 2XFKA 5P2YA 5P82A 3MSLA 2WEDA 5HE7A 4DQFA 1MPPA 1XL2A 3TLHA 4J1EA 3PM4A 1B6KA 2WF2A 2QD8A 1D4IA 3OUDB 5HCTA 5OYXA 1HEGE 3NDWA 5ER2E 5P38A 5DPZA 5OZCA 6FIVA 3K4VA 2G20A 4I0GA 3TOHA 3HBOA 5IVTA 3LZYA 3CKRA 3LIXA 4Y5PA 3KMYA 5P3AA 2IKUA 1EBKC 3EKWA 5P14A 3OU1A 3DV5A 3QI1A 3I7EA 5SY3A 1ODWA 3LIVA 4NPTA 3IA9A 4ZSMA 3GI4A 5P09A 1G0VA 5P73A 1HXWA 4I11A 5SXNA 3NYGA 3BUFA 4PZXA 3SACA 4J54A 2G27A 5ENMA 5C9DA 4B72A 4R93A 1TCWA 2QCIA 3SKGA 1FGCC 4Y43A 4MC9A 3TTPA 5P7ZA 1EC2A 4BEKA 2FNSA 2XFIA 5P0GA 2B60A 5P7PA 2OHNA 1BDQA 1LZQA 1RNEA 2AOFA 5DR1A 1BILA 3PSYA 1IZIA 1PSOE 2WEBA 2I4DA 1TQFA 1LF2A 4EJLA 4DVFA 1OEWA 5P7LA 4QJ6A 3UDMA 3QS1A 5P8SA 2ZJJA 5P2DA 2JYSA 2NXDA 3SA3A 4TRYA 4DJXA 3IXJA 2QD6A 5P0NA 1HIHA 2ZHVA 1YTIA 3RTNA 5P7CA 5P5WA 3N4LA 4D85A 5KOSA 4J17A 5OZ8A 3BVAA 2P83A 4R5NA 3OQFA 3BVBA 1GKTA 1MRWA 1BAIA 5P1OA 5P3RA 1K6VA 5OZEA 1EPQE 2ZHRA 3PMUA 4EJKA 5P5NA 4DQCA 4PZWA 1BVEA 4Y39A 4CPSA 2AZBA 5JG1A 2PK5A 3O9LB 2OAHA 2Q15A 3GI0A 5P8MA 1IZHA 2QMGA 4YCKA 4B1CA 2O4SA 4I8ZA 2B42A 5P4EA 3ZKNA 4YDGA 1BV9A 3C9XA 2QAKA 4OBZB 5OZJA 5P7HA 5P1KA 1IDAA 5OYSA 1TSUA 5J25A 4DJUA 1EC3A 1EBZA 4L1AA 3QIHA 2VA6A 4R95A 5P1UA 1K6TA 3L3AA 2FDDA 2F81A 3SA5A 4OBDA 3DOXA 1AZ5A 3VYFA 3OUBA 5P7AA 1QBRA 5P7UA 3WSJA 5AHAA 4B00A 2QZLA 5OZRA 1QRPE 5P1SA 5P2NA 5P0OA 1DPJA 3EL4A 5P79A 2F8GA 2QHZA 1HEFE 3MSJA 4X7IA 5IS4A 2HB2A 1ZLFA 1ZSRA 4FM8A 4RYCA 4Y38A 5P0FA 2PH6A 5P4OA 3T7PA 4F75A 4Z50A 4ACXA 3O99A 4R92A 1GVTA 1ME6A 4F73A 5P6AA 5P2RA 3L5DA 3BGBA 1DIFA 5HDVA 5P64A 1HTFA 2R5PA 5OZFA 5P6DA 5P5ZA 4Y4BA 5OZPA 5P6PA 5P23A 5P5TA 3PWWA 4Y50A 3EXOA 4XKXA 5E5KA 1EEDP 2IENA 4J0YA 3UQWA 1T7JA 2AOEA 4YD3A 2BPVA 5P4QA 3EKYA 4Y3NA 4I0ZA 4EYRA 3JVWA 2PSVA 2WEZA 2I4VA 2IEOA 1K2BA 2VIJA 2CEJA 2Q55A 2AODA 4Y4JA 3NU9A 5P3YA 5P1LA 1AVFA 5DGUA 4GB2A 2AOJA 1C6XA 3DM6A 1SMRA 2IGXA 3L38A 5P2AA 4ER1E 5P57A 3CYWA 1A94A 1KJ4A 1U8GA 3Q6YA 3CKTA 2G1YA 3BUGA 1ODYA 2IL2A 9HVPA 4J1IA 2PYMA 5P3KA 3ZKMA 4KB9A 3NUJA 3SA9A 1ZAPA 5SY2A 1FB7A 5P8TA 4EWOA 1EPLE 2VIEA 5P2ZA 1T7IA 4NJTA 1GVUA 5P5AA 1W5VA 1WKRA 4J55A 1LYAA 5P66A 5HDZA 4ZPEA 1HTEA 5P6SA 2AZ8A 1SIVA 3D20A 3JW2A 5P61A 5P03A 3MXEA 1HRNA 5P3EA 2P3CA 4Y3WA 5P40A 4I0DA 1AJXA 5CONA 1KJFA 3QP0A 4JOOA 4WTUA 4MC2A 1VIKA 2G1RA 3FSMA 2P3BA 1SBGA 2OHRA 4H3FA 2B7ZA 2PSUA 3GGAA 3K5FA 1WBMA 2O4PA 1CMSA 2OHMA 3QVIA 5P6VA 4NJUA 2VJ7A 4B78A 5P2MA 1QS8A 4NPUA 3SFCA 4Q1NA 4Y5CA 3NDTA 4HE9A 5P32A 1BIMA 2QI4A 5DQ1A 3SABA 4J5JA 5OZXA 8HVPA 5P7XA 3G6ZA 4Y41A 1G6LA 5P1JA 5P77A 2R9BA 3IVIA 3OK9A 5P27A 4NKKA 4D88A 4WY6A 4OBKA 3VF3A 1YM2A 5P51A 3LPJA 5P86A 5P8LA 3EM3A 2ASIA 3H0BA 1LV1A 2ER9E 4Y5MA 3UDNA 4H1EA 4YD7A 2QD7A 5P0SA 1SGUA 1PPLE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA6 A;  1E82 E;  5OZG A;  3UTL A;  4R8Y A;  3UF3 A;  1APT E;  4FS4 A;  1OEX A;  5P1Q A;  3RVI A;  4YE3 A;  2ZJI A;  4HDP A;  5I70 A;  1LEE A;  1RPI A;  1B6M A;  2V12 C;  4ZPF A;  1HSI A;  4YHQ A;  1W5X A;  4Y4X A;  3EL5 A;  2Q5K A;  1XDH A;  5P80 A;  1E80 E;  3VEU A;  4D8C A;  2HB4 A;  1Z1R A;  5P8E A;  3FNS A;  2G1S A;  4PPH A;  5ER1 E;  1HVR A;  4HVP A;  5P8C A;  1BWB A;  2HS2 A;  2RKF A;  5APR E;  5P3J A;  4GJ9 A;  5P15 A;  1GVW A;  5P72 A;  5P3Z A;  3ER5 E;  1LF4 A;  1HVJ A;  5P0P A;  1D4J A;  4ZPG A;  5HDU A;  2QI1 A;  5P0E A;  2AOG A;  2ZE1 A;  5P65 A;  1A30 A;  2AVV A;  1NSO A;  5HU1 A;  4FAE A;  1HWR A;  3B80 A;  2G26 A;  5P3P A;  3HZC A;  4I8W A;  5P44 A;  3LZU A;  2QU3 A;  5KR1 A;  5P46 A;  1HPO A;  5P43 A;  2NMZ A;  4HEG A;  4Y9W A;  1F34 A;  3OQ7 A;  5HVP A;  1HIV A;  1MSM A;  4LXK A;  4Y5A A;  5P0A A;  4QGI A;  4X2L A;  2ZJH A;  5P1D A;  5BS4 A;  3OU1 B;  5P2F A;  5OYY A;  4DQE A;  1NH0 A;  3I25 A;  5P6E A;  2IS0 A;  1FQ5 A;  5KOQ A;  5EZX A;  4D89 A;  3NU6 A;  1MTR A;  3TL9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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