2FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 29
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fivA00
5DGUA 4QJ9A 1HTGA 4DVFA 4D89A 5P8EA 4Q1NA 5P6IA 3CYXA 3KFPA 5P4VA 4U7QA 1K1UA 3GGAA 4FM8A 2JXRA 3S53A 5P1PA 3Q6YA 1IVQA 5P8KA 3UDMA 4NJUA 4Y37A 5P4ZA 2AOFA 3L38A 1T7JA 1GVXA 5P4AA 4HDPA 4Y3HA 3S43A 5P12A 3OGQA 1FMXA 3SAAA 3FNUA 4NJVA 2ZJJA 1A30A 3IN3A 2F81A 1VIKA 5P83A 4YD3A 3EM4A 4XKXA 1N49A 4HDFA 5OZUA 5KAOA 5P7PA 3TOHA 5OZ4A 2HM1A 2ZHUA 1ENTE 5P6LA 4DJYA 5P5EA 2P3CA 4R8YA 3QBHA 5P66A 1MUIA 5OZIA 5P2EA 1T7IA 4XXSA 2QMFA 1KJHA 5P0PA 3KMXA 5P54A 2G21A 2O4PA 3IVIA 5KOSA 4YBFA 5C9FA 3PBZA 5FIVA 3MSJA 4YD5A 3T7PA 3QRSA 3S43B 4H3JA 1A9MA 4GJ6A 5OZ7A 3I6OA 5P5NA 3LPJA 3FX5A 5P6MA 5P7GA 1D4HA 3KDBA 5SZ9A 3LIQA 5IVSA 5P4TA 5P89A 4EWOA 1NSOA 2WF1A 3U71A 1EAGA 2O4KA 1IVPA 2FNSA 3FIVA 4Y3EA 3ZLQA 1SMRA 2AOHA 2O40A 4KE0A 4DQBA 5P0TA 5P5PA 2I4XA 3OHFA 3UDPA 3UQXA 3MXDA 2VNNA 4ZSRA 1PPKE 2RSPA 1G2KA 3HZCA 5AGZA 4DJPA 5P5ZA 1EPME 5P74A 5P2UA 5AH7A 1W5XA 5P41A 3EL1A 1KZKA 4HZTA 3LIYA 1CZIE 2FLEA 1GNOA 5P0HA 5OZRA 1NH0A 1ODWA 1MTRA 4YDFA 3APPA 5P62A 5P8MA 3G72A 3UDKA 5DR4A 3O9DA 4NPUA 4FRJA 1HEFE 4JP9A 2XFJA 5P86A 7HVPA 5HU0A 5COOA 1BILA 5JFUA 3SKFA 5P5SA 5OYUA 3HW1A 5I3YA 3IGBA 4X2LA 5OZKA 1NPWA 1IZEA 2QI1A 2ZJMA 5P2RA 1YX9A 5P0MA 5P27A 3JVYA 3OUBA 3PLLA 3PMUA 3L58A 2HAHA 4PZXA 4FRSA 3NYGA 4QLHA 5P3IA 1LYAA 3NDTA 3SA7A 2G27A 1ODYA 1C6XA 4FRKA 4ZPEA 1W5WA 1HOSA 2V10C 5P7KA 3TPJA 5P2SA 1M0BA 1F7AA 3L5CA 3SA4A 3IXJA 5SY2A 1KJGA 5OZVA 1YTIA 5OYXA 1EPRE 3QN8A 5KR0A 2BQVA 5P2MA 5DQ4A 4KE1A 3PCWA 1E82E 4J1HA 3GGVA 3PVKA 5P2LA 2Q55A 1DPJA 2V13A 3S56A 5P7BA 1HPVA 5P69A 1XS7D 5P67A 2OHUA 1ZTZA 1B6KA 4I12A 1JLDA 1PSNA 1LYAB 5KR8A 3OU4A 4EHCA 1AJVA 5KQZA 3H0BA 1SIPA 4I8ZA 3GGUA 4Y38A 1FQ8A 4LXKA 4Y5MA 2QI7A 1U8GA 3O9GA 5HE4A 3PGIA 5P80A 5P4JA 3SM1A 2AZCA 1FQ4A 2HPEA 5P7JA 5P0BA 1MRXA 5P18A 5P6OA 4PEPA 4F73A 5OYVA 5IVQA 1GVWA 1IZDA 3S8IA 1DMPA 1FLHA 3DOXA 5P3XA 4ER2E 3FSMA 2WF4A 4AUCA 3QBFA 2QNQA 4DQCA 1IZHA 5DR8A 3O9LA 1AXAA 2Q64A 1LF4A 1FQ5A 3MXEA 3OU4B 5P4NA 5C9DA 2BKSA 2JE4A 4CMSA 1BVEA 5P4XA 5KQYA 3PSYA 4D83A 1T3RA 2BKTA 1B6JA 4DJXA 3RVIA 3VV7A 3PB5A 1YTJA 4ER4E 3KDCA 4Y3YA 5P3AA 2P83A 2P3DA 1B6MA 4N00A 4K4RA 1Z1RA 3MSKA 4YD4A 1HXWA 2IKUA 3GI6A 3O9LB 1A8GA 4R93A 2APRA 3IA9A 4Y3GA 5P1TA 5P7FA 5P8IA 1E80E 3I25A 2QI4A 3VF7A 3I7EA 3KMYA 3URLA 3O9EA 4B00A 3S45A 5P78A 5P2ZA 5P5WA 4OBHA 2QI6A 4APRE 4L7JA 1EC0A 3SA9A 4U8WA 4CPXA 4D8CA 2ER9E 5DQ5A 4CPTA 4J0YA 1K1TA 3K4VA 2VA7A 5P1KA 1CPIA 2G69A 1HSGA 5P8JA 1APUE 5P08A 4Y35A 3PI5A 5P8OA 3U6AA 5OZQA 3UTLA 5P0FA 3RU1A 5P2DA 5P2YA 5P8BA 2WL0A 3NDWA 2UPJA 4AA8A 1YTGA 2B8LA 4GJ8A 5OZHA 2PK6A 3D1YA 1MEUA 5P70A 4QJ7A 3KFSA 1HVCA 2VS2A 2V16C 5HTZA 4UPJA 5P3KA 3NSHA 1VIJA 1UH9A 5P5DA 3C9XA 4GYEA 3VF5A 5P5VA 5P1QA 4ZSMA 2FS4A 2IKOA 4L7HA 4TVGA 3VSXA 2ZHVA 4K9HA 4Z22A 4ZLSA 3VFBA 4RRSA 5P72A 5P5TA 3HLOA 5J25A 1SMEA 1MERA 4ACXA 4DI2A 1AIDA 4LP9A 5P1HA 5P43A 3LZVA 4Y4ZA 4X7IA 4DQEA 3FV3A 1APVE 2HIZA 5P7UA 3OWNA 4Z4XA 2ZHRA 2QMGA 3VV6A 1A8KA 4LC7A 2QZKA 5OZ1A 3VYFA 5BWYA 5P7HA 5P5BA 2V0ZC 3Q5HA 3A2OA 5P6JA 3OUAA 5P0DA 2G1OA 3PMYA 3EKVA 3BUHA 4HE9A 4XX3A 2Z4OA 5P1CA 5P0VA 3OOZA 3BXSA 3UFLA 3B7VA 5IS4A 5P4IA 1WBMA 4WY1A 4YOBA 2VJ9A 3ZKQA 2IQGA 3NU3A 4Y5PA 3R2FA 2RMPA 4Y4GA 4DQFA 4Y3ZA 4I11A 3O9BA 4PZWA 5P25A 5OYQA 4Y58A 1AM5A 5P04A 3FNSA 2XFKA 3NUOA 1EPOE 2Q54A 3K4VC 5P5JA 1XE5A 3EL5A 3PHVA 5IVTA 5P1MA 3OTYA 5P77A 1EC1A 3LHGA 5P84A 5P28A 5P1DA 4JPCA 5P22A 5P3YA 1EC3A 1C6YA 1GNNA 1A94A 5OZJA 2A4FA 1EBZA 4ZSPA 5P60A 3LPKA 4BFDA 3SQFA 3VCMA 3UDJA 1OEWA 2VIJA 1BDRA 5KR2A 5P48A 3O9IA 5P6QA 2H6SA 2R5PA 3FNTA 4RVJA 2ZJHA 5P5OA 1HIVA 1B6LA 2PSUA 4EQJA 5P8GA 1BV9A 5P3DA 5P50A 5P1OA 4YCTA 4YD7A 3B80A 5P26A 5P33A 4GB2A 1NPAA 5P05A 3EMYA 3DUYA 5P8RA 4Y3QA 5P6WA 2O4NA 2CENA 2R38A 3TOFA 4AMTA 2NXLA 5P8VA 4EXGA 4Q1YA 5P20A 3ZKNA 1YM2A 4B72A 5P0XA 3UDHA 2P3BA 5OZZA 5P1YA 2R3WA 5P2BA 1FKNA 3T3CA 3EM3A 1GNMA 2Q11A 1XL2A 1K6VA 5P5KA 4DJQA 2XYFA 1W6IA 3ZKMA 2IGYA 3R4BA 5OZEA 1HTFA 4K4QA 4Y36A 2IL2A 2UY0A 1K2CA 2PQZA 5P01A 4U7VA 1DW6C 4TVHA 3K1WA 5P7YA 4B78A 3UFNA 1YTHA 4DUSA 1TCXA 4R95A 1D4IA 3ZKXA 1C6ZA 1XL5A 4RVXA 1FGCC 5OZDA 5P64A 5E5JA 4EP2A 1G6LA 2F3KA 2I0DA 3PRSA 2P3BB 5P2JA 4Y4TA 4AA9A 2OHTA 5P7AA 4EQ0A 3VG1A 2B42A 2PH6A 4J0PA 5P4UA 3T6IA 3ZOVA 5P2OA 3CYWA 1SP5A 2G26A 3BGCA 1BDQA 1FQXA 4GJ7A 3O9HA 1DIFA 5IE1A 5P3RA 3OU3A 4Y9WA 4B1CA 1FEJC 5P3UA 2VJ6A 5P11A 2JJJA 2AOJA 4Y4EA 5P0KA 5P0CA 1MT7A 5P5IA 3L5BA 4Y6MA 5P31A 2F80A 3RTHA 3TPPA 1BV7A 4L1AA 3T11A 1HVIA 1UPJA 2QHZA 4GIDA 1TSQA 6APRE 4Y5BA 4EJDA 3CKPA 4NKKA 4Y57A 1K6CA 5P6FA 4H3GA 1MRWA 3NDXA 1J71A 4ZPGA 5P3HA 3SA8A 4YD6A 5OZMA 5PEPA 5P7QA 3QVCA 5COPA 3NU9A 1LEEA 2WF0A 5P38A 5P7MA 3QAAA 5COKA 5P2HA 1BVGA 1ZAPA 4Y5NA 2ZJNA 1BDLA 3TPRA 3DK1A 1SGZA 4DJRA 5P75A 5P3PA 4RROA 1MSMA 5P3NA 5DR3A 4L1AB 5P0UA 2QP8A 4MC2A 3IAWA 1HWRA 3T7QA 4Y39A 3HVPA 5DR7A 1RNEA 3OAGA 4GJ5A 4OBZA 5P4PA 3R0WA 3QRVA 3R0YA 2PYNA 2P3AA 3D3TA 2VNMA 3EL0A 2IDWA 1MVPA 2R8NA 3UQUA 5P3EA 5P63A 4OD9A 4Y3AA 5DGWA 4OC6A 5P5CA 1WBKA 4RYCA 5I3VA 7UPJA 2OHMA 4B1DA 4J1CA 5I70A 5OZ5A 4DPFA 5P0OA 3OQDA 2FDPA 3RTMA 5P2QA 5P4WA 4QGIA 3ZL7A 1G35A 4RRNA 3UHLA 2ER7E 4MC1A 1RQ9A 3KN0A 2HB4A 5P6SA 4IVSA 5P7LA 1GKTA 3ER3E 4CPRA 1B6PA 4YE3A 5OYYA 3RSVA 5P3GA 3H5BA 3OAGB 4OBZB 3SM2A 3O9FA 4A6BA 1W6HA 4EJKA 4K8SA 1D4SA 2ZJLA 3PLDA 4Y54A 5P3BA 3INDA 3G6ZA 1OHRA 5P1SA 3EKWA 4OD9B 4OC6B 5P10A 4Y44A 3MSLA 5P7TA 1EBYA 5BS4A 4RZ1A 1BWBA 3CIBA 5P79A 5P34A 2VJ7A 2AVQA 2Q63A 2R43A 4JECA 5OYSA 4I8WA 4J0TA 2UXZA 3IXKA 1D4LA 2QHYA 5P2AA 1W5VA 2AZ9A 4OBDA 1SH9A 5CLMA 3S2OA 4CPSA 5P61A 4DFGA 5P0WA 3OXWA 2FGVA 1ZBGA 5P0GA 3K5CA 3TPLA 2P8HA 5E5KA 2QCIA 8HVPA 4Y3TA 5OYWA 3DJKA 3IVHA 3S7MA 3UDQA 4TRYA 5P2XA 4HVPA 3VLBA 1HPXA 4I0GA 2ZHSA 2EWYA 2QHCA 2OHRA 1FG6C 4A6CA 4XX4A 1T6EX 3UF3A 5P4GA 3PJ6A 3NXNA 3CIDA 4F76A 5AH6A 5P81A 5OZSA 3U7SA 4D88A 1MT9A 4Y5CA 1LZQA 3LIXA 3LIZA 3EM6A 2QMDA 2AVMA 3UQRA 1EPLE 5ISKA 4TRWA 4Y43A 2VKMA 2G20A 4Y3XA 2I4UA 3INEA 2B60A 2SAMA 5P55A 2AOCA 1META 4TRZA 4YCYA 2WEAA 3JVWA 1ZSFA 3PWWA 5P4HA 1HVRA 5P39A 4ACUA 1QBTA 4B77A 5P8UA 4QJ6A 2G1NA 2AVOA 4M8YA 4Y41A 3DV1A 3KT2A 5P6RA 3PBDA 4OBFA 3UDRA 4CP7A 4GMIA 4Y4XA 1LF2A 4B1EA 1HXBA 3MWSA 5P3TA 5P4DA 5HDUA 1BAIA 5P3SA 3LITA 5P4EA 4Y5EA 2V00A 2QAKA 5P6ZA 3GI0A 3RTNA 5OZ3A 3ZKSA 1T7KA 3VF3A 3PCZA 5HE7A 5P8HA 3CKRA 1FIVA 1PSOE 3LPIA 3SA5A 2CEMA 3NUJA 5OZ6A 5DR0A 5P6VA 1SBGA 1PFZA 3F9QA 5OZFA 1HVKA 3WZ7A 3QVIA 5OZLA 5P3VA 2G1SA 2I4QA 2QNPA 4J0VA 1QBRA 4ER1E 3EL9A 3K5GA 1HIIA 5OZ2A 2QI3A 1SIVA 4BFBA 5P5GA 4CPUA 3BVBA 2IRZA 5P58A 4JPEA 1LYWA 5P4RA 4GZFA 2IEOA 4EJ8A 3L5EA 3OUCA 5P3CA 5P3LA 3K5DA 5P5LA 3KT5A 1EPPE 5BRYA 2OHSA 5P2CA 4CPWA 5P8AA 1K2BA 3NLSA 5SXNA 3EKQA 5JODA 5F01A 4ZIPA 1RL8A 4HDBA 2ASIA 5P3MA 2FXEA 4RYGA 3HBOA 1EC2A 1HVJA 3OQKA 1C70A 1LYWB 1NPVA 5P6PA 5P5HA 1W51A 2QU2A 3ST5A 5P0EA 1YM4A 5APRE 4ZEAA 2OHQA 1CMSA 1B11A 2FGUA 1HSHA 4FSLA 5OZWA 2QZXA 3DV5A 3WB4A 4GJ9A 5P7SA 2R9BA 3QROA 2WF2A 4FM6A 4FRIA 3KYRA 3SA6A 4B70A 2WEZA 3EBZA 1PPLE 2J9JA 4DQGA 4Y45A 2ZGAA 4R91A 5P8NA 3APRE 5B18A 5P71A 4CPQA 4Y3PA 2QMPA 4A4QA 1QS8A 4NJTA 5P1GA 1TCWA 1WKRA 2AVVA 3HDKA 4EJLA 5P46A 2AZBA 3BC4A 4Z50A 2XYEA 4F74A 1HTRB 5ER1E 5DPZA 4H3IA 3EL4A 5HU1A 5P5YA 5P4SA 1GVTA 1K6TA 2J9JB 2NTRA 1QDMA 3DCRA 1OEXA 4FM7A 5P02A 1FB7A 4Y4DA 5P2FA 2PSVA 3OY4A 2FMBA 5P7DA 4GJAA 1TSUA 5OYTA 5P32A 5P4CA 5P68A 5P0LA 2ER6E 4QJ2A 4I0JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DGU A;  4QJ9 A;  1HTG A;  4DVF A;  4D89 A;  5P8E A;  4Q1N A;  5P6I A;  3CYX A;  3KFP A;  5P4V A;  4U7Q A;  1K1U A;  3GGA A;  4FM8 A;  2JXR A;  3S53 A;  5P1P A;  3Q6Y A;  1IVQ A;  5P8K A;  3UDM A;  4NJU A;  4Y37 A;  5P4Z A;  2AOF A;  3L38 A;  1T7J A;  1GVX A;  5P4A A;  4HDP A;  4Y3H A;  3S43 A;  5P12 A;  3OGQ A;  1FMX A;  3SAA A;  3FNU A;  4NJV A;  2ZJJ A;  1A30 A;  3IN3 A;  2F81 A;  1VIK A;  5P83 A;  4YD3 A;  3EM4 A;  4XKX A;  1N49 A;  4HDF A;  5OZU A;  5KAO A;  5P7P A;  3TOH A;  5OZ4 A;  2HM1 A;  2ZHU A;  1ENT E;  5P6L A;  4DJY A;  5P5E A;  2P3C A;  4R8Y A;  3QBH A;  5P66 A;  1MUI A;  5OZI A;  5P2E A;  1T7I A;  4XXS A;  2QMF A;  1KJH A;  5P0P A;  3KMX A;  5P54 A;  2G21 A;  2O4P A;  3IVI A;  5KOS A;  4YBF A;  5C9F A;  3PBZ A;  5FIV A;  3MSJ A;  4YD5 A;  3T7P A;  3QRS A;  3S43 B;  4H3J A;  1A9M A;  4GJ6 A;  5OZ7 A;  3I6O A;  5P5N A;  3LPJ A;  3FX5 A;  5P6M A;  5P7G A;  1D4H A;  3KDB A;  5SZ9 A;  3LIQ A;  5IVS A;  5P4T A;  5P89 A;  4EWO A;  1NSO A;  2WF1 A;  3U71 A;  1EAG A;  2O4K A;  1IVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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