2FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
total genus 29
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fivA00
3PSYA 3MXDA 1KZKA 5DR4A 2QZWA 5OZCA 5I3XA 4YE3A 5P03A 5P0FA 2G1OA 6UPJA 1T7JA 2G22A 5P38A 4A6CA 1FQ6A 3NU6A 4PHVA 5OZ6A 4J1FA 5OZYA 2ZHUA 1UH9A 4JPCA 2ZE1A 5P3MA 3OOTA 2FXDA 5P4QA 3EKQA 2P3DA 1C6YA 5P3YA 3FNSA 5P4GA 4X7IA 2QU2A 5P0VA 5KQXA 1A8KA 3BUGA 2BBBA 3TLHA 5P6XA 2A1EA 5P4NA 1ZLFA 3LPIA 3URIA 4QJAA 4WY1A 3NDWA 1TCXA 3NSHA 1CZIE 1LYAA 5P2EA 5P8RA 3L5DA 4Y5GA 4D83A 4RCDA 1EPQE 1TQFA 5I3WA 4Q1XA 2AVVA 5P41A 1G6LA 4QJ8A 5HDXA 5P4CA 3NDTA 2QHYA 1AJXA 3HAWA 1ZJ7A 1DPJA 3HZCA 3NR6A 3EKWA 5FIVA 5P32A 1YTHA 4J17A 1KJ4A 3PBDA 5P1TA 5P79A 5P3TA 2QD8A 3L5CA 4GJ9A 2VNNA 2PSGA 2Z54A 5P0JA 3FIVA 1XE5A 2JJIA 4BFBA 1FIVA 4HLAA 4RVIA 4Y5KA 4Y4WA 5AH9A 1OD1A 4Y53A 5BWYA 3OUDA 5P1GA 3URJA 3SPKA 1GKTA 3KMYA 5P8AA 2QZXA 3EM3A 2QCIA 4Y3ZA 5P4MA 1UH8A 5P3QA 3RVIA 5P1OA 3EM4A 5P6UA 3WB5A 1GNOA 1HIVA 4DQGA 3TPLA 2Q11A 2ZJMA 3O9LA 1BVGA 4Y4DA 4R95A 1EPLE 3SA4A 5P89A 4LHHA 3GGAA 5P1CA 5IVTA 5P1PA 1CMSA 4M8YA 2I0DA 4BEKA 5P0DA 4OBZB 2ZHTA 4Y3YA 5P8HA 3PWWA 8HVPA 2G1RA 3VUCA 2JJJA 4FAEA 3OOZA 1Q9PA 5P2CA 5P7OA 3IN4A 3QBHA 4Y3JA 5P14A 5P3ZA 4Y47A 1XS7D 3N3IA 3PB5A 5P8MA 1XN3A 3BXSA 4FM6A 5P26A 4TRYA 4LAPA 2WF0A 5KR0A 5P7JA 1BDLA 4TVGA 3SA5A 3PI0A 2QP8A 5P40A 5P7PA 5P22A 4DH6A 3R0YA 5P5GA 5P2ZA 5P3GA 5P6ZA 4AMTA 3OQAA 5P7BA 3SFCA 3SLZA 2Q63A 5P7AA 3KDDA 4Z50A 4DJOA 3ZKXA 1DMPA 1D4IA 5P4VA 3LHGA 4U7QA 5P19A 3TPPA 5P4OA 2F3EA 3KDBA 3INFA 4RGHA 2QI6A 1MRWA 5P2JA 1NSOA 5P24A 5ISKA 1RQ9A 3KDCA 2VJ6A 4ZSMA 5P4SA 4I8WA 3INDA 5HD0A 1APUE 4ZIPA 1RNEA 1YX9A 3D1YA 3LPKA 2IL2A 3S7MA 3PHVA 4I10A 5P16A 5P2AA 3VYDA 3OGQA 1W5VA 2ZJNA 4R93A 5P1DA 2NXMA 5OZSA 1DAZC 5P5PA 1W5YA 2O40A 2NMYA 5P4FA 1VIKA 4ZSPA 1OEWA 3LITA 5P6HA 1HSGA 3VV6A 1ME6A 4U8WA 3S8IA 1XDHA 3GW5A 3U6AA 1HVKA 4CPUA 3RTHA 4APEA 2BPYA 4MC9A 7UPJA 3SQFA 2VIZA 4J54A 5P0UA 5P3LA 4B70A 5OZMA 3IXJA 1AJVA 2O4KA 4DPFA 2QMPA 2O4NA 3RTNA 1MTRA 1HIIA 4FM8A 3JVWA 1APWE 2XYFA 3S43A 5DQCA 2VS2A 1BAIA 1LF2A 2HB4A 5HE7A 4OBKA 2ZDZA 4Y5BA 2VNMA 3UDHA 2RKFA 5P07A 1EBYA 5AHCA 4Y4EA 3QIHA 1YG9A 2EWYA 2I4WA 1VIJA 1EC1A 5P3XA 5P6LA 1Z8CA 5ENMA 3CIBA 2ZHVA 4AUCA 3QS1A 3EMYA 5P2IA 2PWCA 5P77A 4CMSA 3BUFA 1EC2A 4Y4TA 2I4DA 5SXNA 5P12A 3QPJA 1AXAA 3EKVA 3PLLA 4Z22A 1GVXA 1KJFA 2IDWA 3KN0A 5P8GA 3UDNA 4HVPA 5KQYA 2I1AA 5P4BA 2BJUA 3Q3TA 4NJTA 5P1SA 2Q64A 1C70A 4PYVA 3CYWA 3ZKMA 1K6PA 4GIDA 2FDEA 2BB9A 5P0KA 3L58A 3QRMA 1FKNA 3NDXA 7HVPA 5APRE 2H6SA 4Y3QA 5P0OA 5HTZA 1T7IA 4EPJA 3SKFA 5P6NA 1FGCC 1NH0A 3IVIA 3UPJA 5P5DA 3EL9A 3HBOA 3SA6A 5P8BA 3ZKSA 5P06A 1FMBA 3K5DA 5P11A 4LXKA 4EJ8A 4L7GA 2OHSA 2XFKA 1QBTA 4Q5MA 5P7RA 5P1HA 5P5KA 1BWAA 1LS5A 4KE0A 4EHCA 2AOGA 1ODYA 3G72A 2AOFA 5P84A 4FRKA 3HDKA 1T3RA 5P1YA 4I1CA 4FE6A 4KE1A 5P8PA 1M0BA 5KR2A 3CICA 5JFUA 5P1LA 3PM4A 3L38A 2P3AA 5P6OA 5P3AA 4B72A 5IVSA 1TSUA 1YTGA 4Y58A 3O9BA 4Y3XA 4OBJA 4Y3GA 1HTFA 1HVRA 3VSXA 1HEGE 5P43A 1M43A 2PC0A 2VKMA 3KFRA 1MERA 3KMXA 3UQRA 5C9DA 3U71A 2OHRA 2WHHA 2FDPA 1G2KA 4HEGA 5P6DA 5P3CA 5P8FA 2ZJLA 4GJCA 3R2FA 5P7SA 5P76A 2VIEA 4NPTA 3UHLA 1SDVA 2IKUA 3CKRA 4Y3SA 5P64A 3KFSA 1W51A 1XE6A 5P6EA 3NUOA 3OU3A 5P86A 3D3TA 5B18A 4Y5NA 5P23A 5PEPA 5EZXA 3BGBA 2J9JA 3D1XA 4RVXA 5P2XA 3TOGA 1FQXA 1MSNA 3PBZA 3O9DA 5P6WA 2IENA 3EKTA 2ASIA 2IGXA 1MT9A 5P5CA 2QD7A 4Y4AA 5P1BA 3G70A 5P60A 2R5PA 5AHBA 3GI0A 1HVIA 3NU4A 5OZ5A 5P5UA 3G6ZA 4OC6A 5P7MA 5P4WA 5I70A 4EXGA 4DJVA 3OAGB 3O9GA 3L3AA 5P0AA 4Y4BA 5OZQA 2B7ZA 3CKPA 5OZ9A 5P08A 3R0WA 4K8SA 3U7SA 1ODWA 2AODA 4FS4A 5P0TA 2OHKA 2QI4A 3H5BA 5DPZA 4Y5CA 4B1EA 5P4HA 1ZSFA 5OYRA 2HM1A 4ZSQA 3PCWA 5P15A 4BFDA 5P8JA 1K1UA 3OU4B 5P5IA 3ZKIA 4Y3PA 3LIZA 1QBSA 5P49A 3L5BA 5P0QA 2AVMA 4FRJA 3GGUA 4D88A 1BVEA 4Y54A 4NJVA 5P2FA 2B7FA 4J1IA 5P4AA 5OZXA 2V11C 1HPOA 5P1AA 2FS4A 3ZPTA 1F7AA 3NUJA 4I0EA 2VA6A 1SBGA 5P5SA 3JVYA 2P3BB 5AH7A 3NWQA 1ZTZA 3DM6A 4Y38A 2B8LA 3DUYA 1K6TA 1C6XA 5SZ9A 2QI7A 3VEUA 4CPSA 4RYGA 3F9QA 5OZ2A 2JXRA 5CONA 4Y41A 1ZP8A 5P30A 3UDJA 5P8SA 3K5FA 3ZKQA 5DR0A 1HTEA 4ZPEA 2NR6A 3S54A 1D4HA 1W6HA 4Z4XA 3QN8A 2VJ9A 5P5AA 2G1YA 4Q1NA 4Y48A 4Y4UA 5P4XA 3LZSA 3IGBA 1LV1A 5P0HA 2ZJKA 1E80E 4H3IA 5P2OA 2A4FA 3TOFA 3OU1B 4JOOA 1MEUA 2F80A 3KF0A 1FF0C 2AOEA 2PH8A 5P13A 4ACUA 4YD4A 4FAFA 2OHUA 4EWOA 3CYXA 3S2OA 4DQHA 4EP2A 3AIDA 1NPAA 3O9EA 2P3CA 2R3WA 4BELA 5P39A 5OZ7A 1QBRA 5P0XA 5AHAA 5P2SA 1GVVA 5P5WA 4Y51A 5ER2E 4WY6A 4Y3WA 3NXNA 5HDVA 3VYFA 1B6MA 3QRVA 1EPME 1META 4CPRA 2UPJA 4GJDA 5P85A 5ENKA 1BDQA 5P7ZA 3PVKA 5P5ZA 1EC3A 4Y5AA 5P4ZA 2ZJIA 4GYEA 4QLHA 5AH8A 4ACXA 4Y4ZA 5P62A 3DV1A 2G1SA 3PRSA 2QMDA 1MUIA 5OZWA 1HXWA 3WZ7A 3VG1A 3Q70A 1IZIA 5P4UA 3LIVA 5OZOA 5P3VA 2ER9E 3VF3A 3VYEA 1IZHA 3OXCA 5P2KA 4ER1E 1GNMA 1DP5A 2NPHA 3OADB 2Q55A 1SGUA 5C9BA 5P09A 5OYSA 4K9HA 1A94A 1IZDA 5AGZA 4FM7A 2F3FA 5P7DA 1BXQA 1JLDA 5P5NA 1IDAA 4J1KA 2PMAA 3I7EA 4Y56A 1LYBA 5HU0A 3OUBA 3UDKA 1WKRA 4YDGA 3QROA 1ER8E 3OQFA 5P36A 3MSJA 4J1EA 5P2LA 1QS8A 1WBMA 3VSWA 4YDFA 2Q15A 1FEJC 2WF2A 4QJ2A 5P3EA 5DR3A 3A2OA 3ZOVA 5P6TA 3SM1A 5P5MA 5P66A 5P6FA 4U7VA 2IGYA 5OZ3A 5P6MA 2ER0E 5DQ5A 2IKOA 4QJ9A 1FG6C 3ZLQA 4DVFA 1EPPE 1IZEA 1AVFA 4YCKA 1D4JA 4LP9A 5P2RA 4WTUA 2HPEA 3K4VC 3Q5HA 4FLGA 3ZPUA 4D85A 3OQKA 1IBQA 5P0MA 1HEFE 1F34A 5P3PA 3PWRA 3PCZA 5P0SA 1MIQA 3UDRA 4YD6A 5F00A 4DJUA 1HSHA 5DQ1A 2RENA 2HS1A 3KFNA 5P27A 3D20A 2ZHRA 4GJ7A 3OHFA 5P2UA 1EPOE 2PH6A 5P68A 3KT5A 5P4KA 1BV9A 5P56A 5OZBA 5P6QA 2AOIA 3IXKA 2I4XA 1LF4A 3LZVA 2OHPA 5P50A 4Y45A 5OYXA 5P33A 4Y3LA 3PJ6A 1ZPAA 3OUDB 1HTRB 5OYUA 1E81E 3T7XA 5P7GA 5C9FA 2ER6E 3GI4A 4B1DA 5OZNA 2Z4OA 1QDMA 3MSKA 3PWMA 4H1EA 5HE4A 4I11A 5OZ0A 2AVSA 3DCRA 4Y35A 1HVSA 5P59A 4DJXA 4GJ8A 1AM5A 4YOAA 2OHMA 5P3OA 3OGPA 4J55A 4Y3TA 4ZLSA 2XFJA 3O9LB 3TOHA 2QZLA 4N00A 3CIDA 1MT8A 5ISJA 4Y36A 4J1HA 3OQDA 5DR8A 2F8GA 5TOLA 5P3KA 2IQGA 2QNPA 1TSQA 4Y37A 4Y5EA 5OZRA 5P2GA 5P5XA 1J71A 5P1FA 2WEDA 3WZ6A 1HRNA 5P7FA 5P61A 2G1NA 4I0GA 2G24A 5P0IA 3T6IA 2Q3KA 3DK1A 3PSUA 3T7QA 5P2TA 4EJDA 3EL5A 3INHA 2PSUA 1SH9A 4YBIA 5P8VA 4AA9A 4GJBA 5P1KA 4YD7A 5P6PA 1MESA 1YTJA 4DQEA 1GVUA 5P3SA 4LBTA 5P0GA 3ER5E 2RSPA 4ER2E 5P63A 3PEPA 3FX5A 4GJ5A 3OUAA 5I3YA 5KAOA 5P8NA 3URLA 5P3JA 1A30A 3UDQA 5HCTA 2V12C 1PSAA 5HCOA 4ZE6A 3VLAA 2QAKA 3L5EA 4A6BA 3B80A 1ZAPA 1MTBA 5P82A 4AA8A 1SDTA 3UTLA 2B42A 5HDZA 1GNNA 5HVPA 2ANLA 4FCOA 4J5JA 1LF3A 5OYVA 4B00A 5OZGA 4HDFA 3SA9A 4DJPA 2VA5A 2OHTA 4JPEA 4Y9WA 1M4HA 3UDPA 1HWRA 5P4JA 5P2DA 2UY0A 3APRE 3S7LA 3UQPA 1HIHA 5IS4A 4RVJA 1RL8A 5P6IA 4B0QA 5P7UA 5P65A 4EXHA 5P7CA 4APRE 2PYNA 3EXOA 3EL4A 1HOSA 4DJYA 5OZEA 2QI3A 5P1MA 2WJOA 1BBSA 1BILA 1E5OE 2BKSA 4MC2A 3TPJA 3BGCA 5P3DA 3RSVA 5OYWA 2OHLA 1Z1HA 1PPME 4RROA 3UDMA 5OYYA 1FQ8A 5P1EA 5P0CA 4Y43A 3SM2A 2BKTA 4Y3AA 1B6PA 4F76A 3TTPA 1HTGA 5OZUA 4XX4A 3OU4A 5JODA 4Y4GA 2XYEA 2BPZA 3LZUA 5P5FA 3QVCA 3PMYA 4B77A 2NNPA 2FXEA 4RLDA 1FMUA 3ZKGA 1B6JA 4B05A 4Y5MA 3GGVA 2V10C 4H3FA 5P8TA 4NJUA 2P3BA 4IVSA 3APPA 3GI5A 1QRPE 2OHNA 3HVGA 4DV9A 4Y4XA 4X2LA 5COKA 3FSMA 3QP0A 5OZTA 1U8GA 4TRWA 3IAWA 3MSLA 3KT2A 4YCYA 4Y44A 4B1CA 3FNTA 4DI2A 2NTRA 4H3GA 2O4LA 2HS2A 4NKKA 4Y6MA 4GJAA 5P1UA 3TH9A 3I2LA 5P1VA 3VCMA 2WF3A 4XKXA 4DQCA 3Q4BA 2BPWA 2WKZA 5P6KA 5BRYA 5DQ2A 1D4KA 2RKGA 3HLOA 5EZZA 5P5RA 3I8WA 1K6VA 2ZYEA 4I0JA 2G20A 2WL0A 6APRE 5OZKA 5P1NA 2JE4A 3LZYA 3EL1A 5P78A 1A9MA 4H3JA 1LZQA 2O4SA 4R91A 5P0LA 2B8VA 5P45A 1E82E 2VA7A 4OD9B 5P74A 3SACA 5P8DA 2FMBA 4K4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PSY A;  3MXD A;  1KZK A;  5DR4 A;  2QZW A;  5OZC A;  5I3X A;  4YE3 A;  5P03 A;  5P0F A;  2G1O A;  6UPJ A;  1T7J A;  2G22 A;  5P38 A;  4A6C A;  1FQ6 A;  3NU6 A;  4PHV A;  5OZ6 A;  4J1F A;  5OZY A;  2ZHU A;  1UH9 A;  4JPC A;  2ZE1 A;  5P3M A;  3OOT A;  2FXD A;  5P4Q A;  3EKQ A;  2P3D A;  1C6Y A;  5P3Y A;  3FNS A;  5P4G A;  4X7I A;  2QU2 A;  5P0V A;  5KQX A;  1A8K A;  3BUG A;  2BBB A;  3TLH A;  5P6X A;  2A1E A;  5P4N A;  1ZLF A;  3LPI A;  3URI A;  4QJA A;  4WY1 A;  3NDW A;  1TCX A;  3NSH A;  1CZI E;  1LYA A;  5P2E A;  5P8R A;  3L5D A;  4Y5G A;  4D83 A;  4RCD A;  1EPQ E;  1TQF A;  5I3W A;  4Q1X A;  2AVV A;  5P41 A;  1G6L A;  4QJ8 A;  5HDX A;  5P4C A;  3NDT A;  2QHY A;  1AJX A;  3HAW A;  1ZJ7 A;  1DPJ A;  3HZC A;  3NR6 A;  3EKW A;  5FIV A;  5P32 A;  1YTH A;  4J17 A;  1KJ4 A;  3PBD A;  5P1T A;  5P79 A;  5P3T A;  2QD8 A;  3L5C A;  4GJ9 A;  2VNN A;  2PSG A;  2Z54 A;  5P0J A;  3FIV A;  1XE5 A;  2JJI A;  4BFB A;  1FIV A;  4HLA A;  4RVI A;  4Y5K A;  4Y4W A;  5AH9 A;  1OD1 A;  4Y53 A;  5BWY A;  3OUD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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