2HPEA

Comparison of the structures of hiv-2 protease complexes in three crystal space groups with an hiv-1 protease complex structure
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the Structures of HIV-2 Protease Complexes in Three Crystal Space Groups with an HIV-1 Protease Complex Structure
rcsb
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 2
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hpeA00
3VYDA 2ZJLA 4MC9A 5P4VA 3M9FA 3A2OA 1M4HA 4QJAA 5P65A 5C9DA 5OZNA 3NU5A 3T3CA 1SBGA 5P5DA 3ER3E 1HTGA 3K5FA 1LYWA 1FQXA 5P4WA 1JLDA 5P53A 1E5OE 3DK1A 3O9AA 4I8WA 1GKTA 5JFPA 3ER5E 2RSPA 4B1CA 2AOEA 5P7OA 5P8BA 3APPA 5P7FA 4Y5MA 5HDVA 1OD1A 1E81E 3D3TA 3URIA 4BFDA 5KQYA 3NWQA 4GJ6A 4HE9A 2B7ZA 3OGQA 2R5PA 3EMYA 3O9FA 2WF2A 5P5BA 1IDAA 4GJDA 3UDRA 5P7KA 3OOTA 5P3KA 4TRWA 5P2NA 4ER2E 3SA8A 5P1BA 3CIBA 2P3BA 2R3WA 2FXEA 4ACXA 5OZEA 4DH6A 1TCWA 4Y38A 5P0VA 4OBFA 3L3AA 4Y51A 5P19A 4DPIA 3SPKA 4LC7A 4NJSA 5OZLA 1PPME 2QMGA 4RROA 3R2FA 1T6GA 3LHGA 2QZKA 4TRZA 2G1OA 1BV9A 5P4SA 4DJWA 3BHEA 3UDJA 4DPFA 5P3DA 2ZHSA 4H3IA 5DR0A 5P3TA 5P17A 5P0TA 4NJUA 1HTFA 1OEXA 2QMPA 4HDBA 3G70A 3S45A 5P4UA 3OQ7A 5HDZA 5P89A 5P1XA 5P1NA 2QMDA 3S7LA 3PBZA 3SA6A 5P7HA 5P20A 1PSNA 5I70A 2I0DA 4K4QA 4Y36A 3VSWA 5UPJA 1MTBA 3EL5A 3QRMA 1ZLFA 5P4NA 3PMUA 1W5YA 5P87A 4Y56A 3GGVA 4H1EA 5HD0A 5APRE 4B0QA 1XE5A 1LS5A 1QRPE 5P6BA 2P4JA 1XL2A 1QBRA 5P69A 3OU1A 4M8XA 1ZSRA 5P2QA 4Y44A 3KDBA 4K4RA 4Y50A 3L58A 1EPQE 5P5QA 1PPKE 3EBZA 4JECA 5P6DA 3UDMA 3KYRA 5IS4A 2NR6A 2P3DA 4Y3ZA 2FDDA 2HB4A 2AOHA 2JJJA 3KN0A 5P04A 3LITA 2OHMA 1C6XA 5SY2A 2AZ8A 4J1KA 2NMYA 4J1IA 3MWSA 4ZSQA 5DQ1A 2ER7E 5P7RA 1Z8CA 2IKUA 5HE4A 5P0IA 1T7JA 2AZCA 3ZKXA 4OBJA 2VIYA 5P39A 4RVXA 1MVPA 4DJYA 4L1AA 5P1PA 4Y35A 2FGVA 3KA2A 1YT9A 3INFA 4EQJA 3PLLA 4KUPA 4Y4EA 5I3YA 3ZL7A 3LIZA 1HPVA 3O9HA 5P68A 4FRJA 5P4DA 2QMFA 2Q54A 1HOSA 3NXNA 4J0ZA 5KR2A 2NXLA 4Y4ZA 2VJ7A 1MT8A 5P79A 4PEPA 2R43A 5P5RA 3UQXA 5P70A 3L5CA 1G0VA 5P62A 1HIVA 3NSHA 3ZKSA 5P2TA 5P0EA 1D4IA 2G1SA 2I4UA 5P6CA 1KZKA 4H3FA 4Y3FA 2OHRA 3VF7A 4OD9B 2B7FA 5P30A 1SMRA 1LYAB 1RQ9A 1HTRB 2H6SA 5OYZA 4Y39A 3ZOVA 5IVRA 5AHAA 5OZ6A 4Y3YA 2A4FA 4RYCA 5P49A 3S43B 3T7PA 5AH9A 2ZJKA 3SKFA 4DQFA 4YD4A 3SABA 1HBVA 4FAFA 1TSUA 5OYUA 3I25A 1FQ8A 5P7MA 1GVTA 4HVPA 1BVEA 5KOSA 1SIPA 5P6EA 3OY4A 4BFBA 3HBOA 5P4IA 1HIHA 1J71A 3IN3A 2J9KA 4Y4XA 4RVIA 5P2RA 2AVSA 3WB5A 3L5EA 3HD8A 4GYEA 1HPOA 5P0PA 3LPIA 5F01A 3HAWA 5P1CA 3SA3A 4F74A 1F34A 1DMPA 2BJUA 5P6GA 4ER1E 3WZ7A 1XS7D 5P0BA 2WF4A 5P5YA 4FE6A 4L7HA 5P2SA 2HS1A 5P7ZA 4JPCA 5P1YA 4DVFA 5P8HA 3I2LA 1MSMA 4KB9A 1MRWA 1ZPKA 3MXDA 1NPAA 3KDCA 3FNSA 5P8JA 1AJXA 1BDLA 4APEA 3INHA 5P13A 3VSXA 5P8IA 3ZLQA 1F7AA 3ZPSA 5COKA 3OU1B 5P5AA 2RKGA 2PSGA 2HIZA 4OC6A 3QVIA 5OZ5A 4UPJA 4Y41A 1ODXA 3QRVA 3PGIA 3KFPA 5HCTA 4B1EA 5OZSA 3GGUA 5P59A 2F81A 1KJFA 3O9LB 3VV8A 5P14A 5JG1A 1APVE 4I0IA 3OXVA 3S53A 5P3AA 2AVMA 4MC1A 2FDPA 3PLDA 2R9BA 2B60A 4YD7A 5P6SA 5P5TA 2BKTA 5OYSA 3U6AA 1YX9A 4OBDA 4XKXA 4YE3A 1ZP8A 4ZSMA 3NU3A 1FLHA 3UCBA 1DIFA 5P8SA 2G26A 5HDUA 4XXSA 5P03A 4DFGA 5P38A 3OAGB 3D1ZA 1HHPA 5AHCA 5P1UA 3IXJA 2IEOA 4GZFA 2QZXA 5P1DA 2OHKA 1AM5A 5P75A 2CENA 3LPKA 4Y5BA 3EL4A 3PRSA 3UFLA 3K5CA 5P8AA 4D88A 4Y5LA 5SXNA 1TZSA 2V00A 4Y47A 2QD8A 2NNKA 3SO9A 1ZPAA 2WF0A 3LINA 3NDUA 1ZSFA 3SKGA 1RL8A 4DI2A 5HU1A 2B42A 4Y3MA 4H3JA 1BXOA 2A1EA 1XE6A 2P3AA 5P00A 4DV9A 2WF3A 5P2YA 5P1HA 5P1TA 3PSUA 1SIVA 2QAKA 4YA8A 5P3XA 4FRKA 1SDUA 3SM1A 1D4JA 2VNMA 3PM4A 3PSGA 5P3SA 1E82E 4YOAA 2WEZA 3RVIA 1HEFE 3PWWA 4AUCA 1FG6C 1YTGA 3BUHA 4FRSA 4I0GA 5P5EA 4Y4WA 3CICA 3OK9A 2VNNA 4B70A 5P50A 3TTPA 4HZTA 5OZTA 2G69A 1WBKA 2HPEA 4RGHA 4L7GA 5P3CA 2I0AA 3UF3A 1W6HA 3I7EA 4Y3GA 5P66A 2HM1A 5DR3A 5P3BA 5P1LA 4HA5A 2G1YA 5P7DA 5P8GA 5OZJA 2WKZA 3PWMA 3OHFA 1GVVA 1MRXA 3JVWA 5P2WA 1YTHA 2Z54A 4I0EA 5JODA 4FIVA 5C9FA 2V13A 5P4LA 4YD5A 3CKRA 4B1DA 3VLBA 3BGCA 2QNNA 1K1TA 2FIVA 4FM6A 5OYYA 3INDA 4L7JA 1HPSA 4Y4TA 3QIHA 5OZZA 5P5PA 3UDHA 1M43A 3S2OA 2Q3KA 3OADB 1HIIA 4RRNA 3T7QA 3D1XA 2ZJHA 2O4PA 2SAMA 5P8MA 3MSLA 4GJ5A 4I8ZA 4LXKA 4DJXA 3KF0A 3OUDA 2PC0A 3RSVA 4WY6A 5P2CA 1A8GA 5P0QA 5P6QA 1DAZC 3Q3TA 1T3RA 4GJCA 5B18A 5P7GA 2AODA 4R92A 2IKOA 2JXRA 1EPOE 4Y57A 5J25A 2G21A 2ZDZA 3WSJA 2IL2A 5P3YA 5P7YA 1HVLA 4FSEA 3DCRA 1MTRA 5P4PA 3ZKQA 4Y3TA 5OZBA 4ZEAA 5HTZA 2AIDA 5IVTA 3PCZA 4J1EA 5P5UA 3UDKA 5P4JA 4ZE6A 1IVQA 4FRIA 4ER4E 2OHTA 5P4OA 5SY3A 5P5MA 5P4RA 4ZIPA 5AH6A 4CPWA 3IVHA 1KJ7A 3QN8A 1BVGA 4U7QA 3L5DA 1T7KA 3IGBA 5P74A 1A30A 4Y3WA 3FX5A 5P55A 3OQAA 2OF0A 1LV1A 1WKRA 5P6MA 3BC4A 3NU6A 5P5XA 3FNTA 3QBHA 3SFCA 2VA5A 4NKKA 3AIDA 3O9GA 3TPRA 1BIMA 5P6RA 1ER8E 5IVQA 5P5WA 1B6PA 5P61A 5P7LA 4FS4A 3D1YA 3CIDA 4OD9A 4Y4BA 5P54A 5P36A 3ZMGA 2XFIA 1LYAA 3UTLA 3NWXA 2AOIA 4IVSA 5P81A 7UPJA 2HC0A 5P76A 2BPYA 1GVXA 5P16A 4Y4AA 3S43A 3O99A 1HXBA 3I8WA 3VV6A 1FG8C 4AZYA 4JP9A 3OQDA 3S54A 2BB9A 5P8RA 5AGZA 4F73A 3UDQA 3IXOA 4X7IA 3PI0A 3D91A 6UPJA 1BDQA 5P1RA 1UH9A 4Y5CA 5ENMA 3AUPA 5P6WA 2QI4A 4R93A 3VV7A 5OYTA 2QI7A 1MPPA 5P42A 4Y3LA 4I0FA 1UH8A 2QI0A 4PYVA 2B8VA 1APUE 2Z4OA 4Y4UA 3HVPA 3JW2A 2QI5A 1HXWA 4Q1YA 5P6HA 3UQRA 1MESA 4YD3A 2QHCA 2QNPA 5P5KA 1C6YA 2J9JB 4DQCA 4DJOA 4DQHA 3KFSA 5P1VA 4Z2ZA 4XX4A 1EPLE 4GB2A 2IQGA 3CYXA 1PSOE 2O40A 4CPSA 1KJHA 3SM2A 3MXEA 3OUDB 1ZAPA 4Y4JA 2BPXA 4CP7A 1K2CA 2FS4A 1G2KA 3VLAA 5P60A 4BELA 3WZ6A 5P8EA 5E5JA 1NH0A 1W51A 2BQVA 2NNPA 3UDYA 3O9LA 1SP5A 4WY1A 2WL0A 1K6CA 4FCOA 3KM4A 1DW6C 3K1WA 5P34A 3EXOA 1CMSA 1PROA 5P4ZA 1FFFC 3L38A 2UPJA 2PYNA 3Q6YA 2NPHA 5P3PA 4A4QA 1LF3A 2XFJA 5BRYA 3ZPTA 3HW1A 3TNEA 5OZMA 2PMAA 3N3IA 2P3CA 4Y3AA 3EKYA 2AOJA 1FFIC 1FQ4A 3OAGA 2ER6E 3DUYA 1BWAA 1PPLE 3SA7A 5P1WA 5P6OA 1HVSA 4I11A 1RV7A 1Q9PA 4EWOA 5P8KA 5P4QA 5T4SA 1BDRA 3KMXA 4GJ7A 5P6JA 3DV5A 4Y45A 3O9DA 2QHZA 4I12A 1MT7A 5P2JA 4DUSA 4LHHA 4Y3HA 1HRNA 4BEKA 1B6KA 1IZIA 1EC3A 2OHPA 5P1KA 1SDTA 3GI6A 1K2BA 5P2BA 2AQUA 3DJKA 2R8NA 3R0YA 4WTUA 4YOBA 5P2HA 1W6IA 5P0LA 3APRE 5P0MA 4I0DA 1OHRA 3CKTA 3URLA 3MSJA 1HVRA 3LIVA 5AHBA 2FXDA 5P09A 5P4HA 1NPVA 2IS0A 5P4YA 4MC2A 5ER2E 3O9EA 5P08A 5P05A 5BS4A 4EJKA 5P8VA 2WJOA 2HAHA 5I3VA 2RKFA 2ZJNA 1GNOA 3UQUA 5P4CA 2ZHUA 1FKNA 2AVOA 4ZSRA 3EKPA 3NDXA 4GJ9A 2WEAA 3VF5A 2QZLA 2BPZA 5P41A 3SA5A 5P4KA 3Q70A 3BUFA 4LAPA 1BAIA 2ZJIA 1N49A 5OZ9A 2WEDA 5OZHA 3Q4BA 4YBIA 5P5VA 1WBMA 4TVHA 5P82A 2I4VA 5P3JA 1HSGA 1EBKC 1K6VA 4QJ9A 1GNNA 2G22A 4YHQA 5P5ZA 5P0KA 2HB2A 5KR0A 1TSQA 3IAWA 1APWE 4R91A 3WZ8A 1MUIA 4D85A 2APRA 4DJQA 4J0YA 3TOGA 4Z50A 3VG1A 5P0HA 4ACUA 4NJVA 5P7QA 4TVGA 4RZ1A 3S85A 1B6MA 3EL1A 2RMPA 2Q5KA 2VIZA 1MIQA 5DQCA 5P40A 1ODWA 4AA9A 5P2FA 5P6XA 5P3EA 1G35A 2F3EA 1META 4EYRA 2G27A 5P3MA 5P7TA 5P72A 1SGUA 3OADA 1FQ5A 4J54A 3D20A 1QBUA 2PK5A 5P5JA 3OTSA 5P1SA 1EBZA 4Y43A 3KMYA 5AH7A 3TOFA 1Z1HA 2FNTA 5P3FA 3BXRA 3OU3A 3OUCA 3TPJA 4Y5GA 5OZCA 5P2AA 5P8CA 4B77A 5P3QA 2I4QA 5P2XA 1PSAA 2VJ6A 4Y5NA 5KQZA 2I4WA 3ZKMA 4J1CA 5P46A 5P7BA 5P1ZA 5P6ZA 2XFKA 3EKXA 3L5FA 1B5FA 2Q11A 2Q55A 3QVCA 3NLSA 1XL5A 3TPLA 5P26A 5HDXA 1LYBA 5P43A 4KE0A 4K9HA 5P73A 1T7IA 4OBZB 2ZYEA 5P1JA 4Y6MA 5P1MA 1AVFA 5EZXA 5P2LA 2HS2A 4ZPEA 3CKPA 4Y54A 5P6UA 2ANLA 4U8WA 4J0VA 3IXKA 4QJ2A 3VYFA 4K8SA 2P83A 4Y3QA 4PZWA 4RCFA 5P4FA 5P3GA 3UFNA 4EJDA 4HDPA 5P7UA 3HZCA 4YCYA 5KAOA 2QNQA 4ZLSA 3LZUA 1D4LA 5HE7A 5P33A 2BKSA 3BUGA 3H5BA 5P1EA 3PEPA 3UPJA 3N4LA 3RU1A 5P5LA 4Y4GA 5P7WA 5OYWA 5P48A 3OGPA 2AOFA 5OZVA 1KJ4A 5DGWA 1IBQA 2IGYA 5DR1A 5PEPA 1APTE 5DR4A 3IVIA 5P29A 5P06A 5P7EA 3VF3A 1D4KA 2ZHVA 5OZ7A 3NXEA 5E5KA 5P2DA 2I1AA 1MSNA 1SH9A 3GI0A 3PBDA 5OZYA 4F76A 4QLHA 1HWRA 4B78A 3SA4A 3EC0A 4Q1XA 5SZ9A 5P8NA 2PWCA 2QK5A 5P8QA 1D4SA 1UH7A 3VFBA 1FB7A 5P0SA 4Q1NA 4B00A 5P3UA 4EPJA 3SACA 5P52A 3NR6A 4APRE 2NXDA 3O9BA 1B11A 3EKQA 5P1FA 1ZTZA 4Y37A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VYD A;  2ZJL A;  4MC9 A;  5P4V A;  3M9F A;  3A2O A;  1M4H A;  4QJA A;  5P65 A;  5C9D A;  5OZN A;  3NU5 A;  3T3C A;  1SBG A;  5P5D A;  3ER3 E;  1HTG A;  3K5F A;  1LYW A;  1FQX A;  5P4W A;  1JLD A;  5P53 A;  1E5O E;  3DK1 A;  3O9A A;  4I8W A;  1GKT A;  5JFP A;  3ER5 E;  2RSP A;  4B1C A;  2AOE A;  5P7O A;  5P8B A;  3APP A;  5P7F A;  4Y5M A;  5HDV A;  1OD1 A;  1E81 E;  3D3T A;  3URI A;  4BFD A;  5KQY A;  3NWQ A;  4GJ6 A;  4HE9 A;  2B7Z A;  3OGQ A;  2R5P A;  3EMY A;  3O9F A;  2WF2 A;  5P5B A;  1IDA A;  4GJD A;  3UDR A;  5P7K A;  3OOT A;  5P3K A;  4TRW A;  5P2N A;  4ER2 E;  3SA8 A;  5P1B A;  3CIB A;  2P3B A;  2R3W A;  2FXE A;  4ACX A;  5OZE A;  4DH6 A;  1TCW A;  4Y38 A;  5P0V A;  4OBF A;  3L3A A;  4Y51 A;  5P19 A;  4DPI A;  3SPK A;  4LC7 A;  4NJS A;  5OZL A;  1PPM E;  2QMG A;  4RRO A;  3R2F A;  1T6G A;  3LHG A;  2QZK A;  4TRZ A;  2G1O A;  1BV9 A;  5P4S A;  4DJW A;  3BHE A;  3UDJ A;  4DPF A;  5P3D A;  2ZHS A;  4H3I A;  5DR0 A;  5P3T A;  5P17 A;  5P0T A;  4NJU A;  1HTF A;  1OEX A;  2QMP A;  4HDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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