2HPFA

Comparison of the structures of hiv-2 protease complexes in three crystal space groups with an hiv-1 protease complex structure
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the Structures of HIV-2 Protease Complexes in Three Crystal Space Groups with an HIV-1 Protease Complex Structure
rcsb
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 2
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hpfA00
5P2MA 3R0WA 4BELA 5P31A 1MIQA 3NXEA 5OYXA 4Q1XA 3IGBA 4Y5PA 4GJAA 2QI0A 3CKTA 2FXDA 2OHTA 4Z2ZA 3UDQA 2WL0A 3EL1A 3I7EA 3TKWA 3KFPA 3PWRA 4ZLSA 3PBZA 3GGVA 3CKRA 2A1EA 4Y41A 3EKVA 3LIYA 5P4NA 3SO9A 1VIJA 3VF5A 3BHEA 1FQ6A 4FIVA 4I0DA 5P4MA 5OZNA 4EJ8A 3IXOA 3VYEA 1FG6C 4D88A 4CP7A 3GI4A 1BBSA 5OYVA 2HB2A 2CEMA 4HLAA 5P4TA 5OYTA 3UDRA 2QD6A 3MSKA 5P7GA 1ODWA 1ZPKA 3EC0A 3M9FA 1TCWA 4FSLA 5P8QA 4I0IA 4AA9A 5P1MA 4J1HA 2VIJA 3VFBA 2B7FA 4MC2A 3OOZA 5P1WA 4EXGA 1IZEA 1AJVA 3UDPA 5P7BA 3TPJA 4EPJA 4Y5NA 1MVPA 1EPPE 3QN8A 5P2FA 5P02A 1KJGA 3HW1A 3KMYA 5KR1A 4FRSA 3S7MA 9HVPA 4LXAA 2G1YA 5OZGA 2WF3A 5P0JA 5P16A 5P1TA 4PZXA 1D4JA 1YTJA 3QVIA 4AA8A 3SLZA 4TRWA 3T6IA 1EAGA 5P3EA 2QD8A 3UDJA 1BWAA 1HXBA 5P6QA 5P7EA 5BWYA 4LP9A 1UH8A 2QMGA 2PK6A 4DQCA 3FNSA 1EPQE 1QBSA 5I3YA 1DMPA 5P8JA 5P0YA 3D3TA 2VIYA 4YD3A 2BPVA 4NPUA 3LPJA 1HBVA 1DIFA 3BXRA 1CZIE 3G72A 2PQZA 3R0YA 2WJOA 4I10A 1GVWA 5I70A 3OQFA 3QVCA 2Q54A 5P05A 5P7YA 4B1EA 1APTE 2R8NA 5P7DA 4H3IA 5ISJA 3LINA 2ZJMA 3OY4A 4LXKA 3GGAA 3L38A 2P3AA 1EBWA 2IGXA 4GJCA 2OHUA 5P0LA 1MPPA 3IVIA 4DJOA 5P1YA 5P59A 4L7JA 4DUSA 5P45A 4Z22A 2B60A 1EBKC 5P6IA 4I0HA 4DFGA 2R5QA 3PLDA 2ZHRA 2Q55A 3NU6A 5KQFA 5HU1A 2FLEA 5KQXA 1FQ7A 4DQGA 5OYUA 3OWNA 4OC6B 4J54A 5P2CA 2ZJKA 5OZRA 5F00A 5P2IA 3OHHA 1IZDA 4HVPA 3INHA 2ZHVA 3EKXA 3S43B 4Y3LA 5HE7A 4Y50A 5P3RA 1BDLA 2ER7E 5ER2E 5P8EA 4DH6A 4FRJA 4NJSA 3QBHA 1EC2A 3JW2A 4DQFA 2AOIA 1APUE 3GW5A 4F75A 3KFNA 5P8NA 1AIDA 2BPYA 4Y3PA 1HPOA 1DW6C 2QI1A 3KFRA 5P7CA 4K4PA 3LZYA 2EWYA 2QZLA 5P4IA 5P44A 4HZTA 5P6SA 4PEPA 2IDWA 1TW7A 2FGUA 5P5CA 2R3TA 1K2CA 3K4VC 3SKGA 5DGUA 1K6VA 5P0AA 5P52A 5COPA 3VF7A 5FIVA 5P5QA 5P3DA 2QI6A 1AXAA 3B80A 5P7LA 3K1WA 3I6OA 5OYYA 1HVCA 5P6GA 4J55A 1YM2A 3K5GA 1E82E 3FX5A 4F74A 1FQXA 5P4XA 2FGVA 1GVXA 2OHRA 3IXKA 4EJKA 5DQ1A 4AMTA 5P0FA 3DV1A 5P4UA 3I2LA 5P1OA 1C6ZA 3ZKMA 1AAQA 1FEJC 5P7FA 4FAFA 1BIMA 2PYNA 3QRSA 4GJ7A 3K4VA 1ODXA 4J1FA 3VSXA 1EPLE 1IZHA 2O4KA 2BPWA 4Y3XA 1F34A 3UQPA 4DQEA 5P83A 1IDBA 2I4WA 5P0KA 5P5DA 3EL9A 1LF4A 5P12A 2HPEA 4GJ8A 5P1CA 1LYBB 5HCTA 1ZLFA 5P11A 5P6YA 2P3BB 1QRPE 2OHKA 1APWE 3O9AA 4XX4A 5OYQA 5P7HA 5P69A 5COOA 5P6DA 2NPHA 4Y35A 1D4IA 2IQGA 4YCKA 5P56A 1MUIA 2RKFA 5P8TA 3SA5A 1BV9A 1M43A 4K9HA 2AZ9A 5P73A 1OEWA 3CMSA 4MC6A 5KR8A 5IVSA 3RTMA 5OZPA 5P81A 4JPCA 1TSQA 3L3AA 1XN2A 1IVQA 5P6CA 1W5YA 3WB4A 1HXWA 5OZEA 5OZTA 5AH9A 1GVTA 4HE9A 1D4LA 1B5FB 3AUPA 2VIZA 4Y3NA 5P7AA 5P3IA 3DUYA 5DQ4A 5P80A 3EKWA 3I25A 2BJUA 4Y4XA 5P7IA 1PSNA 1B6JA 5JFUA 3D1YA 5P6BA 3SQFA 3PMUA 1LZQA 3R4BA 5P5FA 5P1ZA 4YOBA 5P1UA 2AZ8A 3TOFA 5P55A 1GNNA 3OU1A 5P8HA 4B78A 5P6FA 4Y3MA 1WBMA 1HVJA 1FLHA 3UFLA 2G1OA 2PSVA 4R95A 3BGBA 4ER1E 3URIA 5P3XA 5P5BA 3KM4A 4OBDA 4BFDA 3LZUA 1BVGA 1B11A 5P2YA 4DQBA 5P1IA 4I0GA 4Y54A 5P0MA 5DR0A 2QZXA 3LITA 4ZSQA 4Y3WA 1SDVA 5OZMA 4BEKA 1MTBA 5P4SA 4GMIA 4B00A 3VG1A 1LYAA 4EQ0A 2HIZA 4FM7A 2AOCA 3MSJA 2NXMA 1A9MA 4ACUA 4ZPGA 5P5OA 5P4GA 5P6NA 4Y37A 3UPJA 1PSOE 2IS0A 2NR6A 5P64A 6APRE 3TPPA 4KE0A 5P7ZA 5P8AA 5EZZA 2VNNA 1MTRA 2QHYA 4F73A 3SABA 2MIPA 2JXRA 2AZBA 5JODA 2ZDZA 5JFPA 3UQUA 1W6HA 5P6AA 2QK5A 4HA5A 1K2BA 4I8ZA 5P46A 2WEBA 4CPRA 4H3GA 4U8WA 5C9DA 1K1UA 3ZLQA 4B1DA 3EM6A 5CLMA 8HVPA 5OZ8A 3NDWA 1G6LA 1M4HA 3PWWA 5AH7A 1K1TA 4R5NA 1YX9A 1HIVA 1A94A 5P86A 5P8KA 4B0QA 2J9KA 2JE4A 5P88A 3NSHA 5P7PA 5DPZA 5P0CA 2ANLA 3Q5HA 5P47A 5OZ4A 4K4QA 5P2TA 5P58A 5P76A 3U7SA 4YCTA 2VS2A 3VFAA 1E5OE 5P8PA 1HVHA 1W5VA 2QZWA 4Y3RA 2Q15A 5P7SA 4Y5CA 1T6EX 3O9DA 4RVJA 5P89A 4EYRA 4QLHA 2ASIA 4FM6A 3VYDA 3O9EA 5P0DA 2UY0A 3PBDA 3SACA 4Y4JA 3ZOVA 2FNTA 2XFJA 5P4BA 5DQ2A 5DGWA 1SH9A 5P8MA 1T7IA 1B6KA 2PYMA 3OADB 1LF2A 1HTEA 2O4NA 2QCIA 5P0BA 1BILA 5P37A 1GNOA 3PI0A 5P08A 5P2AA 5P6WA 1A8GA 3O9CA 2FDEA 3TNEA 4RYGA 4Y4EA 3B7VA 4OBFA 1MRWA 2IKOA 4Q1WA 3ZPSA 3SA6A 1AM5A 1RQ9A 3PRSA 5T4SA 2AZCA 2V13A 4QJ9A 4FSEA 4DJVA 5HE5A 2HAHA 5P3HA 4Q1YA 3OU4B 2ZYEA 5P17A 1ZJ7A 3HAWA 4DJRA 2G1SA 4KUPA 2F8GA 2IRZA 2R5PA 4FGXA 4FCOA 3ZKIA 1A8KA 4CPSA 2ZHUA 5HTZA 2ZHTA 5P01A 5P0RA 2G20A 2AOFA 5P5SA 2PH6A 2R9BA 3R2FA 5I3WA 3KA2A 5P2XA 4PHVA 5OZIA 5P6MA 2XYEA 3EXOA 1QDMA 2QNQA 5OZFA 3BGCA 4GZFA 5AH6A 4NPTA 3NLSA 2B7ZA 3BVBA 5J25A 2FS4A 1M0BA 4I11A 1Z1RA 5P7MA 3APPA 3N3IA 1HWRA 5P62A 3EM3A 5P1VA 2QNNA 2G1NA 1LYWB 2P8HA 2OHPA 1YT9A 2B8VA 1HTRB 3MXDA 3IAWA 2O4LA 3PVKA 3O9FA 5DR8A 4K4RA 1ZAPA 5P6KA 3SPKA 5P5AA 5P5IA 4OBZA 5P0SA 3LIZA 3CICA 5P10A 3BRAA 5P3QA 4D8CA 5OZDA 2QI7A 1MT8A 4J17A 5P53A 1J71A 2AIDA 5P42A 3HDKA 3K5DA 5P43A 5P5EA 5P82A 3HBOA 5P6UA 3JVWA 4J1KA 4ER4E 4Y3FA 3QROA 3D20A 1B6MA 1C6YA 5IE1A 2AOHA 2RMPA 5P71A 1KZKA 3QIHA 1SDUA 2WF1A 3PMYA 3QS1A 2ER0E 1HSIA 3HZCA 5AHCA 4U7QA 3VV7A 5P03A 5P2RA 5P22A 3OU1B 4GYEA 5OZQA 3F9QA 4Y43A 4Z50A 2AOJA 2WF4A 3L58A 4Y3YA 5P1LA 2OHNA 2FXEA 5P4PA 5P6HA 2CENA 5P1BA 3RU1A 2QMFA 3ZPUA 4EJLA 1VIKA 1HIHA 3DK1A 5P50A 5P34A 2SAMA 5OZOA 3IA9A 2FMBA 3IXJA 3SA8A 4FRKA 3EKYA 3SM1A 5P4AA 5P2BA 5P3WA 3A2OA 3NUOA 3NWQA 5P14A 4PPHA 3G70A 2PWRA 4RVXA 2IKUA 5P1DA 4OBKA 4NKKA 5P3NA 3OQAA 4Y4TA 4FLGA 3UHLA 3OK9A 2F3KA 5P7NA 5DQ5A 3VV6A 2BBBA 5IS4A 4ACXA 5P8IA 2HB3A 2PSUA 5CONA 5P36A 2VJ7A 5P61A 5P84A 5P1KA 5P23A 2AQUA 4J5JA 5P6RA 5P19A 2G22A 4GJ9A 5KR0A 5P00A 4L1AA 5HD0A 3EKPA 4WTUA 5P87A 5PEPA 3PCWA 5P3AA 4BFBA 4Y3SA 1HVIA 2BKTA 2AVMA 5P7KA 4ZEAA 1D4HA 2WF2A 1MESA 5KQYA 3FNUA 1C6XA 3HVGA 4RCFA 4Y36A 5P4LA 1SMEA 4D85A 5P68A 1EPNE 4COEA 5P3CA 5P3JA 3FIVA 3IN3A 4B77A 1G0VA 5P3BA 4DI2A 2V0ZC 5P2NA 1W5XA 4Y48A 1Z8CA 3EL5A 3BUGA 4Y53A 4QJ2A 4Y45A 5BS4A 3TKGA 5P2EA 4YD6A 4WY6A 5P25A 3HD8A 5P04A 2IEOA 5E5KA 5P5WA 3GGXA 4MC9A 5F01A 2BPZA 3BVAA 5P0TA 1APVE 2V16C 1FQ5A 3OUAA 3PWMA 3SA4A 1K6CA 3PJ6A 5ENMA 1IBQA 2BQVA 2B42A 5ISKA 3DM6A 3BUFA 3UTLA 1T7JA 4Y4DA 5OZ2A 4RRNA 3OXWA 4RROA 3UFNA 1XE5A 4Y57A 4R8YA 2FNSA 4IVSA 5HVPA 5P6LA 2QU3A 5P3PA 4DPIA 3OHFA 1FFIC 1D4YA 1FQ8A 4FM8A 3EL0A 4J0YA 4N00A 5DR7A 1IVPA 1UPJA 1NPWA 5P4QA 3MSLA 5P2JA 5P51A 3ER5E 1K6TA 3QBFA 4S1GA 3TL9A 3INDA 5C9FA 1T6GA 4KE1A 1SMRA 1HSGA 3DCRA 4LXMA 1WBKA 4CKUA 3PB5A 5P39A 2ZJLA 5P5GA 2RSPA 3PLLA 1EC0A 3PHVA 3L5FA 2WF0A 5P7JA 2F81A 3NDUA 4Y44A 4DJUA 5OZYA 1B6LA 5P79A 4Y5AA 2QNPA 3LHGA 1ME6A 5HDUA 3INEA 1FG8C 2O40A 5AH8A 5OYZA 5E5JA 5OZZA 3UDHA 5P7TA 3KMXA 4B70A 3DCKA 5P8LA 1QBRA 4LBTA 4L6BA 3VEUA 2Z54A 5P1EA 5P2ZA 5P0IA 1EPOE 5KOQA 4U7VA 2O4SA 3TPLA 4Y38A 3BUHA 4Y3AA 3ER3E 4APRE 1D4SA 2H6SA 4EQJA 3SKFA 3LIXA 4I12A 2WEAA 3TTPA 3NR6A 4Y3JA 2VKMA 1BWBA 4JECA 2IENA 5P4VA 2IGYA 4CPTA 3OQ7A 3K5FA 5P0QA 5P0VA 5P6EA 4YD7A 1RL8A 5SZ9A 4DPFA 5OZAA 4EHCA 2G1RA 5P3YA 2AVVA 3QI1A 5P1AA 4FL8A 2I1AA 5OZHA 3QRVA 3Q70A 2Q11A 2XFIA 2V12C 1HIIA 5KQZA 5P5XA 1EPRE 4RCEA 1GKTA 3NDTA 2ER9E 4Y39A 5P2OA 4Y3QA 5HE4A 3O9HA 5P2DA 1HVRA 1NSOA 3KN0A 5P3TA 4Y3HA 4L7HA 1MEUA 5P2VA 3HLOA 5P3VA 4QJ8A 1W6IA 4Y3TA 2QMDA 5BRYA 3L5DA 3T3CA 2JJJA 3ZKQA 4APEA 3TOHA 5P4FA 4I0EA 5P49A 5P3OA 1DPJA 1HOSA 2PK5A 2V10C 2I0DA 5P0PA 4YDGA 5TOLA 1Z1HA 3VF3A 4RYCA 5P8RA 3HVPA 4Y4BA 3VLAA 4NJVA 2QHZA 5P5TA 2AODA 4MC1A 1AVFA 4RCDA 2QZKA 5OZBA 2XFKA 1HSHA 5P0GA 1OD1A 4RVIA 5OYSA 7UPJA 1HPVA 1HVLA 4Y3DA 4ER2E 2HPFA 4J0VA 3RSVA 5P6VA 3TOGA 5SY3A 1F7AA 4J1IA 1HVKA 3IN4A 2OHLA 4YE3A 4RRSA 4YA8A 3OUDA 3O9LA 4I8WA 3OTYA 1TSUA 3S43A 1MSMA 2WKZA 4TVHA 5OZ9A 5P1JA 1HEGE 3NU9A 3NU3A 4EP3A 5HDXA 5OZ7A 1T3RA 1HHPA 3RVIA 4GB2A 5P8BA 5P6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2M A;  3R0W A;  4BEL A;  5P31 A;  1MIQ A;  3NXE A;  5OYX A;  4Q1X A;  3IGB A;  4Y5P A;  4GJA A;  2QI0 A;  3CKT A;  2FXD A;  2OHT A;  4Z2Z A;  3UDQ A;  2WL0 A;  3EL1 A;  3I7E A;  3TKW A;  3KFP A;  3PWR A;  4ZLS A;  3PBZ A;  3GGV A;  3CKR A;  2A1E A;  4Y41 A;  3EKV A;  3LIY A;  5P4N A;  3SO9 A;  1VIJ A;  3VF5 A;  3BHE A;  1FQ6 A;  4FIV A;  4I0D A;  5P4M A;  5OZN A;  4EJ8 A;  3IXO A;  3VYE A;  1FG6 C;  4D88 A;  4CP7 A;  3GI4 A;  1BBS A;  5OYV A;  2HB2 A;  2CEM A;  4HLA A;  5P4T A;  5OYT A;  3UDR A;  2QD6 A;  3MSK A;  5P7G A;  1ODW A;  1ZPK A;  3EC0 A;  3M9F A;  1TCW A;  4FSL A;  5P8Q A;  4I0I A;  4AA9 A;  5P1M A;  4J1H A;  2VIJ A;  3VFB A;  2B7F A;  4MC2 A;  3OOZ A;  5P1W A;  4EXG A;  1IZE A;  1AJV A;  3UDP A;  5P7B A;  3TPJ A;  4EPJ A;  4Y5N A;  1MVP A;  1EPP E;  3QN8 A;  5P2F A;  5P02 A;  1KJG A;  3HW1 A;  3KMY A;  5KR1 A;  4FRS A;  3S7M A;  9HVP A;  4LXA A;  2G1Y A;  5OZG A;  2WF3 A;  5P0J A;  5P16 A;  5P1T A;  4PZX A;  1D4J A;  1YTJ A;  3QVI A;  4AA8 A;  3SLZ A;  4TRW A;  3T6I A;  1EAG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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