2IENA

Crystal structure analysis of hiv-1 protease with a potent non-peptide inhibitor (uic-94017)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease with a Potent Non-Peptide Inhibitor (Uic-94017) Active Against Multi-Drug-Resistant Clinical Strains.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ienA00
3UQWA 2PH6A 2V12C 4DJRA 4Y5PA 4PZWA 5HDUA 5P6PA 5P8RA 1MTRA 3UDMA 5P0TA 1KJ4A 1Z1RA 1W50A 2PC0A 5P0RA 3SLZA 5P58A 5P15A 4DQFA 2I0AA 4Y5AA 4AUCA 1LYWA 3LPIA 4ZE6A 5P02A 4YCTA 5P2GA 1HPSA 3MXEA 3GI0A 2Q54A 5P09A 3D1XA 3GGAA 4U8WA 1T6EX 4PYVA 4EP2A 5E5JA 3RU1A 1EPRE 5P1AA 4YCYA 1MRWA 5P4EA 3EM6A 4ACUA 5P4XA 2ZHVA 2QMPA 4Y3EA 6FIVA 3UDQA 4RVJA 1XN2A 2WJOA 5AH6A 3BUHA 2G1NA 5P5KA 2B42A 2NPHA 2JYSA 2PH8A 4Y38A 5P3JA 1T7KA 2AOFA 3IAWA 3DM6A 5P4ZA 2FGUA 3TOHA 5P5TA 4NJVA 2WEBA 5P2KA 2HS1A 3GGUA 3URJA 2NXDA 4YBFA 3OHHA 3NXNA 1XL5A 5P11A 3EL0A 5P60A 1TCWA 1ZSFA 4FRJA 3UDKA 3TNEA 1RPIA 4PZXA 2QP8A 1ODXA 3VSWA 2G1RA 4J0VA 4EJKA 1K6VA 1N49A 2P3DA 2WKZA 5P45A 4DQCA 3RTMA 5DGWA 5P3NA 3QVIA 2AOGA 5P23A 1K1UA 1VIJA 1BV7A 3T7QA 1EC1A 5P6AA 2IRZA 2CEJA 3IXJA 2P3BA 3L59A 5P7EA 2J9JA 3HVPA 5P2QA 5P5RA 2ASIA 4GYEA 4Q1XA 4Y3NA 5P43A 3ZKMA 5P41A 5DR8A 4GJ7A 3LPKA 5P84A 3EKTA 3NU6A 1APVE 5P5CA 5HCTA 4BEKA 1K6TA 3SA5A 3PEPA 5C9DA 3HAWA 5P1MA 5F01A 3VV8A 2BKSA 5P76A 3LIQA 4Y54A 2F80A 5P1QA 5P8UA 1BVGA 5P8HA 5OZ4A 4QJAA 1VIKA 1LZQA 3IXOA 4ZSMA 5P69A 3UDNA 3HDKA 2EWYA 3PLLA 1MERA 4HDBA 4N00A 5P62A 3D1YA 5P6VA 1OHRA 5P2WA 3SO9A 3LIVA 4OC6A 1BXQA 2VS2A 5KQYA 1TSUA 3EKPA 5HVPA 4Y4GA 4EXHA 3OOTA 3CKTA 3LIZA 4YD6A 5P6BA 3F9QA 3T6IA 5P0LA 1LS5A 3LZSA 4YDFA 5F00A 5P51A 3TTPA 5I3YA 5P8SA 1J71A 3EKXA 3NSHA 5P7DA 5OZWA 3S8IA 1KJHA 2HB4A 5P8KA 3R0WA 1HVKA 1IZEA 1E5OE 1BAIA 1BDRA 1QS8A 5P8TA 5P82A 2VIZA 1FB7A 4GJCA 1AAQA 2O4LA 1HXBA 3IVIA 2OHRA 3I25A 9HVPA 1B5FB 4DFGA 5P07A 2ER0E 3OU3A 4FM7A 5P5EA 5OZ8A 4ZIPA 3SAAA 5P6TA 1BIMA 3UHLA 3PRSA 2Q63A 2I4WA 2B8VA 2OHLA 1GNMA 5P1UA 3DCKA 4DJOA 3OADB 1SGUA 3KMYA 5P8GA 1E80E 4Y4TA 2AIDA 3T3CA 4YOBA 5SY2A 1SMEA 4M8XA 5P5FA 3NU3A 3O9LA 1GKTA 3IXKA 2AODA 1HTFA 1M4HA 3CIDA 5P47A 5OZZA 5P0JA 1YM2A 1MIQA 5OZDA 4NJTA 5P3UA 3BUFA 2WL0A 1HIHA 4CMSA 3KT2A 2O40A 3KDDA 2Q3KA 4TVHA 4DVFA 5P5WA 3U6AA 5P4VA 3EL9A 4ZSPA 2OHSA 3VLAA 5P8JA 5P0ZA 5OZNA 2VA7A 3TOGA 4H3FA 2G22A 1FG6C 3VYDA 2XFKA 5DGUA 1W5YA 3UDJA 1NH0A 5P7MA 3BUGA 2QMDA 2ZDZA 3ST5A 5P6RA 5P3KA 4J0YA 2WEZA 1FGCC 3K1WA 2QAKA 2QHCA 2F81A 2NMYA 4A6BA 3K5GA 5P8EA 5P6DA 5ER1E 4YD5A 2OHQA 4GJ6A 3R1GB 2R38A 1LF3A 5P42A 3VF3A 1ZBGA 2APRA 3Q70A 5P5DA 2ZHSA 3EM3A 2PYMA 3L38A 4I8ZA 3VCMA 3OU4B 5OZMA 3JVYA 3OGPA 3Q4BA 5KOQA 2WEAA 4Y4XA 1EBKC 5KQFA 4Y4AA 4Y36A 3S2OA 1D4JA 4PHVA 5P37A 3D3TA 3C9XA 3KFNA 5P7WA 4YBIA 5P4JA 3MSKA 1HSGA 1SBGA 5P27A 5P1HA 4MC9A 5JG1A 1SDVA 2AVMA 3OXVA 2Q55A 2P3CA 5ISJA 5OYYA 5P86A 1APWE 3KA2A 5P3WA 4H3IA 2QD8A 3OAGB 3S43B 2AZ8A 2V16C 2ER7E 3OXCA 3UDYA 3NU9A 1FQXA 1KZKA 4Y4JA 2FDEA 5P2AA 1FFIC 1D4IA 4HDFA 5P0YA 3DV1A 1HIVA 3FNSA 5P6NA 2BPZA 1A8GA 1K2CA 1META 4CPQA 1YG9A 4I0HA 2FDDA 3O9DA 2G27A 4TVGA 3H0BA 5OZJA 3VLBA 5OYRA 4R5NA 1E81E 4DH6A 4Y41A 5P0EA 5P3AA 3K5DA 4NJSA 2UPJA 1FQ7A 1U8GA 5OZRA 1BVEA 4YD7A 1HRNA 1PSAA 3BXRA 4DI2A 3SA4A 3PI0A 5P4SA 4HVPA 1W5XA 4H3JA 5P6WA 2AZBA 5FIVA 2PWRA 2FXEA 2OF0A 3MXDA 4WY6A 2V11C 3CICA 4ACXA 4Y5LA 4Y43A 3OHFA 4Y3ZA 3T11A 4OBDA 2CEMA 3JW2A 3URIA 1G2KA 3CYXA 1C70A 3LZVA 3QIHA 5P1LA 5JFPA 5OZOA 1GVWA 2O4PA 4OBFA 3UCBA 4Z2ZA 2QNQA 3ZKSA 4ER2E 2V13A 5P59A 4MC1A 5P18A 1PSNA 5HE7A 1RV7A 5P1CA 5P67A 2IL2A 2NNKA 1AVFA 2QK5A 2AVQA 1IIQA 4TRYA 2NR6A 5OYXA 3KM4A 2HS2A 2ZGAA 3INFA 4B1EA 4I8WA 2B8LA 5P7ZA 3OOZA 4Y39A 1BXOA 4ZPEA 2B7ZA 2IGXA 5HU1A 1G0VA 4JOOA 1SH9A 5OZ6A 5P12A 2ZYEA 5P19A 2HPFA 1B5FA 3VFBA 3VSXA 5P72A 5P7XA 5P06A 1SMRA 3WZ8A 5AHAA 4DJWA 4Y3WA 2Q5KA 4RCEA 5HE4A 1EBYA 1T7IA 4B05A 3OADA 2O4KA 5P1EA 1LYBB 3KMXA 1ZLFA 2JJIA 3KFRA 5AHCA 3NR6A 4KE0A 5JODA 1HXWA 5P0MA 4YD4A 2B7FA 1YTIA 4Y3LA 5P1WA 4FAFA 4I12A 4RROA 3OUDB 2QNNA 3KYRA 5DQ5A 5P57A 1PFZA 4RVIA 1D4SA 3PCWA 5P44A 1LF2A 5P46A 1KJ7A 5CONA 5P4MA 2HAHA 5P7OA 3WB4A 3EKWA 2RSPA 4M8YA 4WY1A 5P7LA 5ENMA 5OZQA 5OZ7A 5P2RA 3AUPA 4U7QA 4FLGA 1GVTA 3ZPUA 1ZSRA 5P5UA 1UH8A 1TQFA 5OZPA 1BDQA 5CLMA 5P5LA 4E43A 2WEDA 4I10A 3APPA 4Y5CA 3HZCA 2FIVA 4JECA 3LNKA 5OZKA 4K9HA 5P32A 3SPKA 5P4YA 1HVCA 4Y58A 5AH8A 5COKA 5IS4A 5P4RA 5DQ4A 5P8NA 1HSHA 1EBWA 3ZLQA 2FNSA 1GVXA 2QU3A 4DUSA 3R0YA 3KT5A 5OYUA 5P6HA 1EC0A 2ZJIA 3EKQA 3BGBA 3PBDA 3TPPA 1HTEA 5P35A 4Y37A 1ZP8A 3ZL7A 1MRXA 5P7VA 4EJ8A 3QROA 4CPXA 5C9BA 1XE5A 5P08A 5P5AA 5P7QA 1A94A 3MWSA 3U71A 5P0HA 5P38A 3L58A 5P2VA 5TOLA 1DMPA 5P5MA 2VIJA 1DP5A 3OU4A 2VJ9A 3OU1B 1ZPAA 4Y4WA 4Y35A 2QMGA 5KR0A 1YM4A 4D85A 2ER6E 3G6ZA 5P31A 4Y50A 4GMIA 1TW7A 3RSXA 3SQFA 3D20A 4NJUA 5P75A 3FIVA 3GI6A 5P4TA 2CENA 1E82E 1C6YA 3SA7A 5P6MA 5P8IA 4RYCA 3BVAA 3EM4A 4Y44A 3OAGA 4Y3GA 3S43A 4YOAA 5P5JA 3INDA 2WF0A 3OUCA 4I0EA 3SKFA 4J0TA 5P0SA 3DUYA 1K1TA 4ER4E 5P4QA 4Y5KA 4ZEAA 1TCXA 5KQZA 2VA6A 1ZTZA 3OGQA 3HAUA 1YT9A 5P30A 2QNPA 5APRE 5P1ZA 4AZYA 5OZSA 2BJUA 4I0ZA 1M0BA 2SAMA 2PK5A 1BBSA 5P8LA 4DQBA 5HE5A 4GJ8A 4DV9A 4I0DA 1LYAB 3SM2A 1MPPA 5P6GA 5P3IA 5P54A 1CMSA 5P5BA 2AQUA 5DQ2A 5P3DA 1YTGA 5P7CA 3JVWA 5OZ9A 4Y4BA 2I4QA 2QCIA 4FIVA 4ZLSA 5P0VA 2I4DA 2OHUA 4Y57A 4RCDA 2JXRA 2ZJMA 3ZKIA 1FIVA 3QRMA 5P3VA 5KR1A 4OBGA 5P68A 5P4DA 5P5QA 4EQJA 4WTUA 5DR0A 5P8VA 3LZUA 3CMSA 2PQZA 4F76A 1XS7D 1FMUA 3PWWA 2F3KA 2VNNA 2OHPA 2VIEA 5P3EA 4JPCA 2QD6A 5P7HA 2IQGA 1D4LA 1Z1HA 2QHYA 5COPA 3IA9A 5P4PA 4J1HA 4I0FA 5OZXA 1HWRA 3SA3A 2A4FA 4B1DA 3QS1A 3ZKXA 3PJ6A 3AIDA 3G70A 4Y3SA 3S85A 1ME6A 2I0DA 3SACA 5KQXA 3L3AA 2G24A 1HVSA 4Y5BA 2UXZA 2AVOA 5P0OA 5P0XA 4Y3MA 4LC7A 1IBQA 5IVRA 2RMPA 3EMYA 5DR1A 5P2HA 5P1SA 5P4BA 2IS0A 5P13A 3L5BA 5P0BA 4KE1A 5J25A 4Y3JA 2Q64A 5P65A 1AIDA 1FMXA 1GVUA 3MSJA 2V00A 1HVJA 2G21A 3K5FA 1Q9PA 4Y4ZA 1CZIE 2NXMA 3QBFA 3PSGA 4RRNA 5P63A 3FKTA 2HM1A 5HDVA 2IKOA 3OQFA 5P74A 1BV9A 5P49A 1FMBA 5P2XA 1LYBA 3NDTA 3PVKA 3UF3A 5I3WA 2A1EA 2H6TA 3PGIA 1T7JA 4FE6A 5OYSA 4GJDA 2R5PA 1IVPA 5JFUA 3OUDA 2RKGA 5P79A 5P3RA 4LXKA 5P4HA 1AJXA 5P7GA 4RVXA 5P4LA 5BRYA 1FFFC 4BFDA 3BVBA 1HVLA 3ER5E 1Z8CA 3NU4A 4Y47A 4GJ5A 1PSOE 5P36A 3VYFA 3CKRA 5OZLA 1B6KA 4Y51A 4S1GA 5P5HA 5T4SA 3SABA 5P1IA 5P2DA 4I0IA 4I1CA 5P7RA 4L7GA 1HTRB 3TPJA 3VUCA 2XFIA 4XX4A 3RSVA 2O4SA 1SDUA 3QI1A 4QJ8A 1WBMA 4LXMA 4FS4A 1HVRA 3VF5A 1T3RA 3LPJA 2R9BA 5P0AA 5P77A 5PEPA 3ZKNA 5P3HA 1NSOA 4RRSA 1SP5A 5DQCA 5P52A 4B0QA 3QAAA 2AZ9A 1A30A 2OHNA 5P8AA 2F8GA 3EKVA 4Y3FA 4OBKA 3SKGA 3ZMGA 5P50A 5P0WA 4I0JA 4A4QA 2R3TA 2XYFA 1GNNA 3T7XA 3O9GA 4HDPA 4UPJA 3GW5A 1B6PA 3HVGA 2HC0A 4B1CA 3NU5A 3CIBA 5P89A 5P5VA 2ZJKA 4XKXA 2ZE1A 3Q6YA 5OYVA 1AXAA 3OU1A 3O99A 1A8KA 4Y3TA 2PYNA 4FSLA 3VV6A 3N3IA 3I8WA 5P2NA 1PPLE 1FQ4A 3O9IA 4FM8A 5P5YA 2RKFA 3B80A 5P5GA 4QGIA 5P2YA 5P73A 3TPLA 1W51A 3Q3TA 5P34A 3GI4A 3EKYA 8HVPA 3RVIA 2B60A 4Q5MA 4CPUA 5ISKA 3FX5A 3L5EA 4CPTA 4J1IA 5P3CA 3LIYA 3KN0A 5C9FA 1MSMA 1G35A 1F7AA 2OHTA 5P83A 5P53A 4Y3PA 2IDWA 2ZJNA 2G1SA 5P6LA 5P81A 4R91A 4FL8A 3WZ7A 3TKGA 4DJPA 4QLHA 2PWCA 2G20A 1FF0C 1FQ5A 5P0DA 2BPYA 2Q11A 3DJKA 5P2SA 5HDZA 5P1YA 1HPVA 5P4FA 3LIXA 4Y6MA 3PWMA 3S54A 3FNTA 5KR2A 3D91A 4APRE 4DQGA 5P3XA 1BILA 4MC6A 2AOEA 4B72A 3GGXA 3NXEA 1LYAA 4RCFA 3NUJA 2WF1A 4AA8A 4DPFA 4K8SA 1OD1A 5P2IA 2QI1A 4Y3YA 5P7YA 5SY3A 1HPOA 4CP7A 2BKTA 2FNTA 2OAHA 1KJFA 2PK6A 5IE1A 3OWNA 1W6HA 2AOIA 1FQ8A 4K4RA 2WF4A 5HTZA 1AM5A 2VNMA 1ZPKA 1FQ6A 4HZTA 3O9HA 4OBZB 3UQPA 2ZHRA 4AA9A 4KUPA 3NDUA 5P03A 1EPPE 2PSGA 4X2LA 1UPJA 3INHA 4PEPA 3UFNA 4B77A 4Y3QA 2V10C 3UPJA 1XE6A 4NPUA 5P4NA 5P1GA 1EPQE 3N4LA 4EP3A 1WBKA 3IGBA 3PLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UQW A;  2PH6 A;  2V12 C;  4DJR A;  4Y5P A;  4PZW A;  5HDU A;  5P6P A;  5P8R A;  1MTR A;  3UDM A;  5P0T A;  1KJ4 A;  1Z1R A;  1W50 A;  2PC0 A;  5P0R A;  3SLZ A;  5P58 A;  5P15 A;  4DQF A;  2I0A A;  4Y5A A;  4AUC A;  1LYW A;  3LPI A;  4ZE6 A;  5P02 A;  4YCT A;  5P2G A;  1HPS A;  3MXE A;  3GI0 A;  2Q54 A;  5P09 A;  3D1X A;  3GGA A;  4U8W A;  1T6E X;  4PYV A;  4EP2 A;  5E5J A;  3RU1 A;  1EPR E;  5P1A A;  4YCY A;  1MRW A;  5P4E A;  3EM6 A;  4ACU A;  5P4X A;  2ZHV A;  2QMP A;  4Y3E A;  6FIV A;  3UDQ A;  4RVJ A;  1XN2 A;  2WJO A;  5AH6 A;  3BUH A;  2G1N A;  5P5K A;  2B42 A;  2NPH A;  2JYS A;  2PH8 A;  4Y38 A;  5P3J A;  1T7K A;  2AOF A;  3IAW A;  3DM6 A;  5P4Z A;  2FGU A;  3TOH A;  5P5T A;  4NJV A;  2WEB A;  5P2K A;  2HS1 A;  3GGU A;  3URJ A;  2NXD A;  4YBF A;  3OHH A;  3NXN A;  1XL5 A;  5P11 A;  3EL0 A;  5P60 A;  1TCW A;  1ZSF A;  4FRJ A;  3UDK A;  3TNE A;  1RPI A;  4PZX A;  2QP8 A;  1ODX A;  3VSW A;  2G1R A;  4J0V A;  4EJK A;  1K6V A;  1N49 A;  2P3D A;  2WKZ A;  5P45 A;  4DQC A;  3RTM A;  5DGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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