2J9JA

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor jg-365
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9jA00
2Q3KA 3LNKA 5P3FA 1PPME 2HAHA 1KJGA 2OHLA 3ER5E 5DGUA 3SPKA 2Q5KA 2AZ9A 2IEOA 5P8UA 3INFA 1HTRB 4DI2A 3OGQA 1DMPA 3UCBA 4UPJA 3ZLQA 2PYMA 5P5BA 4Y3EA 5P8RA 3ZPSA 4K8SA 2HIZA 5HD0A 4FL8A 3VF3A 1HVCA 5OZWA 2IGYA 3OQKA 5P0DA 2O4SA 3HAWA 4APRE 4Y3JA 5P7JA 1E82E 2FDDA 5IE1A 2WECA 3KDBA 5P0JA 1AJVA 5P5VA 5P5RA 4Y5LA 5P5HA 6FIVA 1G2KA 1B11A 4ZE6A 5P03A 5P4HA 6APRE 5PEPA 5P33A 4CPTA 1K6CA 5P0YA 5P63A 1ODWA 1DPJA 2WF1A 3EL9A 3EKVA 2IKOA 3OADB 1PSNA 1HWRA 4LC7A 5P0AA 2AVVA 5P02A 5EZZA 1TSUA 3L3AA 5P6PA 1A94A 4L1AB 5P6JA 4DQCA 5OZVA 3UQPA 1UH7A 7HVPA 1SP5A 5P8AA 1BAIA 1U8GA 5P0VA 5P4VA 4B1EA 5P7IA 4J1IA 5P1SA 5KR1A 1TZSA 3EKWA 5HDXA 2UXZA 1HPXA 5P6XA 3U7SA 1ODXA 3LIXA 2ZDZA 1K1UA 3SACA 1MT9A 3QROA 3NU6A 3VYDA 5P8MA 1FQ5A 4FRJA 4DJRA 4H1EA 5P4BA 4RLDA 3LZYA 5OZKA 2ANLA 1HBVA 2Q55A 2VA5A 2WEAA 1FG8C 5P1PA 1HPVA 5P0XA 3D1XA 4QJ2A 1MPPA 5JFPA 4KE1A 4Y3AA 3QVCA 3O99A 1EC2A 1HSHA 3CYWA 1CZIE 3HLOA 2NMYA 3NR6A 4HEGA 5P4UA 3PEPA 5SZ9A 3TKGA 5P1UA 3TTPA 3IXJA 3LIZA 4COEA 5P38A 1NH0A 1E80E 4I0EA 5P05A 3PI0A 2B60A 5P72A 2RSPA 5ER2E 2FIVA 5P20A 1K6TA 3VSWA 1HPSA 3SA9A 3UPJA 2QMGA 4Y36A 1FQ7A 3R2FA 4Y3DA 1GKTA 3O9AA 1T7JA 4IVTA 3LZUA 3G72A 7UPJA 5P5ZA 5COOA 4RRSA 5P81A 3FNSA 5CLMA 1QS8A 3PSGA 5P3RA 5P6LA 2FLEA 4Y57A 3N3IA 3MSJA 3O9BA 3URLA 4PPHA 5P7PA 1IZDA 1MESA 2R3TA 1ZBGA 2PWCA 1M4HA 2ZJNA 5P79A 5P6YA 3PSYA 3PWMA 3L5EA 5P67A 2WEZA 5P08A 2ZGAA 5P1MA 4EJKA 5P37A 1HHPA 3T11A 1GVTA 4L7HA 5OZPA 5OYRA 2FGVA 3LPKA 4ER4E 4PYVA 5C9DA 3ZKNA 1T7KA 3DCKA 1FF0C 3TKWA 1SMEA 3NYGA 5P0GA 5P62A 2F3KA 4FE6A 1D4HA 5AGZA 1OEXA 1BWAA 4D88A 3UQWA 4DPFA 3RVIA 5OZAA 3BC4A 5P3AA 2B7FA 1HIHA 1KJ4A 2QHCA 2QHYA 5P48A 2CEJA 4H3JA 3S43A 2PSUA 5P0SA 3MSKA 1ER8E 3L5BA 3OHFA 2WEDA 4Y3RA 5P2IA 1LS5A 5P83A 1B6PA 5OYWA 4Z50A 4J54A 4LXMA 5P11A 2H6TA 3OU3A 1HRNA 1OD1A 3HBOA 2ZJMA 5P2LA 2PH6A 2F8GA 2JXRA 4J55A 3KM4A 3SA6A 4Q1WA 4Y58A 3RTNA 3R4BA 4DJPA 3S53A 3Q6YA 5P4CA 2ZJLA 5P7RA 4PEPA 3ST5A 2IGXA 1GVVA 5OZGA 3QS1A 3LPJA 4EWOA 3KFSA 1IVQA 5P2ZA 3PJ6A 5OZLA 1W6HA 5P3NA 4GYEA 5CONA 3UFNA 4ZPEA 1FLHA 1MIQA 5P8SA 2OHNA 2G21A 2QI6A 3DV1A 1NPWA 2R43A 4DUSA 4I8ZA 5P47A 5P6GA 3SKGA 4Y9WA 1EBKC 1TCWA 2AVOA 5OZZA 1BVEA 1C70A 3BUHA 5P8JA 2XFIA 5P61A 3L5DA 4FLGA 5KQXA 2A4FA 2AOCA 5T4SA 3GGAA 3OU1B 5OZXA 2HB3A 5P01A 5P0WA 1LYAA 3QIHA 2I4UA 3GGUA 2QZLA 3K1WA 3PB5A 5P8DA 5OZ6A 2OHQA 5OZDA 5I3WA 4D89A 5DQ4A 3VYFA 5IVRA 2I4QA 4D85A 4XX4A 4BELA 5DQ2A 2R9BA 5P85A 5P2EA 2G1RA 4OBGA 5OYXA 3KA2A 5P4EA 2JE4A 5P5JA 1Z1RA 2P3BB 3GGXA 5P22A 3UQUA 1ZSRA 4Y4EA 5P30A 4I0IA 2IDWA 1RQ9A 4XKXA 3OOZA 1M43A 4Y35A 4HDBA 5AH6A 5P24A 4Y4JA 3KN0A 2F80A 2ZHUA 2WEBA 4ER2E 3OXWA 1APWE 5P4QA 1FKNA 3HVPA 4B77A 3VG1A 5P8KA 4GJ9A 1TQFA 1ZPKA 4WY1A 3PM4A 3JW2A 1BILA 3AIDA 4RROA 5OYUA 5P7BA 3OQAA 1LYWB 2O40A 3WB4A 1HPOA 4EXHA 5P51A 3SAAA 3PCWA 5P8IA 5P36A 5P3GA 9HVPA 3BRAA 5P32A 5AH8A 2FGUA 1W5YA 2FMBA 5P28A 4A4QA 3FSMA 3OU4B 4L7JA 5OZYA 1B5FB 5P6FA 4J0ZA 5I3VA 3NLSA 1MVPA 1K2BA 4AUCA 3EM6A 4I0FA 5P7GA 1DP5A 5HCTA 2ER6E 4DH6A 2FNTA 3BHEA 1RV7A 1FMUA 2QI3A 2BPXA 3UDMA 3UDHA 4WTUA 3PLDA 4GMIA 4NJUA 3I2LA 1GNOA 1IBQA 4FAEA 3SFCA 5P6BA 5KQFA 1FQ6A 3FV3A 4KE0A 4Y4UA 2XYFA 1G0VA 1MRXA 2IL2A 4FSEA 3PMYA 5P00A 4Y5MA 4I0HA 5B18A 2ZHVA 4EJLA 1LYBA 3BXSA 5P27A 3TPJA 1EBYA 3TNEA 2NXMA 1SGUA 2NXLA 4DJWA 4RCDA 2AOEA 3WB5A 2PWRA 4YA8A 5C9FA 5P8QA 2BPYA 4FM7A 1EPQE 2QNQA 3ZKMA 3EXOA 4I10A 5P6VA 4J1KA 5P4KA 2XYEA 3PBZA 1AZ5A 2WF2A 3FX5A 4NKKA 5P84A 2I4WA 3APPA 5P44A 1BV9A 2VS2A 3TLHA 3O9LA 4HA5A 3OGPA 3OY4A 3HD8A 3QN8A 2G26A 3L59A 4Y41A 5P13A 4PHVA 1QDMA 3GGVA 1MSMA 5P6SA 5P6QA 2QI1A 5P58A 3D3TA 1FQ8A 1F7AA 4X2LA 1HVIA 3UDRA 1HEFE 1IDAA 4BFDA 2CEMA 2PSVA 3OAGA 4YHQA 3R1GB 5P6CA 5HE4A 3ZKXA 2VA6A 2G1SA 4R92A 3SLZA 2EWYA 1SGZA 1HTGA 4GJCA 4ZPFA 1RL8A 5P57A 1MTBA 5E5KA 3QVIA 4EXGA 5P2HA 2J9KA 1D4JA 2NR6A 4ZSMA 1FQXA 1BIMA 5SY2A 5P1HA 5P8EA 5P4RA 3VUCA 5AH9A 3SKFA 3SA7A 2AIDA 2HB2A 1EAGA 2I4XA 3B80A 3ZOVA 1GVUA 5P5XA 5FIVA 2OAHA 3DOXA 3HDKA 3NU4A 5BS4A 5P4YA 5OZFA 5P70A 5OYSA 5P64A 5P69A 4GJ5A 2Q11A 1HVLA 5P2OA 4NJTA 4RZ1A 5P1AA 4J0TA 1FFIC 4Y5AA 1KJFA 1RPIA 2OHMA 1N49A 5P40A 1YG9A 3UDNA 4XXSA 5J25A 4J1FA 1BWBA 5OZJA 1FG6C 3OXXA 4BEKA 5P2QA 2Q15A 5P2YA 5P5FA 5P73A 3NUOA 5ER1E 5P2SA 3IN4A 4LBTA 5P8PA 3R0YA 5P8CA 4DQFA 3Q70A 3HZCA 2I0DA 5I3XA 3K5DA 5P43A 1LF4A 1E5OE 3QBHA 4Q5MA 5HU0A 5P3YA 4A6BA 5KR0A 1DIFA 3VF7A 5P7UA 3DJKA 5OZ0A 4NJVA 2QD7A 3UHLA 3O9CA 3I6OA 5C9BA 5P1RA 2ZHRA 1EC3A 1LF3A 5TOLA 4RCFA 5P2UA 4QLHA 3OUDA 2ZYEA 4YCKA 1YTIA 3D1YA 5P1TA 5OZ8A 2HC0A 1EEDP 5P1GA 5IS4A 3OUBA 1EPME 3TOGA 4Y5KA 4EP2A 4QJ8A 4FRSA 3EL5A 4J1CA 1ZJ7A 2BB9A 2QD8A 2VJ7A 4RVXA 5OZ4A 4L7GA 5P6KA 4Y5BA 4OBZA 4EQJA 3DV5A 5F01A 3OXCA 5P7AA 2AZ8A 3MWSA 3PWWA 3VV7A 2Q63A 5P5PA 3QI1A 2HPFA 5P2VA 4CPRA 5P4AA 4HE9A 4OD9A 3EKYA 1CMSA 5P76A 5P54A 2ZJKA 3ZKIA 3LINA 3EBZA 2O4PA 1VIJA 2ZJJA 5P4SA 3IVIA 5OYYA 5P4DA 1Q9PA 3SABA 3GI6A 1HVHA 4B1DA 1CPIA 3CKPA 4Y48A 4Y3WA 4Y3QA 2HPEA 5P4FA 3CIDA 5HU1A 4H3IA 3PRSA 1XL2A 4RCEA 5P7KA 2WF4A 1MT7A 4YDFA 3EKQA 3CMSA 3QP0A 3U71A 1APVE 1HIIA 3F9QA 2BPVA 3ECGA 3BGCA 3BUFA 3S7MA 4MC1A 5OZUA 4ZLSA 5P1YA 5DR8A 5P77A 2R38A 2AVMA 5HE5A 1IZHA 2QU3A 4XX3A 2AOJA 5P5CA 5P3IA 3FKTA 3IVHA 5OYZA 5P5QA 4TRYA 5OZHA 3L38A 2G69A 2VA7A 5P4XA 3LPIA 2FXDA 4Y6MA 1IIQA 2IENA 5OYVA 2PYNA 4Y3HA 1C6ZA 4Y3MA 3M9FA 5DR4A 3KYRA 5P5GA 1FIVA 1MSNA 2QZKA 3S54A 5P6NA 2F81A 5I3YA 5P1IA 3OHHA 4RYGA 2QI0A 5P4GA 3ER3E 5P5TA 5P04A 1PSOE 4EPJA 4Q1NA 4YE3A 1PPKE 4OBFA 1EC0A 4R5NA 3G6ZA 1ENTE 3D1ZA 2O4LA 5P0NA 3SA4A 3OWNA 5P1KA 4K4PA 4Q1YA 4JOOA 4L6BA 4Z22A 2A1EA 4OC6A 3NDWA 5KOQA 3RTHA 3CICA 4HDPA 2BBBA 4APEA 2XFJA 2IS0A 1ZLFA 2J9JA 3O9DA 5P15A 1HVKA 3Q4BA 5P6DA 5DQ5A 1EPNE 5P60A 4LAPA 5P19A 4F74A 5P1VA 3UTLA 5P86A 2V0ZC 5P6OA 1VIKA 5P1NA 2Z54A 5HDUA 3QAAA 3KFPA 5P5NA 5P6WA 5P6RA 2WKZA 5P0HA 2G20A 3UDQA 4A6CA 4E43A 5E5JA 5P2TA 4CPUA 5P0EA 4B05A 1LV1A 2ZHSA 3D20A 5DR7A 1ODYA 1SDVA 3NUJA 4PZXA 4OBKA 3NU9A 1K1TA 1UH8A 5P49A 3EKTA 5P3CA 5OZQA 3MSLA 1BDLA 4YCTA 1AVFA 2P4JA 3IAWA 4Y44A 5P74A 2QHZA 4J5JA 1M0BA 5P8NA 3SM2A 2ZHTA 4J1EA 5P4TA 5AHBA 4FS4A 3B7VA 5KAOA 1BVGA 2QI5A 4DJOA 1QBSA 5DQ1A 5P1LA 5P0BA 1PPLE 4LP9A 3IXOA 3BXRA 5P75A 5P12A 3IN3A 3S7LA 5OZ5A 3EKXA 2V12C 2QAKA 1J71A 1FMBA 5P23A 1FQ4A 2AOIA 4ACUA 4YD4A 1LZQA 4M8YA 4Y50A 4DQGA 2VIJA 4DVFA 1NPVA 5P2WA 2NNPA 3LZVA 5P2XA 4EJDA 4J0PA 1EBWA 2FDEA 5OZ3A 4AA9A 2QZXA 2UY0A 5P2NA 6UPJA 3TPRA 5KOSA 3I7EA 4YD7A 4B78A 1A30A 2OHSA 5P0PA 5P6UA 1KZKA 1IZEA 2VNMA 3KDCA 4Y54A 3INHA 2QI4A 1YX9A 4FCOA 3Q3TA 2OF0A 3C9XA 4Y4GA 5P34A 5ENKA 1D4LA 1XL5A 2G1YA 4YOAA 5P7MA 3S43B 3WZ6A 3HAUA 5P18A 4DQEA 4S1GA 2ZJHA 1XS7D 5OZBA 3BUGA 4Y39A 4J0VA 4Y5GA 1YM4A 4Z4XA 1QBRA 4GJ6A 4HZTA 3K5GA 5P3WA 3PGIA 3I8WA 2NMZA 4JP9A 1UH9A 4J0YA 3GI5A 1LF2A 5KR2A 5P56A 5P53A 5P5LA 5P3TA 3ZKQA 5OZEA 3BVAA 2PH8A 3K5CA 4Y5EA 4B00A 1B6JA 2AZCA 2OHKA 4I0DA 4KB9A 4GJ7A 5P8VA 1T3RA 5AHCA 2QZWA 1XN2A 5P7NA 5P7VA 1PROA 4Y4DA 3OADA 2HS2A 4DFGA 4RRNA 4Y3FA 5P6ZA 5APRE 4DJXA 2B42A 5OZOA 1W5VA 2OHRA 3O9HA 5JG1A 2APRA 4L1AA 5DR3A 4H3FA 3LITA 5P5AA 3OTYA 3VEUA 1SDTA 1HEGE 4JPEA 4JPCA 5P06A 2NNKA 1E81E 3OXVA 2AOFA 3HVGA 2JYSA 2Z4OA 3I25A 3SA3A 4MC6A 1MTRA 1LYAB 2QD6A 3QRMA 5OZ9A 1FB7A 5P7OA 3PSUA 4D83A 1ZSFA 5JODA 1QBUA 4LXKA 5P8BA 2PMAA 2O4KA 3PHVA 1APUE 2WL0A 3S45A 1Z8CA 5P7ZA 4H3GA 3T7QA 5SY3A 3KT2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q3K A;  3LNK A;  5P3F A;  1PPM E;  2HAH A;  1KJG A;  2OHL A;  3ER5 E;  5DGU A;  3SPK A;  2Q5K A;  2AZ9 A;  2IEO A;  5P8U A;  3INF A;  1HTR B;  4DI2 A;  3OGQ A;  1DMP A;  3UCB A;  4UPJ A;  3ZLQ A;  2PYM A;  5P5B A;  4Y3E A;  5P8R A;  3ZPS A;  4K8S A;  2HIZ A;  5HD0 A;  4FL8 A;  3VF3 A;  1HVC A;  5OZW A;  2IGY A;  3OQK A;  5P0D A;  2O4S A;  3HAW A;  4APR E;  4Y3J A;  5P7J A;  1E82 E;  2FDD A;  5IE1 A;  2WEC A;  3KDB A;  5P0J A;  1AJV A;  5P5V A;  5P5R A;  4Y5L A;  5P5H A;  6FIV A;  1G2K A;  1B11 A;  4ZE6 A;  5P03 A;  5P4H A;  6APR E;  5PEP A;  5P33 A;  4CPT A;  1K6C A;  5P0Y A;  5P63 A;  1ODW A;  1DPJ A;  2WF1 A;  3EL9 A;  3EKV A;  2IKO A;  3OAD B;  1PSN A;  1HWR A;  4LC7 A;  5P0A A;  2AVV A;  5P02 A;  5EZZ A;  1TSU A;  3L3A A;  5P6P A;  1A94 A;  4L1A B;  5P6J A;  4DQC A;  5OZV A;  3UQP A;  1UH7 A;  7HVP A;  1SP5 A;  5P8A A;  1BAI A;  1U8G A;  5P0V A;  5P4V A;  4B1E A;  5P7I A;  4J1I A;  5P1S A;  5KR1 A;  1TZS A;  3EKW A;  5HDX A;  2UXZ A;  1HPX A;  5P6X A;  3U7S A;  1ODX A;  3LIX A;  2ZDZ A;  1K1U A;  3SAC A;  1MT9 A;  3QRO A;  3NU6 A;  3VYD A;  5P8M A;  1FQ5 A;  4FRJ A;  4DJR A;  4H1E A;  5P4B A;  4RLD A;  3LZY A;  5OZK A;  2ANL A;  1HBV A;  2Q55 A;  2VA5 A;  2WEA A;  1FG8 C;  5P1P A;  1HPV A;  5P0X A;  3D1X A;  4QJ2 A;  1MPP A;  5JFP A;  4KE1 A;  4Y3A A;  3QVC A;  3O99 A;  1EC2 A;  1HSH A;  3CYW A;  1CZI E;  3HLO A;  2NMY A;  3NR6 A;  4HEG A;  5P4U A;  3PEP A;  5SZ9 A;  3TKG A;  5P1U A;  3TTP A;  3IXJ A;  3LIZ A;  4COE A;  5P38 A;  1NH0 A;  1E80 E;  4I0E A;  5P05 A;  3PI0 A;  2B60 A;  5P72 A;  2RSP A;  5ER2 E;  2FIV A;  5P20 A;  1K6T A;  3VSW A;  1HPS A;  3SA9 A;  3UPJ A;  2QMG A;  4Y36 A;  1FQ7 A;  3R2F A;  4Y3D A;  1GKT A;  3O9A A;  1T7J A;  4IVT A;  3LZU A;  3G72 A;  7UPJ A;  5P5Z A;  5COO A;  4RRS A;  5P81 A;  3FNS A;  5CLM A;  1QS8 A;  3PSG A;  5P3R A;  5P6L A;  2FLE A;  4Y57 A;  3N3I A;  3MSJ A;  3O9B A;  3URL A;  4PPH A;  5P7P A;  1IZD A;  1MES A;  2R3T A;  1ZBG A;  2PWC A;  1M4H A;  2ZJN A;  5P79 A;  5P6Y A;  3PSY A;  3PWM A;  3L5E A;  5P67 A;  2WEZ A;  5P08 A;  2ZGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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