2J9JB

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor jg-365
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGNLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 94
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9jB00
2QI3A 1BBSA 4XX3A 4S1GA 4J0VA 3D1XA 5P7UA 1MUIA 1OD1A 1QBSA 5P3HA 5P8RA 3LPKA 1FQ8A 3S45A 1WBMA 5P07A 5P8QA 3S7MA 2ZHRA 3O9CA 4Y5LA 1MPPA 1LV1A 1RPIA 2OHRA 5P1RA 5P6JA 5P3SA 1MTBA 3AUPA 5P8KA 1PFZA 5KQFA 2FXEA 4Y4JA 1FMUA 2ER7E 5P4YA 2AZ8A 3T11A 1A8KA 4QJ9A 5P2IA 3QP0A 5P3DA 5C9FA 5OZNA 5OZ0A 4OD9B 3R2FA 5P5VA 3LHGA 5P4GA 4I8WA 5P03A 3PLDA 4RLDA 4FM6A 1UPJA 3EKXA 1XE5A 3BUHA 2ZJMA 1DPJA 1ME6A 5P0OA 1T7IA 5P1DA 1ODYA 5P6KA 5ISJA 4Y4AA 5P8JA 4ZSMA 2F3EA 4QJ6A 4OD9A 5P6IA 1M0BA 3O9LB 4PZXA 2F3KA 2I4QA 5P5WA 2VNNA 1YM2A 4RVIA 5P6EA 4J54A 2AOJA 3PHVA 5P43A 1HTFA 2AZ9A 1FG6C 3KFPA 5P62A 2QZXA 3INHA 2B8LA 5P6TA 1FQXA 2AVSA 1HPXA 5P32A 5P0SA 3PSYA 1GNOA 5DR7A 5P4DA 3GGAA 3A2OA 3QRSA 2NNPA 4YD3A 5P4KA 2BPZA 1HRNA 4DJQA 4JP9A 5P12A 4X7IA 5I3XA 5P4SA 4Y4XA 4Y5NA 1DAZC 5P3PA 4GJ5A 3R1GB 2R5QA 3L5EA 5P0VA 1RNEA 4Y5EA 2QU2A 1ZPAA 4BFDA 3UDJA 1IVPA 2QNQA 4Y3AA 5P4AA 3UQWA 2Q3KA 3S56A 5I3VA 4Y54A 3HVGA 4Y3PA 1ODXA 5P2GA 1J71A 5P3NA 5P5HA 5B18A 3S85A 2NPHA 2RENA 3WZ8A 4QLHA 5P3YA 3Q5HA 1UH9A 1EPPE 1YTIA 2AVVA 2A1EA 5DR0A 3NWQA 3SABA 3K5GA 3EKPA 3H5BA 4IVTA 2HS2A 3OUDB 4FIVA 4YOBA 4YBIA 1HVRA 1B6JA 3IN3A 3DV5A 3LNKA 4K4PA 5AH7A 5P1KA 3EM4A 5SY2A 3ZPSA 1HTEA 5OZ4A 3OQ7A 5P4BA 5I3YA 3CMSA 1HXBA 4ZEAA 1C6ZA 4Y3HA 2VJ7A 5P2NA 1LYWB 5P8UA 4NPUA 3AIDA 3QROA 3CKTA 3DV1A 5P0TA 5P55A 5P13A 3FIVA 2QMPA 5HE7A 1AVFA 5P1VA 4YDGA 3DM6A 1CZIE 2Z54A 2Q55A 4GMIA 1MT8A 2JJJA 4Y4DA 4D85A 4Y3NA 2QD7A 5P4VA 4K4RA 3QVCA 1A94A 2O4LA 7HVPA 4J0TA 4GJAA 5P4QA 3UFNA 3UTLA 4OBHA 1LYWA 3ER3E 5P23A 3O99A 1B6MA 2NR6A 5HTZA 5P1IA 5P0EA 3I8WA 1B5FB 3PI0A 2FNSA 5P7KA 5P1PA 3VUCA 4KE1A 2NXLA 3M9FA 3OADB 4Y5CA 1AM5A 3ST5A 2QNPA 5HE4A 4NJTA 4LXMA 5P0KA 3GGVA 7UPJA 2AVMA 2ER9E 3OU3A 4ER4E 5P59A 3H0BA 3KDCA 4YD4A 4NJSA 2XYFA 5OZ9A 5P3QA 2FS4A 2ZHUA 3Q4BA 4ZSPA 2R43A 1B5FA 4FRJA 5P0NA 3NDWA 1F7AA 1XN3A 4L7JA 5P2LA 4Y51A 5P4MA 4Y6MA 1GVTA 2XYEA 5P3GA 3OADA 1K2BA 4PEPA 1FB7A 1FEJC 3R0WA 5F00A 2WEDA 1YTHA 3S53A 4H3JA 4GYEA 4Y4ZA 5P3UA 4A6CA 4EWOA 3SKGA 3DJKA 1ENTE 5OZUA 4B05A 4HVPA 1MERA 1C70A 2WEBA 1YT9A 3G6ZA 3LIYA 1N49A 5P4HA 4DJYA 4NKKA 3CICA 5HE5A 4RYCA 4B1CA 5P7JA 4Y44A 5OZOA 5HDVA 5P6NA 2FDPA 5P2DA 4DPFA 5TOLA 1RL8A 5P31A 3SM1A 5DPZA 3PEPA 3DCRA 3LPIA 3BRAA 2NMYA 2V12C 1T6EX 3TTPA 4H3IA 1LYAB 4F74A 2G24A 4Y3QA 3TLHA 2XFKA 4B0QA 5OZEA 2ZJHA 5P5YA 2VIZA 4J0YA 5P8HA 4YDFA 4HDBA 2BBBA 4LAPA 5P1TA 1A8GA 3ZOVA 4EP3A 4Y35A 4EPJA 5JG1A 1W5VA 3GW5A 3OU1B 3ZMGA 2ZJLA 2ER6E 3C9XA 3BGBA 1BIMA 5P4WA 4EQJA 1LYAA 4N00A 3QIHA 1KJ7A 1SMRA 2AOHA 2P8HA 3GI6A 3LINA 5OZZA 4Y3WA 2IGYA 4QJ8A 1NPAA 4XKXA 5P8PA 2OF0A 3MSJA 5P76A 5P75A 1OEXA 4Y38A 3OU1A 4Y3LA 3INDA 2G1SA 5P5AA 5P2KA 5P6UA 2AVQA 5P0YA 2IKOA 5P6DA 2I4VA 4Y4EA 2NTRA 4LXKA 1PPKE 2R3TA 2CEMA 1FQ4A 2HB3A 4EXHA 5P4XA 3UFLA 1SMEA 5P3ZA 5P4TA 1BV9A 3NXEA 3URJA 4J1FA 3Q6YA 3WZ7A 3O9BA 3KT2A 4KB9A 2VNMA 5HCTA 2XFJA 5P8EA 3L59A 1BAIA 1APVE 1T3RA 9HVPA 1VIKA 2OHNA 4CPTA 3EMYA 3OQDA 1EC2A 5P3IA 3K1WA 4YBFA 3PGIA 3VYDA 1YG9A 4LBTA 2QCIA 5P5NA 5OZ5A 3QVIA 5P4LA 2QHYA 5P5RA 1D4LA 5P2XA 5P4ZA 4OBZA 4LHHA 1MSNA 5ER1E 3L5DA 1PSAA 2G26A 3SA6A 3ZPUA 1W6HA 3D1ZA 5AHBA 4GJ8A 5P70A 3QRVA 1D4IA 1Z8CA 3NU5A 4GJ7A 4B1DA 4Y3MA 5P17A 5P6SA 5HU1A 5OZHA 1BXQA 4ACUA 4BFBA 5P2CA 5IS4A 4HE9A 3OWNA 4Y5PA 3LPJA 2OHQA 5P5EA 4Z22A 1LF4A 2NXDA 3TPJA 3LIZA 5P3CA 2IL2A 4Y4UA 3OGQA 3IGBA 5P6AA 1HTRB 4Y9WA 3EXOA 3F9QA 4GB2A 3UF3A 2WF3A 4Z4XA 5P01A 3EL4A 2QZLA 1B6LA 1W51A 4OBGA 2AZBA 4Y5MA 5P4EA 3SA5A 3SA3A 4Y4GA 2AQUA 3PWRA 1HVKA 2ANLA 2SAMA 5OYYA 3O9EA 5P57A 1PSNA 5P7HA 5DR4A 4Y3JA 4D83A 1HPSA 5P0BA 5P8BA 5P88A 5P3TA 5P2ZA 1Z1RA 5JFUA 5P71A 1EC1A 5P29A 3FNSA 4ZLSA 3O9DA 2ASIA 5P77A 3VV6A 5P63A 1ZJ7A 5P5DA 4A4QA 2QZWA 4EJDA 4I0HA 1WBKA 5P16A 4DFGA 1KJHA 3ZKIA 3LITA 5P09A 4CPXA 4YD5A 5P7CA 4RRSA 1E80E 1KJGA 5IVRA 5P78A 2FMBA 4DI2A 2FIVA 4J0PA 3G72A 3B7VA 3CYWA 2AIDA 4R8YA 5PEPA 3OUCA 2Q64A 5P7SA 4CPSA 2PQZA 4I12A 2H6TA 5P7YA 5EZZA 3CYXA 1ZTZA 4HZTA 2I0AA 5P36A 5P6XA 2PSGA 2Q15A 1NH0A 5KAOA 1MVPA 2FXDA 3EL1A 2PH8A 5P2MA 2WF1A 3IA9A 4ZIPA 2IEOA 4CKUA 2WF2A 5P2UA 3BXSA 4F75A 5P7WA 3BUFA 3S43A 5P3WA 5P7MA 3KFSA 1RQ9A 4RVXA 4I0EA 5P82A 3NU6A 5SY3A 1MSMA 1MEUA 5C9DA 5HD0A 1NSOA 5P0UA 3ZKNA 2Q11A 5P5UA 4PHVA 4FSLA 5P0CA 5P5LA 4EXGA 4YOAA 3U71A 1BVEA 3N4LA 3PM4A 5P2EA 4GJCA 5P0AA 2OHKA 2VA5A 2AODA 5P0FA 3TL9A 2AOGA 1D4JA 5P0RA 1HPVA 2VJ6A 5P3EA 5OZVA 4AUCA 2IS0A 3OHFA 5P47A 3NUJA 3LIVA 4DJPA 4FRSA 1FQ7A 2WF0A 3KDBA 4RRNA 3EM3A 1QBRA 2V10C 1W6IA 1SH9A 8HVPA 2HB4A 1SGUA 4NJUA 2O40A 3KMXA 3OTYA 1D4YA 3PI5A 1EBKC 3KMYA 5P7FA 4I0GA 3TPRA 5P3FA 1BDQA 5DR1A 3EBZA 5P30A 4YE3A 1MESA 2R3WA 5P0MA 1K6CA 5DR3A 5P11A 5P7AA 3IN4A 4BEKA 5OZDA 2BPVA 4DV9A 2QK5A 4COEA 3PCZA 3FV3A 5P51A 3VF3A 4B1EA 4GJ6A 5P2BA 5IVTA 3U6AA 3IVHA 5ENKA 5P19A 4MC6A 5OZPA 5OZIA 1W50A 3SO9A 1HSGA 5P3KA 4Y53A 1IZHA 5BS4A 3QN8A 3LZSA 4GZFA 4B00A 5P54A 5KQXA 3D3TA 4EQ0A 3PWWA 4YCKA 2OAHA 2FLEA 5P1MA 3IXJA 1HVHA 5P5PA 2G1NA 1ZLFA 4TRYA 3T7QA 3SAAA 4FRIA 2BPYA 4Y3RA 2ZHTA 5P0WA 1BWBA 1LYBA 2ZJJA 5P1FA 1WKRA 4L1AA 1E81E 2PMAA 2HS1A 3L3AA 3SA7A 1SDTA 1SIPA 2BJUA 5OYSA 5OYWA 5P8DA 2VA6A 3EM6A 4M8XA 5P27A 5P74A 5P45A 1FF0C 4Y5KA 1G0VA 1HVJA 5P3XA 3ZPTA 4K9HA 5OZQA 5P2RA 5OZJA 4YHQA 5P7XA 5BWYA 1IDAA 1XE6A 5OZCA 3SFCA 5P5IA 2QD6A 1TCXA 1EPME 1ODWA 2QI4A 5OYUA 5P2VA 1GKTA 3NDXA 2R8NA 2BPXA 4KUPA 4WY6A 3SACA 3HLOA 1SIVA 1B6PA 5P0QA 5P4FA 4HEGA 1A30A 5P8LA 1FFIC 3HVPA 5P1LA 4R92A 3VYEA 3MSKA 4HLAA 3LZYA 5P83A 2PYMA 3VV7A 2NXMA 5KOSA 4Y5GA 1LS5A 3PLLA 4L7HA 4AZYA 3HBOA 4RROA 1NPWA 2FNTA 2WECA 5P85A 4DQEA 1K2CA 4AA8A 5P0HA 3I2LA 5P7NA 5OYQA 2O4SA 5COKA 3R0YA 1FG8C 1TCWA 3OHHA 1EBZA 5P4PA 5KOQA 1U8GA 4Y58A 3TOFA 5P1ZA 4YD6A 3KA2A 5OZ2A 1APWE 4Y3SA 2QHCA 4Q1XA 2EWYA 5OYZA 1A9MA 5P65A 3EKYA 2ZE1A 4Y3EA 4TRZA 5P5JA 1IZDA 4OBFA 3NUOA 1EPRE 2P83A 2HAHA 3INEA 1JLDA 3OXVA 2QZKA 5P0DA 1EEDP 3EKVA 5P79A 2R5PA 2IKUA 3K5FA 5AHCA 5DQ4A 4WTUA 5P8CA 5P7DA 1D4HA 5P7TA 3I6OA 4EJLA 5P5OA 5P4UA 1Q9PA 1CMSA 4Y47A 5COPA 1XDHA 1D4KA 1XN2A 2P3DA 4RCDA 5P05A 5P6VA 2V11C 3VG1A 5I70A 5P3RA 5JFPA 5BRYA 3TPPA 3PSUA 5OZBA 2VJ9A 5P66A 5P5QA 2QI6A 6UPJA 2I0DA 3CIDA 3ECGA 5P68A 4YA8A 3ZKXA 5P6WA 3BXRA 5I3WA 4PYVA 2VS2A 5DR8A 3DCKA 3GGXA 2PWCA 5P40A 1DP5A 2PSVA 4CPRA 3UDNA 4Q1YA 5P50A 5KQYA 5P53A 3UDPA 5AGZA 2QHZA 5P84A 2V0ZC 4Y39A 5P20A 3MXDA 4J55A 1K1UA 3DUYA 2R9BA 2G69A 1META 3L5CA 3L38A 2FGUA 5P2HA 3K5CA 2HB2A 4OBKA 3L5BA 4Y36A 5OZ1A 3GI0A 4D8CA 2PK5A 1VIJA 3BVAA 1EPLE 4APEA 1PPME 1RV7A 1YX9A 5P2SA 2OHUA 2I4XA 4ER1E 3OOZA 2WHHA 3U7SA 1KZKA 4B70A 4Y5AA 1GVXA 3UPJA 1HPOA 5P3AA 5P8MA 2QU3A 5OZ7A 5P49A 4Y3YA 3RTHA 1DIFA 3PBDA 3HD8A 5P5SA 5OZ6A 4HA5A 3BC4A 4Y45A 5P34A 1HEGE 5P8SA 5P3VA 5P8OA 3UQRA 1PSOE 1G6LA 1QBUA 5P3LA 5P4JA 5P6HA 2F3FA 4I0ZA 5P6OA 2WEAA 3PJ6A 3EKWA 1W5WA 5OYRA 3VSXA 5P6MA 3O9HA 1EC3A 2PYNA 3HDKA 3OAGB 5P1CA 4UPJA 3JVYA 3BVBA 3OQAA 3OQKA 4JPCA 2QMFA 5P7ZA 5P1OA 4OBZB 4JOOA 5CONA 4DQGA 5OYTA 5OZXA 5P52A 1MRXA 5P3BA 4AMTA 1BDLA 4GJ9A 4MC9A 2RKGA 4J1KA 3JVWA 3UDRA 2OHTA 4J1CA 4I0JA 4JPEA 3OAGA 3QAAA 1XL2A 3WB5A 2JYSA 3PRSA 5T4SA 4MC1A 4FLGA 5P5BA 2QAKA 1EPOE 4ZPGA 5P2WA 4L7GA 5P89A 4Y48A 5P4IA 5SXNA 3K4VC 4KE0A 3KN0A 5P2FA 2ER0E 1AJXA 3VYFA 3NLSA 4M8YA 2ZHVA 2WF4A 2IRZA 5P73A 1CPIA 5P14A 3URIA 3OU4B 5IE1A 3MSLA 3UQUA 5P1XA 1K6TA 3TKGA 1W5XA 3KFNA 2G1YA 4F73A 5P6RA 4R93A 3ER5E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI3 A;  1BBS A;  4XX3 A;  4S1G A;  4J0V A;  3D1X A;  5P7U A;  1MUI A;  1OD1 A;  1QBS A;  5P3H A;  5P8R A;  3LPK A;  1FQ8 A;  3S45 A;  1WBM A;  5P07 A;  5P8Q A;  3S7M A;  2ZHR A;  3O9C A;  4Y5L A;  1MPP A;  1LV1 A;  1RPI A;  2OHR A;  5P1R A;  5P6J A;  5P3S A;  1MTB A;  3AUP A;  5P8K A;  1PFZ A;  5KQF A;  2FXE A;  4Y4J A;  1FMU A;  2ER7 E;  5P4Y A;  2AZ8 A;  3T11 A;  1A8K A;  4QJ9 A;  5P2I A;  3QP0 A;  5P3D A;  5C9F A;  5OZN A;  5OZ0 A;  4OD9 B;  3R2F A;  5P5V A;  3LHG A;  5P4G A;  4I8W A;  5P03 A;  3PLD A;  4RLD A;  4FM6 A;  1UPJ A;  3EKX A;  1XE5 A;  3BUH A;  2ZJM A;  1DPJ A;  1ME6 A;  5P0O A;  1T7I A;  5P1D A;  1ODY A;  5P6K A;  5ISJ A;  4Y4A A;  5P8J A;  4ZSM A;  2F3E A;  4QJ6 A;  4OD9 A;  5P6I A;  1M0B A;  3O9L B;  4PZX A;  2F3K A;  2I4Q A;  5P5W A;  2VNN A;  1YM2 A;  4RVI A;  5P6E A;  4J54 A;  2AOJ A;  3PHV A;  5P43 A;  1HTF A;  2AZ9 A;  1FG6 C;  3KFP A;  5P62 A;  2QZX A;  3INH A;  2B8L A;  5P6T A;  1FQX A;  2AVS A;  1HPX A;  5P32 A;  5P0S A;  3PSY A;  1GNO A;  5DR7 A;  5P4D A;  3GGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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