2J9JB

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor jg-365
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGNLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 16
structure length 94
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9jB00
3NDTA 2R38A 3VF3A 5P2YA 5P1FA 3KFPA 1YM2A 5P3TA 4DJPA 6APRE 3OU1B 5P59A 1XN3A 3OWNA 5ENMA 5DR8A 5P0UA 4YCYA 1TZSA 3K4VC 4QJ8A 3OUAA 2F3EA 5P23A 3KDCA 1T3RA 4Y4XA 4FE6A 4EJLA 5PEPA 5DQ5A 5P7YA 1FQ8A 2V10C 5OYXA 4EXGA 2NPHA 4HDPA 4Y35A 5AGZA 2IL2A 2RKFA 1QBRA 1RL8A 1HPSA 3NR6A 3KFSA 4AZYA 2IGYA 5OZVA 5P2WA 1OEXA 5P0XA 4LXKA 5P2XA 4B1CA 2RSPA 5OYVA 3C9XA 3Q3TA 4YD4A 4FRIA 5P4TA 3UQPA 5P7MA 3BUGA 1FF0C 4DFGA 4FRJA 1HHPA 4LP9A 5P1EA 2FXEA 5P3MA 5P8BA 3KDDA 3OAGB 5P7IA 5OZCA 5DR3A 5P8NA 5P6HA 3BC4A 1SDTA 3SAAA 5P22A 3KA2A 5P7JA 2FGUA 3O9CA 3N4LA 1HSIA 1WKRA 2OHLA 3VSWA 5P31A 2NNKA 2HPFA 3OXXA 4Y47A 5P8UA 4Y4EA 5ISJA 1LYAA 3DJKA 4Y3XA 5E5JA 1NPAA 5P8OA 4YOBA 5P0KA 2NNPA 5P5SA 3UDRA 2AOHA 5OZ5A 4Y4GA 3O9GA 4Z4XA 3R0YA 2FDPA 3GGUA 3CIBA 4F74A 5P36A 4COEA 4K9HA 1N49A 1C6ZA 3S7MA 3ER5E 5P3JA 5P86A 3VFAA 1IDBA 2PC0A 1LF4A 5JFPA 2JE4A 5OZ4A 3URIA 5P4WA 2I4DA 3EKQA 5P4ZA 4DPFA 3IXKA 4YOAA 5P4DA 1M43A 3FNSA 5P1UA 3L5DA 5P78A 3LZUA 3O99A 2ZJLA 4J0VA 3LIQA 5P7NA 4J1FA 2IS0A 2VA7A 4GJDA 4Y54A 5P1GA 5ISKA 4Y38A 5P65A 3OU1A 3EL5A 4Y53A 5P4GA 1B5FA 5P4NA 1EPNE 2QMDA 1D4YA 5P1MA 2PQZA 3UQXA 3UQRA 2BPVA 1SGUA 5IVRA 2APRA 4L6BA 1T7JA 4APEA 2WEAA 5P80A 4B05A 3ECGA 2QD8A 1FQXA 5OYRA 3PCWA 4FS4A 4Y3GA 4NPTA 3SQFA 4JECA 2ZJNA 3R4BA 1META 2QHYA 2QNQA 5P53A 4HLAA 5P0QA 2G1SA 4YD5A 2F80A 5DR7A 1G2KA 5I3YA 1ZBGA 2QMGA 1DW6C 4Y3QA 5OZDA 5P6VA 3OAGA 4L7JA 5JODA 2I1AA 4I0JA 5P1KA 3CIDA 2FIVA 1MT9A 3VYDA 3PI5A 1EPRE 3OU3A 4DH6A 3NWXA 3L38A 1IZHA 2QU2A 3TPLA 1M0BA 3VV7A 2QI1A 5IVQA 1TW7A 1AJXA 2UPJA 2ZJIA 3T7PA 3U71A 3NU3A 5OYTA 3FKTA 2Z54A 3SA4A 2WF3A 5P3IA 2PMAA 3O9AA 1DP5A 1EC2A 5P1VA 5P5WA 4Y44A 3PI0A 3ZPUA 3KFRA 5P7TA 4YD6A 4DJYA 2QZXA 4AA8A 1YT9A 5P6BA 3MSLA 1HTEA 5P40A 1EPLE 3ZPSA 6UPJA 3OQDA 1APTE 5P1LA 2RMPA 4QJ2A 4GJ7A 2AVVA 1GVWA 3HDKA 1SH9A 2PK5A 3UF3A 2HS1A 2PK6A 3O9FA 3INHA 5KR8A 3K5FA 6FIVA 2VNNA 5OZ9A 4GB2A 2AOGA 5P8CA 4YD3A 3KT2A 3WB5A 3U7SA 4J0TA 4Y5KA 3NXNA 5P6EA 1EPOE 5P5KA 1IIQA 1YTJA 3FSMA 2SAMA 2G1OA 3FNUA 5DGUA 5P2HA 4OBZB 4QJ7A 5P0OA 1B6KA 4F73A 5P0YA 1A94A 3Q4BA 2ANLA 4Y3RA 4QJ9A 4IVTA 3KYRA 5P3YA 5P5RA 5P20A 5P8KA 1FFFC 3FIVA 4Q1YA 4DJRA 5P3HA 5JFUA 5P3CA 1AAQA 1XL5A 3PJ6A 2I4UA 2QHCA 1XE6A 1FEJC 1BXQA 2A4FA 4JPEA 4EJKA 4BFDA 3NDUA 2O4NA 1G35A 1M4HA 1SBGA 3UTLA 5P3SA 1SIVA 4TRZA 1PPME 2ZJMA 4DJXA 2VIJA 3AUPA 4I1CA 5P55A 1IDAA 1DIFA 5P2RA 1ZTZA 2O4SA 5P66A 5IS4A 1HPOA 2QZWA 1BWAA 2IKOA 1HSHA 4KUPA 2WL0A 1BV9A 5HVPA 1HWRA 1QDMA 5P2ZA 5P77A 4J0PA 5OZAA 2OHMA 5OZMA 3BUFA 4GYEA 3K5GA 4GJ6A 2IQGA 1MTRA 3EM4A 4J1EA 1KJGA 5OZTA 5P1CA 1LEEA 1G0VA 5SZ9A 4R95A 5OZOA 3VYEA 3I2LA 3FV3A 3RU1A 4Y36A 2PYNA 5P5DA 1EAGA 5KQFA 1FQ6A 2Q15A 2WEDA 4OBFA 2IEOA 2AZ9A 3QPJA 5P70A 3EKXA 5P1BA 4GJ8A 2ZHUA 4DJWA 3NDXA 4QJAA 5FIVA 5OZSA 2V12C 4I10A 2P3AA 5P26A 5P04A 5EZZA 1HPXA 3ZKMA 1D4SA 4RVJA 5T4SA 4DJUA 2ER6E 4WY6A 5P1IA 1NPWA 2QAKA 1BXOA 2BQVA 3PVKA 2AOCA 4Y5EA 5P45A 4EP3A 5KOQA 5OZLA 4Y4UA 5P2FA 5AHAA 2R3WA 4EHCA 3CKRA 5P33A 5P6OA 2AZCA 4Y4JA 5KOSA 3MXDA 3G6ZA 4E43A 4OBZA 3OQFA 1EPQE 5OZHA 1EPME 1J71A 2G27A 4KE1A 5P76A 3OK9A 5P8EA 4Y41A 5P3AA 3BXRA 5P44A 4HDBA 1MERA 1T7KA 4Q1XA 1HIIA 2J9JB 2P4JA 2CEMA 4PYVA 2AVSA 1BV7A 3GI0A 3EXOA 4TRYA 5P4KA 3TLHA 5P41A 3TH9A 4I0GA 4OBHA 5P27A 5P52A 5P2QA 3DCKA 3OQAA 5P1WA 3PBDA 2FDEA 2P3DA 4Y3LA 3QI1A 5P3QA 2O40A 4JP9A 1HBVA 4LAPA 1HOSA 5P6GA 4Q1NA 4EQ0A 2G69A 5HDXA 5P28A 4FIVA 1FIVA 5P07A 4YA8A 3Q5HA 5P56A 5P3EA 3WB4A 1D4IA 4Y4ZA 2VIZA 1MIQA 2AVOA 4ZPGA 3NYGA 4YCKA 1PFZA 2R8NA 3K1WA 4K4QA 5ENKA 4FL8A 1UH8A 1PROA 3NDWA 5HU1A 5P79A 5P2VA 3UQUA 3SKFA 2NMZA 5P00A 1YTHA 2BPYA 5P4SA 4I8WA 1A9MA 1GVXA 3D91A 4Y3DA 1T6EX 2RENA 1SIPA 1MRXA 5P7RA 4N00A 3SA7A 5P72A 3CMSA 3S43B 4FSLA 5AHCA 3NU6A 4DJQA 1XS7D 3EKPA 5P5UA 3LHGA 1FG8C 5P6NA 1E80E 2WHHA 3QVIA 1FQ7A 5P5QA 3DV5A 3LINA 2QP8A 2NXMA 1HVJA 1SMRA 2VJ9A 3R1GB 5P51A 4H3IA 3EKVA 5EZXA 3D1XA 5P7SA 5TOLA 3LPJA 3SO9A 1GNOA 3Q70A 3OUBA 3B7VA 4PPHA 4KE0A 1K1TA 4Y3FA 5KAOA 3EBZA 3DK1A 3QP0A 4D83A 3PLDA 5SY3A 1HEFE 4ZSQA 1TSQA 4NJUA 2QMPA 4ZEAA 3S45A 2V13A 2ZJKA 2FDDA 2PYMA 3ZKIA 5JG1A 3NLSA 2V16C 1QRPE 4Y51A 4Z2ZA 2Q3KA 1QBSA 5P54A 3NU5A 3FNTA 5AH8A 2J9JA 3OU4B 5P0JA 4IVSA 2RKGA 2B7FA 2G20A 2XYEA 1EBKC 3I6OA 3TPRA 9HVPA 2QMFA 5P0BA 5OYWA 1BDLA 4EPJA 4FSEA 3LIYA 4Y5BA 1F34A 4J1IA 3UDJA 2V00A 2QI4A 5P5OA 1ME6A 1LYBA 4Y3ZA 3TPJA 5C9FA 1K6PA 2G26A 5P4BA 5OZ1A 1PPLE 1TCWA 2B8VA 2XFKA 3PLLA 2NMYA 2ER0E 2QD7A 5P1ZA 5F01A 2CEJA 2QD6A 1BWBA 4MC2A 2JJJA 4I12A 3PWWA 3QVCA 4I0ZA 2QNPA 5P2GA 5P5ZA 2UY0A 2FGVA 5C9BA 1EEDP 5HDVA 3MSJA 1Z8CA 5P0SA 3EMYA 4Y3HA 2WKZA 3ZKQA 3K4VA 2G94A 3UPJA 1KJ4A 3CKTA 3TOGA 3PHVA 3HVPA 5P1RA 3OXWA 5P8FA 5B18A 3DUYA 5P1TA 4NJSA 2FMBA 4DQEA 3KN0A 3T7XA 3S85A 3SA3A 8HVPA 3SM2A 3PSUA 3HLOA 3T7QA 5P4OA 3IVIA 5P58A 3VEUA 5P50A 1MESA 5P74A 5P82A 4A4QA 5P6SA 5P7WA 3TTPA 3S43A 2IGXA 5P34A 5HCTA 1KJHA 4EJ8A 1CZIE 4L7GA 1HVCA 5KR2A 2QI0A 5DQ2A 1YX9A 4Y4TA 5P49A 2NTRA 1LF2A 2BPWA 4DQBA 4Y3NA 2FNTA 1NH0A 5P8RA 1IBQA 1ODXA 4A6BA 5P7XA 3DCRA 3EL9A 3BRAA 1BDQA 1FMXA 1ZAPA 5F00A 5P6FA 1MT7A 4M8YA 5OZJA 3GGAA 3QROA 5HDZA 3ZOVA 2AOFA 2NXDA 3SA8A 3NUOA 5ER2E 4K8SA 4YBFA 1W5XA 2JXRA 3N3IA 2QZKA 1Z1RA 4CPXA 5I3XA 3O9BA 5P4MA 2QI6A 3VV8A 4MC6A 2B8LA 5P0HA 3GI5A 5IVSA 4J1HA 3D1ZA 3OU4A 1HTGA 5P3BA 3T6IA 5P4AA 2R3TA 4HZTA 4GJ5A 4OBDA 3KFNA 2QI5A 2ZHTA 3PMYA 3GGVA 2R5PA 5P11A 3QRMA 2QHZA 3GGXA 2I4XA 1ENTE 5P6QA 3WSJA 5P5FA 5P6XA 5OZYA 2G1RA 4BFBA 4H3GA 5P7OA 1MRWA 5P3RA 2B60A 2UXZA 2WF4A 4GJAA 2HB4A 3T11A 4K4RA 1MSNA 2QK5A 3UQWA 4I0DA 2AOJA 2WECA 3K5DA 1K2CA 4Y4BA 5P8QA 5P14A 1MSMA 4J1CA 3KMYA 4AA9A 4RYGA 1D4HA 5P3GA 3L59A 3LNKA 4Y48A 3ZKGA 5P4JA 4ZE6A 5P0LA 4NPUA 3S8IA 5P0PA 3WZ6A 2WJOA 5P0FA 3IN3A 2OHQA 3L58A 4GMIA 4DJOA 4LC7A 2WF0A 4Q5MA 4D88A 1AXAA 5KR0A 3EC0A 1HIVA 5AH7A 3LIVA 3TKWA 2HIZA 4J1KA 4FAEA 3RSXA 4WTUA 5SY2A 5P1NA 4WY1A 2OHSA 5P8MA 5P3OA 1DPJA 1DMPA 3B80A 1YG9A 5P5CA 5P3DA 1U8GA 3L3AA 5P7LA 1MPPA 4Y5AA 2BKSA 2EWYA 4DQCA 4MC1A 5P6LA 3T3CA 4Y3YA 5BWYA 3HVGA 3S56A 5P5JA 1FLHA 4YCTA 3CKPA 3TOFA 2I4WA 5P2BA 2AIDA 3L5CA 4Y39A 1SDUA 2VA5A 3SLZA 3OXCA 3I8WA 4ZSMA 3SA5A 4I8ZA 5P5MA 4FM6A 3UDPA 5P03A 4DV9A 5P05A 4B0QA 5P7KA 4OBGA 5DPZA 4HDFA 1EC0A 4EWOA 5P18A 2HAHA 3TNEA 4JOOA 5COOA 1HEGE 7UPJA 4ER4E 2G1YA 3D1YA 1YM4A 3TOHA 5KQYA 5P7HA 3PWRA 4Q1WA 2AZ8A 5P0CA 4U7VA 1HVIA 2ZJJA 4Z50A 1GVTA 3M9FA 4RCDA 3VFBA 5P8GA 3NU9A 3QIHA 2VA6A 5HTZA 2I0DA 1ODYA 2BPXA 4J0YA 3APRE 2JYSA 5P7AA 3IXOA 5P38A 4D85A 4CMSA 1FKNA 4APRE 4ACXA 2I0AA 4Y56A 5P8DA 3VCMA 5P1YA 1TCXA 1PSAA 5OZFA 4ZPFA 4H3JA 3PBZA 5P48A 5P46A 5DQ1A 4FM8A 1C6XA 1TSUA 2Q64A 5P06A 5P2UA 1W6HA 1HTFA 5AH9A 1HXBA 4OBKA 3UHLA 5OZRA 5HE4A 5P2KA 3JVWA 5P81A 1FGCC 5P7ZA 2VJ7A 4QLHA 4GJBA 2AVQA 4S1GA 3U6AA 1ZPAA 2P3BB 4EP2A 2O4LA 1B6LA 2PSUA 4LL3A 1FQ5A 2B7ZA 3H5BA 3OGPA 2OHKA 2MIPA 1RQ9A 1HRNA 3IVHA 2Q5KA 4Y3AA 1SGZA 3PM4A 4YDGA 3ZKXA 4PEPA 3BHEA 3KDBA 1BVGA 2HS2A 4I0EA 4RCFA 5P7EA 3L5FA 5KQZA 4RCEA 1B6MA 5P0MA 4Y5NA 5OZGA 3UDYA 5P0EA 3KMXA 4H1EA 5P7BA 4B78A 3Q6YA 5P7FA 3HBOA 4LBTA 2R43A 5P47A 4Y4AA 5OZ6A 5P3PA 4RGHA 3S2OA 2PH8A 1IVQA 5P7GA 3EKYA 3DM6A 3ZKSA 3TPPA 4R92A 2I4QA 4DI2A 2CENA 2ASIA 1C70A 3PB5A 1BILA 3EM6A 4CPUA 1MT8A 3ER3E 3OADB 4AMTA 5P2CA 5E5KA 1UH7A 1MUIA 3OY4A 3VG1A 1BIMA 5P6YA 5P6RA 2OHNA 4CP7A 5OZ8A 2A1EA 3OTYA 5P2TA 5P5BA 4F75A 3HAUA 3OXVA 1A8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NDT A;  2R38 A;  3VF3 A;  5P2Y A;  5P1F A;  3KFP A;  1YM2 A;  5P3T A;  4DJP A;  6APR E;  3OU1 B;  5P59 A;  1XN3 A;  3OWN A;  5ENM A;  5DR8 A;  5P0U A;  4YCY A;  1TZS A;  3K4V C;  4QJ8 A;  3OUA A;  2F3E A;  5P23 A;  3KDC A;  1T3R A;  4Y4X A;  4FE6 A;  4EJL A;  5PEP A;  5DQ5 A;  5P7Y A;  1FQ8 A;  2V10 C;  5OYX A;  4EXG A;  2NPH A;  4HDP A;  4Y35 A;  5AGZ A;  2IL2 A;  2RKF A;  1QBR A;  1RL8 A;  1HPS A;  3NR6 A;  3KFS A;  4AZY A;  2IGY A;  5OZV A;  5P2W A;  1OEX A;  5P0X A;  4LXK A;  5P2X A;  4B1C A;  2RSP A;  5OYV A;  3C9X A;  3Q3T A;  4YD4 A;  4FRI A;  5P4T A;  3UQP A;  5P7M A;  3BUG A;  1FF0 C;  4DFG A;  4FRJ A;  1HHP A;  4LP9 A;  5P1E A;  2FXE A;  5P3M A;  5P8B A;  3KDD A;  3OAG B;  5P7I A;  5OZC A;  5DR3 A;  5P8N A;  5P6H A;  3BC4 A;  1SDT A;  3SAA A;  5P22 A;  3KA2 A;  5P7J A;  2FGU A;  3O9C A;  3N4L A;  1HSI A;  1WKR A;  2OHL A;  3VSW A;  5P31 A;  2NNK A;  2HPF A;  3OXX A;  4Y47 A;  5P8U A;  4Y4E A;  5ISJ A;  1LYA A;  3DJK A;  4Y3X A;  5E5J A;  1NPA A;  5P8O A;  4YOB A;  5P0K A;  2NNP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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