2JE4A

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease in complex with jg-365
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
96
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGKWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Modular Total Chemical Synthesis of a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
total genus 17
structure length 96
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2je4A00
1QS8A 4Y4XA 1EPLE 5P29A 1SP5A 4Y47A 5AHAA 2AZCA 3QBFA 1HBVA 4DJXA 1A9MA 2ZHSA 2IDWA 5P7KA 1SMEA 5P1QA 1RNEA 5P24A 4Y3ZA 3LIXA 2AIDA 5P7QA 3L5EA 2IRZA 5P0NA 4DV9A 5OZWA 1D4JA 1PFZA 1KJFA 4J1HA 5P4IA 5P3BA 3TTPA 2ZJNA 1LS5A 1HOSA 4FS4A 3ZOVA 4FAFA 4Y3XA 1GNNA 1QBUA 4EYRA 3O9CA 1FIVA 4PYVA 4OBJA 5OYZA 2FXDA 1RPIA 4HE9A 2VKMA 5P52A 4QJ9A 2J9KA 3ZKIA 5KOQA 1RV7A 3H5BA 1BV9A 1PSNA 5ISKA 2PQZA 5P1SA 1OEWA 4YOAA 1YTIA 5P62A 3GI0A 5P0YA 3EM6A 5DQ2A 2FMBA 1UPJA 4NJSA 4DJUA 1HEGE 2AODA 4GJAA 5P86A 1BDQA 1LYAB 3OXWA 5P75A 3KDDA 3T7XA 1DW6C 5P30A 2P3AA 2QZKA 4GJDA 3S7MA 4B05A 1FB7A 3DCKA 1ZP8A 3BC4A 4JPCA 2RKGA 1AZ5A 4L7HA 2P3CA 3VCMA 5P3ZA 2V11C 5P2BA 5P5WA 1K6TA 5P5PA 5P22A 5P68A 1D4LA 2ZHTA 3O9LB 3WB4A 3FKTA 2QD8A 3UHLA 5P0JA 3RTMA 4ZIPA 2F3KA 5P8IA 4ZPGA 2WEBA 3SA4A 2ZJIA 4J1CA 5P39A 1LF4A 2WKZA 5P3NA 1F34A 5P6OA 3EKXA 4R5NA 1MPPA 5OZHA 3UPJA 5OZ6A 5P6AA 2I4DA 4I8ZA 1HTFA 5OZ3A 2F3EA 3KDBA 2ZYEA 1GNMA 3PBDA 4K8SA 2XFKA 1T3RA 1LYWB 3S45A 4ER1E 5P3KA 1HSGA 4J0VA 3EL9A 3MSLA 2PC0A 4ZSMA 2HS1A 2PK5A 4OC6B 4RCFA 3URIA 4DQHA 5P4TA 5P76A 2ZJJA 2QU2A 2QZXA 5P2MA 4D89A 1GVXA 2VA7A 2QI7A 3PLLA 5P3GA 4XKXA 5I70A 4B72A 1XL5A 2VIEA 2HAHA 2QK5A 3L5BA 3VLBA 5P6QA 5P63A 4WY6A 4Y3GA 5P5XA 5P1RA 3TLHA 1SDUA 3PB5A 2AOFA 5OZKA 4Y51A 2QNPA 5CLMA 3ZPUA 4APRE 2VIZA 5P4KA 5P1NA 1GVVA 1PSOE 4Z50A 1YT9A 4RRSA 5ER1E 1WBKA 5OZ5A 4DPFA 5P55A 4N00A 5KQYA 2J9JA 1G0VA 2QAKA 5P64A 3LZUA 3VF5A 5T4SA 3PEPA 4Y3PA 4I0IA 4CMSA 5P8UA 2Q15A 5SZ9A 5OYUA 5P7XA 3OGPA 1ZPKA 1HPXA 5P0KA 1BDRA 3OHFA 1HVSA 3PSYA 1FFIC 5P5KA 3Q70A 2AVSA 5P1XA 3LPJA 3D1XA 4EHCA 2CEJA 5P17A 5P70A 5HD0A 3EM3A 4YCKA 4Y39A 2QI6A 4DJWA 2FNTA 4EP2A 5P09A 3TOGA 3NWXA 5P5OA 5P8CA 1LV1A 3JVWA 3Q5HA 2PYMA 4ZPEA 5P2UA 3QAAA 3HAUA 2B7ZA 5SY3A 5AH6A 2ZHUA 5P71A 4Y5AA 2PH8A 4GIDA 1YM4A 3EL4A 5P6CA 5P19A 1K2BA 3NU3A 3ZKXA 2VJ6A 5OZ7A 1BWAA 5P7VA 3ST5A 4Y5BA 1MIQA 3OUDB 1APUE 1SH9A 3PSGA 4J1IA 4DJQA 2PK6A 2H6TA 1NPAA 5SXNA 1BBSA 1XE6A 4QJ2A 2VNMA 1TW7A 4FM8A 4FRJA 4Y5MA 5OYRA 1OD1A 4QJ7A 5P84A 2FGUA 4Y5EA 5OZAA 5P3JA 4DJYA 6APRE 3SA8A 5OYQA 4I8WA 3VEUA 5P7AA 5P8DA 5P6YA 4DJVA 5P8VA 2HS2A 5P78A 2WJOA 4CPRA 1ODWA 1FMUA 4B70A 2QI1A 4EQ0A 2QZLA 4H3GA 3R0WA 2HIZA 5P15A 2B8LA 1K2CA 1APTE 2XFJA 5P2GA 5P40A 3PI0A 1EPRE 4Y4DA 2Q55A 5P1DA 5ER2E 4D8CA 3BGBA 2OHRA 1B6PA 5FIVA 1BVEA 4R8YA 4J0PA 2IQGA 2ER0E 4TRWA 4IVSA 4F74A 1GVWA 1FMBA 5P1IA 3SA7A 3D20A 4GJ8A 1BXOA 4AMTA 4LXKA 2AZ8A 5P7FA 4R95A 3GI4A 1SDTA 5OZZA 4J0YA 3LPKA 2QHZA 3PCWA 1OHRA 3SAAA 1MTRA 5HDZA 5OYYA 5P3PA 1W51A 5P4SA 4Y3DA 1IZIA 1T7JA 3PSUA 4QLHA 4Y36A 2B42A 3LPIA 4F75A 2WF2A 5P6XA 1YTHA 5P1PA 3B80A 4RCEA 4DQFA 5P8BA 2P4JA 2PWRA 5P0OA 4DVFA 4RCDA 3SM2A 3RSXA 4OBFA 1FEJC 3F9QA 1KZKA 5P4CA 5P36A 1XN2A 1W5XA 4NJVA 3T3CA 3GI5A 1NH0A 4Y3LA 1MESA 5IE1A 5P6JA 3OQFA 5P87A 1LYAA 2QNQA 1UH8A 5COPA 1MERA 1K6CA 3IXJA 4Y3JA 5UPJA 3IVIA 5P7WA 4IVTA 1BXQA 5P6PA 4AUCA 4HDFA 1QDMA 4L7JA 5KOSA 3UDMA 3NU4A 5F01A 3RTHA 5DPZA 2QCIA 2XYEA 4FLGA 5P2DA 1E5OE 4DQEA 5DQ5A 1M4HA 4R92A 2WF1A 4Y4JA 4YD4A 1ER8E 5P5MA 3KF0A 3NXNA 1DAZC 4S1GA 5P6NA 4E43A 5P6LA 2OAHA 4FL8A 5P5LA 5P57A 5DR8A 3SA6A 2PYNA 3L5FA 3S53A 3UQXA 4Y5PA 1LYWA 2G22A 2IS0A 3INHA 5P73A 4Y56A 3QIHA 4Y37A 5P2SA 3D1ZA 1IDBA 2G21A 3GGVA 2PMAA 1SDVA 1EBYA 2JJIA 3OK9A 3NLSA 5P4DA 2G94A 1HVRA 2QMGA 1E80E 3S56A 5P1YA 5P5UA 1HVKA 4I0ZA 3BHEA 5P8LA 4Q5MA 3S2OA 1HIVA 5P49A 3URJA 1E82E 5P5GA 5P65A 3HW1A 1HPOA 3PM4A 6UPJA 4Y3WA 5P4LA 5P18A 3EL5A 2UXZA 4K9HA 1C6YA 3APPA 2HPEA 3UDHA 2V0ZC 4NPUA 5OZSA 8HVPA 4B00A 4I0HA 4J54A 2BJUA 2B7FA 4LXAA 4ZSPA 3LHGA 2Q63A 2BBBA 5P58A 5P5TA 3TH9A 5P6HA 1LYBB 2G1YA 2OHLA 3DM6A 3NSHA 4EJDA 5P3YA 5P74A 2ER6E 3PLDA 3OQAA 2OHPA 2NTRA 4Y9WA 2ZJMA 4M8XA 4HDPA 3C9XA 5P25A 4CPXA 4Y3MA 3IGBA 4JPEA 4OBZA 1FQ5A 4QJ8A 2BQVA 3UDNA 4RZ1A 2OHSA 3EKPA 1BILA 1B6MA 4EJLA 4DUSA 2Q64A 1EAGA 4LC7A 4H3IA 1HPVA 5P23A 1UH7A 1TQFA 3TPLA 5OYSA 2P3BA 3OUAA 1B6KA 1EPME 2ANLA 4FE6A 3SKFA 3S7LA 5P3UA 1HWRA 3AIDA 3K1WA 4CPWA 2AZBA 3ZKSA 2OF0A 5OZNA 4I10A 3NU9A 5P3AA 2XYFA 5OYWA 5P5VA 1UH9A 3TL9A 3EXOA 1HVIA 1EC0A 3OUDA 4Y4TA 5P8JA 3LIYA 1EPOE 4QJ6A 2R38A 5SY2A 2V00A 3KFNA 3QI1A 5P53A 4Y4ZA 5P00A 2BB9A 4PZWA 5P3SA 2UY0A 3PRSA 5P7ZA 1BIMA 4L1AB 3NUOA 2G1NA 4TVGA 4Y45A 4XXSA 5P6IA 5P2LA 3HZCA 5P2FA 3BUFA 4FCOA 3EM4A 1K1UA 5COOA 3R1GB 4U8WA 3U71A 3FV3A 4PHVA 2HC0A 3WZ6A 2ZE1A 1FQXA 5I3VA 5P7LA 5P8GA 1W50A 1ODYA 3ECGA 5P2XA 1M0BA 5B18A 5P2AA 4DQCA 5P4JA 3EL1A 3QVCA 3BXRA 5P7CA 1TCXA 3O9BA 2A1EA 2NXLA 4D85A 5P60A 5P6VA 4FRSA 4DPIA 3OTYA 3KM4A 1MRXA 3LIVA 4LXMA 4TVHA 1AJVA 5P4UA 5P4BA 5AHBA 5P5YA 5OZGA 5OZ2A 5P20A 4OD9A 3T6IA 5P8EA 7UPJA 1HRNA 1EBZA 2F81A 1FQ8A 4Y3TA 5P5SA 1B11A 3SABA 4XX4A 1SBGA 5P5AA 5P3WA 5IVRA 5C9DA 4Y4GA 1N49A 4R91A 3FSMA 1W6HA 5P3RA 2NMZA 3BVBA 3G6ZA 5P4PA 1ZSFA 4F76A 4MC2A 1GNOA 2FDPA 5P0GA 3KDCA 2QMDA 4Y35A 3VG1A 2O40A 4Y38A 5CONA 5P3QA 3HBOA 4J17A 2F80A 5P2VA 5P1GA 3ZPTA 2OHQA 3SQFA 1HHPA 4WTUA 2R5PA 5HVPA 1MRWA 5P46A 2JYSA 1AM5A 2OHKA 5OZIA 5P10A 3UCBA 3IAWA 4ACXA 3OU3A 5P8PA 4FSLA 1T7IA 5P51A 5P07A 5P13A 3QROA 5P7JA 3TNEA 1EBKC 3L3AA 2BKSA 5KQZA 5P33A 2WEZA 5P7TA 2V13A 4EJ8A 5P79A 4J0TA 4DJRA 5P4QA 3ZMGA 2I4XA 3ZKMA 4CPQA 1ZJ7A 3UQRA 5AHCA 4JOOA 3Q6YA 1HPSA 1C6XA 3D3TA 3OAGA 1B5FB 4KE0A 1EC1A 2ZDZA 3DOXA 5P2TA 3OWNA 3EKYA 5HTZA 1EPNE 5P2RA 2NNPA 3G70A 1K6VA 2AZ9A 2R3WA 2IENA 3KYRA 1EBWA 3OU1B 5P5FA 1K6PA 4FRIA 4COEA 3KT2A 3OOZA 3KT5A 5P81A 5APRE 1IVPA 2BPZA 3UDRA 4PZXA 3CIBA 5J25A 2ER9E 5P4FA 5HDUA 1YX9A 2WECA 3GGUA 5P31A 2O4LA 5P4ZA 4APEA 3IA9A 4A6BA 3OQ7A 3FX5A 5P4VA 3D1YA 1LEEA 1RL8A 3O9IA 5P48A 3K5GA 3O9EA 5P0HA 1ZBGA 2VIJA 5P32A 3ZPSA 5P4HA 3OADB 4I0EA 1XL2A 1W5VA 2HPFA 3FNTA 2BPYA 1W6IA 5P3EA 3TPRA 1MUIA 1W5WA 3O9FA 4EXHA 1B6JA 2I0DA 4YDGA 1ZSRA 2VA6A 4GJ5A 1MTBA 4AZYA 2ZJKA 1A94A 2AVQA 1NPVA 3JW2A 5P0WA 5P2NA 3B7VA 1BDLA 2ZHVA 4GJ9A 2QI5A 4KUPA 1JLDA 3K5CA 5P4YA 1NPWA 7HVPA 5P2WA 5P0RA 2R9BA 3TPPA 5P2ZA 1CMSA 2VA5A 3NR6A 3VF7A 1G2KA 3VYEA 1KJGA 5P0QA 5P6WA 1HVJA 3KFRA 5P3CA 1CPIA 4ER4E 3U7SA 3HVPA 2CEMA 5P5CA 3OU4B 4XX3A 5P6DA 1FG8C 5P7HA 3RTNA 2IGXA 4OBHA 4RLDA 5P26A 2R3TA 2AOEA 3GI6A 3EBZA 4NPTA 5DR3A 1FG6C 5P5DA 4J5JA 1PSAA 1M43A 3RSVA 2JJJA 1D4KA 5P1AA 2PSVA 4PEPA 4Y54A 3EKVA 3UFNA 5OZDA 1HIIA 4CPUA 5KR0A 5P6BA 4DI2A 4RVJA 1HVHA 5KQXA 5P61A 3S54A 6FIVA 2V10C 1T6GA 3FNSA 5P4AA 1D4SA 4DFGA 2QI0A 4L1AA 3HLOA 2G69A 4LP9A 4B1DA 4MC1A 5I3YA 1YG9A 3NWQA 3QRSA 1HSIA 3O9DA 5P83A 4DJOA 2R8NA 4B77A 1FFFC 2QD6A 1ZAPA 5IVSA 3KFPA 4BFDA 3VV8A 5P56A 2OHMA 1A8KA 4Y53A 4FIVA 1QBRA 3TKWA 4AA9A 3GGAA 3DUYA 5P2CA 5OZFA 5OYTA 5P1UA 5P7NA 3INFA 3LINA 3SKGA 4BFBA 3NU5A 3WZ8A 2FLEA 1DIFA 5OZJA 1LF3A 4B78A 5KQFA 1C6ZA 3K4VC 3LITA 5P1KA 3PGIA 2WEAA 5P4NA 4Y3AA 3ZKQA 4A6CA 5P2YA 2R43A 3SA3A 5P3HA 5P3MA 2QP8A 2QI3A 1YTGA 4ZSQA 5P0LA 5P8KA 1D4YA 5P7BA 1QRPE 3MWSA 3O9LA 4Y4AA 1SIPA 3DK1A 4HEGA 4A4QA 3GGXA 5P1LA 1TCWA 2NPHA 2ZHRA 5OYXA 2ZJLA 4ZSRA 4WY1A 4OBGA 1HTEA 3ER3E 1EC2A 5P47A 2G1SA 5P3VA 4Y41A 4ZEAA 5P16A 3LNKA 1FQ6A 3KMXA 2I4WA 3OXXA 4OBKA 2J9JB 3SACA 3UQPA 5DR1A 5P5IA 2FNSA 3PCZA 3WZ7A 4OC6A 1HVLA 5DR0A 1MT9A 2VIYA 5P37A 1RQ9A 1A8GA 2WF3A 1HVCA 5IVQA 1HTGA 1BWBA 1MT8A 5OZRA 2QZWA 3PBZA 5KR8A 3NU6A 1ZLFA 5P0UA 5OZ0A 3L5CA 5P7GA 1BAIA 2HM1A 1XDHA 3K5FA 5DR7A 5P3DA 2RSPA 3PMUA 4YD6A 1IBQA 5P7SA 3VFAA 2VNNA 4YHQA 5AH9A 2IL2A 3URLA 3PWMA 5P8MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QS8 A;  4Y4X A;  1EPL E;  5P29 A;  1SP5 A;  4Y47 A;  5AHA A;  2AZC A;  3QBF A;  1HBV A;  4DJX A;  1A9M A;  2ZHS A;  2IDW A;  5P7K A;  1SME A;  5P1Q A;  1RNE A;  5P24 A;  4Y3Z A;  3LIX A;  2AID A;  5P7Q A;  3L5E A;  2IRZ A;  5P0N A;  4DV9 A;  5OZW A;  1D4J A;  1PFZ A;  1KJF A;  4J1H A;  5P4I A;  5P3B A;  3TTP A;  2ZJN A;  1LS5 A;  1HOS A;  4FS4 A;  3ZOV A;  4FAF A;  4Y3X A;  1GNN A;  1QBU A;  4EYR A;  3O9C A;  1FIV A;  4PYV A;  4OBJ A;  5OYZ A;  2FXD A;  1RPI A;  4HE9 A;  2VKM A;  5P52 A;  4QJ9 A;  2J9K A;  3ZKI A;  5KOQ A;  1RV7 A;  3H5B A;  1BV9 A;  1PSN A;  5ISK A;  2PQZ A;  5P1S A;  1OEW A;  4YOA A;  1YTI A;  5P62 A;  3GI0 A;  5P0Y A;  3EM6 A;  5DQ2 A;  2FMB A;  1UPJ A;  4NJS A;  4DJU A;  1HEG E;  2AOD A;  4GJA A;  5P86 A;  1BDQ A;  1LYA B;  3OXW A;  5P75 A;  3KDD A;  3T7X A;  1DW6 C;  5P30 A;  2P3A A;  2QZK A;  4GJD A;  3S7M A;  4B05 A;  1FB7 A;  3DCK A;  1ZP8 A;  3BC4 A;  4JPC A;  2RKG A;  1AZ5 A;  4L7H A;  2P3C A;  3VCM A;  5P3Z A;  2V11 C;  5P2B A;  5P5W A;  1K6T A;  5P5P A;  5P22 A;  5P68 A;  1D4L A;  2ZHT A;  3O9L B;  3WB4 A;  3FKT A;  2QD8 A;  3UHL A;  5P0J A;  3RTM A;  4ZIP A;  2F3K A;  5P8I A;  4ZPG A;  2WEB A;  3SA4 A;  2ZJI A;  4J1C A;  5P39 A;  1LF4 A;  2WKZ A;  5P3N A;  1F34 A;  5P6O A;  3EKX A;  4R5N A;  1MPP A;  5OZH A;  3UPJ A;  5OZ6 A;  5P6A A;  2I4D A;  4I8Z A;  1HTF A;  5OZ3 A;  2F3E A;  3KDB A;  2ZYE A;  1GNM A;  3PBD A;  4K8S A;  2XFK A;  1T3R A;  1LYW B;  3S45 A;  4ER1 E;  5P3K A;  1HSG A;  4J0V A;  3EL9 A;  3MSL A;  2PC0 A;  4ZSM A;  2HS1 A;  2PK5 A;  4OC6 B;  4RCF A;  3URI A;  4DQH A;  5P4T A;  5P76 A;  2ZJJ A;  2QU2 A;  2QZX A;  5P2M A;  4D89 A;  1GVX A;  2VA7 A;  2QI7 A;  3PLL A;  5P3G A;  4XKX A;  5I70 A;  4B72 A;  1XL5 A;  2VIE A;  2HAH A;  2QK5 A;  3L5B A;  3VLB A;  5P6Q A;  5P63 A;  4WY6 A;  4Y3G A;  5P5X A;  5P1R A;  3TLH A;  1SDU A;  3PB5 A;  2AOF A;  5OZK A;  4Y51 A;  2QNP A;  5CLM A;  3ZPU A;  4APR E;  2VIZ A;  5P4K A;  5P1N A;  1GVV A;  1PSO E;  4Z50 A;  1YT9 A;  4RRS A;  5ER1 E;  1WBK A;  5OZ5 A;  4DPF A;  5P55 A;  4N00 A;  5KQY A;  2J9J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1TZS A;  4RRO A;  3GW5 A;  5P1W A;  5P8T A;  2HB3 A;  3UDY A;  1AID A;  1D4I A;  5HU0 A;  5AH7 A;  3FNU A;  5P0I A;  5P7E A;  3IVH A;  5P0C A;  3OAD A;  5P4M A;  3ZKN A;  5I3X A;  4YBI A;  3TOF A;  5P0A A;  1BV7 A;  2UPJ A;  5OZV A;  4TRZ A;  2NXD A;  4X7I A;  2QHY A;  3VYD A;  3UFL A;  3VSX A;  2G1R A;  1AJX A;  3PVK A;  4TRY A;  5DGW A;  3KN0 A;  2AOI A;  1QBS A;  1CZI E;  3HD8 A;  1YM2 A;  1KJH A;  2QMF A;  1HXB A;  4LL3 A;  5P8Q A;  5P5Z A;  3I8W A;  3NUJ A;  4J1E A;  5P02 A;  3BXS A;  2OHN A;  5P8N A;  1IVQ A;  3NDT A;  4HZT A;  4DH6 A;  3NDW A;  1FF0 C;  1VIJ A;  1MT7 A;  5HDV A;  5EZX A;  4YD3 A;  1NSO A;  3MSJ A;  1HTR B;  1MVP A;  3MXD A;  3EKW A;  5OZX A;  3T7P A;  2IEO A;  5P8O A;  4CKU A;  3RU1 A;  1IIQ A;  3BVA A;  4I1C A;  3OU4 A;  4EP3 A;  3UF3 A;  5DQC A;  3VFB A;  4FSE A;  2F3F A;  5P8A A;  5P05 A;  1FQ7 A;  2RMP A;  3OUB A;  3O99 A;  3LZY A;  1EPQ E;  5HCO A;  4OBD A;  3MXE A;  4HDB A;  5C9B A;  4Y3Y A;  2P3D A;  2G24 A;  3LZV A;  4UPJ A;  4K4Q A;  1APV E;  3PI5 A;  1MEU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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