2JE4A

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease in complex with jg-365
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
96
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGKWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Modular Total Chemical Synthesis of a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 17
structure length 96
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2je4A00
4ZE6A 2HPFA 1DIFA 4RROA 3OHHA 5P8FA 2AIDA 1MSMA 2G1SA 3I2LA 3LIQA 1MT9A 4Y4BA 3PWRA 4F74A 5P7LA 1FG8C 1C70A 1BILA 2BKSA 5P8VA 1MTRA 4HE9A 4EQJA 5P7HA 3LITA 4QJAA 1APTE 5P87A 1WBMA 3BXRA 5HCOA 1EC2A 2WF2A 3LPKA 5P5SA 3ZPSA 2ZHTA 5P6DA 2ZGAA 4A4QA 4YCKA 4Y44A 4ZEAA 4YD7A 3B80A 5P8TA 5P3RA 5P1NA 2WF3A 3PHVA 1HTRB 4CPSA 3U6AA 1HEFE 3ER5E 2BPZA 5ER1E 5P5HA 4EP3A 2G26A 1YT9A 5OZWA 2XYFA 2B42A 1XDHA 5P1RA 5P1FA 1A8GA 4J0ZA 4GJ7A 5P6GA 5J25A 3HVGA 1B5FA 3OHFA 1LYWB 5P7YA 2PSUA 2VA7A 1C6YA 2G94A 3MSJA 5P3MA 4L7HA 2FMBA 3QRMA 1D4HA 5P5AA 1SMEA 2VIYA 1K2BA 4H3IA 3QVCA 3OAGA 1LYBA 2OHRA 1D4JA 3OY4A 1BV9A 5P1SA 5T4SA 5HE4A 1J71A 4I1CA 1LYAB 3S2OA 3BUFA 5P5BA 4U7VA 1TSUA 3UF3A 3BUGA 5P3OA 2PH6A 4EPJA 3PJ6A 3OOZA 1EPQE 3RU1A 4DJXA 1F34A 3F9QA 4YCTA 5P6MA 4NJUA 5KQXA 5P0FA 2CEMA 3UQRA 4JPEA 1YTIA 5P49A 2ZE1A 4WY6A 1W5YA 2VIZA 1OD1A 2VNMA 1A94A 2V10C 2WEDA 3DCRA 3NUOA 5E5KA 4QJ6A 4ZSQA 3OQKA 4J17A 2G21A 4I0GA 3K5DA 2P3CA 4RCDA 5P3QA 2QI3A 4DJYA 2QZKA 4OD9A 5P7EA 3DUYA 4H3FA 4L7GA 3NR6A 2BPVA 3EMYA 5P4CA 1HBVA 2ZHUA 5HE5A 2Q3KA 4GJAA 2I0DA 1LF4A 2P3DA 4I0ZA 5OYUA 5P7QA 4FRSA 2QI6A 5P2JA 2NXMA 4Y4ZA 5P1WA 5P3WA 4Q5MA 5P42A 5P03A 3INEA 1SGZA 5P5JA 4GZFA 3NDXA 3ECGA 3PWMA 4Y4UA 3EL5A 4Q1YA 3KDBA 4Y4GA 2FDEA 5OZ0A 3WZ7A 5UPJA 3BVBA 3UDHA 3ZKXA 3UDMA 1FFFC 5P5KA 3ZPTA 1HVJA 5AH8A 3SACA 5P53A 4R92A 1OEWA 1AJVA 3JW2A 5EZXA 5DGUA 5P4DA 2AQUA 3HAUA 2ZHVA 4YA8A 3KFNA 4J1HA 5P8IA 3ZKSA 4Y3PA 3KFPA 3D20A 4ER2E 4BEKA 2BQVA 2AVOA 5P0AA 2PC0A 1KZKA 4M8XA 2O4KA 1HXWA 4I10A 5OZ1A 3EKTA 1GVXA 3LPJA 3NUJA 1KJGA 5DQ1A 5OZLA 4B05A 4Y54A 5P8SA 1FQ4A 5P8EA 3EM6A 3QAAA 3TKWA 4GYEA 4AMTA 5OZUA 4D89A 5P2VA 5BWYA 4Y3XA 5P1XA 4DJWA 3QI1A 2XFKA 5JFUA 3CMSA 5P3SA 1YM4A 5P1PA 3TOFA 5P3FA 5P8AA 1HVIA 2OHSA 1NSOA 3D91A 5APRE 4H3JA 4LXAA 6UPJA 1M4HA 3HDKA 5OZXA 5P2HA 5P8MA 1DW6C 1SIPA 3O9DA 5DR3A 5KOSA 2B8VA 5P36A 3URJA 5KQYA 5P5UA 3LPIA 1E80E 1EC3A 5P5TA 1AZ5A 2WEAA 5P2AA 4UPJA 5I3VA 8HVPA 2QK5A 2VS2A 1MVPA 3QPJA 5P6XA 5P0ZA 3IXKA 3OUCA 3PLLA 3O9LA 1G2KA 5P0RA 4QJ2A 2O4NA 3L5EA 2WECA 2R5PA 3KFSA 1D4LA 3K5GA 4Y5KA 5P3CA 1Q9PA 5P15A 4NJSA 5P0DA 3VUCA 1EPRE 3L58A 1Z1RA 3PMYA 5P6HA 3S45A 5IVTA 4OBFA 1EPNE 2XFIA 5P82A 4Y50A 2B8LA 1HPXA 2IQGA 4K9HA 3OXCA 2QD7A 4ZIPA 3IXJA 5P7SA 2NMYA 4YOBA 3IVHA 5P0BA 5OZRA 4Y9WA 3TL9A 2RKGA 2FNTA 3R0WA 2IS0A 1HVKA 2NXDA 3SLZA 5P06A 3UTLA 4XX4A 3O99A 3INDA 3N4LA 4FRIA 1BXOA 3BGCA 3CIDA 5P1EA 4YBFA 1G6LA 5OZOA 3OQFA 3S7LA 5OZ7A 1TCXA 3UDRA 3WSJA 2VIEA 3VFAA 2R3TA 2P4JA 1A8KA 2BJUA 2RKFA 2ZJMA 1FB7A 3LHGA 5HVPA 3PLDA 2I4UA 4H3GA 5DPZA 1QBTA 2QU2A 5DQCA 3TNEA 3K5CA 3SPKA 4A6BA 1BDQA 2WHHA 5P4XA 5P56A 4DJUA 5P59A 2P3BB 1IZDA 2XFJA 4J5JA 1FGCC 4QJ8A 4LP9A 4YD5A 4ACUA 2AVSA 2AOFA 4KB9A 3U7SA 5P3XA 1VIJA 3BRAA 3HW1A 3TH9A 2G1NA 3GI0A 4DQEA 4FAFA 3PMUA 3UFLA 1ZP8A 2AOCA 5P3IA 3O9AA 4M8YA 4HDBA 5P12A 2PMAA 5P7PA 5P4HA 5P46A 3ZPUA 2VKMA 1W51A 4Y3LA 5P28A 4J1KA 5P51A 5CONA 2BPYA 3SA5A 4DFGA 3S56A 5P8OA 3OXVA 3I7EA 2QHYA 2ER6E 3ER3E 3FSMA 5P19A 4Y58A 4FRJA 3OADB 3IA9A 4Y4EA 1FQ5A 2QMGA 1FQXA 5P3AA 2V13A 3FKTA 4Y3MA 3LIXA 1MUIA 5P4LA 4L6BA 5HD0A 1YTHA 1TSQA 1ODYA 1ZBGA 3OUDA 5P6FA 4DPFA 3SA3A 3HAWA 5P37A 5ENKA 4FAEA 2O4LA 1VIKA 3IAWA 1FIVA 1ODXA 3SKFA 2WEBA 5P88A 1RNEA 5P5NA 5P0NA 1LS5A 3APPA 5P0MA 4MC6A 3RVIA 3ZKNA 3QRVA 4PZWA 5P2DA 3UDNA 2P3BA 5BS4A 3DM6A 2AOGA 3AUPA 4R93A 4B1EA 3VV8A 3TLHA 5P3JA 4EYRA 3EKXA 5OZ2A 2AVQA 5HU1A 5P8LA 5P2CA 3PVKA 1K6VA 1SP5A 1BWAA 5P01A 5P0VA 5P44A 5P6LA 2JJJA 3OU3A 4RCFA 5P25A 1EPME 5P5ZA 1MERA 2G24A 5P5MA 5P8KA 5P2KA 1DMPA 4J1EA 4J55A 1T7KA 5P8CA 3T7PA 3PGIA 2WF4A 3BC4A 4RVJA 1W50A 3QROA 5P0IA 5P17A 5P4YA 1HPSA 2AZ9A 4HVPA 4YD4A 1HPVA 1RV7A 3EL1A 3KF0A 2G1RA 1GVUA 2ZJIA 4GJCA 5P6YA 3PSYA 4ER4E 1YG9A 1IBQA 2QMPA 5P4IA 2VNNA 4Y48A 5P04A 2O4SA 4Y3FA 3S8IA 1E81E 3UDKA 3S54A 1W5XA 4MC1A 2R3WA 5P6KA 1EC0A 3D1ZA 5AHBA 3PSGA 5P2GA 1FQ6A 1HTGA 5P00A 2R38A 3HZCA 3NU5A 1PSNA 5P2BA 3WZ6A 2WEZA 5SXNA 5JODA 3ZKMA 5OYTA 1T6GA 1RL8A 5EZZA 3VV6A 3RTHA 3BVAA 3UQWA 5P1VA 3EM4A 1XE5A 4Y51A 5P08A 4J54A 5P7KA 4R8YA 2I4VA 1HVCA 1MT7A 5P0WA 3RTMA 4EJDA 1SDVA 3IVIA 1MT8A 4Z2ZA 1PSAA 5KOQA 5P8RA 3KMYA 4FLGA 4I0DA 5P3BA 1AJXA 5P72A 3QBHA 5OZVA 4J1IA 1B6KA 5P1KA 3GGUA 3VCMA 4YD3A 5P02A 3JVYA 5B18A 1W5VA 5E5JA 3KT5A 4Y5BA 3L59A 3NDWA 3GGAA 4Y5AA 1ER8E 2WF1A 3KT2A 3VSXA 3WB5A 4Y3QA 4TRYA 5P3VA 3GI6A 5P5IA 4MC9A 4DQCA 5P1TA 5P7GA 1TCWA 2Q55A 4J0YA 4Y5MA 2JYSA 3S43B 2FXEA 2VIJA 3L5FA 1HOSA 5P6NA 4B70A 5HTZA 3DJKA 5P57A 4LC7A 2QHZA 4RGHA 4F75A 4U7QA 3BUHA 4TVHA 5P1IA 2FGVA 3K1WA 5P2TA 1MSNA 3FNSA 4Y36A 1HTEA 1TW7A 5P4TA 4Q1WA 1EBYA 1HPOA 3NWXA 5P8GA 3UFNA 5P4PA 1EAGA 5P3LA 1MEUA 3APRE 2F8GA 5P8DA 5P0SA 2J9KA 5P5RA 4XKXA 5P6IA 5P2QA 4OBJA 1UH9A 4DQGA 2Q63A 3PSUA 5HDZA 3PI5A 5P8PA 5P2FA 5HDUA 2V0ZC 5DR4A 5P1HA 3GGXA 5P4OA 2I4XA 5P89A 1DP5A 2H6TA 2HB4A 6FIVA 5P86A 4Y4WA 4EQ0A 3SAAA 2V12C 3L5DA 5P58A 1T3RA 5P3NA 4GJ6A 3BXSA 4Y3SA 3NDTA 3D3TA 2J9JB 2O4PA 5P80A 5P0YA 3Q4BA 2B7FA 3QBFA 7UPJA 2P3AA 4EXGA 2QI1A 5HE7A 5P2XA 7HVPA 3QP0A 2IKUA 1HXBA 4DVFA 3SM2A 3VV7A 5P7FA 1IVPA 1EPOE 4CPRA 2AZBA 5DR1A 2F81A 2FDDA 5P6AA 2QMDA 1LYWA 3MSKA 2VA6A 5P77A 5P79A 5P1CA 5P2NA 1ZSRA 4Y35A 1PPKE 2NPHA 3SM1A 2IKOA 5KQFA 5HU0A 2Q54A 1HSIA 3M9FA 1IZIA 4BFBA 4R5NA 3VF5A 3I6OA 2I4WA 2ER9E 5P05A 5P47A 1GVWA 2Z54A 5P4BA 5KAOA 5DR0A 5P75A 1LYAA 2B60A 5OZMA 1DPJA 2P83A 4OBHA 3EL4A 5P7TA 1XL5A 2AOHA 2Q64A 1ZAPA 4LXMA 5P0JA 5P18A 2P8HA 5P4UA 1FG6C 5OZ5A 4HDFA 4LHHA 5KR8A 5P0LA 3R0YA 2G1YA 5I70A 4PPHA 5P4VA 4JPCA 3Q3TA 3ZOVA 5P5GA 1ZLFA 3Q6YA 1IZEA 4JECA 4FE6A 1D4YA 5P2OA 2AZ8A 1YTGA 1PPME 5P6OA 2AOJA 4Y5PA 3EL0A 4X7IA 1XN3A 4B78A 5P0HA 4Y3RA 3O9FA 2J9JA 2Q11A 1WBKA 5SY2A 3DV5A 1B6LA 5OZFA 3WZ8A 5BRYA 1BDRA 1ZPAA 4I0EA 4RVXA 4OBGA 5P1GA 1MTBA 4Y4DA 2OHKA 3NXNA 4Y5GA 5IVQA 5P24A 4J0VA 4Y38A 5P6WA 4Y3AA 1YX9A 4FM6A 1ME6A 5COOA 5OYWA 2JJIA 5P0CA 3OUBA 4CMSA 4I12A 3NXEA 4DV9A 9HVPA 2PYNA 1HVSA 4ZLSA 1HSHA 4GJDA 3NLSA 2V00A 3MXEA 3SKGA 3NWQA 4I0HA 5P2WA 4Y4TA 1AVFA 1B6PA 5P10A 2Z4OA 4RYGA 5OZCA 2VJ7A 2A1EA 4JOOA 3QIHA 3I25A 3K5FA 4QJ9A 3SA7A 1PPLE 3FIVA 1NPVA 5OYYA 2IENA 5P39A 1NH0A 1ZSFA 5P7VA 5P4AA 2NTRA 5P62A 2I1AA 5P2IA 4A6CA 4EHCA 5P41A 4KE1A 4EJKA 5OZ6A 4Q1XA 5P3UA 2EWYA 2OHQA 1E5OE 3SO9A 4Y3YA 2OHPA 3L3AA 3EKVA 4FS4A 5OZSA 5P2ZA 3RSXA 5P5VA 2AZCA 1UH8A 1IZHA 4YE3A 1BDLA 3GI5A 3PEPA 4YD6A 5P2EA 2B7ZA 5P0KA 2OHNA 1Z1HA 4DJVA 4LXKA 1FQ7A 4D85A 1BVGA 1QRPE 5P84A 5P29A 2WF0A 5AHCA 3B7VA 5IVRA 3GI4A 4ZPGA 3DOXA 5P5LA 2IL2A 4EXHA 3G6ZA 2F3FA 5P1AA 3BHEA 2SAMA 3U71A 4R95A 2A4FA 5P7OA 4L1AB 4QLHA 1N49A 3PCZA 4YDGA 5P2LA 2V11C 5KR1A 3TOGA 1HSGA 5TOLA 3G70A 3INFA 4DQBA 5KQZA 1FKNA 3KA2A 5OYSA 2I4DA 3OXXA 5AHAA 3Q70A 1BAIA 2AODA 1W6HA 2CEJA 3S85A 1AM5A 6APRE 3LIZA 4XXSA 4PEPA 5AH6A 5P5OA 4B72A 1T7IA 3VSWA 3VFBA 3O9GA 4JP9A 3R1GB 5C9DA 5P7WA 4DUSA 3VF3A 1EBWA 5P4KA 4GJBA 5P26A 5P35A 4PYVA 3S7MA 4Y5EA 4CPUA 3CICA 5OZGA 2HIZA 3DV1A 5HCTA 4D8CA 4Y3DA 5P6EA 5P71A 4DJQA 3EKQA 2QI7A 3VEUA 5OZKA 2RMPA 5P8JA 3SA6A 2CENA 3NU3A 2QCIA 5OYRA 4Y5CA 4Y3HA 3IGBA 3QS1A 2AVMA 2UPJA 5CLMA 4PHVA 2H6SA 1T7JA 4Y4AA 4FCOA 1IDBA 5P4WA 4J0PA 1ZPKA 5P8NA 3RSVA 5P8QA 3L38A 1GNOA 4HDPA 4L1AA 5P52A 2G27A 1FMXA 5OZQA 4APEA 3WB4A 1EEDP 3G72A 4DQHA 1EPLE 3MXDA 1LF3A 3S53A 1K6TA 3LINA 5OZ8A 5P7RA 5OZBA 5DR7A 3O9EA 1OHRA 2QNQA 3R4BA 4K4PA 5P3YA 1IIQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZE6 A;  2HPF A;  1DIF A;  4RRO A;  3OHH A;  5P8F A;  2AID A;  1MSM A;  2G1S A;  3I2L A;  3LIQ A;  1MT9 A;  4Y4B A;  3PWR A;  4F74 A;  5P7L A;  1FG8 C;  1C70 A;  1BIL A;  2BKS A;  5P8V A;  1MTR A;  4HE9 A;  4EQJ A;  5P7H A;  3LIT A;  4QJA A;  1APT E;  5P87 A;  1WBM A;  3BXR A;  5HCO A;  1EC2 A;  2WF2 A;  3LPK A;  5P5S A;  3ZPS A;  2ZHT A;  5P6D A;  2ZGA A;  4A4Q A;  4YCK A;  4Y44 A;  4ZEA A;  4YD7 A;  3B80 A;  5P8T A;  5P3R A;  5P1N A;  2WF3 A;  3PHV A;  1HTR B;  4CPS A;  3U6A A;  1HEF E;  3ER5 E;  2BPZ A;  5ER1 E;  5P5H A;  4EP3 A;  2G26 A;  1YT9 A;  5OZW A;  2XYF A;  2B42 A;  1XDH A;  5P1R A;  5P1F A;  1A8G A;  4J0Z A;  4GJ7 A;  5P6G A;  5J25 A;  3HVG A;  1B5F A;  3OHF A;  1LYW B;  5P7Y A;  2PSU A;  2VA7 A;  1C6Y A;  2G94 A;  3MSJ A;  5P3M A;  4L7H A;  2FMB A;  3QRM A;  1D4H A;  5P5A A;  1SME A;  2VIY A;  1K2B A;  4H3I A;  3QVC A;  3OAG A;  1LYB A;  2OHR A;  1D4J A;  3OY4 A;  1BV9 A;  5P1S A;  5T4S A;  5HE4 A;  1J71 A;  4I1C A;  1LYA B;  3S2O A;  3BUF A;  5P5B A;  4U7V A;  1TSU A;  3UF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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