2JJIA

Endothiapepsin in complex with a gem-diol inhibitor.
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Catalytic Mechanism of an Aspartic Proteinase Explored with Neutron and X-Ray Diffraction
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 80
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2jjiA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2jjiA01
1IDBA 2BKTA 3QP0A 1K2CA 5P6DA 3LZYA 5HE7A 5P6FA 5BRYA 4EJLA 1F7AA 3O99A 5P59A 2JYSA 3QBHA 1J71A 4FSEA 3OU1B 3PBDA 5P37A 4TVGA 2VNNA 1SBGA 4CPRA 3DCRA 3UDHA 4I0GA 5P0HA 5P0TA 4GYEA 1T7KA 2OHLA 5P64A 4NPTA 7HVPA 5OZDA 4Z22A 3SA7A 3NUOA 5P4VA 5JG1A 5P12A 1TZSA 5P04A 4GJ7A 4RYCA 4OBJA 1F34A 3UQXA 2OHQA 2PSGA 5P40A 5P4KA 3O9IA 2QHZA 5P76A 3G70A 3SPKA 5CLMA 2ZHUA 5P7XA 1B6LA 5OYQA 5P1MA 2G24A 3GW5A 4L7HA 1AJVA 4AZYA 4B77A 5P3MA 5P2XA 3FIVA 5P2BA 2G21A 2O40A 5P8UA 5DR3A 4Y41A 2NMZA 3EM3A 3TKGA 5P39A 4COEA 5P8IA 3IA9A 5P6SA 3UQUA 5P13A 5OZJA 1PFZA 2O4KA 5AH6A 1FQ4A 3IN4A 3A2OA 3FKTA 4LXAA 3LIYA 2IS0A 4R5NA 2RMPA 5P7MA 5E5JA 5P5PA 1ER8E 4RYGA 5OZ2A 1YM2A 1QBUA 2QI7A 3Q5HA 1LF4A 3KFNA 5P3CA 3L38A 1GNMA 3QIHA 1CZIE 2QU2A 4ZIPA 5P3QA 5OZLA 5P7DA 3QI1A 4YOAA 3OGQA 2V00A 5P8OA 3NU9A 3ZMGA 1FG6C 5P0CA 2PWCA 5P7GA 2IEOA 5ISKA 3MXEA 3UDRA 1C6ZA 5P4EA 4F73A 1IVPA 4QJ8A 5P6XA 2FGUA 1SIPA 3IXOA 4Y53A 5P0SA 5P1PA 4Y5LA 4RVJA 5P5CA 4F74A 5P6IA 4I0DA 1B6KA 5P2UA 1TSUA 2FNTA 3EL4A 3APRE 2QD6A 5P8GA 4Y5GA 1FFFC 3UDYA 4PZWA 3I6OA 4YCKA 3LNKA 3OOZA 1HTGA 5P7SA 5OZBA 5DR7A 3EKXA 4CPSA 2VJ9A 3LIQA 2NNKA 4DFGA 5P5MA 3EL9A 2OHKA 5P1NA 4Y5EA 5AGZA 5OYYA 5P42A 5P4SA 4FL8A 1YT9A 5P5SA 5OZMA 2V11C 5OZNA 4Y4WA 2QCIA 4LHHA 4YD7A 1BWAA 2XFKA 3O9DA 5P3JA 3KT5A 3VLAA 2ZDZA 3S8IA 1B11A 5OZYA 5P10A 3VCMA 5P2FA 5OZSA 4CPWA 1NPWA 5P3EA 5P1IA 3ZKMA 4Y5PA 2G20A 3H0BA 5P5IA 4CKUA 4J1IA 3ZOVA 5BWYA 5P8BA 2BPZA 5P50A 4FRIA 1D4JA 2HPEA 4FM7A 3VSWA 5DR4A 3LZUA 4WTUA 3D1YA 4Y3QA 5KOQA 1FQ5A 2PQZA 5P5RA 1B6JA 1MRWA 5OZ0A 4GJ8A 1M43A 1C70A 5P4IA 3HZCA 3CKRA 5P5EA 1BDRA 5P7EA 2HPFA 2PC0A 3R0YA 5P4XA 3KMYA 4ZSQA 1A94A 3Q3TA 4R91A 1OD1A 3EKTA 3WB4A 5HDXA 5FIVA 5P17A 4IVTA 3Q70A 2JXRA 5DR1A 5P1RA 3HW1A 3UPJA 3R1GB 3M9FA 1SP5A 4JPEA 5P28A 3WZ7A 5P09A 3O9LA 5P5FA 3L5EA 3KMXA 3L58A 3VLBA 5KR1A 2ZHSA 3HD8A 2AOIA 2QAKA 2A1EA 4AA9A 4Y4DA 3U71A 5OZQA 1B6MA 3S43A 5KOSA 3VYFA 5OZZA 2ZGAA 3NU4A 2HB3A 4YCYA 5P1JA 3QS1A 4FCOA 3R4BA 2RKGA 4RCEA 4Y48A 1ZAPA 5P4LA 1TQFA 5P0YA 5P8DA 2QHCA 3EKWA 2QMDA 4E43A 4Y3FA 2FS4A 1WKRA 4QJ7A 5IVRA 4B78A 1PSAA 4L7GA 5P29A 1TCWA 3LIZA 3TKWA 1MSNA 5ISJA 4DQHA 4MC6A 5DR0A 3O9BA 3UF3A 3S45A 1YTJA 4Y5CA 5OZWA 5P6NA 5P6WA 1XN3A 5P4WA 1XN2A 4QGIA 1EC2A 3DK1A 3OUAA 3LITA 4DJYA 3S2OA 2FDEA 3CKPA 1OEXA 4J0ZA 2WEDA 5P44A 2OAHA 1GNNA 3R2FA 2R3TA 3OU1A 5P0EA 4I10A 5SZ9A 3NXNA 4F76A 4ZEAA 3OXCA 3HVGA 3NDXA 3NU3A 2FXDA 5P81A 3SA6A 2EWYA 4Y3ZA 3SA4A 4J0TA 2B8LA 3PSGA 5P3HA 5P7LA 4Y5BA 4OBGA 4DI2A 3IGBA 5DQCA 4ZLSA 1W5VA 5P6TA 5P3WA 2OHSA 3F9QA 3GGXA 2AVSA 2BPYA 3KT2A 5P24A 2NMYA 5P55A 1BILA 4J0PA 3NU5A 3VFBA 1Z1HA 4Z4XA 3QVCA 3PCWA 1SIVA 1EBZA 3K1WA 3D20A 1IVQA 2WF3A 1DIFA 1ZPAA 4DPFA 4L6BA 4OD9A 5OZ9A 3UDNA 3ZLQA 3NYGA 4DJPA 5HDUA 3K5GA 1LYWB 1SDUA 1NPAA 4OBFA 4U7QA 1YM4A 5P3LA 5P73A 2AZCA 4RZ1A 5P3UA 2IQGA 2FLEA 4Y9WA 1RQ9A 3EL5A 3K5DA 4OBDA 1FEJC 3EKPA 4Y3XA 5APRE 4Y50A 3SACA 5P3XA 2HS1A 3OXVA 3PMYA 5P8AA 3OUCA 5P65A 2B7FA 3UCBA 4RVXA 2XYEA 4GJ6A 5UPJA 4Y4JA 5P5QA 1LF2A 5T4SA 5ER2E 1EPQE 3S56A 5P0PA 1UH9A 3ER3E 2P83A 1RPIA 5P07A 1WBKA 4Y4ZA 2ZE1A 4YCTA 4NJSA 5P0VA 1HWRA 3VSXA 2BB9A 1K6VA 3DV5A 1XE5A 5P3OA 5P7ZA 4GJBA 4DQEA 4OC6B 5P19A 5P5TA 4FAEA 5P0UA 2XYFA 2V16C 2CENA 4D88A 3SA5A 1DMPA 4YD5A 3KYRA 3I2LA 3VV7A 5P2OA 5KQXA 5P3AA 3ER5E 2ZHRA 3L5BA 4LAPA 4GJDA 1KJ7A 3QBFA 3WZ6A 4I1CA 1M4HA 1HVJA 1RV7A 5P1YA 3RU1A 3URJA 1MEUA 3LINA 4HLAA 4M8XA 1E81E 3DJKA 2CEJA 2G1RA 3BGBA 3OWNA 5OZIA 5P8CA 1G0VA 1MIQA 3L5DA 5P57A 1YG9A 5P75A 5P8NA 2AOGA 1BXOA 5SY2A 2FNSA 1HBVA 3EXOA 5P89A 1A9MA 1ZP8A 5P1AA 5P33A 3LZVA 4I8WA 4J54A 1AIDA 1ZBGA 5P83A 3CMSA 4JP9A 4HVPA 5P43A 3VEUA 3WZ8A 1QS8A 5P3YA 3EKQA 4S1GA 5P6JA 5P4HA 4HDBA 5P2LA 1HRNA 5P08A 4ER1E 1LS5A 3CKTA 5P68A 4DUSA 2APRA 1D4KA 2Q54A 5P4NA 4RCDA 5P3GA 2WEBA 4OBHA 5P7IA 1BV7A 1CMSA 5P1FA 3OUBA 2PWRA 3VYEA 2ZJMA 3KFRA 1A30A 4I0HA 5P8KA 2G94A 3INDA 4A6CA 3LPJA 4JPCA 1LYAB 2Q11A 4Y51A 1SDVA 4ACXA 5P41A 5P0NA 2R9BA 1LYBB 1HVKA 2AZ9A 5P7HA 2QZKA 4H3GA 2VS2A 4B0QA 1IDAA 5HDZA 1XS7D 2QK5A 1SDTA 3UFLA 4B00A 3VV6A 5COKA 4RROA 1A8KA 2WEAA 5OYVA 3UQRA 4Q1WA 5P32A 3OAGB 3PM4A 4L1AB 4ZPEA 5P7UA 3O9FA 3UDQA 3KFPA 1D4LA 3ECGA 5P8JA 5P4UA 3KFSA 1QBSA 4Y35A 2R38A 4TVHA 4Y3SA 5P5KA 3SQFA 2P3AA 5TOLA 2VJ6A 4QJ2A 3PEPA 5PEPA 2OHMA 3QAAA 3UDMA 5P7OA 2PSVA 2PK5A 1EC3A 2SAMA 2G69A 3GGUA 3T11A 1FQ8A 3FSMA 3NR6A 4M8YA 3PWWA 5IVSA 2VNMA 1VIKA 2V13A 4YOBA 1Q9PA 1PPKE 3U7SA 5P8RA 1HIVA 1MVPA 4Q1XA 4F75A 3SLZA 3KDBA 2AOHA 3ZPTA 1RL8A 5P0KA 5DR8A 4YBIA 5P86A 2P3BA 3L5CA 4J1HA 1HHPA 5P20A 2PK6A 5P6CA 1QBRA 4APRE 3OU4B 3LZSA 1EPME 3B80A 4I0EA 4EQJA 2G1SA 3UQPA 1MT8A 1N49A 5KR0A 5JODA 4HDFA 3GI5A 4ZSPA 3TOFA 2ZJNA 1D4IA 4EJDA 3ZKXA 3TPLA 2QNNA 5DQ5A 3UDKA 3HBOA 4FM6A 4GJ5A 4DPIA 3FX5A 3N4LA 4Y4EA 5I3YA 5IVTA 5OZRA 2R43A 3KN0A 5P30A 2VIYA 1KJGA 5E5KA 3ZKSA 2AVQA 2I1AA 5P2AA 3S7MA 2I0AA 4Y5MA 2ZJIA 1FQ7A 1KJHA 5P4TA 3IXKA 5P3TA 4EJ8A 3EM6A 5P61A 6UPJA 5P60A 4J1KA 4XKXA 4ZPFA 2WL0A 5C9DA 3VV8A 5DGUA 1SH9A 1TW7A 1XL2A 5AHBA 1M0BA 3VG1A 1CPIA 5P46A 2NXDA 2BBBA 3O9AA 5OZ8A 2BQVA 2Q55A 2I4XA 4XXSA 3TOGA 5P7KA 2Q5KA 3OUDB 3CICA 1LYWA 4YD4A 1KJFA 1K1TA 1NSOA 5P6UA 1HXWA 5P05A 4J0YA 5P4PA 5P4MA 6APRE 1META 1HSIA 4B1EA 8HVPA 2WEZA 5P02A 3G6ZA 3RTHA 3LPKA 2NNPA 5P70A 5P2EA 2IENA 2VA7A 3S53A 3BC4A 5P2QA 1QRPE 2Z4OA 5OZGA 5P8MA 5P7AA 1EBWA 4I12A 4D83A 1GNOA 2OHTA 5P4CA 5P7NA 2G1NA 2Q15A 3NWXA 4YDFA 4Y37A 2PH6A 3Q6YA 3NDUA 4K4PA 3ZKGA 5BS4A 3BUGA 3ST5A 1ZSRA 4DJQA 5KR8A 5P2JA 3TOHA 5P6HA 1FB7A 3GGAA 4R8YA 5HE5A 4Y3TA 5OZ3A 5P8TA 5P3PA 3SFCA 1TSQA 4LP9A 1FGCC 1EC1A 5OZ7A 4FE6A 4OC6A 5P1WA 1G2KA 5P1XA 2IGYA 2AODA 5P5JA 1BVEA 4Y3AA 4QJ6A 4L7JA 4Y3RA 4FIVA 5P1TA 5P1HA 3OOTA 3AUPA 1KZKA 2G27A 5P0IA 5P4BA 4PEPA 5OZUA 1AJXA 3NWQA 5DGWA 1APUE 3HLOA 3OADA 5P3ZA 5ER1E 4J1FA 3T3CA 5P3BA 1EPLE 5P5VA 4TRWA 5P4FA 2WECA 5P5ZA 1T6EX 4J55A 2AVOA 1ZJ7A 2QD7A 2HIZA 4IVSA 2I4VA 1XL5A 5P7CA 2V0ZC 4JOOA 3PRSA 5P78A 4FAFA 5P0XA 3MWSA 2MIPA 5P3VA 2FMBA 5ENMA 5I3XA 3KF0A 4HEGA 2HAHA 5P1GA 5P3DA 5P84A 3MSLA 1ZSFA 1TCXA 5C9FA 5P23A 4Q1YA 4Y36A 4YHQA 5OZPA 1KJ4A 5P80A 5KR2A 3QN8A 3NDTA 1AM5A 4U7VA 3OK9A 4QJ9A 3CYXA 3UQWA 1B5FB 2BPVA 3T6IA 1GVXA 3IVIA 1HPXA 2WF0A 2F8GA 5P25A 4Y4GA 2F3FA 3HAUA 3VF3A 4LC7A 3QRMA 2I4QA 1QBTA 1AVFA 5P15A 1FQXA 1LYAA 3DOXA 4TRZA 3PJ6A 2AOFA 5OYSA 3BVBA 3UDJA 4Y4UA 2G26A 1HVLA 5DQ1A 4K4RA 3ZKIA 1HEFE 3KDDA 4K9HA 6FIVA 5KQFA 3BUFA 4LXMA 4PZXA 4Y3LA 3CIDA 4D8CA 4Q1NA 5P4ZA 2NPHA 2G1YA 3UHLA 5AH9A 3HAWA 4WY6A 4GIDA 3OAGA 4L1AA 7UPJA 5OZTA 2O4LA 5OZ1A 3FNSA 3PGIA 1MSMA 3SABA 3MSJA 4RGHA 3EBZA 2ZHTA 3SKGA 4R93A 5P53A 1W5WA 5P3FA 3PSYA 2F80A 3APPA 5P4DA 4Y45A 5P77A 4DH6A 2BPXA 2JJIA 3ZL7A 5P1ZA 2VJ7A 4PHVA 2QI3A 4J17A 3OU3A 4B72A 4HZTA 4Y3DA 3S85A 4Y4XA 1SMRA 5P2MA 1MTRA 5P2GA 2PH8A 3D1ZA 3GI4A 3NUJA 3EMYA 5P7JA 1HVRA 5P67A 3PWMA 4Y5AA 2R8NA 3N3IA 3PBZA 5P4RA 1EEDP 3OU4A 2IRZA 2ZJJA 5OZCA 5OZXA 3K5FA 4YBFA 3RTNA 5OZVA 4A4QA 5P36A 5P26A 3SA9A 4X2LA 2B7ZA 1BIMA 3PB5A 1LF3A 4Y47A 4DVFA 1HSGA 2G22A 1YTGA 5P6LA 3OQFA 4MC2A 1JLDA 5HTZA 4EPJA 4QLHA 4H3IA 4DJXA 1D4YA 1PPLE 1GVUA 4PYVA 3PCZA 4J1EA 4FRKA 5KQZA 5P4GA 4NPUA 4GJAA 5OYTA 5P0OA 3SA8A 5C9BA 1T3RA 3DCKA 2O4SA 4Y3NA 2P8HA 3OXWA 4H1EA 1FMUA 5P1EA 5P3RA 1GVTA 1EC0A 3OTSA 5P0GA 5OYZA 4MC9A 2F81A 4CPUA 3D3TA 2ZJKA 1W6HA 3NXEA 3PHVA 1EPOE 3EC0A 4Y3EA 4R95A 3K4VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IDB A;  2BKT A;  3QP0 A;  1K2C A;  5P6D A;  3LZY A;  5HE7 A;  5P6F A;  5BRY A;  4EJL A;  1F7A A;  3O99 A;  5P59 A;  2JYS A;  3QBH A;  1J71 A;  4FSE A;  3OU1 B;  3PBD A;  5P37 A;  4TVG A;  2VNN A;  1SBG A;  4CPR A;  3DCR A;  3UDH A;  4I0G A;  5P0H A;  5P0T A;  4GYE A;  1T7K A;  2OHL A;  5P64 A;  4NPT A;  7HVP A;  5OZD A;  4Z22 A;  3SA7 A;  3NUO A;  5P4V A;  5JG1 A;  5P12 A;  1TZS A;  5P04 A;  4GJ7 A;  4RYC A;  4OBJ A;  1F34 A;  3UQX A;  2OHQ A;  2PSG A;  5P40 A;  5P4K A;  3O9I A;  2QHZ A;  5P76 A;  3G70 A;  3SPK A;  5CLM A;  2ZHU A;  5P7X A;  1B6L A;  5OYQ A;  5P1M A;  2G24 A;  3GW5 A;  4L7H A;  1AJV A;  4AZY A;  4B77 A;  5P3M A;  5P2X A;  3FIV A;  5P2B A;  2G21 A;  2O40 A;  5P8U A;  5DR3 A;  4Y41 A;  2NMZ A;  3EM3 A;  3TKG A;  5P39 A;  4COE A;  5P8I A;  3IA9 A;  5P6S A;  3UQU A;  5P13 A;  5OZJ A;  1PFZ A;  2O4K A;  5AH6 A;  1FQ4 A;  3IN4 A;  3A2O A;  3FKT A;  4LXA A;  3LIY A;  2IS0 A;  4R5N A;  2RMP A;  5P7M A;  5E5J A;  5P5P A;  1ER8 E;  4RYG A;  5OZ2 A;  1YM2 A;  1QBU A;  2QI7 A;  3Q5H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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