2JJJA

Endothiapepsin in complex with a gem-diol inhibitor.
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Catalytic Mechanism of an Aspartic Proteinase Explored with Neutron and X-Ray Diffraction
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 73
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2008-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2jjjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2jjjA01
3IGBA 5P59A 4NKKA 5P4UA 1EC1A 5P42A 2R9BA 5P54A 3KM4A 3NYGA 2ZJMA 2PWRA 3I7EA 3UFLA 1HHPA 5P7AA 2APRA 4FM8A 4GJ9A 2AVOA 2IGXA 5P0PA 2WEAA 2UY0A 3CIDA 5P8UA 2ZHTA 3ZKGA 4HEGA 2WEBA 3SPKA 1D4HA 5HE7A 4FRIA 2AZCA 5I70A 4I0JA 5P69A 2ZGAA 3BXSA 3WB4A 1LYAB 1K6VA 2ZJJA 5AH8A 5OZZA 5P6AA 5P8DA 4Y4XA 2PSVA 2PH6A 4RVXA 4FLGA 3UQRA 3VYEA 5OZ5A 1C70A 3MWSA 1A30A 2CEJA 1KJHA 1XL5A 2QNPA 4Y3TA 1AJVA 4Y3DA 2IGYA 5P13A 3SFCA 5P10A 3SKFA 3ZKNA 5P0KA 2I4DA 5P8HA 5P5RA 5P38A 4JP9A 1EBKC 3UF3A 5P36A 2IKUA 3I25A 4DJVA 5P8OA 1BDLA 1FIVA 2QMGA 2QZXA 5P8BA 3PLDA 3LZYA 5P1YA 4DQCA 5P6YA 3PHVA 1AAQA 4DV9A 1FGCC 3MSKA 2G21A 3BUHA 4DFGA 1K2BA 4MC6A 5P0FA 5P5KA 1W51A 2I4WA 4J1IA 4L1AB 3I8WA 5P7RA 2JXRA 5P5PA 4R8YA 4Y3EA 4J1FA 2QI0A 3LIZA 2FS4A 5OYUA 2G27A 3QAAA 1FQXA 4YHQA 3OU4A 4XKXA 4Y41A 2J9JA 5OZRA 2B8VA 3SA6A 2AVSA 4MC9A 1META 3SA5A 1FMUA 3S56A 5P6CA 1EPQE 3EKXA 1EBWA 4I0ZA 1FMBA 4F73A 1HTEA 3VV8A 1HXBA 3OQFA 3U71A 5P76A 3VG1A 3QRSA 5P3GA 6UPJA 2BB9A 4Y54A 1YTIA 5P47A 4JPEA 2QI6A 1RNEA 5OZPA 3PBDA 1YTHA 5FIVA 1M43A 3GI4A 2NR6A 5P5GA 5OZCA 5P77A 3QVIA 3SA3A 2CEMA 5P8FA 3HW1A 1HVRA 4Y45A 2WF1A 3DM6A 3KT2A 5P49A 3CKRA 4H3IA 3GGVA 4K9HA 1TZSA 1YTJA 2OHUA 2PC0A 1IDBA 5OZ0A 2CENA 4H3JA 4FRSA 5AGZA 1HWRA 3DV5A 5HTZA 4PZXA 5BS4A 5P84A 3EL1A 1ZPKA 5P0IA 5P17A 5P5UA 3VF5A 5P0OA 5P5DA 3UDRA 4J55A 4GJ6A 5P3EA 1W5XA 1B11A 3TOGA 5P61A 3KF0A 2NTRA 3LITA 3INEA 3OQDA 1W6IA 3O9LA 5AHCA 5P1OA 3RTHA 3WZ7A 5J25A 3KFSA 5P78A 1WBMA 5P7LA 5P0HA 1WKRA 4AA8A 5I3YA 3ZLQA 3FSMA 2UPJA 3APPA 1GVVA 5P6XA 2VJ9A 2QMPA 5P5QA 2AOGA 3PI0A 1OHRA 4RRSA 3UCBA 1SIPA 5P2KA 2BPWA 5OZBA 5P3JA 5P7UA 3OK9A 3H0BA 4J1HA 3GGAA 5P4ZA 3B7VA 1M0BA 1G0VA 3OY4A 5P6GA 1BILA 3EKYA 4EJ8A 4OBGA 2ZJLA 3MXDA 3PEPA 2O4SA 3BUFA 4X7IA 4YD3A 1ER8E 4GJ7A 3L38A 4Y5PA 5P55A 5P3SA 5UPJA 2QI4A 4LXMA 5AHAA 3OHHA 1MEUA 4FM7A 3F9QA 2WHHA 5P4SA 5P8SA 2ZHRA 4FRKA 4YCTA 2FMBA 2ER6E 4APRE 4D89A 2PMAA 5P11A 5P3UA 3EBZA 5C9FA 4J54A 3L5BA 1IZHA 2R3TA 1APUE 1DAZC 5OZXA 1HPOA 2QU3A 5P0QA 4ZSRA 5P57A 3R4BA 4LC7A 4RROA 4I12A 1BXQA 5P1SA 4OC6A 3DCKA 3OU3A 1XN2A 1EAGA 4GJBA 5OZKA 1PPLE 1DIFA 5P6QA 2V10C 5P7NA 5P23A 5P0CA 1ENTE 3RTMA 5P0SA 3SACA 3OQAA 1MERA 3INFA 3DJKA 2G94A 3IXKA 1RL8A 1FQ7A 3B80A 5OZLA 3D1XA 1AZ5A 5KOQA 1FQ6A 3RTNA 5P0TA 1IVQA 2B7FA 3O9EA 1TQFA 1A8KA 5P5AA 4LL3A 1XDHA 2QNQA 2A1EA 3NDXA 3PGIA 5ER1E 3KFNA 5P5OA 4FRJA 1NPWA 5DQCA 2QD8A 4EP3A 5DR7A 3WZ8A 5HVPA 5COPA 2H6TA 3LZUA 1LYWA 5EZXA 1EPOE 1HVJA 1AJXA 2AOJA 3VV7A 4YD7A 3Q3TA 2I1AA 3R0YA 5BRYA 1ZSRA 2I4XA 5TOLA 1BDRA 3VYDA 3ZKMA 5OYVA 5OZGA 5P4CA 2ER9E 2ZE1A 1B6MA 2QMFA 5P0NA 5P0GA 5P6SA 2V12C 3NXEA 8HVPA 3OWNA 1ZSFA 3S8IA 5SXNA 5P0EA 1ZP8A 4Y3SA 4LP9A 4DJOA 2AVMA 4PYVA 4EHCA 3OQKA 3L58A 3S85A 3IN4A 3VF7A 5P1WA 5C9BA 2P3AA 4Y48A 3KDDA 2I4UA 1VIKA 3S53A 3UDKA 2BPVA 5P1PA 2Q63A 3GI5A 5P83A 3LPJA 4YOAA 5KOSA 1BDQA 5P0RA 4Q1WA 5P1CA 5P2RA 3ZKIA 4B05A 1T7KA 2F8GA 4RCDA 3VEUA 4EXGA 1SGZA 3QBFA 5P19A 4I10A 5P6UA 5P7EA 1YT9A 5OYSA 2NNPA 2NXLA 3VF3A 4I0HA 1MSMA 4TRZA 5P4OA 4DQFA 4BFDA 4Y4UA 1N49A 3O9GA 4Y3RA 5P05A 5P0JA 3KMYA 2OHMA 2P3CA 4RYCA 5P5IA 1EC3A 2I4QA 3PLLA 4R91A 5P35A 5P07A 5P2NA 2FGUA 4Y3XA 5P7OA 5KQFA 5HCOA 2BPXA 3KT5A 3EL5A 5P2WA 1LYWB 3LNKA 5AH9A 1NSOA 1MUIA 7UPJA 3GGXA 4DUSA 4U8WA 1K6PA 4I1CA 2FNTA 5CONA 4Y4TA 4D8CA 1D4JA 1IBQA 3NU9A 3OGQA 4YE3A 5P6RA 1YM4A 3UDMA 4ZLSA 1EC0A 2AOIA 5COOA 4A4QA 5KQZA 3SM2A 1EC2A 1HSIA 2PSGA 5IVTA 4R92A 2XFIA 3Q4BA 2PK5A 2XFJA 4DJWA 4DJXA 1PFZA 5P7HA 4YBFA 5OZ3A 1LYAA 1HSHA 5P1XA 1MT8A 3EL4A 1B6KA 4L7JA 4JOOA 5P1EA 5P5FA 5P4IA 2ER7E 3PWMA 3QROA 4Q1XA 3O9CA 5P7CA 4AA9A 2BPZA 3UDYA 4FGXA 1IVPA 2AZBA 1QBRA 2R38A 3EL9A 3OXWA 2P83A 4DVFA 4H3GA 5P8IA 1HSGA 5P30A 2QHZA 3QRVA 4QGIA 1XS7D 2FDEA 3BXRA 5P20A 4B78A 5KQYA 3EKQA 2G20A 4Y36A 5P6FA 5P8TA 4J0YA 4FSEA 2AZ9A 3BGBA 4I0DA 2XFKA 2HPEA 3URIA 2QI5A 4FAEA 5P2YA 2QCIA 4Y3MA 1A8GA 1T6EX 3EKVA 3NLSA 1HVLA 2VIEA 3PWRA 1OEXA 5DQ4A 4AZYA 2AIDA 2RENA 3UDHA 5P2MA 3UTLA 5P3VA 1ODYA 1Z1HA 5COKA 1LV1A 4LXKA 2ASIA 5P44A 5ER2E 1SIVA 2Q55A 4JECA 3NWXA 1SDVA 1SDUA 3PJ6A 3R1GB 5OZYA 4EJDA 5P5HA 4CP7A 5P3BA 3PM4A 3SLZA 5P6NA 1FQ4A 2I0DA 2BPYA 2Q11A 5P5EA 1PSOE 1AXAA 2G24A 2B7ZA 2JE4A 4EJKA 4Y5EA 5P2TA 1QS8A 2FIVA 2QD6A 3VLAA 1F34A 2ZHSA 1A9MA 5P4NA 5P73A 3S43A 2JYSA 2JJIA 4Y5NA 5P6ZA 2H6SA 5P70A 5P7TA 4RGHA 4D85A 1BXOA 2PQZA 4ZPGA 1BVEA 5HD0A 5P5TA 2AOEA 4MC1A 1NPAA 1T7JA 2VKMA 3ECGA 3QN8A 4OBZB 5P0XA 1MTBA 1GVTA 2QZKA 4ER2E 1MVPA 5P3FA 5HDVA 3U6AA 4Y53A 1MTRA 1AVFA 4Y5GA 2FDDA 1Z1RA 3BVAA 4B77A 1FG8C 4GZFA 1J71A 3TKGA 3VYFA 2Q54A 3WSJA 3UDNA 3EKTA 1W5VA 2PWCA 5P4JA 2V00A 5P4KA 3NR6A 2IKOA 2O4PA 5HE5A 4UPJA 5OZQA 4K4QA 4Z50A 5P4RA 3T7QA 3HLOA 1EPPE 2ZJIA 5P4EA 6FIVA 2IDWA 2R3WA 1BIMA 5P5ZA 4ACXA 4FSLA 5P4YA 3VV6A 1G6LA 5P7YA 3BHEA 5P5XA 3SKGA 2ZHVA 5P0VA 4J1KA 3DV1A 5P4MA 3TPPA 5DGWA 2QD7A 4K4PA 6APRE 4DI2A 2AOFA 4GMIA 3GI6A 4Z22A 4Y4GA 5P16A 5DQ1A 1HVKA 1MPPA 3CIBA 5P4VA 3S43B 3I6OA 5P48A 1W5WA 4B1CA 3R2FA 5DGUA 1G35A 5JFPA 1YX9A 1ZLFA 4X2LA 3O99A 5HE4A 5IVSA 5P0YA 5I3WA 3M9FA 5P4FA 2QI7A 2RSPA 3QBHA 4WY1A 5P6KA 5P1GA 5IVRA 5P75A 5P2GA 4LBTA 5C9DA 5P6HA 3SA8A 5P26A 3OXVA 3ZPUA 1FFFC 3BVBA 1B5FA 5P5LA 5PEPA 3FIVA 5P6PA 1HPVA 4YDGA 3SO9A 1QRPE 1FQ8A 2BBBA 5P08A 4EYRA 2QZLA 5P81A 4Y50A 4OBFA 4E43A 1UPJA 3IA9A 1SBGA 2NXDA 5P8CA 4FM6A 1K1TA 3LIQA 1XN3A 2R5PA 5ENMA 2ZJKA 4NJTA 5P6IA 4YCKA 4A6BA 3ZPTA 1IDAA 3HVPA 5P8VA 2BQVA 3FKTA 3Q6YA 1PPKE 4DPIA 1DP5A 2HS1A 4Q5MA 5E5KA 5I3VA 3TPRA 2HM1A 5P3KA 5P12A 3T11A 4Z4XA 2QHCA 5B18A 5P5SA 3CKTA 4CKUA 1BWAA 4Y56A 4Z2ZA 4FAFA 1HBVA 4GJ8A 2WF4A 1HIHA 2FXEA 5P2XA 3EM6A 2HC0A 1DW6C 4DQEA 3TOFA 3UDJA 2Q3KA 2ANLA 2G26A 3I2LA 3O9BA 4TRYA 1TSUA 3NDUA 1HIIA 3ST5A 4KUPA 3NU3A 5P7SA 5P1RA 3DK1A 2P4JA 1LZQA 2FDPA 5P58A 1XL2A 2B8LA 2VA6A 4Y3WA 2P3DA 1D4LA 1LF4A 4L7GA 2WEZA 1MT7A 5P8KA 1CPIA 5P46A 4Y3LA 4Y3HA 4ER4E 1E82E 1NH0A 1CZIE 4Y57A 5P1VA 3DCRA 5P2JA 1VIJA 5F00A 3OU1A 1LYBB 5HDZA 2RKFA 2FNSA 1B5FB 5P82A 4Y4EA 5P6JA 5P89A 3JW2A 1QDMA 1MSNA 4QJ2A 5CLMA 4F74A 5KQXA 5KR1A 3EM3A 5P06A 5P03A 3D1YA 5P24A 5P4QA 5P43A 1ODXA 4ZSMA 4Y4BA 3UHLA 4APEA 5P8MA 3LZSA 4L7HA 4EP2A 1DMPA 5P64A 4ER1E 1DPJA 1HXWA 5P2LA 1UH9A 1D4KA 5IE1A 3H5BA 3NDWA 4GJ5A 4Y58A 3OHFA 4COEA 4CPQA 1FQ5A 2O4KA 5P8LA 4ZE6A 5P1QA 3HBOA 2WJOA 5P8AA 2SAMA 3UQUA 4Y3ZA 2AODA 1NPVA 1K1UA 2I0AA 3L3AA 2AQUA 5KAOA 4Y3AA 4LXAA 2F80A 5P02A 3RSVA 5P14A 4Y5LA 4DJUA 2IRZA 5P0LA 1FLHA 2WF3A 2BKTA 4H3FA 5P4TA 5P65A 1BVGA 4Y5MA 1B6JA 4LAPA 3CICA 5APRE 5DQ5A 4Y47A 4YBIA 3INHA 5P0AA 5P1TA 1PSNA 4NPTA 4D83A 3G6ZA 5OZDA 3NWQA 3PCZA 3FNTA 2F3EA 3NU4A 5P5JA 4NJSA 5P3NA 2UXZA 1EPLE 5P34A 1HPSA 5P7WA 5I3XA 5P6TA 4YDFA 3OU1B 2B60A 5P4DA 3G70A 3RVIA 1HTGA 4OBHA 1A94A 5OZNA 5P18A 5OZTA 5P53A 1HRNA 1M4HA 3NU6A 2RKGA 2G1YA 3HD8A 4S1GA 2Q15A 3KDBA 2BKSA 5P74A 2PH8A 5P68A 3D3TA 5SY3A 3PMUA 5OZ7A 3PI5A 5P2IA 3CMSA 2OHQA 5P1IA 4EQJA 3FV3A 2F3FA 1SMEA 2G69A 1HPXA 2OHNA 1FEJC 4ZSPA 2WL0A 4JPCA 3BRAA 4F76A 5P4PA 4QJ6A 5SZ9A 4QJAA 5F01A 5OZ8A 2F81A 2OHSA 1FFIC 4I8WA 5P7QA 1PSAA 4QJ9A 4Y35A 2VA5A 3EM4A 3K5DA 1APWE 1TW7A 4OD9A 1TCXA 1MESA 2ZJNA 1RV7A 2XYFA 3U7SA 2HB4A 3EC0A 5P63A 2J9KA 1SGUA 2V13A 3VSWA 5P32A 3VFBA 3IVHA 5OZ6A 5P1KA 3IXJA 4I11A 4M8YA 4PEPA 4Y44A 3AIDA 4Y3NA 4Y3FA 4DQGA 1FG6C 4Y6MA 4OBJA 5P2HA 2P3BB 1GVUA 3APRE 2RMPA 5P2CA 2G22A 1TSQA 3O9FA 3PCWA 2Q5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IGB A;  5P59 A;  4NKK A;  5P4U A;  1EC1 A;  5P42 A;  2R9B A;  5P54 A;  3KM4 A;  3NYG A;  2ZJM A;  2PWR A;  3I7E A;  3UFL A;  1HHP A;  5P7A A;  2APR A;  4FM8 A;  4GJ9 A;  2AVO A;  2IGX A;  5P0P A;  2WEA A;  2UY0 A;  3CID A;  5P8U A;  2ZHT A;  3ZKG A;  4HEG A;  2WEB A;  3SPK A;  1D4H A;  5HE7 A;  4FRI A;  2AZC A;  5I70 A;  4I0J A;  5P69 A;  2ZGA A;  3BXS A;  3WB4 A;  1LYA B;  1K6V A;  2ZJJ A;  5AH8 A;  5OZZ A;  5P6A A;  5P8D A;  4Y4X A;  2PSV A;  2PH6 A;  4RVX A;  4FLG A;  3UQR A;  3VYE A;  5OZ5 A;  1C70 A;  3MWS A;  1A30 A;  2CEJ A;  1KJH A;  1XL5 A;  2QNP A;  4Y3T A;  1AJV A;  4Y3D A;  2IGY A;  5P13 A;  3SFC A;  5P10 A;  3SKF A;  3ZKN A;  5P0K A;  2I4D A;  5P8H A;  5P5R A;  5P38 A;  4JP9 A;  1EBK C;  3UF3 A;  5P36 A;  2IKU A;  3I25 A;  4DJV A;  5P8O A;  1BDL A;  1FIV A;  2QMG A;  2QZX A;  5P8B A;  3PLD A;  3LZY A;  5P1Y A;  4DQC A;  5P6Y A;  3PHV A;  1AAQ A;  4DV9 A;  1FGC C;  3MSK A;  2G21 A;  3BUH A;  4DFG A;  1K2B A;  4MC6 A;  5P0F A;  5P5K A;  1W51 A;  2I4W A;  4J1I A;  4L1A B;  3I8W A;  5P7R A;  2JXR A;  5P5P A;  4R8Y A;  4Y3E A;  4J1F A;  2QI0 A;  3LIZ A;  2FS4 A;  5OYU A;  2G27 A;  3QAA A;  1FQX A;  4YHQ A;  3OU4 A;  4XKX A;  4Y41 A;  2J9J A;  5OZR A;  2B8V A;  3SA6 A;  2AVS A;  4MC9 A;  1MET A;  3SA5 A;  1FMU A;  3S56 A;  5P6C A;  1EPQ E;  3EKX A;  1EBW A;  4I0Z A;  1FMB A;  4F73 A;  1HTE A;  3VV8 A;  1HXB A;  3OQF A;  3U71 A;  5P76 A;  3VG1 A;  3QRS A;  5P3G A;  6UPJ A;  2BB9 A;  4Y54 A;  1YTI A;  5P47 A;  4JPE A;  2QI6 A;  1RNE A;  5OZP A;  3PBD A;  1YTH A;  5FIV A;  1M43 A;  3GI4 A;  2NR6 A;  5P5G A;  5OZC A;  5P77 A;  3QVI A;  3SA3 A;  2CEM A;  5P8F A;  3HW1 A;  1HVR A;  4Y45 A;  2WF1 A;  3DM6 A;  3KT2 A;  5P49 A;  3CKR A;  4H3I A;  3GGV A;  4K9H A;  1TZS A;  1YTJ A;  2OHU A;  2PC0 A;  1IDB A;  5OZ0 A;  2CEN A;  4H3J A;  4FRS A;  5AGZ A;  1HWR A;  3DV5 A;  5HTZ A;  4PZX A;  5BS4 A;  5P84 A;  3EL1 A;  1ZPK A;  5P0I A;  5P17 A;  5P5U A;  3VF5 A;  5P0O A;  5P5D A;  3UDR A;  4J55 A;  4GJ6 A;  5P3E A;  1W5X A;  1B11 A;  3TOG A;  5P61 A;  3KF0 A;  2NTR A;  3LIT A;  3INE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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