2JYSA

Solution structure of simian foamy virus (mac) protease
Total Genus 7
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
7
sequence length
91
structure length
91
Chain Sequence
QPLEAEIKGTKLKAHWDSGATITCVPEAFLEDERPIQTMLIKTIHGEKQQDVYYLTFKVQGRKVEAEVLASPYDYILLNPSDVPWLMKKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The solution structure of the simian foamy virus protease reveals a monomeric protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Simian foamy virus type 1
molecule keywords Protease/Reverse transcriptase
total genus 7
structure length 91
sequence length 91
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-12-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2jysA00
1T6EX 2QU3A 3UTLA 5P8IA 2AOEA 5OZRA 4KB9A 4Y4DA 2O4SA 5OYYA 5IVTA 5JG1A 2R38A 4FIVA 1W6HA 5P42A 3UFNA 3KDDA 5P7IA 5P7BA 3L3AA 4QJ9A 3PCWA 5P82A 3PMUA 5P26A 4CPQA 3VYFA 2B42A 4RRSA 3I6OA 3FNTA 2WF2A 5P7YA 1ME6A 1W5VA 3K5GA 2PC0A 5P3BA 1B6PA 2CEMA 1WBMA 5P4GA 5P0XA 3EKYA 4Y36A 6APRE 1MESA 3D3TA 2P3BA 2AQUA 3MSKA 5P0KA 5P7OA 3BGBA 4APEA 2EWYA 5P5SA 3IVIA 3KM4A 4QJ2A 3KDCA 5P0LA 4NPUA 1ZSRA 5OZZA 3PSUA 2JJIA 5P3YA 5P5DA 5P5XA 4B05A 1EPRE 1BV9A 3INEA 1BBSA 3IN4A 4JOOA 4NJTA 1A94A 3HAUA 5P4YA 1KZKA 1EBZA 5OYVA 3NU5A 3KFSA 4DV9A 5P47A 1DPJA 4OD9B 1HOSA 2XYFA 2OHSA 5P1FA 4HDBA 1PSNA 1T7KA 3EL5A 3OK9A 1U8GA 4N00A 4YBIA 5AGZA 1FQ4A 1MPPA 5P6GA 5P3IA 1APVE 1ODYA 5TOLA 3F9QA 3WZ7A 1SIPA 3LZVA 4Y53A 4CPUA 4DUSA 2AVOA 5P5FA 1YTIA 9HVPA 1B6LA 3SQFA 4Y4GA 5P80A 4Y3DA 5JFUA 1B11A 2WF4A 3BHEA 5P3AA 2BPXA 3D1XA 3DCKA 2R3WA 4YE3A 2ER7E 3I25A 3OXCA 5P1BA 5P6NA 5P0JA 5SY3A 1UPJA 1XE5A 2ER0E 3MXDA 1LF3A 2VIEA 4DJYA 1HVCA 3D91A 4Y5NA 3DJKA 4J0PA 1GVTA 1EEDP 3ST5A 5P27A 5P6BA 3QIHA 5P2OA 5SY2A 1FQ7A 2ZHRA 3QRMA 2R5QA 5P6FA 1LZQA 3L5CA 4Y4UA 5BS4A 3OAGA 5DQCA 5T4SA 6FIVA 1M4HA 3OU3A 2R8NA 3HBOA 2QNPA 1D4KA 3SA6A 2AOGA 5P09A 5P1PA 4Y5AA 4CPTA 5P38A 3HAWA 1MRWA 4I0FA 5P05A 3EKVA 5P5IA 1HVSA 3ZPTA 4DQEA 1DW6C 5P89A 5P1GA 1HVKA 3O9HA 3N3IA 3TLHA 5P2MA 2AOJA 1EAGA 2HM1A 5P8OA 1LV1A 3SA3A 2G94A 3APRE 1YT9A 4YD5A 3O9IA 5B18A 1IIQA 5SZ9A 1FG8C 1HPVA 3B80A 4A6BA 2IKUA 3MSJA 4ZPGA 5P37A 1D4YA 4S1GA 5P1YA 4B1EA 2ZJIA 3SA7A 1BDRA 2G1RA 5P74A 3VLBA 1K6PA 2BJUA 3K4VA 5CONA 3EL4A 2AOIA 5P3UA 4YBFA 2MIPA 1TZSA 5P1OA 1MTRA 3HVGA 5OZGA 4B77A 3GI4A 4I8WA 2OHKA 3PI5A 5P0FA 5AHCA 5P3EA 3O9FA 2UY0A 2PSGA 3S85A 1SGZA 5P0UA 3UDMA 5P4DA 4FAEA 5DQ5A 2PH8A 4Q1NA 5PEPA 7UPJA 4PZXA 3ECGA 5P6MA 5P7CA 5OZ3A 5KR1A 5OZXA 3SKGA 1MRXA 5P6VA 4FS4A 5COOA 1IVQA 3H0BA 4J1CA 3LIVA 4PHVA 3VG1A 5P2ZA 3UQXA 5P20A 5P6OA 5P4ZA 3RU1A 2OF0A 4Y3RA 3K5FA 2G27A 2O4NA 5I70A 3INDA 5P87A 5P0NA 5P4BA 1MIQA 4ZEAA 3OHHA 2QU2A 4I0GA 4WY6A 4J54A 3OXWA 4YCYA 2NPHA 4YD3A 1HEGE 3WB4A 5P1AA 2G26A 5BRYA 5AH9A 4DQCA 4L7HA 4OBZB 2I4DA 2WHHA 1IDAA 5P1WA 3LZYA 1QBTA 5C9FA 4ZE6A 2IL2A 5P8BA 2Q63A 5P2GA 4OBHA 5P7GA 3LPJA 5P6RA 4HLAA 4YOAA 5OZ6A 3ZPSA 5P4SA 5P8PA 2B7ZA 1FIVA 3QS1A 5ER2E 3L38A 4DPFA 5P5LA 1META 2AOFA 1OHRA 1D4LA 5OZBA 5KQXA 1FF0C 5P6UA 5P4NA 5P0BA 5KQFA 1PSOE 5ISJA 3RSVA 1BIMA 2F81A 5P3DA 2G21A 1T6GA 5AH8A 3RVIA 1B6MA 4Z22A 1SMEA 4Y4EA 3IXJA 4GJ9A 5P32A 4QJ6A 3OU1A 5P0AA 4K9HA 5P4XA 1D4SA 3PWWA 2QD6A 1KJFA 1HIHA 3CYXA 3NU9A 4MC1A 2FDEA 1G2KA 4Y6MA 3D1YA 4MC6A 4HVPA 1PPKE 2AVSA 1K1UA 1TSUA 2Q55A 4Y3MA 2PH6A 4RCEA 4OBKA 1HVRA 4CKUA 5P76A 4RCDA 5P6HA 5P3KA 5P3RA 3S54A 4B1DA 4Y43A 5P69A 5DQ2A 5KR0A 3PVKA 3GI0A 1MUIA 5P10A 3EM6A 4R91A 5IVRA 3R0YA 4Y4BA 4AA9A 5FIVA 1BILA 5P79A 5P4EA 4R8YA 3B7VA 4FRKA 5P45A 5P4RA 5P4VA 4J1IA 4F73A 3KFNA 1XN2A 1XE6A 2G22A 3OQDA 4DJVA 1PROA 5P83A 4XX3A 5DR1A 1HPOA 2HPEA 4HA5A 2A4FA 4R5NA 4D88A 3OTSA 4TVHA 1BWAA 4J55A 2P3BB 1HIIA 4LXAA 5P41A 4DVFA 2O4KA 5P1CA 5P1LA 5P3HA 4FM6A 1EBWA 5OZ7A 2ZDZA 5P1TA 5BWYA 4HEGA 2NR6A 3FIVA 2VIYA 2OHUA 4Y47A 3OU4A 2FS4A 2PK5A 2FDPA 1DP5A 4H1EA 1UH7A 5OZSA 3TKGA 3URJA 3FX5A 2WF3A 4HZTA 1FFFC 2ZHVA 3UDRA 2PWRA 4D8CA 3MXEA 2BPVA 4K4RA 1IVPA 4GJ7A 3GGVA 1NSOA 4GIDA 5P22A 4ZPFA 1FMUA 3CICA 5HE7A 1TQFA 4Y4TA 2R5PA 3ZKGA 2ZHSA 5P50A 3BC4A 3INFA 5P4UA 2V11C 5OZHA 5P2QA 4Y57A 5P1SA 2CEJA 5OZAA 3QRVA 2BQVA 5P3NA 3IXKA 1BV7A 1AM5A 4JPEA 2OHNA 2Q15A 3GGUA 5P60A 5P0ZA 2PK6A 1HXBA 4H3IA 1E80E 5P5KA 4Q5MA 3VYDA 3NUJA 4A6CA 3UQUA 2QD8A 4KE0A 4OC6A 5ENKA 3QVCA 5P2IA 4Y3LA 5P7VA 5P3OA 3QAAA 4LBTA 3ZKQA 5P11A 5P55A 3OQAA 2ZJJA 2ZJMA 5JODA 5P18A 3OQFA 4PPHA 4CPXA 5P0MA 5P28A 2QZKA 4M8YA 5P6LA 3QP0A 1K6TA 3Q5HA 1N49A 4K8SA 5P88A 4OBGA 5P85A 4EXGA 3KFRA 3MSLA 2HIZA 3QBHA 3OUCA 3OUDB 2QNQA 2VA6A 2FDDA 4I0IA 3RSXA 2FGUA 1LYBA 5P6CA 2FNTA 5P3JA 1BXQA 3OGQA 2I1AA 3GI5A 4RROA 5P0QA 5AHAA 3CIBA 3EL0A 5P4WA 4YCTA 3EL1A 1GKTA 3NDWA 4GJCA 4LP9A 3O9AA 5HDVA 2F3EA 1HVHA 2G1OA 3IN3A 4Y44A 5E5JA 3TPLA 4YDFA 3S2OA 1YTJA 4K4QA 1FFIC 5P84A 2V16C 1ZTZA 2HS1A 5P5UA 4CPWA 4ER1E 3SM1A 5P35A 5P7SA 3U71A 3KN0A 4I11A 1ZAPA 2NXDA 5P65A 5P8FA 2WJOA 5P7TA 8HVPA 1EBYA 2Z54A 3H5BA 1VIKA 2WF0A 4Y41A 4WTUA 3VF7A 1T7JA 1ODXA 4Y3AA 5P86A 2NMZA 5P2SA 4AZYA 3JVWA 3NSHA 3DV5A 3VFAA 3Q3TA 2QK5A 3OOTA 2XFJA 5P3PA 3SM2A 2ZGAA 2P3DA 4GB2A 4DJRA 1D4IA 1GVUA 6UPJA 4R93A 3TPPA 2G24A 1ZSFA 4QJ8A 2FMBA 4BELA 3PSGA 1PSAA 4QLHA 1AZ5A 3BXRA 3QBFA 5IVSA 2NXMA 2Q54A 3PM4A 1KJ4A 4B78A 2G1YA 3PEPA 3IXOA 3HW1A 5JFPA 1YM4A 2Q5KA 5APRE 1B6KA 2V13A 2JXRA 5P7QA 5P6XA 5HD0A 1ZPKA 4RCFA 3NU6A 2VIJA 2G20A 4DQBA 4J0YA 5P77A 5P1IA 2IENA 4Y3JA 4EJLA 1YG9A 2HB4A 3Q4BA 4IVSA 4EJ8A 1LYAA 3ZL7A 4Y5GA 2AZCA 5P5MA 5DQ1A 1EC0A 4Y9WA 3SA9A 2UPJA 5P68A 2H6SA 3TOGA 2BBBA 5P2XA 5KQZA 3OUAA 5HCTA 3QI1A 4FM8A 4B00A 3IA9A 3VSXA 4OBJA 1G6LA 2ANLA 3KT5A 1C6XA 4YD6A 3TOHA 3VV8A 2WF1A 2VJ9A 3AUPA 5P02A 5P2VA 4Y3PA 5P1JA 2QI6A 5P7LA 1T3RA 2ASIA 5P6KA 5P7PA 5P51A 4Y5MA 3ZKIA 4I0HA 3S45A 4YD4A 4Q1XA 5P7WA 3NYGA 5P13A 5P3XA 3OU1B 1QBUA 2IRZA 4ZIPA 4R95A 5DR0A 1HWRA 2QZXA 3TL9A 4Y5CA 4FE6A 1F34A 5P5WA 1J71A 4DJQA 5KAOA 3JW2A 4LAPA 3TOFA 4Y4JA 1IZHA 1ENTE 4EJDA 4DFGA 3OQ7A 3UQWA 2OHMA 2Z4OA 5P5CA 5P7KA 3NWQA 5P4QA 4J0VA 1ZP8A 3SO9A 3KT2A 3NXEA 1OD1A 3SFCA 5P2HA 2I4UA 5P1XA 5P57A 5I3WA 1RQ9A 1PPME 4FAFA 4U8WA 4I12A 4H3FA 2OAHA 1E5OE 5P49A 2Q11A 1W5WA 5P04A 5OZWA 1HTFA 2QMFA 5OZ1A 5DR4A 5SXNA 3KFPA 5OZUA 3T7PA 2VA5A 3GGXA 2V12C 3EXOA 1FMBA 5HE5A 3NUOA 5P0YA 5P8DA 3LNKA 5P81A 1FQXA 1KJHA 4Y5BA 5P0OA 1IZIA 1M43A 4RVJA 5CLMA 4PZWA 5P58A 2VS2A 3TH9A 4Y3FA 5HU0A 2QHCA 3OHFA 5DR7A 4CPRA 2WEAA 4CMSA 5P16A 5P6AA 3PMYA 1K2CA 2I0DA 5P6TA 4EQ0A 2HC0A 4DJWA 5P0EA 2QMDA 5DR8A 1YTGA 5P8MA 3DK1A 4OBFA 1SH9A 3VV7A 3L5EA 3PLLA 3OU4B 1QDMA 3IVHA 2I4XA 5P6EA 3EC0A 4TRWA 3BUFA 2J9KA 4B0QA 2F80A 5P3QA 4A4QA 4RGHA 4YHQA 2P83A 5P25A 1Z1HA 4QJAA 3O99A 5ENMA 3VF3A 5OZLA 4RRNA 2NTRA 5P4HA 1BVEA 3SACA 3L5FA 1D4JA 1EC3A 3DCRA 1QBSA 3LPKA 3LINA 3OADB 4F76A 2QZLA 3D1ZA 5P0DA 1IDBA 2QD7A 4FL8A 5P5OA 5AH6A 1NPVA 5P1VA 5DPZA 1Z8CA 5COKA 1XL2A 2AZ8A 4RYCA 5P2NA 4EP2A 4UPJA 4MC2A 5KOQA 2J9JA 4FRJA 3UCBA 4ZLSA 2RKFA 5P33A 4RYGA 3MWSA 3UF3A 5P3SA 3S56A 5P6ZA 5I3XA 2BPWA 4J0TA 4OC6B 1FG6C 3UPJA 1SP5A 3T11A 1KJ7A 3O9LB 4RVIA 1G35A 3S8IA 3S7LA 3LZUA 5P29A 5P70A 3CKPA 1EC2A 3PCZA 4MC9A 4Y3HA 2VKMA 5OZMA 1XS7D 3FSMA 3K4VC 2FLEA 2NXLA 3L5DA 5P15A 4HDFA 3JVYA 2ZE1A 4LC7A 3SPKA 5F00A 3PLDA 4LHHA 3BVAA 4I0JA 5P40A 4AMTA 1LYBB 5P8JA 5P56A 1B6JA 2V00A 3CMSA 4DJUA 3M9FA 3FNUA 4Y3WA 5J25A 3K5DA 5ISKA 4L1AA 3SABA 1RV7A 1F7AA 4GJ6A 1SDTA 4H3JA 5OYUA 1RPIA 4F74A 5P7FA 3TKWA 2ZHUA 4E43A 2R3TA 4ACXA 1EPNE 5P2CA 3I2LA 4RVXA 5OZ5A 3FV3A 4L7GA 3LHGA 5P43A 3INHA 4ZSMA 2FNSA 4Y5LA 1B5FA 1W50A 1APUE 1D4HA 1UH8A 2QHZA 3CYWA 2RMPA 5OZFA 2NNPA 3I8WA 3NDUA 1A9MA 5P4TA 4YOBA 4Z50A 5KR8A 3DOXA 4DI2A 5P63A 4LL3A 2BKTA 5OZ4A 2B7FA 1MVPA 3VV6A 1WBKA 3LIYA 5C9DA 3UDKA 5P31A 3S7MA 2IEOA 3O9EA 4Y56A 1HBVA 1MT8A 1HRNA 1C6YA 4Y3XA 5P7EA 2ZYEA 4EP3A 1NPWA 1C6ZA 1MSMA 4Y3EA 5P3LA 5P0CA 5P8LA 5P5YA 4TVGA 1YTHA 5P6WA 2QZWA 2P3CA 5P8EA 1XL5A 3NDXA 1HIVA 5P5NA 1K2BA 2IQGA 4FRIA 5P64A 5P6PA 1A8GA 3ER5E 3GGAA 3KA2A 5OZKA 3EKTA 5C9BA 1QRPE 2ER9E 3UHLA 1LYAB 5OZEA 1BVGA 1TCWA 4I10A 5P2UA 3NDTA 3SAAA 3BXSA 5UPJA 4GJDA 2PYNA 1SIVA 5P7JA 4TRZA 2P4JA 4B72A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T6E X;  2QU3 A;  3UTL A;  5P8I A;  2AOE A;  5OZR A;  4KB9 A;  4Y4D A;  2O4S A;  5OYY A;  5IVT A;  5JG1 A;  2R38 A;  4FIV A;  1W6H A;  5P42 A;  3UFN A;  3KDD A;  5P7I A;  5P7B A;  3L3A A;  4QJ9 A;  3PCW A;  5P82 A;  3PMU A;  5P26 A;  4CPQ A;  3VYF A;  2B42 A;  4RRS A;  3I6O A;  3FNT A;  2WF2 A;  5P7Y A;  1ME6 A;  1W5V A;  3K5G A;  2PC0 A;  5P3B A;  1B6P A;  2CEM A;  1WBM A;  5P4G A;  5P0X A;  3EKY A;  4Y36 A;  6APR E;  1MES A;  3D3T A;  2P3B A;  2AQU A;  3MSK A;  5P0K A;  5P7O A;  3BGB A;  4APE A;  2EWY A;  5P5S A;  3IVI A;  3KM4 A;  4QJ2 A;  3KDC A;  5P0L A;  4NPU A;  1ZSR A;  5OZZ A;  3PSU A;  2JJI A;  5P3Y A;  5P5D A;  5P5X A;  4B05 A;  1EPR E;  1BV9 A;  3INE A;  1BBS A;  3IN4 A;  4JOO A;  4NJT A;  1A94 A;  3HAU A;  5P4Y A;  1KZK A;  1EBZ A;  5OYV A;  3NU5 A;  3KFS A;  4DV9 A;  5P47 A;  1DPJ A;  4OD9 B;  1HOS A;  2XYF A;  2OHS A;  5P1F A;  4HDB A;  1PSN A;  1T7K A;  3EL5 A;  3OK9 A;  1U8G A;  4N00 A;  4YBI A;  5AGZ A;  1FQ4 A;  1MPP A;  5P6G A;  5P3I A;  1APV E;  1ODY A;  5TOL A;  3F9Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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