2MIPA

Crystal structure of human immunodeficiency virus (hiv) type 2 protease in complex with a reduced amide inhibitor and comparison with hiv-1 protease structures
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of human immunodeficiency virus (HIV) type 2 protease in complex with a reduced amide inhibitor and comparison with HIV-1 protease structures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 2
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2mipA00
5AH8A 5P00A 4EXGA 4J55A 1Z1RA 5HDUA 3HAUA 3SACA 1UH9A 4A4QA 1PSNA 5P2VA 7HVPA 1HTRB 5P3QA 4Y5CA 5P10A 5P7GA 5KR2A 3GI0A 3PWRA 5HDVA 3GI4A 5P1IA 2V00A 5P8JA 5P38A 2FXEA 3LZYA 3OXXA 2BKSA 2J9KA 2HS2A 2WF2A 3I2LA 5DPZA 5P86A 4AZYA 4N00A 1ODYA 4DJYA 4QJ9A 3HVPA 4EWOA 2I1AA 5P61A 2V13A 2QI5A 4AA8A 5OZVA 1META 2G22A 5OZIA 5P1LA 4Y5BA 4DJOA 1OEWA 5P84A 4HZTA 5T4SA 5C9FA 5OZKA 2F8GA 5OZBA 3K5DA 4LXMA 1W6HA 1GVWA 4HDBA 2BPZA 2Q5KA 3VYEA 3WB4A 2NXLA 1BDRA 5P5HA 3WB5A 2AVOA 4EYRA 3L58A 4Y58A 3RU1A 3INHA 5P6RA 2O4NA 3BGCA 1G2KA 4RVIA 3K4VA 1GNOA 2OHNA 1IZDA 5P58A 3IAWA 3ER5E 1SMEA 3T11A 4F73A 5P57A 5I3XA 2UXZA 4EJKA 2VA6A 4YCKA 3IXKA 3EKXA 4MC1A 3OUDB 2Q55A 5P6IA 5P8KA 2XFIA 4R92A 5P1YA 5P6VA 1HVIA 2QP8A 1E81E 1LS5A 3OU3A 3SFCA 5P6EA 3K5CA 4LXKA 3NDUA 1EPME 3ZPTA 3RTMA 4APRE 4XX3A 5ISKA 4Y5NA 5P17A 2RKFA 3VF3A 3SLZA 3TH9A 5P1RA 4OBDA 5P6AA 1B6PA 2HS1A 5P5ZA 1XDHA 4FRSA 3KDBA 4CPXA 4I12A 4Y3YA 4GJBA 3BUHA 4Y38A 5PEPA 4ZPGA 4NKKA 1VIJA 4FCOA 2VJ6A 4I8WA 5CONA 5P4BA 4DQBA 1SGUA 1LF4A 3NXEA 1FQ4A 1ZPKA 2R43A 1FQ8A 3OUDA 2QU3A 2QU2A 4KUPA 3O9FA 4Z50A 5P7KA 1HPOA 4I8ZA 5P5JA 2F81A 5P4SA 4RLDA 3UQWA 1BAIA 2NPHA 3BVAA 5P5AA 4Y3TA 2QMGA 4B1CA 1D4KA 2QI3A 4QJ6A 5P4VA 2RENA 5P0HA 3QROA 5OZ3A 3B80A 5P8CA 3NU3A 1HVRA 4Y5KA 1LV1A 4GYEA 5P36A 3CKRA 5P42A 2UY0A 5AHCA 4GJDA 5CLMA 1FFFC 4Y36A 5P1PA 3NWQA 1CZIE 1MRXA 3CIBA 2NXDA 2P83A 1K1UA 2QMFA 4Z22A 4DQFA 2I0DA 1OD1A 4OD9B 2JE4A 3VLAA 2OHQA 2Q3KA 3K5FA 5P7OA 5OZHA 5KR1A 3OHFA 5P6ZA 5P2UA 3LIZA 4TVGA 1HEGE 2QCIA 2B8LA 1MERA 4BELA 5P5TA 4Q5MA 4Y41A 1TQFA 3NR6A 5HE4A 5P1DA 1E5OE 2AVVA 4B77A 1K6TA 3NUOA 5P2MA 3K5GA 3UDJA 4DQEA 1B11A 1FMBA 1B6LA 2PWCA 4U7VA 3M9FA 1T3RA 1NH0A 4QJ7A 4RGHA 4Y57A 5OYQA 3LIXA 5HU1A 4J0YA 5P3EA 2CEMA 1BXQA 2PYNA 4H1EA 3SA8A 3SA4A 2O4PA 5OZFA 5P11A 3BXSA 4RZ1A 2VJ7A 4RYCA 4MC2A 4OD9A 5P2BA 5SXNA 3FNUA 4WTUA 4Y5EA 5OYTA 5P35A 5HU0A 3VCMA 3SA6A 3OQKA 1HOSA 3OTYA 4Y4JA 3CYXA 2R5QA 5P65A 4I0GA 1MIQA 4RCFA 5P45A 1LEEA 1W5WA 1KJ4A 5P0JA 5P4OA 5P1VA 5P7TA 1YTIA 5P4JA 4I0DA 5P8RA 3OUAA 2F3FA 4PZXA 3RSXA 1A9MA 3T7PA 3UQUA 3NU5A 4ACUA 4EJ8A 5DQCA 3OQDA 4RYGA 1W5XA 2I4DA 4Y45A 5P3FA 5P82A 4DFGA 3UHLA 5P6PA 5C9BA 4PPHA 2O40A 4EJLA 3BGBA 3EC0A 3KN0A 4GZFA 2QZLA 1BV7A 4FAFA 4D85A 5P71A 5P6BA 5P73A 4YDGA 1MSNA 1XL2A 3UQRA 3ZKXA 1XS7D 4L7GA 5IVSA 5P2YA 5P30A 5P74A 3KF0A 2XFJA 2VNMA 5DR1A 5OZDA 3TOHA 4Y37A 1QBSA 1DMPA 3JVWA 3EKPA 5P8OA 4A6CA 5P67A 4WY1A 2AOEA 5P4QA 3EKYA 5P0XA 5P7UA 3VF7A 4QLHA 3ZKGA 1K6VA 3EKWA 5P52A 4Q1WA 2Z54A 5P1FA 5P5XA 2V16C 3MSLA 1ZPAA 5P1TA 5P7FA 2BQVA 5P3NA 2PK5A 1BWAA 3VF5A 4L7JA 1ODXA 1KZKA 3PVKA 1GNMA 1TCXA 2VS2A 4I0JA 4Y3ZA 5P0DA 5P6HA 4ZE6A 2AOCA 4D88A 3QRVA 5IVQA 4YD3A 4Y4DA 5P7YA 5P5UA 2OF0A 5P4HA 4H3IA 2G1SA 5P0AA 5P27A 2BPXA 3MWSA 1SIVA 3KYRA 5HCTA 5P6SA 4J1IA 3OTSA 5P3KA 2BKTA 2J9JB 5P0QA 4Y3GA 5OZTA 2OHTA 1LYWB 4QJAA 2IQGA 4U7QA 2QMPA 4JOOA 5UPJA 4ACXA 1Q9PA 3UDRA 5P7EA 2Q64A 5P47A 5OYZA 2B60A 3URJA 2R3WA 3NUJA 5P31A 4I0HA 3O9BA 3WSJA 4JPEA 4Q1NA 2AIDA 5P5GA 4BFDA 4FLGA 2BPYA 5P0TA 1LYAB 5P3DA 3FSMA 5P2HA 1XN3A 5I3VA 2HPEA 3CYWA 5P8MA 1MRWA 5BS4A 5P4IA 5P5OA 1YX9A 3NU9A 4GJCA 5KR8A 2ZDZA 2IS0A 2B7ZA 4EP2A 3TKGA 2ZJNA 2R5PA 5P1NA 5P2AA 2J9JA 2QD6A 1DP5A 4Y3AA 5P3CA 1LYWA 2I4VA 2R8NA 3TPRA 2ER9E 5P0SA 2UPJA 4Y5LA 1IVQA 5P16A 5JFUA 1FMXA 4B78A 2WF4A 3PWWA 4ZSPA 5P08A 5P6YA 4YD5A 5P5LA 2QI4A 2QAKA 3I7EA 5P2EA 4KE1A 3VFAA 5P8DA 5P1QA 3EKVA 3LIVA 3O9AA 3PSGA 4Y3QA 5P0WA 2FGUA 5P4TA 5P7LA 1LYAA 1AAQA 4Y51A 5OZ7A 1IVPA 4YD7A 2HB4A 4Y3RA 5DR8A 1APTE 1EC0A 5AGZA 4B70A 2HB3A 3R0YA 4HE9A 5JFPA 5P41A 3QN8A 5OZ8A 5KQYA 4Y43A 1IBQA 4PYVA 3LZSA 5P1OA 5P8PA 2PYMA 4J0VA 1B6KA 3ZOVA 4FL8A 1HVSA 1A30A 2Q54A 1FQ5A 1U8GA 3EM6A 2V12C 5P0EA 5P8NA 5P3IA 3IVHA 2OHKA 2ZJMA 3L3AA 3WZ8A 2CENA 5P6UA 1FGCC 4YD4A 5P2CA 1PFZA 3PI0A 4M8XA 5P59A 5P72A 5I3YA 4Y47A 2ZJIA 3N3IA 1T6EX 4I10A 4LHHA 1J71A 5P81A 4ER4E 2ZHTA 1MESA 2RKGA 3SKGA 1TSQA 3UCBA 1RL8A 5I70A 3JVYA 5P7RA 4Y3SA 3S2OA 3ECGA 4A6BA 5IVRA 2G1YA 1AXAA 4TRZA 3T6IA 2HB2A 4PHVA 1TSUA 1OEXA 3GGXA 1FIVA 3CKPA 4U8WA 2ZHVA 5P1HA 4RCEA 3QBFA 1M43A 2B8VA 4B0QA 1T7KA 4Y50A 2HC0A 5P70A 3OGQA 2XYFA 3U7SA 3OY4A 5P3SA 1M0BA 2PMAA 1N49A 2IGXA 3CICA 5EZZA 2IEOA 1D4LA 2ZE1A 3LITA 5P3XA 1HIIA 2P3BB 4GJ8A 2G26A 2QZKA 4CPWA 1KJ7A 5P5PA 3BUFA 5P4RA 1HSGA 5P3PA 4DJUA 3Q5HA 5P5RA 3SA3A 5P4EA 1CMSA 5P6TA 3UTLA 4H3JA 4RRNA 2ZJKA 4CPSA 2A1EA 2VIEA 5P40A 3C9XA 4DPIA 5P4FA 5KAOA 3IXJA 5P8LA 1BIMA 5P5NA 5OZPA 1FF0C 3OUBA 5P6OA 1SIPA 3SO9A 3VV8A 3EL9A 5P23A 4J1CA 5OYVA 1HVKA 1FQ7A 5ISJA 3PSUA 1CPIA 3EMYA 1SDUA 5P04A 3NYGA 5ENMA 1WKRA 1EPOE 2P3BA 5P0GA 1K1TA 1YTJA 5P5WA 2VIJA 3ZPUA 3F9QA 5P6DA 1JLDA 5P25A 1AJXA 3ZKSA 5P1GA 3APRE 3T7QA 3KFPA 1A94A 1Z8CA 3OOZA 5DR0A 3PBZA 3NDTA 3UDKA 2G20A 1K6CA 2ER0E 1UH8A 1C70A 5P2OA 2NMYA 3EKQA 5P60A 2NTRA 5P0YA 1GVTA 4KE0A 4EP3A 4NJSA 5P14A 5OZ4A 4CPTA 2AOFA 1AM5A 1W5YA 5P4ZA 1GVVA 5P20A 1C6XA 3ZPSA 1OHRA 3OK9A 5OZWA 3WZ6A 4M8YA 3R2FA 4Y3MA 3NLSA 3QVCA 3FIVA 3UDMA 6UPJA 2QD7A 3S7MA 1A8GA 3BRAA 1WBMA 1MVPA 1APVE 4Y5GA 5P3HA 1QBUA 3KFNA 5P3LA 5P02A 2VKMA 1FKNA 4RVJA 3ER3E 1NPVA 3NU4A 2OHSA 4OBHA 5P3UA 1EC3A 1HPSA 1PPME 1B5FB 4DUSA 1RPIA 1IDBA 5P32A 5P6FA 3GGVA 1FG8C 5OYUA 1BV9A 4WY6A 5P2DA 1G35A 1HWRA 2AOIA 1QS8A 2OHMA 6APRE 4R95A 3I8WA 4TRYA 2QHCA 1EBZA 1APUE 5OZUA 3PSYA 5BRYA 1KJFA 5COPA 3UDNA 5DR7A 4Y4XA 3L5BA 5P8TA 3URIA 5JODA 5P1AA 1KJGA 5P2KA 4JPCA 5AH9A 4J54A 4DPFA 5P7VA 4J1EA 5P18A 5KOSA 2HM1A 5HD0A 4DJPA 3DOXA 3GGUA 1HSHA 3SAAA 4FE6A 3BC4A 2ANLA 4EJDA 1BVEA 3KMYA 2ER7E 5P0RA 3UQXA 5P5VA 6FIVA 1B5FA 2FIVA 3O9CA 2BJUA 3T7XA 1IIQA 1FB7A 3MSJA 3UDYA 5P1XA 4Y5MA 2QD8A 4X2LA 2WF0A 5P24A 3SM1A 1HVHA 3O9EA 4AUCA 5HTZA 4B72A 4APEA 4YOBA 1BBSA 3BVBA 3OQAA 1YG9A 3EKTA 2RMPA 2ZHSA 4IVTA 5SY2A 4OC6B 4CMSA 5P8VA 3QBHA 1DW6C 1DPJA 5P48A 3TPLA 5P51A 5FIVA 4Q1XA 3UDHA 5P6LA 4OBGA 2QZWA 2G27A 2WJOA 3S54A 4Y3JA 1FEJC 4J1HA 5ER2E 4DJWA 5DGUA 3IN4A 5P6QA 3PLDA 1EAGA 2I4XA 1HEFE 4LAPA 3FNSA 1VIKA 2QZXA 4Y4UA 5P8IA 5P3OA 2AZ8A 2HPFA 3GI5A 3UFLA 5OYRA 3UF3A 5P5SA 5OZRA 1PROA 5P34A 5P4CA 5P5IA 5P6JA 4K8SA 3TOGA 5HE7A 4LL3A 3U71A 5P88A 2QK5A 1ODWA 1Z1HA 2IL2A 5OZLA 2NNKA 3O9DA 4OC6A 3OXWA 1QRPE 4FSEA 5P4NA 5P4LA 4BFBA 2O4LA 1MEUA 5OZ9A 4ER1E 3KDDA 4RVXA 5P2JA 1IZIA 5OZXA 4L7HA 3DK1A 2AVMA 5P05A 5P1EA 5P29A 1PSOE 4HDFA 5P2QA 1C6ZA 3VYFA 1T7JA 2QMDA 1LF3A 3OXVA 5SY3A 5P2WA 4HVPA 5P7DA 3Q70A 3CKTA 5P8QA 5P66A 1IZHA 5P4UA 1NSOA 3PGIA 3K1WA 1XL5A 5P77A 1EBYA 3G72A 2BBBA 3DCKA 5ENKA 4FRIA 4Q1YA 4CPRA 5P4YA 3O9IA 1HXBA 3UDQA 5AH7A 4EHCA 4D8CA 3QPJA 4GB2A 2V11C 2I0AA 4F74A 2HAHA 5P4GA 2IENA 5OZSA 3D1ZA 4R8YA 4COEA 4YA8A 5KQFA 1YM4A 2NNPA 3L5EA 3HW1A 2AQUA 3OGPA 3S56A 5OZMA 1HHPA 3L5CA 1D4JA 2F3EA 2FGVA 3QAAA 1ENTE 5APRE 3NXNA 1SGZA 5IVTA 4Y3EA 3R0WA 3QIHA 1KJHA 3KFSA 4ZIPA 2FNTA 4Y54A 5OZQA 5P5MA 4R5NA 3PMUA 5P76A 5P3BA 1AZ5A 4L1AB 4D83A 5P5KA 1W5VA 3I25A 1D4HA 5P7BA 3LPJA 5OZYA 1EPPE 5P01A 3D1XA 5HDXA 2AZ9A 3S43B 5P2RA 3H5BA 4TRWA 1BILA 5P54A 3TOFA 1RQ9A 4UPJA 1ZLFA 1BXOA 4GMIA 4YE3A 4Y4GA 2V0ZC 3L5DA 5P8GA 5OYWA 1FG6C 4QJ8A 5OZJA 3PMYA 4S1GA 1ZAPA 2Z4OA 5P7SA 1XE6A 4Y4ZA 5P0ZA 3EL5A 1HTEA 5OZGA 2F80A 5E5JA 3QI1A 1K2CA 3APPA 4CPQA 4GJ9A 5P7MA 1B6JA 3AUPA 4L1AA 2IKUA 4K4PA 5P0UA 3DM6A 5P0NA 5P1CA 1EC1A 4K9HA 5P4WA 2OHRA 3B7VA 3OAGB 3S43A 3HVGA 5P6KA 5AH6A 5P12A 3URLA 1SMRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AH8 A;  5P00 A;  4EXG A;  4J55 A;  1Z1R A;  5HDU A;  3HAU A;  3SAC A;  1UH9 A;  4A4Q A;  1PSN A;  5P2V A;  7HVP A;  1HTR B;  5P3Q A;  4Y5C A;  5P10 A;  5P7G A;  5KR2 A;  3GI0 A;  3PWR A;  5HDV A;  3GI4 A;  5P1I A;  2V00 A;  5P8J A;  5P38 A;  2FXE A;  3LZY A;  3OXX A;  2BKS A;  2J9K A;  2HS2 A;  2WF2 A;  3I2L A;  5DPZ A;  5P86 A;  4AZY A;  4N00 A;  1ODY A;  4DJY A;  4QJ9 A;  3HVP A;  4EWO A;  2I1A A;  5P61 A;  2V13 A;  2QI5 A;  4AA8 A;  5OZV A;  1MET A;  2G22 A;  5OZI A;  5P1L A;  4Y5B A;  4DJO A;  1OEW A;  5P84 A;  4HZT A;  5T4S A;  5C9F A;  5OZK A;  2F8G A;  5OZB A;  3K5D A;  4LXM A;  1W6H A;  1GVW A;  4HDB A;  2BPZ A;  2Q5K A;  3VYE A;  3WB4 A;  2NXL A;  1BDR A;  5P5H A;  3WB5 A;  2AVO A;  4EYR A;  3L58 A;  4Y58 A;  3RU1 A;  3INH A;  5P6R A;  2O4N A;  3BGC A;  1G2K A;  4RVI A;  3K4V A;  1GNO A;  2OHN A;  1IZD A;  5P58 A;  3IAW A;  3ER5 E;  1SME A;  3T11 A;  4F73 A;  5P57 A;  5I3X A;  2UXZ A;  4EJK A;  2VA6 A;  4YCK A;  3IXK A;  3EKX A;  4MC1 A;  3OUD B;  2Q55 A;  5P6I A;  5P8K A;  2XFI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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