2MIPA

Crystal structure of human immunodeficiency virus (hiv) type 2 protease in complex with a reduced amide inhibitor and comparison with hiv-1 protease structures
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of human immunodeficiency virus (HIV) type 2 protease in complex with a reduced amide inhibitor and comparison with HIV-1 protease structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2mipA00
3WZ7A 5P0AA 1MTBA 5P5AA 2O4PA 5P6JA 5P7WA 2MIPA 5P86A 1IVPA 1YTIA 3PSUA 3LITA 1BDQA 6FIVA 3I6OA 4OC6A 5P5TA 5P2WA 5P3NA 4U7QA 3U6AA 1IDBA 5C9DA 5P3UA 3TTPA 3UDPA 5P7UA 1ZP8A 2ZHVA 5HCOA 1A9MA 2CEJA 3CIDA 5P85A 5OZEA 5OZGA 1QBRA 5CLMA 5P5FA 5OZJA 4HZTA 3OUAA 5P1FA 3SO9A 2NPHA 4DJXA 2OHSA 3S53A 2IS0A 2V12C 2WEAA 4Y3GA 3TOFA 3EKTA 3KF0A 5P3TA 4Y3FA 3KMXA 5OZ8A 5OZOA 5IVSA 5P6RA 2QHZA 4AA9A 1HBVA 3B80A 5P8SA 2G1YA 5P7CA 2NR6A 5OZNA 2HB2A 2I1AA 2QCIA 3CKRA 3OTSA 3L59A 4U8WA 5P1LA 2OHUA 3GI0A 5OZ4A 1B6LA 4J17A 1DIFA 5P5BA 4XXSA 5P7TA 2VNNA 3SA5A 2VJ7A 2RKGA 3OWNA 4COEA 3NXEA 3OU4A 1YT9A 3VSWA 2V00A 5P0QA 2B60A 5P1RA 3T7PA 2AOHA 5P6TA 3BUGA 2B7FA 3OUDB 5P6HA 4Y44A 1D4SA 1K2BA 3D91A 2HM1A 3UQPA 4A6BA 5P4RA 1MVPA 2ANLA 5P0WA 4PPHA 1FQ6A 5HDVA 3ZKNA 5P19A 1MEUA 3KYRA 1A94A 3OAGA 2VJ6A 5P70A 5P38A 5P0FA 4RCFA 2AVMA 5ER1E 2IKOA 1FQ4A 3BUFA 5P3WA 1HTEA 5P8OA 3BHEA 1AM5A 2WF3A 5P1AA 2QI4A 3PWWA 4CPRA 2BQVA 1DAZC 4B70A 1B6JA 5JFPA 4H3JA 4Y3RA 4OBFA 1GNMA 2P3AA 2AIDA 2OAHA 1YM2A 1ZJ7A 5IVQA 2IL2A 4B1CA 2ZHSA 5OYWA 3LIZA 3A2OA 4Y35A 5P5EA 1EPLE 4LP9A 5OZMA 5HU0A 5P3VA 3ZKQA 1HVSA 4Z2ZA 3MXEA 3WSJA 1HHPA 2A4FA 4Y58A 5AH9A 4DJRA 4QJ7A 2Z54A 4OBZA 5P1KA 3ZKGA 1CPIA 1VIJA 3VV8A 1FQ5A 1YX9A 4ZPFA 3VLAA 1BV9A 5SY3A 4OBJA 4FRSA 4FM6A 3GI5A 5P6LA 2R3WA 2NXMA 5P49A 2Q54A 2FGUA 2FDDA 1ZSFA 1EBYA 1ER8E 3PM4A 1B6KA 4KE0A 4EHCA 5P0SA 5P79A 4B0QA 1RL8A 2BPWA 5P4LA 3TL9A 1BDRA 5P6DA 5P87A 4Y4TA 2Z4OA 4CPWA 1M0BA 5P2CA 5OZDA 1KJ7A 5P4BA 4OD9B 4Y3YA 5P4JA 5IE1A 4H3IA 3OQDA 1FKNA 5P14A 2OHRA 1Q9PA 5P3YA 1XL2A 3SLZA 2F3FA 3EL4A 1LYBB 4FM7A 3EL9A 4EWOA 4RLDA 5P4PA 4FS4A 4FGXA 4DJYA 4YA8A 3VF3A 5P3IA 4R91A 3QP0A 5P67A 4YBFA 5P2KA 2G1OA 3OHFA 5P54A 1NH0A 3NU3A 5P64A 5HE7A 2UY0A 5P65A 5TOLA 1E81E 5P0YA 3CKTA 5ER2E 3QAAA 1APTE 4S1GA 4FLGA 4APEA 4TRZA 5DR7A 4OBDA 3DJKA 3QI1A 1D4HA 1A30A 5P31A 4J1KA 2PQZA 3Q3TA 1LS5A 3FNTA 2WEZA 2ZJLA 3QRVA 3OU1B 3I25A 3GW5A 5OZ0A 3ER5E 4J0TA 1RQ9A 5P84A 4WTUA 3TOGA 5P0VA 2G94A 4B78A 2XYEA 3PCWA 5P59A 3AUPA 1DPJA 2G1RA 2I0DA 2VNMA 1MRWA 3LZVA 2VIZA 5OYTA 1SMEA 4HE9A 4LXMA 3PGIA 1LYWA 1SIVA 2FNTA 5P8KA 2ER9E 1TQFA 1G0VA 3U7SA 3HD8A 3UQUA 5P0DA 5P2IA 5AH7A 2P3DA 3EMYA 1MRXA 2Q5KA 3LZSA 5P0JA 4K8SA 2P83A 3FNSA 2WKZA 5P0UA 4LXAA 3G70A 4Y3SA 3SABA 4ZEAA 5KQXA 2R8NA 2I4XA 4GJ5A 3INHA 5P5PA 3RTHA 2ZE1A 2IRZA 1EPPE 2QD8A 1HVCA 1HRNA 4CPXA 5P22A 1HTFA 2QZKA 5I3XA 3MSLA 3UFLA 5P0MA 5P48A 2O4NA 5P2EA 4ZIPA 4HDPA 3UQXA 1K6PA 5P1WA 4ER1E 3FX5A 5P58A 2P3BB 5P1PA 1K2CA 5P2OA 3ZKSA 3UDMA 5SY2A 3EC0A 5OZHA 1T6GA 2Q55A 2JJIA 3OK9A 2G27A 5P8BA 3G72A 5DR8A 5OZ2A 2I4UA 2ZJIA 3SA9A 2WF0A 3PSYA 3EM3A 5P8MA 4LXKA 4I0EA 5P16A 1HVHA 3CMSA 2AVVA 2OHLA 3DK1A 3PCZA 3NWXA 3FSMA 1XDHA 2F81A 3IXOA 3GGUA 4F74A 3DOXA 2QNPA 4JOOA 1C6YA 2ZGAA 5F00A 5P8RA 3LIYA 3S7LA 3O9CA 4DUSA 4Y5GA 5T4SA 4Y3WA 2JYSA 6UPJA 3INFA 1META 5P4DA 4QJ6A 4L7JA 5P8DA 4FRIA 4J5JA 4GJ8A 4H1EA 4H3FA 5HD0A 4Q1XA 5P8TA 5P7GA 2R5PA 4FE6A 4GIDA 3OXXA 4Y5MA 3OAGB 5DPZA 3PMYA 5OZAA 4RROA 5JFUA 3OXCA 4X2LA 5P3ZA 5P61A 3OQKA 3PWRA 4XX4A 2B7ZA 4L7GA 1FMUA 1K6CA 2PMAA 4Y4UA 5P6SA 5P8QA 5P74A 5P1EA 3GGVA 5P3KA 1SGZA 5P0LA 4CP7A 5ISKA 2R38A 5P6AA 4Y56A 3K4VC 4J1CA 4EJLA 4HVPA 2G20A 5APRE 5P5RA 4Z22A 1FG8C 2QI3A 4XKXA 5OZSA 5DR4A 4OBZB 3RSVA 2QI5A 2ER6E 4UPJA 4Y5PA 5OYRA 5P6OA 3SKGA 2V0ZC 1MT9A 1AJVA 5P6WA 4F76A 4R95A 3GGXA 3K5FA 1JLDA 5P2DA 4HA5A 5P7VA 3QRSA 3KA2A 4I10A 2QMDA 1B6PA 2VIJA 2ZHUA 3T7XA 2PYNA 3S43A 3H0BA 2AVOA 2B42A 1DP5A 1UH8A 3OHHA 4Y3NA 5SXNA 1BILA 3O9EA 1PPKE 2R5QA 5P00A 5P2FA 1IVQA 1IIQA 4HDFA 3RSXA 5P0TA 3VFBA 3ZMGA 4DI2A 1F34A 3LIQA 4A4QA 5P17A 2WF2A 1HSHA 1FIVA 1HXWA 4N00A 5EZZA 2Q11A 2Q15A 4NPUA 1APUE 3DV5A 1LF4A 1SIPA 2QP8A 3TH9A 3CYWA 2OHTA 1XN3A 3JVYA 5EZXA 2ZJKA 5P5QA 5P1NA 5P5IA 5P7QA 5P2SA 3S85A 1LF2A 3SA7A 4Y4EA 1YTJA 5P7BA 3SA6A 1WBKA 3EL1A 3K4VA 5P4OA 3HAWA 2P4JA 4B1DA 1LYAB 5J25A 5OZUA 3L5CA 3QVIA 3IN4A 1UPJA 4OBHA 4Q1WA 2CEMA 4PEPA 3K5GA 2BPVA 2P8HA 3HAUA 5HDXA 4Y51A 3O9BA 5P2ZA 4Y3PA 1EC1A 5P5OA 3TKWA 2Q63A 3PEPA 1QS8A 3TPPA 1W6IA 4BFDA 1Z8CA 3OOZA 3IN3A 5P6CA 2VIYA 4DJOA 3CKPA 4NPTA 4M8YA 3OTYA 2F3KA 4EJKA 5P05A 1EC0A 5P1GA 2AOEA 2ER0E 2PSGA 1KZKA 1LYWB 2V13A 3NU4A 3ZLQA 4DQHA 5P8AA 4EQ0A 5OZFA 5P6IA 3Q70A 3QVCA 3EKQA 3PB5A 1OD1A 5P2XA 1AAQA 1D4KA 2G26A 2I4QA 3VFAA 5P4FA 1HIIA 3SACA 5P3SA 4I12A 3LNKA 4RCDA 5P4VA 1LF3A 4RVJA 5KR0A 4TRYA 1PFZA 2PH8A 2IEOA 2J9JA 3EXOA 3O9DA 5KR8A 1UH9A 4TVGA 2BKSA 3CYXA 5DQ4A 4MC9A 1GNOA 3MWSA 3HDKA 3KFPA 2WL0A 4Z50A 3PBDA 4DJPA 1ZSRA 5JG1A 1ZBGA 4LC7A 3FIVA 4Y3EA 1J71A 3PLLA 5P5WA 5P55A 5P8CA 3O9FA 1QDMA 5JODA 4RRNA 4GJ7A 5P06A 5DQ1A 4Y36A 1TCXA 1HVLA 1ME6A 2BPYA 2O4KA 2VIEA 4ZE6A 5P6PA 4RGHA 4Y3HA 5P2VA 5OZRA 1T7KA 2AQUA 1YG9A 4I0IA 1BXOA 5HE4A 5ISJA 2V11C 1AVFA 3D1YA 5P7IA 5P13A 4DPIA 4HLAA 1A8KA 2QU3A 5DGWA 1FEJC 3FKTA 3URJA 2NMZA 1GVTA 2B8LA 3VUCA 1D4YA 3HBOA 5P40A 3S7MA 5HDUA 1FFFC 1SBGA 1K6TA 4I1CA 1G6LA 3O9HA 3EKVA 4B05A 1FLHA 4I0JA 5P1UA 3SA4A 3IA9A 3O9LB 1YTHA 3NSHA 4H3GA 4DJVA 5P5HA 2FS4A 5DR3A 5P4SA 4J0VA 3UDRA 4LL3A 5IVTA 2QNQA 1SDUA 3OADA 3CIBA 4Y5BA 2O4LA 5DR1A 5OYQA 2FDEA 1LV1A 5P35A 5P42A 5P4HA 2FDPA 3MSJA 5P53A 3PI5A 1UH7A 1OEXA 5COKA 4D85A 2AZ9A 4Y3AA 4Q1NA 2PK6A 1NPWA 1K6VA 5BRYA 4DJQA 2QMGA 3KDCA 4EYRA 2WF1A 4M8XA 1B6MA 4FRKA 1B11A 5KR2A 2AVQA 5P62A 2ZJNA 2RMPA 4Q5MA 3LINA 1KJHA 3ECGA 5C9FA 4FAFA 5F01A 1W6HA 2PYMA 3I2LA 4Y3JA 5P6QA 5P8GA 4YD7A 5P5NA 2BPZA 1G35A 3QRMA 3PHVA 5P3HA 3T7QA 3VCMA 3RU1A 4CKUA 4Y4AA 3HLOA 5P26A 4Y43A 5P0KA 3RTMA 3LPKA 5P32A 3VSXA 3NYGA 4YOBA 4F75A 5P15A 4I0DA 2XFJA 1BXQA 1MT8A 3C9XA 4LAPA 4Y3DA 4I0GA 4NJTA 5P2QA 4I0HA 5P20A 3ZPUA 5P2HA 4GJ6A 5P0NA 5P0GA 5OZIA 3KFNA 5P1QA 4Y3TA 1D4JA 5P6NA 2UXZA 4QJAA 5HCTA 1E82E 1PPLE 3LPIA 4YCTA 2PH6A 4R92A 2FNSA 3K5CA 4R5NA 3B7VA 3TNEA 1M43A 3KDBA 1GNNA 3KN0A 5P3XA 4GJDA 3PRSA 3AIDA 3JVWA 1WBMA 3UHLA 5P7RA 1LZQA 1ODYA 5P7HA 2ZHRA 3O9AA 4I0FA 5OZCA 5OZYA 5P6YA 1VIKA 1A8GA 5P5UA 1ODWA 1MUIA 1RV7A 3R4BA 1HTGA 4GJ9A 4BEKA 4YD4A 5P4XA 5P3AA 2AOGA 2APRA 2ZJJA 5P3BA 3DCRA 3UDHA 5IS4A 5P01A 5OYSA 5P11A 3INEA 1HWRA 1HPVA 5P2LA 3BVBA 3T11A 3K5DA 3OU3A 1FFIC 4QLHA 4APRE 2AVSA 5P2RA 2WEBA 4B1EA 2HB3A 2O4SA 2WECA 1NPVA 3Q5HA 5P7DA 1IDAA 4J1IA 4YHQA 5P1CA 5P3FA 1FB7A 5SZ9A 1BVEA 2IGYA 4D8CA 4MC2A 4OC6B 4Y4WA 4I11A 3UPJA 1WKRA 1HPXA 2FGVA 1W5WA 2VA6A 4Y3QA 5P4AA 4Y3XA 2BPXA 4YD3A 3UDQA 1DW6C 2AOCA 2IQGA 4ZSPA 4TRWA 3OQ7A 1W50A 4DQEA 1SMRA 1ZPAA 1AZ5A 3L3AA 2R43A 4EJ8A 3OUDA 2QZLA 3KT2A 3WZ6A 3EKPA 3SM2A 1QBSA 1HIHA 2HPFA 2NTRA 3HVPA 3PSGA 5BWYA 2AZ8A 5AGZA 1HVRA 5ENMA 5P8IA 3QROA 2CENA 3M9FA 4Y5KA 3KMYA 3MSKA 3BGBA 5P1MA 2BB9A 5OZQA 1BWAA 3WB4A 3D1ZA 5P4GA 4ZSMA 3UFNA 5P30A 8HVPA 5P5MA 5P5CA 2QMPA 5P0OA 1ZPKA 3URIA 1PSOE 3I8WA 5AHBA 1GKTA 1EPME 3LZYA 3DM6A 4K9HA 3NUOA 1D4LA 2FXDA 5P27A 1HIVA 2QAKA 1E80E 1NSOA 5P28A 3OU4B 3Q4BA 1TSUA 4Y50A 3PJ6A 5P18A 1GVVA 3OY4A 4WY1A 4DQGA 3OXWA 5COPA 2NNPA 5P4QA 3CICA 3OUCA 2J9KA 3VYEA 5P4YA 2B8VA 4OBKA 3SA3A 2PSVA 4GMIA 3NDUA 4CPTA 4DJWA 5P8VA 1KJGA 5I3YA 5DGUA 3PLDA 1EPQE 3QPJA 4YOAA 5P8NA 2BBBA 2UPJA 4LHHA 5P2JA 1TW7A 2F80A 5P02A 2RKFA 5P78A 5P7YA 3G6ZA 5P7PA 5KR1A 4D89A 3U71A 4EQJA 2R3TA 3NU6A 2I4WA 1SP5A 4JECA 2ER7E 4Y4JA 2SAMA 5P2BA 4KB9A 5P08A 3UDKA 1E5OE 3O9GA 3HW1A 1W5YA 5P1SA 1BAIA 4Y5EA 5DQ5A 1SGUA 5P83A 1D4IA 1T7JA 5P36A 5P3MA 4Z4XA 5DQCA 3INDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WZ7 A;  5P0A A;  1MTB A;  5P5A A;  2O4P A;  5P6J A;  5P7W A;  2MIP A;  5P86 A;  1IVP A;  1YTI A;  3PSU A;  3LIT A;  1BDQ A;  6FIV A;  3I6O A;  4OC6 A;  5P5T A;  5P2W A;  5P3N A;  4U7Q A;  3U6A A;  1IDB A;  5C9D A;  5P3U A;  3TTP A;  3UDP A;  5P7U A;  1ZP8 A;  2ZHV A;  5HCO A;  1A9M A;  2CEJ A;  3CID A;  5P85 A;  5OZE A;  5OZG A;  1QBR A;  5CLM A;  5P5F A;  5OZJ A;  4HZT A;  3OUA A;  5P1F A;  3SO9 A;  2NPH A;  4DJX A;  2OHS A;  3S53 A;  2IS0 A;  2V12 C;  2WEA A;  4Y3G A;  3TOF A;  3EKT A;  3KF0 A;  5P3T A;  4Y3F A;  3KMX A;  5OZ8 A;  5OZO A;  5IVS A;  5P6R A;  2QHZ A;  4AA9 A;  1HBV A;  3B80 A;  5P8S A;  2G1Y A;  5P7C A;  2NR6 A;  5OZN A;  2HB2 A;  2I1A A;  2QCI A;  3CKR A;  3OTS A;  3L59 A;  4U8W A;  5P1L A;  2OHU A;  3GI0 A;  5OZ4 A;  1B6L A;  4J17 A;  1DIF A;  5P5B A;  4XXS A;  5P7T A;  2VNN A;  3SA5 A;  2VJ7 A;  2RKG A;  3OWN A;  4COE A;  3NXE A;  3OU4 A;  1YT9 A;  3VSW A;  2V00 A;  5P0Q A;  2B60 A;  5P1R A;  3T7P A;  2AOH A;  5P6T A;  3BUG A;  2B7F A;  3OUD B;  5P6H A;  4Y44 A;  1D4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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