2NXLA

Structure of hiv-1 protease d25n complexed with the rt-rh analogue peptide gly-ala-glu-val-phe*tyr-val-asp-gly-ala
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nxlA00
4CKUA 5OZBA 5DQCA 4APRE 2FXDA 3SA6A 2QI5A 2BPXA 4QJ7A 3NU4A 2WF0A 1UH8A 4LHHA 2ER9E 1MT8A 3OXVA 1HVRA 5P0QA 5P88A 1PROA 3NDUA 3KMYA 3Q5HA 1ODYA 1HEGE 2HAHA 4Z4XA 4Y3RA 4RYCA 3TPLA 5OZWA 4CPRA 5P0CA 1E5OE 2ZDZA 1Z8CA 3GW5A 2VIJA 3FV3A 4J54A 2QNNA 2PK6A 1D4HA 2G1SA 4GMIA 1HVSA 5ISJA 1SDTA 5P2TA 4I11A 2AZ9A 4J0VA 3GGVA 5P3GA 5P0IA 3O9EA 3S7MA 2Q5KA 3KFRA 3L58A 5P0MA 5ISKA 2B7FA 3NDWA 1SGUA 3IXOA 5SY2A 2RKFA 5P1EA 3LNKA 4F73A 1E80E 4NJTA 5P8IA 5CLMA 2QMGA 3WB5A 1T6GA 2R43A 4ZSMA 3SKGA 1A9MA 4LC7A 3PMYA 2QI3A 1AM5A 1EPQE 2WEAA 2O40A 4YD5A 3CYXA 1K1UA 3SAAA 5P7BA 5P5PA 3ZMGA 1K6PA 3JVYA 5F00A 5P2CA 4Y38A 5P7CA 4Y4JA 5BS4A 5P39A 1MTRA 5P1SA 2V00A 5P0VA 1EC3A 5OZOA 5P3PA 5P4TA 3QRVA 2NNPA 3NU5A 1GNOA 1DPJA 2AVOA 3EXOA 4Q1XA 4D8CA 4CPWA 1EPNE 5P0AA 5P1KA 4FM6A 3PWRA 5P70A 4IVTA 3DCRA 3QROA 5COOA 3D20A 3RSXA 4Y4ZA 5HDXA 4Y4XA 5P0DA 1A30A 3I2LA 4Y51A 1BAIA 3QS1A 2WKZA 5ENMA 3ZPSA 4EPJA 3HAWA 5HCOA 5P2OA 5P17A 4EWOA 1ZSRA 4ACUA 3SA9A 5OZ3A 4ZSRA 5P6VA 5P45A 2NXLA 5OZYA 5P8EA 5HDVA 2FNTA 5P7NA 1MVPA 5SXNA 4FSEA 5P1MA 4NPUA 3LIXA 5J25A 1MUIA 4HDPA 2Q54A 2IEOA 4FS4A 1FMUA 5P3JA 3KFSA 3R1GB 2VNMA 1VIKA 3TOHA 3SO9A 4Y47A 4EXHA 5P60A 1TSUA 2I4XA 3KN0A 1HIVA 4U7VA 1SMEA 3S43B 1W5VA 5OYWA 3NLSA 1HVIA 2PYMA 4RCDA 3PCWA 5P1VA 4OBFA 2OHQA 2OHNA 4Y48A 3LIZA 4J0ZA 2G1RA 4DQFA 1FKNA 3EKTA 4Y5AA 5P7HA 5OZKA 3PLDA 4HDFA 3ZKIA 4BFBA 3L5FA 1IZIA 4GJCA 1A8GA 3ER3E 3PVKA 5P0FA 1OD1A 3INHA 3VV7A 5P0TA 5P1JA 2BKSA 3L59A 5E5JA 1APWE 2PSVA 3O9BA 4NJVA 2R5QA 1CZIE 1EBZA 4Y3MA 1LYBA 3FSMA 1BXQA 1HXWA 1Z1RA 4TRWA 2QNPA 1HWRA 3OQAA 4OBZB 5P4GA 2ZHVA 3HD8A 4RVIA 3SA5A 1NH0A 5OYSA 4ER4E 3MSJA 2ZGAA 1SP5A 3PM4A 3O9CA 5P1PA 1NPWA 4Y3LA 5P3AA 2QNQA 4EJ8A 3OAGB 5JFUA 3T3CA 3PWMA 4Y5MA 4QJ2A 5IS4A 2G26A 1MRXA 4FL8A 4ZE6A 2I4QA 4R5NA 5P06A 3KDDA 5P66A 2HS1A 3PRSA 5P1AA 5OZNA 2AOEA 4DQCA 5HDZA 2I0DA 3A2OA 5P6FA 5P67A 2OHKA 1LF4A 5KOSA 2HS2A 3EMYA 5ENKA 5P0KA 3QIHA 4I0DA 5P0RA 5P5OA 4Y5BA 2OHUA 1RPIA 4B1CA 4LXKA 1YTIA 1F7AA 3OTYA 5OZJA 1XN3A 5P6MA 1QRPE 2HM1A 4FAEA 5P8MA 2QZWA 5C9FA 1BWBA 1HXBA 4I1CA 2QCIA 1C6XA 3FKTA 2R3TA 3KF0A 3S56A 3S7LA 3SA8A 3NUJA 5HE5A 4Y39A 2VA5A 5P0BA 4WY1A 2OAHA 5P18A 5P81A 1TZSA 1YM4A 3U71A 3KDBA 4OBJA 1D4KA 5BWYA 4NJUA 3PBDA 1KJHA 2FGVA 1TQFA 1PPKE 1HPXA 5P86A 1KJ7A 1W6HA 2AVSA 1MIQA 2IGXA 2QZLA 4QJ9A 3LZUA 4J17A 5KQFA 5P64A 5KR1A 5TOLA 5E5KA 3OU1A 5P5ZA 5P6UA 4PHVA 4L6BA 1HPSA 3Q3TA 5P4VA 3ZKMA 5P0XA 5I3YA 3NYGA 5P24A 1XN2A 3EBZA 4S1GA 2QI6A 3LIYA 1EEDP 2QAKA 3DK1A 1OEWA 5P29A 3K5GA 3VLAA 5P25A 3IVIA 5P2MA 3LIVA 5P52A 5P87A 1HPVA 4WTUA 3HLOA 5P6LA 3KFNA 4DV9A 2P3DA 1LYWA 5AGZA 4Y4BA 5OZTA 2B60A 2XFJA 5OYYA 4YCKA 5C9DA 1BWAA 2NPHA 2ANLA 4R8YA 1M0BA 1B6LA 5P3NA 5P7DA 1RV7A 3UDKA 5P5FA 1SDUA 2V0ZC 5AHBA 4FRSA 3URIA 3BRAA 4AUCA 3UDMA 5P3XA 5P7PA 2G94A 4I0ZA 2R5PA 1YM2A 3O9AA 5P05A 3EM3A 1YX9A 1MT7A 3INEA 5OZ5A 3EKPA 1EC2A 4AA8A 4J55A 1BDLA 5DQ4A 4Y5NA 1AVFA 3L5BA 4LBTA 5OZQA 4Y3HA 2V16C 3SA7A 4DUSA 3INFA 5P6HA 4Y36A 2Z4OA 3EL5A 3GGUA 4B1DA 1F34A 3EKQA 2IQGA 5P13A 5P79A 3WSJA 1G35A 3OQKA 4Z2ZA 1YT9A 2JXRA 3CIBA 4Y4UA 1IDBA 4B0QA 3TPJA 4Y3NA 3LINA 3Q70A 4KUPA 5OZ8A 5P6QA 2ZJJA 4EJKA 1D4YA 1OEXA 3QBHA 5HE7A 1OHRA 5P41A 5P78A 5I3WA 3EM6A 1IVQA 3LITA 1FQ5A 3OUDA 5P61A 2ASIA 2ZJHA 3C9XA 4JP9A 5P4NA 1PSNA 1YTHA 4R92A 5DR1A 5DR0A 5P2IA 4AA9A 5P4KA 3BUHA 2VIEA 4HE9A 5P3BA 4M8YA 2FLEA 5AH6A 4CPSA 5OZ4A 5DR3A 5P59A 5P7XA 3KA2A 3NXNA 4ZPFA 4YCYA 2OHTA 5P8VA 5P2SA 1D4JA 2QK5A 5P5TA 5P7KA 3OHHA 4ER1E 3QP0A 1LEEA 5P6EA 5SY3A 2AIDA 3OTSA 4NPTA 5P7OA 3T7PA 1RQ9A 1FGCC 5P0YA 5DGWA 5P22A 2I0AA 2ZJKA 3BVBA 1T3RA 1PPME 3OUCA 4I8ZA 5P8AA 1QDMA 2WEBA 2WEZA 4Y3PA 5APRE 5P8PA 3PEPA 2JJIA 1LS5A 1SIVA 3O9FA 1D4LA 1HVCA 1EBKC 5DPZA 3R0WA 5P0LA 2J9JB 2J9KA 4PZWA 4Y3SA 3U7SA 5P8NA 4Y4EA 3OADA 1META 3TL9A 2V12C 4NKKA 4RVXA 2PMAA 3JW2A 5KR8A 5P7AA 4TRZA 4Y6MA 5P32A 5OZRA 4J1HA 3VYDA 4FRJA 1YTGA 5COPA 5P2LA 4GJDA 1GNMA 1FIVA 3OGQA 2BKTA 5OZ6A 3S45A 1MEUA 3NWXA 5P04A 1APUE 5P4BA 4DJOA 1G0VA 1ZSFA 3DV1A 4EQJA 3R2FA 2AVVA 5P09A 5OZCA 4E43A 5OZEA 2AODA 3JVWA 3OUBA 3BXSA 3IN3A 3OOZA 3O9IA 1K2BA 3OGPA 5P8UA 5P63A 3NU6A 3TNEA 1QS8A 1Z1HA 2O4NA 3VYEA 1UH9A 3QRSA 5P7UA 4Q1YA 3KMXA 5P1FA 3G70A 1LV1A 4GIDA 3INDA 2BB9A 4XX4A 2G69A 3RTNA 1BV9A 5P03A 4B78A 4R95A 3H0BA 5C9BA 3D1YA 3EKXA 2A1EA 5DQ1A 6APRE 4CMSA 3L38A 4YOBA 1G2KA 1HSIA 5P01A 5P0UA 4GYEA 4EYRA 4Y3DA 2SAMA 4Y56A 1K6CA 2OHSA 5I3VA 1K2CA 4RVJA 2UY0A 1FFIC 5OZ7A 3T6IA 4EJDA 4RLDA 4GZFA 3URLA 5OYVA 1ODWA 5OYUA 5EZXA 4CP7A 1SMRA 5P3YA 3S8IA 5HE4A 2QHCA 5P5AA 1B6PA 1FQ8A 1N49A 2PSUA 1IDAA 2O4SA 5OZAA 5P2BA 5KAOA 4RROA 2R8NA 1W6IA 5JODA 3L5DA 2JYSA 5P4EA 3S85A 1HTRB 1KJGA 1GKTA 2FDEA 4RCEA 3DM6A 5P2XA 4J1FA 2G1YA 4ZPGA 5OYXA 1ODXA 4MC1A 1SDVA 3OU1B 4DFGA 1HBVA 5OZ0A 4I12A 4GJ7A 4R93A 5P5UA 2I4VA 4I0FA 1XL2A 1C6ZA 4J1CA 5P54A 1B6KA 3ZOVA 2BQVA 4I0JA 1DAZC 2G1OA 2IDWA 2P3AA 4ZEAA 3O9HA 5P62A 5OZZA 4FCOA 4RCFA 4DQBA 2BPVA 1AZ5A 3SA4A 3IGBA 2HB4A 5P12A 2QMDA 5P4UA 5P51A 3LZYA 1LF3A 1EBYA 1APVE 5P0GA 1LYWB 1U8GA 5P75A 2IKOA 3UHLA 2PWRA 4Y5EA 3EL0A 2RKGA 5P7EA 5P0OA 3KT5A 5OZUA 7UPJA 4FAFA 5P2EA 4YDGA 4JECA 1C70A 5P2NA 3ZKGA 2FIVA 2MIPA 4ZLSA 1GVUA 3UF3A 3TOGA 4HLAA 1NSOA 3OK9A 4BFDA 3Q6YA 4EJLA 5P6CA 1VIJA 1W50A 5P31A 2QD8A 2ZE1A 4YCTA 2VJ6A 2B8VA 2FMBA 3ZLQA 1XL5A 5P0WA 1LYAA 2F3KA 3UQPA 2ZJNA 5P2VA 1T7IA 1RNEA 5P43A 4YD3A 3VUCA 4Y4TA 1AAQA 3BUGA 4F74A 3IXKA 3UDNA 5P5HA 5OZVA 5P6WA 4TVHA 3VSWA 4Z50A 3VFAA 4YA8A 2QI0A 3L5CA 4HA5A 1WBKA 4Y5PA 2ZHTA 3FX5A 3OUDB 5P6DA 3MXDA 4D88A 3CMSA 4GJ5A 5P07A 5P4OA 4KE1A 5P6JA 1ZTZA 3HW1A 4DQGA 3MSLA 4QLHA 2QI4A 4PEPA 1DMPA 4FM7A 1ZPKA 5HVPA 5P3CA 5KQZA 3PB5A 1GVXA 9HVPA 4YD4A 4DJYA 2CEMA 3PSUA 3H5BA 5P8OA 3G72A 2BJUA 1W51A 3UTLA 3SPKA 3NUOA 2Q15A 3IXJA 3KM4A 5P6ZA 3RSVA 3S54A 4AMTA 2AOCA 3QVIA 1QBTA 3URJA 5P2GA 1G6LA 5HD0A 2ZJLA 5P4RA 2O4LA 5P5QA 4IVSA 4RRSA 4OD9A 3QAAA 3LZVA 1MERA 4QJ6A 4Y5KA 5P6SA 1HRNA 2IGYA 2QP8A 4XKXA 3VSXA 5P3EA 3UDHA 1M43A 3OQDA 4N00A 1JLDA 1FFFC 1BXOA 3OADB 4Y3WA 5P02A 1SBGA 4FLGA 5P4PA 3GI0A 5AHCA 2IS0A 5P5RA 5P7FA 5OZ9A 3SA3A 2BBBA 4Z22A 1HIIA 5P3SA 3B7VA 2HIZA 2AQUA 4BELA 4ZSQA 3OQ7A 3DOXA 2G20A 4J0YA 2PC0A 2PH6A 5P3UA 4LL3A 3S2OA 5AHAA 1TCXA 3EL9A 4J1IA 2H6SA 1GVWA 1IBQA 4LXAA 3MWSA 4Y45A 5P0EA 5P6AA 1LZQA 4FSLA 3PSYA 2IENA 5P6RA 3ECGA 5IE1A 3CIDA 5DR8A 4DJVA 1AXAA 1FB7A 2WF1A 4MC6A 5P8CA 5P47A 3VCMA 3I7EA 3IN4A 1FMXA 1DW6C 2OF0A 2WJOA 2IKUA 5P7TA 3TH9A 5OYTA 5P57A 1FQXA 3GGXA 3OXXA 2HB2A 3VF3A 3VV8A 5AH9A 5P36A 2Q55A 4J0PA 1HSGA 5P26A 1IZEA 1KJ4A 2WF3A 1T7JA 4K4PA 5P83A 5P2AA 2QMPA 2O4KA 5OYZA 1EBWA 1K6TA 3EL4A 5SZ9A 1QBSA 3D91A 3SM2A 2QD7A 5P4CA 1PSAA 4I0HA 4Y54A 5OZHA 5P3IA 5FIVA 5P5GA 3OHFA 2NTRA 4MC9A 5HDUA 2WECA 4D83A 1PSOE 2B42A 5OYRA 5P8LA 4FE6A 4H3IA 3UDJA 5P1WA 4Y3QA 4DJUA 3SKFA 2AZCA 2NMYA 3O9LA 1HSHA 5P10A 1MESA 4F76A 2QMFA 1XS7D 5P4LA 1T7KA 5OZSA 5P76A 1APTE 1HVKA 3KYRA 3UPJA 3ZPTA 3I8WA 4DQHA 3PLLA 5P77A 5P5DA 2VJ9A 1UH7A 3HBOA 4Q1WA 1HVJA 1Q9PA 5P1GA 5KR2A 4DVFA 4TRYA 5P2WA 4B05A 1LF2A 1A94A 3EKYA 4PZXA 3LZSA 5OZFA 4Y57A 4Y4WA 3ZKQA 1D4SA 4Y4AA 3TPRA 2WEDA 3VV6A 1FQ4A 2RENA 4A6CA 2A4FA 4DJXA 1SIPA 3SACA 3PI5A 5P5XA 5P82A 3BVAA 2CENA 2VJ7A 2ER6E 3GI5A 3UQXA 1IZHA 5P00A 4APEA 5P08A 5P42A 3I25A 5DQ2A 2Q11A 4I0IA 2FS4A 2HC0A 3FNTA 5P6BA 2I4DA 1GVTA 5P6TA 3I6OA 2OHPA 4B00A 3VG1A 4Y53A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CKU A;  5OZB A;  5DQC A;  4APR E;  2FXD A;  3SA6 A;  2QI5 A;  2BPX A;  4QJ7 A;  3NU4 A;  2WF0 A;  1UH8 A;  4LHH A;  2ER9 E;  1MT8 A;  3OXV A;  1HVR A;  5P0Q A;  5P88 A;  1PRO A;  3NDU A;  3KMY A;  3Q5H A;  1ODY A;  1HEG E;  2HAH A;  4Z4X A;  4Y3R A;  4RYC A;  3TPL A;  5OZW A;  4CPR A;  5P0C A;  1E5O E;  2ZDZ A;  1Z8C A;  3GW5 A;  2VIJ A;  3FV3 A;  4J54 A;  2QNN A;  2PK6 A;  1D4H A;  2G1S A;  4GMI A;  1HVS A;  5ISJ A;  1SDT A;  5P2T A;  4I11 A;  2AZ9 A;  4J0V A;  3GGV A;  5P3G A;  5P0I A;  3O9E A;  3S7M A;  2Q5K A;  3KFR A;  3L58 A;  5P0M A;  5ISK A;  2B7F A;  3NDW A;  1SGU A;  3IXO A;  5SY2 A;  2RKF A;  5P1E A;  3LNK A;  4F73 A;  1E80 E;  4NJT A;  5P8I A;  5CLM A;  2QMG A;  3WB5 A;  1T6G A;  2R43 A;  4ZSM A;  3SKG A;  1A9M A;  4LC7 A;  3PMY A;  2QI3 A;  1AM5 A;  1EPQ E;  2WEA A;  2O40 A;  4YD5 A;  3CYX A;  1K1U A;  3SAA A;  5P7B A;  5P5P A;  3ZMG A;  1K6P A;  3JVY A;  5F00 A;  5P2C A;  4Y38 A;  5P7C A;  4Y4J A;  5BS4 A;  5P39 A;  1MTR A;  5P1S A;  2V00 A;  5P0V A;  1EC3 A;  5OZO A;  5P3P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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