2NXLA

Structure of hiv-1 protease d25n complexed with the rt-rh analogue peptide gly-ala-glu-val-phe*tyr-val-asp-gly-ala
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nxlA00
2I1AA 4HVPA 5OZCA 3S53A 2Q11A 5P7GA 1RQ9A 5P2CA 3VFBA 4YDFA 1YTGA 3Q6YA 1KJ4A 4FM7A 5P4VA 3B7VA 1SIPA 2Q54A 3ECGA 1BAIA 4L7GA 5P85A 4IVSA 4BEKA 1B6LA 4I0IA 5P3MA 1ZPAA 1BIMA 1JLDA 5P6EA 4D88A 4YE3A 3KDDA 1HPVA 3O9BA 3ZPSA 2CEMA 1T7KA 4Y4BA 4Y5CA 4FGXA 3UDKA 4FAEA 1A9MA 2FIVA 1EBKC 4J1KA 2BPZA 1UH9A 5P6OA 5P8AA 5P4YA 2XFIA 5P0BA 5P45A 2PYNA 4EJDA 3QIHA 4Y3WA 4ZSPA 1D4KA 1SBGA 3K5DA 4APEA 5P3RA 5P2DA 5AHBA 5ISJA 5P6SA 3JW2A 4RVIA 1FF0C 2FXEA 4KB9A 4Y56A 4Y5PA 3NR6A 2AZBA 4YCTA 1F34A 4Y4UA 5OZDA 5P44A 3TL9A 5KQXA 2AZ9A 1MERA 3UQUA 3KFRA 3NYGA 5KR8A 1APTE 2BKTA 3INEA 1LYWA 2R5QA 3PEPA 1SDTA 3ZKMA 3O9CA 5P08A 5P5JA 3KFNA 4ZEAA 3L5BA 4JP9A 5P35A 4J5JA 5DQCA 5CLMA 1OHRA 5DR4A 2IGYA 2XYEA 5AHCA 5P3DA 2FS4A 5P6KA 4CPQA 4Y3XA 5P1KA 5P0EA 5HDZA 5P2BA 5P10A 1ZSFA 5HU1A 1FMXA 3PWWA 3ZKXA 5EZXA 2ZJIA 4ACUA 5P5SA 3OQDA 5P5PA 2QD7A 3SPKA 1BDLA 4Q1WA 3M9FA 5C9FA 2AVSA 4EP2A 4HDBA 3O9HA 1EPLE 2OHQA 3HW1A 4DH6A 1BV9A 1RV7A 5P6UA 1HVRA 2NR6A 4X2LA 3GGXA 5P42A 2UY0A 1FMBA 3OU4B 4MC6A 5P1WA 5P3XA 4J0ZA 4Y58A 4A4QA 2R3WA 3T7XA 3O9EA 1KJFA 3UQXA 4JECA 4DJWA 4Q1XA 2B8LA 1XL5A 5P4PA 2UPJA 3I8WA 2AVMA 4J1CA 4I0EA 5KQFA 5P68A 2Q64A 5P3FA 4HZTA 2PWRA 5P3AA 5P5IA 4Y5LA 3EKQA 3S2OA 4FSLA 5OZGA 2O40A 1LZQA 5P36A 5P1BA 1U8GA 1D4HA 3TPLA 4Y51A 2R3TA 3PBZA 1IVPA 4NPTA 5OZBA 5OZWA 2J9JA 5P2JA 4JPCA 2JJJA 2V11C 5P13A 1VIJA 1T3RA 3QBFA 5P78A 5OZ7A 5OZSA 3NWQA 1META 5I3XA 4GIDA 3D91A 3KYRA 1FQ4A 1OEXA 2R9BA 3QP0A 2PSVA 4HA5A 3VLBA 5DR7A 5P2EA 1HXBA 5APRE 1FFIC 3IGBA 3T7QA 4YA8A 5P28A 5P1AA 2BPXA 4J17A 3GW5A 2BJUA 1HOSA 5P2IA 4YD6A 4CKUA 3FSMA 4GJBA 5P0OA 2OHLA 1IZIA 1HEFE 4OC6A 4Y5KA 4RZ1A 2NNKA 2ZHUA 1PPKE 2PC0A 2G21A 4RVJA 5P7ZA 1WBKA 1E5OE 3D1ZA 1LS5A 5E5KA 1W5VA 2AVVA 4H3FA 5JFPA 2ZJKA 2IDWA 5P7UA 5P0CA 1FQ6A 4B00A 4HDPA 2F3EA 5P2UA 3L59A 3OUDA 5OZ3A 3EXOA 3IA9A 3EL0A 4UPJA 4F75A 4Y45A 1BVGA 1FMUA 5P1SA 2ZJMA 5P4UA 4Y36A 1TZSA 4I11A 3PI5A 5OYWA 5P71A 3K4VC 1D4IA 3K5CA 3VCMA 1EPNE 4PEPA 3OU1B 7HVPA 4Y44A 4EP3A 5DR3A 2XYFA 5P4RA 1FEJC 1W50A 2ASIA 1DMPA 5P8VA 2OHSA 2PK5A 5P5FA 5OZVA 5OYRA 3BVAA 3CKPA 1BBSA 1WBMA 1FQXA 1MT9A 2P3AA 3PMUA 4PHVA 1CPIA 5OZNA 3AIDA 2PQZA 3S8IA 3K4VA 4Z2ZA 5OZQA 3PLLA 2RENA 1HTGA 5KOSA 3R0YA 4Y4JA 4LHHA 2G1RA 4OBZA 4FSEA 1ER8E 2FLEA 3LIZA 2F3FA 4EQJA 1AVFA 4B78A 3U6AA 3MSLA 2NMZA 3CKRA 4FRSA 5OZHA 1A94A 3HD8A 3OGPA 1W5XA 4ZSRA 4J0YA 3RSVA 5OZ5A 5P7YA 4HE9A 4OBKA 4LL3A 5P0GA 1IDBA 3HZCA 9HVPA 4DQGA 3DJKA 2AOIA 4DUSA 4I0ZA 5P3ZA 4NPUA 1YT9A 3SA7A 1C6ZA 4L7HA 1NH0A 4CP7A 5COKA 4AA9A 3S43B 6UPJA 5P4JA 3DM6A 1NPAA 5HDVA 4Y3GA 3PLDA 4AMTA 1EPRE 3O9LA 2V10C 4YOAA 5HDXA 3PCWA 5P66A 5P18A 2I4UA 3NU4A 4J55A 3VF7A 5P83A 5KAOA 1ZP8A 4ER2E 2QI6A 3CKTA 1K6PA 5P46A 2IENA 4YHQA 2I4VA 1EC2A 2OAHA 1XL2A 4D8CA 5OZYA 3TOFA 2Q55A 5SY2A 1LYAB 3OHHA 1HTFA 5P31A 3SAAA 4PYVA 3NUOA 3VV8A 3DV5A 5P6YA 3FX5A 4FLGA 5P6PA 1SGUA 5P3QA 2O4SA 1Z1RA 1YG9A 3UQPA 5P0MA 3APPA 1W5WA 2NXMA 4Y3HA 4MC2A 1PSNA 4Q1NA 5P30A 3KN0A 2F80A 4Y9WA 3RTHA 2QMFA 5ER1E 5BRYA 1KJ7A 1LYBA 3IXJA 5P1UA 3EL1A 2ZJLA 5P0JA 4Y47A 2VIJA 1PPME 4TRWA 5P0FA 4R8YA 2QU2A 4ZSMA 5P7HA 3SACA 4L6BA 4DJQA 3LITA 4GMIA 5P2MA 5P6RA 1GVUA 5P1YA 5P26A 4RCEA 1T7JA 1APWE 2B8VA 5P2VA 5I3VA 5P0UA 5P02A 3BRAA 5P4HA 4MC9A 5P7PA 3GI5A 3UFLA 5P5YA 1A8KA 2APRA 5P63A 5P72A 1OEWA 5P62A 1HTEA 5P8EA 1HRNA 1PROA 2QNPA 3NWXA 2QMPA 2O4NA 3VSWA 5P5NA 1HSIA 1FKNA 4AA8A 4B1EA 2WEAA 1XN2A 5JFUA 5P1GA 5P49A 1EEDP 4COEA 2QP8A 5P20A 3EKTA 5P3BA 5P34A 5P58A 4Y4XA 1K6TA 2RKFA 3QROA 4Y3MA 4GJ9A 5P69A 2WF3A 2ZHVA 5P3JA 4Y5EA 4QGIA 5P2KA 4DI2A 1LYWB 2G69A 2BBBA 2BKSA 4ZLSA 5P2QA 5I70A 4Y6MA 3KT5A 5OZJA 4Y54A 3S7MA 3VG1A 4LBTA 5OYXA 3I7EA 2G1YA 2AVOA 5P7EA 1LF2A 3OXWA 4Y53A 4APRE 2P3DA 4Y50A 3ZLQA 5HCTA 5HDUA 4B0QA 5HU0A 1IDAA 4ER4E 3NXNA 4DFGA 4GJ7A 5P75A 4K9HA 3I2LA 1KJGA 3QVIA 5IVRA 5OYQA 5P3GA 3LINA 3VUCA 5OZPA 4M8XA 5P6DA 2OHTA 3NXEA 3UDYA 3G72A 4OBHA 3MXEA 4F73A 5OZKA 4ER1E 2G27A 5KQYA 1EPME 1MTRA 1BWBA 5OZZA 3KF0A 4DJXA 4Y3ZA 5P7SA 3S45A 5OZ2A 2F81A 4Y3RA 1T6EX 2ZHRA 2WF1A 4EHCA 5OZ1A 3WZ8A 5P0YA 3VV7A 3URJA 4E43A 1SMEA 2G1SA 2QI3A 1ODWA 3VYDA 2VJ6A 3WZ6A 1K2CA 5P5UA 5I3WA 3INHA 3HBOA 3NDTA 1TSUA 5P2AA 4RGHA 1M4HA 3OQAA 2JXRA 4J1FA 3KFPA 3PM4A 5P3CA 2AVQA 4NKKA 4ZE6A 4LXKA 4OD9A 3OU3A 3MSKA 1FG6C 3LPJA 5P5LA 3L3AA 1K6CA 4IVTA 5P4LA 1MPPA 3LZUA 4LC7A 5P6AA 3K5FA 3VEUA 2J9JB 2QHCA 3PWRA 5P2YA 2AOJA 1LEEA 2V12C 1AJXA 2Q3KA 1HTRB 1RNEA 5OZFA 5P76A 5IE1A 3PSGA 5P2NA 1EAGA 4OBFA 1KJHA 5P51A 1DPJA 5ENMA 5P27A 3R2FA 5P5AA 4K8SA 4EYRA 5P5VA 5HVPA 5P4QA 4DJPA 3QRVA 1TCXA 3QVCA 3LZYA 1HHPA 2B7ZA 2O4LA 3KM4A 5P5KA 3EL9A 5SXNA 3TKWA 2QI1A 5P8IA 3ER5E 1XE5A 5P3KA 3INDA 5DQ2A 1MT8A 2B42A 4Q1YA 4OC6B 2G22A 4GJ5A 5P1NA 1HVIA 4M8YA 4EQ0A 5P11A 4S1GA 1M43A 2VIZA 2ER0E 2V13A 3ZMGA 1IVQA 5P8QA 2G24A 5HE7A 5P1LA 5DGUA 3MWSA 5P4NA 2ZJJA 2Z4OA 1ZSRA 2NMYA 4AZYA 3OUDB 2FMBA 5P3HA 3RTMA 1ENTE 5P86A 3OUAA 4Y3QA 3LIVA 4ACXA 1G2KA 4YD5A 4JOOA 3SKFA 2P3BA 5P1HA 5OZAA 5P3EA 1FGCC 3G70A 3GGVA 2P83A 2QHZA 2WF4A 5P88A 5P2LA 5P17A 2QMGA 2NTRA 2BQVA 5P7KA 1PSOE 4Z22A 4I0GA 3EM4A 3BC4A 5P07A 2ZYEA 4GJAA 4LXMA 3UF3A 3SA3A 4GJ8A 1XS7D 1A30A 5P53A 1ODYA 1DAZC 3OXXA 3WB5A 1EPOE 4B1CA 2PSGA 1VIKA 4Y39A 5OYZA 1HIIA 5P32A 1LF4A 3SA4A 2FDEA 4OBZB 2PH8A 5OZOA 5P4XA 3ZOVA 1SIVA 3EL5A 5P3UA 5P84A 1EPQE 1F7AA 2HIZA 1Q9PA 1GKTA 2HS2A 5P3YA 3K1WA 5P5ZA 5P81A 4DJUA 4XX4A 1HEGE 3RVIA 2B7FA 6FIVA 5P1RA 3DCKA 2R5PA 3NDWA 2AOEA 5P1JA 5P2RA 1DIFA 5KR0A 4Z4XA 5P4DA 1CZIE 5P0WA 1UH8A 5P8GA 3ZPUA 4YBIA 3ST5A 3SA5A 4QLHA 5P6IA 3WZ7A 3TLHA 2BPWA 5P1TA 4YBFA 2ZGAA 5P1FA 2IQGA 3KT2A 2I4DA 2F8GA 3L58A 3UQRA 3O9LB 5J25A 1K1TA 2CENA 3H5BA 3VV6A 1D4LA 3MSJA 3D1YA 1Z8CA 3FNUA 3S56A 2A4FA 5AH8A 3EMYA 2XFKA 5P6TA 5P4FA 2VA5A 5P6CA 4A6BA 5P6JA 4CPUA 5P3SA 4Y3EA 1T6GA 1TSQA 5IS4A 2IRZA 4FAFA 1A8GA 1SGZA 3HAUA 3IN4A 3PSYA 3DUYA 1W5YA 5P38A 3JVWA 4CPRA 1D4SA 4QJ9A 2V00A 4I0JA 4R93A 5OZEA 2QD6A 5P4ZA 4I1CA 3A2OA 5AH7A 3UFNA 1MESA 1EC3A 3R0WA 5AHAA 3T11A 1E82E 4Y3AA 5P7NA 5COPA 1LYBB 3OTSA 2IL2A 3RU1A 4FCOA 5AGZA 3IN3A 1M0BA 3OAGA 1BXQA 4U8WA 1BXOA 3LIYA 5P8FA 5P52A 2HB2A 2ZJHA 4J0TA 3EBZA 1DP5A 1GNNA 5DR0A 3CICA 5P1XA 1MIQA 4CMSA 4FM8A 1DW6C 3FNTA 5JG1A 1AJVA 3PHVA 5DQ5A 5COOA 3Q5HA 5P37A 3NDXA 5P24A 1XN3A 5KR1A 3PJ6A 4J1HA 1IZEA 1NSOA 5HE5A 5OZ0A 3VFAA 1SP5A 5OYSA 4FRKA 2A1EA 5P6MA 5P8CA 1HPXA 3APRE 4Y5AA 3PGIA 1ZLFA 2MIPA 4RRNA 2QK5A 5P5HA 3IVHA 3BHEA 1QRPE 4F76A 1QS8A 5P3LA 3EL4A 4Y3NA 2QZKA 4Y4ZA 4J1EA 2QD8A 1B6JA 4BELA 2QI5A 2H6SA 1HVHA 2HC0A 4DPFA 3OUCA 4X7IA 3ZKQA 5P64A 3DV1A 3PMYA 4PZXA 3GI0A 4LXAA 1EBYA 2Q15A 5P50A 5P74A 3L5EA 5P8JA 3TH9A 1C70A 5P04A 5P6VA 2HS1A 5P3WA 5P1EA 3OADA 5OZUA 5P5OA 5P2SA 5P60A 3VF3A 1IZDA 4DV9A 4OBDA 5P5QA 6APRE 4Y5BA 5P70A 5P00A 1B6PA 1IIQA 3HVGA 3VLAA 3G6ZA 5P7LA 3OTYA 2QI0A 3OQ7A 5P3TA 2IKUA 1AIDA 4RCFA 1TQFA 5P2GA 1AXAA 2V0ZC 2QAKA 5P0TA 5P7IA 1BDRA 3SABA 2VKMA 4BFDA 2IGXA 3FIVA 5P4SA 2QZXA 8HVPA 3SA6A 5P25A 5HD0A 3VF5A 1FQ7A 3Q70A 3ZPTA 3D1XA 5P2FA 2FDPA 2FGVA 5P2XA 5P39A 2J9KA 4NJTA 3BUHA 5SY3A 1EBZA 4RLDA 2QZLA 2I4QA 1MEUA 4ZSQA 1GNOA 3NDUA 3S85A 4TVGA 3OQFA 2JJIA 3PWMA 1ZTZA 5P8HA 2AODA 3SO9A 5P05A 3O9AA 3SKGA 2P3CA 2O4KA 4Y4GA 1APVE 4RROA 4Y37A 1LF3A 3PB5A 2ANLA 4H3GA 1SDVA 3QBHA 5OYTA 2NXLA 5P61A 1SH9A 4OD9B 4Y3FA 4RYGA 5P19A 3U7SA 3MXDA 1HVKA 3OWNA 1HVJA 3SA8A 2NXDA 4EPJA 1G35A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I1A A;  4HVP A;  5OZC A;  3S53 A;  2Q11 A;  5P7G A;  1RQ9 A;  5P2C A;  3VFB A;  4YDF A;  1YTG A;  3Q6Y A;  1KJ4 A;  4FM7 A;  5P4V A;  3B7V A;  1SIP A;  2Q54 A;  3ECG A;  1BAI A;  4L7G A;  5P85 A;  4IVS A;  4BEK A;  1B6L A;  4I0I A;  5P3M A;  1ZPA A;  1BIM A;  1JLD A;  5P6E A;  4D88 A;  4YE3 A;  3KDD A;  1HPV A;  3O9B A;  3ZPS A;  2CEM A;  1T7K A;  4Y4B A;  4Y5C A;  4FGX A;  3UDK A;  4FAE A;  1A9M A;  2FIV A;  1EBK C;  4J1K A;  2BPZ A;  1UH9 A;  5P6O A;  5P8A A;  5P4Y A;  2XFI A;  5P0B A;  5P45 A;  2PYN A;  4EJD A;  3QIH A;  4Y3W A;  4ZSP A;  1D4K A;  1SBG A;  3K5D A;  4APE A;  5P3R A;  5P2D A;  5AHB A;  5ISJ A;  5P6S A;  3JW2 A;  4RVI A;  1FF0 C;  2FXE A;  4KB9 A;  4Y56 A;  4Y5P A;  3NR6 A;  2AZB A;  4YCT A;  1F34 A;  4Y4U A;  5OZD A;  5P44 A;  3TL9 A;  5KQX A;  2AZ9 A;  1MER A;  3UQU A;  3KFR A;  3NYG A;  5KR8 A;  1APT E;  2BKT A;  3INE A;  1LYW A;  2R5Q A;  3PEP A;  1SDT A;  3ZKM A;  3O9C A;  5P08 A;  5P5J A;  3KFN A;  4ZEA A;  3L5B A;  4JP9 A;  5P35 A;  4J5J A;  5DQC A;  5CLM A;  1OHR A;  5DR4 A;  2IGY A;  2XYE A;  5AHC A;  5P3D A;  2FS4 A;  5P6K A;  4CPQ A;  4Y3X A;  5P1K A;  5P0E A;  5HDZ A;  5P2B A;  5P10 A;  1ZSF A;  5HU1 A;  1FMX A;  3PWW A;  3ZKX A;  5EZX A;  2ZJI A;  4ACU A;  5P5S A;  3OQD A;  5P5P A;  2QD7 A;  3SPK A;  1BDL A;  4Q1W A;  3M9F A;  5C9F A;  2AVS A;  4EP2 A;  4HDB A;  3O9H A;  1EPL E;  2OHQ A;  3HW1 A;  4DH6 A;  1BV9 A;  1RV7 A;  5P6U A;  1HVR A;  2NR6 A;  4X2L A;  3GGX A;  5P42 A;  2UY0 A;  1FMB A;  3OU4 B;  4MC6 A;  5P1W A;  5P3X A;  4J0Z A;  4Y58 A;  4A4Q A;  2R3W A;  3T7X A;  3O9E A;  1KJF A;  3UQX A;  4JEC A;  4DJW A;  4Q1X A;  2B8L A;  1XL5 A;  5P4P A;  2UPJ A;  3I8W A;  2AVM A;  4J1C A;  4I0E A;  5KQF A;  5P68 A;  2Q64 A;  5P3F A;  4HZT A;  2PWR A;  5P3A A;  5P5I A;  4Y5L A;  3EKQ A;  3S2O A;  4FSL A;  5OZG A;  2O40 A;  1LZQ A;  5P36 A;  5P1B A;  1U8G A;  1D4H A;  3TPL A;  4Y51 A;  2R3T A;  3PBZ A;  1IVP A;  4NPT A;  5OZB A;  5OZW A;  2J9J A;  5P2J A;  4JPC A;  2JJJ A;  2V11 C;  5P13 A;  1VIJ A;  1T3R A;  3QBF A;  5P78 A;  5OZ7 A;  5OZS A;  3NWQ A; 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 3NUO A;  3VV8 A;  3DV5 A;  5P6Y A;  3FX5 A;  4FLG A;  5P6P A;  1SGU A;  5P3Q A;  2O4S A;  1Z1R A;  1YG9 A;  3UQP A;  5P0M A;  3APP A;  1W5W A;  2NXM A;  4Y3H A;  4MC2 A;  1PSN A;  4Q1N A;  5P30 A;  3KN0 A;  2F80 A;  4Y9W A;  3RTH A;  2QMF A;  5ER1 E;  5BRY A;  1KJ7 A;  1LYB A;  3IXJ A;  5P1U A;  3EL1 A;  2ZJL A;  5P0J A;  4Y47 A;  2VIJ A;  1PPM E;  4TRW A;  5P0F A;  4R8Y A;  2QU2 A;  4ZSM A;  5P7H A;  3SAC A;  4L6B A;  4DJQ A;  3LIT A;  4GMI A;  5P2M A;  5P6R A;  1GVU A;  5P1Y A;  5P26 A;  4RCE A;  1T7J A;  1APW E;  2B8V A;  5P2V A;  5I3V A;  5P0U A;  5P02 A;  3BRA A;  5P4H A;  4MC9 A;  5P7P A;  3GI5 A;  3UFL A;  5P5Y A;  1A8K A;  2APR A;  5P63 A;  5P72 A;  1OEW A;  5P62 A;  1HTE A;  5P8E A;  1HRN A;  1PRO A;  2QNP A;  3NWX A;  2QMP A;  2O4N A;  3VSW A;  5P5N A;  1HSI A;  1FKN A;  4AA8 A;  4B1E A;  2WEA A;  1XN2 A;  5JFU A;  5P1G A;  5P49 A;  1EED P;  4COE A;  2QP8 A;  5P20 A;  3EKT A;  5P3B A;  5P34 A;  5P58 A;  4Y4X A;  1K6T A;  2RKF A;  3QRO A;  4Y3M A;  4GJ9 A;  5P69 A;  2WF3 A;  2ZHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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