2NXMA

Structure of hiv-1 protease d25n complexed with the rt-rh analogue peptide gly-ala-gln-thr-phe*tyr-val-asp-gly-ala
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nxmA00
2WEZA 3DM6A 5FIVA 5SZ9A 5P0XA 1FQ7A 1SDTA 3LIZA 3VYDA 3R1GB 1SIPA 4PZXA 1A94A 2OHLA 3I25A 5P24A 4I8ZA 5P61A 4WY1A 2J9KA 2Z4OA 2WL0A 4LXAA 4PEPA 4R95A 4X2LA 5P5WA 1EPLE 4JOOA 4N00A 1HVKA 3SM2A 2B8VA 3WSJA 5P5NA 3EKXA 1A8GA 5KQYA 2G1NA 3UF3A 2P4JA 5P17A 1EC3A 2VNNA 4YD5A 5SXNA 2HPFA 3VF5A 5P2MA 1VIJA 3QPJA 5P3HA 4DJOA 2NPHA 4Y9WA 5OZ3A 1B6LA 1FQ6A 1LYWA 3GGUA 5OZBA 3KT5A 1BWAA 1B6PA 5IVQA 3HVPA 3NU4A 4Y39A 3NWXA 5P5OA 4I8WA 3KMXA 5P08A 5P3IA 3QROA 4WY6A 5P16A 5P2JA 5P7XA 3LZVA 4ZLSA 3K5FA 1SMEA 3K5CA 4RCEA 4Y45A 2FXEA 4K4RA 4FAFA 4CPRA 2HPEA 2WEDA 3UQPA 3EC0A 4J1HA 3BGBA 3OU4B 2ZHSA 5P6WA 3T11A 4Y3FA 2V0ZC 4R5NA 5KQZA 4XXSA 3ST5A 5P3GA 5HDVA 1RQ9A 5OYQA 1F7AA 2APRA 4Y5EA 5P22A 3CMSA 1XL5A 3CYWA 4Y3TA 3UDQA 5P8PA 2IDWA 1G35A 2ZJHA 3QAAA 3QI1A 2P3BB 4B00A 3ZPSA 2QD8A 4GMIA 1Z1RA 2AOHA 5OZZA 1FQ8A 5DQ5A 5P23A 2QNNA 3SM1A 2Q55A 5P6UA 2Q5KA 4CPXA 1C70A 5HDXA 2ZHVA 2Q63A 1LYBB 4GIDA 4Y58A 3R2FA 5P4NA 5P4LA 1EBKC 2V11C 5P4GA 1EBYA 3UPJA 3OXXA 5P2VA 3OOTA 1K1UA 3UQXA 1Q9PA 4A6BA 4EJ8A 1EBWA 4XKXA 1T7IA 4I0GA 3NXEA 3ZPUA 5DR8A 4EYRA 1APWE 5SY2A 4J55A 5OZNA 4FLGA 3GGAA 4Y4GA 5P6DA 5P6NA 3D1YA 7HVPA 5P7SA 1BILA 3T3CA 3FIVA 1RNEA 5P0WA 1T7JA 5P5DA 1LF3A 4Y44A 3ZOVA 2Q54A 2A4FA 2V10C 5P7JA 3UHLA 3VF3A 5P2YA 4Y3YA 3RU1A 5DPZA 6FIVA 3O9GA 1ZPKA 5P3KA 4Y3PA 5C9BA 5P5MA 1FMBA 3K5GA 2FMBA 3HDKA 5KOQA 5OYXA 4NKKA 2F3KA 4J0PA 2QU3A 5P5RA 2H6TA 1G2KA 1GNNA 1IVPA 1HSHA 5P5AA 5P0UA 3S43A 3SA9A 3ZPTA 2O40A 3O9LA 3OQDA 5P6BA 1XN3A 5DR0A 3OTYA 1VIKA 5P2AA 1MEUA 4KB9A 3BHEA 1M43A 3TPRA 5P7GA 3NU9A 3NXNA 2AVQA 4YD3A 5P77A 5OZ4A 5P1AA 1HXBA 5P7HA 2QD7A 5P3OA 2Q11A 4B77A 1MT8A 5P8UA 2B7ZA 1WBKA 3SKGA 4DI2A 3EKVA 5P0LA 3R0YA 2XFIA 1GKTA 5OZWA 1LZQA 5P51A 4Y47A 3VV8A 3EM4A 5P5GA 3OOZA 4K8SA 4RRSA 1UH7A 4NJVA 4HE9A 5KOSA 1RPIA 1HEFE 4H3GA 5P4AA 5P7NA 1HVHA 3K4VA 3PCWA 3SAAA 5P0PA 4I0DA 2R43A 5P87A 2OF0A 3VSWA 4AUCA 4LL3A 1K6PA 5P54A 3S56A 2I4UA 5OZAA 5OYWA 1SGZA 2ZJMA 3L5BA 1FQXA 3GI6A 5HCOA 1DW6C 1WBMA 2QNQA 4FS4A 2QZKA 2OHQA 3OU1A 2RKFA 5P13A 5P4FA 5P7WA 4R92A 5P5ZA 4AA9A 4DH6A 3H0BA 5P7AA 1K2BA 5BS4A 4FM6A 5P4SA 5C9FA 2J9JA 1APUE 5UPJA 2QI3A 3MXDA 9HVPA 5P2KA 5P7EA 5P0EA 4J1FA 5P07A 4OBZA 4PPHA 4I1CA 4OBGA 5P1LA 5P6TA 4LBTA 5P8CA 4RROA 1LYAB 3OXCA 4LAPA 2ER6E 5OZIA 4FSEA 1G0VA 1SH9A 5P15A 5P3JA 4Y3HA 3BVAA 4Y41A 3OGQA 5P48A 3G72A 5P36A 1GVTA 3URJA 4CPQA 5DQ1A 3CIDA 1K2CA 1YG9A 3OXVA 3IGBA 2ZJNA 2QMFA 5P5VA 4L1AB 1BDRA 1FF0C 3PVKA 5P38A 2HB4A 4Z50A 1HHPA 1T7KA 2O4SA 4ZSRA 5P3FA 4D83A 2HB2A 5P8SA 4H1EA 4ER1E 3JVYA 4Y43A 4F73A 3LNKA 5IS4A 5IVSA 5P1JA 5P8IA 1HRNA 5P65A 2Q3KA 1UH9A 4ZSMA 3SA5A 2AIDA 1EPQE 5DQ4A 5P70A 1APTE 1D4YA 3GI0A 4B1EA 4BEKA 4J0ZA 5P4XA 2B42A 4Y5MA 3VSXA 2BPWA 4FM7A 3FNSA 2VS2A 3O9EA 3O9BA 4AZYA 5P4DA 5P2SA 1FB7A 2QHZA 1HVRA 6UPJA 3T7QA 4E43A 1D4HA 2G20A 1BV9A 1DP5A 4H3JA 5OZOA 5OZMA 1FMUA 3UFNA 3UDPA 1EPME 5P10A 2ZHUA 5P05A 4Q1XA 4DJPA 4OC6A 1ER8E 3PEPA 5HU0A 4I12A 5P1MA 5P57A 3MSJA 3I7EA 4B78A 3EL4A 3EXOA 1LYWB 3EM3A 5P1BA 2JXRA 5JODA 1XS7D 3DOXA 5P2UA 3KMYA 3CICA 4DPIA 5P6CA 4PHVA 4EXHA 4EP2A 1D4LA 4Y5CA 5P6QA 1ZBGA 3HD8A 3LITA 2VKMA 4GJ5A 1GVWA 3PWMA 4B70A 1QBSA 5P20A 5P6JA 3B80A 4D88A 5F00A 3I2LA 2NR6A 1NPWA 2BBBA 5P5QA 3TLHA 3LIYA 4MC1A 3UDYA 5IE1A 1MVPA 5P7LA 5AHBA 4CPTA 5P4ZA 5P6YA 1MRWA 2IRZA 1IBQA 4DQEA 3GW5A 5P7YA 2G94A 4Y3DA 2QZXA 2ZJIA 5P5KA 2V00A 1PPKE 3WZ6A 3TPLA 4PYVA 5P4EA 5P7BA 3S45A 1A9MA 3QP0A 5P4BA 5P7FA 1IZEA 3IA9A 1EPRE 1B11A 5P25A 3ZKIA 5P5YA 4EJKA 1OEWA 3OK9A 4NJUA 3SO9A 3NU6A 3EL1A 4RCDA 3PSGA 5P2QA 1AM5A 3IVHA 5P3EA 2I0DA 1TCXA 1IIQA 2ZJJA 5OYRA 4B0QA 3Q3TA 5OZQA 4J54A 3TKWA 1QS8A 4EJLA 5P19A 4R93A 5OZSA 2RENA 3G6ZA 3PLLA 5P41A 5P85A 4FAEA 5OZDA 3WZ8A 5P2XA 1AVFA 3IXJA 3TTPA 2WF3A 5P2CA 5P4CA 2VIYA 5P5TA 2RMPA 3DJKA 1XE5A 2ER7E 1HVJA 1XDHA 3CKRA 2CEMA 7UPJA 4TVHA 3UCBA 5P8BA 5CONA 2ANLA 3ER5E 2QD6A 3U7SA 4D89A 4M8XA 4MC2A 3TOGA 5OZXA 5P4HA 5P0VA 2VA7A 3SA4A 2PC0A 3RTMA 5I70A 5P03A 1PPLE 1QBTA 5P8RA 3S43B 1W6HA 1BIMA 3O9LB 4Y35A 4Y3MA 3M9FA 4I0ZA 5P3ZA 2VJ6A 5JFUA 1K1TA 3NU3A 4DJQA 4CP7A 1FKNA 3HLOA 4ACUA 4DQCA 4HZTA 2WJOA 1G6LA 4TRZA 5P0KA 5P80A 3CKTA 2QZWA 3F9QA 3SACA 1LEEA 3EKWA 2G22A 3NDUA 2IEOA 2NNPA 4ZIPA 4WTUA 3K4VC 3PB5A 2OHNA 1SBGA 1DIFA 3Q4BA 3NR6A 3NSHA 2JJIA 1CPIA 1B6MA 3S53A 3TPJA 5P6LA 4CKUA 1HPSA 3R4BA 5AHAA 5P3LA 4BELA 1E80E 4Y3LA 3QVCA 5P6RA 3VEUA 5P47A 4Y4DA 1HVSA 3VYFA 1QDMA 2I4WA 3RSXA 1AAQA 4LXKA 3O9HA 2G69A 5P86A 4Y4WA 5P4RA 3PCZA 4AA8A 4CPSA 4GJ8A 5P39A 1BDLA 5P2LA 3OU1B 5P8JA 5E5JA 1GNOA 2NNKA 4DQFA 2G1RA 2QI7A 5JG1A 3WB5A 1MT7A 5P0TA 2J9JB 3SA6A 4DJRA 2BQVA 2VIJA 3OUBA 4LHHA 4JECA 3GGXA 5P40A 3OWNA 4OBZB 4QJ9A 4LXMA 2QMGA 5P3AA 5P3NA 5P0ZA 2BB9A 3ER3E 5P2RA 3KFNA 5HDUA 1D4SA 3OXWA 5OZ1A 4GJ6A 1TW7A 4BFDA 2PSUA 5P3BA 1CZIE 5P6GA 5P8KA 3NUOA 4DJWA 4Y54A 4EP3A 3ZLQA 2XFKA 1ZPAA 5OZYA 4Z2ZA 3LZYA 5P28A 2NXMA 2JJJA 3OGPA 4HLAA 2HIZA 2HB3A 5P02A 4EQ0A 2F80A 5P2NA 5P6EA 3KM4A 5DQCA 4FRJA 4FCOA 2AODA 5P0OA 3VF7A 1B5FA 2FDDA 3PSUA 4KUPA 3INDA 3ZKQA 5P5PA 3BGCA 4QJ2A 3SFCA 1K6CA 5OYUA 1ENTE 3OQAA 4BFBA 5P1HA 2JE4A 5ENMA 5OZEA 1BV7A 3UQRA 2G26A 1QBUA 2WF0A 4DVFA 1T3RA 3LPKA 3O9FA 5ISKA 3S7LA 2AVMA 2HC0A 5P30A 5APRE 1YTGA 5DQ2A 3H5BA 1YM4A 3QS1A 3ZKXA 3EKTA 5CLMA 5P11A 5P81A 3SPKA 2QP8A 1NH0A 1IDBA 4OBJA 3MSKA 3UFLA 4FGXA 1ZP8A 1SP5A 4QJAA 4OC6B 4DJYA 5P2BA 4U7VA 1UPJA 4J17A 1T6GA 1MERA 1C6ZA 2QI5A 4I0FA 4EQJA 3EKYA 2PWRA 1IZHA 2QK5A 5P0DA 3RTHA 5P8EA 3LIVA 1AJVA 5T4SA 3SQFA 4RYGA 1MUIA 4RVXA 5P3TA 4JP9A 2QHCA 2XFJA 4H3IA 4Y4ZA 4YCYA 5P7OA 2FDPA 5P0MA 5P8OA 3FX5A 1UH8A 5P73A 2ZYEA 4FRSA 4K4QA 1M0BA 5P2ZA 3SLZA 4QGIA 4Y57A 1APVE 5EZZA 2WEBA 5P7RA 3UDRA 5OZJA 3Q5HA 4GJBA 2PQZA 3T6IA 4Y4AA 4DUSA 4K9HA 5P26A 2R8NA 5P52A 5P83A 4Y5PA 4DPFA 5P8MA 3EMYA 3GI4A 5P4JA 4OBFA 4Y37A 5P1IA 2Z54A 2PH6A 1TQFA 4FRKA 5P3RA 4F75A 3OY4A 2HAHA 4R91A 5P2WA 5HU1A 5P33A 4Y4UA 4EXGA 4Y4EA 4DV9A 4Y4TA 3OQKA 5P32A 1Z8CA 5I3XA 4I0EA 2BKTA 5OZPA 4Z22A 3KF0A 5P6XA 2PYMA 1FGCC 1MT9A 3S2OA 4Y4XA 1JLDA 5OZRA 5IVTA 4RRNA 3NYGA 3VV6A 5BWYA 5KR0A 5DR1A 1KJHA 3D91A 4J1IA 5P6KA 4ER4E 3HZCA 5OZ9A 4Y3GA 1E81E 4LC7A 3GGVA 5DGUA 2WEAA 2VNMA 5P45A 5DR4A 5P5XA 5P1FA 5KR8A 5P5JA 3LIXA 4DFGA 3KDDA 5P2IA 1EPNE 2PK5A 5P31A 2V16C 1AZ5A 1FG8C 1K6VA 2P83A 3SA8A 5P8FA 3EKPA 5P3CA 2QHYA 1DMPA 1EC1A 3UTLA 2R3WA 4A4QA 4B1DA 2VIZA 4Q1YA 1YT9A 3BRAA 4HDFA 1YX9A 1HTFA 5P4WA 1XE6A 5P4PA 1HPVA 2JYSA 1D4KA 4OBDA 1GVVA 5OZ2A 1HVCA 1W5YA 4CPUA 5HTZA 1FFIC 4ZE6A 3PRSA 1NPVA 3I6OA 2UY0A 2FLEA 1ZSFA 5OZ8A 2O4LA 4APRE 1C6YA 1XL2A 2FNSA 5KQXA 5P50A 4Q5MA 1W5XA 2ASIA 5P89A 4EWOA 3EBZA 3BUHA 3PMYA 5P3SA 3EM6A 1PFZA 1Z1HA 4I10A 5P8TA 3EL0A 1PPME 4IVSA 2MIPA 5P76A 4Y5LA 2VJ9A 4HEGA 4B72A 3FNTA 1ODWA 5P62A 3Q6YA 3BUGA 1TSUA 5P29A 5P3QA 1MTBA 3QBHA 2IGXA 2NMZA 3S85A 1W5WA 5P06A 3IAWA 2PMAA 5P37A 3QRMA 4MC9A 5OZTA 1HVLA 3B7VA 5P46A 5P49A 5AGZA 3OTSA 3D1ZA 5P7CA 4EHCA 2AVSA 2WF2A 4Y5BA 3KFPA 3PHVA 5HVPA 1E5OE 3KA2A 3VG1A 4GZFA 2XYFA 4Y5NA 3IXOA 1MSMA 2G1YA 1HTGA 3UDNA 1EPOE 2AOCA 5P7DA 4ZSQA 4GJ9A 3APPA 4Z4XA 4EPJA 5P1GA 5OZCA 4ZPFA 4ZSPA 3EKQA 5OZ5A 3NDXA 3L5FA 2BJUA 1PSOE 4RLDA 1ODXA 4RYCA 3BXSA 2Q15A 1NSOA 5P8QA 3PGIA 5KQFA 2IENA 3KN0A 2QI1A 3HAWA 2EWYA 5P3MA 1OHRA 1D4JA 3UDHA 4YDFA 5P4QA 5P82A 4DJXA 1E82E 4GJCA 4FM8A 1HOSA 3VLAA 1HSIA 2I4VA 3KYRA 4DQHA 2WF4A 1B5FB 2FS4A 3L38A 2IKOA 2OHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WEZ A;  3DM6 A;  5FIV A;  5SZ9 A;  5P0X A;  1FQ7 A;  1SDT A;  3LIZ A;  3VYD A;  3R1G B;  1SIP A;  4PZX A;  1A94 A;  2OHL A;  3I25 A;  5P24 A;  4I8Z A;  5P61 A;  4WY1 A;  2J9K A;  2Z4O A;  2WL0 A;  4LXA A;  4PEP A;  4R95 A;  4X2L A;  5P5W A;  1EPL E;  4JOO A;  4N00 A;  1HVK A;  3SM2 A;  2B8V A;  3WSJ A;  5P5N A;  3EKX A;  1A8G A;  5KQY A;  2G1N A;  3UF3 A;  2P4J A;  5P17 A;  1EC3 A;  2VNN A;  4YD5 A;  5SXN A;  2HPF A;  3VF5 A;  5P2M A;  1VIJ A;  3QPJ A;  5P3H A;  4DJO A;  2NPH A;  4Y9W A;  5OZ3 A;  1B6L A;  1FQ6 A;  1LYW A;  3GGU A;  5OZB A;  3KT5 A;  1BWA A;  1B6P A;  5IVQ A;  3HVP A;  3NU4 A;  4Y39 A;  3NWX A;  5P5O A;  4I8W A;  3KMX A;  5P08 A;  5P3I A;  3QRO A;  4WY6 A;  5P16 A;  5P2J A;  5P7X A;  3LZV A;  4ZLS A;  3K5F A;  1SME A;  3K5C A;  4RCE A;  4Y45 A;  2FXE A;  4K4R A;  4FAF A;  4CPR A;  2HPE A;  2WED A;  3UQP A;  3EC0 A;  4J1H A;  3BGB A;  3OU4 B;  2ZHS A;  5P6W A;  3T11 A;  4Y3F A;  2V0Z C;  4R5N A;  5KQZ A;  4XXS A;  3ST5 A;  5P3G A;  5HDV A;  1RQ9 A;  5OYQ A;  1F7A A;  2APR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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