2OHLA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with 2-aminoquinoline
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 90
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohlA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohlA02
3OU4B 4L1AB 1HWRA 4PEPA 3EKXA 3QRSA 5OZYA 3PLDA 2P3BB 5AH7A 1PPKE 2PMAA 3NDXA 1HTRB 3S45A 3OQAA 5P0KA 5HTZA 5P2FA 1EPOE 2V16C 1HVKA 2NR6A 5OYQA 1LF4A 1IZIA 4I8WA 3RTNA 5JG1A 1K6TA 2PH8A 1XDHA 2WF3A 3TOHA 3R0YA 5P37A 2G21A 1T7JA 2BPYA 1META 5P41A 4GJ5A 5P6CA 4EYRA 1C6ZA 3NU4A 5P3RA 3L38A 3B80A 5P7WA 1E5OE 3INEA 5P5EA 3SA9A 4I0ZA 2I1AA 1KJ7A 3BGCA 1IIQA 4EXHA 1YTIA 5P7EA 1W51A 1IZDA 2WEBA 2JE4A 5F01A 4RCEA 5I3VA 2MIPA 4F73A 5P7OA 4J1EA 4NJUA 4Y3XA 1FEJC 3DCKA 2I4DA 5OZEA 5OZFA 3JVWA 5P78A 4PPHA 5P1YA 1FQ5A 5C9FA 4BEKA 4GIDA 4Z50A 1Z1HA 5P5BA 1MRXA 5P80A 2QNQA 5B18A 4AUCA 4GJAA 5P36A 4Y3NA 3OADA 5HDXA 2VIYA 5DQ4A 3VCMA 3SAAA 3PSYA 3ZL7A 4I1CA 3VLAA 3VV7A 4DJOA 3RU1A 3UCBA 1M43A 3WSJA 1W50A 3MSKA 2Z4OA 2ER6E 2ZHUA 1MSNA 5P76A 1C6XA 1FMBA 1B6PA 2O40A 5ER2E 4FM7A 5OYVA 5P33A 2F8GA 2PSGA 3SKFA 5DR1A 3CYWA 5P2XA 2QNNA 3DOXA 2OHPA 5P63A 5P3AA 1GKTA 2WF2A 4B70A 2EWYA 3Q6YA 5C9DA 4J0TA 3HDKA 4HLAA 4EQJA 4JPEA 3EM6A 1APWE 1UPJA 3EKVA 5P7TA 3ZKGA 1G6LA 2H6SA 5P1IA 2G1SA 3QRMA 5P5GA 3O9LA 5AHCA 5TOLA 3OUDA 2R9BA 4OC6B 2B7ZA 2V00A 4YDGA 5P4BA 1PSOE 3NWXA 5P4UA 5EZZA 1K1TA 4EJLA 1DAZC 1BVGA 3BUHA 3UDPA 4M8YA 5P86A 3NR6A 1C6YA 2OHUA 3OQ7A 5P3FA 2ZJLA 4Y45A 2HB2A 5OZ3A 5P3GA 3NWQA 1MT8A 3O9CA 2ZHSA 3N4LA 4YOAA 1EPME 2ER7E 5P5CA 3O9DA 5OZ5A 1GVVA 5P5HA 2BJUA 1XN3A 4RVXA 2ASIA 1HVRA 2I0DA 4H3GA 1IVQA 3EKYA 4DUSA 5JFUA 5P05A 1BAIA 2P4JA 4GMIA 5P25A 5P59A 1F7AA 3INFA 4RROA 1GVTA 5OZMA 3SO9A 4DQFA 4DQBA 1XL2A 5P12A 2OHRA 2QU3A 3MXEA 4FM8A 3HAUA 1EC2A 5P4IA 2PWCA 3PMUA 2B7FA 1RPIA 4NKKA 1XE5A 3PEPA 1B6KA 1BXOA 2B60A 4Y3AA 4J54A 5OZUA 5P40A 1HOSA 5P15A 2P3AA 1B6JA 4Y4WA 1HTGA 3UF3A 4YD3A 4D85A 5P81A 3ZPUA 2G1OA 3NU6A 4Y5KA 5P73A 4X2LA 4B0QA 3WZ7A 2I4VA 5OYRA 4B78A 3KFPA 4ZE6A 5OZ9A 1CPIA 5P1PA 3VEUA 4DJPA 5P2JA 4Y3LA 1M4HA 3B7VA 4Y4TA 3K5CA 1SBGA 3BUGA 4Y4DA 2IKOA 5P1QA 3ZMGA 1FQXA 4KE0A 3OAGA 2G94A 5P55A 5P34A 4WY6A 5P2KA 1D4KA 4MC9A 5P0YA 4CMSA 5P0SA 2HS2A 1W6IA 3KYRA 1K6PA 5P67A 5P3WA 1MSMA 3NXNA 2XYEA 4LXKA 4Y5NA 4EWOA 4LP9A 5J25A 5P2TA 3S54A 5P0QA 2AOCA 1ZTZA 3IAWA 5P38A 3UQWA 3MXDA 2QI4A 2HIZA 2R3TA 4J0VA 4Y3MA 4Y5PA 5OZNA 3TPLA 1YTHA 3UDQA 3GGXA 3PJ6A 2QI1A 1HXWA 5P2RA 5P29A 5P4NA 4EPJA 4L7JA 3LZSA 3Q70A 1BBSA 4Y3EA 5P03A 3R2FA 4DJWA 5P22A 5P17A 4HDPA 2Q11A 5P65A 2V11C 5P71A 5P6FA 5DR3A 5P0PA 3KM4A 5P4VA 1RL8A 5P5QA 3ZKSA 3HAWA 2ER9E 3UDNA 4Y3YA 1VIKA 1W5WA 2OAHA 5BRYA 4I10A 2J9KA 3LZVA 1ODYA 2B8VA 1SIPA 3EL5A 2QMPA 5P6QA 3L59A 3QRVA 4ER1E 1NH0A 5P8VA 3PI5A 4J1FA 4OBKA 4XX3A 4EP2A 2NPHA 5FIVA 2Q15A 4H3FA 5OZLA 3OGPA 5P8UA 1KJHA 2R5PA 5P0MA 3T7PA 4L6BA 2IL2A 1HSGA 1NPWA 1AJXA 2ANLA 4DJUA 3O9GA 1BWBA 1A8KA 1EBYA 3K5FA 4Y56A 3VV6A 5P72A 5IE1A 4CPWA 2JJJA 2BB9A 3KFRA 3CKTA 4FRSA 5P1FA 3UFLA 5P3ZA 3TH9A 1HHPA 3FNSA 3UDYA 5OZTA 4J1CA 1FQ7A 4ZIPA 1A94A 3KMYA 3SFCA 3VV8A 1KZKA 4FCOA 1NSOA 2G24A 4Y58A 1IZEA 4GJ7A 5P1TA 3PBDA 1FQ8A 3NUJA 5P8OA 4DJYA 1A9MA 5P6EA 4B72A 1RV7A 4I0JA 1HEGE 1UH8A 4HVPA 2JYSA 3NLSA 5P5VA 2BPZA 4OBGA 3K4VA 3U71A 4QLHA 1BDRA 4BELA 2RMPA 3DV5A 4RVJA 5P08A 2QU2A 5P69A 1D4JA 2IENA 4ZEAA 5P4MA 4X7IA 1RNEA 4Y6MA 4GJ9A 1YTJA 3L5EA 5P2QA 4YCTA 1D4YA 4CPSA 1HRNA 4J1HA 1SGUA 5P20A 1LZQA 3HZCA 1WBMA 5P2HA 1GVXA 1B5FB 5P3YA 3RSXA 4XXSA 4ZSQA 2CENA 2WEDA 3SA6A 2BBBA 1G0VA 5P7XA 2IS0A 4YHQA 4DJQA 4UPJA 2VIEA 5P2ZA 3EKQA 3BVAA 5P6BA 2QD8A 4Q1YA 3PB5A 3RTHA 3SLZA 1HVCA 5P35A 3HLOA 1SDTA 3ZKMA 5P27A 1LYBB 1SMRA 3OU1B 3SA4A 2O4KA 4E43A 2FMBA 5P8LA 5P4HA 3D1YA 5HVPA 3KFNA 5COKA 5P6NA 3OWNA 1HXBA 2FLEA 4OBZB 3FIVA 3QPJA 5P6JA 4RZ1A 4Y5GA 1YG9A 3EM3A 1FLHA 3TTPA 1U8GA 1ODWA 2WF0A 2BPXA 2QZLA 4YOBA 4B77A 1Z1RA 5P5FA 2F81A 3L58A 1DW6C 4L1AA 5P2GA 5P3OA 4K9HA 3R4BA 3VF3A 2ZGAA 5P7GA 3HD8A 3EKWA 5ER1E 3AIDA 4ZLSA 2P3DA 2AVSA 3UDJA 5P58A 5AH6A 5P4DA 3BRAA 4I8ZA 5P07A 5P6RA 1B6LA 2WF4A 5P1JA 2NNKA 4Y3DA 3LHGA 6APRE 4H1EA 5P1LA 1SMEA 4AA9A 4IVTA 5UPJA 4Y50A 2V10C 4HZTA 5P04A 5COOA 5P0EA 2NXLA 5P09A 5P1WA 4DQGA 4Y5CA 5HCOA 2BKSA 2P3CA 2PQZA 4RRNA 4B1CA 5P1BA 2QD6A 1BIMA 5IVSA 3HVPA 1WBKA 3KF0A 2BQVA 1W6HA 1MERA 2ZHVA 1LF3A 1HPOA 2CEMA 5P8MA 1MT9A 4MC6A 1A8GA 5OZQA 2QHCA 5P68A 5P64A 4NJTA 3ZLQA 2RKFA 2ZJHA 5P3MA 5P5YA 1PSAA 2ZHTA 3GGUA 2FDEA 3UDMA 3PBZA 3T3CA 4ZSRA 4I0EA 3OGQA 4OBDA 5OZ2A 1ZPKA 4Y4EA 2VNMA 4YA8A 1HVSA 4J55A 3PI0A 3BXSA 5CONA 4I0DA 5P6TA 2FGUA 5P1KA 5P4ZA 2QI5A 2Q64A 5P0NA 2ZJMA 5P32A 4JECA 5P0HA 3GGVA 5DQ1A 2R5QA 5P8NA 2WF1A 5AHAA 2I4WA 5OYZA 3IXOA 4GJ6A 3N3IA 5P1VA 2APRA 1MT7A 3I2LA 4U8WA 3LZUA 5P6OA 1BXQA 1BDLA 4OC6A 4Y5LA 4HE9A 1TSUA 4OBHA 5P7MA 1OEXA 5P62A 5P0LA 5P4YA 5KQFA 3D91A 4GZFA 1FMXA 5E5JA 3UDKA 5JFPA 5KR0A 4TRWA 3R1GB 3OY4A 5P87A 1SGZA 3NYGA 4WTUA 2QZWA 5DQ5A 1QBRA 5P4EA 3PGIA 2JXRA 1APUE 5OZCA 4CPXA 5P8QA 3I6OA 3KN0A 2QCIA 5SY2A 1BWAA 3PHVA 3LNKA 5P7NA 1LYAA 4Y43A 2ZDZA 5OZ0A 5AH8A 2AOFA 5P5JA 5P18A 4S1GA 3BXRA 4Y38A 5JODA 3URJA 1K6VA 5KR2A 3UFNA 2PC0A 5E5KA 1GNMA 2QZKA 4K4RA 3Q5HA 4QJ9A 5P10A 5P1HA 2B42A 4Y51A 5P39A 1ODXA 2QZXA 1BILA 5P61A 5KQZA 1MVPA 2BPVA 5COPA 1XS7D 1ZPAA 3OXVA 2G1RA 3PWMA 4EQ0A 1GNNA 3LIVA 4R91A 3G70A 5P7HA 4EJDA 3ZOVA 3SQFA 4WY1A 2O4SA 2VA5A 2OHKA 5HCTA 5P7JA 2IKUA 1MPPA 2HC0A 1AM5A 5P1OA 2WJOA 3OUBA 3QIHA 4GB2A 2XFIA 2AODA 5P3XA 5P3HA 3DM6A 5P0WA 2Z54A 4GJ8A 2QD7A 4Y4AA 2QI7A 3VLBA 1MTBA 4XX4A 6UPJA 2WECA 8HVPA 1W5YA 3NDTA 3KA2A 5I70A 1PPME 3KDBA 5P3LA 1ME6A 5P84A 3DCRA 5P7YA 2AOHA 4AMTA 2AZCA 2QI0A 3CIBA 2FNSA 4DJRA 4U7QA 3D1ZA 5P5SA 5I3YA 3OUDB 4FE6A 4Y41A 4Y37A 2WL0A 7UPJA 3NU5A 1T7IA 5P1XA 1YM4A 5P5PA 5P6DA 1HPXA 5HU1A 3G72A 5P0VA 3EM4A 5P3NA 3PCWA 1AVFA 2QI3A 2G1NA 6FIVA 3LPIA 4RVIA 2F3KA 1Q9PA 5P8GA 5KOSA 1SDUA 5DGWA 5P0DA 4DV9A 5KQXA 4TRYA 2F3EA 5P7UA 2VJ9A 1ZBGA 1G2KA 1K2CA 4OD9A 5P2CA 1KJGA 5P2MA 5P3UA 3GW5A 3PM4A 1BVEA 3SACA 5P1CA 3S43A 1HBVA 4Y4UA 2I4QA 4Y5BA 5P1EA 5P0TA 3VYFA 5OZBA 4DQHA 3ZKQA 5P3KA 4Y5AA 2I4UA 5P3DA 3O9BA 5P7CA 5OZWA 4J1IA 4DVFA 1OEWA 4NPUA 4HA5A 3O9FA 4YBIA 2OHTA 5KAOA 1HSHA 3UQRA 1HIHA 4Y3HA 5P0IA 5APRE 2P83A 1ZAPA 2A1EA 3O9HA 5P88A 1SH9A 4AA8A 5P5LA 2O4LA 1CZIE 1HPSA 5OZOA 1TQFA 1QDMA 3UTLA 3IVIA 5P6WA 1B6MA 4RCFA 2AIDA 2J9JA 3BC4A 3O99A 4J0ZA 2ZHRA 5P7SA 4ZPEA 4XKXA 5P1NA 3EXOA 4Y3TA 1NPVA 2VIZA 3SKGA 3Q4BA 4CPTA 1HTFA 4QJ6A 4HEGA 5P8EA 3D3TA 1EPNE 2SAMA 5P7FA 2OF0A 4Y3ZA 5P2YA 2G20A 4Y48A 5OZ4A 5P2OA 1ZLFA 2O4NA 5P6HA 5P8FA 2UY0A 5DR0A 5P3PA 4NJVA 2OHLA 4D89A 3GGAA 5P7VA 5P0AA 2IQGA 4CP7A 3A2OA 3UQPA 2NXMA 3ZKXA 2AZ8A 2FNTA 4I0HA 5OZKA 4DPIA 5P6SA 5P3QA 3HVGA 5P3TA 5P54A 5P70A 1MUIA 3QBHA 5P1DA 1B5FA 5P2IA 4YD5A 2IRZA 5P4AA 4Y4GA 4LXAA 3C9XA 4Y57A 3BUFA 2A4FA 3PRSA 3PMYA 4KB9A 5P4JA 5P3VA 3PCZA 1LYWB 2HS1A 1MTRA 2BKTA 3INDA 3FV3A 4Y53A 1B11A 2VNNA 2CEJA 4Y5MA 1HTEA 3FSMA 5P4KA 3GI4A 5P24A 1LYBA 4YE3A 3OU1A 5P83A 3NDWA 5P1RA 3OHFA 4YDFA 2O4PA 4FSLA 1BV9A 5P14A 4RCDA 4Y3FA 4D8CA 4GJCA 3BGBA 2FXEA 3L5BA 4GYEA 4KUPA 2Q63A 4OBZA 4CPRA 1HVLA 4Q1NA 5P79A 1EEDP 4DJXA 5P7RA 4R8YA 5OZVA 3S7LA 4Y3JA 1EC0A 5I3XA 4Q1WA 1EBKC 4PHVA 3MWSA 4A6CA 3PLLA 4EJKA 4Y3QA 4I0FA 4ACXA 5OYXA 4FLGA 3I8WA 1W5VA 2I0AA 5P8TA 4Y47A 1QBSA 1LV1A 1NPAA 2QHZA 3KFSA 5P0ZA 1G35A 1CMSA 2OHNA 5T4SA 4A4QA 5CLMA 2FIVA 2AVOA 4AZYA 3UPJA 2ER0E 1N49A 2VKMA 5EZXA 1HVIA 5P77A 3EKPA 5AH9A 1FB7A 3OTYA 5BWYA 3OU3A 4Y4XA 3T11A 3RVIA 5P7AA 2G26A 3O9IA 1D4IA 1RQ9A 5P5MA 2VJ6A 4Y3PA 3DJKA 3PSGA 2AOEA 5KR8A 3SM1A 5DR7A 2VA7A 3ER3E 5DR4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU4 B;  4L1A B;  1HWR A;  4PEP A;  3EKX A;  3QRS A;  5OZY A;  3PLD A;  2P3B B;  5AH7 A;  1PPK E;  2PMA A;  3NDX A;  1HTR B;  3S45 A;  3OQA A;  5P0K A;  5HTZ A;  5P2F A;  1EPO E;  2V16 C;  1HVK A;  2NR6 A;  5OYQ A;  1LF4 A;  1IZI A;  4I8W A;  3RTN A;  5JG1 A;  1K6T A;  2PH8 A;  1XDH A;  2WF3 A;  3TOH A;  3R0Y A;  5P37 A;  2G21 A;  1T7J A;  2BPY A;  1MET A;  5P41 A;  4GJ5 A;  5P6C A;  4EYR A;  1C6Z A;  3NU4 A;  5P3R A;  3L38 A;  3B80 A;  5P7W A;  1E5O E;  3INE A;  5P5E A;  3SA9 A;  4I0Z A;  2I1A A;  1KJ7 A;  3BGC A;  1IIQ A;  4EXH A;  1YTI A;  5P7E A;  1W51 A;  1IZD A;  2WEB A;  2JE4 A;  5F01 A;  4RCE A;  5I3V A;  2MIP A;  4F73 A;  5P7O A;  4J1E A;  4NJU A;  4Y3X A;  1FEJ C;  3DCK A;  2I4D A;  5OZE A;  5OZF A;  3JVW A;  5P78 A;  4PPH A;  5P1Y A;  1FQ5 A;  5C9F A;  4BEK A;  4GID A;  4Z50 A;  1Z1H A;  5P5B A;  1MRX A;  5P80 A;  2QNQ A;  5B18 A;  4AUC A;  4GJA A;  5P36 A;  4Y3N A;  3OAD A;  5HDX A;  2VIY A;  5DQ4 A;  3VCM A;  3SAA A;  3PSY A;  3ZL7 A;  4I1C A;  3VLA A;  3VV7 A;  4DJO A;  3RU1 A;  3UCB A;  1M43 A;  3WSJ A;  1W50 A;  3MSK A;  2Z4O A;  2ER6 E;  2ZHU A;  1MSN A;  5P76 A;  1C6X A;  1FMB A;  1B6P A;  2O40 A;  5ER2 E;  4FM7 A;  5OYV A;  5P33 A;  2F8G A;  2PSG A;  3SKF A;  5DR1 A;  3CYW A;  5P2X A;  2QNN A;  3DOX A;  2OHP A;  5P63 A;  5P3A A;  1GKT A;  2WF2 A;  4B70 A;  2EWY A;  3Q6Y A;  5C9D A;  4J0T A;  3HDK A;  4HLA A;  4EQJ A;  4JPE A;  3EM6 A;  1APW E;  1UPJ A;  3EKV A;  5P7T A;  3ZKG A;  1G6L A;  2H6S A;  5P1I A;  2G1S A;  3QRM A;  5P5G A;  3O9L A;  5AHC A;  5TOL A;  3OUD A;  2R9B A;  4OC6 B;  2B7Z A;  2V00 A;  4YDG A;  5P4B A;  1PSO E;  3NWX A;  5P4U A;  5EZZ A;  1K1T A;  4EJL A;  1DAZ C;  1BVG A;  3BUH A;  3UDP A;  4M8Y A;  5P86 A;  3NR6 A;  1C6Y A;  2OHU A;  3OQ7 A;  5P3F A;  2ZJL A;  4Y45 A;  2HB2 A;  5OZ3 A;  5P3G A;  3NWQ A;  1MT8 A;  3O9C A;  2ZHS A;  3N4L A;  4YOA A;  1EPM E;  2ER7 E;  5P5C A;  3O9D A;  5OZ5 A;  1GVV A;  5P5H A;  2BJU A;  1XN3 A;  4RVX A;  2ASI A;  1HVR A;  2I0D A;  4H3G A;  1IVQ A;  3EKY A;  4DUS A;  5JFU A;  5P05 A;  1BAI A;  2P4J A;  4GMI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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