2P8HA

Crystal structure of human beta secretase complexed with inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
391
structure length
379
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and Synthesis of 2,3,5-Substituted Imidazolidin-4-one Inhibitors of BACE-1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 379
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p8hA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p8hA02
2R5PA 4MC9A 1ZAPA 5P7OA 4F73A 3PBDA 4HDPA 1FQ8A 2QU3A 3ECGA 1QBUA 5OZGA 2Z54A 4B1DA 3HW1A 2IGXA 4AUCA 3EBZA 4DJRA 5HU0A 3SM2A 4H3FA 5P7ZA 2QK5A 1CPIA 1E5OE 4HZTA 2FIVA 3IAWA 3M9FA 2Q11A 3UDQA 1BV7A 4D89A 2PSGA 5P5FA 3UDHA 1GVWA 5P7PA 5P72A 1HXBA 3OQKA 1GKTA 5PEPA 5P2OA 5P6WA 3LIVA 5P0HA 1MT7A 5P3WA 1GVXA 4Y51A 1SGUA 4Y3HA 5P6RA 3VFAA 1B11A 5P0ZA 1AJXA 2WEZA 3L5CA 1KZKA 5OYUA 5P3BA 4J1HA 3MXEA 2G69A 5P47A 4ZE6A 1W5XA 3VV6A 3LIZA 3NU6A 1HVJA 4Y5MA 2OHNA 3CKPA 5P34A 4YDGA 4OBKA 3OOZA 4J1CA 5OZ4A 5P0UA 1APTE 5OZQA 3AIDA 3MXDA 3EKQA 4J0YA 1T7IA 2H6TA 2ZHTA 5P63A 3O9CA 5P58A 3INFA 5AH9A 5SZ9A 5P4VA 1XN2A 3SM1A 4J54A 5OYXA 5E5JA 5P1XA 1EPPE 2G94A 5P4QA 3WZ6A 5P5WA 1TQFA 5P0JA 2VIJA 4I10A 2VIEA 5P7JA 1MIQA 4EQJA 3FIVA 5P05A 3KDDA 5IVQA 4LL3A 5P64A 5DR3A 2R3TA 4DQEA 5HU1A 3IXOA 2FMBA 4ZPFA 5DQ5A 3URJA 1FQ4A 2IS0A 2HB4A 3G6ZA 2B42A 3PB5A 5P6CA 2ZYEA 4LXKA 5P44A 4BFBA 4ZSPA 1NPVA 1AJVA 4H3IA 1EBKC 2QCIA 2V11C 5P6EA 5P8NA 5P6GA 1LYWA 5P85A 1FQ6A 1HPXA 5P02A 5P4XA 5P30A 4KUPA 2QMPA 2NMZA 3VF3A 5DR8A 3RU1A 7HVPA 3L5BA 1D4JA 4RLDA 1XS7D 5P0RA 4J5JA 4AMTA 5P3GA 5P1KA 2AVSA 2BPZA 3QPJA 3IA9A 2F3KA 3R0WA 1EC1A 3TH9A 3HDKA 5P1DA 4D85A 4Z50A 4OC6B 5P7UA 1EEDP 3GI5A 4Y3QA 1OEWA 5P2AA 5P7CA 5DQ1A 2VJ7A 5P1MA 3FX5A 1YT9A 3KFSA 1FQ7A 1MPPA 3OADA 4YCTA 4A4QA 3INDA 3NR6A 1TSQA 1UH9A 3OK9A 3O9DA 5P4RA 5P0XA 3D91A 2VS2A 5COOA 4R5NA 5P0TA 5P7AA 5C9FA 2Q64A 1HWRA 4Y5AA 4FCOA 4FS4A 5P8JA 3OQDA 1MTBA 5P5BA 5HE7A 2RKGA 4B78A 5ISJA 5IE1A 4Y4XA 4GJDA 4XX3A 3QI1A 4AA9A 1FFFC 4IVSA 5ENMA 4Y5GA 2ER0E 2HPEA 5P0NA 2BPVA 3KMXA 5P42A 3RTMA 2F80A 5AGZA 4ACUA 3FSMA 4GB2A 3TOHA 3O9HA 5P1TA 5UPJA 3GI4A 5P5JA 2HB3A 5P1SA 4HDFA 3DV1A 3OUCA 5P3VA 1MT8A 1LV1A 5OZDA 1FIVA 3VFBA 5CLMA 3LPKA 2PH8A 4LXAA 5P0PA 3MSJA 4Y4DA 5P4SA 1TCXA 4D83A 3LIXA 4HA5A 1HSGA 5P5RA 1AIDA 3TPJA 4HLAA 3HZCA 3IVIA 4Y57A 4GMIA 5AHBA 2QI1A 3EM3A 4L7JA 2WF1A 4MC6A 1ZLFA 2UPJA 3SFCA 2FXDA 4OBGA 4Y58A 3CYWA 4DQHA 4ZPGA 4YBIA 1K6PA 5P5QA 4PZWA 1MT9A 3PMYA 3O9IA 5P27A 5P2SA 5P11A 1EAGA 5KQYA 2ZJJA 1LYBA 2ASIA 5OZMA 5P4OA 3Q4BA 5P4JA 5P7VA 3HLOA 3ZPUA 3RVIA 2P3BA 2VA6A 3UQWA 4J55A 5HDUA 1ZTZA 3OOTA 3QS1A 2F81A 5KR2A 3OAGB 5P1IA 3TPLA 3TOGA 1YTIA 5P6VA 3CIBA 4JPCA 4J1IA 3NU5A 5P75A 3DOXA 2AODA 4ZIPA 1LF2A 4CP7A 5P77A 4F74A 2RENA 3SACA 1IZEA 4Y4TA 5JFPA 2OHKA 1HIVA 5OZSA 5ISKA 3KMYA 4RZ1A 1TSUA 2ER9E 5P2UA 3OU1B 3GGUA 3D20A 5P54A 2V16C 3VLBA 1IZIA 1HIIA 2VNNA 5P81A 3S43B 3OUAA 1FB7A 5JG1A 5P87A 4K4PA 1XL2A 4B72A 4NPTA 3QVIA 4Y4BA 4Y56A 5P16A 4WY6A 1GVVA 5I3XA 3L5DA 1EPRE 3KM4A 3VF7A 3KFRA 5I3VA 2Q5KA 4F76A 1XN3A 3BVBA 3JW2A 5P6KA 5P70A 3CMSA 2P83A 1EPOE 2PSUA 3SAAA 2I0DA 4WY1A 5HCTA 4B00A 2J9JB 2R3WA 2A1EA 5OZNA 1BWAA 5P5OA 5OZAA 3UFLA 1SDUA 1K6VA 1XL5A 1QBSA 2RSPA 2Q3KA 3KN0A 3S56A 4EHCA 5P0LA 1HVIA 2FNTA 1A8KA 2B7ZA 5P06A 5P7FA 2F3FA 3UDMA 1J71A 2AZ8A 5P33A 3L58A 3EL0A 3JVWA 3PEPA 1KJFA 1EC2A 4CKUA 4Y48A 2IL2A 2VIYA 5P4UA 1D4SA 4DH6A 4Q5MA 3BUFA 3L3AA 1FMXA 1MESA 3UDKA 5AH7A 4QJ2A 5P8MA 1IBQA 3EL4A 3HBOA 2WL0A 1HIHA 5P5UA 5P8DA 2QAKA 2ZJNA 1META 3PBZA 1RV7A 4J1FA 2QMDA 4EPJA 4I0GA 1NSOA 2ZJKA 5P2RA 2WKZA 4OBZB 2CEMA 4Y5CA 2O4LA 1OEXA 2BKTA 1RNEA 3T7QA 3K1WA 5P3XA 3K4VA 2SAMA 5P7EA 4DJVA 4Q1XA 3RTHA 3G72A 1EPQE 3I6OA 5P5ZA 5P67A 2WF3A 3C9XA 5P8BA 1HOSA 5P82A 4Q1NA 5P28A 1HHPA 4LXMA 1LZQA 3BRAA 3H0BA 3CICA 3EM6A 5P7DA 2ZJMA 3O9LB 3VV7A 5P45A 3TTPA 5OZPA 3TL9A 3UDYA 1TW7A 4EJDA 5P8VA 4DPFA 5P5GA 2QI6A 3APPA 4BELA 5ER1E 2G22A 1IVQA 2AOHA 2QNQA 3PSYA 2P4JA 2FLEA 2G27A 1AZ5A 5P6AA 5P1BA 2JE4A 1LEEA 2QI0A 3SA7A 2BPWA 4K4QA 4RVIA 1YM4A 1KJ4A 2PK6A 2WHHA 5OZJA 5P20A 3FNTA 4ACXA 4D8CA 2CENA 2FNSA 3OU3A 4DUSA 1NPAA 2AZCA 1AM5A 3KDBA 2JJIA 8HVPA 3EM4A 4Y3DA 2I4UA 5P4DA 2CEJA 1UH7A 2NR6A 5OZ2A 3I7EA 5P6MA 2P3AA 4B1CA 5HTZA 5P7MA 5P14A 5P51A 4Y5PA 3JVYA 2B60A 5AH8A 5P7YA 3NXNA 5P38A 2PYMA 4GJ7A 5ER2E 5OZKA 5P3LA 4GJCA 5P6YA 1W5YA 1HVRA 1OHRA 4I1CA 1CZIE 2PMAA 5P6OA 3VG1A 5OZXA 4NJSA 1LS5A 1B5FB 2QMFA 3UDRA 2IENA 1HTFA 5AH6A 3NUOA 1K6TA 5P35A 5P0FA 4I0EA 3OXVA 4Y36A 2WF2A 1HVSA 2RKFA 5P2CA 5P59A 5P4IA 5P7TA 1T6GA 2Q54A 3NDWA 1E82E 3QBFA 4J1EA 4Y3FA 2IDWA 1K6CA 3AUPA 5OZOA 1BDRA 4OBJA 2O4KA 1BBSA 5IS4A 4EJLA 5P4FA 5OZ3A 3OTYA 5P3TA 1D4IA 2OHTA 5P3FA 1F7AA 4K8SA 3PI5A 3HAWA 1ZSRA 5P60A 1OD1A 1APVE 1T7KA 1ZBGA 3UCBA 5P0GA 1APWE 3Q6YA 4GJ9A 5HCOA 1MUIA 5P6DA 5P07A 3WB4A 5P7KA 1SMRA 3OQ7A 5OZUA 3KF0A 2APRA 1BVEA 1MEUA 2G1RA 3IXKA 2AOIA 5COPA 2B8VA 3SA4A 1YX9A 2OAHA 1T6EX 3K5CA 4EXHA 4EXGA 3OUDB 1M4HA 1SMEA 1LF4A 1C6ZA 5P0DA 4TRYA 5KQZA 5I70A 3NYGA 3INEA 3UQXA 1FG6C 5P3ZA 1BVGA 3OXWA 3GW5A 3U6AA 2FDEA 3GGXA 1C70A 5P5PA 5P43A 4H3GA 1EPNE 5P74A 3ST5A 2ZHVA 5P53A 4B70A 5P4KA 1C6YA 5P5MA 2O4PA 2VA5A 2BPXA 1SH9A 3PMUA 4OC6A 2QZLA 5P2NA 3TNEA 2NXLA 4ZSRA 2R5QA 3WZ7A 4FAFA 2I4VA 1W51A 3NDTA 3HD8A 5P2DA 5P8IA 5T4SA 3WB5A 1ER8E 5P6PA 4J0ZA 3LZVA 4CPTA 4EJ8A 2VIZA 3NDXA 5P1ZA 3VYDA 1LYAB 3QRSA 5P2GA 3CKTA 2Q15A 2I4QA 1FMBA 5DQ2A 3RSXA 3KYRA 3UDNA 3SA3A 4UPJA 3KDCA 3SQFA 3T3CA 5P3YA 5P40A 5P7NA 5OZTA 2VNMA 5DR0A 1HEFE 4FSLA 4Y9WA 5P4AA 1KJGA 5P7HA 4GJBA 3Q5HA 4R92A 4AA8A 1DPJA 3G70A 5P3JA 3PWRA 1XE5A 3OQAA 4I8ZA 3ZPTA 1EBZA 1QDMA 3L38A 5P5KA 1T3RA 2XFKA 4FAEA 5DGWA 4J0VA 4ZEAA 2V12C 5P8CA 5P0QA 2IKOA 4MC2A 1B6KA 1W5WA 5P3NA 3R0YA 5P65A 4CPQA 1SP5A 4QJ7A 5P13A 4PZXA 5OZ6A 2JYSA 3SO9A 1Z8CA 1C6XA 5P5SA 4B1EA 1WBMA 5P80A 4HVPA 3LZUA 5P3AA 1G6LA 5P8GA 4Y5BA 2G1NA 2OHSA 1TCWA 4Z4XA 1K1UA 3KT5A 5P22A 4OBDA 1EC0A 5E5KA 5OYVA 3EKYA 3PWWA 1YM2A 4Y3EA 5P19A 4KE1A 2QMGA 5P5VA 1IIQA 4DJPA 3PSGA 2AOJA 4I0JA 3OU4B 4YCKA 2ER6E 3ZKMA 2NNKA 4CPRA 3LIQA 1GNOA 5P29A 4RCDA 5P1RA 5P08A 5P6LA 2G1OA 4K9HA 4Y44A 5OZ9A 3OAGA 5P5EA 5P4TA 1AXAA 4Y47A 1FEJC 2ZJHA 1TZSA 5P8PA 1QS8A 3QBHA 4ER1E 5P5TA 2WECA 2AVOA 2HIZA 1PSOE 1E80E 1T7JA 4HE9A 3Q3TA 2QI5A 3EMYA 4DPIA 2VA7A 5P3QA 2G26A 1ZPAA 3NLSA 1BXOA 5P4GA 2AVMA 1F34A 3I25A 3PGIA 2AIDA 5OZIA 5P2KA 4EP2A 4TVHA 1CMSA 4Y3RA 3OU1A 1AAQA 5OZ5A 5P1EA 2B8LA 2JJJA 5SXNA 1GNNA 1YTHA 3S43A 4Y3WA 4Y5LA 4DFGA 4EQ0A 5P79A 3VEUA 4I11A 4I0ZA 4D88A 3R4BA 4DJYA 3MWSA 5P41A 4Y4GA 3LITA 4NJVA 4Y38A 4YDFA 4Z22A 4FM7A 2QHCA 2QNNA 3URLA 3BGCA 4ZPEA 5KAOA 4Y5EA 2J9JA 3OHHA 5OZ8A 5KR1A 5P1YA 3FKTA 3OQFA 5P3CA 2BBBA 3UQUA 1M43A 5BWYA 3UQRA 1PSAA 5P2IA 5P71A 2BJUA 2WEDA 5P4NA 2HPFA 5P8UA 1GVUA 5P6NA 1SIVA 1QBRA 4U7QA 3BHEA 4Y3AA 4U7VA 4YOBA 1FQ5A 4Y4JA 1FGCC 5AHCA 1WBKA 5P1LA 4Y3YA 2PC0A 2P8HA 5P31A 4Y4EA 1HPOA 5OYYA 2O4NA 1BIMA 1A8GA 4NPUA 5P4ZA 2OF0A 1ZJ7A 4JOOA 4J17A 4QJAA 1FKNA 2G21A 5IVRA 3B80A 5P6JA 2IQGA 4LHHA 1FQXA 4I12A 3T7PA 3VSXA 4Y45A 4L7GA 5DQ4A 5ENKA 5P84A 2EWYA 2Z4OA 5P5DA 4Y3ZA 3NSHA 1LF3A 4OD9B 4Y6MA 3QN8A 4OBZA 3ZKQA 1APUE 2NXMA 3R2FA 3TOFA 3PHVA 3KT2A 2AZBA 4DV9A 3HVGA 1PPLE 4IVTA 5P3DA 3PSUA 5DR4A 5P0WA 1DAZC 2QZXA 5P86A 4YD4A 4E43A 1QBTA 3APRE 3IN3A 3NU4A 3DJKA 7UPJA 2FGVA 2OHUA 5P3HA 4CPWA 5P8OA 3EKPA 4HEGA 4PHVA 4FRIA 2FXEA 4WTUA 5P5XA 5P37A 1W6IA 5P0OA 3O9LA 6FIVA 5P1UA 4QLHA 1MERA 4Y35A 1D4HA 3TPRA 1HTGA 4YD6A 2BKSA 3QIHA 4FLGA 3T7XA 2UXZA 2Q55A 5P0EA 5P89A 2QHZA 1DP5A 5P0IA 3VYEA 4Y4WA 2I4WA 5P3PA 5P7RA 5OZFA 2OHPA 5P8QA 3ZOVA 3QRMA 2QZWA 1GNMA 1EC3A 2ER7E 4GYEA 3INHA 3SKFA 2FDDA 3D1XA 3O99A 5P6SA 3MSKA 1RQ9A 3EKWA 3VSWA 3UPJA 3K5FA 5AHAA 1JLDA 3L5FA 2P3CA 5P5LA 5P0YA 5P4PA 2QP8A 5OYZA 3OGQA 4LBTA 5EZZA 5P1QA 4EJKA 2QD8A 2XYFA 4CPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R5P A;  4MC9 A;  1ZAP A;  5P7O A;  4F73 A;  3PBD A;  4HDP A;  1FQ8 A;  2QU3 A;  3ECG A;  1QBU A;  5OZG A;  2Z54 A;  4B1D A;  3HW1 A;  2IGX A;  4AUC A;  3EBZ A;  4DJR A;  5HU0 A;  3SM2 A;  4H3F A;  5P7Z A;  2QK5 A;  1CPI A;  1E5O E;  4HZT A;  2FIV A;  3IAW A;  3M9F A;  2Q11 A;  3UDQ A;  1BV7 A;  4D89 A;  2PSG A;  5P5F A;  3UDH A;  1GVW A;  5P7P A;  5P72 A;  1HXB A;  3OQK A;  1GKT A;  5PEP A;  5P2O A;  5P6W A;  3LIV A;  5P0H A;  1MT7 A;  5P3W A;  1GVX A;  4Y51 A;  1SGU A;  4Y3H A;  5P6R A;  3VFA A;  1B11 A;  5P0Z A;  1AJX A;  2WEZ A;  3L5C A;  1KZK A;  5OYU A;  5P3B A;  4J1H A;  3MXE A;  2G69 A;  5P47 A;  4ZE6 A;  1W5X A;  3VV6 A;  3LIZ A;  3NU6 A;  1HVJ A;  4Y5M A;  2OHN A;  3CKP A;  5P34 A;  4YDG A;  4OBK A;  3OOZ A;  4J1C A;  5OZ4 A;  5P0U A;  1APT E;  5OZQ A;  3AID A;  3MXD A;  3EKQ A;  4J0Y A;  1T7I A;  2H6T A;  2ZHT A;  5P63 A;  3O9C A;  5P58 A;  3INF A;  5AH9 A;  5SZ9 A;  5P4V A;  1XN2 A;  3SM1 A;  4J54 A;  5OYX A;  5E5J A;  5P1X A;  1EPP E;  2G94 A;  5P4Q A;  3WZ6 A;  5P5W A;  1TQF A;  5P0J A;  2VIJ A;  4I10 A;  2VIE A;  5P7J A;  1MIQ A;  4EQJ A;  3FIV A;  5P05 A;  3KDD A;  5IVQ A;  4LL3 A;  5P64 A;  5DR3 A;  2R3T A;  4DQE A;  5HU1 A;  3IXO A;  2FMB A;  4ZPF A;  5DQ5 A;  3URJ A;  1FQ4 A;  2IS0 A;  2HB4 A;  3G6Z A;  2B42 A;  3PB5 A;  5P6C A;  2ZYE A;  4LXK A;  5P44 A;  4BFB A;  4ZSP A;  1NPV A;  1AJV A;  4H3I A;  1EBK C;  2QCI A;  2V11 C;  5P6E A;  5P8N A;  5P6G A;  1LYW A;  5P85 A;  1FQ6 A;  1HPX A;  5P02 A;  5P4X A;  5P30 A;  4KUP A;  2QMP A;  2NMZ A;  3VF3 A;  5DR8 A;  3RU1 A;  7HVP A;  3L5B A;  1D4J A;  4RLD A;  1XS7 D;  5P0R A;  4J5J A;  4AMT A;  5P3G A;  5P1K A;  2AVS A;  2BPZ A;  3QPJ A;  3IA9 A;  2F3K A;  3R0W A;  1EC1 A;  3TH9 A;  3HDK A;  5P1D A;  4D85 A;  4Z50 A;  4OC6 B;  5P7U A;  1EED P;  3GI5 A;  4Y3Q A;  1OEW A;  5P2A A;  5P7C A;  5DQ1 A;  2VJ7 A;  5P1M A;  3FX5 A;  1YT9 A;  3KFS A;  1FQ7 A;  1MPP A;  3OAD A;  4YCT A;  4A4Q A;  3IND A;  3NR6 A;  1TSQ A;  1UH9 A;  3OK9 A;  3O9D A;  5P4R A;  5P0X A;  3D91 A;  2VS2 A;  5COO A;  4R5N A;  5P0T A;  5P7A A;  5C9F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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