2PQZA

Hiv-1 protease in complex with a pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pqzA00
5IS4A 4Z22A 4H3JA 2IGYA 1TSQA 1Q9PA 1ZP8A 5CONA 1MRWA 2V11C 5P5IA 3OU4B 5P5YA 4L6BA 4HDBA 5J25A 1QBTA 3PHVA 5P0CA 2BPWA 2R9BA 5P00A 5P7TA 4ZSMA 5P7ZA 4Y3GA 4J0PA 3UQUA 3N4LA 1MESA 1T7IA 4J17A 1ER8E 1OEWA 2VNMA 3OQDA 3S54A 4JP9A 5OZAA 1AJXA 1BV7A 5P4VA 5SXNA 4EJKA 3TPJA 1QBSA 5P6NA 2OHRA 1BXOA 4R92A 4Y36A 3ZMGA 1FMXA 2VS2A 1FIVA 1N49A 5HDVA 3SA5A 3FX5A 1FQ6A 4COEA 3IAWA 2QHZA 4EP2A 1FEJC 5P5KA 3NDXA 3QRSA 5P61A 4Y47A 5P4HA 3UDHA 2NPHA 2AVQA 1W51A 4Y3AA 1UPJA 5HDXA 5OZJA 4Q1XA 5OZHA 4IVTA 1MTRA 4CPXA 1PPLE 4Y44A 3IA9A 3TKWA 3O9AA 4EYRA 5P0NA 3ZPUA 4I0FA 3INHA 1FF0C 3UDJA 2Z54A 2HPFA 4GJ5A 1BWAA 1YM4A 4I8ZA 4LP9A 2BKSA 1Z8CA 4PZWA 5P3VA 5P44A 1AVFA 3LZUA 5P1BA 1HBVA 4ZE6A 4J1CA 4RCDA 5P6LA 4B70A 4YBFA 1B11A 4Y43A 5F01A 1Z1HA 2ZJMA 5P59A 1RV7A 1HVRA 2OHUA 3GGXA 5P2XA 3D1XA 4Y5EA 2O40A 3K5CA 3ZLQA 1KZKA 4OBDA 1SIVA 5SY2A 5P5ZA 4DQCA 3URJA 2QI5A 1BBSA 2IKUA 1ZTZA 2QZLA 4TRZA 4R93A 3LPJA 5P6CA 4QJ6A 3PCZA 5P4XA 2G21A 2CENA 4PPHA 5AH7A 5P0OA 4H1EA 2J9JA 2OHPA 1G6LA 2FMBA 2B42A 3OXCA 3S43B 4DJWA 3QIHA 4J54A 2PSUA 5P0AA 3FIVA 2AVSA 2B8VA 2Q54A 5P84A 2V00A 1TCWA 5ENKA 5P1HA 4Y3FA 4WY6A 3VLAA 1CPIA 5P75A 4B72A 5IVTA 5P1IA 1VIJA 1HXBA 5P3ZA 5P88A 1IVPA 4I10A 2PWRA 4K4QA 5P89A 2QNQA 4LC7A 3TNEA 5P3OA 5ISKA 4Y5PA 3VFAA 3AUPA 1EBYA 1ZSRA 4Y48A 1G2KA 2FGUA 4Y5MA 5HDZA 3D1YA 4QGIA 4HE9A 5C9FA 1EC0A 4RLDA 3HAUA 1EBKC 4Y3QA 5OZRA 5BWYA 1EC1A 4DJXA 2V13A 4H3GA 2O4PA 3O9LB 3CMSA 4WY1A 1FMUA 1KJGA 2JXRA 5P5SA 2JJIA 5P0BA 1LF3A 2J9JB 2QMFA 5P29A 4DPFA 2QI7A 4NJUA 5P1UA 1SBGA 4Y9WA 1A8KA 4I0EA 1A30A 5COKA 2IGXA 3SA8A 2ZJKA 3HW1A 4GYEA 1MIQA 3L38A 5OZ6A 3QPJA 3IVIA 3JVYA 5OZTA 3U6AA 5P0FA 2P3CA 1HVHA 1YX9A 5P4PA 5EZXA 3SA6A 5AGZA 5P8FA 3NLSA 3OXVA 2P4JA 5OYVA 3TKGA 5COPA 3PLLA 5P3DA 2BBBA 4R5NA 3VLBA 1HVKA 2PYNA 2QK5A 5P7XA 5P7GA 4R91A 4XXSA 5P08A 2BPVA 4FL8A 1FLHA 4Y3NA 5JFUA 5P8GA 5P30A 2QAKA 3ER3E 4ER2E 1SH9A 4GMIA 5ISJA 5KOQA 2F3FA 5P6ZA 4QJ2A 4RYGA 4XX4A 3PWRA 1FG6C 5KOSA 2FDPA 3JVWA 5P77A 2F8GA 5P2CA 1DW6C 3VV7A 5P72A 1AIDA 3LIVA 3OTSA 3OUCA 1GNOA 1RQ9A 5P4DA 2VIJA 1UH8A 2AOJA 3G70A 1A94A 5P7BA 5P54A 3QS1A 4ZIPA 5P3WA 3OGQA 3BUGA 5P4MA 4DFGA 5P2VA 5P3AA 5P2JA 5P86A 5P0MA 5P6KA 5P11A 1TSUA 4Y4WA 2I0AA 3OOZA 1HIHA 5P4NA 5OZPA 1AZ5A 5P82A 5I3XA 3EKWA 2EWYA 2G20A 5P0QA 1HTGA 2QI1A 2HB3A 3PVKA 1IZHA 5P2QA 3BUFA 3HVPA 1DPJA 3CYXA 1AM5A 3QRMA 1RPIA 1MPPA 5P39A 3L5FA 3MSJA 1MT8A 4Y4BA 1HVCA 3RSXA 5P73A 1VIKA 3UHLA 3Q3TA 1LYWA 2QD8A 1PPME 2PH6A 4Y3TA 3QROA 4K4RA 1D4KA 5P6SA 5OZFA 5P3FA 5P65A 5P8SA 1LV1A 1TZSA 3OGPA 4R8YA 5P1KA 5OZ0A 3S56A 1DIFA 5IE1A 2BPXA 1FQXA 4Y4TA 4U7VA 3QBFA 2WEBA 5P2KA 5OZ2A 3BRAA 5HDUA 4J1IA 2AIDA 3KDDA 5P3HA 5OYWA 1ZPKA 3PSUA 5P2UA 3NU3A 5OZVA 5UPJA 1ZPAA 2PC0A 1QBRA 4H3FA 1IZEA 4HZTA 5P5VA 5P79A 1W5YA 4Y50A 2VIYA 1D4LA 1F7AA 5KQXA 3EKVA 4ER4E 3VYEA 5P0PA 5P5CA 3B80A 4UPJA 5OZNA 1HPXA 2OHNA 3R4BA 3F9QA 4EWOA 5P7LA 2QMPA 5E5KA 2Q55A 3KDBA 4ZPEA 5P6RA 9HVPA 3O9GA 3ZOVA 1FG8C 5P45A 4PYVA 2WEZA 5P0GA 1IDBA 1T6EX 1GVXA 1EPPE 5P8RA 2AZCA 5P5XA 4A4QA 2IEOA 3EKXA 4Y41A 2BJUA 4L1AB 3O9EA 4RVXA 5OZ1A 1LEEA 5P8TA 3OQ7A 5P0YA 2WF3A 1EPNE 3HLOA 4FM6A 4Y3EA 4CPTA 2RKGA 2A1EA 2XYFA 4GJ9A 5P74A 2OHMA 3HDKA 5P1CA 2QNPA 2PSGA 2FNSA 1MSMA 2QI0A 5P6TA 1GVTA 5P07A 4RVIA 1G35A 1ZLFA 3NUOA 3K4VC 2ZJNA 3NDWA 4B0QA 3GW5A 4Y35A 1FFIC 4XX3A 2QI6A 1QS8A 1C6ZA 2RKFA 1OD1A 4B05A 1CZIE 3OXXA 5P8BA 4L7GA 2XFIA 1UH9A 1XL5A 3D3TA 1W50A 5PEPA 5P1GA 3EC0A 1B6LA 1MTBA 3VCMA 2WHHA 2QI4A 5P8DA 2OF0A 3DCKA 3HD8A 5P8HA 3URLA 5P7IA 5AHBA 4FRSA 4Z2ZA 3OU1A 2JYSA 4NKKA 4DJYA 3PGIA 1MRXA 3LPKA 5DQ4A 3ZL7A 3I25A 3DOXA 5DR3A 2QZKA 4OD9A 5P18A 3ZPTA 2Q5KA 4AUCA 5P1YA 1D4JA 5OZIA 5P8QA 4APRE 5P5PA 3EM6A 1E82E 3DK1A 4RVJA 2WKZA 1HWRA 5P38A 5P3IA 5P4OA 4B77A 2FGVA 3BGBA 5P3MA 1FQ8A 1MVPA 5P6MA 2ZHVA 5P4FA 5P70A 3L5BA 5P36A 5P2MA 5P56A 4Y39A 5P01A 5KQFA 4E43A 2G94A 3OUDA 2RMPA 5P87A 2QCIA 4ER1E 4K8SA 1EBZA 1OHRA 4B1CA 3NXNA 3L5DA 3TPLA 4TRYA 3ZKQA 5OYZA 5P6HA 1LYBA 1AJVA 5OZMA 2ZJIA 5P6FA 1NPWA 5AH6A 5P1VA 5P5MA 5P62A 4LXKA 5P8MA 3UF3A 3OU1B 5OYTA 3S7MA 3GGUA 4AA8A 5P2NA 5DGUA 3EMYA 1IDAA 4Y3SA 3ZKSA 4OD9B 4A6CA 1HHPA 4GJCA 5AHCA 3KM4A 5COOA 2R3TA 4EJLA 5P5LA 2ZHUA 1DMPA 4Y56A 4F73A 2J9KA 4S1GA 2HPEA 4DVFA 3TPPA 3KFSA 4FIVA 5P04A 5P1NA 4RGHA 2P3BA 4DV9A 1RL8A 1SDUA 3EL9A 5P2WA 2QU3A 4OC6A 2Z4OA 3INFA 5P4TA 5P27A 1GNNA 3MXEA 5OZ4A 1YTGA 2AOHA 3S45A 4J55A 5P5JA 3Q6YA 3CKRA 3LIXA 5P49A 2R43A 4J1EA 4FSEA 2G1SA 4DJQA 2WEDA 2OHLA 4B1DA 3UDMA 1PSAA 5P67A 3HZCA 5P34A 4EP3A 1F34A 1LYBB 4Y4XA 3EL0A 3OU3A 3KYRA 4U7QA 4DH6A 1A9MA 1B5FA 1KJ4A 2AQUA 4Y3XA 2PK5A 4GZFA 4J1FA 2HS2A 3NU4A 1LYAA 1YG9A 2QNNA 1LS5A 2OAHA 1FMBA 3VV6A 4APEA 1SMEA 3D1ZA 5P6YA 3IN3A 3R2FA 4ZEAA 4YA8A 4Y5LA 3ER5E 1BVGA 5P2HA 1K6PA 5P2DA 2VNNA 2O4LA 5P03A 1HEFE 3LZVA 5P3PA 2RENA 3QN8A 3PWWA 1SMRA 1IZDA 2B8LA 5HTZA 3INEA 2P3BB 5P7YA 5P7VA 1GNMA 1SP5A 5P43A 5C9BA 4K4PA 3NWQA 5DR7A 5P8UA 4CPWA 1NH0A 4OC6B 1HPSA 5P5EA 1CMSA 2AZ8A 5P1MA 3NU9A 1HPOA 5P42A 1HVLA 5P0DA 5P4JA 3OHHA 5P2EA 5P0TA 1DAZC 2I1AA 3FNSA 5OZBA 2G24A 2IQGA 1ZSFA 5P5WA 5P57A 5P6PA 3CYWA 3PBZA 3I8WA 5P47A 3UDPA 2AOIA 4YCTA 4U8WA 4N00A 4FSLA 3PWMA 4Y3YA 3UCBA 3O9HA 4DJVA 3MSKA 1B5FB 3D20A 3LIZA 2R38A 3RSVA 1LYAB 2PWCA 2G69A 3UQXA 1XE6A 5P35A 5P2AA 5FIVA 4FAFA 4L7JA 4BFBA 5OZLA 5P10A 2Q11A 1BV9A 5P1JA 1EAGA 4DI2A 3LPIA 2R5PA 3K5FA 4I12A 2FNTA 3PMUA 4Y3MA 2O4KA 5OZ8A 5P24A 3KA2A 5AH8A 2R3WA 1LF4A 1B6KA 1META 2NMZA 2WF0A 3RVIA 5P4RA 3T11A 3UDRA 4CPQA 2P3DA 4Y3JA 1W5WA 1EC2A 1SGUA 3R0WA 1PSNA 5P3YA 5OZDA 2JE4A 1EPRE 5OZZA 1QRPE 4ZSRA 5P1TA 1E5OE 2F3KA 5P6BA 2AODA 1WBMA 3LZYA 1ZJ7A 3RTMA 1HVSA 2AVOA 3NYGA 2JJJA 5P05A 2R5QA 5P2OA 2VIEA 1UH7A 1EPME 4DQHA 2FDDA 3BVAA 3VV8A 3NWXA 3LIYA 3SABA 5OZSA 5P4KA 4FGXA 2IRZA 5KR1A 4B78A 5P4UA 5P3EA 4LBTA 3JW2A 4GJ6A 2AVVA 3UDYA 3CIDA 5OYSA 3UDNA 4Y3ZA 4GJ7A 4DQFA 3K4VA 3T7PA 1FGCC 2P8HA 5P55A 5P4AA 3KFNA 5P1QA 4I8WA 4J0VA 4JPEA 1NPAA 5P7OA 3PRSA 4D83A 5P23A 3VSWA 4GJDA 4CP7A 1BVEA 3ECGA 2G26A 2V16C 5P2RA 2ER9E 4PZXA 3OOTA 4DUSA 1GKTA 1Z1RA 1HSIA 3D91A 3L5CA 2Q63A 1IBQA 5P31A 3MXDA 5P3TA 1SGZA 3OAGA 4Y4JA 4MC2A 1C6XA 1SDTA 5DR0A 5C9DA 1K1UA 5P7AA 1QBUA 3PSGA 1FQ4A 5P3UA 4Y5BA 2NXMA 5P8AA 4Q1NA 1ENTE 5P5RA 3R1GB 1XE5A 3BC4A 3OQFA 3TLHA 4EHCA 2A4FA 5OYQA 2NR6A 3HAWA 2FLEA 5P6WA 2IKOA 3FV3A 2VA5A 1D4YA 3QI1A 1K2BA 1ZBGA 5P5QA 5P7DA 5P7CA 3LINA 2AOGA 3CICA 3WZ8A 3IXJA 2Q15A 3FNUA 2QMDA 3LNKA 3PI5A 3QVCA 2QD7A 2VJ7A 3QVIA 4I0GA 2BQVA 3DV5A 3PB5A 1HTRB 4EQ0A 1MERA 3WZ6A 5P3GA 3OWNA 4OBFA 5OZ3A 1T6GA 3UTLA 1KJ7A 5HE4A 1EPLE 1APTE 2F81A 4Y5KA 2V0ZC 6FIVA 5P6OA 4HA5A 4YD4A 3N3IA 2MIPA 2PH8A 5P5NA 2PMAA 2VA6A 3QBHA 5P6XA 4OBKA 5P8PA 4CPRA 1XS7D 5P2GA 3TL9A 1B6MA 3OUBA 5P81A 3TPRA 5P4BA 3L59A 1TCXA 4Y4EA 5P4LA 7HVPA 4Y5AA 2ER7E 5OZ7A 5P1LA 4QJ7A 4PHVA 5P6IA 3VFBA 5P7PA 3H5BA 4D8CA 5P71A 5OZWA 5P4GA 2AZ9A 1ODWA 1YM2A 5P13A 3OTYA 2I0DA 4D89A 5ER2E 3QAAA 4M8XA 3PI0A 2ZE1A 1C6YA 5OZ5A 4DJRA 1XL2A 3KDCA 5P8NA 3UFLA 2QZWA 3NXEA 1LZQA 3EM3A 1LYWB 5OZUA 3T7QA 2WL0A 2IENA 1FQ5A 5P15A 3LIQA 5P20A 3PBDA 2IDWA 4I0ZA 4X7IA 1KJFA 3NDUA 5P64A 3VG1A 3SA3A 3PLDA 5OZXA 5P7WA 2QHYA 2R8NA 2P3AA 5P40A 5P3CA 1IIQA 5DQ5A 4YD6A 2SAMA 4YOAA 2PK6A 4I0DA 2UXZA 1SIPA 3SACA 4FE6A 2ZGAA 2AOCA 5HE5A 2B7FA 2V10C 5P3JA 1NSOA 2Q64A 4MC6A 4BEKA 5P6UA 2B7ZA 4Z4XA 5OZ9A 1GVVA 1APVE 2PYMA 4Y6MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IS4 A;  4Z22 A;  4H3J A;  2IGY A;  1TSQ A;  1Q9P A;  1ZP8 A;  5CON A;  1MRW A;  2V11 C;  5P5I A;  3OU4 B;  5P5Y A;  4L6B A;  4HDB A;  5J25 A;  1QBT A;  3PHV A;  5P0C A;  2BPW A;  2R9B A;  5P00 A;  5P7T A;  4ZSM A;  5P7Z A;  4Y3G A;  4J0P A;  3UQU A;  3N4L A;  1MES A;  1T7I A;  4J17 A;  1ER8 E;  1OEW A;  2VNM A;  3OQD A;  3S54 A;  4JP9 A;  5OZA A;  1AJX A;  1BV7 A;  5P4V A;  5SXN A;  4EJK A;  3TPJ A;  1QBS A;  5P6N A;  2OHR A;  1BXO A;  4R92 A;  4Y36 A;  3ZMG A;  1FMX A;  2VS2 A;  1FIV A;  1N49 A;  5HDV A;  3SA5 A;  3FX5 A;  1FQ6 A;  4COE A;  3IAW A;  2QHZ A;  4EP2 A;  1FEJ C;  5P5K A;  3NDX A;  3QRS A;  5P61 A;  4Y47 A;  5P4H A;  3UDH A;  2NPH A;  2AVQ A;  1W51 A;  4Y3A A;  1UPJ A;  5HDX A;  5OZJ A;  4Q1X A;  5OZH A;  4IVT A;  1MTR A;  4CPX A;  1PPL E;  4Y44 A;  3IA9 A;  3TKW A;  3O9A A;  4EYR A;  5P0N A;  3ZPU A;  4I0F A;  3INH A;  1FF0 C;  3UDJ A;  2Z54 A;  2HPF A;  4GJ5 A;  1BWA A;  1YM4 A;  4I8Z A;  4LP9 A;  2BKS A;  1Z8C A;  4PZW A;  5P3V A;  5P44 A;  1AVF A;  3LZU A;  5P1B A;  1HBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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