2PWCA

Hiv-1 protease in complex with a amino decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pwcA00
2RKFA 5P0IA 2RKGA 4XXSA 5P4DA 3OUBA 3DUYA 3L3AA 2IL2A 2ZJHA 4R8YA 3N3IA 3SAAA 3QVIA 2QAKA 3AIDA 2BPZA 4AZYA 4Y3AA 2WKZA 2ZJMA 2HAHA 4RRSA 5KR2A 6UPJA 1LYAA 5P6FA 5I70A 3LIVA 3SFCA 5DPZA 1G2KA 5P3JA 1A8KA 5P4EA 4EJDA 2ZE1A 3O9BA 3S53A 3G72A 5P59A 2VA5A 3BRAA 2AOGA 1KJ7A 5P4UA 4OBZA 1BBSA 3INHA 3EL4A 5P0LA 4ACXA 5P1PA 3UTLA 3K5GA 5P15A 5OYYA 5P3ZA 5P0JA 5P58A 4EJKA 1ER8E 3TPPA 5P13A 4R91A 2BPWA 5P2VA 4EJ8A 5DR7A 1D4JA 2IKUA 3EL1A 2ZJIA 5P2KA 2OHKA 2QNQA 3R1GB 3VUCA 2AVQA 1M43A 5P0TA 5P0UA 1BDLA 1FEJC 2G94A 1MSNA 5HDZA 3GI6A 1HTGA 4MC2A 5P2NA 4Y3ZA 3URIA 1FQ4A 1EPME 4QJAA 3PB5A 1B6PA 5P83A 2FDEA 5P8NA 1MPPA 1ZSFA 3SA8A 2QZKA 5P5OA 4Y36A 1T6GA 5P3XA 2O4SA 3NR6A 1XS7D 5P7BA 3UHLA 4NKKA 3CIBA 2PQZA 5P8SA 1BDRA 5P2UA 3WB5A 3QRMA 4FM7A 1YTGA 4YDGA 2PC0A 4GZFA 3BUGA 5P52A 2G21A 5P7NA 4EP2A 3QBHA 5P4SA 5OYVA 4FRSA 5P3GA 4A6CA 5P49A 2FXEA 5P3BA 4YCYA 1SDTA 3RTHA 5P1XA 3NDWA 1EPOE 3B7VA 2AZCA 3HLOA 3NDUA 4I8WA 5P3QA 3S45A 3SA7A 3DOXA 1K6TA 4DPIA 1IZEA 3O9LB 1FQ8A 5OZWA 3EXOA 2NNKA 1LF2A 2ZJJA 1HSHA 1HSIA 1D4LA 5FIVA 2QU2A 1HOSA 1IDAA 4DQHA 1HRNA 2F3EA 3A2OA 5C9DA 2ER6E 3WSJA 4OC6A 1QRPE 3ER3E 3PWRA 4Y5CA 3ZLQA 3OQKA 5HVPA 1Z8CA 3O9DA 2V12C 2H6SA 1ZBGA 2JXRA 3UCBA 2PWCA 2NR6A 4L7JA 4D8CA 1FG6C 2VNNA 5OZDA 3VF3A 2IQGA 5P0BA 4Y3YA 1GKTA 5P5YA 4Y6MA 5P8AA 1MTBA 2AOCA 5DR8A 5P2QA 5P6LA 5OZEA 1T7KA 2JE4A 3OQ7A 5P4WA 5KQZA 2VIZA 2VNMA 5P1BA 4N00A 2V11C 3VV8A 5P7EA 2FMBA 3K5CA 5DGUA 1RL8A 5P0AA 1MERA 2PSGA 3K1WA 3PWMA 5P3WA 5OYTA 5P2XA 1EBZA 1APTE 1G6LA 3UQWA 5P1GA 3TOFA 2BQVA 1YT9A 2JYSA 5OZKA 2ZDZA 4L1AB 1YTJA 5P64A 5COKA 4DFGA 2FNSA 2XYEA 5DR0A 3BGCA 1HEFE 3QPJA 4I0FA 1GVUA 4YHQA 1HVLA 5P8PA 5P23A 1TSUA 3NWQA 5P3IA 1G35A 3K5FA 1FFFC 3S7LA 4U7QA 5P5XA 2AVSA 5P4CA 1EC3A 5P6TA 1FMXA 1LZQA 4A4QA 4J5JA 4Y4EA 5P0RA 5P4NA 1PFZA 1FKNA 3QP0A 5DQCA 1LF3A 1IDBA 5P2CA 1PSOE 3OOZA 1NPAA 3PLLA 4Y3GA 3LZUA 1QDMA 2AZ8A 3ZKMA 4ZSQA 2O4KA 3G6ZA 3JVYA 3O9EA 3KFNA 5P4XA 2FGUA 1KJGA 5P6PA 2FGVA 2HB4A 3M9FA 4WY1A 4LC7A 5P84A 2VJ6A 4QJ9A 5P31A 1VIJA 5SXNA 1GNMA 1BDQA 5OZHA 1PROA 4CP7A 4OBKA 4TRYA 9HVPA 5P08A 4IVTA 5P11A 4Y4XA 3FIVA 3INEA 3S2OA 4Y48A 5P0WA 4Y53A 3KMYA 3DCKA 2B8VA 3BGBA 3PI0A 1XE6A 1EC2A 2OHNA 4FSLA 3OTYA 5P5HA 5OZRA 4RRNA 4RYCA 5P0FA 5P62A 3CKRA 5P7IA 3HAWA 1E5OE 4R95A 2PK5A 5P6ZA 2VJ7A 2B7FA 1YM2A 3EC0A 5AHBA 5P6WA 2R38A 1IIQA 3D1ZA 5KQXA 1C6ZA 2PH8A 5P3KA 3KFRA 4KE1A 2Z54A 2FNTA 4K8SA 1ZPKA 4R92A 4DJWA 5DQ4A 3QN8A 1HPXA 4Y35A 5P4TA 4QGIA 3ZPTA 4L6BA 5P67A 3OGPA 5P82A 5P04A 2ZHTA 3MXDA 4Y4WA 1ZLFA 1SBGA 1D4IA 5P7UA 3PMYA 5HCTA 1EPRE 3ZPSA 2BKSA 5P3TA 4FM8A 3SKFA 2Q63A 3APPA 4KB9A 4H3GA 1QBTA 5P6IA 2O4NA 4I0ZA 1LYAB 5E5KA 3KMXA 4XX3A 1B6LA 1WBMA 5P3CA 5OYRA 5P63A 2QCIA 2FLEA 1SH9A 2OF0A 5P0ZA 3ZKSA 5P6EA 2HC0A 2QNNA 5P3OA 3HZCA 3U6AA 5P16A 4U7VA 2IS0A 3KN0A 2QHYA 1OD1A 5SY2A 4OBZB 4I11A 3MSKA 5P2IA 1PSAA 1EBYA 3VV7A 5IVQA 4Y39A 3IVHA 2I4UA 5P4HA 2SAMA 1XE5A 3VF7A 1MESA 4DJVA 4Y3RA 3FNUA 2O4LA 4QJ8A 5P3NA 1AJVA 1KJHA 2G24A 2QI7A 5P2TA 5P54A 2AODA 3QAAA 3ZMGA 1D4KA 1EBWA 3OUDA 4GJBA 1NPVA 4D83A 1HVCA 5P47A 2V13A 5OZ9A 1KZKA 4Y54A 5P5CA 4I8ZA 2V10C 5P1TA 4DJYA 5P2YA 5OZ1A 5P7TA 5P3FA 5P3SA 4L7GA 5P5RA 3TOHA 2WF0A 1EC0A 5P1KA 4FLGA 5P3UA 5P37A 4AUCA 2F3FA 3QRVA 4L1AA 2NMYA 4J17A 4PZXA 3VYDA 4EXHA 4Y43A 4WY6A 1LV1A 2WEZA 3EL9A 1MT8A 3U71A 1GVWA 3FSMA 1B11A 1A30A 4FCOA 2P3BB 1F7AA 2PK6A 4I0EA 2B60A 4XKXA 2HB3A 3SA9A 5APRE 5JFUA 4PZWA 1ZPAA 5P74A 1NSOA 3EM6A 1ME6A 4Y5GA 5OZPA 3HDKA 4DQEA 3H0BA 1EC1A 2BB9A 4AA9A 3EMYA 3FNTA 5OZ7A 5P00A 2FS4A 2R43A 1ZTZA 3L5FA 5P1JA 3SKGA 1D4HA 2R5QA 2AOHA 2QI6A 4J1CA 3HAUA 1SIVA 5I3WA 5P3VA 2IDWA 5OZZA 3SA6A 3Q4BA 5P7CA 5P0VA 5OYXA 3KYRA 3OWNA 2FXDA 3PJ6A 4I1CA 5P0YA 4B72A 4Y4JA 2ER9E 5P86A 4OC6B 4F75A 5OZAA 5P5SA 3BC4A 4Y5PA 2BPYA 2QI3A 4FRIA 2PH6A 4J1FA 1OEXA 3OAGB 5P4RA 3OXWA 4KE0A 2AOEA 2I4WA 5P73A 5KR1A 3ST5A 2HS1A 3KDBA 8HVPA 5KOSA 1OEWA 4BFBA 5P6RA 1M4HA 4Y4ZA 3DCRA 2QMDA 5OYZA 5P7KA 5P2LA 3OADA 5P5EA 5IS4A 1FMBA 1IVPA 3S85A 4Y5KA 3LIYA 3NDXA 4ZPEA 3OTSA 1LYBA 4ZSPA 3SABA 3TLHA 1Q9PA 4FAEA 4RVJA 5P5DA 1K6VA 3VFBA 3I7EA 3AUPA 4JECA 3I25A 1AAQA 1SMEA 3PI5A 5OZGA 3RTMA 3UDRA 4F76A 5P4AA 4LXKA 4YD6A 2FDPA 5P46A 3O9GA 1LF4A 1XDHA 4OBFA 3Q70A 5P6JA 5P33A 3T11A 1HPOA 3TNEA 4EHCA 3OGQA 1DW6C 4FE6A 4JPCA 5P5PA 2G1OA 4ZPGA 2G22A 2Q5KA 4JPEA 1NPWA 5P3AA 4OBJA 1RQ9A 3KDDA 2AOIA 5HE7A 3OXCA 4J1KA 1WBKA 4J55A 2OHQA 5I3VA 2WJOA 5P48A 1NH0A 5P4VA 3HVPA 5P2HA 4Y5MA 1BAIA 4Y3LA 4TRWA 4Y3XA 4DPFA 1SMRA 5P4PA 3OY4A 4F73A 3QS1A 3KF0A 5P28A 2P3AA 3D1XA 5OZXA 4I0GA 3PM4A 1M0BA 4J1IA 5KQYA 5P1DA 4LP9A 2F3KA 4NJTA 1G0VA 4CPUA 5P45A 4GJDA 4X2LA 2QHZA 5OZ3A 4YDFA 4EPJA 4Q1WA 4YE3A 3OK9A 2CENA 3GW5A 1GNNA 4I12A 4Y4DA 4Y3FA 4B0QA 3O9CA 3EM4A 3NSHA 5CLMA 3D1YA 2WEAA 3I6OA 4B78A 5P76A 2IRZA 1BWAA 4I0HA 5P1HA 3HW1A 2BJUA 1FQ6A 5DQ5A 3KM4A 5P85A 4DQBA 4F74A 5P1CA 2P3BA 3QROA 1KJFA 4QJ2A 1AZ5A 2J9KA 5OZ5A 3GI0A 2FDDA 1AXAA 4J0TA 4R5NA 5P0KA 5OZCA 3IVIA 5KR8A 4APRE 5P8MA 5IE1A 4D88A 3MSJA 3FNSA 3I2LA 2OHUA 3O9HA 3WZ7A 1LS5A 1EPPE 2AOJA 4Y3JA 1UPJA 3N4LA 5KQFA 3PHVA 5P2JA 3OU3A 2HPFA 4NJSA 3LIZA 1TCWA 3CIDA 5P5IA 3UDQA 1BVGA 4YOBA 5P2SA 2VA7A 5EZXA 3LITA 3CKPA 4MC1A 3NU3A 1APWE 5HDVA 3EBZA 5P7RA 4M8XA 4CKUA 3DV1A 1IZHA 2PMAA 5P6KA 5P0OA 2R5PA 1IBQA 3ZKNA 4DJRA 4Y57A 4B05A 1BXQA 3SM2A 2I0DA 4BFDA 4ER1E 2G26A 3OAGA 1YG9A 5P8IA 2JJIA 1UH8A 5P4MA 5P4QA 3NDTA 1HVHA 1D4YA 3MWSA 4R93A 4Y5LA 1W6HA 5P6VA 3DJKA 3KA2A 3LHGA 1FF0C 3CYWA 1W5VA 3OUDB 5P56A 3BXRA 4U8WA 7UPJA 3TOGA 3U7SA 3NLSA 4Q5MA 3KFSA 5P7QA 1MIQA 4GJ7A 4Y50A 4TRZA 3MXEA 5AGZA 4EQ0A 5P4ZA 4FL8A 4Y3MA 5P0EA 2QHCA 5P02A 5P5MA 5P51A 3WZ8A 3SM1A 3LPJA 5UPJA 2IEOA 1META 4QJ6A 1HVKA 5F00A 1GVXA 1FQ7A 3GGXA 5HCOA 5P3LA 3NYGA 5P27A 5P6GA 4EXGA 2VKMA 1BXOA 4K4QA 1QBSA 5P60A 3PLDA 2OHRA 3ZKIA 2IGYA 2ANLA 4ZEAA 1B6MA 2QI0A 3DK1A 2G27A 4YBFA 1TW7A 3D20A 5P78A 5B18A 2I4DA 1DP5A 5P7DA 4Y56A 3RTNA 3ZL7A 2H6TA 2Q55A 5P25A 1MT9A 3GI5A 3SLZA 2J9JB 2B8LA 3EKWA 2OHTA 4Y9WA 4RVIA 2ZJLA 5P7JA 5P6DA 4DJOA 2EWYA 3S54A 4Y3WA 5JODA 5DR3A 3OUAA 5P3PA 2I4QA 1FIVA 3QI1A 3QBFA 2I4VA 2BPXA 5OZJA 1QS8A 3SACA 4CMSA 2ZJKA 5P7YA 5BRYA 2Q54A 5HDXA 3IXJA 4B70A 5P8LA 5P7HA 5P87A 1HVJA 4FAFA 2XYFA 5OYSA 2ZJNA 2XFKA 5E5JA 3NXEA 3NXNA 1SGZA 5OZFA 4WTUA 2RSPA 4Q1XA 2NXLA 1MT7A 2HB2A 1B5FB 1T6EX 5DQ2A 2OHPA 2QI5A 5P1YA 5AH8A 2ASIA 1T3RA 5P8QA 4YOAA 4COEA 2APRA 4RGHA 3VEUA 5P80A 3ZPUA 1W6IA 3TTPA 3L38A 5F01A 2BKTA 4Y51A 4OBHA 4Y3DA 2G1RA 5OZ2A 5ENMA 5P1UA 3PSGA 4FIVA 3GGAA 4HDFA 1HVIA 3PCZA 5IVSA 4Y4UA 5P6BA 3L5DA 5P14A 1T7JA 4ZIPA 5P8VA 5P4JA 5P88A 1LYWA 3ZKQA 3LIQA 5HU1A 5P7XA 4Z2ZA 1TZSA 4CPRA 4Y3EA 2QZLA 3OADB 4Y3QA 2PSVA 5P8HA 5ISJA 2HPEA 3FKTA 5P42A 1LYBB 3UDNA 5P8CA 5OZVA 3OXVA 5P5UA 1IVQA 1XL5A 5P0CA 4DVFA 5P6XA 4E43A 2NNPA 3CMSA 2B42A 4JP9A 4XX4A 2VJ9A 3TKWA 1AM5A 2WF2A 5P8TA 3FX5A 3B80A 4Y4TA 3QRSA 5AH7A 5P7MA 3OXXA 4FGXA 3APRE 3PEPA 2G20A 3JW2A 4ZSRA 1YX9A 3PRSA 3EKTA 4Y58A 5P4YA 3PWWA 3VG1A 4J0PA 5I3YA 1SP5A 2PSUA 2F80A 2WEBA 5P5LA 5P8OA 5P2BA 4B1EA 2ZHSA 5P24A 3ECGA 5HE5A 1ZSRA 3QVCA 5P4FA 1W5YA 4Y3NA 2AOFA 5P5FA 2Q64A 5P0MA 2VA6A 3INFA 1CZIE 3OUCA 2NTRA 4J1HA 5P0GA 3KFPA 2FIVA 2IKOA 2QU3A 1JLDA 4YBIA 3VLBA 4Z4XA 5P05A 3UQXA 5P30A 4RZ1A 5P8UA 3VYEA 1MRXA 1GVVA 3IXKA 1CMSA 2QD8A 5OZIA 2UXZA 3EKQA 5P4LA 3WB4A 5P50A 1CPIA 2V00A 3UDYA 1HIVA 3L5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2RKF A;  5P0I A;  2RKG A;  4XXS A;  5P4D A;  3OUB A;  3DUY A;  3L3A A;  2IL2 A;  2ZJH A;  4R8Y A;  3N3I A;  3SAA A;  3QVI A;  2QAK A;  3AID A;  2BPZ A;  4AZY A;  4Y3A A;  2WKZ A;  2ZJM A;  2HAH A;  4RRS A;  5KR2 A;  6UPJ A;  1LYA A;  5P6F A;  5I70 A;  3LIV A;  3SFC A;  5DPZ A;  1G2K A;  5P3J A;  1A8K A;  5P4E A;  4EJD A;  2ZE1 A;  3O9B A;  3S53 A;  3G72 A;  5P59 A;  2VA5 A;  3BRA A;  2AOG A;  1KJ7 A;  5P4U A;  4OBZ A;  1BBS A;  3INH A;  3EL4 A;  5P0L A;  4ACX A;  5P1P A;  3UTL A;  3K5G A;  5P15 A;  5OYY A;  5P3Z A;  5P0J A;  5P58 A;  4EJK A;  1ER8 E;  3TPP A;  5P13 A;  4R91 A;  2BPW A;  5P2V A;  4EJ8 A;  5DR7 A;  1D4J A;  2IKU A;  3EL1 A;  2ZJI A;  5P2K A;  2OHK A;  2QNQ A;  3R1G B;  3VUC A;  2AVQ A;  1M43 A;  5P0T A;  5P0U A;  1BDL A;  1FEJ C;  2G94 A;  1MSN A;  5HDZ A;  3GI6 A;  1HTG A;  4MC2 A;  5P2N A;  4Y3Z A;  3URI A;  1FQ4 A;  1EPM E;  4QJA A;  3PB5 A;  1B6P A;  5P83 A;  2FDE A;  5P8N A;  1MPP A;  1ZSF A;  3SA8 A;  2QZK A;  5P5O A;  4Y36 A;  1T6G A;  5P3X A;  2O4S A;  3NR6 A;  1XS7 D; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3UQP A;  3OHH A;  4DV9 A;  4A6B A;  3NU5 A;  3R0Y A;  1B5F A;  5HU0 A;  3BUF A;  4LXM A;  4YD3 A;  5P7S A;  3VF5 A;  1TSQ A;  5P6C A;  4H3F A;  2A1E A;  5P2O A;  4ER4 E;  2CEM A;  2AVO A;  5DR1 A;  5P34 A;  1HWR A;  2QP8 A;  4HLA A;  3UDJ A;  3RSV A;  5P6Q A;  5P1W A;  5P1M A;  2P4J A;  1TCX A;  5P8J A;  4Y5N A;  5P3R A;  2F81 A;  5HDU A;  1FB7 A;  4HA5 A;  1QBR A;  2UY0 A;  3OQF A;  4PHV A;  3RSX A;  1AJX A;  3Q3T A;  5P17 A;  1LEE A;  3C9X A;  5ISK A;  3GGU A;  3T7Q A;  5P57 A;  1EPN E;  5P2M A;  2OHS A;  2QMF A;  1ZP8 A;  5P1L A;  4QLH A;  2P3D A;  2HIZ A;  5P72 A;  3DV5 A;  4JOO A;  4MC9 A;  5P7W A;  4GJ8 A;  3O99 A;  1HBV A;  5P65 A;  5COP A;  4AA8 A;  5C9B A;  4KUP A;  3SA3 A;  1YM4 A;  5P53 A;  3S43 A;  1DAZ C;  5P8G A;  3K4V A;  3SO9 A;  5HTZ A;  5P7P A;  3UFN A;  4Y44 A;  5P3E A;  1BV7 A;  3UQU A;  4Y45 A;  5P6A A;  3PMU A;  5P10 A;  4Y4B A;  3OU1 B;  2BPV A;  5ENK A;  4EP3 A;  5P5B A;  5P35 A;  5DQ1 A;  2CEJ A;  1APU E;  4ZE6 A;  4Y3P A;  3ER5 E;  3R4B A;  5P1R A;  4FM6 A;  5P77 A; 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 1MSM A;  5OZ4 A;  5P2R A;  3D3T A;  1K6C A;  3BUH A;  5P06 A;  7HVP A;  2AZ9 A;  3SA4 A;  5AHA A;  2QD6 A;  5P8R A;  5P6U A;  3OU4 B;  4OD9 B;  5P26 A;  3HD8 A;  2ZHU A;  2WF4 A;  5P1E A;  3HVG A;  4I0J A;  1DPJ A;  1A9M A;  1W5W A;  4RRO A;  4GMI A;  1BIL A;  2WED A;  4D89 A;  3S8I A;  3L5B A;  3IXO A;  5P01 A;  4HZT A;  4Y3T A;  4DJX A;  5AH9 A;  4H1E A;  2PYM A;  5OZB A;  5OYU A;  1XL2 A;  2R3W A;  2G1N A;  3K4V C;  4K4P A;  4B77 A;  4NJU A;  2NXD A;  2BBB A;  2F8G A;  4IVS A;  5HE4 A;  5P20 A;  2A4F A;  3PBZ A;  1DMP A;  3VCM A;  3BVB A;  1UH7 A;  4TVG A;  5P32 A;  5OZO A;  4DJU A;  5AHC A;  4H3I A;  4RCF A;  4YCK A;  3G70 A;  3PVK A;  4I10 A;  3KDC A;  2WEC A;  5P07 A;  3TKG A;  5P8F A;  1FFI C;  5P03 A;  5SZ9 A;  3BVA A;  4DQG A;  1BVE A;  5P0X A;  4B00 A;  2NMZ A;  5P5Z A;  4LL3 A;  1D4S A;  1K1T A;  4PYV A;  1EPQ E;  4HEG A;  3ZKG A;  4EQJ A;  3S43 B;  2I0A A;  1ENT E;  3LPK A;  3TH9 A;  4PEP A;  4GJ6 A;  4LAP A;  5P61 A;  4CPW A;  5OZ8 A;  3O9L A;  3EKP A;  4M8Y A;  1F34 A;  5KAO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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