2PWRA

Hiv-1 protease in complex with a carbamoyl decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pwrA00
3D3TA 1SDUA 3T3CA 5P5XA 2QI6A 5P80A 5P2FA 2FMBA 2VA7A 3QN8A 5P51A 4J1IA 2Q64A 1HVKA 4K4RA 1GVTA 3NU9A 4A6BA 4Y53A 5P0SA 3LIXA 3GI5A 5OYYA 1MTRA 3OQ7A 5AGZA 1G6LA 4IVSA 1EPNE 3SQFA 3D20A 3FNSA 5P7ZA 4B1CA 2QZXA 1XN2A 5P4SA 5KQXA 5P0GA 2IRZA 2G27A 1G2KA 3EMYA 3U71A 2QNNA 5P10A 2ZHSA 4RGHA 5SY3A 2OHKA 3EL9A 4APRE 4Q5MA 5I3YA 4D83A 2G21A 3S45A 4LC7A 1ZTZA 5P89A 4LBTA 4Y50A 3AIDA 4QLHA 1YTJA 3PSYA 5ENKA 5P0YA 4CKUA 5P5KA 1HPXA 5P1EA 5P44A 2ZJIA 4RRSA 3NU3A 3IVHA 5P3PA 4HDBA 1HRNA 2ZHVA 5P5GA 3QI1A 2QMPA 3U7SA 4A6CA 2UPJA 2ZJKA 5P8GA 5P0RA 4OBHA 3OADB 1C6ZA 5HE4A 5P11A 2XFKA 3OTSA 4Y36A 2WEZA 1YT9A 3PWWA 4OBKA 2APRA 2NXLA 1ZSRA 2B60A 2FDEA 5P66A 5P23A 5HU0A 3NDXA 4YD3A 5P7AA 2JJIA 3ZKIA 5P0JA 2VKMA 4Z50A 3UDJA 3OXWA 5IVRA 3S7MA 2O4NA 1MSMA 2ZJJA 4GZFA 3S7LA 3OQAA 5I3WA 1EAGA 4B00A 3TKGA 3FX5A 2B8VA 3PBDA 2QCIA 4R93A 3UDYA 2O40A 3ER3E 6UPJA 5P58A 5P87A 2I4WA 4GJDA 1ZSFA 1YM4A 2J9JB 1W5VA 1META 1J71A 4OC6B 3GGAA 5P1FA 4EQ0A 2NR6A 1KJ4A 5ENMA 1HTGA 4FM7A 5OZ9A 4GJ5A 5P3ZA 1A9MA 4YOBA 1EC1A 3KMXA 1Q9PA 1TCXA 1BDLA 3Q6YA 5P8CA 4L6BA 2R3WA 4J1FA 4Y3DA 5P73A 5CONA 2OF0A 5OZLA 4FCOA 1HXBA 3T7QA 7HVPA 1GVWA 4Y4WA 5P20A 1GKTA 5AHAA 2R9BA 1EPME 1MEUA 2Q3KA 5P64A 1QRPE 4DJQA 5P0HA 2P3BA 5P8PA 5DR7A 1Z8CA 1B6MA 2WF2A 4LXMA 3RTNA 1IVPA 2AZCA 1B5FB 3R0WA 3VFBA 5P6WA 4Q1YA 1MVPA 4J1CA 2HS2A 3OU4B 1K6TA 1NPWA 4Y54A 3JVWA 5OZYA 3O9LB 5DQ4A 3PEPA 1QBRA 5P5WA 4EP2A 4Y37A 5P6OA 1LYWB 2OHQA 1MRWA 1WKRA 4FSEA 3AUPA 2VA6A 3I8WA 2ZYEA 5OZKA 4XX3A 4I11A 4L1AA 1QBTA 3URLA 3OGPA 3EM3A 3URJA 5HDUA 2FGVA 2WF4A 5P3NA 3C9XA 5OYUA 3LZUA 3NUOA 5C9DA 4Q1WA 5OYSA 4Y4AA 5P1WA 5P0QA 2PYNA 3KDDA 3ZKSA 5P4VA 3T11A 3LPKA 4EWOA 1PSAA 4EHCA 2HB3A 1IVQA 4MC9A 5P03A 5P6QA 5P0BA 2UXZA 5P0UA 5P17A 5ER2E 5P1KA 1EPQE 3QIHA 5P2IA 2I4XA 4FRSA 2J9JA 5P8QA 1SBGA 1IIQA 4L7HA 3TKWA 2IEOA 1LYBB 1TW7A 4YBIA 5OZPA 3K4VC 5P4OA 3OQDA 2PH6A 1XE6A 2WEBA 1CZIE 4Y9WA 5OZ3A 2ZHUA 2PSGA 5P1ZA 5P2QA 4LXKA 5P6VA 4FL8A 4X7IA 4H3IA 5IVQA 1HWRA 2A1EA 2VS2A 5COPA 3K1WA 4RVIA 5DR4A 2NXMA 5P28A 3SA3A 2AVSA 2OHLA 2PK5A 5P3WA 5P7MA 2G24A 3KM4A 1E5OE 1PFZA 4A4QA 2QI3A 1BDRA 2QI7A 3QAAA 5P01A 2QU3A 1NSOA 3NDTA 5OZ1A 4R95A 5P0KA 2I0AA 1HVLA 1PPKE 4GJAA 3IAWA 3BVBA 5P4JA 4HE9A 3PI0A 5P24A 3OUDA 3EKXA 4ZPFA 1ZJ7A 4ZPEA 5DR8A 3S54A 5P53A 2V11C 2CEMA 4NJSA 4R5NA 4Z22A 5T4SA 5P1XA 1NH0A 2IQGA 4OBJA 1W6HA 4ZSMA 3UFNA 5KR8A 5P79A 2OAHA 5P48A 1PROA 5P41A 4J17A 1ZPAA 1FQXA 2Z4OA 5P60A 1HVJA 3MWSA 3WB5A 4I0DA 3N3IA 3MSKA 3NR6A 5DQCA 3Q5HA 5OZUA 3UHLA 5BRYA 1EPLE 2HAHA 4F74A 1PSOE 3A2OA 4AA9A 5P76A 3B7VA 1ZBGA 5P6RA 3QVCA 5P63A 5P7KA 5P6FA 4Y5LA 4Y3FA 4CPQA 3SA8A 5I3XA 5P0VA 1RNEA 4GJ7A 4TRWA 1B6PA 1OHRA 5P70A 5P43A 2QMDA 3KA2A 4LAPA 4FRJA 4PPHA 4YCYA 1ZAPA 5I3VA 1BVGA 5OYQA 1APVE 4FM8A 5TOLA 3MSJA 4F75A 4BFBA 5P7RA 2BBBA 4Y3SA 3BUHA 5P5HA 2RKFA 2ER6E 4Y3HA 3TLHA 5P6YA 5P4HA 1B6LA 1D4SA 4D85A 1SDTA 2BKSA 2R38A 2ZGAA 4RYCA 4FS4A 3TOGA 2NTRA 4Y4ZA 3UDNA 3PVKA 5C9BA 5OZVA 1EC3A 5P78A 3S56A 1VIKA 1FG6C 5SZ9A 1QBSA 5P16A 5P8HA 4DH6A 4WTUA 2RMPA 4OBFA 3L5DA 5P8JA 2JE4A 2WF1A 5P02A 5OYVA 2AZBA 3PBZA 6FIVA 4K4PA 4BEKA 1EBZA 3VSXA 1HIIA 1HSIA 1BXQA 5P38A 3R2FA 3H5BA 3O9GA 4JOOA 4J0VA 5P2EA 1NPAA 4K9HA 1AAQA 3H0BA 4R91A 2PWCA 3IVIA 3FIVA 3K4VA 1GVUA 5P1IA 5COOA 2BJUA 4EXHA 3OQFA 5P1PA 3HBOA 4Q1XA 7UPJA 1GNNA 3KN0A 4GJBA 2BB9A 4FAEA 3RTMA 2FS4A 4DJVA 4RZ1A 3INEA 3KMYA 1HEGE 1LF2A 2QU2A 4I0HA 2ZE1A 3SKGA 5HE7A 5IVTA 5P6MA 3HW1A 5P3SA 4WY6A 5P7IA 5P7OA 5HE5A 5P37A 1KZKA 1HVHA 1W6IA 3LZYA 5P7TA 5PEPA 3HZCA 3GGVA 4YD6A 4Y56A 2AOEA 3OTYA 3NDUA 4J1HA 5P8TA 1HBVA 3ST5A 5OZ2A 4PHVA 1MTBA 3CICA 5P00A 3FNTA 1MT7A 3UQWA 1D4HA 5P36A 5P6SA 2PSUA 2PC0A 4D8CA 4HDFA 2AOJA 5SXNA 5P7LA 2PK6A 5P2XA 4CPUA 2F3EA 5OZTA 3NXNA 4D89A 4DJPA 3BUFA 5P8DA 2AODA 3OUAA 3WZ8A 1MPPA 4DJXA 5P6DA 3NLSA 1Z1RA 5P6JA 3KFNA 3OXXA 3Q3TA 5P8BA 3WSJA 5OZ7A 2P3AA 3RTHA 2VNNA 4U7VA 4HEGA 4FIVA 1APUE 4Y3AA 4R92A 4Y3EA 5P22A 5P4FA 4Y4DA 1FGCC 3D91A 1BV7A 5FIVA 1IDAA 3PMUA 3BC4A 5P4LA 1EPPE 5P0AA 2ZHTA 4I0ZA 1K1TA 1QS8A 3HVPA 5OZAA 4Y6MA 2JJJA 1Z1HA 5P4XA 5OYRA 5P7FA 4UPJA 3OU1A 4Y3LA 4Y5EA 1LS5A 1KJ7A 2WF3A 1TSQA 4Y5KA 5P0DA 5P7DA 2SAMA 5P8EA 2AIDA 1A94A 3SM1A 2HB2A 2WKZA 3CIBA 2IENA 3TTPA 5OZGA 4H1EA 5P8VA 3PLDA 2WL0A 1XL5A 1AIDA 2CENA 3NDWA 2P3BB 3TPRA 4I0GA 5IS4A 1EPRE 5P2OA 5P5OA 5P8FA 2RKGA 5HU1A 1HSHA 4IVTA 2OHNA 5P2BA 2PSVA 4YCKA 1MRXA 1AJVA 1MERA 1MT8A 4J0YA 3PB5A 3ZPTA 3GI6A 5P4AA 2G1OA 2H6TA 5P7VA 3TNEA 5P5IA 4CPTA 5P1OA 1HPOA 2WEAA 5P83A 3SABA 1XE5A 3VV8A 9HVPA 3UDKA 3TPPA 5AH6A 4MC6A 3EM4A 5EZXA 4JP9A 3PM4A 4YBFA 5OZ6A 5P0TA 2AOGA 5P3KA 1SMEA 5OZZA 1LZQA 4L1AB 3NSHA 1HTEA 3OWNA 5P6EA 1ZP8A 4NKKA 2ZJLA 3FSMA 5P50A 5P33A 5P3EA 4FRIA 3K5DA 5DGUA 3OAGA 4I8WA 3N4LA 3SACA 3APRE 3DOXA 4J55A 3O9BA 4TVHA 3R0YA 1UH8A 1APTE 5JFUA 1SGZA 3PGIA 2QI1A 4HLAA 2BPYA 3SLZA 1IZIA 3VLAA 4JPEA 3INHA 3L5EA 4B0QA 1K2BA 5DR1A 4DV9A 3DV1A 3QBHA 4GJCA 5P1UA 4LXAA 4E43A 1FIVA 2NMYA 3VYDA 4Y4UA 5P4PA 5P0ZA 3CKPA 4GJ9A 5E5KA 4YCTA 5OZOA 1EPOE 3L38A 2ZJNA 5OZQA 3IN3A 2I4VA 5P1LA 5P8IA 3F9QA 2G1YA 1EBWA 4EQJA 2BKTA 2F3FA 3D1YA 2XYFA 3Q70A 2F80A 1APWE 4Y45A 2CEJA 5P30A 2O4PA 4PYVA 2R8NA 1UH9A 1C6YA 4B1DA 1MT9A 3OU3A 1AZ5A 1YTHA 3EKQA 5P3UA 4Y44A 4ZEAA 4GMIA 3PSGA 4I12A 2Q54A 1FQ6A 3O9DA 5P35A 4GB2A 3L58A 5AH8A 2AVVA 3OUDB 1B6JA 3FV3A 4BELA 4Y3GA 5P68A 2A4FA 1E81E 3UCBA 2IGXA 5P3XA 3SA7A 1ER8E 1EBKC 1BBSA 4DJYA 3SAAA 4JECA 3BGCA 4XKXA 1PSNA 1SP5A 3O99A 3SA5A 3K5CA 5B18A 2B8LA 5P5DA 1G35A 1OD1A 2EWYA 5P8NA 4B77A 5P5NA 2JXRA 2P83A 2QAKA 5P34A 3I7EA 3CKRA 5OZ4A 5P2MA 3KFSA 2UY0A 5P07A 1T6EX 3INDA 5P2KA 3KT2A 5OYWA 4B72A 4YD5A 1ODYA 2IDWA 5P6KA 1D4IA 5DPZA 1DP5A 3O9EA 4GJ8A 5KOSA 4D88A 1M4HA 3NXEA 4H3GA 3RU1A 3L5FA 5P7PA 4B1EA 4EPJA 5P6PA 5P7BA 3BXRA 4Y3PA 5DQ2A 2QZLA 2FXDA 3FNUA 4KUPA 3B80A 5P8SA 4F76A 2OHMA 5HD0A 5OZJA 5P3OA 5AH7A 3VF5A 2G1NA 1BIMA 5P8LA 3JW2A 2IGYA 4LP9A 4APEA 3ZOVA 5OZCA 4Z4XA 3MSLA 1WBKA 4CMSA 5P3RA 1C70A 2AZ8A 2VA5A 5OZNA 3GGXA 4NPUA 3CKTA 2V12C 4ZSRA 2WJOA 3QRVA 3BGBA 5P46A 3EL4A 1YX9A 5KQYA 2I1AA 1FKNA 4M8YA 2P4JA 3UFLA 5KQZA 1FMBA 5P25A 1SIPA 2VIEA 4YE3A 5P15A 3DCRA 3PCZA 3ZLQA 5P2DA 5OYZA 3TOFA 1BWAA 4YDFA 4Y3JA 2R5PA 1T6GA 1AJXA 4S1GA 3VCMA 5HVPA 4EYRA 3SA6A 3QRMA 4GYEA 1HVIA 3LIZA 4DUSA 4NPTA 2G26A 3EL5A 4Y5GA 3WB4A 2O4SA 4DVFA 1MSNA 1TQFA 2QD6A 1ZPKA 2I0DA 3LZVA 3G6ZA 4Y57A 5APRE 5P1HA 1BXOA 5P5QA 3ZL7A 5P1DA 3I2LA 3EL0A 3LIYA 1HVCA 2NNKA 4J0PA 5P3AA 3HVGA 5P1SA 4Y5NA 5P5RA 5P8OA 5DR0A 5P5SA 5P7XA 4YHQA 3Q4BA 3T6IA 4U8WA 4FAFA 3S43A 3KF0A 1RQ9A 4I10A 2PH8A 2HPFA 5P6XA 5P4EA 3TL9A 2FGUA 1YG9A 5DQ5A 3OGQA 5F00A 3ZKGA 5P0FA 5P2YA 3HAUA 1F7AA 4B05A 4H3JA 5P3FA 3CYXA 1HIVA 6APRE 3WZ7A 2F8GA 5P4WA 3PJ6A 4FM6A 3EBZA 3S8IA 2R3TA 3GW5A 3ZKMA 1W51A 5P7HA 1SIVA 4Y35A 2IKUA 1FFIC 4Y4JA 3OXCA 5P45A 2WEDA 4PEPA 5P86A 3O9AA 5P82A 5IE1A 3OOTA 5P1CA 2XFIA 5OYXA 2QD7A 5P1BA 4K8SA 3INFA 5P6HA 2OHRA 3VYEA 1T3RA 5C9FA 2OHPA 1AM5A 2Z54A 3S53A 2I4QA 2QHZA 5CLMA 4HDPA 5P8UA 4FLGA 4LHHA 3OU1B 4L7JA 2WF0A 5P5ZA 5AHBA 1HVRA 3L5CA 2QNPA 3LZSA 3UDHA 4QJ9A 1EBYA 2FIVA 3U6AA 1DMPA 1A30A 2XYEA 4Y5BA 3L5BA 4N00A 5P06A 1YTGA 5P0OA 4DQCA 5P3CA 5P4RA 2Q5KA 5P1GA 5IVSA 4Y3ZA 4F73A 3I25A 4ZPGA 1GNOA 4KE0A 3RSXA 4I0EA 5OZFA 4DJRA 1RPIA 1AVFA 1XL2A 3TPLA 4Y4XA 3QBFA 4K4QA 1N49A 4XXSA 1LV1A 5KOQA 3OOZA 3UQUA 3RSVA 5HCTA 5HTZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D3T A;  1SDU A;  3T3C A;  5P5X A;  2QI6 A;  5P80 A;  5P2F A;  2FMB A;  2VA7 A;  3QN8 A;  5P51 A;  4J1I A;  2Q64 A;  1HVK A;  4K4R A;  1GVT A;  3NU9 A;  4A6B A;  4Y53 A;  5P0S A;  3LIX A;  3GI5 A;  5OYY A;  1MTR A;  3OQ7 A;  5AGZ A;  1G6L A;  4IVS A;  1EPN E;  3SQF A;  3D20 A;  3FNS A;  5P7Z A;  4B1C A;  2QZX A;  1XN2 A;  5P4S A;  5KQX A;  5P0G A;  2IRZ A;  2G27 A;  1G2K A;  3EMY A;  3U71 A;  2QNN A;  5P10 A;  2ZHS A;  4RGH A;  5SY3 A;  2OHK A;  3EL9 A;  4APR E;  4Q5M A;  5I3Y A;  4D83 A;  2G21 A;  3S45 A;  4LC7 A;  1ZTZ A;  5P89 A;  4LBT A;  4Y50 A;  3AID A;  4QLH A;  1YTJ A;  3PSY A;  5ENK A;  5P0Y A;  4CKU A;  5P5K A;  1HPX A;  5P1E A;  5P44 A;  2ZJI A;  4RRS A;  3NU3 A;  3IVH A;  5P3P A;  4HDB A;  1HRN A;  2ZHV A;  5P5G A;  3QI1 A;  2QMP A;  3U7S A;  4A6C A;  2UPJ A;  2ZJK A;  5P8G A;  5P0R A;  4OBH A;  3OAD B;  1C6Z A;  5HE4 A;  5P11 A;  2XFK A;  3OTS A;  4Y36 A;  2WEZ A;  1YT9 A;  3PWW A;  4OBK A;  2APR A;  2NXL A;  1ZSR A;  2B60 A;  2FDE A;  5P66 A;  5P23 A;  5HU0 A;  3NDX A;  4YD3 A; 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 5P5H A;  2RKF A;  2ER6 E;  4Y3H A;  3TLH A;  5P6Y A;  5P4H A;  1B6L A;  1D4S A;  4D85 A;  1SDT A;  2BKS A;  2R38 A;  2ZGA A;  4RYC A;  4FS4 A;  3TOG A;  2NTR A;  4Y4Z A;  3UDN A;  3PVK A;  5C9B A;  5OZV A;  1EC3 A;  5P78 A;  3S56 A;  1VIK A;  1FG6 C;  5SZ9 A;  1QBS A;  5P16 A;  5P8H A;  4DH6 A;  4WTU A;  2RMP A;  4OBF A;  3L5D A;  5P8J A;  2JE4 A;  2WF1 A;  5P02 A;  5OYV A;  2AZB A;  3PBZ A;  6FIV A;  4K4P A;  4BEK A;  1EBZ A;  3VSX A;  1HII A;  1HSI A;  1BXQ A;  5P38 A;  3R2F A;  3H5B A;  3O9G A;  4JOO A;  4J0V A;  5P2E A;  1NPA A;  4K9H A;  1AAQ A;  3H0B A;  4R91 A;  2PWC A;  3IVI A;  3FIV A;  3K4V A;  1GVU A;  5P1I A;  5COO A;  2BJU A;  4EXH A;  3OQF A;  5P1P A;  3HBO A;  4Q1X A;  7UPJ A;  1GNN A;  3KN0 A;  4GJB A;  2BB9 A;  4FAE A;  3RTM A;  2FS4 A;  4DJV A;  4RZ1 A;  3INE A;  3KMY A;  1HEG E;  1LF2 A;  2QU2 A;  4I0H A;  2ZE1 A;  3SKG A;  5HE7 A;  5IVT A;  5P6M A;  3HW1 A;  5P3S A;  4WY6 A;  5P7I A;  5P7O A;  5HE5 A;  5P37 A;  1KZK A;  1HVH A;  1W6I A;  3LZY A;  5P7T A;  5PEP A;  3HZC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SMR A;  5P4K A;  4U7Q A;  5P0N A;  4DI2 A;  3QS1 A;  2WEC A;  3D1Z A;  4YDG A;  2G22 A;  5OZ8 A;  3SO9 A;  5P1N A;  2REN A;  4DQG A;  3UDP A;  5EZZ A;  4PZW A;  5P39 A;  5P27 A;  1K6V A;  5P4U A;  5P5A A;  1HOS A;  2G20 A;  5DQ1 A;  5OZB A;  5P1A A;  3UDM A;  3UF3 A;  2P3C A;  5OZD A;  8HVP A;  1LYA A;  4H3F A;  4Y3W A;  4Y4G A;  2ZHR A;  3DK1 A;  1QBU A;  4RRN A;  1FFF C;  5P6B A;  4ZIP A;  5P62 A;  5P2L A;  3ZKQ A;  2ER7 E;  5P4Y A;  5P8M A;  5P7G A;  5P4T A;  5P3Y A;  5P12 A;  3O9I A;  1W50 A;  3BHE A;  3DCK A;  5P7Y A;  2QK5 A;  5P7C A;  2HPE A;  5P2V A;  4QGI A;  1ODW A;  3EKW A;  5AHC A;  1UPJ A;  1FQ8 A;  2FNS A;  3ZMG A;  4FGX A;  4MC2 A;  5P4I A;  1HXW A;  3VG1 A;  3G70 A;  5P2G A;  3VEU A;  4GJ6 A;  1NPV A;  3VV7 A;  3TOH A;  5P3V A;  2PWR A;  1HPV A;  3NYG A;  2ZJM A;  4Y43 A;  3PRS A;  5P5T A;  1XDH A;  2QP8 A;  3EC0 A;  3HDK A;  2QMF A;  4DQF A;  5HDZ A;  5P61 A;  3UQX A;  5P1J A;  3UDQ A;  2ASI A;  5P6T A;  1WBM A;  3EL1 A;  5P13 A;  1EC2 A;  3BRA A;  1D4L A;  1FQ5 A;  5P6U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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