2PYMA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pymA00
4DQBA 3EL9A 1HEFE 3F9QA 3EXOA 4FM6A 1GVUA 3D1ZA 1BVEA 3EMYA 2RMPA 5ER2E 5P7LA 2P83A 4Y3AA 4TVGA 4OBKA 1ZJ7A 3TPLA 2VA6A 3PI0A 4APEA 1DPJA 2EWYA 1EC1A 5P6TA 3VYFA 2F3FA 4K9HA 5P1QA 1VIKA 1MT9A 5P0MA 2FNTA 3JVYA 5T4SA 2OHSA 3I8WA 4F73A 4CPTA 6UPJA 4H3JA 1HVCA 1PSAA 4Y3YA 5P0VA 3VYDA 4I0ZA 2WEZA 3EKWA 5P72A 1EC2A 3APRE 5OZJA 5P1BA 1B6JA 2BPZA 4L6BA 5P1KA 2QZWA 3UTLA 3GI4A 3KT5A 1YTHA 5HDVA 2AOCA 2IKOA 4LP9A 3LZYA 3LINA 5P55A 4B77A 3VSXA 4YBIA 3HBOA 5P6EA 4Y3GA 3PWWA 3KDDA 2ANLA 4GJ5A 2BPYA 5OZ6A 4Y4UA 1PROA 3QS1A 4FM8A 5P4MA 5P0TA 2NMYA 4YCKA 5P5ZA 4Z2ZA 3PI5A 4QGIA 4GJ6A 4Y9WA 3OAGA 2ZHRA 4DQGA 2R8NA 2AZ8A 2XYEA 5AH6A 3OQ7A 4APRE 4OC6B 4K4QA 3NUJA 1ME6A 2I4XA 3N4LA 1MERA 2BPVA 5OZQA 3UCBA 3QI1A 3NYGA 4Y37A 4Z4XA 4RCDA 5I3YA 1W51A 4I0IA 2BPXA 3GI5A 3PSUA 5P3NA 5P05A 1HSIA 4FAEA 4Y3PA 1E5OE 3OADB 5P1RA 5P7DA 5P7QA 3SAAA 3INEA 3UQPA 5P6OA 3H5BA 5JODA 2ZHSA 3KMXA 4Y5AA 3EKYA 1J71A 3LIXA 5ISKA 5P8DA 1XL2A 4FE6A 3OUAA 3VLAA 2OF0A 5P1IA 5KR2A 3UQWA 2VA5A 1UPJA 1XE6A 5P69A 1DAZC 1DW6C 2AOHA 4FCOA 5P4DA 5KQZA 3VF5A 5P4IA 5OZPA 3BGBA 1PPLE 3KFRA 4DPFA 4Y4XA 3A2OA 1C70A 3HZCA 5P4WA 5OYWA 2B7FA 4Y4BA 2A1EA 5P0AA 4Q5MA 3KT2A 3PSGA 4Y3NA 5P2BA 5P2LA 7UPJA 2V00A 2ER7E 5P1UA 4Y3SA 5P3ZA 5P4FA 3EKTA 5P6VA 5P0PA 5P7XA 1SMRA 5P57A 3C9XA 3Q70A 5PEPA 1ZLFA 3IN3A 5P7RA 5P7EA 2B8LA 1ODWA 3RSXA 4Y5EA 5OZ9A 3N3IA 1K6VA 5P1NA 3JW2A 3K4VC 1K2CA 3PB5A 2H6TA 4A6CA 3U71A 1AJVA 5P2WA 5P79A 2I0DA 2P3AA 1IBQA 2OHPA 3RVIA 2QI5A 5P3SA 5P4RA 5E5JA 4DQCA 5P4XA 2FS4A 1EC0A 5P2HA 2AVMA 1EPQE 3DK1A 4J5JA 4J0ZA 1Z1HA 1HHPA 4EXHA 3DM6A 5P26A 5P1OA 5OZEA 4J1FA 5DQ2A 2Q11A 5P02A 1FKNA 4FSLA 1B5FB 2V11C 5P0ZA 4EP2A 1BV9A 5P3IA 4Y41A 3S45A 1LV1A 3EKXA 3QP0A 2FXEA 2QZKA 5OYSA 2QU2A 5P3BA 2ER0E 1LYBA 5P7OA 3KFPA 4J0VA 1FQ4A 4TRZA 4RVXA 4TRWA 1T7KA 1HVKA 2BJUA 1ZPAA 3ZKGA 4AA9A 1BIMA 4NPTA 2JYSA 2FDPA 1T7IA 3OU1B 1FMUA 5KOQA 3ZKIA 5P0XA 3EKVA 2Z4OA 3GGVA 5P47A 1PPME 3D3TA 4BFDA 5OZNA 3OUDA 5P4YA 3G6ZA 3ZKNA 3S85A 1W5WA 2QMGA 2JJJA 5P3WA 3UDHA 5J25A 5KQXA 1KJGA 2Q64A 4Y43A 5AGZA 1MSNA 4FS4A 3SFCA 2CEMA 1LS5A 2I4QA 5HE7A 3Q4BA 4Q1NA 3TOFA 2SAMA 4NPUA 4DV9A 4J17A 1M43A 1B11A 3I25A 3RSVA 5P6PA 4EWOA 1QDMA 2OHRA 1GVXA 3SLZA 2ZJMA 3KN0A 2R3WA 2I4UA 5OZLA 1HVLA 5P18A 5P44A 1OEXA 2VJ6A 5P2YA 4YE3A 1APUE 1DIFA 5HE5A 3G72A 2OHLA 4HLAA 5F00A 1YX9A 3RTMA 3FNTA 2UXZA 4L7HA 2FDEA 5P6GA 2PK5A 5P85A 3ER5E 2CEJA 3OHFA 2Q55A 3NU3A 4KE0A 3SA5A 3TLHA 3OTYA 5JFUA 3OUBA 5P2JA 3O9AA 3O9LA 2R5PA 3CKPA 4CPQA 1W5XA 5P7YA 4J1KA 1W50A 3QN8A 2P3BA 5P3UA 3SA4A 3S43A 3SQFA 3UDJA 1M4HA 4H1EA 1MT7A 5P6HA 2PSUA 4LL3A 3RTHA 1D4KA 3S2OA 1JLDA 2BPWA 2O4LA 4YOBA 5IVTA 3OTSA 3UDQA 1C6ZA 5DQ4A 3TOGA 4KB9A 4B1EA 4MC2A 3LIYA 4Y3RA 4OD9B 4GJDA 2QNPA 4PZXA 5P43A 3ER3E 4Y5MA 2NMZA 2IL2A 3UQUA 3OXVA 5P4PA 1Q9PA 2AVVA 5KR1A 2J9JA 4I0GA 3VYEA 4GJ8A 5DQ5A 1F7AA 5P25A 5P8CA 3VCMA 3UFNA 2ZYEA 1K2BA 2AODA 4OBZA 2IGXA 4RRNA 5P1MA 4RVJA 5P5HA 4WTUA 1BWAA 4EPJA 2ZHUA 3K1WA 2ZE1A 3UDMA 2F3EA 3CYXA 3ZKXA 2J9KA 2QI4A 5P48A 1NH0A 4GB2A 4Z50A 5AHBA 2BKTA 1PFZA 5P3EA 4TRYA 5I70A 5BWYA 5P66A 5P67A 3FNSA 3PBZA 3TH9A 1DMPA 1HVSA 3DJKA 4RZ1A 5P0IA 2IS0A 3I6OA 5AHCA 2OHMA 5ENMA 5P3CA 4OBDA 3OQKA 5P11A 4R93A 5SXNA 5P2NA 5P2QA 3L5DA 3KM4A 4PZWA 3ZKMA 2FLEA 3OXWA 4J1IA 3VFBA 5P5IA 1AXAA 3SA6A 3BUGA 5P8RA 2FMBA 4D89A 3NDTA 3KF0A 4Y3XA 5I3XA 5P8AA 3INDA 3PRSA 2G20A 3TPPA 4F75A 4LXMA 2QNNA 1FG6C 1EBKC 5P8MA 3GW5A 4Y3QA 3EBZA 4L1AB 4XXSA 3OGQA 5P4CA 5P0KA 5P7HA 2HB2A 3R4BA 3VF7A 3T11A 3L5EA 5IVQA 3NXNA 1C6YA 4MC1A 3VFAA 4J1CA 3BHEA 5P2FA 1FFIC 3M9FA 4Y3DA 5P71A 5P6ZA 1SIPA 3HLOA 3TKGA 3L5FA 3TOHA 2AOGA 1G0VA 4K4PA 1IDAA 4ZPFA 3FSMA 3KMYA 4YD4A 5OZHA 2Q54A 5P5EA 3L59A 4OBJA 4Y4AA 5P1GA 4RCEA 4HVPA 2QI7A 4OBFA 4J1HA 5P78A 3IGBA 1T6GA 2NXLA 2O40A 1G6LA 3GI6A 4DVFA 4B1CA 1ZSFA 5P13A 5P3AA 4I8ZA 4YDFA 3T7QA 4Y5CA 2IRZA 5P3XA 1RQ9A 4Y5BA 4I0HA 5P34A 3PMYA 2AOFA 1MT8A 4U8WA 3O9CA 1G2KA 4YHQA 5P10A 5P1AA 4EP3A 5P0NA 2G22A 4Y50A 3UHLA 2QMFA 5OZTA 5P36A 5P3MA 5C9BA 5P3OA 1EBYA 2UPJA 5P5CA 4J55A 1W6IA 1LF3A 1MESA 4QJ8A 2QZLA 1G35A 1LEEA 3LIZA 3QVCA 5P6KA 2ASIA 4Q1XA 1NPVA 3BUFA 3BXRA 5P1PA 4HDBA 5P6MA 2I1AA 3MXEA 4Y5NA 4LAPA 5P5XA 1PSOE 5P06A 2R9BA 3SA9A 3LITA 5OZFA 1FLHA 5P3JA 4DJUA 5P6CA 4B0QA 3CKTA 4HE9A 5P31A 5P52A 3ZPUA 1YTGA 4Y6MA 1WBMA 3VG1A 3OAGB 3QVIA 4Y3LA 3NR6A 1EPLE 1EPPE 1MRXA 2PC0A 5P73A 5P8BA 4CKUA 5P8OA 4FSEA 3KDBA 2FDDA 5P8JA 4RLDA 2ZDZA 2AVQA 2ZJLA 6FIVA 1D4IA 3PLLA 3VUCA 1YM2A 4MC6A 1FEJC 4NJSA 4TVHA 3EKQA 5P63A 5P4AA 4OBHA 1SGUA 5P6FA 4DFGA 1FQXA 1ZSRA 5P2OA 5P30A 4CMSA 4Y44A 2OHNA 3EM4A 4B1DA 3K5FA 5P6WA 3IAWA 1KJHA 4BEKA 4ER4E 5P0FA 1Z8CA 1XDHA 4YBFA 2H6SA 4FRJA 2VS2A 3TPJA 5P7GA 5P5PA 3IVHA 2NXMA 3Q5HA 3S56A 3GGXA 2WEDA 1GNMA 3NDUA 3SO9A 3TL9A 2G1YA 2P3CA 3TTPA 2QMPA 4J0YA 1MIQA 5P5YA 5HDZA 4GJ7A 4I12A 3I2LA 5P8LA 4Y48A 5P2GA 5IVSA 4DJOA 3OU3A 5COKA 3S7LA 5COOA 5P2VA 2R43A 5P87A 5P1ZA 4ZIPA 1BDQA 4DJRA 1MTBA 5P8EA 4L7GA 4Y36A 4FAFA 2XYFA 4Q1WA 2QD8A 1MRWA 4U7QA 1NPWA 3ZKQA 3HAWA 2G21A 2UY0A 3SM1A 5EZZA 2WJOA 1KJFA 4JP9A 5B18A 4DJQA 4H3FA 2HB3A 2A4FA 2B42A 3OWNA 3D1XA 3QRVA 3ST5A 4EQJA 3NU4A 3B80A 4DJYA 5P1TA 5P53A 1EBWA 5P6SA 5P2SA 4Y35A 5P7PA 5P4GA 5OZZA 2G69A 1OEWA 3SKFA 3HAUA 3DCRA 1D4JA 1HVJA 3EC0A 5P1VA 4X7IA 2VJ9A 1W5YA 2O4KA 4I10A 5P0CA 3TKWA 4DJPA 4YOAA 1PPKE 2FGUA 4ZSMA 1HBVA 2NXDA 4Y4ZA 1B6LA 5TOLA 5P3GA 2ZHTA 4GJAA 5P4KA 5P3QA 2P4JA 3EL0A 1ODXA 2WF0A 4F76A 4EHCA 6APRE 1RNEA 5IE1A 3IXOA 2HM1A 3PWRA 5P74A 1A8GA 4Y4DA 3D1YA 3BRAA 5KQYA 1LF2A 2FIVA 5HDUA 1KZKA 2NR6A 1B6MA 2QMDA 5P39A 2VJ7A 1KJ4A 5UPJA 5OYTA 5OZVA 5P19A 2OHKA 3LZUA 3OU4A 3L5BA 4FRKA 3SA8A 3LIQA 3PGIA 1LYBB 3DV1A 3IVIA 3NU6A 3ZOVA 5P2UA 5P8VA 5P3HA 2NTRA 3WZ8A 3AIDA 5F01A 4QJAA 3NSHA 3VV7A 1GKTA 3PSYA 5P3TA 4Y4WA 3D91A 1LF4A 5P6IA 3KDCA 2FGVA 1EBZA 4Y3EA 3QAAA 2QAKA 3UPJA 3OU1A 5P12A 5BS4A 2IKUA 5OZ8A 2PH6A 5OZ0A 3L58A 5P03A 5P29A 4LBTA 5P4TA 3OUDB 4GYEA 3SA3A 1GVVA 1APVE 5P1SA 3CMSA 3EL5A 2PK6A 5P35A 1HRNA 1U8GA 5OYXA 2HC0A 3UDKA 1HXWA 4ZSRA 4Y3MA 5P2CA 2QI0A 3QIHA 4Y3TA 5APRE 5HU1A 2O4SA 5KR0A 1D4SA 1YM4A 5P46A 1SDTA 5DQCA 2QHYA 2QCIA 5P1DA 4QJ2A 5P1HA 3NWXA 1E82E 1TCXA 3CYWA 5P5BA 3OOTA 4R8YA 4CPWA 3KA2A 4B78A 1YTJA 2HPFA 2AOIA 4COEA 1XS7D 2F80A 3URIA 8HVPA 5OZMA 5P7VA 5P24A 5P7AA 4YCTA 3GI0A 3APPA 4Z22A 4DQFA 5P0HA 1GVTA 1YT9A 3HD8A 3NLSA 3PHVA 1QBRA 5P37A 3TNEA 2HS1A 1SGZA 3UF3A 3LZVA 2WL0A 5P2ZA 5P68A 3O9LB 5P84A 3PWMA 5OZ7A 3VLBA 4F74A 3DUYA 5P0WA 5P8GA 5P8QA 5OZKA 3URJA 3O9IA 5P33A 5P0DA 2PWCA 2P3BB 5KQFA 1APTE 5OYYA 3ZPTA 4NJVA 4CPSA 2VA7A 2QZXA 5P49A 1XL5A 2AOEA 1B6PA 4Y3ZA 5P3PA 4YD3A 3L3AA 1T3RA 2IGYA 2V10C 2XFJA 4Y47A 2HAHA 1T6EX 2VKMA 3NU5A 5P5TA 2RSPA 5DQ1A 4B70A 4Y5GA 4QJ9A 3O99A 5P7ZA 3QBFA 2R5QA 5P4ZA 2J9JB 4LXKA 5P7IA 3WB5A 4HA5A 5P7JA 3FIVA 5OZIA 2O4NA 3JVWA 4PPHA 4RVIA 2WF3A 5P2DA 2WF4A 3VV6A 1HTFA 1FF0C 5P04A 5P7FA 2V13A 4DUSA 5P20A 1CMSA 3Q3TA 5DGWA 2HPEA 1HOSA 5P89A 5P5MA 5HDXA 1M0BA 2MIPA 2QI1A 5P4SA 1EAGA 5P1EA 4D8CA 4I0FA 1FGCC 5P50A 5P3RA 1SH9A 4DH6A 4DQEA 3SACA 1HEGE 3MSLA 5OYRA 2QI6A 3PVKA 5P7BA 1HXBA 5CONA 4Y4EA 2RKFA 4DJWA 5DR7A 5DR1A 1UH8A 5HD0A 5P22A 5P5AA 5DR3A 1HWRA 4Y57A 2PWRA 3BC4A 5P1LA 5P0YA 1RV7A 3LNKA 5COPA 5P3DA 1XE5A 5P01A 5P8PA 4Y4TA 1LYWA 4D88A 3HW1A 5DR4A 5P6UA 4PHVA 5OYUA 1MSMA 5OZ1A 5P4VA 2QNQA 5P0BA 1LYAA 1B6KA 3OK9A 1A30A 2PMAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DQB A;  3EL9 A;  1HEF E;  3F9Q A;  3EXO A;  4FM6 A;  1GVU A;  3D1Z A;  1BVE A;  3EMY A;  2RMP A;  5ER2 E;  5P7L A;  2P83 A;  4Y3A A;  4TVG A;  4OBK A;  1ZJ7 A;  3TPL A;  2VA6 A;  3PI0 A;  4APE A;  1DPJ A;  2EWY A;  1EC1 A;  5P6T A;  3VYF A;  2F3F A;  4K9H A;  5P1Q A;  1VIK A;  1MT9 A;  5P0M A;  2FNT A;  3JVY A;  5T4S A;  2OHS A;  3I8W A;  4F73 A;  4CPT A;  6UPJ A;  4H3J A;  1HVC A;  1PSA A;  4Y3Y A;  5P0V A;  3VYD A;  4I0Z A;  2WEZ A;  3EKW A;  5P72 A;  1EC2 A;  3APR E;  5OZJ A;  5P1B A;  1B6J A;  2BPZ A;  4L6B A;  5P1K A;  2QZW A;  3UTL A;  3GI4 A;  3KT5 A;  1YTH A;  5HDV A;  2AOC A;  2IKO A;  4LP9 A;  3LZY A;  3LIN A;  5P55 A;  4B77 A;  3VSX A;  4YBI A;  3HBO A;  5P6E A;  4Y3G A;  3PWW A;  3KDD A;  2ANL A;  4GJ5 A;  2BPY A;  5OZ6 A;  4Y4U A;  1PRO A;  3QS1 A;  4FM8 A;  5P4M A;  5P0T A;  2NMY A;  4YCK A;  5P5Z A;  4Z2Z A;  3PI5 A;  4QGI A;  4GJ6 A;  4Y9W A;  3OAG A;  2ZHR A;  4DQG A;  2R8N A;  2AZ8 A;  2XYE A;  5AH6 A;  3OQ7 A;  4APR E;  4OC6 B;  4K4Q A;  3NUJ A;  1ME6 A;  2I4X A;  3N4L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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