2PYNA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pynA00
5DR4A 1YT9A 4K4PA 1DPJA 3L3AA 5P0GA 1FB7A 4TRZA 3SA8A 3LINA 5P0RA 2PMAA 4QJ8A 1HEFE 5P23A 5B18A 5OZWA 4DQEA 4ACUA 5P7ZA 4B1EA 4YOBA 1GVUA 2P8HA 5OZOA 1BBSA 4Y6MA 1XN2A 4FS4A 2P3AA 1BVGA 4AUCA 5HVPA 3SKFA 3R0WA 2QK5A 5I3YA 3S7MA 5P1ZA 3IGBA 3KFRA 1B11A 5P45A 2AVVA 2O4SA 1HPVA 5J25A 2HB4A 1WBKA 2QHCA 5P1BA 1RQ9A 1MTRA 4J1CA 4RGHA 1MPPA 2O4LA 1ME6A 2ZHRA 3ZKGA 1EPLE 4LC7A 2OHTA 1AAQA 1MRXA 3VLBA 5P6QA 5ISJA 2QNQA 5P0PA 2FDPA 1KJFA 5JFUA 3I7EA 1UPJA 2AQUA 1FMBA 4RRNA 2P3BA 3UQXA 1HTRB 5P69A 3URLA 4RVJA 2JJJA 5P6UA 1ZPAA 4J0TA 4JPEA 4DJVA 4FSLA 3JVYA 4APRE 4CPXA 2BKSA 4BEKA 5P2ZA 3SA7A 4MC1A 4ZIPA 3SFCA 1LF4A 5HCOA 3IXOA 2OHPA 4DUSA 3PWWA 5P8FA 5P1HA 5P11A 5P0QA 2EWYA 5P06A 2OHSA 5P3IA 4M8YA 5P2FA 4J5JA 3NR6A 4DQHA 3NU6A 4Y57A 5P8NA 4IVSA 5OZ8A 3PLLA 2WECA 3UDYA 4EQJA 2FGVA 5OZUA 1DP5A 3NWQA 4DQFA 5P2QA 4YDGA 4F76A 1KZKA 4Z22A 3OQFA 3UDKA 4Y39A 2WEAA 5P3NA 4EJDA 5P0YA 1HOSA 4Y5NA 1FFIC 3PI0A 5P73A 4CPWA 2VJ9A 1E82E 1RPIA 3UDJA 4DJQA 5P03A 3TH9A 3INHA 1EBZA 3SA3A 5P0CA 2A4FA 1FQXA 4Y44A 3GGUA 5P1MA 5P2JA 3VSXA 4K4RA 3PBZA 4AZYA 2R5PA 3ZPTA 3T7QA 2I0DA 5OZ3A 1NPAA 5P46A 5P81A 1IVQA 1HVHA 1RNEA 5P5IA 1W6IA 2QCIA 3KFPA 3R0YA 4NJVA 1ENTE 5P43A 5P3DA 1C6YA 2HS1A 3C9XA 2OHUA 5P89A 2PH6A 3EKQA 4B00A 1BILA 3ZKQA 3NLSA 1RV7A 5FIVA 2QD7A 3NDUA 2AOGA 2FGUA 4Y3SA 5P80A 2FDDA 3ER5E 5P7WA 4PZXA 5P4TA 2VA6A 3NUOA 2Q3KA 4D89A 4JECA 3PMYA 5P2EA 4J1KA 4Y58A 2ER0E 5P4MA 5AH6A 1Z1HA 1A94A 5P66A 3FNSA 3PVKA 1YX9A 2NTRA 5P6GA 2AVQA 1AJVA 1HPOA 2Q63A 5HU0A 5F00A 3I6OA 3OHHA 4DH6A 3KFNA 5C9FA 3OQAA 3MWSA 5P15A 3PBDA 3U71A 5P5WA 3ZKMA 1XE5A 3K1WA 5BS4A 4D85A 1PSAA 2AOHA 3SABA 4OBZA 4J0PA 4RLDA 5DGWA 1W5XA 5IVQA 4YHQA 3UHLA 2ZJHA 4Y3DA 1E5OE 4DJUA 2XFIA 2OHRA 1D4IA 4OD9A 5P5CA 2QZXA 3VFAA 5P6VA 5P1AA 5P37A 3DOXA 3OXXA 5P8AA 2WEDA 2FIVA 5P60A 3UQUA 5KR0A 3ZKNA 4Y3NA 5BWYA 5P6XA 5P2CA 3LPKA 1K2CA 5P28A 3KMYA 5P7SA 2V11C 5P4BA 1N49A 1ZLFA 1HHPA 5P7AA 5P1VA 2MIPA 5OZ5A 1TQFA 3HDKA 4FE6A 1K1TA 2AOIA 3NXNA 1EBKC 5P22A 3HAWA 4HDPA 1GVVA 2ZJNA 4NPTA 3O9FA 5P2SA 3IN3A 1TZSA 2IL2A 4AMTA 3LIZA 3K5DA 4PZWA 4OD9B 1VIKA 5P0LA 3PEPA 5P09A 1SIVA 5OZHA 4APEA 3L5FA 1GVTA 3UDHA 1MVPA 1KJGA 4EXGA 5P0MA 2NPHA 4OBDA 3O9GA 1EBWA 4NJTA 5KR8A 2FXEA 3Q4BA 1HVKA 1FQ8A 5UPJA 3NSHA 3APPA 4J0YA 3PSYA 5P4UA 5PEPA 5I3WA 4PPHA 5P3TA 2O4NA 3OADA 1A8GA 1BAIA 2V0ZC 3OQDA 3OU1A 5P5XA 1ZP8A 5P7PA 2OHKA 2XYFA 2CENA 5P5VA 1ZAPA 3D20A 4Q5MA 5OZXA 5P3YA 5P7IA 2QMPA 3QRVA 4YBFA 3FX5A 2AZ9A 5P4HA 1AXAA 2J9JA 1LF2A 2F3FA 2QHZA 5P05A 4QJ9A 1BV9A 1FLHA 5HE4A 2JE4A 4WY1A 3KDCA 2R3WA 3OUCA 3OXWA 4DJYA 3O9CA 1IZIA 5T4SA 3BUGA 2AZCA 4XKXA 4FM8A 4Y4BA 4ZPFA 2VNMA 3S53A 4FM7A 5P4KA 5P14A 2V13A 3T7PA 3G72A 2QU3A 5P67A 1Z8CA 5EZXA 1HBVA 5IVRA 5P4QA 1MSNA 5P33A 1VIJA 5P3JA 1IVPA 2R8NA 3OADB 4CKUA 5OYZA 5P3ZA 2G94A 2BBBA 3OU1B 1C70A 1SBGA 5P1YA 5P0HA 4L7JA 4Y5LA 5P4CA 4Y4WA 1BDQA 2BPZA 3QRSA 3SM1A 3OXCA 3BXRA 5P26A 1HIVA 5P59A 5P3OA 1BXOA 4U8WA 4ZSMA 2FLEA 4RROA 4I11A 5I3XA 1D4YA 4QJ2A 4Y4XA 1SDUA 5P8VA 2HPFA 2QP8A 2R9BA 5P5PA 3OAGA 3LHGA 5P2DA 5P1KA 5P24A 2P3DA 3VEUA 3SA9A 3U6AA 4R95A 5SZ9A 2HAHA 1IBQA 5DQ5A 1D4KA 3BC4A 5P3FA 2RSPA 5OZ0A 3RU1A 3MXEA 4U7QA 5P82A 4GJBA 2NXDA 5P4LA 5P3GA 3F9QA 4UPJA 1FG6C 4L1AA 4A6CA 5P47A 3GI6A 5P4ZA 5P8KA 3GI4A 4FCOA 3LZYA 2PH8A 1IZHA 5KQYA 5P0WA 1CZIE 4Y3AA 5P0KA 1BDLA 5P2LA 2G1NA 1W6HA 3NU3A 3OY4A 4GJ6A 4XX3A 1T7KA 1MT9A 4FL8A 3Q70A 4EHCA 1AZ5A 3ZKSA 2WF0A 5OZCA 4HDFA 3T11A 1KJ7A 5P8HA 2BPYA 4TRYA 1EC3A 5P50A 5P6IA 1B6KA 4RYGA 1FQ6A 4L1AB 5P6MA 1HVCA 2O4PA 5P0OA 2CEMA 4GJDA 3EC0A 3PHVA 4B78A 1GVXA 4Y56A 4A6BA 1LYBA 5OZFA 4B0QA 2Q54A 5OYUA 5P8CA 4GJCA 5HTZA 5P1IA 1YM2A 3UDPA 4F74A 4FRKA 5P6OA 3LIYA 3EM3A 4HDBA 1SMRA 4XX4A 5P3SA 5P6YA 5P3EA 3HAUA 4Y5BA 1HIHA 5P7TA 5P0BA 5P8LA 5P7NA 1B6LA 5P7BA 3UDQA 2WF1A 3U7SA 5OZQA 1Z1RA 3Q3TA 5P2GA 3CKRA 4LP9A 4Y37A 1BDRA 3VV7A 4K9HA 4H3GA 2QZKA 1ER8E 4QJ7A 3OOTA 5KR1A 5DR1A 2AZBA 4ER2E 5P4EA 5P1PA 3PB5A 5E5JA 1LYBB 3QRMA 3SKGA 1TCWA 4DJPA 5P00A 3PWRA 5OZKA 5SY2A 3VYDA 5P3KA 1HEGE 3EKTA 3OUBA 5P6CA 3GGXA 1FG8C 2ZHUA 4DJOA 5P62A 2QMGA 5P72A 2PC0A 3HW1A 5P63A 4EWOA 2HIZA 1FMUA 5IVTA 3UFNA 3IVHA 4R92A 2HB3A 4MC9A 5OYQA 1QBTA 4R91A 5P3VA 5OZ2A 5P7GA 3BUFA 4OC6B 3ST5A 5CLMA 4Z4XA 5OZ9A 2FS4A 3WB4A 3I8WA 4N00A 3GGAA 3UQRA 5P4XA 3TOFA 3HVGA 2QHYA 7UPJA 3L38A 1HSIA 5P77A 4WY6A 5JODA 1T6EX 4J17A 4ER4E 3AUPA 3CIBA 1FQ7A 3QVIA 4Y35A 2I4WA 2VIJA 3KT5A 4J1IA 4Y4EA 4DV9A 1ZTZA 5P5KA 3LIXA 4Z2ZA 5P5TA 3S85A 5ENMA 2FMBA 5KQFA 5IE1A 3OXVA 6FIVA 4FAEA 4L6BA 5P53A 2BPXA 5P6PA 3I25A 5P2RA 4YA8A 4DJWA 3VYFA 1ZJ7A 3NDWA 4EPJA 4H3IA 1QBRA 3OGPA 2QI0A 4RCFA 5E5KA 1K1UA 4H3FA 3DK1A 2P3BB 5P6TA 4WTUA 5P0XA 3VF5A 2WKZA 3UQWA 1D4SA 1OHRA 3VUCA 5C9BA 4I0EA 4J1FA 2ZJJA 3QN8A 2P4JA 3OK9A 4Y48A 5DR8A 1YTGA 5P6RA 5P3AA 1HVLA 3ZKXA 3URJA 3MSLA 5P7MA 1ODXA 3IN4A 4Y3EA 5P1UA 5DR0A 2ZGAA 3GW5A 5DQ2A 5P3WA 5P8GA 5I70A 1TW7A 3N4LA 4LAPA 5OYTA 3N3IA 4HLAA 5P5GA 3BGCA 5AH7A 1APUE 4D88A 2JYSA 4D8CA 1BWBA 3QAAA 3SA6A 3URIA 5P7EA 5KQZA 5P2OA 4Y5KA 2PWRA 4ZPEA 1T7JA 3O9IA 4Y38A 3QROA 2HS2A 1MESA 4YDFA 1EPME 3SQFA 2I0AA 5P5LA 1G6LA 1HIIA 1D4HA 2IDWA 4PEPA 3O9LA 4KE1A 4BFBA 5KR2A 1EAGA 2R43A 3KFSA 4Y9WA 5P32A 5P1OA 5P3CA 3VLAA 2RKGA 3OTYA 3O9EA 2AOEA 3R1GB 3G6ZA 4HEGA 4Y3ZA 3ZLQA 1HTFA 5P5ZA 4ZEAA 5P8EA 3VF7A 3OU4A 5P8OA 4EQ0A 2B60A 5P2IA 3KMXA 4I12A 3OGQA 1HTGA 4Y5PA 2BPWA 5P3UA 5P84A 2O40A 4TVGA 3LPIA 2OHLA 5P5RA 5AH9A 2ZHSA 3VV8A 5AHCA 2ZYEA 5P4OA 4Y4TA 3KN0A 2IQGA 4F75A 3LIQA 5DR3A 5COOA 3NYGA 3ZL7A 4DJRA 2I1AA 2VNNA 3UDMA 4EJKA 3SM2A 5P75A 3B7VA 4Y3MA 1K6CA 2O4KA 2Q64A 5P8RA 3IA9A 3CYXA 5P6WA 2Z54A 4Y54A 3T6IA 3EL1A 5P5OA 2G27A 4YD5A 2NNKA 5P3XA 2QI3A 5P5AA 3OU4B 5P1DA 5P3QA 5P4GA 4YOAA 1M0BA 2G1SA 4CP7A 3AIDA 2QAKA 5P5FA 2ZJLA 1K6PA 3D1YA 4U7VA 3ER3E 2UPJA 3RSVA 1TCXA 4Y4GA 4I0HA 4B72A 5COKA 2IS0A 3CICA 1SIPA 3SA4A 5P6NA 5P7JA 4OBZB 1M4HA 2FNSA 1W5WA 5P31A 3IXJA 3IAWA 5P79A 4B1CA 1U8GA 3B80A 2Q11A 3CKPA 3INFA 5P5QA 5P68A 1DMPA 4GJ9A 4FAFA 3D1ZA 6APRE 3EM6A 2PWCA 5P54A 4CPQA 3HLOA 3L5DA 4KUPA 3PCWA 4TRWA 3S45A 5IVSA 1HWRA 5P6BA 3EL9A 4Y4JA 4XXSA 1JLDA 3PCZA 2G22A 5DPZA 2IKOA 3R2FA 3NU5A 1PSNA 1SGZA 2AOFA 2F3KA 5P83A 5AH8A 1BXQA 3OQ7A 1XL5A 3WZ6A 3H5BA 1YM4A 5P2WA 1EEDP 2PSUA 1FF0C 5P2XA 4RVIA 1GNNA 1WKRA 3K4VC 3LPJA 3GI5A 3OUDA 2VJ7A 4DI2A 2QNPA 4I8ZA 5P2KA 5JG1A 3L5BA 5P4SA 5P5NA 3FIVA 4Y47A 4GMIA 4DFGA 8HVPA 3QBHA 1HPXA 4EJLA 9HVPA 5OZVA 4RZ1A 3FKTA 4FRIA 4MC2A 3EKYA 2OHMA 1HSGA 2APRA 1EPOE 2UY0A 4I8WA 4QJ6A 5P6AA 5P34A 4FSEA 1HVIA 3LZSA 2F81A 2WJOA 2ZJKA 1XN3A 2PSVA 4J54A 4YE3A 2WF3A 2ZDZA 5OZDA 3PSUA 5P78A 3L59A 4H1EA 3D1XA 3TKGA 2BB9A 1W5YA 5P0DA 2AIDA 2PYNA 4MC6A 2QD8A 3OUDB 3RTMA 2J9JB 3I2LA 3ECGA 4Y50A 1B6JA 2QI1A 1IZDA 3BRAA 2QI6A 3SPKA 5P85A 1ODWA 2AODA 2Z4OA 1K2BA 3LITA 3FNTA 3VG1A 2F80A 2BQVA 5P61A 1C6ZA 1FQ4A 4Y36A 5P1XA 3BHEA 4GJ7A 1YG9A 1AJXA 1XS7D 5P64A 1T7IA 5P3MA 1EPRE 3D3TA 5I3VA 3S8IA 4I0JA 3PSGA 2G1OA 4Y51A 2XFKA 2AVOA 2AOJA 5DR7A 1LF3A 2RMPA 3S43A 1GVWA 3LZUA 5P6EA 2H6SA 5P6FA 4I10A 2ZJMA 4AA9A 4HZTA 2QI4A 2OHQA 1APWE 3LZVA 5P0EA 1LYWA 5P6SA 1RL8A 4LL3A 4OBJA 3FSMA 5P8BA 4COEA 4RVXA 4Y4ZA 1APTE 2WF2A 2JJIA 4Q1XA 2R3TA 1HXWA 4X2LA 3ZKIA 4NJUA 4QGIA 2ZHTA 2AZ8A 1AIDA 5OZSA 4Y3XA 3DV5A 3SA5A 3OAGB 3DCRA 1SGUA 5P25A 5P48A 2IKUA 3UTLA 4Y43A 5P74A 3K5CA 3EKVA 3CMSA 1LS5A 5HE7A 1PROA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR4 A;  1YT9 A;  4K4P A;  1DPJ A;  3L3A A;  5P0G A;  1FB7 A;  4TRZ A;  3SA8 A;  3LIN A;  5P0R A;  2PMA A;  4QJ8 A;  1HEF E;  5P23 A;  5B18 A;  5OZW A;  4DQE A;  4ACU A;  5P7Z A;  4B1E A;  4YOB A;  1GVU A;  2P8H A;  5OZO A;  1BBS A;  4Y6M A;  1XN2 A;  4FS4 A;  2P3A A;  1BVG A;  4AUC A;  5HVP A;  3SKF A;  3R0W A;  2QK5 A;  5I3Y A;  3S7M A;  5P1Z A;  3IGB A;  3KFR A;  1B11 A;  5P45 A;  2AVV A;  2O4S A;  1HPV A;  5J25 A;  2HB4 A;  1WBK A;  2QHC A;  5P1B A;  1RQ9 A;  1MTR A;  4J1C A;  4RGH A;  1MPP A;  2O4L A;  1ME6 A;  2ZHR A;  3ZKG A;  1EPL E;  4LC7 A;  2OHT A;  1AAQ A;  1MRX A;  3VLB A;  5P6Q A;  5ISJ A;  2QNQ A;  5P0P A;  2FDP A;  1KJF A;  5JFU A;  3I7E A;  1UPJ A;  2AQU A;  1FMB A;  4RRN A;  2P3B A;  3UQX A;  1HTR B;  5P69 A;  3URL A;  4RVJ A;  2JJJ A;  5P6U A;  1ZPA A;  4J0T A;  4JPE A;  4DJV A;  4FSL A;  3JVY A;  4APR E;  4CPX A;  2BKS A;  4BEK A;  5P2Z A;  3SA7 A;  4MC1 A;  4ZIP A;  3SFC A;  1LF4 A;  5HCO A;  3IXO A;  2OHP A;  4DUS A;  3PWW A;  5P8F A;  5P1H A;  5P11 A;  5P0Q A;  2EWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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