2Q3KA

Crystal structure of lysine sulfonamide inhibitor reveals the displacement of the conserved flap water molecule in hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of lysine sulfonamide inhibitor reveals the displacement of the conserved flap water molecule in human immunodeficiency virus type 1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q3kA00
5P86A 1PSOE 3D91A 1HIIA 4J54A 4DJRA 4YCYA 4Y3EA 5KOSA 1FMXA 4Z4XA 2AODA 1OEWA 1SMEA 4GJ9A 1TZSA 3PWWA 2G1NA 3UDQA 4Y4DA 3SA6A 3F9QA 1B6MA 1FQ6A 5OYRA 3FNUA 4DQHA 4FRKA 4J1EA 2BPYA 3NXEA 5DR0A 1NPWA 4JP9A 3OXCA 3QRMA 2Q55A 4BFDA 3CKTA 3OU4A 5P3NA 1Z8CA 3UQRA 3OQFA 1HTRB 5P0GA 1SDVA 5DQ1A 1G2KA 5P24A 4APRE 2FXDA 4M8YA 1YTJA 4B77A 5P89A 4Y5CA 4Y4WA 4Y3SA 1K6VA 2AOJA 5OZDA 1KJHA 5DR8A 4TVHA 5P3AA 5P8MA 3NWXA 5P5JA 5AHBA 3OADB 4ZLSA 5P1WA 4AA9A 1LF4A 3WZ8A 3NYGA 1D4JA 3RTMA 5P4RA 1FQXA 4I0JA 3TKGA 3WZ7A 3PHVA 5OZOA 5P7RA 4ZSMA 4D88A 2R5QA 1TSUA 5P0FA 2V13A 3I7EA 3VLAA 5P3VA 3B80A 5P6LA 4J17A 5P26A 3O9FA 3I2LA 3S7MA 4PPHA 5P43A 2AIDA 3GI4A 2WEZA 2P3CA 2QI4A 1DPJA 3KFRA 2WF4A 3UDHA 3FX5A 4Y3RA 2ZYEA 4B0QA 1HOSA 4FSEA 1ZSFA 4DQBA 3NUOA 4DVFA 4HEGA 3QS1A 3PCZA 4DH6A 2NNKA 4Y3TA 5P09A 1HXBA 1NH0A 5P00A 5P2LA 1K2BA 2QHYA 3KDBA 4Y3JA 2UPJA 1AJVA 1HRNA 5P8AA 3O9LB 5OYZA 1BAIA 3VFAA 4Y37A 2WEDA 1QS8A 2QI5A 5P53A 3ER3E 3DCRA 5P8JA 5P3BA 5OYWA 4Y3PA 2JJIA 5P8QA 3SA8A 3O9IA 2AOFA 3JW2A 5P3PA 5P59A 3QAAA 2IGYA 1ZP8A 3NU5A 1D4SA 5P3DA 5OZAA 1KJGA 1YM4A 3IXJA 2AVOA 4JPEA 2UY0A 2BPWA 3AUPA 4R8YA 5F01A 2V16C 1LYAA 5P5KA 4FL8A 3UHLA 1TW7A 2G22A 1T7IA 5HDUA 3S56A 3ZKIA 5P6RA 2JE4A 4Y3AA 4Y3ZA 4DPIA 1IZDA 4FM6A 4ZPFA 4Y50A 1HTGA 5P8BA 5P3IA 5KOQA 2RSPA 2R8NA 5P71A 1HIVA 4Y4UA 4WTUA 3OUBA 3MXEA 3KM4A 2FNSA 4RYGA 1E80E 2AOHA 5OYVA 5P2TA 1D4KA 3O99A 3TNEA 4Y4ZA 2P83A 1YTIA 3T7XA 1IVPA 5P7NA 2QAKA 3DOXA 5P2NA 2FNTA 5P7FA 3CYWA 5OZXA 5P1ZA 5P6NA 3NSHA 1PFZA 3QN8A 3HBOA 4EXHA 3O9GA 5P84A 1B6PA 5COPA 5HE7A 3G6ZA 1SIPA 1A30A 3EXOA 5P1LA 3NXNA 4J1FA 2QZLA 3ZKMA 4R92A 2ZHUA 5P0SA 5P22A 2WEAA 2O4PA 2R3TA 5P0QA 5P6UA 3CKRA 3PSYA 2I0AA 1HVKA 5P4XA 5P4ZA 5P6FA 4DQFA 2G1YA 3U7SA 4DJYA 1B11A 4BELA 1WBKA 4HE9A 2Z54A 3VYEA 3SPKA 5OZQA 2R3WA 5P5LA 2SAMA 4ZSPA 3NDWA 4DUSA 1YG9A 5OZTA 5P3MA 2ZJNA 4F75A 2H6TA 3URLA 3JVWA 3UTLA 1K2CA 1YX9A 5P0OA 1DMPA 2ZHVA 4Y3FA 3L3AA 3VF3A 5P1DA 4Y35A 5OZVA 3FNSA 3KYRA 4Y3XA 2PC0A 2AZBA 3NLSA 4Y57A 7HVPA 3SABA 1QRPE 2AOCA 4YCKA 3BUHA 3D20A 5P5CA 4ACUA 3UQPA 4FRJA 5P3XA 5OZFA 4CPWA 3L5CA 2F3FA 5P33A 5I70A 5P5SA 5OZLA 1HPVA 1U8GA 4NPUA 2AOEA 4YA8A 1MRWA 4I12A 4UPJA 5P6WA 1ODWA 5P78A 2I4DA 3ZKGA 3MSLA 4KE1A 4R95A 2NMYA 2ER0E 5P4JA 5ISKA 4YOAA 5P4FA 3LIXA 4Q1YA 5P8EA 3OY4A 1F7AA 2AZCA 1MT9A 5P7XA 3S7LA 5IS4A 1K1TA 5I3WA 3KFSA 5P6JA 4RRSA 4TRWA 5P6XA 3OQDA 3AIDA 3R4BA 5P6GA 3OWNA 1HWRA 3UFLA 2FGUA 5P49A 3UQUA 5P06A 5P83A 3S43B 4NJSA 4OBGA 5P0DA 2B8LA 4I0ZA 2QZWA 4B1CA 3FSMA 1B5FB 4DV9A 5P55A 1FQ7A 2Z4OA 4I8ZA 4U7QA 2ER6E 1FQ4A 4FAFA 2CEMA 1EC1A 4ER4E 2I1AA 5OZ0A 5P3OA 1A8GA 4OD9B 1C6XA 1MVPA 4Y4XA 4NJTA 4APEA 4Y47A 1FG6C 2IKUA 2XYFA 2IENA 2HPEA 3PLDA 3INFA 4Y5LA 5OZ9A 5P61A 5P23A 3URIA 4JPCA 2B7ZA 1YM2A 2IL2A 4H1EA 5F00A 3SA4A 3R1GB 5HU0A 3OADA 2ER9E 1LS5A 5P08A 1XS7D 2QI7A 2ZJHA 4PEPA 3QP0A 4OBKA 4HDPA 4Y3WA 2QU2A 3EKVA 3OOZA 2HIZA 5C9BA 5P5XA 2Q3KA 5BRYA 5P5NA 7UPJA 5P8RA 3PB5A 3EKXA 3I8WA 5DQ4A 3H5BA 3ST5A 1AJXA 5P30A 5P6SA 2QD8A 2QI1A 5P0KA 5P65A 2IRZA 3EL1A 1PPLE 3TOFA 3VV8A 5AH8A 3PSGA 2FGVA 1XE6A 1T7KA 3ZL7A 5AH7A 1MT8A 2G24A 5P7UA 3L5BA 4LBTA 4B70A 5P7EA 3GGAA 2QP8A 3SM2A 4CPUA 4Y3NA 5P2AA 5HE4A 3O9LA 8HVPA 5P6EA 2QI6A 5P5TA 2OHTA 5P6ZA 3SA9A 1G6LA 5P7OA 1NPVA 5P3SA 4EQJA 1M4HA 4H3FA 3LIZA 1GKTA 1HPXA 3DUYA 3LIQA 3UDYA 2ZJKA 3SA7A 4YDFA 3RSVA 1NSOA 5P1OA 5P8UA 5IVRA 2XYEA 5P2BA 3FV3A 4HA5A 1HTEA 5BWYA 1EPRE 2QNQA 1KJFA 4Y38A 2RMPA 3L59A 5T4SA 4L1AB 2VIJA 2NPHA 5SZ9A 4Y4JA 5KR1A 1APWE 2ZHTA 1FEJC 3HZCA 4M8XA 1BXOA 3RVIA 1ER8E 5HTZA 4NJUA 5P0VA 3KDCA 5P6DA 2WF3A 4I1CA 2O40A 1SGUA 3R0WA 4Y3MA 1VIJA 2NNPA 5P3GA 5P7DA 3G70A 2ANLA 3INEA 5P2EA 5P41A 1K6CA 3RSXA 3R0YA 3ZKQA 1BVGA 4RROA 2NXMA 1OHRA 2I0DA 1YTHA 5OZ4A 1MSNA 5OYUA 4FAEA 2HAHA 5P0IA 3HVGA 2AZ8A 5P20A 3PVKA 5P69A 1BWBA 3GGXA 5P7JA 4HVPA 2QU3A 5P19A 5P2RA 5KQFA 4EP2A 1ZAPA 3ZLQA 3OGQA 4YOBA 3O9CA 5OYYA 2WKZA 4J0VA 5EZXA 5P66A 1TSQA 2VNMA 1LZQA 5P5OA 2HM1A 3UDNA 2XFKA 4RVXA 2PWCA 5P88A 3NDTA 4U8WA 5P31A 5P1RA 4MC2A 4GB2A 5P35A 3INHA 4I0DA 5P0CA 1XDHA 1GNNA 5P3RA 1IZIA 5P3YA 5DPZA 5P4DA 2G20A 5DQ2A 2WHHA 5P7PA 5P4LA 4QJ6A 2G26A 1G35A 1MEUA 5P1EA 2A4FA 2QMPA 1B6LA 1T3RA 3UF3A 2CENA 2FIVA 3EM3A 1MTBA 3KT2A 3PWRA 2HB3A 1W5WA 5KAOA 3FNTA 5KQYA 5HVPA 1PPME 5P2WA 5OZUA 1APUE 3CIBA 2PMAA 1HTFA 1MERA 5P5ZA 4GMIA 2P3BB 5P4PA 5P7HA 2G21A 5AH9A 5P8NA 4Y5PA 4LXMA 3DM6A 4ACXA 3QBFA 5P02A 3CICA 5FIVA 3HLOA 5P4NA 3N4LA 2B8VA 4B78A 5P4UA 3WZ6A 1MPPA 1Q9PA 4FRIA 5P0XA 5P0LA 2NR6A 1Z1HA 3SO9A 3QRSA 1BV9A 3PMUA 1AVFA 1GVXA 3VV6A 1SGZA 1JLDA 3VG1A 2BBBA 4YD7A 3OU1B 2PQZA 3OUDB 5C9FA 4YBFA 5P7BA 1IZEA 5P67A 1BDQA 2APRA 2AVMA 2QNPA 1GNOA 3DV5A 4DJPA 3UDJA 3S43A 5P3WA 2G1RA 4Y5BA 5P4GA 2FLEA 1XE5A 5TOLA 3GW5A 2FDPA 5J25A 4I11A 2O4LA 2ZJLA 5P1JA 1B5FA 3H0BA 3S53A 5P3LA 5P64A 4KE0A 4RLDA 4HZTA 1YT9A 4EWOA 3BC4A 1HVHA 3G72A 3LZYA 3LIVA 3GI6A 3LZUA 5OZPA 4OD9A 3VYFA 4OC6B 3TTPA 5P1PA 3VLBA 4OBJA 5P0UA 2BPXA 1M43A 2OHUA 4N00A 6UPJA 1BIMA 5OZWA 1D4IA 5P1AA 5DQ5A 3OXVA 3TOGA 2FMBA 5P8OA 3D1XA 4Y3GA 5OZNA 4GJ6A 2B60A 3TPPA 4J0ZA 5OZBA 2PK6A 1EPLE 1SH9A 3OUCA 5AH6A 3LPIA 1ZPKA 4Y5NA 3K5GA 2WF1A 4Y6MA 2IQGA 3TPRA 4RCFA 5UPJA 4L6BA 2V10C 4QGIA 4Y4EA 3PM4A 4LHHA 2ZGAA 1M0BA 5P34A 5SXNA 4RYCA 4EXGA 2PK5A 3GI0A 5DR7A 5P4KA 3WB5A 5HE5A 2BJUA 5PEPA 4DI2A 1AZ5A 3IN4A 1QBUA 3GGVA 3UDKA 3NR6A 2OHLA 3OHHA 3HDKA 4FM8A 3T7QA 5P6MA 2QZXA 5P72A 3TKWA 1EPPE 5P5FA 2OHRA 5P45A 1APVE 4F74A 1MT7A 5P4VA 3VF5A 4WY1A 5P51A 5OYXA 3LZSA 4IVSA 5P3FA 3TH9A 2WEBA 3I6OA 1EEDP 4Y9WA 5P5BA 3VSWA 4CKUA 3L58A 3OGPA 4E43A 3CKPA 3S45A 4L7GA 4XXSA 2QZKA 5P5VA 3OQ7A 3LZVA 4I0EA 4AUCA 5P7GA 2AVQA 4Z2ZA 1APTE 5P5UA 4FRSA 2VA5A 4Y5KA 5P5QA 2P8HA 4EHCA 4JOOA 2OHSA 5OZ2A 3OQKA 4DFGA 3LNKA 1XN2A 3VYDA 3PJ6A 5E5KA 3LITA 1LYBB 3PEPA 3UCBA 2R5PA 1XN3A 5P25A 3WB4A 5P3EA 3PI0A 1FLHA 2QCIA 3CIDA 3LIYA 4L1AA 3CYXA 4A6CA 1FIVA 2ZHSA 3IAWA 3BUFA 4FCOA 5P68A 3SA3A 5P7VA 5P2OA 4Y41A 4ZEAA 4K4PA 2QI0A 3NU4A 4RGHA 5P5HA 2QMGA 2I4VA 5JFUA 1HVRA 4Y36A 1MRXA 1D4YA 5KQXA 3PBDA 3APPA 5P2ZA 5P38A 3PRSA 5P3QA 1PROA 1SDTA 3FIVA 3QRVA 4GIDA 1DP5A 5APRE 2PH6A 4YD3A 5JG1A 4CMSA 5P2FA 5P5AA 4CP7A 1XL5A 4B05A 4GJ5A 5P1HA 3SKFA 2XFIA 1QBRA 5P1YA 5ENKA 3NU3A 5P4EA 4NKKA 1W5YA 4COEA 5I3XA 3KF0A 2OHNA 2JJJA 5P3UA 5OZGA 4FLGA 5P4AA 4R91A 4Y58A 3NUJA 5P7CA 5HU1A 2VA6A 4QJ2A 5P6VA 3QVCA 1BV7A 5P75A 1FMUA 3DV1A 3MSKA 3KMYA 3SFCA 3SM1A 5ER1E 4H3IA 4Y3LA 2PWRA 2R9BA 1C6ZA 4FE6A 4DJQA 3ZKSA 5P63A 2HB2A 3PSUA 5OYSA 4OBHA 4GYEA 4Y3YA 4ZSQA 5P4IA 1HEGE 1A94A 1RNEA 1FFFC 3O9HA 1TQFA 2R43A 5P1QA 5OZRA 3VCMA 4YE3A 4EJLA 1AIDA 1F34A 3L38A 5P4MA 3L5FA 4AZYA 4RRNA 3TOHA 1FF0C 1BDLA 3TL9A 5HD0A 5P0ZA 2G1SA 1LYAB 4Y4BA 5P0AA 3PI5A 1UH7A 2NMZA 1FKNA 5OZIA 5C9DA 5P4QA 5IVSA 4J1IA 2F80A 3S54A 5P2JA 4K9HA 1G0VA 5OZJA 3NU6A 1HVJA 4PZWA 4U7VA 3OXXA 3ER5E 2PSGA 1BVEA 4Y43A 3ZPSA 4F76A 3KMXA 5P05A 5P6TA 3I25A 2PYMA 5P0BA 1W51A 2VJ7A 5KR0A 5P7AA 4CPQA 4AMTA 3N3IA 2QI3A 1HSIA 2P3BA 1QBSA 2F81A 3L5DA 3OOTA 1MESA 3Q5HA 5ENMA 4GZFA 1IZHA 4ZE6A 4J0TA 5P5RA 2OAHA 3ZPUA 2CEJA 4FIVA 4K4QA 4I0FA 1ZPAA 5P8TA 5P10A 5DGUA 2ZJJA 1FGCC 5DR3A 3C9XA 4GJDA 5P40A 2BPZA 1ODXA 3QBHA 1IBQA 3OUDA 5P1IA 3CMSA 5P04A 5P1XA 5HDVA 5P2QA 4QJ9A 5E5JA 4YD5A 3UDMA 5P73A 5P2HA 3D1ZA 3HD8A 2UXZA 1EBZA 1MSMA 3HW1A 3EBZA 1FFIC 5P4OA 1ZTZA 2G69A 3O9EA 1LF3A 2ASIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P86 A;  1PSO E;  3D91 A;  1HII A;  4J54 A;  4DJR A;  4YCY A;  4Y3E A;  5KOS A;  1FMX A;  4Z4X A;  2AOD A;  1OEW A;  1SME A;  4GJ9 A;  1TZS A;  3PWW A;  2G1N A;  3UDQ A;  4Y4D A;  3SA6 A;  3F9Q A;  1B6M A;  1FQ6 A;  5OYR A;  3FNU A;  4DQH A;  4FRK A;  4J1E A;  2BPY A;  3NXE A;  5DR0 A;  1NPW A;  4JP9 A;  3OXC A;  3QRM A;  2Q55 A;  4BFD A;  3CKT A;  3OU4 A;  5P3N A;  1Z8C A;  3UQR A;  3OQF A;  1HTR B;  5P0G A;  1SDV A;  5DQ1 A;  1G2K A;  5P24 A;  4APR E;  2FXD A;  4M8Y A;  1YTJ A;  4B77 A;  5P89 A;  4Y5C A;  4Y4W A;  4Y3S A;  1K6V A;  2AOJ A;  5OZD A;  1KJH A;  5DR8 A;  4TVH A;  5P3A A;  5P8M A;  3NWX A;  5P5J A;  5AHB A;  3OAD B;  4ZLS A;  5P1W A;  4AA9 A;  1LF4 A;  3WZ8 A;  3NYG A;  1D4J A;  3RTM A;  5P4R A;  1FQX A;  4I0J A;  3TKG A;  3WZ7 A;  3PHV A;  5OZO A;  5P7R A;  4ZSM A;  4D88 A;  2R5Q A;  1TSU A;  5P0F A;  2V13 A;  3I7E A;  3VLA A;  5P3V A;  3B80 A;  5P6L A;  4J17 A;  5P26 A;  3O9F A;  3I2L A;  3S7M A;  4PPH A;  5P43 A;  2AID A;  3GI4 A;  2WEZ A;  2P3C A;  2QI4 A;  1DPJ A;  3KFR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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