2Q3KA

Crystal structure of lysine sulfonamide inhibitor reveals the displacement of the conserved flap water molecule in hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of lysine sulfonamide inhibitor reveals the displacement of the conserved flap water molecule in human immunodeficiency virus type 1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q3kA00
3L59A 5P7EA 4U8WA 3DJKA 5P2FA 3OOZA 5P8DA 5P1NA 3RSXA 4DQFA 5DGWA 4Y48A 5P1WA 4GJ7A 5P3QA 3MSLA 1SGZA 1SBGA 2MIPA 5P7FA 3OQFA 3TL9A 5IS4A 3TH9A 5P0IA 1DIFA 4Y3SA 5P7QA 4RYGA 5P44A 5P01A 1EPOE 2BKSA 4HVPA 4Y3NA 5P12A 4OD9B 5P4ZA 5P53A 4EQJA 3LIVA 5BWYA 1HXBA 3IN3A 1D4SA 5ENMA 5P8AA 3VV7A 5P36A 5P6HA 3PBDA 2I4DA 3LZUA 5P1ZA 5P5AA 5P45A 5P7OA 4CMSA 5P87A 4Y9WA 2CEJA 3GW5A 5B18A 2G1RA 3GGAA 5P14A 4Y4EA 3BUHA 5FIVA 4B05A 3U71A 2ANLA 1EPQE 5HVPA 5P8JA 3T7XA 4YD5A 3TOGA 4DQHA 2PWCA 2Q63A 4B0QA 3QS1A 5P61A 1FG6C 1HPXA 2JJIA 5OZRA 3EM6A 4Y35A 1PROA 3LIZA 2RMPA 4Y3QA 4BEKA 5P89A 4ZIPA 4JP9A 1Z8CA 3OU4B 3B80A 4K8SA 1MIQA 2APRA 4R93A 3UHLA 2QI0A 5P4TA 5OZSA 5P5QA 5P3TA 5P3FA 5SY3A 2HAHA 4EJLA 4HE9A 4R5NA 2QD8A 1IIQA 4Y3YA 4L7HA 4YOAA 5OZ6A 3VV6A 2QNNA 5P2SA 5ER2E 4Y4GA 1HIHA 5P8EA 2AVQA 3NU6A 4RYCA 5P84A 4UPJA 5P58A 1ZP8A 2AZ9A 1XE6A 2Q15A 2WF4A 4Y38A 3QN8A 2B8LA 3O9BA 1B6KA 5P1XA 4WY6A 2B8VA 5P3WA 4R92A 4ZE6A 4OBHA 5P1FA 3KFSA 4B77A 4FRSA 5P1TA 5BS4A 3OTYA 1KJ4A 2O40A 4R91A 4D83A 1KJ7A 3OHHA 1OD1A 5P1JA 3D1YA 3O9HA 3SA4A 3H0BA 4EPJA 5P1PA 4J0YA 5P4BA 3UDQA 3EM4A 5SXNA 5KQFA 1KJHA 3FNTA 1AZ5A 1QBUA 4CPWA 1BXQA 1MT8A 5P7RA 4Y3WA 2G1YA 2FNSA 5P3JA 5AHCA 3UDNA 5P82A 5P6PA 1C70A 1A94A 4D88A 4QJ9A 1TSUA 1AAQA 1BVEA 4I8WA 5P0LA 4K4QA 3WB4A 4AUCA 2PK6A 4ZEAA 4DQCA 4EYRA 5I70A 1EC2A 3WB5A 2I4VA 5P72A 1ZPAA 1PPLE 4Y45A 1IDAA 1ZPKA 4LXMA 5I3YA 3I8WA 5OZYA 3L5BA 3NU3A 1BVGA 1MPPA 3HAWA 4R8YA 4Y56A 2AQUA 3CYWA 5P04A 2ZJLA 2WF3A 4L7JA 5COPA 3VLAA 4DJXA 5KQXA 3SA7A 1AVFA 2O4PA 1A30A 2G20A 4MC9A 2G1NA 4Y58A 3SM2A 1D4IA 1HVRA 5P5PA 2QI4A 3INHA 1Z1RA 4H3FA 5DPZA 4DQGA 1HSIA 4LBTA 4Y4UA 5P7PA 1Q9PA 2AVMA 3RVIA 3EL9A 2OF0A 2Z54A 5J25A 3KF0A 4Y3FA 2QMPA 5P48A 3KYRA 1WBMA 4AMTA 1FQ6A 5JFUA 1YG9A 2QMFA 3CIDA 3DV5A 3OQKA 1EPLE 4CPTA 5DGUA 4Y3EA 5PEPA 1HPOA 1MTRA 1W5WA 4DUSA 3PCZA 2FDDA 4CPUA 3TTPA 4LP9A 4OBDA 5P8CA 5P20A 5P4OA 3FNUA 3OADB 3DK1A 4DJVA 2BB9A 5P40A 5P5TA 5P8UA 4Y5KA 1PFZA 5P2OA 2AOJA 5P8OA 5OZXA 3NYGA 3INEA 4RVIA 3VLBA 5P0WA 2PK5A 5P2UA 4LC7A 3DCKA 3KN0A 4ER1E 2R5PA 5P5OA 1FQ7A 3PLDA 4DQBA 3T7QA 3PMUA 5P0MA 4H3GA 2ZJHA 5P2EA 3R0YA 4J0TA 3PMYA 3PEPA 4Y5NA 2VJ6A 3LPKA 3UF3A 2OHQA 5P0EA 1HOSA 5P6WA 4NJSA 5C9DA 1HPSA 4FSLA 1YX9A 1SDVA 4DJOA 5HDUA 2FXDA 5I3VA 5P1DA 1ZJ7A 5HU1A 5P2HA 5F00A 5OZWA 5P3NA 3BC4A 1LYBB 3EBZA 5E5KA 3BGBA 1B6MA 4AA8A 5P1QA 4YD4A 4Y6MA 4HLAA 5P59A 3PHVA 4YD7A 3ZKNA 1ZBGA 4KB9A 4I0HA 3EKTA 2RSPA 5P18A 5OYRA 3T7PA 3OXVA 4Y41A 3KFNA 1IVPA 2G69A 5P5FA 2ZHUA 2ER7E 3TPLA 5HE4A 1FLHA 1APWE 5P7DA 1T7IA 5P2RA 4S1GA 4TRZA 2AIDA 5P1YA 3CICA 4APEA 2QK5A 5P0ZA 4A6CA 4AZYA 5P06A 1W6IA 5P8LA 4J1HA 4GJDA 5P2NA 8HVPA 4GJBA 3BHEA 4I0EA 1ODWA 5P5VA 3OY4A 5DR1A 3MSKA 1BWBA 3PB5A 5P8VA 2I0AA 4Q1XA 4GB2A 5HE7A 3VF3A 3I2LA 5P3KA 2V16C 2WKZA 5P2YA 1D4JA 4B1EA 1QRPE 5P5MA 2BPZA 2QI1A 2F8GA 3QVIA 4CPXA 5DR4A 2B7FA 1EC3A 2V11C 3OU1B 5P4JA 1YM2A 3GGXA 1E80E 1LF4A 4Z22A 4FS4A 5P7CA 3EKXA 2PSUA 5P1KA 4J5JA 3OUAA 5P74A 2P3DA 5P4DA 3ZKXA 5KAOA 4DI2A 6FIVA 1K6PA 5P2BA 5P3HA 1DW6C 3OAGB 2BQVA 5P4UA 2QMDA 4U7QA 5P1AA 3R4BA 3BVBA 2QU2A 3EKPA 5P5IA 2H6TA 2XYFA 3CKPA 4JOOA 4APRE 3QRVA 3O9CA 3IXKA 3OK9A 5P8QA 1AM5A 1LYWA 4EXHA 1TCWA 3OQDA 2P3BB 5P1MA 4Y5BA 4EP3A 3IGBA 1TZSA 3NU9A 2AZCA 2UPJA 1EC1A 3UQRA 3OUBA 5HE5A 1BILA 1HTFA 2VNMA 1E82E 3OQAA 1HHPA 3KMXA 5OZ0A 3O9GA 5P3CA 5P3BA 1XS7D 5AGZA 5P8IA 5P4KA 4N00A 5P7KA 1J71A 5P5UA 5P3OA 2WJOA 1BV9A 5P34A 4RRNA 3CYXA 4DPFA 1T7JA 3ER3E 2V12C 5P8KA 4I11A 4YE3A 3CMSA 2JE4A 3G70A 5P24A 4J1CA 5P0OA 1YTJA 5DR7A 1SMRA 1ZAPA 5EZZA 5P6MA 3U7SA 3KFRA 2VIEA 1HVSA 5HDZA 2OHNA 2WHHA 1PSNA 5P10A 3SA8A 3F9QA 4JPEA 5P4PA 4H1EA 4EJ8A 2AODA 2P83A 3LPIA 3TLHA 3PCWA 1YTHA 2O4SA 3INFA 4AA9A 1FQXA 5P83A 2PH8A 1HSHA 1CZIE 3INDA 3FSMA 5OZIA 1IVQA 3EC0A 2G1SA 5I3WA 1RPIA 3KM4A 1DMPA 6UPJA 5P3VA 5OZ1A 1HBVA 1HXWA 2QP8A 2WECA 4YA8A 1K2CA 1APVE 2G22A 4Y3RA 3QVCA 2J9JA 3GI6A 2WL0A 5P0UA 4FM8A 5P2JA 3S8IA 1WBKA 2NPHA 5P0FA 5P2CA 4ACXA 2ZHRA 4GJAA 4F73A 2G27A 5F01A 5ISJA 5P7XA 4GJ5A 1T3RA 1YTIA 2I4WA 1FG8C 1ZSRA 2FIVA 3EL5A 4ER2E 3NLSA 5TOLA 3D20A 2BBBA 5P4AA 4B1DA 5P7YA 3QP0A 4ZLSA 2PH6A 1NSOA 4Q5MA 4YBIA 1HTEA 5OZLA 3RTNA 4YCTA 4EWOA 2FNTA 5P0RA 1HVKA 4DH6A 1MERA 3KA2A 4FLGA 5P3LA 5P65A 3KMYA 1OEXA 1CMSA 1NPVA 1BIMA 2BJUA 2OHPA 2B7ZA 1MEUA 4LL3A 3UDPA 1W5VA 3SM1A 4NJVA 4RZ1A 4Y5GA 5P5CA 4J54A 5P7BA 1W6HA 4GJ9A 4B1CA 5AHBA 3L5FA 3OWNA 1DAZC 3EL0A 4OBZA 1TQFA 2HB2A 5P5GA 3HZCA 3GI5A 5P0TA 1XL2A 4YOBA 3VG1A 2VA6A 3UPJA 3SA9A 2P8HA 4PZXA 2O4NA 5P31A 4FAFA 5P51A 4Y37A 4Y4TA 3LIXA 5OZCA 2BKTA 5P4XA 5P1UA 2FDPA 9HVPA 3GGVA 5P3SA 5P5SA 5OZOA 3NWQA 2HC0A 4TVGA 4K9HA 3S7MA 3U6AA 5P1IA 2AVSA 1DP5A 5P1EA 2WF2A 1ME6A 5AH6A 2O4KA 5P7NA 4FM6A 5OZVA 1HEGE 5OZGA 5OZ7A 3NU4A 5P0XA 3UDMA 5P8SA 2QHYA 1SH9A 1OEWA 5COKA 2VS2A 4Y4XA 5HCTA 5P0JA 3R0WA 3K1WA 2G26A 3O9LA 5P0AA 3L5EA 4EQ0A 3ER5E 2AOHA 3PWRA 4YD3A 5P5WA 5P0YA 5P6IA 2F3KA 3VCMA 1QS8A 5P5JA 4XKXA 4FRKA 4Y3MA 2AOIA 5OYZA 2VNNA 3URLA 2FLEA 4YHQA 2ZYEA 5P2QA 4DJYA 3L3AA 1MVPA 5P2XA 5P05A 3OU4A 5P7MA 5P71A 5HDXA 1SDTA 3KT2A 4RVXA 3O99A 2RKGA 3SA5A 1QBRA 1MRWA 3RU1A 1FMXA 3TKWA 3VSWA 4K4PA 1PSOE 4WY1A 5P52A 3O9DA 1YM4A 1LYAB 3EMYA 5P6LA 1HPVA 5KR0A 3ZL7A 1XL5A 2I4UA 5OZPA 3WZ7A 4B70A 5P3AA 4QJ8A 4I0GA 2QAKA 1FFIC 5P2LA 1K6TA 1T7KA 5P6ZA 3VFAA 5KOQA 4PYVA 3BRAA 4Y3DA 5P3YA 2CENA 3S54A 1SDUA 4FSEA 1D4HA 4KE1A 5P30A 1T6EX 5P08A 3ZKGA 1BDLA 4DJRA 2R8NA 1FMUA 1E5OE 1K1TA 4Y3ZA 5P7AA 4GJCA 2QCIA 1META 3Q70A 1GVTA 4CPRA 2WF0A 5OZNA 2XFIA 2I4XA 4R95A 5OZHA 2ER0E 4Q1WA 4GMIA 5C9FA 5APRE 5P3GA 5P6QA 5P7VA 2BPVA 5OZ2A 2JXRA 3SABA 5P7ZA 3TPRA 1HTRB 5P5KA 2OHSA 4DV9A 4MC2A 4Y4ZA 3EXOA 3OUDA 3L5DA 3K5GA 4Y54A 5P0NA 2O4LA 4J1IA 1AIDA 1UH9A 1B11A 2IKUA 4HDBA 5P2ZA 5P6DA 1HVLA 5DR0A 1C6XA 3Q4BA 5P0KA 1W5YA 1HVJA 2IDWA 5P80A 1LV1A 1GVWA 5P7UA 2FGUA 1U8GA 1LZQA 4RCFA 1FB7A 5P7IA 5P8PA 4J0VA 2NMZA 5P79A 5P0GA 2UXZA 3EL1A 1FIVA 5OZKA 4A6BA 4FIVA 2VA7A 1HTGA 4ZSMA 1XDHA 5P5EA 4NKKA 5P25A 1SIPA 2OAHA 3IAWA 4CP7A 3IXOA 1BDQA 1T6GA 2HS1A 3D1XA 3QROA 3KFPA 1N49A 2NTRA 3NDWA 2SAMA 4Y50A 5P3DA 2FDEA 5CONA 3QRSA 4J55A 1AJVA 2V13A 3LPJA 4I1CA 4TVHA 5HTZA 4Y36A 4RLDA 5OZJA 5P70A 3IXJA 1MSNA 3BXSA 3GI0A 5P73A 2ZJJA 4GYEA 3UQPA 3C9XA 3NDTA 5P22A 2AVVA 4BFDA 1GKTA 1GVVA 5P50A 5P4VA 3AUPA 2ZGAA 1KJFA 3PM4A 5P1OA 5P3IA 3QBFA 3NUOA 4I0ZA 1ZSFA 1ZLFA 2NMYA 3DV1A 3ZOVA 5OZ3A 1HRNA 3JVYA 3OADA 5DR8A 3CKTA 4L7GA 1SGUA 5P3RA 5ER1E 3DM6A 3SPKA 3EKVA 3KDDA 5DQ5A 5OZQA 5P2DA 3S43A 2AZ8A 1B6LA 2BPXA 2OHMA 1LF2A 3APRE 5OYUA 3LZSA 4Z50A 1EPRE 2IS0A 1TSQA 5C9BA 1PPKE 5P11A 3NSHA 5P5LA 4RVJA 4D8CA 4OBFA 5P1RA 2R3TA 2BPYA 3Q3TA 5AH8A 2ER6E 5P62A 1EPNE 2QI7A 1FEJC 2AZBA 5AH7A 3QRMA 5DQ4A 3ZPSA 1LYWB 1Z1HA 5P28A 3ZMGA 4OBKA 5P6KA 4QLHA 4NJUA 4HDPA 5OZ8A 4Y3LA 3VYFA 5P63A 5I3XA 1B5FB 2HPEA 5P1BA 2VJ7A 2FMBA 4RRSA 2IGYA 1XE5A 5UPJA 4I0JA 1FQ4A 3CKRA 3VEUA 4DFGA 1IBQA 5P4YA 2PSVA 3VSXA 2QD6A 2IL2A 5P4FA 3HLOA 3HVGA 4RCDA 2A1EA 3FX5A 3S7LA 1UPJA 2R5QA 1A8KA 4X2LA 5OYXA 1HVIA 5P3ZA 2WEBA 3RTHA 4D89A 5P0VA 3O9EA 4DJWA 3UDJA 4TRWA 2G21A 3EKQA 5P4RA 3QAAA 4X7IA 3NUJA 4LHHA 1IDBA 2PSGA 1K6VA 3O9AA 4LXKA 4QJ7A 3URJA 3PLLA 2ZHVA 2NXMA 5P29A 4H3IA 2VIZA 5OZZA 1APTE 2XYEA 4Y4DA 5OZUA 5P4GA 2F3FA 3B7VA 3T6IA 1EC0A 2ZDZA 4J1EA 2FGVA 2V00A 4Y3GA 3N3IA 4YCKA 2J9JB 5P0BA 2Q11A 1HEFE 1C6ZA 1BV7A 4L1AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L59 A;  5P7E A;  4U8W A;  3DJK A;  5P2F A;  3OOZ A;  5P8D A;  5P1N A;  3RSX A;  4DQF A;  5DGW A;  4Y48 A;  5P1W A;  4GJ7 A;  5P3Q A;  3MSL A;  1SGZ A;  1SBG A;  2MIP A;  5P7F A;  3OQF A;  3TL9 A;  5IS4 A;  3TH9 A;  5P0I A;  1DIF A;  4Y3S A;  5P7Q A;  4RYG A;  5P44 A;  5P01 A;  1EPO E;  2BKS A;  4HVP A;  4Y3N A;  5P12 A;  4OD9 B;  5P4Z A;  5P53 A;  4EQJ A;  3LIV A;  5BWY A;  1HXB A;  3IN3 A;  1D4S A;  5ENM A;  5P8A A;  3VV7 A;  5P36 A;  5P6H A;  3PBD A;  2I4D A;  3LZU A;  5P1Z A;  5P5A A;  5P45 A;  5P7O A;  4CMS A;  5P87 A;  4Y9W A;  2CEJ A;  3GW5 A;  5B18 A;  2G1R A;  3GGA A;  5P14 A;  4Y4E A;  3BUH A;  5FIV A;  4B05 A;  3U71 A;  2ANL A;  1EPQ E;  5HVP A;  5P8J A;  3T7X A;  4YD5 A;  3TOG A;  4DQH A;  2PWC A;  2Q63 A;  4B0Q A;  3QS1 A;  5P61 A;  1FG6 C;  1HPX A;  2JJI A;  5OZR A;  3EM6 A;  4Y35 A;  1PRO A;  3LIZ A;  2RMP A;  4Y3Q A;  4BEK A;  5P89 A;  4ZIP A;  4JP9 A;  1Z8C A;  3OU4 B;  3B80 A;  4K8S A;  1MIQ A;  2APR A;  4R93 A;  3UHL A;  2QI0 A;  5P4T A;  5OZS A;  5P5Q A;  5P3T A;  5P3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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