2Q64A

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q64A00
1MPPA 5OYZA 5P3GA 3QVCA 4FRKA 4E43A 5P7MA 4Y5EA 3MXDA 1E80E 3C9XA 5DR4A 1SIVA 5OZYA 3KF0A 1DW6C 3ST5A 1SDTA 1NPWA 3EXOA 5OYSA 5OZSA 5P47A 5EZXA 1FB7A 5HE4A 1KJHA 5P5XA 1SDVA 5P0OA 5P3RA 1W5VA 5P83A 1HPOA 5P3QA 5P1HA 5P1MA 5P38A 4DQEA 3CKPA 5P3VA 2ASIA 2R5QA 1BILA 1TCXA 3QRMA 4JPCA 5P3DA 5SY3A 1MIQA 3APPA 1B11A 3S54A 4CPXA 4X7IA 5P0VA 1WBMA 3KMYA 3ZLQA 5P2VA 3OU3A 2UXZA 4Y56A 1OD1A 2AZ9A 5P2HA 2QHZA 5P74A 3S53A 1OEXA 5P4BA 5P8CA 2RSPA 4NPUA 2QZXA 3LZSA 5P0GA 5P3UA 1IZHA 5P2SA 4YD6A 4BEKA 5P0EA 1KJ4A 1FF0C 3PWMA 2Z4OA 5P8PA 3D91A 4HDPA 3TH9A 4R91A 1VIJA 4DV9A 2FNTA 4MC2A 5COKA 4APEA 1RNEA 5OZVA 5P78A 3NU5A 1M0BA 2I4QA 2CENA 2Q3KA 3OUBA 3RTHA 5P5RA 5AHAA 1UH8A 3VSXA 2Q11A 5OZ8A 3U71A 2PK6A 1BAIA 1HEFE 5P0HA 3AIDA 4K8SA 5P33A 5P16A 3OU4A 3PSGA 3ZPUA 1MT9A 1AZ5A 4J55A 1HBVA 2QZWA 4B0QA 3L59A 4YD5A 4K4RA 2JE4A 1D4IA 2AQUA 3R4BA 4TRWA 1IVQA 2IL2A 3K5CA 4J1FA 4DQBA 3S7MA 4H1EA 5KQFA 5P5TA 5P6IA 3O99A 3DK1A 2QD6A 1LYAA 5P44A 2VJ7A 5P0FA 4EWOA 2RKGA 3OU4B 5KQZA 2P3CA 2XFJA 5P76A 4J0ZA 2QI7A 5KQYA 1K6PA 4EJDA 3K5FA 4KB9A 1EBYA 2ZGAA 1NPVA 3NDWA 2FDDA 3D3TA 2H6TA 3IN3A 5P1UA 1OEWA 2BPWA 4HEGA 5P3MA 5C9FA 1LYAB 3LZVA 1HIHA 5P67A 4HZTA 2G1YA 5P04A 5OZIA 1ZBGA 5P41A 4QJAA 3TKWA 5P2KA 2AVOA 5JG1A 4J1IA 5HE5A 1ME6A 1FKNA 3UDYA 4MC6A 5ER2E 3ZKIA 2ZE1A 5P5BA 3EM6A 4Y5KA 2WJOA 4COEA 3TPRA 2VIZA 4GJAA 4H3FA 3UPJA 1HPSA 1FQ4A 3R1GB 4Z50A 4QJ9A 5OZLA 5OZAA 5OYQA 3N3IA 1LZQA 5P18A 1AAQA 2HIZA 2P4JA 3OTSA 4GJ7A 1EBKC 5P26A 4KE0A 2PC0A 2QD7A 5P6ZA 3EL1A 5P73A 3PM4A 5P8GA 4EJKA 4Y3LA 3S85A 4DJWA 3UQUA 2WEAA 3EKTA 1ER8E 2VA7A 5P4SA 3BGCA 4ER1E 5OZEA 1HTGA 1C6ZA 4B77A 5P3SA 3VF3A 5AHCA 3SA7A 4B72A 4Q1XA 3PI0A 5AH7A 1MUIA 4OBDA 3OAGA 3RSVA 5P0IA 5P8TA 1EPPE 3T7QA 2PSVA 3LNKA 5I3YA 1EPLE 2OHNA 4AUCA 4CPSA 5P1EA 1FQ6A 1D4KA 3IXOA 3EKWA 3S7LA 4L1AA 1HXBA 1TZSA 3KM4A 4BFDA 5OZ1A 4DVFA 3DV1A 1CZIE 3OHFA 1HIVA 5P2CA 2ZHRA 3RU1A 1BDLA 1HVIA 5P00A 5P7SA 2OHMA 4HVPA 4D85A 3HDKA 3PBDA 5P4VA 1NH0A 2IGXA 2RENA 3IXJA 2G26A 5P5NA 4L1AB 5P3HA 5P57A 3UF3A 2QMDA 2WEZA 6UPJA 5P65A 5HU0A 5P6CA 1C70A 2WECA 2XFIA 4Y41A 4Y3ZA 3AUPA 3SA4A 3K1WA 2VNNA 3LPIA 8HVPA 5JFUA 5OYYA 4R5NA 5P4XA 4JECA 5P4IA 5P2AA 4AA8A 5P7HA 5P2GA 1T7KA 5P0WA 4FM7A 1XN3A 2NXDA 1VIKA 4J54A 5P7XA 1GNNA 5P51A 5I3XA 5P58A 4FM6A 4B1DA 5P5JA 5P4MA 2OHQA 5P54A 5P1PA 3GI5A 5P4GA 3VFAA 5P5LA 5E5JA 3VV7A 4EQJA 3S45A 4KE1A 3INHA 4I0JA 4LBTA 4F73A 3SACA 2QK5A 5P77A 4WTUA 4K4QA 5P60A 3TL9A 2IQGA 3TOFA 3H5BA 2AZBA 4HDBA 2PWCA 2UY0A 1ODXA 4Q1NA 4J17A 1N49A 5P1IA 1YTHA 4JPEA 3SO9A 4GJ6A 5EZZA 5DPZA 5AGZA 1FQXA 3NDXA 5E5KA 5OZXA 4U7VA 3QROA 3LIQA 3ECGA 5P89A 2AOIA 1BIMA 4L7GA 3PEPA 1A94A 4DQCA 2PSUA 4FRJA 1GKTA 1JLDA 4GYEA 5P7ZA 2HAHA 3O9IA 4LXMA 1YTIA 2OHTA 5P19A 5KAOA 3KFNA 4Y5GA 3BVBA 4PYVA 1ZJ7A 1T7JA 2BBBA 1EPME 5UPJA 4IVSA 5P2TA 5P69A 4RYCA 4FE6A 5P0CA 2AZ8A 2O4PA 4I8WA 2QHYA 3APRE 3UDHA 4EXGA 5P24A 2I4WA 5P13A 1W51A 2FMBA 4Y3SA 3QS1A 4YE3A 1LF3A 2J9KA 4KUPA 5P84A 3FIVA 2G1SA 1PFZA 3VV6A 4I0ZA 3ZPSA 4B05A 3PRSA 3PLLA 4FSEA 1DP5A 5OZ2A 4Y48A 4D83A 5OZ7A 3HAWA 3NXEA 3KFRA 1C6YA 5P4JA 2WF4A 2ZHSA 3UQPA 3OGPA 3DOXA 5IS4A 5P56A 2AVVA 2PSGA 1MSMA 3HLOA 3TKGA 3WZ8A 2V12C 5P6KA 2RKFA 3S43A 2APRA 2ZJMA 1HSIA 1HVKA 4RRNA 3PBZA 2PWRA 1BWAA 4I10A 5AH6A 4Y54A 6APRE 1BVGA 1LYWA 4Y3XA 3S43B 1XE5A 3D1ZA 5P5SA 3BXSA 1M4HA 2ZJJA 2R3WA 2WHHA 3DV5A 3ZKMA 3URIA 5P5HA 5HDUA 1YTGA 4Y3QA 2QI4A 4FAFA 3URJA 2I4UA 3TOHA 2ER7E 4F76A 3ZKNA 3G72A 3HAUA 4YCTA 5P0LA 1LYWB 1MERA 4QJ7A 3L3AA 1YM4A 4ACUA 1HRNA 3SM1A 5P09A 5P29A 4GZFA 1SMRA 5P46A 2QD8A 5P39A 4NJVA 3B7VA 5P7FA 2B8LA 3OADA 3PI5A 3FX5A 5P2EA 1IZIA 3PCZA 5P2JA 5P5DA 5P2BA 3M9FA 5P0UA 2AOJA 1YT9A 2Q63A 2FS4A 5P0RA 1EPQE 3S56A 1BDRA 1QBSA 5SY2A 1KJFA 4H3IA 5I3VA 5OZGA 3UDRA 3KYRA 2J9JA 1XN2A 3OK9A 5P7EA 2EWYA 2P3BA 3IA9A 5P6TA 2AOEA 2P8HA 2IKUA 3EKPA 2Q15A 2PMAA 5P6WA 4RRSA 5P2XA 1RL8A 2WKZA 2FDEA 3SA6A 5P1XA 4RGHA 5DQ2A 5P55A 4Y3YA 1DPJA 2VIJA 1AXAA 2J9JB 5KR8A 4I11A 5OZPA 4EPJA 3O9BA 1RV7A 5P5OA 5P2RA 4DJYA 3LHGA 2G1OA 5P88A 1A9MA 5OZBA 3UDJA 5P1FA 5P7OA 1WBKA 3DCKA 2R38A 4YOBA 1FMBA 4RCFA 2ZHTA 3HVGA 3GI0A 2O4LA 3FV3A 5C9BA 5P8OA 1K1TA 5P03A 5B18A 5P2UA 4Y4AA 2A1EA 5OZQA 2VIEA 5IVSA 5P0PA 3DJKA 1TSQA 4K9HA 3SKFA 3CIDA 3Q6YA 1UH7A 2G69A 1FQ7A 1HSGA 2IDWA 3SLZA 1BDQA 3QI1A 2QI1A 4OBGA 1FEJC 5P3KA 5P52A 3RTMA 1ZAPA 1W50A 5I3WA 2G24A 3GW5A 4Y5PA 3OOTA 1AM5A 2VKMA 5DQ4A 5P48A 5HU1A 3PSUA 2BB9A 2HM1A 1LV1A 3PWWA 3QRSA 5P64A 3KT2A 4XX3A 3OQFA 2ZDZA 5P7DA 2QMPA 5P25A 1EPNE 2BKSA 1ZSFA 5P2LA 2AVSA 5KOSA 2F81A 5P49A 1SBGA 2B60A 5AHBA 3VF7A 3SM2A 1SMEA 3IXKA 5P7UA 1IDAA 4Y57A 5P1LA 4BELA 5P35A 4Y3JA 3KN0A 5P36A 1IZDA 4MC1A 5P8NA 3ZMGA 4HLAA 5P3IA 5SZ9A 1HEGE 2ZJLA 3LPKA 5P1AA 3SPKA 4EYRA 1SH9A 5P80A 5P7AA 5OZ4A 4EP2A 5P53A 3NLSA 3TPLA 4ACXA 1ZTZA 2AIDA 1QBRA 3BGBA 3NUOA 1K2BA 2FGUA 5P8EA 1AVFA 4GJDA 2B7ZA 5T4SA 1MVPA 4DPFA 3I7EA 3D1XA 2RMPA 5P7WA 2FDPA 5P3WA 1AJXA 2FIVA 3INFA 3PSYA 3UCBA 5P6HA 4D89A 3EKVA 5DQCA 2ZHUA 2I0AA 2G1NA 4F74A 5KQXA 5P7JA 1TW7A 3K4VA 4FCOA 2SAMA 5P40A 5P11A 5DQ5A 4Y53A 4Y4UA 3LPJA 4GJ9A 5BWYA 3VF5A 4AA9A 4APRE 3BXRA 4RVJA 5P2MA 2QI0A 1LF2A 4A6BA 5OYXA 5P0ZA 2IEOA 3OOZA 3FNUA 2PQZA 1EPOE 5P42A 4RCEA 4YD7A 4CKUA 1FMUA 3O9LA 1B6KA 2QAKA 1FGCC 5P7TA 4RVIA 4I0DA 2NPHA 3PCWA 4Y3EA 3VUCA 5P4TA 1K6TA 2G21A 3OQ7A 3CICA 1W5YA 4Y44A 5P8IA 4Y3RA 4RVXA 1BBSA 2ANLA 2HB4A 5P8RA 3L58A 5JFPA 1GVUA 3O9LB 3QBHA 5P06A 1FFFC 3TNEA 2ZJIA 3Q4BA 2PYMA 4Y3WA 3OUDA 4DH6A 5P0YA 3GGVA 2NNKA 4CPUA 4FSLA 3UDQA 1KJGA 4DQGA 4DUSA 2G27A 1EPRE 1TSUA 3SA3A 4J1HA 5P8QA 4R92A 1HVJA 1D4HA 2VJ6A 5P1ZA 1YX9A 4DJOA 5P5QA 2AOCA 3NU3A 3I2LA 2V11C 1BWBA 1HOSA 5HDZA 3OUDB 4Y4JA 2NTRA 4DPIA 1GVWA 3SABA 1QRPE 2WF0A 3RSXA 1SIPA 5P6QA 3MSKA 4A6CA 1W6HA 2O40A 5P5IA 2I4VA 3L5DA 4DJPA 1HTRB 4Q5MA 3KA2A 4Z2ZA 2NXLA 1GNMA 3OGQA 4I0HA 1DIFA 3T3CA 1HHPA 2OAHA 5P4WA 1G0VA 3TPPA 5KR1A 4GJCA 2WF3A 4I0FA 4GJBA 3I6OA 5DGUA 5P4YA 3OY4A 4Y3HA 1T3RA 4NPTA 1C6XA 3LZUA 3N4LA 3NDUA 4Y4DA 3LINA 1MT8A 3FNSA 5P4FA 3VFBA 4GIDA 1B6PA 3GI4A 1K1UA 4U8WA 5P30A 5P01A 1IZEA 3DCRA 4Y5LA 2I4XA 1FLHA 1META 5PEPA 3EMYA 3GGAA 5P1JA 4GJ5A 5SXNA 2P3AA 3VYEA 1BV7A 3QN8A 5BS4A 2AZCA 3INEA 5P28A 5P59A 4TRZA 1NSOA 3IVHA 4J0YA 3F9QA 5P6DA 4DJUA 5CONA 3OQDA 5P45A 3VSWA 2WF2A 3JVYA 4J5JA 2JYSA 5P7CA 1T6EX 3MXEA 5P6BA 3T7XA 5P3EA 4YD4A 1APUE 4S1GA 5P3BA 1GVVA 5P6XA 3VG1A 1BXOA 2PH6A 5P6FA 2V10C 5P4DA 1Z8CA 4XKXA 4DI2A 4LXAA 4TVGA 2IKOA 3O9EA 9HVPA 3CKTA 1FG8C 4GB2A 5OZ3A 1FQ8A 1IIQA 7UPJA 2Z54A 5KR2A 1AJVA 1FIVA 1MTRA 2G1RA 4FAEA 1HVSA 2OHPA 5P8AA 5OZKA 4M8YA 2F3EA 3TOGA 5P0DA 5FIVA 5OZ5A 2IS0A 3A2OA 5P27A 3EM4A 5P2ZA 4Z22A 4FS4A 2R9BA 5P82A 2HB3A 4OBHA 5P7IA 5P08A 1APTE 4Y6MA 4RLDA 5P3NA 2ER9E 3LZYA 4YA8A 4B78A 1NPAA 5P3OA 4DQFA 3H0BA 3QBFA 5COPA 5P1RA 4CPTA 3WB4A 4WY1A 5P7YA 5P75A 2AOHA 5P68A 3EL4A 1FMXA 3PB5A 5JODA 5P0MA 4Y51A 1MRXA 1YG9A 4QJ2A 5P7LA 5P15A 3UDKA 5P1CA 3QP0A 1QDMA 3VEUA 5P1YA 2I0DA 5P4NA 2QI5A 3MWSA 5P62A 3KFSA 2AVMA 1FQ5A 3D20A 4Y5MA 3U6AA 1SGZA 3U7SA 4D88A 2HPEA 3EKYA 5P1GA 5P6VA 5P0KA 1UH9A 4Y4GA 1RQ9A 4HA5A 4L6BA 3IGBA 4RYGA 5P7GA 4M8XA 5HE7A 3QIHA 5P3PA 1HVHA 1PPLE 5P12A 4Y3GA 3L38A 5P6SA 4EXHA 1KJ7A 5P5PA 4FRIA 4XX4A 5P3JA 1PROA 5P8MA 5IVRA 5P8FA 3NU6A 1LF4A 2V00A 3PVKA 2R5PA 2O4SA 1PSNA 3GGUA 3R2FA 5P5WA 3BUFA 2ZHVA 3B80A 3O9CA 5P8LA 5P0XA 2FGVA 4NKKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MPP A;  5OYZ A;  5P3G A;  3QVC A;  4FRK A;  4E43 A;  5P7M A;  4Y5E A;  3MXD A;  1E80 E;  3C9X A;  5DR4 A;  1SIV A;  5OZY A;  3KF0 A;  1DW6 C;  3ST5 A;  1SDT A;  1NPW A;  3EXO A;  5OYS A;  5OZS A;  5P47 A;  5EZX A;  1FB7 A;  5HE4 A;  1KJH A;  5P5X A;  1SDV A;  5P0O A;  5P3R A;  1W5V A;  5P83 A;  1HPO A;  5P3Q A;  5P1H A;  5P1M A;  5P38 A;  4DQE A;  3CKP A;  5P3V A;  2ASI A;  2R5Q A;  1BIL A;  1TCX A;  3QRM A;  4JPC A;  5P3D A;  5SY3 A;  1MIQ A;  3APP A;  1B11 A;  3S54 A;  4CPX A;  4X7I A;  5P0V A;  1WBM A;  3KMY A;  3ZLQ A;  5P2V A;  3OU3 A;  2UXZ A;  4Y56 A;  1OD1 A;  2AZ9 A;  5P2H A;  2QHZ A;  5P74 A;  3S53 A;  1OEX A;  5P4B A;  5P8C A;  2RSP A;  4NPU A;  2QZX A;  3LZS A;  5P0G A;  5P3U A;  1IZH A;  5P2S A;  4YD6 A;  4BEK A;  5P0E A;  1KJ4 A;  1FF0 C;  3PWM A;  2Z4O A;  5P8P A;  3D91 A;  4HDP A;  3TH9 A;  4R91 A;  1VIJ A;  4DV9 A;  2FNT A;  4MC2 A;  5COK A;  4APE A;  1RNE A;  5OZV A;  5P78 A;  3NU5 A;  1M0B A;  2I4Q A;  2CEN A;  2Q3K A;  3OUB A;  3RTH A;  5P5R A;  5AHA A;  1UH8 A;  3VSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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