2QD6A

Hiv-1 protease mutant i50v with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qd6A00
3RTHA 2QMFA 3UTLA 2VNMA 5P8GA 3QBHA 3U7SA 1A30A 2B7ZA 5F00A 5OYTA 1B6KA 2F3KA 2IGXA 4J1CA 5P6MA 5P1LA 3JVYA 3BVBA 2VA6A 5P3LA 5P3ZA 3OXXA 5OZWA 2G21A 2FDPA 5SXNA 4Y48A 1HVKA 4ZSRA 5P09A 1SBGA 2FXEA 5P7TA 2O4NA 4J1HA 1B5FA 5J25A 1OEWA 5P33A 1NPAA 1HEGE 3PWMA 2VS2A 3K4VC 4NPTA 4Y4JA 3ZKMA 4HDPA 3ZKIA 3D20A 2ER7E 3PI5A 5P5KA 5JFUA 2P8HA 4Y3DA 3VV6A 3ZPTA 3S56A 5P0BA 4Y36A 3CICA 5B18A 2NTRA 1FMUA 3HZCA 1MERA 3HAUA 3RTNA 1D4LA 1LF3A 5HE4A 3WZ7A 3OAGB 1NPVA 2JJIA 5JODA 5DQCA 5P36A 2CEMA 5P83A 5P1OA 1FB7A 4RVIA 3GGUA 1W6IA 4I0IA 4A6BA 1HIIA 3QVIA 2WF2A 2OHPA 3NU9A 1CMSA 2QNNA 2B60A 5P0QA 5P3TA 1U8GA 5AH9A 1BIMA 5OZTA 1FQ4A 3OQFA 5OYUA 1FQ6A 2QD7A 2XYEA 3UQPA 4Q1XA 2UXZA 5P48A 2AOCA 3N4LA 3T7XA 1APWE 2Z54A 3PBZA 1HVIA 2G1RA 3OAGA 5P4GA 3FV3A 4J0TA 3ZKNA 3O9HA 5P7ZA 2HAHA 5P2RA 1VIJA 5OYRA 1ME6A 3NUJA 1HXWA 3QBFA 5OZKA 5P5EA 1EBYA 5DR3A 3TTPA 3FNSA 3SAAA 4EYRA 5P0PA 5P45A 4DQGA 1TCWA 3CMSA 5OYXA 4DJRA 2AOJA 3U71A 3HD8A 1FLHA 5SZ9A 3VLAA 2Q11A 4I0HA 5P5SA 3DM6A 1DIFA 5DQ1A 3EKQA 4TRZA 5OZ5A 2FLEA 3T7QA 4EQ0A 4RVXA 4QGIA 5P1QA 5P8QA 3RU1A 1NH0A 3PEPA 1MRXA 1YTJA 3LINA 1LEEA 4ZPEA 5P66A 1T7IA 3KFNA 5P5QA 1SMRA 5P4LA 2V11C 1LYWA 3OU4B 2R43A 4DPFA 1K6VA 3UQXA 4EHCA 4DVFA 4NJTA 1UPJA 5IVRA 2VA5A 3PHVA 3OQDA 2ZE1A 4Y53A 1GNMA 5P2IA 5P85A 4HEGA 5CLMA 1QBSA 2WF0A 1IDBA 4BEKA 5AH6A 5OZPA 4Y5LA 3LPJA 5OZEA 3UF3A 5KOQA 1AZ5A 5P70A 4FS4A 1GNNA 2G24A 1K1TA 4YD5A 3SQFA 2QD8A 4Y3HA 2O4KA 3O9EA 5P3GA 3R1GB 1W6HA 1XE5A 3TH9A 5P0FA 4PPHA 4ZSQA 1ZPAA 5P1BA 4GJ5A 1LV1A 5DGWA 1KJ4A 2AZBA 4Z4XA 5P8IA 3EKWA 4APEA 2FDEA 2I4WA 1HEFE 2G1OA 5P6RA 4B1CA 4PYVA 3HVGA 2XFJA 5P2NA 4FIVA 4HVPA 2HPEA 3GI0A 3QRVA 1FGCC 5P7BA 3S43A 2P4JA 1B6JA 1WBMA 1HTEA 1HTGA 2V13A 3UDRA 2V0ZC 1YT9A 1BXOA 5P6SA 4XX3A 5P8UA 4CPWA 3EL5A 2AVSA 5P6GA 5T4SA 1QBRA 4RROA 5P6IA 3UDPA 2IL2A 4ACXA 1BXQA 5TOLA 4A4QA 5AHCA 5P0RA 2RSPA 3TPJA 1IZIA 3PRSA 5HD0A 5P0SA 4DQBA 4Q1NA 5P7CA 5P3RA 4QJAA 1ZSFA 2AVQA 1MSMA 3ER5E 4B72A 3CIDA 5P8OA 2EWYA 4YD3A 8HVPA 1ZLFA 4Y3MA 4LAPA 3NWQA 3ZL7A 2QHYA 4KB9A 4B78A 2SAMA 4YD7A 5P7LA 5P1VA 5IE1A 4CP7A 1MSNA 5DR8A 2O4LA 4DQHA 1EC2A 4HLAA 5P3XA 4M8YA 1ZSRA 2FGUA 5P69A 4FRKA 2QP8A 3FSMA 5P1UA 5OZRA 5P2HA 1LYBB 2I4QA 1NPWA 2PSVA 1IBQA 3CYWA 2QNPA 3Q3TA 1AIDA 4OBDA 1BVGA 5P3AA 3VLBA 1A8GA 3QS1A 2BPZA 3PI0A 2QD6A 4X7IA 5P4XA 5P0ZA 4DJOA 5P1EA 3WSJA 5P0LA 4YCYA 3KYRA 4L6BA 4DQCA 2QAKA 1T7JA 4Y41A 5P16A 1DP5A 5KR0A 4FLGA 5P64A 3INEA 3OHHA 5P17A 1GVVA 3MSJA 5P6DA 4D8CA 3PBDA 1A9MA 5OZUA 2WF1A 5P8BA 1MT8A 1EC0A 5P6YA 4Y5NA 2QZKA 5P7VA 5P22A 2AIDA 6APRE 3K4VA 9HVPA 3SACA 3INDA 3NDUA 4Y4DA 3EBZA 4RGHA 1CPIA 3KN0A 4K4RA 3TL9A 3IN3A 2ER9E 2PC0A 3LITA 1XN3A 5P6XA 5P2KA 5P40A 5KR2A 3T7PA 1LYBA 1ZTZA 3SA8A 2ZJHA 4DJXA 3UDQA 1HVRA 5P39A 5HE5A 2ANLA 4QJ9A 5P2MA 5ISJA 5P8NA 3HDKA 5P5WA 3PCWA 4NJSA 1IZHA 7UPJA 3C9XA 3KMYA 4GB2A 2HIZA 3VF7A 3I25A 2ZYEA 3PSUA 4QJ2A 5OZNA 5P30A 2CENA 5AHAA 2AZCA 4Y3GA 4AA8A 5OZHA 4D89A 5P8TA 3M9FA 3WB5A 3S54A 5DR4A 1SGUA 1EAGA 2OHKA 1T6GA 1OEXA 5P7QA 1C6YA 3WZ8A 3Q70A 3NWXA 1ZBGA 5P1YA 3TLHA 2OHTA 5P46A 3FIVA 1HPSA 2R3WA 4Y3FA 4RZ1A 3BRAA 5P3KA 1CZIE 3BXSA 3NUOA 4J1EA 5P8FA 3CKRA 5P6KA 2R5PA 3LIYA 3Q6YA 3QVCA 4HDFA 5P1JA 5P4ZA 3GGAA 1MEUA 4LBTA 1C6ZA 1FIVA 2O4SA 3L58A 1BV9A 3BHEA 1PSOE 3PB5A 1GVWA 5P89A 5P4MA 2WEBA 3NU5A 1PFZA 3O9FA 4Y3SA 3KM4A 2WEAA 2ZJJA 2V10C 3LIQA 3T3CA 3VV7A 4DI2A 4YBFA 5P4HA 4Y45A 5P00A 3RSVA 4Q1YA 4JP9A 5JG1A 4GJAA 3EM6A 5P7MA 4ZE6A 1RL8A 5P1ZA 1IIQA 2NXLA 3O9LB 5P34A 2I4VA 5P4UA 2OHSA 3L5FA 3VV8A 1W51A 4RCFA 4CPSA 5P2OA 4RRNA 2FMBA 4ZPGA 1ODXA 3LIVA 1HVLA 5I3XA 4Y3AA 3VF5A 5P5VA 4Y5KA 3ZOVA 2AOHA 5C9BA 1AXAA 1FG6C 2RMPA 4I0GA 4DQEA 3HVPA 3EMYA 3K5DA 5C9DA 4H3FA 4NJUA 1BAIA 2V00A 3H0BA 5P3UA 5JFPA 5P2WA 5P7NA 3UFNA 4Z50A 1W5XA 2WECA 3MSLA 4J54A 4Y56A 2I0AA 5P3QA 4DJWA 2HB3A 3S45A 3UQWA 4Y4ZA 4FL8A 5P2DA 5P0IA 3O9LA 4Y3LA 5HCOA 4Y4AA 3N3IA 4Y5PA 2P3AA 2ZHUA 2F81A 4I0EA 5OYYA 2AOGA 3KFPA 4Y58A 1ZAPA 4PEPA 4I8ZA 1D4JA 1ENTE 5P24A 2HPFA 2XFKA 4AA9A 4U7QA 5P84A 5P65A 3SFCA 3VSXA 3TPPA 5COOA 5BWYA 2NMYA 5P35A 5OZ6A 1UH8A 4EQJA 3URLA 4YCTA 1RV7A 4R92A 4IVSA 5P6PA 1G0VA 5P4TA 5AHBA 2JJJA 1BDLA 3OUCA 5BS4A 5P27A 4PHVA 5P5PA 5ENKA 2VJ6A 5EZZA 2ZJMA 2PH8A 4EJLA 1HIHA 5P6FA 3KDCA 3GW5A 1F34A 4Z22A 2AOEA 5P2EA 1QDMA 3S85A 2PK5A 5OZIA 5P8EA 4MC9A 3T6IA 3SA3A 5P7JA 5P1WA 4YOBA 5P52A 4Y9WA 1JLDA 5P2LA 5P3YA 3SA5A 2F3EA 5P1PA 4EPJA 3I6OA 1MIQA 3O9CA 2I4XA 3R2FA 1LZQA 2IQGA 3D91A 3Q4BA 5P6NA 1OD1A 2NPHA 2FS4A 4FM6A 3URIA 5P19A 3OY4A 1LYWB 3NYGA 5OZMA 5P0AA 5P25A 5P5ZA 3QIHA 5P4QA 3VFAA 5OZ2A 2OF0A 2QI0A 5P0WA 1HVCA 5P0NA 1LF2A 3SPKA 3UDKA 1IDAA 4GJ9A 4Y4TA 2RENA 5P6WA 1XL2A 3KDDA 3DK1A 5HDVA 5I3WA 1HHPA 2XYFA 4FE6A 2O4PA 2HB4A 2AZ8A 3VG1A 2OAHA 4WTUA 3WZ6A 3ECGA 2R38A 2ZDZA 5P8VA 1SDVA 2XFIA 4HDBA 4I0ZA 4EXGA 2I4UA 2ZHVA 2ZJKA 4U8WA 4I0DA 4R95A 5P62A 3KT5A 5P6CA 4RYGA 3BC4A 3NLSA 2ZJIA 4HE9A 4TRWA 3NSHA 3F9QA 3OADB 4YBIA 1BWBA 4MC1A 3BUFA 2AOIA 1UH7A 1OHRA 3APRE 3HAWA 3MXEA 3NDTA 3OUDB 5P71A 1MTRA 2P3DA 5P55A 5P29A 1Z1RA 2PQZA 5OZ9A 5IS4A 5COPA 1HSHA 2ZHTA 3INHA 3EXOA 3L59A 3BUGA 3GI6A 3QP0A 5P81A 3RVIA 3CKTA 1DW6C 5OZ8A 1MRWA 3EL0A 5P80A 3CKPA 2G1NA 1RPIA 2VIEA 2IENA 3EKVA 3S8IA 5P26A 3S53A 4Z2ZA 4QLHA 3S43B 5P7DA 5P7KA 4ZPFA 5P6BA 3SA7A 5P4KA 2B8VA 1BV7A 3D1XA 4EJDA 3PSYA 4TVGA 2WF3A 3OGPA 4QJ7A 4Y3WA 2PYNA 4DJPA 5P6LA 2IKOA 1QRPE 5OZGA 2ZJNA 3OADA 3VF3A 5P1RA 2APRA 5P32A 5UPJA 4I10A 3URJA 3OUDA 5ISKA 4GJCA 2J9KA 1B6PA 5P5GA 4KE0A 5P68A 1XDHA 5KQXA 5P04A 5KOSA 3PMYA 3OTSA 4Y3RA 1W5WA 2F80A 3T11A 5APRE 1E80E 3OK9A 4BFBA 2ZHSA 5P0OA 1VIKA 1W5VA 5AH8A 1G35A 5P2VA 4K9HA 4RVJA 4DQFA 5P2YA 3EKYA 2ER6E 1TSQA 1EPME 4KUPA 1BBSA 1SMEA 3OOZA 5P74A 4DUSA 4AMTA 2FXDA 3SABA 2P3CA 3PVKA 5KR1A 1W50A 5P87A 3B7VA 4DJVA 2A1EA 2QCIA 4KE1A 3SA9A 5P7EA 5COKA 4D83A 5OYQA 2QI1A 1FFIC 2IS0A 4J55A 3UDNA 5P6ZA 5P4VA 2FIVA 3DOXA 2VKMA 4Y37A 5P77A 4L7JA 1META 3D1ZA 3MSKA 3QN8A 5P2TA 2QI7A 3APPA 1E82E 1M43A 4XX4A 5P18A 1HTFA 5P01A 3LHGA 5P8PA 5P86A 2NNPA 3ER3E 1EC1A 5P59A 5OZ1A 4DJUA 1HWRA 5P2AA 1MVPA 4S1GA 5P82A 4Y4GA 1K1UA 2BJUA 3I7EA 2QI3A 5I3YA 5P7GA 3LZUA 4H3JA 4A6CA 1D4SA 5E5JA 5P6OA 4OBGA 5P1KA 4B0QA 5P2QA 1EPQE 1Z1HA 4APRE 1W5YA 5DGUA 5P0MA 3VEUA 3OU1B 4LHHA 5P4AA 5P7PA 3VYFA 3QRMA 4COEA 5HCTA 5P0CA 2G22A 5P57A 1YX9A 1MT7A 1FFFC 3GGVA 5P3OA 4ER4E 4OC6B 4Y5GA 2QHZA 5P4OA 4LXKA 5OZXA 3IAWA 4NKKA 4ER2E 4Q5MA 3QRSA 5P8DA 5P8AA 2R3TA 5P78A 1FQ7A 4I1CA 3L5CA 4ACUA 2PWRA 1ODWA 5P7UA 1Z8CA 3DCRA 1DMPA 2OHLA 2Q54A 1N49A 1FMBA 5DQ5A 3ZLQA 4GIDA 3SO9A 5P1GA 3SA6A 3IN4A 3SM1A 5P7AA 3ZKXA 3IGBA 2R5QA 5P6JA 3OU1A 5KAOA 2PYMA 5BRYA 4UPJA 2FGVA 1UH9A 4YCKA 2AVVA 5P1FA 2F3FA 5ENMA 1SDUA 2H6SA 3ST5A 5OZYA 3NXNA 3EM3A 4OC6A 5FIVA 1HVJA 5I3VA 1EPPE 1KJGA 5P7YA 1C70A 5E5KA 5KQZA 5P3DA 1FF0C 1TCXA 1D4IA 5P6TA 4JPCA 2BPYA 3UQUA 5P76A 4J0VA 5P1HA 5P1CA 4J1IA 4NPUA 3NU4A 3TOFA 5P1IA 3QI1A 4Y3EA 5P2UA 1T7KA 2VJ9A 1EPOE 2FNSA 2HS2A 3IVHA 5P3WA 5OYZA 1HOSA 2BBBA 5P5JA 5OZCA 4MC2A 3QPJA 5P4PA 1J71A 1PSNA 2WJOA 2OHQA 2CEJA 3INFA 3LZSA 4Y5AA 1EC3A 4JECA 2AVMA 5P54A 5P4WA 3OQ7A 3S2OA 5P3VA 2F8GA 3SLZA 4Y43A 3FX5A 3PMUA 4DJYA 5P3CA 2FDDA 5OZBA 4YDGA 2WKZA 3BGCA 4CMSA 3VSWA 6UPJA 3Q5HA 3PCZA 4CPUA 4Y4XA 4FAEA 3G70A 4Y35A 4F74A 5P5HA 1F7AA 5P1MA 5DR1A 3UPJA 4WY6A 4Y5EA 5P1SA 3OHFA 2Z4OA 4ZLSA 1FG8C 3KMXA 1APVE 2O40A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTH A;  2QMF A;  3UTL A;  2VNM A;  5P8G A;  3QBH A;  3U7S A;  1A30 A;  2B7Z A;  5F00 A;  5OYT A;  1B6K A;  2F3K A;  2IGX A;  4J1C A;  5P6M A;  5P1L A;  3JVY A;  3BVB A;  2VA6 A;  5P3L A;  5P3Z A;  3OXX A;  5OZW A;  2G21 A;  2FDP A;  5SXN A;  4Y48 A;  1HVK A;  4ZSR A;  5P09 A;  1SBG A;  2FXE A;  5P7T A;  2O4N A;  4J1H A;  1B5F A;  5J25 A;  1OEW A;  5P33 A;  1NPA A;  1HEG E;  3PWM A;  2VS2 A;  3K4V C;  4NPT A;  4Y4J A;  3ZKM A;  4HDP A;  3ZKI A;  3D20 A;  2ER7 E;  3PI5 A;  5P5K A;  5JFU A;  2P8H A;  4Y3D A;  3VV6 A;  3ZPT A;  3S56 A;  5P0B A;  4Y36 A;  3CIC A;  5B18 A;  2NTR A;  1FMU A;  3HZC A;  1MER A;  3HAU A;  3RTN A;  1D4L A;  1LF3 A;  5HE4 A;  3WZ7 A;  3OAG B;  1NPV A;  2JJI A;  5JOD A;  5DQC A;  5P36 A;  2CEM A;  5P83 A;  5P1O A;  1FB7 A;  4RVI A;  3GGU A;  1W6I A;  4I0I A;  4A6B A;  1HII A;  3QVI A;  2WF2 A;  2OHP A;  3NU9 A;  1CMS A;  2QNN A;  2B60 A;  5P0Q A;  5P3T A;  1U8G A;  5AH9 A;  1BIM A;  5OZT A;  1FQ4 A;  3OQF A;  5OYU A;  1FQ6 A;  2QD7 A;  2XYE A;  3UQP A;  4Q1X A;  2UXZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4OBH A;  5P6Q A;  5P31 A;  3NU3 A;  3PJ6 A;  5P20 A;  1EED P;  2IKU A;  2WEZ A;  2R8N A;  5P0U A;  3UDM A;  1HVH A;  2A4F A;  1WKR A;  2JYS A;  3GI4 A;  1QS8 A;  4RCE A;  5P72 A;  4RRS A;  1SIV A;  5P5A A;  1A94 A;  3OUA A;  5P0E A;  5IVT A;  5AH7 A;  2OHN A;  1QBT A;  2BKS A;  5HDZ A;  3PWW A;  3KDB A;  1ZJ7 A;  2P3B B;  3UQR A;  3LIZ A;  4DFG A;  2IEO A;  2NXM A;  3UDH A;  4E43 A;  2VIJ A;  1E5O E;  5P13 A;  5P02 A;  3EC0 A;  4LXA A;  1ZPK A;  3IA9 A;  5P5F A;  1FKN A;  4ZIP A;  5P7I A;  4FGX A;  2BPX A;  1EBZ A;  5ER1 E;  5P6E A;  4K8S A;  1BDR A;  5HE7 A;  4EP2 A;  4Y5B A;  4JPE A;  3PLD A;  3EKX A;  3BVA A;  1IZE A;  1MPP A;  4B70 A;  4I0F A;  5AGZ A;  4J0Z A;  1HTR B;  4J0Y A;  5P4J A;  5P8H A;  2V12 C;  2B42 A;  3L38 A;  4FSE A;  5P28 A;  5P06 A;  1AVF A;  1IVP A;  5P3E A;  2J9J B;  2RKF A;  3UFL A;  3RTM A;  5P8M A;  4CPR A;  2PH6 A;  3VYE A;  5OYS A;  5DPZ A;  4I12 A;  4Y3T A;  4Y39 A;  4Y5M A;  2B7F A;  5P2J A;  2P3B A;  3G72 A;  5P7S A;  2PWC A;  2QZX A;  1NSO A;  3FNT A;  2WED A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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