2QD8A

Hiv-1 protease mutant i84v with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qd8A00
2BPZA 4L6BA 3WB4A 2NXMA 2FIVA 1RPIA 4Y5GA 5P1VA 2HB3A 4FM7A 1IDBA 1T7JA 5P6VA 5P5PA 5P6TA 2Q64A 3ZKQA 4Y3LA 1D4YA 3DJKA 4J1HA 5P2CA 1E81E 3PSGA 4KB9A 5P7AA 3TTPA 5OZTA 1MSMA 5P0SA 1QS8A 2IGXA 2JJIA 4Y38A 1HXBA 3OAGA 5SXNA 1CZIE 1RQ9A 3VG1A 4K9HA 4M8XA 1MSNA 5P8UA 1DPJA 5P23A 5AH6A 4H3FA 1LYBA 1LEEA 3KFRA 4TRWA 5P1UA 5P6LA 5P0QA 1PPLE 2AOFA 4J17A 2AOGA 3LINA 5AHAA 4MC9A 1NPVA 3D1XA 3K5GA 5DQ2A 3LHGA 4QJ7A 4YD7A 4DQHA 3R2FA 3VYEA 5P1BA 2ZHVA 7UPJA 5ENMA 2JJJA 2Q63A 1HRNA 4B70A 3PBZA 3ECGA 3KA2A 1ZSRA 4IVTA 2FS4A 4NJUA 3RVIA 3OHFA 3UTLA 5DR1A 4I0HA 3UPJA 4Y3PA 5HTZA 1HEFE 2QHZA 1LYAB 4D8CA 2BPXA 2RSPA 3PI5A 4U7VA 4Y4XA 1UH8A 2OHSA 1EBWA 2B60A 5E5JA 5P8QA 3LIYA 5P28A 2ZHSA 4Y53A 2V12C 5P03A 4Y50A 2RENA 1AVFA 3KM4A 3ZKXA 3TPRA 1TSUA 2QP8A 3TLHA 4Y3XA 3K5CA 5P4UA 4NKKA 4XX4A 4Y41A 5P1KA 5P88A 3IN3A 3TOFA 4FCOA 5P39A 3NSHA 5P7LA 1LF2A 3K1WA 1GVTA 3M9FA 5P4DA 4JPEA 4DFGA 1UH7A 1D4HA 1FGCC 4M8YA 5P63A 3OHHA 3S54A 5HU0A 5DR0A 1MT9A 1NPWA 2G22A 2FGVA 3INDA 1HHPA 5P4IA 5P27A 5P1FA 5P0KA 5P0WA 2NPHA 2R9BA 1BXOA 1XL5A 4EXGA 5DR8A 5ER1E 1GVWA 5P6AA 4L1AA 1KJGA 5JG1A 1XS7D 3B80A 5P1EA 1EBKC 1QDMA 5IS4A 4JPCA 2G1OA 3S43B 1HIVA 3HBOA 4YD3A 5P35A 5IVQA 4H3JA 3NXEA 3TL9A 3PB5A 5P6UA 3MSLA 4AZYA 3EL1A 4H3GA 4I8WA 5P70A 4J0PA 1MIQA 1MVPA 1VIKA 3QN8A 1ODXA 4CKUA 4CP7A 3VF7A 1LZQA 2V16C 5P05A 2QI0A 5P4FA 1U8GA 4EJLA 2I4VA 5HD0A 5P49A 2I4QA 3R0YA 5P2MA 4HA5A 4RCFA 5P5FA 4Y3AA 3R1GB 2I4UA 5P5RA 5COPA 3NU4A 5P06A 3D1YA 2QI6A 5P29A 3OUCA 3UDRA 3FIVA 2HAHA 1PSNA 3Q70A 4X7IA 2PSVA 3PWWA 3ZKMA 3CYWA 1NSOA 5P1TA 5OZ1A 1AAQA 4GJ9A 2QU2A 1YTHA 3DCRA 5P0DA 5HDXA 3T7PA 1KJHA 5P4LA 4R5NA 1CMSA 1YTJA 3UQRA 2PSUA 2ER0E 5P2UA 5P0NA 1BV9A 3OWNA 3APRE 5AHBA 4OBHA 4N00A 5OZOA 5OZ4A 1YM4A 1EPPE 5P3AA 1FG8C 4Y3JA 2J9JA 4A6CA 3AUPA 1A30A 4Q1WA 3WSJA 4DQCA 2O4SA 2VA5A 4I0GA 2WF4A 5P10A 2PYMA 3SKFA 4ER1E 3S7MA 5P2EA 3UDJA 2AOIA 5P7GA 1Q9PA 3GW5A 1VIJA 3EKQA 3OXVA 5OYQA 5P5TA 4FAEA 1K6TA 3ER3E 3IGBA 5P7PA 5P7VA 5P1XA 3S2OA 3O9GA 4I0FA 5P84A 2BPVA 2NXDA 6UPJA 5P3NA 5P3LA 1A8KA 5P8VA 4LHHA 4DVFA 3KDDA 5P4NA 2R5QA 3N4LA 3WZ8A 1PROA 3PMYA 5OZ0A 4RYCA 3G72A 4Y4DA 2O4NA 3TOHA 4GJ5A 4RROA 4OBGA 2QMFA 2XYEA 4Y4TA 3EL9A 1D4KA 2G69A 3PLDA 2BB9A 3F9QA 1FKNA 2BKTA 3T3CA 5SY3A 2FDPA 2JYSA 3S53A 3GGAA 2ZJIA 3FX5A 5P0RA 4ZSPA 4WTUA 2QNPA 5P6XA 3VYFA 1SDUA 2SAMA 2JXRA 4ER2E 1BDQA 4Y3MA 4GJCA 5P5NA 3EKWA 3RSVA 3SLZA 3SAAA 5P6DA 3L58A 4Y4WA 5P48A 5P37A 3KT5A 2B7ZA 4GJAA 3KDCA 3D20A 1BWAA 3I7EA 4U8WA 5OZ2A 4OBZA 5P25A 3SA8A 3T6IA 5P5YA 3VF3A 5OZXA 4XX3A 3OU4B 5P2HA 5P57A 1W5XA 5P4RA 5P5MA 5C9FA 3UDHA 1FQ5A 4GJ7A 1EC0A 3I6OA 4J1IA 2AZCA 3EL0A 3VV7A 3IXKA 2PWCA 5P31A 4ZPGA 4YHQA 3LITA 2I4WA 2WEBA 3Q6YA 1EPME 3URLA 1Z8CA 3EKTA 9HVPA 5P1RA 2FNSA 3VV6A 3OU1B 5P3VA 1ZPKA 5P18A 5DQ4A 5P6MA 5E5KA 4GJ6A 5P2IA 5P2FA 5OZ7A 3KMXA 5HCTA 1GNOA 4I0IA 4AMTA 5EZXA 4D85A 5P3RA 5P5SA 5P8JA 2OHPA 1T7KA 3EC0A 5OZ9A 3N3IA 2OHQA 4HDFA 2WEAA 1IZHA 3PHVA 1G35A 5DQ1A 3OOTA 4Q5MA 3SFCA 4RVJA 4F73A 4RVXA 3K4VC 2AVVA 3EKYA 5P1DA 4I0EA 5P0PA 2H6TA 5P5BA 5P1IA 3ZKIA 2Q3KA 4Y3FA 3EM4A 5P5CA 3OQKA 5P4KA 4HE9A 1HBVA 4D83A 1HWRA 4Y3QA 3UDYA 3LPJA 1DIFA 3HAUA 4Y5CA 3ZLQA 5P68A 4DJPA 4NPTA 5P7HA 4RLDA 3QI1A 5CLMA 2B42A 2VKMA 4NJVA 3O9CA 5P0AA 5OYWA 3L3AA 2XFKA 3MSKA 1PFZA 1IDAA 1BV7A 3INFA 1XDHA 3GI6A 4FAFA 4DJWA 3U7SA 5P79A 5FIVA 5P5GA 5DPZA 1E5OE 5P3UA 5P26A 1APUE 1HPOA 5P83A 2ASIA 5OZPA 8HVPA 5P1PA 3VCMA 2G1NA 4B78A 2AOEA 5C9BA 3R0WA 2JE4A 2OAHA 1ZPAA 1B6LA 4AA8A 5P4WA 1BIMA 3ZL7A 2R3TA 1BWBA 4K8SA 3HW1A 4EQJA 5OZAA 4HLAA 4OBKA 1FMXA 2G26A 3GGXA 5P54A 4I0ZA 4DPIA 2O40A 3GI4A 5HU1A 5P7IA 3BHEA 4Z4XA 2XYFA 5DR3A 5P42A 4Y5KA 3OUDB 3NDTA 4FS4A 5OZ6A 3RU1A 2O4PA 2PWRA 4Y37A 2QZKA 3SPKA 5P3TA 1FQXA 5P8IA 5P0CA 2WKZA 5P1WA 1SMRA 4DUSA 1K2BA 4I0JA 1HVRA 2IDWA 4EJKA 2QMDA 1MERA 4CPUA 1OEXA 4GIDA 1HSGA 3H5BA 5P6BA 4PPHA 2PQZA 4J1KA 4K4QA 1HOSA 3TKGA 1IZDA 4EWOA 1DP5A 5OZCA 3IXJA 1BAIA 5DQ5A 5SZ9A 4H1EA 1YT9A 3LNKA 5P22A 4Y3GA 4Y51A 4B1CA 1ODYA 4QGIA 4YDFA 2FDEA 1HTEA 5P66A 4I0DA 2V10C 3CMSA 5P2BA 3OXCA 4WY1A 1MUIA 3PJ6A 3NU6A 2G1YA 3SM2A 3EMYA 1AJVA 5P07A 5P0GA 3R4BA 2OHKA 4R91A 4DPFA 4D89A 4R8YA 4TRYA 5P0HA 2IGYA 4TVGA 1MRWA 1N49A 4ZSRA 3S85A 2ZJMA 5HDUA 4YA8A 4QJ2A 5P4EA 3WZ7A 3S7LA 3DK1A 1B5FB 5P8RA 2NR6A 1FIVA 4RRSA 2QU3A 4HVPA 3PVKA 4ZPFA 2RKFA 5P46A 3QROA 4Y44A 1W6HA 4J1EA 1HVIA 5P0VA 3CYXA 5IVRA 5P1YA 3DUYA 5KQXA 2G20A 1ZAPA 2HPFA 2P3DA 1K6PA 4CPSA 1C6XA 4Y4UA 1WBMA 2CEMA 1NH0A 1W5VA 5BS4A 5KOQA 4Y54A 5I3WA 1C6ZA 5P60A 4LP9A 1OHRA 4OBDA 3K4VA 4FM8A 4Y56A 4MC1A 1T6GA 4YOBA 4RYGA 3FNSA 3PGIA 2H6SA 5OZEA 5P2WA 1PSOE 1BXQA 2BKSA 5OZRA 3TOGA 3BVAA 4GYEA 2QI1A 3AIDA 1FLHA 5OZYA 1ME6A 4S1GA 5P7WA 3A2OA 3QVCA 4Y3DA 5P2ZA 3ZPUA 3TPLA 1E82E 4J0ZA 3BXSA 4PZXA 1EC1A 3BGCA 3PI0A 1ZP8A 5KR1A 3HVGA 2AQUA 1MTRA 1ENTE 2G1RA 3Q3TA 6FIVA 3O9LA 1KJFA 2PH8A 2Q11A 3SA7A 1K1UA 3TNEA 3OAGB 5P7UA 5P3MA 5P6JA 5P3PA 1GNNA 4Y9WA 4Y45A 1FQ7A 5P6CA 2FNTA 1LF3A 1MEUA 4Y6MA 1AXAA 3UQWA 5P1HA 1LYBB 2VJ9A 5P2QA 3B7VA 1BBSA 2AIDA 3Q4BA 4AUCA 5P5JA 5OYUA 2I0AA 5P5IA 3EBZA 5P7TA 4EHCA 1RNEA 3OU3A 2OHMA 4YDGA 2VJ7A 1QBRA 2WHHA 2WL0A 3EM6A 1OEWA 3IXOA 4CPTA 1FQ8A 4KUPA 5P12A 4NPUA 3BXRA 2QAKA 1F7AA 2QD8A 3ZKNA 5I3XA 3LPKA 5JFPA 5P4SA 3UHLA 4DJXA 4DQEA 2PK6A 3ZPTA 5P65A 3KFNA 1LF4A 5P0LA 3K5FA 5UPJA 3PWRA 3MXDA 3ZPSA 3EL5A 5P00A 3UDMA 3L5FA 2ER7E 3OUBA 5P5KA 1HPSA 5P69A 1GVVA 4Y47A 3EXOA 3BVBA 3Q5HA 2OHRA 1A9MA 2QI5A 5KR0A 3NXNA 4NJTA 2FXEA 4YD6A 2WF0A 4Y5LA 3APPA 2F3KA 1HIIA 5OZ3A 3NUOA 3KT2A 4Y3ZA 5P3JA 1TCXA 3QBFA 5HE5A 5P5UA 3VSXA 1B6MA 3DM6A 5P0UA 4DQBA 1HSHA 4LL3A 5P6ZA 2PYNA 5P04A 4DV9A 3PCWA 4QLHA 2P3BA 5P7JA 2VIEA 5P1JA 3CICA 2QK5A 5P1SA 4EPJA 4BFBA 2WEDA 4JECA 4L7HA 1FB7A 1AZ5A 3BUFA 3EM3A 4EQ0A 2BQVA 4J55A 5P3YA 2ZJJA 5P0BA 4GJDA 3RSXA 4F74A 4Z2ZA 3VEUA 5IVTA 4L1AB 1YTGA 5P4YA 1OD1A 4FRJA 5P89A 5P5WA 4RCEA 4BELA 5KQFA 1D4SA 5P09A 4Y4EA 5P08A 3BGBA 2A1EA 4J0VA 1W51A 5OZFA 5P3IA 1B6KA 2WJOA 4Y5EA 5CONA 5DR4A 3FV3A 2WEZA 5KQYA 4EJDA 5C9DA 1EBYA 3OQAA 3D91A 5P8AA 4ER4E 5P7MA 5P75A 2QI7A 2ZDZA 5P5VA 1AIDA 4DJVA 1YM2A 5IVSA 5P8BA 3SA4A 4YCKA 3OGQA 1LYWA 3PBDA 5P3XA 5HDZA 5P4OA 5P2GA 2V0ZC 2AOJA 2ANLA 2EWYA 3NWXA 3ER5E 2NXLA 3FSMA 4PEPA 2OF0A 4GMIA 3NLSA 1YX9A 1A94A 2VA7A 4OC6A 3JW2A 5OZLA 2UPJA 3T7QA 3TH9A 5P34A 1HVCA 2QCIA 5OZQA 1IIQA 5AH8A 3HAWA 3G6ZA 2AODA 3D1ZA 3OTSA 1ZJ7A 1GKTA 5P80A 5P4JA 5OYVA 2G24A 1SIPA 1TQFA 5OZNA 3IN4A 3DV5A 3FNUA 3CKPA 3UDPA 1MRXA 3LZYA 3UDQA 2FGUA 3UQUA 5P4TA 4RRNA 2J9JB 5P1AA 3SM1A 4ZSMA 2OHUA 1J71A 1Z1HA 5P5OA 2Q5KA 5P8OA 2FDDA 4PZWA 1APWE 3PCZA 4B77A 3OQFA 1HTFA 2APRA 4FRSA 4Y4BA 1ZTZA 5P5DA 3SA3A 4ACUA 3VFAA 5EZZA 5P0ZA 4Y48A 3GI0A 4Q1XA 1FEJC 2QD7A 1MPPA 4EYRA 4ZSQA 3O9AA 1KJ4A 3UF3A 5AH9A 1QBSA 3OOZA 5OZVA 2QZWA 2P83A 1HVSA 2B8LA 3NWQA 3CIBA 2NMYA 1ER8E 4Y58A 1IBQA 3OXWA 3O99A 5P4QA 1KJ7A 4Y3RA 5APRE 5P8SA 2VIJA 1EPRE 3NU9A 5AHCA 4Y4JA 2P3AA 3UQPA 5P8EA 2AVMA 2QNNA 2FMBA 5P2NA 3L59A 5P51A 3QPJA 3UFNA 1GNMA 5P32A 5HDVA 5DGUA 3INHA 1UH9A 2QMGA 4OD9A 4RVIA 5P4BA 4EP3A 5I70A 1SGUA 4GB2A 2ZJNA 3INEA 3VFBA 3ZKGA 3WB5A 5P7QA 5P72A 3KFPA 2V13A 4FSEA 5P58A 5P3ZA 2ZJKA 1IZIA 4OBZB 3URIA 4GJ8A 3OGPA 4DJQA 5JODA 2NNKA 4I11A 3SQFA 4X2LA 3UDNA 4XXSA 2WF1A 4Y3HA 3MSJA 5P52A 1T3RA 4KE1A 3LIVA 4Y36A 1BDLA 5P78A 1YTIA 5P0YA 3NUJA 1PPKE 1WBKA 5P24A 5P8KA 4APEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BPZ A;  4L6B A;  3WB4 A;  2NXM A;  2FIV A;  1RPI A;  4Y5G A;  5P1V A;  2HB3 A;  4FM7 A;  1IDB A;  1T7J A;  5P6V A;  5P5P A;  5P6T A;  2Q64 A;  3ZKQ A;  4Y3L A;  1D4Y A;  3DJK A;  4J1H A;  5P2C A;  1E81 E;  3PSG A;  4KB9 A;  5P7A A;  3TTP A;  5OZT A;  1MSM A;  5P0S A;  1QS8 A;  2IGX A;  2JJI A;  4Y38 A;  1HXB A;  3OAG A;  5SXN A;  1CZI E;  1RQ9 A;  3VG1 A;  4K9H A;  4M8X A;  1MSN A;  5P8U A;  1DPJ A;  5P23 A;  5AH6 A;  4H3F A;  1LYB A;  1LEE A;  3KFR A;  4TRW A;  5P1U A;  5P6L A;  5P0Q A;  1PPL E;  2AOF A;  4J17 A;  2AOG A;  3LIN A;  5AHA A;  4MC9 A;  1NPV A;  3D1X A;  3K5G A;  5DQ2 A;  3LHG A;  4QJ7 A;  4YD7 A;  4DQH A;  3R2F A;  3VYE A;  5P1B A;  2ZHV A;  7UPJ A;  5ENM A;  2JJJ A;  2Q63 A;  1HRN A;  4B70 A;  3PBZ A;  3ECG A;  3KA2 A;  1ZSR A;  4IVT A;  2FS4 A;  4NJU A;  3RVI A;  3OHF A;  3UTL A;  5DR1 A;  4I0H A;  3UPJ A;  4Y3P A;  5HTZ A;  1HEF E;  2QHZ A;  1LYA B;  4D8C A;  2BPX A;  2RSP A;  3PI5 A;  4U7V A;  4Y4X A;  1UH8 A;  2OHS A;  1EBW A;  2B60 A;  5E5J A;  5P8Q A;  3LIY A;  5P28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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