2QD8A

Hiv-1 protease mutant i84v with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qd8A00
4OC6B 3LIVA 2IGYA 1HBVA 2AIDA 5DQ4A 5AH9A 4R92A 1B6JA 7UPJA 3GI0A 2XYEA 5P5SA 4Y3TA 4DFGA 3O99A 3QVIA 4I0IA 2HPFA 3INDA 4EQJA 1TSUA 2F8GA 2QHCA 1RQ9A 5P6TA 3K4VA 5OYVA 3UHLA 1A94A 3U6AA 3WSJA 5OZMA 1SMEA 5P16A 3VLBA 5P18A 5P1DA 1TCXA 4Y3MA 5HDXA 1YTJA 2FDDA 4Y9WA 1FQ5A 3FV3A 2PSUA 4HEGA 3VLAA 4A4QA 1B6KA 3B80A 5P06A 5P1MA 3LZUA 2ANLA 1D4JA 2Q15A 4FS4A 5OZDA 1LF3A 4QJ9A 4KE0A 5P1VA 4Y5NA 5DR0A 5P32A 5P0YA 1QBSA 3S8IA 2AQUA 2QCIA 4LXAA 4Y53A 4NJVA 5P3AA 2PSGA 4Y47A 1HSHA 3NUJA 4B72A 4J1HA 2WF4A 1T7KA 4FAEA 2ZJIA 2B7FA 2O4KA 3DCRA 4GJBA 1HIHA 5CLMA 1XL5A 1QBRA 2PYNA 3IA9A 5DPZA 2BPXA 3I2LA 3TKWA 5AH6A 4QLHA 4ACUA 5SY3A 5P35A 3K5CA 4B0QA 4I8ZA 1M4HA 5P57A 2IENA 3VF5A 5P67A 5P7SA 1T3RA 2QI7A 2RKFA 5OZHA 4CPRA 1A8KA 5P6KA 1EPME 3LIYA 2P8HA 5P0TA 4PZWA 5P13A 4PPHA 1SIPA 3CKPA 4EJ8A 2HC0A 5P33A 5P72A 3EL4A 1K6PA 4Y4TA 4Y50A 1EBZA 5P30A 5P8LA 1LYBA 1HOSA 4BELA 3QP0A 5P8QA 3PSGA 5P8NA 3S43A 3F9QA 1B6LA 2WEZA 1APTE 2OHPA 5OYZA 2OHMA 4Y3RA 3FNUA 1AZ5A 1HSGA 1G35A 5P4JA 3VUCA 4Y45A 3KFSA 4EXHA 4GJ7A 5P6ZA 1ZLFA 2O4PA 4ZSRA 5P1TA 3OQDA 1RL8A 4M8XA 1D4LA 3CYXA 4E43A 2NMZA 5PEPA 4TRYA 4J1FA 2NPHA 3KDDA 4DJRA 1BILA 1T6EX 1LV1A 2QI0A 5P0SA 2VNMA 5P1UA 5P3HA 1TQFA 2CENA 4YD7A 5KOSA 5KR2A 2Q64A 1KJ4A 4KUPA 3UDRA 4L7JA 3K5FA 1MSNA 5P25A 5KQXA 2F81A 1C6ZA 3BGBA 3KFNA 5P7MA 4F76A 4Z22A 1YTGA 3IXJA 3O9DA 2CEJA 2HPEA 4LP9A 5OZOA 5P0FA 4NPTA 4Y3JA 1IZHA 3NDWA 1FQ8A 1HXBA 3PI0A 5P17A 5ISJA 2F3EA 5KQZA 3PHVA 1EAGA 4QJ8A 4Y3XA 3INHA 3SA5A 2ZHVA 6APRE 4WY1A 5P46A 4EHCA 3L5FA 3GGUA 3VSWA 3B7VA 2ZJHA 5P4IA 5P64A 5F01A 5P7XA 5P29A 2ZDZA 1MERA 3OTYA 2I4QA 5P3QA 5P0AA 5P2DA 5P79A 4HE9A 3FX5A 1KZKA 2G21A 1N49A 2A1EA 5P5UA 5AH8A 1DW6C 3OU4B 4JOOA 5HTZA 3ZOVA 5BS4A 3WZ7A 2FDPA 4DQHA 5I70A 1W6IA 3BGCA 5P5LA 5P1FA 3PGIA 3DV1A 5P2XA 3NXNA 4F73A 3MWSA 1QBTA 3RU1A 5OYUA 4Y3SA 3LZYA 3OXCA 5P6SA 4Y5EA 3L5EA 5P83A 1HXWA 3KDBA 3AUPA 2G1YA 4Q5MA 4Y3NA 2PQZA 1BBSA 5P0QA 4CPTA 4DJUA 1JLDA 3PBDA 3IXKA 4D8CA 3ZKSA 5P61A 2RMPA 5P0OA 3TNEA 1FB7A 4CKUA 5P6IA 1GVWA 3R1GB 3EXOA 5OZ9A 1UH9A 4FIVA 5P6EA 3IVIA 5P8TA 3OXWA 2VIZA 3BRAA 4YCYA 4AMTA 5P7RA 5P8VA 5P0XA 5P5BA 3WB5A 2WHHA 4Y3YA 4A6CA 2IS0A 4AA9A 3D20A 3O9EA 2Q11A 1BWBA 2G69A 4M8YA 5P85A 4EPJA 1ODXA 2VA7A 3BC4A 4Y4ZA 5EZXA 3ZKNA 2P83A 1GKTA 3UDHA 3UQXA 4FM8A 2I0DA 4EXGA 5P2FA 2VIYA 4DJYA 5P4QA 2ZGAA 3EL5A 5P6VA 3QRSA 3SA4A 5OZXA 4LC7A 5P84A 1YX9A 2Z54A 3T7QA 3TL9A 1APVE 1XDHA 2B8VA 2ER0E 5DR3A 5OZYA 5P0ZA 4XX4A 4MC6A 4NKKA 2J9JB 2I0AA 5P4KA 5P50A 3S45A 4GZFA 1AXAA 1D4YA 1B11A 2R38A 2VS2A 3TPPA 1HVIA 4H3JA 5P89A 3DOXA 1MTBA 5P3DA 5P55A 2PK5A 1OD1A 1K1TA 4RGHA 5P0LA 4DQFA 5HCOA 5COPA 2OHNA 1KJ7A 2UY0A 3QVCA 2O4LA 5P4UA 4Z50A 4B05A 5DR4A 4J0YA 4APEA 3LIXA 5ENMA 3S2OA 3ZPUA 1GVXA 1FQXA 5P74A 3Q4BA 2UPJA 3ER3E 3T7PA 1XN2A 5P1ZA 1IZIA 4PZXA 5P45A 3O9IA 3OOTA 5P39A 2XFIA 4OBKA 2P3DA 1ODWA 5P7GA 2QD7A 4GIDA 4OBZB 4J1KA 3SA6A 3R0YA 1W5YA 1BDLA 5P7HA 5P1NA 4Y56A 3GGVA 1LF2A 3ZKGA 5P2EA 3KA2A 3HAWA 3OY4A 5OZAA 5P8OA 5P1CA 3SKGA 1HVHA 1VIJA 4RROA 4J54A 5P0UA 2G1SA 5HDZA 2APRA 1EPQE 2NTRA 1YM4A 5P5XA 1MSMA 1BV9A 4OD9B 3OUBA 1QRPE 4GJ8A 3OQ7A 5OZCA 5P0BA 5B18A 2AZ8A 5KAOA 5OZLA 4DJVA 4N00A 5P4GA 2FNTA 4Y4DA 2G26A 1AAQA 1T7IA 4WY6A 2NNKA 2QP8A 3T11A 1FLHA 3SAAA 4Q1YA 3NYGA 5P47A 4J0PA 1TCWA 5P26A 3I7EA 2P3BA 5P5DA 2AOCA 4J1IA 4ZIPA 2NR6A 5P51A 5P53A 1BVGA 3LHGA 3NU4A 1LYWB 3BUFA 3FIVA 3EM6A 3NWQA 3ZPTA 1FFFC 5P2JA 1M0BA 1FGCC 4OBJA 4H3FA 5P1SA 1MRXA 5P4EA 3SA9A 3O9GA 5COKA 5P1JA 3QROA 3VV6A 2WKZA 5P77A 5P5GA 3N3IA 2V10C 4I0JA 1AJXA 3S54A 5P1KA 4FLGA 4I11A 4QGIA 4YCTA 2HM1A 5P2TA 1MUIA 2QD6A 4RCEA 5P3LA 3QRVA 1D4KA 2OHLA 5I3WA 3SQFA 2ER9E 1NPVA 3EKTA 1SH9A 3SABA 4Y44A 2B8LA 3ZL7A 1PFZA 3LIQA 2FIVA 3RTHA 5P4ZA 2IEOA 5P11A 4CPSA 1FQ7A 1B6PA 2P3CA 5P3JA 3KYRA 3MSLA 2Q3KA 3FNTA 5P38A 3VFBA 4X2LA 2PMAA 2QMGA 3Q70A 2V0ZC 3PWWA 4DQCA 2JE4A 5P7WA 2OAHA 5P49A 3ER5E 5P34A 4GMIA 5P5TA 2QZWA 1MRWA 1IZDA 1HHPA 1AIDA 2AOIA 5P2ZA 1SDUA 4ZSMA 3VV8A 5P2BA 1B5FB 3INEA 5ER2E 2QZXA 4AZYA 1IDBA 3L59A 3U7SA 3S85A 3UQRA 1YTIA 2IL2A 5OYRA 5P0WA 3LIZA 1APWE 2ZJLA 1YT9A 5P2QA 1PROA 2NNPA 2ZHRA 3PBZA 9HVPA 5P0IA 3IAWA 5P5QA 4EQ0A 3D1ZA 3EKQA 1KJHA 4ZPGA 3PCZA 4ER4E 5P19A 2XYFA 4R8YA 5P8AA 5AH7A 5P2AA 2ZYEA 1CZIE 5HDUA 5P7PA 1PSAA 2XFKA 4ZPEA 4ACXA 4YOBA 2OF0A 5ENKA 1ZP8A 1META 5AHCA 5P2YA 1FQ6A 5HE7A 1PSOE 5P3ZA 3TOGA 4Y41A 1EC1A 1A8GA 4L7HA 1EPNE 3KN0A 1Q9PA 4EP2A 1SMRA 3VYDA 1ZSFA 5P2NA 4TRWA 3LITA 4FRKA 2AZCA 5P60A 1ENTE 1LEEA 5P1BA 2WEAA 5HVPA 1GNOA 1NPWA 4QJ6A 5P03A 1FEJC 5P3YA 3URIA 1ODYA 4RVJA 2FXEA 4RRSA 2WJOA 3QRMA 5P7YA 2G94A 1W5XA 5OZBA 1PPKE 5P5EA 2BPVA 2R5QA 4Z2ZA 2P3AA 3SPKA 5HU0A 3OXXA 1HVJA 3CIBA 5P20A 3GI6A 1K2BA 4I12A 5P2KA 4FSLA 1BVEA 3PSYA 3QIHA 5P00A 4EJKA 4OC6A 3CKRA 3CMSA 3OAGB 1ZTZA 5P4LA 4CPQA 5OZEA 5P6GA 3S7LA 2VJ6A 4Y3GA 3T7XA 4DQBA 2QI4A 5P5KA 5P3WA 4OBGA 5OZPA 3EL0A 5DR1A 5P6UA 1A30A 5OYTA 5P1QA 3O9HA 1W50A 3JVWA 1U8GA 5P8KA 4YD5A 4DJQA 4B77A 2BQVA 1WBMA 3UDJA 5P7EA 3ZPSA 1GVTA 1C70A 3RTMA 3UCBA 2QU3A 5P1AA 3KFPA 5P37A 5P5OA 1EPOE 3GW5A 4FM7A 3OU1B 3JVYA 1G0VA 3CIDA 5OZRA 5P7DA 5P8PA 3OUAA 4B1CA 5BWYA 1FIVA 4GJ6A 5OZGA 1GNMA 2VA6A 5KOQA 2BPWA 3LINA 1G2KA 1DP5A 3VYFA 5P8DA 1HVRA 1MT8A 4F75A 4L1AB 3GGAA 2WF3A 3OUDB 3SACA 2OHKA 3EKYA 3NU9A 3O9FA 3EM4A 2VJ9A 3LPJA 2I4UA 4NJUA 3HZCA 3O9LB 3CYWA 1HVCA 1E82E 4YA8A 3EM3A 5P31A 4Y54A 1K6TA 5P59A 2G22A 4NJTA 4J5JA 4Y3LA 4I0DA 3IN3A 3TOFA 4MC2A 4K4RA 5OZ8A 5I3VA 5P24A 3A2OA 5OZNA 3SO9A 2ZJJA 5P3PA 4Y35A 3KDCA 3K4VC 3UDYA 5P73A 3EKVA 5P4CA 5P3MA 4HA5A 5P8BA 2BBBA 1FG8C 1DPJA 5AHBA 2RENA 5P28A 3OQAA 2NXLA 4Y3DA 4Y37A 5OZWA 1LZQA 3K1WA 4Y3AA 1BXOA 5P5YA 3QI1A 1SGUA 3OAGA 3ST5A 4WTUA 3VF7A 4XX3A 1Z1HA 4UPJA 4Y5KA 3INFA 5P4DA 1HRNA 4U8WA 5P4XA 3ZKMA 4YBIA 4EP3A 5P08A 1LYAB 3EC0A 4RCFA 3H5BA 1APUE 2I1AA 1T6GA 3NDTA 3D1XA 4KB9A 4Y3HA 5KR8A 2FGUA 4Y39A 2V16C 3DV5A 5APRE 2SAMA 4I0EA 4K4QA 3VYEA 3RSXA 4Y51A 1SDTA 5P3BA 1W5VA 1FQ4A 2NMYA 2AVSA 3HLOA 5T4SA 2BKTA 1BDRA 4I0HA 3GI4A 2O4NA 4Q1NA 5IVRA 3PEPA 3T6IA 1FFIC 4B1DA 5IE1A 1XL2A 5OYQA 1KJGA 3NSHA 1EBKC 5P0HA 5DQ1A 5P7AA 2BB9A 1YM2A 3PSUA 5P6HA 4K8SA 3KT2A 3NXEA 5IVSA 4HLAA 1HTGA 1SDVA 4NJSA 2B7ZA 1TZSA 3PLLA 4JECA 5P8EA 3PCWA 5P1IA 2BPZA 5P7CA 1IVQA 4GJ5A 5OZIA 1HVLA 2QK5A 3OGPA 3DCKA 8HVPA 4GYEA 5OZQA 3OU4A 2QHYA 1PSNA 5P1OA 4DQGA 2G20A 3WZ8A 4Y3PA 1XE6A 3NDXA 5P6LA 1HEGE 3LZSA 4YHQA 5P7JA 3K5DA 5P63A 2P4JA 4GJ9A 2JJIA 4LAPA 5P4HA 3NU6A 2I4DA 3OADB 5P6XA 2H6TA 4APRE 2G1RA 2G1NA 5BRYA 1K6CA 2QMPA 5OZ6A 2PWCA 4YDGA 3L5BA 3SM1A 3DM6A 3L5DA 4JPEA 4Y5LA 3NU5A 5P1HA 1J71A 5SXNA 5P1PA 5P54A 1ZBGA 5P4BA 2FS4A 3CICA 2PWRA 2AZ9A 1ER8E 1SBGA 2ZHUA 2I4WA 4Y4BA 5P1XA 3OUCA 3C9XA 5P05A 1BXQA 1B6MA 4CMSA 4FAFA 5P66A 1ZSRA 2AOJA 3OQKA 4BEKA 5P5MA 1FMBA 5P58A 5P3EA 5P8JA 5I3XA 4AA8A 1Z1RA 2I4XA 5C9DA 3L3AA 5P2MA 3LPIA 5CONA 3VCMA 2G1OA 2HS2A 3Q5HA 2RSPA 1MTRA 2IQGA 2QHZA 4Y3FA 5P40A 3UPJA 3Q6YA 5IVTA 2IKOA 2HB4A 1G6LA 1A9MA 3I25A 4ER1E 2VIJA 2Q55A 4Y3EA 2I4VA 4LBTA 5OZ1A 3UQUA 3OHFA 4B70A 4QJ2A 4Y4EA 3O9BA 4YD3A 2JJJA 4Y6MA 4D89A 5OZ4A 5P7TA 3D3TA 4QJAA 4HVPA 5P5NA 2J9JA 5OYXA 5OZ0A 5KQFA 1AM5A 3UDQA 4YDFA 5P75A 1TW7A 3PB5A 2OHSA 3G6ZA 1HIVA 1SGZA 3NU3A 5P1EA 1D4HA 4RLDA 3HDKA 3UDMA 1GVUA 5HD0A 1M43A 3OWNA 4Y36A 1QBUA 4DI2A 4I1CA 3UDPA 5P4VA 5P6RA 4B1EA 1F34A 3R2FA 2AVOA 5P6QA 3GGXA 4GJAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OC6 B;  3LIV A;  2IGY A;  1HBV A;  2AID A;  5DQ4 A;  5AH9 A;  4R92 A;  1B6J A;  7UPJ A;  3GI0 A;  2XYE A;  5P5S A;  4Y3T A;  4DFG A;  3O99 A;  3QVI A;  4I0I A;  2HPF A;  3IND A;  4EQJ A;  1TSU A;  2F8G A;  2QHC A;  1RQ9 A;  5P6T A;  3K4V A;  5OYV A;  3UHL A;  1A94 A;  3U6A A;  3WSJ A;  5OZM A;  1SME A;  5P16 A;  3VLB A;  5P18 A;  5P1D A;  1TCX A;  4Y3M A;  5HDX A;  1YTJ A;  2FDD A;  4Y9W A;  1FQ5 A;  3FV3 A;  2PSU A;  4HEG A;  3VLA A;  4A4Q A;  1B6K A;  3B80 A;  5P06 A;  5P1M A;  3LZU A;  2ANL A;  1D4J A;  2Q15 A;  4FS4 A;  5OZD A;  1LF3 A;  4QJ9 A;  4KE0 A;  5P1V A;  4Y5N A;  5DR0 A;  5P32 A;  5P0Y A;  1QBS A;  3S8I A;  2AQU A;  2QCI A;  4LXA A;  4Y53 A;  4NJV A;  5P3A A;  2PSG A;  4Y47 A;  1HSH A;  3NUJ A;  4B72 A;  4J1H A;  2WF4 A;  1T7K A;  4FAE A;  2ZJI A;  2B7F A;  2O4K A;  3DCR A;  4GJB A;  1HIH A;  5CLM A;  1XL5 A;  1QBR A;  2PYN A;  3IA9 A;  5DPZ A;  2BPX A;  3I2L A;  3TKW A;  5AH6 A;  4QLH A;  4ACU A;  5SY3 A;  5P35 A;  3K5C A;  4B0Q A;  4I8Z A;  1M4H A;  5P57 A;  2IEN A;  3VF5 A;  5P67 A;  5P7S A;  1T3R A;  2QI7 A;  2RKF A;  5OZH A;  4CPR A;  1A8K A;  5P6K A;  1EPM E;  3LIY A;  2P8H A;  5P0T A;  4PZW A;  5P13 A;  4PPH A;  1SIP A;  3CKP A;  4EJ8 A;  2HC0 A;  5P33 A;  5P72 A;  3EL4 A;  1K6P A;  4Y4T A;  4Y50 A;  1EBZ A;  5P30 A;  5P8L A;  1LYB A;  1HOS A;  4BEL A;  3QP0 A;  5P8Q A;  3PSG A;  5P8N A;  3S43 A;  3F9Q A;  1B6L A;  2WEZ A;  1APT E;  2OHP A;  5OYZ A;  2OHM A;  4Y3R A;  3FNU A;  1AZ5 A;  1HSG A;  1G35 A;  5P4J A;  3VUC A;  4Y45 A;  3KFS A;  4EXH A;  4GJ7 A;  5P6Z A;  1ZLF A;  2O4P A;  4ZSR A;  5P1T A;  3OQD A;  1RL8 A;  4M8X A;  1D4L A;  3CYX A;  4E43 A;  2NMZ A;  5PEP A;  4TRY A;  4J1F A;  2NPH A;  3KDD A;  4DJR A;  1BIL A;  1T6E X;  1LV1 A;  2QI0 A;  5P0S A;  2VNM A;  5P1U A;  5P3H A;  1TQF A;  2CEN A;  4YD7 A;  5KOS A;  5KR2 A;  2Q64 A;  1KJ4 A;  4KUP A;  3UDR A;  4L7J A;  3K5F A;  1MSN A;  5P25 A;  5KQX A;  2F81 A;  1C6Z A;  3BGB A;  3KFN A;  5P7M A;  4F76 A;  4Z22 A;  1YTG A;  3IXJ A;  3O9D A;  2CEJ A;  2HPE A;  4LP9 A;  5OZO A;  5P0F A;  4NPT A;  4Y3J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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